BYOFZE GR

Dr. Aye DEMRKAZIK

BYOFZK NEDR ?
Szlk anlam ile "Canl varlklarn incelenmesinde fiziin uygulanmas" veya ksaca "Canl organizmalarn fizii" eklinde tanmlanan BYOFZK, tbbi ve biyolojik bilimler ierisinde en son ortaya kanlardan birisidir. Metodoloji bakmndan, tbbn ve biyolojinin problemlerine fiziksel adan yaklamaktadr. lkemizdeki niversitelerde biyofiziin sadece belirli konular zerinde almalar srdrlmektedir. Bunlara rnek olarak u alma konular saylabilir; 1-Elektrofizyolojik biyofizik ve Nrofizyolojik biyofizik, 2-Molekler biyofizik, 3-Hcre biyofizii, 4-Elektriksel alan biyofizii, 5-Mikrodalga biyofizii, 6-Beslenme ve bitki biyofizii, 7-Teorik biyofizik

SSTEM KAVRAMI
SSTEM: Karlkl etkileim halindeki birtakm paralardan oluan fiziksel veya dnsel herhangi bir varla sistem ad verilir. Bir sistemin zellikleri ; paralarnn veya elerinin cinsleri, saylar ve eleraras etkileimlerle belirlenir.
Davran Denklemi
Y= Y (E,,t)

SSTEM

Etki (forcing)

Yant (response)

Herhangi bir sistem farkl kesitlerde bileenlerine ayrlabilir ve bu bileenlerde yine birer sistem (veya alt sistem) olarak ele alnabilir. rnein; atom molekl hcre organ organizma toplum biyosfer Bir sistemin yapsal ve ilevsel olarak btnl bu alt sistemlerin Btnlne baldr.

BRER AIK SSTEM OLARAK CANLILAR

evresi ile madde ve enerji alveriinde bulunan sistemlere ak, madde alverii yasaklanm sistemlere kapal, madde ve enerji Alverii yasaklanm sistemlere yaltk(izole) sistemler denir. Yaltk veya kapal sistemlerde de reaksiyonlar devam edebilir. Ancak bu olaylar scaklk farklarnn ortadan kalkt,max entropiye Ulaldnda son bulur.Buna sistemin denge durumu denir. Ak sistemler genel olarak Deiime urarlar. Ancak zel Olarak madde giri ve k srerken, kompozisyonun zamandan Bamsz kald bir durum sz konusudur. Sistemin zamanla deimedii bu duruma kararl durum (Steady state) denir.
5

rnein; bir sinir veya kas hcresinin dinlenim durumunda, hcre Zarndan geiler devam ettii halde her bir iyon iin net giri sfrdr Ve hcre ii konsantrasyonlar deimez.
ZET olarak; 1. Madde ve enerji alrlar, 2. Aldklar madde ve enerjiyi olduu gibi kullanmaz, kendilerine uygun Kullanl hale getirirler 3. Baz rnleri evreye ihra ederler, 4.Madde ve enerji etkinliinin evrimsel bir karakteri vardr 5.Negatif entropi edinebilirler. Yani sistem dzenliliinin, organizasyon derecesinin bir lsdr. 6. Ak sistemlerin girileri informatik karakterdedir. Alnan madde ve Enerji d ortam hakknda mesajlar tar. Madde ve enerjinin ak sistem Tarafndan kabul seimlidir. 7. Kararl duruma ulaabilirler. Madde ve enerji alverii srd halde Sistem kompozisyonu zamandan bamsz kalabilir, 8. Ak sistemler farkllama ve zelleme ynnde deiime urayabilirler. 9. Esonululuk ilkesi ile karakterize edilirler. Farkl ilk koullar ve farkl Yollardan ayn son duruma ulaabilirler.
6

