PEPTTLER ve PROTENLER

YRD.DO.DR. YUSUF SEVGLER 2010

Peptitler Aminoasit Zincirleridir

ki aminoasit molekl peptit ba ad verilen bir amit bayla kovalent olarak balanr ve bir dipeptit meydana gelir. Bu ba, bir aminoasidin -karboksil grubuyla dierinin -amino grubu arasnda bir su moleklnn aa kmasyla (dehidratasyon) meydana gelir. Peptit ba oluumu canl hcrede gerekleen genel tepkime trlerinden kondenzasyon (katlma) tepkimeleri iin bir rnektir.

 Peptit ba oluumu: Bir aminoasidin -amino grubunun (R2 grubu olan) nkleofil gibi davranarak baka bir aminoasidin hidroksil grubu ile yer deitirmesiyle peptit ba (gri glgeli) oluur.

Peptitler Aminoasit Zincirleridir

aminoasit iki peptit ba ile balanrsa tripeptit adn alr ve peptit yapsndaki aminoasit saysna gre isim alr (tetrapeptit, pentapeptit). Bu ekilde az sayda aminoasidin balanmasyla oluan yapya oligopeptit, ok sayda aminoasidin balanmas ile oluan yapya da polipeptit ad verilir. Proteinler binlerce aminoasit rezids ierebilir. ou zaman polipeptit ve protein terimleri birbirlerinin yerine kullanlmakla birlikte polipeptitlerin molekl arl genelde 10000 Daltonun altndadr.

Peptitler Aminoasit Zincirleridir

Bir peptitte serbest -amino grubunu ieren aminoasit rezids amino terminal (ya da Nterminal) rezid, dier utaki serbest karboksil grubu ieren aminoasit rezids ise karboksil-terminal (ya da C-terminal) rezid olarak adlandrlr. Peptitlerdeki her bir aminoasit sonuna il (ingilizce yl) eki getirilerek adlandrlr (alanin-alanil; glisin-glisil, serin-seril, vb.).

 Pentapeptit serilglisiltirozilalanillsin ya da Ser-GlyTyr-Ala-Leu. Peptitler amino terminal rezidden balayarak adlandrlr ve bu grup kural olarak sol tarafa yerletirilir. Peptit balar gri, R gruplar krmz renkle gsterilmitir.

Peptitler yonlama Davranlaryla

Ayrlabilirler
Peptitler zincirin her bir ucunda sadece bir serbest amino grubu ve bir -karboksil grubu ierirler ve bu gruplar serbest aminoasitlerdeki gibi iyonize olabilirler. Ular arasnda kalan tm aminoasitlerin amino ve -karboksil gruplar kovalent balanp peptit ba oluturup iyonize olamadklar iin peptitlerin total asit-baz davranlarna katkda bulunamazlar. Fakat baz aminoasitlerin R gruplar iyonize olabilir ve bu nedenle molekln total asitbaz zelliini etkiler.

 Alanilglutamillglisillizin: Bu tetrapeptit bir serbest amino grubu, bir serbest karboksil grubu ve iki adet iyonize olabilen Rgrubu ierir. pH 7.0da iyonize olabilen gruplar krmz renkle gsterilmitir.

Peptitler yonlama Davranlaryla

Ayrlabilirler

Peptitler de serbest aminoasitlere benzer ekilde karakteristik pKa noktalarna sahiptirler. Bu ekilde elektriksel alanda hareket edemedikleri karakteristik bir izoelektrik (pI) deerleri de bulunmaktadr.

Biyolojik Olarak Aktif Peptitler ve

Polipeptitler Farkl Byklklere Sahiptir

Biyolojik olarak aktif pepti ve proteinlerin molekl arlklarn ilevleriyle ilikilendirecek bir genelleme yaplamaz. Doadaki peptitler iki aminoasitten birka bin aminoasit rezidsne kadar farkl uzunluklarda olabilirler. Ticari olarak sentezlenen Aspartam ya da NutraSweet adl yapay tatlandrc, dipeptit L-aspartil-L-fenilalanin metil esteri buna rnektir.

Baz Biyolojik Aktif Peptitler

Birok kk peptit ok dk deriimlerde etki gsterir. rnein ok sayda omurgal hormonu kk peptitlerdir: Oksitosin dokuz aminoasit rezids tar, arka hipofizden salnr ve uterus kaslmasn uyarr. Bradikinin dokuz aminoasit rezids tar, doku enflamasyonunu inhibe eder. Tirotropin salglatc faktr aminoasit rezids tar, hipotalamusta oluur ve bir protein hormon olan tirotropinin (TSH) salnmn uyarr. Olduka toksik bir mantar zehiri olan amanitin (sekiz aminoasit rezids; Amanita cinsi mantarlarda sk bulunur) ve baz antibiyotiklerde kk peptitlerdir.

 -Amanitin: Amanita phalloides gibi Amanita cinsi mantarlarda bulunur, RNA polimeraz inhibitrdr, bu nedenle protein sentezini basklayarak toksik etki gsterir (sklkla lmle sonulanr).

Baz Biyolojik Aktif Peptitler

Kk polipeptitler ve oligopeptitlerden byke olanlarna rnek ise biri 30 dieri 21 aminoasit rezids tayan iki polipeptit zincirinden olumu pankreatik hormon inslindir. Glukagon ise insline zt etki gsteren ve 29 aminoasit rezids tayan pankreatik bir hormondur. 39 aminoasit rezids tayan ve adrenal korteksi uyaran n hipofiz bezi hormonu kortikotropin (adrenokortikotropik hormon, ACTH) stres durumunda salnr ve kortizol gibi stres hormonlarnn retimini salar.

Proteinlerdeki Polipeptit Zincirinin Uzunluu Ne Kadardr?

Proteinlerdeki Polipeptit Zincirinin Uzunluu Ne Kadardr?

ekilde de grld gibi uzunluklar olduka farkldr. nsan sitokrom csi 104 aminoasit rezids ieren tek bir polipeptit zinciridir, sr kimotripsinojeni ise 245 rezid tar. En snrda, omurgal kasnda bulunan, yaklak 27000 aminoasit rezids tayan ve yaklak 3000000Dalton arlnda olan titin yer alr.

Proteinlerdeki Polipeptit Zincirinin Uzunluu Ne Kadardr?

Baz proteinler tek polipeptit zinciri ierirken bazlar iki ya da daha fazla sayda non-kovalent birlemi polipeptitlerden oluurlar. Bunlara oklualtbirimli proteinler denir. oklu altbirimde her bir polipeptit zinciri benzer ya da farkl olabilir. En azndan iki benzer altbirim tayan proteine oligomerik protein denir; benzer polipeptit altbirimleri de protomer adn alr.

Talasemi
rnein hemoglobin, iki benzer zincir ve iki benzer zinciri tamaktadr. Bu oklualtbirimli proteinde her bir altbirimi altbirimi ile elemitir, bir dier deyile hemoglobin drt polipeptit birimi tayan bir tetramer ya da altbirimlerinden oluan bir dimerdir.

