HEM 111 Biyokimya Seyhun YURDUGL

Ders 4 DNA ve zellikleri

Dersin ieri i
Nkleozit ve Nkleotidler Sentetik nkleotid benzerleri(analoglar ) Polinkleotidler DNAn n s sal(termal) zellikleri Elektroforez yntemi

Giri
Nkleotidler: hcredeki en nemli metabolitlerden birisidir. Birincil monomerik ana nkleik asitler RNA ve DNA olarak kar m za kar.

Hcrenin di er grevleri iin gereklidir.

Bu grevler aras nda:

1. gelecekte fosfat aktar m tepkimelerinde enerji kayna olarak kullan lmak. Bu tepkimeler ATPnin yer ald tepkimelerdir. 2. Baz nemli koenzimler: NAD+, NADP+, FAD ve koenzim A.

NAD (Nikotinamid adenin dinkleotid)

Bu grevler aras nda:

3.ok say da hcresel nemli i levi yrtmek bulunur: r. kincil elilik (second messenger) grevini sinir sisteminde ileterek sa lamak. Ba l ca ikincil elilik : Halkasal AMP (cAMP), halkal bir AMP trevi olup ATPden olu ur. 4. ok say da enzimatik tepkimenin kontroln enzim aktivitesi zerinde sa lamak.

Bu grevler aras nda:

5. o u biyosentez tepkimesinde aktive edilmi ara bile ik grevi stlenmek: r. S-adenozilmetiyonin (S-AdoMet) metil aktar m tepkimeleri, eker ieren nkleotidleri iermektedir: glikojen ve glikoprotein sentezinde yer al r.

Nkleozid ve nkleotid yap lar ve isimlendirme

ok e itli halkasal (Heterosiklik) ve yksek olarak bazik bile ik yap s ndad r. Prin ve pirimidin.

Prin

Pirimidin

Yap lar
Kimyasal olarak baz olmas nkleotid yap s olarak da "baz kavram geli tirilmi tir. Nkleotid yap larda bu bazlar DNA ve RNA yap lar n belirler.

Yap lar
Hcrelerde: Be ana baz bulunur. Prin trevleri: adenin ve guanin, Pirimidin trevleri: Timin, Sitozin ve Urasil. Bu be baz iin genel k saltmalar A, G, T, C ve U eklindedir.

Baz Formlleri - Baz omurgalar nda X=H (hidrojen yerine geer ise)

Timin, T Sitozin, C

Urasil, U

Adenin, A

Guanin, G

Nkleozid trleri
X e er riboz veya deoksiriboz ise Sitidin ridin Timidin Adenozin Guanozin

Nkleotid formlar
X=riboz fosfat Sitidin monofosfat (CMP) ridin monofosfat (UMP) Timidin monofosfat (TMP) Adenozin monofosfat (AMP) Guanozin monofosfat (GMP)

Nkleozitler
Prin ve pirimidin bazlar hcrelerde: Karbonhidratlara ba l olup bu haliyle: Nkleozidler olarak adland r l r. Nkleozidler D-riboza veya 2'-deoksi-D-riboza ba l haldedir; Bu ba -N-glikozidik ba ile sa lan r: Ribozun anomerik karbonu ile, N9 prini ile N1 pirimidini aras nda sa lan r.

Nkleotidler
Bu baz : ki farkl konumda N-glikozidik ba da bulunur. Bu konformasyonlar : Sin ve anti olarak tan mlan r. Anti konformasyonu do al olarak olu an nkleotidlerde bulunur.

Sin ve Anti konformasyonlar

sin-Adenozin

anti-Adenozin

Nkleotidler
Hcrede birincil olarak fosforile halde bulunur. Fosforilasyonun hcrede gerekle ti i yer: hidroksil grubunun riboz ekerin 5'karbonuna ba land yerdir.

Nkleotidler
Nkleotidlerdeki riboz ekerlerde bulunan karbon atomlar : s (') i areti ile gsterilerek bazlardaki omurgalardan farkl tan mlan r. Nkleotidler mono-, di-, veya tri-fosforile halde bulunmaktad r.