CANLILARIN ATOMK VE MOLEKLER ER

Biyolojik trlerin ve bireylerin olaanst eitliliine ramen Biyolojik molekller ve biyokimyasal reaksiyonlar o kadar eitli Deildir. Biyolojik molekller genellikle Dier elementler % 0,7 Kalsiyum Ca Fosfor P Oksijen O (%26) Karbon C (%9) Azot N (%1) Potasyum K Kkrt S Sodyum Na Klor Cl Magnezyum Mg
7

Vcuttaki Temel Elementler (%99,3)

Hidrojen H (%63)

Eser Elementler (%0,01)

Demir Fe yot I Bakr Cu inko Zn Manganez Mn Kobalt Co Krom Cr
8

Selenyum Se Molibden Mo Flor F Kalay Sn Silisyum Si Vanadyum V

MOLEKL VE MOLEKLLERARASI BALAR

yonik balar Kovalent balar Hidrojen balar Van der Waals balar

YONK BA: Bir atomdan dierine elektron transferi ile oluur. Elektronu veren atom katyon (+), alan atom ise anyondur (-).
ki iyon arasndaki elektrostatik ekimden Kaynaklanan etkileim enerjisi NaCl iin bu ba enerjisi 500 kJ/mol kadardr.
9

Sulu ortamda b ba enerjisi suyun (dielektrik sabiti)=80 olduundan U=10-100 kJ/mol olur.

10

11

 iyonizasyon iyonik ba ile olumu molekln yeniden iyonlarna ayrlmas karboksil (-COOH) grubu amino (-NH2) grubu elektrolit iyonlar suda zndnde elektrik iletebilme yeteneindedir

KOVALENT BA: Atomlarn elektronlar ortak kullanmas ile oluan badr. (hidrojen 1, oksijen 2, azot 3, karbon 4) polar kovalent ba ortak elektron bir atoma daha yakn kalr (hidroksilOH, slfidril-SH, azot-hidrojen-NH) nonpolar balanma elektriksel olarak ntre yakndr (karbonhidrojen_C-H, karbon-karbon_C-C)
12

13

14

 HDROJEN BAI Bir polar badaki hidrojen atomu ile dier bir polar badaki oksijen veya azot atomlar arasnda oluan ekim gcdr. (su) VAN DER WAALS BAI Birbirine ok yaklaan nonpolar molekller veya molekl gruplar arasndaki ekim gcdr. (protein yaps)

15

Molekler Balarn zellikleri

Ba Gc zellikleri rnekler

yonik

Kuvvetli

Zt ykl iyonize gruplar arasndaki ekim. Atomlar arasnda paylalan elektronlar. Hidrojen ve oksijenin polarize balar arasndaki ekim. ok yakn nonpolar molekller ve gruplar arasndaki ekim.

Tuz moleklnn yaps veya proteinlerin amino asit yan zincirleri arasndaki ekim. Molekllerin oluumunda atomlar birbirine balayan oklu balar. Protein yan zincirlerinin polar gruplar arasndaki ekim veya su molekllerinin ekimi. Proteinlerdeki nonpolar gruplar arasndaki veya lipid molekllerindeki ekim.

Kovalent

ok kuvvetli Zayf

Hidrojen

Van der Waals

ok zayf

16

Hidrofobik Etkileimler: Su moleklleri ile proteinlerin ve nkleik asitlerin polar olmayan gruplar arasnda, veya su moleklleri ile hidrokarbonlar arasnda, hidrofobik etkileimler olarak adlandrlan bir tr itme kuvvetleri domaktadr.

SU (H2O) %71
Vcuttaki en yaygn atom hidrojen, en yaygn molekl ise sudur.

hidroliz byk molekll bileiklerin su ile tepkimeye girerek daha kk molekllere paralanmas R1-R2 + H-O-H R1-OH + H-R2

17

Suyun snma ss ve s sas olduka yksektir. Bu zellii nedeni ile, vcut scaklnn ve yeryz scaklnn ayarlanmasnda suyun nemi byktr. Buharlama ssnn ykseklii sayesinde bir canl vcut scaklnn ok stndeki ortam scaklklarnda yaayabilmektedir. Dielektrik sabitinin de yksek olmas nedeni ile iyi bir iyonik zcdr.