Talasemi
Talasemi ok uzun yllar nce Akdeniz Blgesinde grlmeye balayan ve gnmze dek kaltsal olarak srdrlen bir hemoglobin bozukluudur. Yunanca deniz kelimesinden tretilmitir. Halk arasnda Akdeniz anemisi olarak bilinen durum, daha sk grlmesi nedeniyle talasemidir. Hemoglobinin -globin (talasemi) ya da -globin (-talasemi) altbirimlerinin eksik ya da hi sentezlenmemesinden kaynaklanan bir hemoglobin bozukluudur.

Polipeptit Zinciri
ok az sayda protein kovalent bal iki ya da ok sayda polipeptit zincirini ierir. rnein inslin birbirine dislfit balaryla bal iki polipeptit zincirine sahiptir. Bu tip durumlarda altbirimlere ksaca zincir ad verilir.

Proteinler Karakteristik Aminoasit Bileimlerine Sahiptirler

Bir proteinin yaps DNAda kodlanmtr ve proteinler genetik bilginin anlatm aralardr (gen ekspresyonu). Hcredeki binlerce farkl protein de kendi geninin belirledii spesifik ilevi yrtr; proteinlerin farkl zellik ve ilevleri ierdikleri aminoasitlerin farkl dizililerindendir (aminoasit sekans).

Proteinler Karakteristik Aminoasit Bileimlerine Sahiptirler

Peptit ve proteinlerin asitle hidrolizlerinin rn ierdikleri aminoasitlerin bir karmdr. 20 standart aminoasit proteinlerde daima eit oranlarda bulunmaz. Baz aminoasitler molekl bana bir tane yada hi bulunmazken bazlar ok sayda bulunabilir. rnein ribonkleaz enziminde triptofan rezids bulunmaz.

 Olduka farkl ilevleri olan sindirim enzimi kimotripsinin inaktif ncl olan sr kimotripsinojeni ve sr sitokrom csinin ierdikleri aminoasit bakmndan da olduka farkllk gsterirler.

Proteinler Karakteristik Aminoasit Bileimlerine Sahiptirler

Proteinlerin ounda amino asitlerin % 30-40 nonpolar R grubu tar, membran proteinlerinde bu oran daha yksektir, fibrz protein elastinin aminoasit rezidlerinin % 99u non-polardr. Bazik proteinlerde (+) ykl R gruplar hakimdir: lizozom, sitokrom C, histonlar gibi. Asidik proteinlerde glutamik ve aspartik asidin (-) ykl R gruplar hakimdir, pepsinde olduu gibi.

Baz Proteinler Aminoasitler Dnda Kimyasal Gruplar erirler

Pek ok protein, rnein ribonkleaz enzimi ve kimotripsinojen sadece aminoasit rezidleri ierir, bunlara basit proteinler denilir. Baz proteinler aminoasitler dnda farkl kimyasal gruplar ierirler ki, bunlar konjuge (birleik) proteinler olarak adlandrlrlar. Konjuge proteinin aminoasit olmayan ksmna prostetik grup denir. Konjuge proteinler prostetik grubun kimyasal yaps dikkate alnarak gruplandrlr; rnein lipoproteinler lipit ierir, glikoproteinler eker gruplar ve metalloproteinler zgl bir metal ierir. ou protein birden fazla prostetik grup ierir ve bu grup, proteinin biyolojik ilevinde nemli rollere sahiptir.

ekillerine Gre Proteinler

Proteinler ekil ve belirli fiziksel karakterlerine gre 2 byk snfa ayrlrlar: globler ve fibrz proteinler.

ekillerine Gre Proteinler

Fibrz proteinler genelde tek tip bir sekonder yapy iereirken, globler proteinler sekonder yapnn eitli tiplerini birarada iermektedir. Trioz fosfat izomeraz (beta tabakalanma (sar) ve -heliks, (krmz) yaps birarada). Kollajen, tekrarl heliksler.

ekillerine Gre Proteinler

Globler proteinlerde polipeptid zinciri veya zincirleri kompakt globler (sferik) ekilde skca katlanmtr. Genellikle suda znrler ve kolay difze olurlar. ounun hareketli (mobil) ve dinamik ilevleri vardr. Hemen tm enzimler, kan transport proteinleri, antibadiler, besin deposu proteinler globlerdir.

ekillerine Gre Proteinler

Fibrz proteinler suda znmezler, uzun ipliksi molekllerdir, polipeptid zincirleri bir eksen boyunca uzanr. Birou yapsal veya koruyucu ilev yapar. Sa ve yndeki keratin ipekteki fibroin, tendonlardaki kollajen fibrz proteinlerdir. Kas ve kas d dokularda kaslma ilevi yapan filamentli proteinler bu snfa girer. Aktin, miyozin ve mikrotblleri oluturan protoflamentler fibrz proteinlerdir.

Protein Yapsnn Birka Dzeyi Vardr

Proteinler gibi byk makromolekller iin, yapy tanmlamak ve anlamak zere farkl komplekslik dzeylerine snflandrlrlar. Balca drt protein yap dzeyi tanmlanmtr. Kovalent balarla (balca peptit balar ve dislfit balar) balanm aminoasit rezidlerinin oluturduu polipeptit zinciri primer (birincil) yapdr. Primer yapnn en nemli zellii aminoasit rezidlerinin zincir eklinde dzenlenmesidir. Sekonder (ikincil) yapda ise aminoasit rezidleri ksmen kararl dzenlemelerle kararl yapsal modeller olutururlar. Tersiyer (ncl) yap polipeptidin boyutlu katlanmalarnn grld yap eklidir. Bir protein iki veya daha ok sayda polipeptit altbirimi ierdiinde uzaysal dzeni kuaterner (drdncl) yap olarak tanmlanr.

 Primer yap birbirine peptit balaryla balanm ve dislfit balar ieren bir dizi aminoasitten oluur. Oluan polipeptit -heliks gibi sekonder yap birimleri eklinde katlanr. Katlanm polipeptidin bir parasn heliksin oluturduu tersiyer yap proteinlerin kuaterner yapsnn alt birimlerinden bir tanesini oluturur. Yukardaki rnek hemoglobine aittir.

Proteinlerle almalar
Protein yaps ve ilevini anlamamz birok farkl proteinle yaplan almalardan kaynaklanmtr. Bir protein hakknda herhangi bir ayrnty almak iin o protein dierlerinden ayrlmal ve uygun tekniklerle zellikleri tanmlanmaldr.

Proteinler Ayrlabilir ve Saflatrlabilir

Bir proteinin zelliklerini, aminoasit bileimini ve dizisini tanmlayabilmek iin nce saf olarak elde edilmesi gerekir. Protein kayna genellikle doku veya mikrobiyal hcrelerdir. Protein saflatrmadaki ilk basamak bu hcreleri paralayarak bir ham zt hazrlamaktr. Gerekirse, althcre fraksiyonlar hazrlamak veya zgl organelleri izole etmek iin diferansiyel santrifjleme yaplabilir.