Nkleotidler
Farkl k saltmalar verilerek kolay tan mlanmalar sa lanm t r, Bu ekilde nkleotidlerde fosforilasyonda kolay tan mlan r. Monofosforile hale bir rnek: adenozin (adenozin-5'-monofosfat): AMP olarak yaz l r.

Nkleotidler
kili(di-) ve l(tri-) fosforile formlar: ADP ve ATP olarak s ras yla yaz l r. Bu k saltmalar unu vurgulamaktad r: Nkleotid 5'-fosforile haldedir.

Nkleotidler
Nkleotidlerdeki ikili(di-) ve l(tri) fosfatlar: asit anhidrit ba lar ile ba lan r. Asit anhidrit ba lar : Di er molekllere yksek potansiyelde fosfat aktar m nda grev yapar. Bu zelli e gre: nkleotidler hcredeki grup aktar m tepkimelerinde yer al r.

Nkleotidler
DNAdaki nkleotidler: RNAdan farkl olarak u zelli e sahiptir; Riboz eker 2'-deoksi halindedir ve nkleotidlerin k saltmas : d- tasar m (d-dizayn ) eklindedir. Adenozinin monofosforile hali DNAda deoksiadenozin-5'-monofosfat olarak bulunur ve dAMP olarak yaz l r.

Nkleotidler
ridin nkleotidi : DNAda hibir zaman bulunmaz ve timin ise DNAda fazlas yla bulunur. Timin: tRNAlarda biraz bulunur iken rRNA ve mRNAlarda bulunmaz. DNA ve RNAlarda baz nadir bazlar bulunmaktad r.

Nkleotidler
DNAdaki ba l ca de i mi (modifiye) baz 5-metilsitozindir. ok say da modifiye baz tRNAlarda bulunur. o u de i mi nkleotidler: DNA ve RNAn n d nda farkl ekilde grev al rlar; Bunlar nemli biyolojik grevler stlenirler.

Adenozin trevleri
En bilinen adenozin trevi halkasal olan, 3'-5'-halkal (siklik) adenozin monofosfat, cAMPdir. Bu bile ik ok gl bir ikinci elidir(second messenger) , Grevi hcre yzeyinden ierideki proteinlere sinyal iletimini sa lamakt r, r. cAMP-ba l protein kinaz(PKA)

Adenozin trevleri
5Halkal (siklik) formda GMP (cGMP) : hcrelerde ikincil eli molekl olarak grev yapar. 5o u durumda grevi cAMPnin etkilerini antagonize(negatif ynde etki) etmektir.

Adenozin trevleri
En nemli cGMP sinyal dn m(transdksiyon) basama : gzde k alg lama(fotoresepsiyon). Bu durumda rodopsinin(pigment) aktivasyonu (gzdeki ubuk hcrelerinde); veya di er opsin pigmentlerinde (koni hcrelerinde); bir k fotonunun emilimi yard m ile; 11-cis-retinalin kovalent olarak rodopsin ve opsinler ile ba lanmas ile olur.

Adenozin trevleri
Bu ba lanma durumu transdusin pigmetini aktive eder. Bylece bu aktivasyon cGMPye zgn fosfodiesteraz n: cGMPnin GMPye hidrolizine olanak tan r.

Sentetik nkleotid analoglar

o u nkleotid benzerleri(analogu): Kimyasal olarak sentezlenir ve iyile tirici(teraptik) potansiyel madde olarak kullan l r. Nkleotid benzerleri(analoglar ): baz tepkimelerde zgn enzimatik aktiviteyi inhibe etmek(durdurmak) iin kullan labilir.

Sentetik nkleotid analoglar

Bu analoglar n byk o unlu u anti-tmr maddeleri olarak kullan l r: nk DNAn n sentezi ile ba lant kurup sentezi etkiler. Bununla beraber h zl byyen tmr hcrelerini ldrr.

Sentetik nkleotid analoglar

Kemoterapide ok yayg n olarak kullan lan baz nkleotid analoglar : 6-merkaptoprin, 5-florourasil, 5-iyodo-2'-deoksiridin 6-tiyoguanin.

Sentetik nkleotid analoglar

Bu bile iklerin her birisi: DNAda normal e leme(replikasyon) i levini bozar. Bu bozma do ru Watson-Crick baz-payla m ile etkile erek olur.