18

HCREDE BYOFZKSEL OLAYLAR

The cell is the basic structural and functional unit of life Organismal activity depends on individual and collective activity of cells Biochemical activities of cells are dictated by subcellular structure Continuity of life has a cellular basis

19

20

Plasma Membrane
Separates intracellular fluids from extracellular fluids Plays a dynamic role in cellular activity Glycocalyx is a glycoprotein area abutting the cell that provides highly specific biological markers by which cells recognize one another

21

Difzyon: Bir kaba konan sv veya gaz eklindeki maddenin moleklleri, kabn her yerine ortalama olarak ayn konsantrasyonda dalr.

22

23

difzyonun yn
difzyonda hareket tek ynl deildir
molekller devaml hareket halinde olduundan, az youn ortamdan ok youn ortama da bir miktar madde geii olur

iki yne doru olan difzyon akmlar arasndaki fark net geii verir

24

difzyonun gc

Difzyon akmnn bykl eitli faktrlere bal olarak deiir: konsantrasyon fark scaklk molekl kitlesi yzey alan ortam hali
25

difzyonun hz
molekller dz bir izgide ok uzaa gidemezler
dolaysyla difzyon sresi molekllerin difze olacaklar mesafenin karesiyle orantldr

organizmada dolam sistemi mesafeleri ksaltc ilev grr

26

membranlardan difzyon
hcre zarnda difzyon, ayn molekln sudaki difzyonundan ok daha yavatr membranda difzyonu snrlayan esas faktr lipid ift tabakadr polar ve iyonize molekller ya hi ya da ok az difze olur bir maddenin lipidlerde eriyebilirliinin yksek olmas membranlardan daha kolay gemesini salar

27

28

protein kanallar
sodyum, potasyum, klor ve kalsiyum gibi iyonlar membran lipidlerindeki son derece dk erirliklerine ramen hzla difze olurlar bu iyonlarn geii kanal vazifesi gren integral proteinler yoluyla olur farkl hcreler, farkl iyonlara farkl derecede geirgendir

29

iyon kanallar
kanallarn kendilerine zel iyonlara kar spesifitesi vardr bu seicilik kanal apna veya kanal duvarn oluturan proteinlerin elektrik ykne bal olabilir kanaln ap, ierisinden geecek iyona gre hafife byktr

30

elektrokimyasal gradyent
membranlardan iyonlarn geii yalnzca konsantrasyon gradyentine gre olmaz plazma membrannn dinlenim potansiyeli gerei, pozitif iyonlar ieri ekmeye, negatif iyonlar ise dar itmeye ynelen bir kuvvet vardr konsantrasyon gradyenti ile elektriksel ekim gc arasndaki bileke kuvvet ile iyonun geii belirlenir
31

iyon permeabilitesi
iyon kanallarnn alp kapanmas ile membran permeabilitesinde deiiklik meydana gelir bu durum kanal proteini konformasyonu zerindeki deiiklikler yoluyla salanr yon kanalnn alma frekans ile ak kalma sresi zerinde etkili balca 3 faktr vardr:

1.
2.