Proteinler Ayrlabilir ve Saflatrlabilir

Ham zt elde edildikten sonra, protein saflatrlmasnda kullanlan birka yntem bulunmaktadr. zt, proteinlerin byklk, yk gibi baz zelliklerine gre farkl fraksiyonlara ayrma ilemine tabi tutulur; bu srece fraksiyonasyon (tabakalandrma) denilir. Saflatrmada en nce gelen fraksiyonasyon basamanda proteinlerin pH, s, tuz deriimi ve dier etkenlerden etkilenen znrlndeki farkllklardan yararlanlr.

Proteinler Ayrlabilir ve Saflatrlabilir

Genel olarak yksek tuz deriimlerinde proteinlerin znrl dktr ve bu etki tuzlayarak ktrme (salting-out) olarak adlandrlr. Uygun miktarda tuz ilavesiyle zelti iindeki baz proteinler ktrlebilirken, dierleri zeltide kalabilir. Amonyum slfat ((NH4)2SO4) suda iyi znd iin bu amala sklkla kullanlr.

Proteinler Ayrlabilir ve Saflatrlabilir

allan proteinin bulunduu zeltideki amonyum slfatn dier saflatrma basamaklarna gemeden nce ve salting-out ileminden sonra uzaklatrlmas gerekir. zellikle byk proteinler iin geerli olan bir diyaliz ilemi gerekletirilir. Ksmen saflam zt yar-geirgen zardan yaplm tp veya torbaya konulur. Bu torba uygun iyonik gteki tampon zeltisine asldnda zar tuz ve tamponun yer deitirmesine izin verirken, proteini geirmez. Diyaliz ileminde byk proteinler tp ierisinde kalrken, protein hazrlamada kullanlan dier zc katlarn protein ortamndaki deriimi azalr.

Proteinler Ayrlabilir ve Saflatrlabilir

Proteinleri fraksiyonlamada kullanlan en gl teknik olan kolon kromatografisinin avantaj proteinleri yk, byklk, balanma afinitesi (ilgisi) ve dier zelliklerine gre ayrmasdr. Uygun kimyasal zellie sahip delikli kat maddeyle kolon kaplanr (stasyoner, durgun faz) ve tampon zelti (mobil, hareketli faz) bundan filtre edilir. Protein ieren zelti kolonun tepesinden braklr, kat matriks arasnda bu zelti filtre olur.

Proteinler Ayrlabilir ve Saflatrlabilir

rnein katyon-deitirme kromatografisinde kat matriks negatif ykl gruplar ierir. Net pozitif ykl proteinler net negatif ykllere gre matriks boyunca mobil fazda daha yava g ederler, nk stasyoner faz ile net pozitif ykl proteinlerin ilikisi sonucu g yavalar. ki farkl protein iki farkl bant eklinde ayrlr.

yon Deitirme Kromatografisi

Byklke Ayrma Kromatografisi (Jel Filtrasyon Kromatografisi)

Afinite Kromatografisi

Proteinler Elektroforezle Ayrtrlabilir ve Tanmlanabilir

Proteinleri ayrtrmada kullanlan bir dier nemli teknik ykl proteinlerin elektrik alanndaki glerini temel alan elektroforez (elektrokromatografi) yntemidir. bu yntemde proteinler hem saflatrlr hem de grntlenebilir, aratrmac karmdaki farkl protein saysn veya zgn bir proteinin saflk derecesini tahmin edebilir. Ayrca elektroforez, proteinlerin izoelektrik noktalar ve yaklak molekl arl gibi zelliklerini tanmlamaya olanak salar.

Proteinler Elektroforezle Ayrtrlabilir ve Tanmlanabilir

Proteinler elektroforezde genellikle apraz bal polimerler olan poliakrilamitten yaplm jeller zerinde yrtlr. Poliakrilamit jel bir elek gibi i grr ve yk/ktle oranna gre proteinler farkl uzaklklara g ederler. G uzunluuna proteinin ekli de etki eder. Yntemde genellikle sodyum dodesil slfat (SDS) kullanlr. SDS molekln net ykn negatif yaparken tm proteinlerin ekli de benzer olur. Bylece SDS varlnda elektroforezde proteinler tamamen ktle (molekl arltemel alnarak alnr, kk molekller daha hzl g ederler.

Proteinler Elektroforezle Ayrtrlabilir ve Tanmlanabilir

zoelektrik odaklama, bir proteinin izoelektrik noktasn (pI) tanmlamada kullanlan bir yntemdir. ncelikle farkl uzunluunda farkl pH noktalar tayan jeller oluturulur, proteinler jelin st ksmndaki bir ukura yerletirilir ve uygulanan elektrik alanla proteinler her biri kendi pIsna uygun alana g eder. Srasyla izoelektrik odaklama ve SDS elektroforezin birlikte kullanm iki-boyutlu elektroforez olarak adlandrlr ve kompleks protein karmlarnn ayrtrlmasn salar. Bylece izoelektrik odaklamada farkl pI deeri olan proteinler, SDS elektroforezde de farkl molekler arlkl proteinler daha hassas bir ekilde ayrlr.

Protein Yapsnn Belirlenmesi

Bir proteindeki aminoasit dizisi, proteinin boyutlu yaps, ilevi, hcresel yeri ve evrimi hakknda bilgi salar. Aminoasit dizilerindeki benzerliklere gre proteinler ailelere ayrlmlardr. Her bir ailedeki proteinlerin aminoasit dizileri yaklak %25 ayndr ve benzer yapsal ve ilevsel zelliklere sahiptirler. Protein ailelerinin yapsal ve ilevsel benzerliklerinden evrimsel ilikiler de gzlemlenebilir. Peki aminoasit dizisi nasl belirlenir?

karyotik evrim aacnn ana dallar farkl trlerdeki sitokrom c molekllerinin aminoasit farkllklarna gre ina edilmitir. Saylar, belli bir daldaki organizmann sitokrom c rezid saysnn bu organizmann atasndaki sitokrom c rezid saysndan farkn gstermektedir. Dallanma noktalar ortak bir atay temsil etmektedir.

Ksa Polipeptitler Otomatik lemlerle Dizilenir

Proteinin birincil yapsn ortaya koymak iin eitli yntemler kullanlr. Biri, proteini hidrolizleyip aminoasit ieriini saptamaktr. Amino terminal utaki aminoasit rezidsn etiketlemek ve tanmlamak yntemi hidroliz ile birlikte kullanlr. Bu amala Frederick Sanger, 1-floro-2,4-dinitrobenzen (FDNB) ayracn gelitirmitir. Amino-terminal aminoasit rezidsn iaretlemek iin kullanlan dier ayralar dansil klorr ve dabsil klorrdr. Aminoterminal rezid bu maddelerden biriyle balandktan sonra polipeptit hidroliz edilir ve iaretli rezid tanmlanr.