Sentetik nkleotid analoglar

Nkleotid analoglar ayr ca antiviral maddeler olarak kullan l rlar. Baz analoglar HIV replikasyonunu olumsuz ynde etkiler : r. AZT (azidotimidin) ddI (dideoksiinozin).

Sentetik nkleotid analoglar

Baz prin analoglar : Gut hastal n n tedavisinde kullan l r; r. En yayg n olan : allopurinol; Hipoksantin ad verilen baza benzemektedir. Allopurinol ksantin oksidaz aktivitesini inhibe eder, Bu enzim de novo prin biyosentezinde yer al r.

Sentetik nkleotid analoglar

Ek olarak, baz nkleotid analoglar : organ aktar mlar (transplantasyonlar )nda; ba kl k sistemini(immn sistemi) bask lamak iin kullan l r. Ayn zamanda aktar lan organ n aktar ld hastan n organ kabul etmeme durumunu azalt r.

oklu nkleotidler: Polinkleotidler

ki veya daha ok nkleotidin kondensasyonu(kayna mas )ile olu ur. Kondensasyon bir nkleotidin 5'-fosfat alkol ile; ikincisinin 3'-hidroksili aras nda, Suyun ayr lmas (eliminasyonu) ile gerekle en fosfodiester ba yolu ile yap l r.

oklu nkleotidler: Polinkleotidler

DNA ve RNAdaki fosfodiester ba lar : sarmal yap n n ynn saptar. DNA ve RNAn n birincil(primer)yap s do rusal(lineer) dizilimini gsterir: Bu yn 5' ----> 3' ynndedir.

oklu nkleotidler: Polinkleotidler

DNA veya RNA yap s n n yayg n gsterimi: Nkleotid dizilimi soldan sa a 5' -----> 3' ynnde ilerlemektedir: r. 5'-pGpApTpC-3'

DNAn n yap s
X- n k r n m bilgisi, DNA kristallerinden elde edilmektedir, James Watson ve Francis Crick bunun ile ilgili olarak DNA yap s modeli ne srm lerdir.

DNAn n yap s
Bu modele gre DNA: ki adet e de er antiparallel sarmal(helikal) zincirden olu maktad r, Bunlar birbirine sa ynde ba lanm t r, ayr ca kararl l (stabilizasyonu) kom u zincirlerdeki bazlar aras ndaki H-ba lar sa lamaktad r.

DNAn n yap s
Watson-Crickin nerdi i modelde, bazlar sarmal n iinde 90 dereceye yak n a yla sarmal eksenine yak n durmaktad r. Prin bazlar pirimidinler ile hidrojen ba lar yapmaktad r.

DNAn n yap s
Deneysel al malara gre, herhangi bir DNA moleklnde, Adenin deri imi (A), timin deri imine e ittir. (T)

DNAn n yap s
Ayr ca sitidin deri imi(C) guanin deri imine e ittir (G). Buradan An n sadece T ile ve Cnin G ile baz ifti olu turmas beklenir.

DNAn n yap s
Watson-Crick baz e le mesi olarak a klanan bu duruma gre, Guanin-Sitozin e le mesi adet H-ba ierirken, A-T e le mesi iki adet H-ba ierir. Buna gre G-C baz iftleri A-T baz iftlerine gre daha kararl d r.

A-T Baz ifti

G-C Baz ifti

DNAn n yap s
Sarmal n antiparallel do as : Ba ms z dizilimden kken almaktad r. Sarmaldaki herhangi bir sabit noktadan, Bir zincir 5' ---> 3ynnde hareket eder iken Di eri ise 3' ---> 5 ynnde hareket etmektedir.

DNAn n yap s
D yzeyinde, ikili sarmal olarak adland r lan DNA iki adet olu a sahiptir: Bu oluklar riboz-fosfat zincirleri aras ndad r. Boyutlar e it olmay p, byk(majr) ve kk(minor) oluk olarak adland r l rlar.

DNAn n yap s
Buradaki boyut fark asimetriden ve deoksiriboz halkalardan ve sarmal n st blgesindeki bir baz iftinin, alt blgeye gre farkl l ndan kaynaklanmaktad r.