3.

membrana balanan spesifik kimyasal haberciler (ligand duyarl kanallar) membran potansiyelinde deiiklikler (voltaj duyarl kanallar) membrann gerilmesi (mekanosensitif kanallar)
32

Tayc aracl ile transport sistemleri

polaritesi fazla veya byk molekllerin geii daha ok birtakm tayc ilevi gren membran proteinleri ile olur farkl hcrelerde farkl tip ve sayda tayc bulunabilir balanma yine proteinin konformasyonu zerinde meydana gelen deiiklik ile olur

Aracl transportta gei hzn 3 faktr belirler:

1. 2. taycnn o madde iin afinitesi membrandaki tayc miktar

3.

tayc protein konformasyonunda meydana gelen deiiklik hz

33

kolaylatrlm difzyon
net akm konsantrasyon gradyenti ile ayn yndedir; iki taraf konsantrasyonu eitlendiinde akm durur enerji gerektirmez en gzel rnek glikozdur

34

aktif transport
konsantrasyon gradyentine zt ynde bir tanm sz konusudur iki tarafn konsantrasyonu eitlense de devam eder; tanan madde iin bir kararllk durumu vardr enerji gerektiren bir olaydr

enerji;
1. 2. ya tayc protein zerindeki balanma yerinin membrann bir tarafnda dier tarafa gre daha yksek bir afinite gstermesini ya da proteindeki balanma blgesinin membrann bir tarafndan dier tarafa hareket etme hzn ... deitirir

35

primer aktif transport

Tayc protein ATPyi dorudan ykarak kendini fosforilleyen bir ATPazdr. Na+-K+ ATPaz Ca+2 ATPaz H+ ATPaz H+-K+ ATPaz

36

sekonder aktif transport

enerji olarak dorudan ATP deil, iyon konsantrasyon gradyentini kullanlr tayc protein zerinde asl tanacak madde haricinde bir de enerjiyi salayacak olan iyonu balayan blge vardr bu iyon genellikle sodyumdur

37

38

simport - antiport tanm

sekonder aktif transport ile tanan madde sodyum iyonlar ile ayn ynde tanyorsa simport (sodyum co-transportu), ters ynde tanyorsa antiport (sodyum counter-transportu) olarak anlr kural olarak transport mutlaka konsantrasyon gradyentine zt yndedir

39

40

osmoz; suyun difzyonu

su, polar bir molekl olmasna ramen hcre zarndan hzla difze olur gei iki taraf aras osmolarite farkna gredir su, osmolaritesi dk olan blgeden yksek osmolariteye sahip tarafa geer

41

osmotik basn

bir solsyonun osmotik basnc = saf su ile yanyana konduunda, su difzyonunu nleyebilmek iin uygulanmas gereken basn osmotik basnc arttka osmolarite de artar, su konsantrasyonu der

izotonik solsyon = membrandan geebilen mevcut madde konsantrasyonuna baklmakszn, 300 mOsm/l geemeyen madde ieren solsyon hipertonik solsyon = Membrandan geebilen mevcut madde konsantrasyonuna baklmakszn, 300 mOsm/lden fazla geemeyen madde ieren solsyon hipotonik solsyon = membrandan geebilen mevcut madde konsantrasyonuna baklmakszn, 300 mOsm/lden daha az geemeyen madde ieren solsyon

42

43

Hcrenin evresi ile seimli madde alverii yapmas, gereksinim duyulan maddelerin kolaylkla ieriye alnmas, reaksiyonlar sonucu artk rnlerin darya atlmas hcre zarlar aracl ile gerekleir. Biyoelektrik olaylarda hcre zarlarnn bir fonksiyonudur.
Hcre dzeyinde en nemli tanecik tanm konsantrasyon gradiyentle rinden kaynaklanr yani difzyonla salanr.

DFZYON
Fick I. Yasas

Maddenin molekler kinetik teorisine gre, mutlak scakl T olan bir Ortam iindeki m ktleli molekllerin ortalama kinetik enerjileri,

k= 1,38x10-23 J/mol (Boltzman sabiti) olmak zere,

te yandan , zelti ok byk olmayan bir v hzyla hareket eden bir Molekl, hz ile orantl ve zt ynl

F=-fv

srtnme kuvveti etkisinde kalr

f:srtnme katsays, taneciin iriliine, biimine, ortamn viskosluuna baldr.