Ksa Polipeptitler Otomatik lemlerle Dizilenir

Btn bir polipeptidi dizilendirmek iin Edman tarafndan kimyasal bir yntem gelitirilmitir. Edman indirgenmesi yntemiyle bir peptitteki amino ucu iaretlenerek uzaklatrlr. Dier peptit balar ayn ekilde kalr. Peptit fenilizotiyosiyanat ile tepkimeye girince amino terminal u fenilhidantoin trevi olarak uzaklatrlr. Bu yntem tm seri tamamlanana kadar srdrlr. Edman indirgemesi sekanatr (dizici) ad verilen bir cihaz yardmyla gerekletirilir.

Aminoasit Dizi Analizi iin Byk Proteinler Daha Kk Paralara Ayrlmaldr

Polipeptidin uzunluu arttka aminoasit dizisinin belirlenmesi zorlar. Proteinlerdeki uzun polipetitler bu ama iin daha kk paralara ayrlmaldr. Bu ilem birka basamakta gerekletirilir. lk olarak protein kimyasal ya da enzimatik yntemlerle zgl fragmanlara (paracklara) blnr. Eer dislfit balar varsa, krlmaldr. Her fragman saflatrlmal ve Edman yntemiyle dizileri belirlenmelidir.

Dislfit Balarnn Krlmas

Sistin rezidsnn performik asitle hidrolizi iki sisteik asit rezids oluturur. Ban yeniden olumasn engellemek zere ditiyotreitol kullanlr.

Polipeptit Zincirinin Yklmas

Polipeptit zincirin fragmanlara ayrlmas iin eitli yntemler kullanlabilir. Proteazlar ad verilen enzimler peptit balarnn hidrolitik ykmn katalizler. Baz poteazlar sadece zgl bir aminoaside bitiik peptit ban ykar ve polipeptit zincirini fragmanlara ayrr. Farkl kimyasallar da zgl kalntlarn yanndaki peptit balarn ykar. Oluturulan fragmanlar kromatografik veya elektroforetik yntemlerle saflatrlr ve her bir peptit fragmannn aminoasit dizisi Edman yntemiyle belirlenir.

Proteomiks
Yukarda aklanan yntemler aminoasit dizilerinin belirlenmesinde tek yntem deildir. Ktle spektrometresine dayanan yeni yntemlerle ksa polipeptitler (20-30 aminoasitten oluan) birka dakikada analiz edilebilir. Hzl DNA dizileme yntemleri, genetik kodun aklanmas ve genlerin izolasyonuyla ilgili tekniklerin gelimesiyle polipeptidin dizisi, bunu kodlayan gendeki nkleotitlerin dizisinden anlalabilir hale gelmitir ve pek ok proteinin aminoasit dizisi gen diziliminin belirlenmesi eklinde dolayl olarak belirlenmektedir.

Proteomiks
Hem proteinleri, hem de nkleik asitleri analiz etmeye ynelik yntemler, hcre biyokimyasnda yeni bir disiplinin ncs olmutur. Virslerden, bakterilere ve ok hcreli karyotlara kadar pek ok organizmann DNA dizisinin tamam artk bilinmektedir. Aratrmaclar bir organizmann DNAsyla kodlanan toplam proteini tanmlamak iin proteom terimini ortaya karmlardr. Bir hcrenin proteomunun analizi, genomik dizinin tamamlanmasnda olduka nemli ve tamamlaycdr.

 Tandem Ktle Spektrometrisi: Yntemde protein nce enzimatik ya da kimyasal yntemlerle daha kk peptitlere paralanr ve oluan fragmanlar iki boyutlu jel elektroforezi ve ardndan bir kromatografi kolonunda saflatrlr. Kolondan kan fragmanlar bir ktle spektrometresine gnderilir. Burada kolondan gelen peptit paralar ok kuvvetli bir elektriksel alandan geerken etraflarndaki solvent gaz faza geer ve molekl gvenli bir ekilde gaz faza geirilir. Kuvvetli elektriksel alanda peptitler solventten protonlar kazanarak pozitif ykl hale geer ve 1. ktle dedektrnde sinyal olutururlar. Bu ilemden sonra belirli peptitler seilerek 2. ktle dedektrne ynlendirilir. 2. ktle dedektrnden nce bir hcrede peptit daha kk paralara ayrlr ve dedektre ynelir. Dedektre arpan her moleklde balangca gre bir aminoasit eksik olduu iin peptidi oluturan aminoasit dizisi bu ekilde hzla belirlenmi olur.

Proteomiks

Proteinlerin -boyutlu yapsn incelerken u temalar vurgulamak gerekir: Bir proteinin -boyutlu yaps, proteinin aminoasit dizilimi tarafndan belirlenir. Bir proteinin ilevi yapsna baldr. zole bir protein neredeyse benzersiz bir yapya sahiptir. Belirli bir proteinin zgl yapsnn korunmasn salayan, sabitleyici en nemli kuvvet; kovalent olmayan etkileimlerdir. Proteinler deimeyen -boyutlu yaplara sahiptir dncesi yanltr; protein ilevi iin ou kez iki veya daha fazla yapsal deiim meydana gelebilir.

Proteinlerin -Boyutlu Yaps

Protein Yapsna Bak

Bir proteinin yapsnda bulunan atomlarn uzayda dzenlenimi proteinlerin konformasyonu olarak adlandrlmaktadr. Protein konformasyonu, kovalent balar krlmakszn meydana gelebilen herhangi bir yapsal durumdur. rnein, tek balar etrafnda rotasyon olmas ile konformasyonda deiim meydana gelebilir. Yzelerce tek ba ieren protein moleklnde teorikte ok sayda konformasyon meydana gelebilecekken, biyolojik koullar altnda yalnzca bir ya da iki konformasyon baskndr.

Protein Konformasyonu Byk lde

Zayf Etkileimlerle Sabitlenir

Tek bir kovalent ban krlabilmesi iin yaklak olarak 200-460 kJ/mol enerji gerekirken, hidrojen ba gibi zayf etkileimler, 4 ila 30 kJ/mol gibi nispeten nemsiz enerji gereksiniminde krlabilirler. Proteinin doal konformasyonuna katkda bulunan dislfit balar gibi kovalent balar, tek bir zayf etkileimden ok daha salam olmasna karn zayf balar protein yapsnda ok fazla bulunduklar iin boyutlu sabitleyici etkenler olarak nemlidirler.

Protein Konformasyonu Byk lde

Zayf Etkileimlerle Sabitlenir

Hidrofobik etkileimler bir proteinin konformasyonunun sabitlenmesinde phesiz ki nemlidir. Genellikle hidrofobik aminoasitlerin yan zincirleri proteinin i ksmnda, youn olarak paketlenmi bir merkez oluturur ve bylece proteinin katlanp konformasyonel deiime uramasna katkda bulunurlar.