DNAn n yap s
DNA ikili sarmal (A-form) ok de i ik hallerde olup, bu farkl l k: baz dizisi ieri i ve kristalizasyona haz rlama s ras ndaki iyonik artlardan kaynaklanmaktad r.

DNAn n yap s
DNAn n B-formu: D k iyonik kuvvete sahip fizyolojik artlarda ve; yksek hidrasyon(su ilavesi) halinde olu ur.

DNAn n yap s
Sarmal n pCpG dinkleotidleri a s ndan zengin blgeleri: Sol el sarmal (helikal) konformasyona sahip olup Z-DNA olarak adland r l r. Bu konformasyon 180 derecelik baz da l m na sahip olup, Daha yayg n ekiller olan A- ve B-DNA ile bu zelliklere gre ayr l r.

B-DNA

Z-DNA

DNAn n s sal (termal) zellikleri

Hcreler blnd srece, DNAn n kopyalanmas (replikasyonu-e lenik olu turmas ) zorunluluk olup her yeni olu an hcre: ayn genetik malzemeye sahip olur. Bu i levin yrtIebilmesi iin: Sarmal n iki zinciri ba lang ta denatrasyon i levi ile ayr lmal d r. Bu i lev deney tpnde de yrtlebilir.

DNAn n s sal (termal) zellikleri

E er bir DNA zeltisi: yksek s cakl a tabi tutulur ise, bazlar aras ndaki H-ba lar karars z hale gelir. Burada art k sarmal n ayr lmas sz konusudur ve; bu i lev termal( s sal) denatrasyon olarak adland r l r.

DNAn n s sal (termal) zellikleri

DNAn n baz bile imi: moleklden molekle farkl l k gsterir, Ayr ca ayn molekln iinde farkl l klar gsterebilir. Sarmal n A-T baz iftlerine sahip k sm : Is sal(termal) a lardan; G-C baz iftlerine gre daha kararl d r.

DNAn n s sal (termal) zellikleri

Is sal (termal) denatrasyonda, DNA moleklnn % 50sinin ayr t noktaya eri ildi inde. Bu erime s cakl olarak tan mlan r.

DNAn n s sal (termal) zellikleri

Erime s cakl de i ken bir parametre olup; baz bile imi d nda ayr ca ba ka e itli faktrlere dayan r. Bunlar zeltinin kimyasal yap s ve; zeltideki iyonlar n deri imi ve bunlar n hangi iyonlar oldu una ba l d r.

DNAn n s sal (termal) zellikleri

Termal olarak eritilen DNA: so utuldu unda, E lenik (komplementer) zincirler tekrar do ru baz e lemelerini yapar, Bu i leve hibridizasyon (melezle tirme) ad verilir. Melezle tirme h z : ki DNA zincirinin nkleotid dizilimine ba l d r.

DNA yap s n n incelenmesi

Kromatografi tekni i: Baz protein tan mlanmas nda(karakterizasyon) kullan lan kromatografik teknikler DNA tan mlanmas nda da kullan labilir. En yayg n olarak kullan lan teknik: HPLC (yksek performans s v kromatografisidir).

Elektroforez:
Bu i lev kromatografiden biraz farkl olup: Protein incelemesinde oldu u gibi. DNA moleklnde de ayn grevi stlenir; DNA moleklleri proteinlerden daha fazla molekl a r l na sahiptir, Elektroforez burada molekler elek rol grr ve bu DNAda da kullan l r.

Elektroforez:
Ama: DNAn n jel tabiat nda bir madde zerinde ko turularak tan mlanmas d r.

Elektroforez:
DNA iin malzeme seimi: Agaroz, bir karbonhidrat polimeri olup tuzlu su yosunundan elde edilir. Mannoz ve galaktoz ortak polimeridir. Eritilip tekrar so utuldu unda: por bykl olan jel olu turur; Bu agaroz deri imine ba l d r.

Elektroforez:
DNAn n fosfat omurgas : A r eksi (negatif) ykldr, Bununla birlikte DNA elektriksel alanda ykl bir konumdad r. DNA parac klar n n boyutu: Daha sonras nda jel iindeki harekete ba l olarak belirli standard molekllerle kar la t r larak tayin edilir.

Yararlan lan kaynaklar: