VİRÜSLERİN GENEL ÖZELLİKLERİ

VE
SINIFLANDIRILMALARI
•Virüslerin ilk tanımlanmaları genellikle bu infektif ajanların
çok küçük olan partiküler yapısına dayanmaktaydı. Virüsler,
bakterilerden farklı olarak ışık mikroskobunda görülemezler
ve bakterileri alıkoyan filtrelerde tutulamazlar. Genel bir
yaklaşım olarak ekseri virüsler bakterilerden daha
küçüktürler fakat bazı virüsler, mikoplazma, riketsiya vs.
gibi en küçük bakteriler kadar büyük olabilirler. Hayvansal
virüslerin boyutları ortalama 10 nm ile 300 nm arasında
değişir. 200 nm büyüklüğünde olan poxvirüsler ışık
mikroskobu ile görülebilecek sınırlar içerisindedir.

Virüsler : 10-300 nm
Bakteriler : 1000 nm
Eritrosit : 7500 nm
Virüsler, mikroskobik, zorunlu hücre içi
parazitleridir. Virüs partikülleri önceden oluşan
komponentlerin kurulmasıyla (bir araya gelmesiyle)
oluşurlar (bölünerek çoğalan diğer hücrelerden
farklı olarak). Serbest virüs partikülleri (virionlar)
bölünemez ve kendiliklerinden çoğalamazlar.
Virüsler, protein sentezi için gerekli ribozomlar
veya metabolik enerjinin oluşumu için gerekli
sistemleri kodlayan genetik bilgiden yoksundurlar.
Yani bilinen hiçbir virüs, bütün biyolojik işlemler
(ör, makromolekül sentezi) için gerekli enerjiyi
oluşturmak için gerekli genetik ve biyokimyasal
potansiyele sahip değildir. Bunun için bu
fonksiyonların gerçekleştirilebilmesi için mutlaka
konak hücreye ihtiyaç duyarlar.
Her virüs iki safhaya sahiptir;

*uyku safhası veya hücre dışındaki

serbest partikül safhası veya
taşınabilen safha yani virion safhası
ve
*aktif safha veya hücre içi safha
yani infeksiyöz safhası.
Virion safhası; metabolik olarak inaktif ve bir virüsün
taşınabilen durumudur.
Virüsün sahip olduğu genetik materyal bir protein kılıf
ve/veya zarf ile paketlenmiş durumdadır.
Virionlarda bulunan genetik materyal tek veya çift zincirli
ya DNA veya RNA’dır.
Hiçbir durumda virionlarda DNA ve RNA birlikte bulunmaz,
yani virionlar ya RNA ya da DNA içerirler.
Viral kabuk (kapsid), ikozahedron (pek çok bakteriyal,
hayvansal ve bitkisel virüslerde görülen en yaygın yirmi
yüzlü geometrik şekil), küresel, silindirik veya şekilsiz
olabilir.
Virionlar, konak hücreye tutunma ve içine girme
yeteneğinde olmalı, konak hücre dışında
bütünlüğünü/potansiyelini korumalıdır.
Bazı virionlar diğerlerinden daha dayanıklıdırlar, ör, hepatit
virüs kısa süreli kaynamaya diğer virüslere kıyasla daha
dayanıklıdır.
Viroidler, 1960’lı yıllarda ortaya çıkarılan, belli
bazı bitki hastalıklarıyla ilişkili olan ve kapsid veya
zarf içermeyen, genellikle çubuk şekilli sekonder
yapıya sahip halkasal, küçük (200-400 nükleotid,
nt) tek zincirli RNA molekülleridir. Viroidler
bilinen en küçük virüslerin genetik
materyallerinden bile çok küçük moleküllerdir.
Viroidler, virüsler gibi çoğalma (replikasyon)
stratejileri bakımından zorunlu hücre içi
parazitleridir. Viroidlerin değişik bitki
hastalıklarına yol açan çeşitli tipleri vardır. Bunlar
içinde yapısı en ayrıntılı bir şekilde araştırılmış
olanı, patateslerde iğ şeklinde yumruların
oluşumuna neden olan PSTV dir.
Virüsoidler, (satellitler veya uydu RNA),
viroidlerden daha büyük olabilen (1000 nt, genelde
birkaç yüz nükleotid içeren) halkasal ve tek
zincirli viroid benzeri moleküllerdir. Çoğalmaları
için başka bir virüs replikasyonunun (helper virus)
gerçekleşmesine ihtiyaç duyarlar ve virüs
kapsidleri içinde paketlenerek yolcu gibi
taşınırlar. Virüsoidler, bir RNA-bağımlı RNA
polimeraz kullanarak sitoplazmada çoğalırlar.
Prionlar, nükleik asit içermeyen tek tip protein
molekülünden ibaret ve hastalık yapabilen
infeksiyöz ajanlardır.
Normal prion protein yapısı
Virüs Sınıflandırmasının Temel İlkeleri

Virion: olgun, tam bir infekte edici partikül ve virüsün konak hücre dışındaki
şekli.

Kapsid: viral nükleik asidi taşıyan protein kabuk, nükleik asidin yer almadığı
protein kabuk.

Nükleokapsid: kapsid ve viral nükleik asidin birlikte oluşturduğu yapı.

Kapsomer: elektron mikroskobu ile gözlenen, kovalent olmayan bağlar ile bir
arada tutulan ve birkaç polipeptid zincirinden ibaret olabilen, kapsidi
oluşturan morfolojik üniteler ( kapsid alt birimleri).

Zarf (envelope): nükleokapsidi saran lipoprotein ve glikoprotein yapıdaki

kılıfdır ve virüsün çoğaldığı konak hücre membranından kökenlenir.
Virüsler içerdikleri nükleik asit tipine bağlı olarak
iki ana gruba ayrılırlar. RNA içeren virüsler ve
DNA içeren virüsler. Virüsler aynı anda bu iki
nükleik asidi birlikte içermezler. Genellikle
virüsler bir adet nükleik asit molekülü içerirler,
buna rağmen bu duruma uymayan istisnalar da
vardır. Ör, influenza virüsü (grip etkeni virüs) çok
sayıda RNA molekülü içerirler ve bu tip virüslerde
genom segmentlenmiş olarak adlandırılır.
Virüslerin Büyüklüğü ve Şekli

Virionun (nükleokapsid+zarf), genel şekli kabaca küresel,

çubuk şeklinde veya ipliksi (filament şeklinde) veya mermi
şeklinde olabilir. Nükleokapsidin simetrisi kübik, heliksel
veya kompleks (simetrik olmayan) olabilir. Kübik simetriye
sahip nükleokapsidler (ör, poliovirüs, adenovirüs, herpes
virüs), 20 eşit üçgen yüzeye ve 12 köşeye sahip ikozahedral
simetrili yapılardır. Heliksel simetrideki nükleokapsidlerde
(ör, influenza (grip) ve mumps (kabakulak) virüsleri) nükleik
asit molekülü spiral bir şekle sahiptir ve kapsomerlerle
eşleşmiştir. Kompleks bir nükleokapside sahip olan virüse bir
örnek poxvirüstür.

Bir zarfa sahip virüsler zarflı, zarf içermeyen virüsler ise

zarfsız (naked, çıplak) virüsler olarak adlandırılmaktadır.
Mermi şekilli bir virüs (Rabies virüs:kuduz virüsü)
Bilinen belli başlı virüs yapısının diğer
tipleri:

•Zarfsız heliks nukleokapsidler, ör, tütün

mozaik virüsü (TMV).

•Zarfsız ikozahedral nükleokapsidler, ör,

pikornavirüs familyasının üyeleri.
Heliksel Nükleokapsidler:

Tütün mozaik virüsü (TMV)

İkozahedral Nükleokapsidler:
Herpesvirüsler, çift zincirli DNA (dsDNA) genomu içeren yaklaşık 100 nm
çapında bir ikozahedral kapsidi kuşatan zarfa sahiptir.
Basit izometrik yapı
•HIV kompleks bir virüstür. Virüs yaklaşık 9500
nükleotid içeren tek zincirli (ssRNA), iki eş +RNA
(mRNA gibi fonksiyonel) içermektedir. Bunlar genomik
bir RNA dimeri oluşturmak için birbirlerine bağlanabilir.
RNA dimeri bazik bir nükleokapsid protein (p9/6) ile
ilişkidedirler.