Peptit Ba Kat ve Dzlemseldir

Kovalent balarn da polipeptidin konformasyonu zerine etkileri vardr. Peptit oluumunda yer alan CN bann basit bir aminde bulunan C-N bandan biraz daha ksa ve peptit bayla birlemi atomlarn dzlemsel yapda olduu belirlenmitir. Bu zellii ile peptit yapsnda yer alan C-N ba %40 ift ba karakteri gsterir, bu ekilde molekln peptit ba zerinde dnme hareketi kstlanr. Bu nedenle, polipeptit zincirinin primer yapsnda tek ba etrafnda dnme olasl yalnzca asimetrik karbon atomu etrafndaki C-C ve C-N balarna indirgenir.

Primer Yap
Polipeptit zincirlerinde primer yapy sabitleyen gler yukarda anlatld gibi peptit balar ve ayrca dislfit balardr. Aada lizozim enziminin primer yapsnda yer alan dislfit balar gsterilmektedir.

Proteinlerin Sekonder Yaps

Sekonder yapnn en ok rastlanan tipleri -heliks (-sarmal) ve -konformasyonlardr.

-Heliks Yaygn Bir Sekonder Yap Tipidir

1930larda sata ve kirpi oklarnda yer alan proteinin (fibrz bir protein olan -keratin) X-n krnm almalar yapan William Astbury her 5.155.2 de bir tekrarlayan bir yapya sahip olduunu ispatlamtr (Angstrom, (fiziki Anders J. ngstrmn soyaddr) 0.1 nmye eittir. Angstrom bir SI birimi olmamasna karn biyologlar tarafndan atomlar aras uzakl belirtmek iin sklkla kullanlr).

-Heliks Yaygn Bir Sekonder Yap Tipidir

Kat peptit balaryla (rotasyonu serbest olan tek balar dnda) polipeptit zincirinin varsaylabilen en basit dzenlenimi -heliks olarak adlandrlan helezonik yapdr. Bu yapdaki polipeptit iskeleti, heliksin ortasndan uzunlamasna aa doru inen hayali bir ubuk etrafna skca sarmalanmtr ve aminoasitlerin R gruplar heliks iskeletinden dar doru ynelmitir. Heliksin tek bir dn 5.4 uzunluundadr ve her bir heliks dngs 3.6 aminoasit rezids ierir. Tm proteinlerde bulunan heliksin helezonik dnme ekli sa el dnl helezonik dnme tarzdr (saat ynnn tersine). -Heliks keratinlerde en fazla bulunan konformasyon tipidir, polipeptitlerdeki aminoasitlerin drtte biri -heliks yapsndadr, fakat kesin oran proteinden proteine deiiklik gsterir.

-Heliks Yaygn Bir Sekonder Yap Tipidir

-Heliks dier bir ok olas konformasyondan daha kolay oluur. Bunun nedeni udur: Peptit bann elektronegatif azot atomuna bal hidrojen atomu ile bu peptit bann amino terminal ucu ksmnda bulunan drdnc aminoasidin elektronegatif karbonil oksijen atomu arasnda bir hidrojen bayla sabitlenmektedir. -Heliks yapsnda bulunan her peptit ba bu tip hidrojen ba oluumuna katlr ve oluan tm hidrojen balar heliks yapsnn tamamna nemli dzeyde kararllk salar.

Aminoasit Dizisi -Heliksin Kararlln Etkiler

Polipeptitlerin tm kararl bir -heliks yaps oluturamaz. Aminoasitlerin yan zincirleri arasndaki etkileimler, bu yapy kararl hale getirebilecei gibi bozabilir de. Bylece be farkl tipteki kstlama heliksin kararlln etkilemektedir:

Aminoasit Dizisi -Heliksin Kararlln Etkiler

1. Ykl R gruplar olan ardk aminoasitler arasnda oluan elektrostatik itme ya da ekme kuvvetleri (rnein art arda gelen negatif ykl Glu rezidlerinin yan gruplar birbirini iteceinden -heliks yaps bozulur). 2. Bitiik R gruplarnn hacmi (Asn, Ser, Thr ve Leu aminoasitleri hacimlerine bal olarak zincirde birbirlerine yakn olduklarnda yapy bozarlar). 3. veya drt aminoasit aralkla yerlemi aminoasitlerin yan zincirleri arasnda ki etkileimler (negatif ykl bir aminoasit ile pozitif ykl bir aminoasit genelde birbirlerinden aminoasit uzakta bulunur ve bu etkileim yapy stabilize eder. Benzer ekilde iki aromatik aminoasit de hidrofobik etkileimler nedeniyle sklkla benzer aralkta bulunur). 4. Pro ve Gly aminoasitlerinin varl (Pro yan zinciri amino grubu ile kat halkasal yapdadr ve amino grubu heliks yapy stabilize edecek He sahip deildir). 5. Heliksin her iki ucunda bulunan ve dier aminoasit rezidleri ile H ba yapmam olan aminoasitler arasndaki etkileim (Negatif ykl aminoasitler genelde amino uta, pozitif ykl olanlar karboksil uta yer alarak heliks yapsn kararl hale getirirler).

 Kas ile ilikili, kalsiyum balayc bir protein olan troponin C proteininin, -heliks ksmnda bulunan Asp100 ve Arg103 R gruplar arasndaki iyonik etkileim

-Konformasyonu Polipeptit Zincirini

Tabakalar eklinde Dzenler

-Konformasyonundaki polipeptit zincirinin iskeleti heliks yapsndan ziyade zig zag yapsnda bulunmaktadr. Zig zag eklindeki polipeptit zincirleri, bir seri pliseye benzer bir yap oluturacak ekilde, yan yana gelerek dzenlenebilir. -Tabaka denilen bu dzen iinde hidrojen balar birbirine yakn zincir ksmlar arasnda oluur. Komu aminoasitlerin R gruplar zt ynde, zig zag yapsndan dar doru knt yaparlar.

-Konformasyonu Polipeptit Zincirini

Tabakalar eklinde Dzenler

-Tabakada bulunan bitiik polipeptit zincirleri birbiriyle ya paralel ya da antiparalel konumda bulunabilirler (amino ve karboksil ular ayn veya zt ynde olabilir).

Fibrz Proteinler Yapsal Bir lev iin Uyarlanmtr

Fibrz proteinler bulunduklar yapya g ve esneklik katarlar ve temel yapsal birimleri sekonder yapnn tekrarlayan basit bir esidir. Fibrz proteinlerin tm suda znmezler, bu zellik, proteinin hem i hem de yzeyinde yksek deriimlerde hidrofobik aminoasit rezidleri bulunmasndan kaynaklanr.

-Keratin
-Keratinler kuvvet veya g salama amacyla gelimitir. Memelilerde bulunan bu proteinler ektodermal hcrelerin znmeyen proteinleridir ve ektoderm trevi olan hemen tm sa, yn, trnak, ku penesi ve ty, boynuz, toynak ve derinin d tabakasnn kuru arlnn ounu oluturur. -Keratin heliksi sa el dnldr. Paralel konumda bulunan (amino terminal u ayn ynde) iki zincir birbirlerinin etrafnda sarlarak gl bir halat yaps oluturur (spersarmal). Sper-sarmal heliksin dn yn -heliksin aksine sol-el dntr. ki heliksin birbirine dedii yzeyler hidrofobik aminoasit rezidlerinden oluur, bunlar birbirleri iine girerek zincirleri kenetler ve yap daha da salamlar. Bu proteinler ayrca sistin rezidsnce zengindirler ve ok sayda apraz dislfid ba tarlar.