45

F= -6av Stokes yasas

: viskosluk katsays a: yarap

f=6a

Fick yasas ile maddenin kinetik teorisi sonularnn karlatrl masndan, D ile f arasnda D= kT/f yazlabilir
Difzyon olaynn temelinde molekllerin geliigzel hareketleri yatmaktadr. Bir molekl iin geliigzel haraket sonrasnda ortalama yer deitirme x2= 2 kT/f .t = 2Dt x2+y2= 4Dt x2+y2+z2= 6Dt

46

ZARLARDA DFZYON VE OSMOS Eer zar kalnl x2-x1= kalnlna sahip ise; o halde 1. Fick yasas Mdif=-D dc/dx -D c2-c1/x2-x1=-P(c2-c1) Mdif=P(c1-c2) P: permeabilite (geirgenlik) PNa 10-10 m/s

rnein; PK 10-8 m/s

Osmotik Basn: Yar geirgen bir zardan deriik zelti tarafna su geiini engellemek iin zeltiye uygulanmas gerekli basnca zeltinin osmotik basnc denir. =icRT T: mutlak scaklk R: 8,3145 J/K .mol genel gaz sbt i: znenin bir moleklnn zeltiye verdii tanecik says

47

Dinlenim zar potansiyeli: Dinlenim halindeki bir hcrenin i taraf da gre negatif bir potansiyeldedir. Buna dinlenim zar potansiyeli denir. Bu potansiyel farkl hcrelerde -20 ile -100 mV arasnda deiir. Hcre zarlarnn uygun koullarda uyarlmas sonucu, hcre ii

Potansiyel dinlenim deerinden +30 ile +50 mV arasnda pozitif bir deere kadar ykselebilir, sonra dinlenim durumuna geri dner. Potansiyeldeki bu deiim desenine AKSYON POTANSYEL denir.

Yalnzca konsantrasyon gradyenti etkisinde bulunan bir cins (i) iyon

in difzyon ak younluu: Mi(dif)= -D dci/dx idi. Ayn iyonlarn elektriksel potansiyel gradyenti etkisinde akm younlu Ji(elek)= - dV/dx =- ci i zi F dV/dx (C/m2s) veya (A/m2)

48

1 mol iyon geii qi=ziF dir. i: elektriksel mobilite zi : iyon deerlilii T: mutlak scaklk YONK DENGE VE NERNST DENKLEM Denge durumunun termodinamik bakmdan incelenmesi daha genel ve anlaml sonulara gtrr. deal bir zelti iinde bulunan bir cins genin (i) mol bana Gibbs serbest enerjisi veya kimyasal potansiyeli Gi,

Gi = G0i + RTln ci + zi FV + Pvi+

(J/mol)

Bir cins madde iin mol bana serbest enerji bir zelti sisteminin farkl blge ve fazlarnda farkl deerler alyorsa, bu eler mol bana serbest enerjinin yksek olduu durumdan daha dk olduu duruma gemeye alrlar. Gii= Gdi sistem dengededir

49

R T ln cii + ziF Vi = R T ln cd i + ziF Vd

Ei = Vi-Vd= RT/ziF ln cdi/cii rnein; Na+ iyonu iin (volt) Nernst denge denklemi

t= 37o C iin

ENa= 8,3143 JK-1mol-1.310 K/ +1. 96500 C mol-1 ln 145/12 ENa= 0,066 volt =66 mV

Gi= zi F( Em-Ei)
Em=Vi-Vd

J/mol

50

DONNAN DENGES: zarn bir tarafnda zar geemeyen iyonlarn varlnda kurulan dengeye Gibbs-Donnan dengesi denir.
[Na+]1/[Na+]2= [Cl-]2/[Cl-]1= r Donnan oran

V= V2-V1= RT/F ln [Na+]1/[Na+]2= - RT/F ln [Cl-]1/[Cl-]2= -RT/F ln r GOLDMAN-HODGKIN-KATZ DENKLEM:

51