Bir Biyomhendislik rnei: Perma

Sa nemli scaa brakldnda gerilebilir veya uzayabilir. Molekler dzeyde, -keratin yapsndaki -heliksler tamamen uzayarak, -konformasyonunu alncaya kadar gerilir, souyunca tekrar eski haline dnerler. ok sayda dislfit ba ieren keratinlerin uzayp ksalma srelerinde dislfit balarn srayla indirgeyen ve ykseltgeyen maddeler verilirse, yeniden eski hale dnme srasnda oluacak dislfit balar farkl blgelerde olaca iin sa dalgal bir ekle dnr.

Kollajen
-Keratinler gibi kollajen de dayanklln artmasn salayan yaplardr. Kollajen tendon, kkrdak, kemiin organik matriksi ve gz korneas gibi ba dokularnda bulunur. Kollajen heliksi -heliksden olduka farkl kendine zgn bir sekonder yapdr. Sol-el dnldr, her dn aminoasit rezids ierir. Kollajen ayn zamanda helezonik sarmald: zinciri olarak adlandrlan ayr polipeptit zinciri birbiri zerine sarlarak sperheliks oluturur. Sperheliks ise sa-el dnldr.

Kollajen
%35 Gly, %11 Ala ve %21 orannda Pro ve HyPro (Hidroksiprolin, standart bir aminoasit deildir) ierir. Aminoasit dizilimi genelde tekrarlayan bir tripeptit altbirimidir ve Gly-X-Pro veya Gly-X-HyPro eklinde bir dizilim grlr, arada bulunan X herhangi bir aminoasit olabilir. Kollajenin l heliksindeki -zincirlerinin skca sarlmas, kollajene eit boyuttaki bir elik telden daha fazla gerilme kuvveti salar. nsanlar yalanrken ba dokusunun sert ve krlgan karakterlerinin artmas kollajen liflerinde kovalent apraz balarn birikiminden kaynaklanr. Osteogenesis imperfecta (bebeklerde anormal kemik yaplanmas) ve Ehlers-Danlos Sendromu (bir eit eklem kayb) gibi kaltsal hastalklarda zincirdeki Gly rezidleri yerine Cys ya da Ser gibi daha byk aminoasitlerin girmesi kollajenin esiz yapsn bozar ve genellikle lmle sonulanr.

pek Fibroini
pek proteini olan fibroin, bcekler ve rmcekler tarafndan retilmektedir. Polipeptit zinciri arlkl olarak -konformasyonundadr. Ala ve Gly rezidlerince zengindir. Tm yap, her bir -tabakay oluturan polipeptit zincirinin peptit balar arasndaki hidrojen balar ve tabakalar arasndaki van der Waals etkileimleriyle kararl hale getirilmektedir. pein gerilme zellii yoktur; nk yapsndaki -konformasyon zaten ok uzam durumdadr. Bununla birlikte esnektir, nk tabakalar arasnda kuvvetli kovalent balar yerine ok sayda zayf etkileimler bulunmaktadr.

 Bir rmcek iplik memeciinden kan fibroin tellerinin (mavi) renkli elektron mikrografisi

Yapsal Farkllklar Globler Proteinlerdeki

levsel Farkllklar Salar

Globler bir proteinde polipeptit zincirinin farkl blmleri ya da bir ok polipeptit zinciri birbiri zerine katlanr ve tersiyer yap meydana gelir. Katlanma polipeptitleri primer ve sekonder konformasyonlarna gre daha ksa ve youn bir ekle sokar. Ayn zamanda proteinlerin ilevlerini yerine getirebilmelerini salayan yaplarn kazandrr. Globler proteinler; enzimleri, transport proteinlerini, motor proteinleri, reglatr proteinleri, immunoglobulinleri ve i yapan dier proteinleri kapsamaktadr.

Yapsal Farkllklar Globler Proteinlerdeki

levsel Farkllklar Salar

Tersiyer yapda konformasyonlar st ste katlanarak veya yumak eklinde sarlarak molekl iinde pek az boluk kalacak ekilde kresel veya elipsoidal bir yap kazanr. Tersiyer yapda bulunan farkl ileve sahip proteinler farkl aminoasit dizilimlerine ve farkl oranlarda sekonder yaplara sahiptirler. Buna karn ortak ynleri de bulunmaktadr: Her biri skca katlanmtr ve her birinde hidrofobik aminoasitlerin yan zincirleri i ksma ynelmiken, hidrofilik yan zincirler d yzeyde yer almaktadr.

Tersiyer Yapy Oluturan Gler

-heliks ve tabakalamasnda olduu gibi peptit gruplar arasndaki H balar, R gruplar arasndaki H balar, Non-polar R gruplar arasndaki hidrofobik etkileimler, (+) ve (-) ykl R gruplar arasndaki iyonik balar: Aspartat ve glutamatn R gruplarndaki COO- ve lizinin R grubundaki NH3+ gibi. Bunlardan en nemlisi R gruplar arasndaki etkilerdir.

Tersiyer Yaps yi Bilinen Proteinler

Miyoglobin
Globler proteinlerin boyutlu yapsnn anlalmasn salayan ilk proteindir. Nispeten kk (16700 Dalton) ve kas hcrelerinde oksijen-balayc bir proteindir. levi hem oksijen depolamak hem de hzl kaslan kas dokusuna oksijen difzyonunu kolaylatmaktr. Miyoglobin, dizilimi belirlenmi olan 153 aminoasit rezidsne sahip tek bir polipeptit zinciri ve bir demir protoporfirin veya hem grubundan olumaktadr. Hem grubu hemoglobinde de bulunmaktadr ve bu proteinlerin koyu kahve-krmz renklerinden sorumludur.

 Demir protoporifirin (Hem). Miyoglobin, hemoglobin ve sitokrom c gibi bir ok proteinde bulunmaktadr.

Miyoglobin
Miyoglobin zellikle yunus, balina ve fok gibi su altnda yaayan memelilerin kas dokularnda bol miktarda bulunur ve bu hayvanlarn kas dokular miyoglobince zengin olduu iin kahve renklidir. Kas miyoglobini tarafndan oksijenin depolanmas ve difzyonu bu hayvanlarn uzun sre su altnda kalmalarna olanak tanr.

Miyoglobin
Hem grubunu evreleyen ve 153 aminoasit rezidsnden oluan protein iskeleti -kvrlmalarla kesikli yaplar gsteren sekiz adet ksmen dze heliks ksmlarndan olumaktadr. Hidrofobik R gruplarnn ou suyun etkisinden saklanarak miyoglobin moleklnn i ksmnda yer alr. Hem grubu molekln bu ksmndaki bir cepte bulunur ve oksijenin zc ortam ile etkileip kaybedilmesi engellenir. Miyoglobin molekl o kadar sk paketlenmitir ki, i ksmndaki odaca yalnzca drt su molekl sabilir. Bu youn hidrofobik merkez globler proteinlerin tipik bir zelliidir.

Sitokrom c
Sitokrom c solunum zincirinin bir bileenidir. Miyoglobine benzer ekilde sitokrom c de bir hem proteinidir. Yaklak 100 aminoasit rezids ieren tek bir polipeptit zinciri (12400 Dalton) ve tek bir hem grubu ierir. Miyoglobine oranla daha dk oranda -heliks konformasyonu tar.

Lizozim
Baz bakteri ailelerinin koruyucu hcre duvarnda bulunan polisakkaritlerin (N-asetilmuramik asidin 1nolu karbonu ile N-asetil-D-glukozaminin 4 nolu karbonu arasndaki glikozidik ba paralar) hidrolitik ykmn katalizleyen bir enzimdir. nsan gzya ve yumurta aknda bol miktarda bulunur ve bakterilere kar koruyucu zellik salar. Molekl arl 14600 Dalton olan proteinde sitokrom cde olduu gibi 129 aminoasidin %40 -heliks yapsnda bulunur, ayn zamanda bir miktar -tabakalanmas da yer alr. Heliks yapsnn yer ald aktif merkez, substrat polisakkarit yapsna uyumluluk gsterir.

Ribonkleaz
Molekl arl 13700 Dalton olan bir baka kk globler proteindir. Pankreastan ince barsaa salnan, besinlerde bulunan ribonkleik asitlerin belirli balarnn hidrolizlerini katalizleyen enzimdir. 124 aminoasitlik polipeptit zincirinin ok az bir ksm heliks konformasyonunda iken, -konformasyona sahip pek ok blge iermektedir.

Kuaterner Yap
Birok protein ok sayda polipeptit alt birimine sahiptir. Bir araya gelen polipeptit zincirleri ok eitli ilevleri yerine getirebilir. Bir ok oklu-altbirimli proteinler dzenleyici rollere sahiptir. Substrat ya da ligand denilen kk molekllerin balanmas altbirimlerin etkileimini deitirir ve protein aktivite gsterir. Bamsz altbirimler, katalizleme ve dzenleme gibi bamsz fakat ilikili ilevleri stlenebilir. Oligomer iindeki farkl zincirler nonkovalent inter-molekler glerle bir arada tutulurlar. R gruplarnn ou ykl olduu iin altbirimlerin yzeyi (+) veya (-) yk tar ve elektrostatik glerle bir arada tutulurlar. Kovalent dislfit balar da ierebilirler. zeltilerde bir tek molekl gibi davranrlar.

Drt protomerden oluan deoksihemoglobin (her altbirimde krmz ile gsterilen birer hem grubu vardr).

 Ttn Mozaik Virs kapsid proteini 2130 zde altbirimden olumu heliks yapsndadr. Bu silindirik yap viral RNAnn etrafnda bir klf oluturur.

ProteinYapsnn Bozulmas lev Kaybyla Sonulanr

Protein yaplar belirli hcresel artlar altnda ilev grmek zere evrim geirir. Hcredeki ortam artlarndan farkl artlar protein yapsnda kk ya da byk oranda deiime neden olur. lev kaybnn olumas ile yeterli olan -boyutlu yapdaki deiiklik, denatrasyon olarak adlandrlmaktadr. Proteinin denatre olmas iin katlanmalarnn ya da konformasyonunun tamamen bozulmas gerekli deildir. ou durumda denatre proteinler ksmen katlanm hallerde bulunurlar.

ProteinYapsnn Bozulmas lev Kaybyla Sonulanr

ou protein, yaplarndaki zayf etkileimleri (zellikle hidrojen balarn) etkileyen s ile denatre edilebilir. Scaklk yannda ar pH deiimleriyle, alkol veya aseton gibi baz organik zclerle, re veya guanidin hidroklorr gibi katlar veya deterjanlarla da denatre edilebilir. Bu denatre edici ajanlarn byk ksm polipeptit zincirindeki kovalent balar krmazlar; fakat organik zcler, re ve deterjanlar globler proteinlerin merkezinde yerleik hidrofobik etkileimleri deitirirler. Ar pH deiimi ise molekln net ykn deitirir ve baz hidrojen balarnn krlmasna yol aar.

Renatrasyon
Globler proteinlerde aminoasit dizilimi tersiyer yapy belirlemektedir. Buna kant olarak baz proteinlerin denatrasyonunun geri dnml olmas verilebilir. Scaklk ya da ar pH deiimi gibi denatre edici etkilerle denatre edilmi baz proteinler, dola konformasyonlarn kazandklar artlara konulduklarnda yeniden eski hallerine dnmektedirler, bu olaya renatrasyon denir.

Renatrasyon
Klasik bir rnek ribonkleazn denatrasyonu ve renatrasyonudur. Saflatrlm ribonkleaz indirgeyici bir madde ve re eliinde denatre edilebilir. lem srasnda indirgeyici madde yapdaki dislfit balarn krarken, re hidrofobik etkileimleri bozar. Bylece drt dislfid ban oluturan sekiz Cys rezids serbest hale geer. ndirgeyici madde ve renin uzaklamasndan sonra zayf ba etkileimleri ile bir araya gelen aminoasit rezidleri serbest haldeki Cys rezidlerinin yeniden eski ei ile karlkl denk gelmesine neden olur ve molekl eski konformasyonuna kavuur.

Yeni Sentez Edilen Proteinin Boyutlu

Yapsnn Olumas (Katlanma)

Canl hcrelerdeki proteinler aminoasitlerinden byk bir hzla retilir. rnein, E. Coli hcreleri, 100 aminoasit ieren biyolojik olarak aktif bir protein moleklnn yapmn 37Cde yaklak 5 saniyede tamamlar. Byle bir polipeptit zincirinin ilev gren konformasyonuna ulamas iin deneme-yanlma ynteminin sonucu yaklak 1077 yl alrd. Peki 5 saniyede nasl ilev gren doal konformasyonuna ulamaktadr? Bunun iin birka akla yakn model gelitirilmitir.

Yeni Sentez Edilen Proteinin Boyutlu

Yapsnn Olumas (Katlanma)

Birinci modelde, katlanma srecinde bir hiyerari sz konusudur. Zincirde blgesel olarak sekonder yaplar meydana gelir. Baz aminoasitler komu aminoasitlerin R gruplar ile etkileimlerinden tr zorunlu olarak -heliks ya da -tabakalar eklinde katlanrlar. Yerel olarak meydana gelen bu yaplar daha sonra bir arada proteinin son halini olutururlar.

Yeni Sentez Edilen Proteinin Boyutlu

Yapsnn Olumas (Katlanma)

Bir dier modelde katlanma, polipeptidin hidrofobik rezidleri arasndaki hidrofobik etkileimlerin etkisiyle kendiliinden, sk bir yap oluturacak ekilde kapanmas veya katlanmasyla balar. Bu hidrofobik katlanma sekonder yapnn tmne sahip olabilir. Bir ok protein her iki modelin zelliklerini ieren bir sre ile katlanabilir.

Baz Proteinler Yardml Katlanma Geirir

Proteinlerin tm hcrede sentezlendikten sonra kendiliinden katlanma srecine girmez. Pek ok proteinler iin katlanma, zellemi proteinlerin etkisiyle kolaylatrlr. Molekler aperonlar ksmen katlanm veya uygun ekilde katlanmam polipeptitlerle etkileime girerek onlarn doru konformasyonlarna katlanmasn salayan proteinlerdir. Bunlar ya doru katlanma iin gereken metabolik sreci hzlandrrlar ya da doru katlanma iin gereken mikro-ortam olutururlar. ok iyi bilinen iki snf vardr. Her ikisi de bakterilerden insanlara kadar farkl organizmalarda dalm gsterir.

Baz Proteinler Yardml Katlanma Geirir

Birinci snf oluturan Hsp70 (heat shock protein, 70 kDa olmasndan dolay) protein ailesinin molekl arl 70000 Daltona yakndr ve yksek scakl etkisindeki hcrelerde miktar artar. Hsp70 katlanmam proteinin hidrofobik aminoasitlerce zengin blgesine balanarak, uygunsuz agregasyonu engeller. Bylece aperonlar, syla denatre olmu proteinleri ve sentezlenen polipeptitleri (hala katlanmam olan) korur. Hsp70 proteinleri ayn zamanda, zardan kana kadar katlanmam halde kalmas gereken proteinlerin katlanmalarn inhibe eder. E. colideki karlklar DnaK ve DnaJ proteinleridir ve ilemleri srasnda ATP kullanlr.

Baz Proteinler Yardml Katlanma Geirir

aperonlarn ikinci snf aperoninler olarak adlandrlr. Bu proteinleri kendiliinden katlanmayan birka hcresel proteinin katlanmas iin gereken karmak protein kompleksleridir. E. colide normal artlar altnda, katlanma iin hcresel proteinlerin %10-%15i GroEL/GroES olarak adlandrlan aperonin sistemine gereksinim gsterirken, s stresi durumunda bu gereksinim %30a kmaktadr.bu proteinler ilk kez, baz bakterilerin bymesi iin gerekli olduklarnn kefedilmesiyle tannmlardr (growth = byme).

 Krmz-mavi GroEL kompleksi iki heptamerik halkadan olumutur. Sar GroES kapa. Boyuna kesitte dier proteinlerin baland geni i boluk grlmektedir.

Baz Proteinler Yardml Katlanma Geirir

Baz proteinlerin katlanmasn salayan metabolik srete, izomerleme tepkimelerini katalizleyen iki enzim yer almaktadr. Protein dislfit izomeraz (PDI) dislfit balarnn doal konformasyon oluuncaya kadar deiimini veya bir yerden bir dier yere aktarlmasn katalizleyen ve olduka yaygn bulunan enzimlerdir. Peptit prolil cis-trans izomeraz (PPI) prolin ieren peptit balarnn cis ve trans dnmn katalizler (Sekonder yapdaki proteinlerin kendi zerlerine katlanrken oluturduklar ve -kvrlmalar denen blgelerde prolin ieren peptit balarnn cis-trans dnm sz konusudur).

Yanl Katlanmayla lm: Prion Hastalklar

Memelilerde grlen nadir dejeneratif beyin hastalklarnn nedeni olarak yanl katlanm bir protein gsterilmektedir. Bu hastalklardan en bilineni deli dana hastaldr. Benzer dier hastalklar , insanda kuru ve Creutzfeldt-Jakob ve koyunlarda uyuzdur. Bu hastalklara sngersi ensefelopatiler de denilir; nk beyin sklkla gzenekli bir yapya dnr.

Yanl Katlanmayla lm: Prion Hastalklar

Hastala yol aan ajan molekl arl 28000 Dalton olan bir proteindir. Aslnda tm memeli beyinlerinin normal bir bileenidir ve ilevi bilinmemektedir. Hastaln oluumu bu proteinin yanl katlanmas ile balar. Yanl katlanma dier proteinlerin zincirleme ekilde yanl katlanp agregat oluturmalarna ve kelmelerine neden olur.

Proteinin -Boyutlu Yapsn Belirleme Yntemleri

Proteinlerin etkileimlerini ve enzimlerin nasl altklarn anlamak iin -boyutlu (3-D) yaplarnn atomik zmlemesinin bilinmesi gerekir. En eski teknik elektron mikroskopisidir, zellikle saf protein rneklerinin ar dondurulmas (super-freezing) ile uygulanan cryo-EMdir.

Proteinin -Boyutlu Yapsn Belirleme Yntemleri

Protein moleklnn 3 boyutlu yapsn belirlemede en ok kullanlan (%80 zerinde) X-In Kristallografisi yntemidir, protein kristali X-In bombardmanna tutulur, n salma (krnm) ekillerinden molekln 3 boyutlu koordinatlar belirlenir. ok zaman alan ve pahal bir yntemdir. Bu yntemi uygulamak iin ncelikle proteinin kristallendirilmesi gerekir. X-n krnm verisini almak iin tek bir protein kristaline bir X-n demeti gnderilir, krlan X-n bir film zerinde belirlenir. X-nlar kristalin molekllerindeki elektronlar tarafndan krnma uratlr, sonuta molekln elektron bulutunun 3-D grnts karlr (elektron younluk haritas). Lekelerin yer ve younluundan molekln iki boyutlu yaps kartlr. Daha sonra bu haritaya uyacak olan protein modeli oluturulur. nceden belirlenmi olan aminoasit verisi bu elektron younluk haritasna yerletirilir.

Proteinin -Boyutlu Yapsn Belirleme Yntemleri

Nkleer Manyetik Rezonans (NMR) yntemi protein yapsn zelti iinde belirler, kristal haldeki proteinlerin allmasn salayan X-n kristallografisi yntemine gre daha avantajldr. Hidrojen gibi bir ok elementin manyetik izotoplarnn elektronlar ve ekirdekleri spin (dnme) denen bir zellik gsterirler. NMR aktif olan bir molekl, manyetik bir alanda deilse spinler her yndedir ve aralarnda bir enerji fark yoktur. Bu ykl atomik partikller bir manyetik alan uygulandnda kk mknatslar gibi davranrlar ve manyetik alan dorultusunda veya tersine (genellikle alan ynnde) ynlenirler, bu durum ynelimler arasnda bir enerji fark yaratr. Uygulanan manyetik alan yerin manyetik alanndan yz binlerce kez gldr. NMR, manyetik bir atom ekirdeinin bir manyetik alan iindeyken kendisini evreleyen ortam ile ilikilerini belirler, bu nedenle zelti iinde proteinin (zellikle, substrat ile ilikide olan enzimlerin) konformasyon deiimlerinin belirlenmesinde nemlidir.

 a) Deniz solucan kanndan elde edilen globinin NMR spektrumu b) Proteinin zelti iindeki olas boyutlu yaplar