•Ribonükleoprotein partikülü bir kapsid proteinden (CA)

oluşan kapsidle kaplanmıştır. Kapsid, integraz, revers
transkriptaz (RT) gibi diğer viral proteinleri de içerirler.
Ayrıca RT için bir primer olarak iş gören tRNAlys3 gibi
çok sayıda hücresel kökenli diğer bileşikleri de içerirler.
Kapsid ikosahedral bir yapıya sahiptir.
HIV-1 yapısının şematik gösterimi
Virüs genomları:

Genel bir kural olarak viral RNA veya DNA

büyüklüğüne bakarak yaklaşık viral proteinler
hesap edilebilir, buna göre her 1000 baz çiftine
(bç) 1 protein karşılık gelmektedir.

Yani tipik bir gen = 1000 bç = 1 kilo bç (kbç) = 1

protein = 300-400 amino asittir.

Küçük bir virüs olan SV40 = 5000 bç = 5 kbç = 5 protein

Büyük bir virüs olan T4 fajı = 200 kbç =100-200 protein

E. coli : 4000 kbç

 Virion nükleik asidinin molekül ağırlığı viral
genom tarafından kodlanabilecek farklı polipeptid
zincirlerinin sayısını direkt olarak yansıtır.
İnfeksiyondan sonra, ortaya çıkan virion nükleik
asidi direkt olarak veya indirekt olarak protein
sentezinde iş gören hücre ribozomlarına
bağlanacak olan mRNA yı belirler. Bu mRNA
yönlendirmesi altında sentezlenen proteinler yeni
virionların yapısal bileşenlerini veya virüs
çoğalmasında kritik fonksiyonlar için gerekli olan,
yapısal olmayan proteinleri, ör., yeni virion RNA
sını kopyalayan (replike eden) bir RNA polimeraz
gibi, ortaya koyarlar.
VİRÜS SINIFLANDIRMASI

Tarihsel olarak birçok virüs sebep oldukları hastalığın adı

üzerine adlandırılmışlardır. Ör, “foot and mouth; ayak ve ağız”
hastalığına neden olan ajan foot and mouth disease virüs
(FMDV) adı ile adlandırılmıştır. Benzer şekilde, tütün mozaik
virüsü (TMV), virüsün tütün bitkilerine patojenik etkisinin
direkt bir ifadesidir. Geleneksel veya az değeri olan insan
hastalık isimleri sonuna virüs kelimesi getirilerek yapılan
adlandırmalara da çok rastlanmaktadır. Ör, “measles virüs”
(kızamık ), “mump virüs” (kabakulak), “smallpox virüs” (çiçek),
“influenza virüs” (grip) ve “rabies virüs” (kuduz) gibi. Bazen de
virüsü keşfeden kişiye göre adlandırma yapılmıştır. Ör, “Rous
sarcoma virus” (RSV). Veya virüsün keşfinin yer aldığı yere
göre adlandırma yapılmıştır. Ör, Fiji hastalığı virüsü, Semliki
Forest hastalığı virüsü veya Newcastle hastalığı virüsü gibi.
Smallpox virüsü İnfluenza virüsü
Nükleik Asitler
Virüslerden elde edilen nükleik asit ya RNA veya
DNA olabilir. Bu durumdan farklı bir istisna RNA tümör
virüsü (Lökovirüs) grubudur. Bu grupta RNA ana bileşen
ve DNA iz bileşendir. Nükleik asit çift-iplikli olabilir
(DNA virüsleri için çok görülen durum) veya tek-iplikli
olabilir (RNA virüsleri için çok görülen durum). Nükleik
asit halkasal olabilir (poliyoma ve SV40 gibi DNA
virüsleri) veya izole edilen en genel formu oluşturan
lineer düzende olabilir. Nükleik asit tek bir parçadan
(ekseri DNA virüsleri) veya birçok parçadan (influenza,
reovirüs ve lökovirüs gibi RNA virüsleri) ibaret olabilir.
Günümüzde daha yaygın virüs sınıflandırmasında, tüm
virüsler tek bir filuma yerleştirilmiş ve bu filum da
DNA ve RNA virüslerinin her biri bir sub-filum içinde
yerini almıştır. Geri kalan ordo, familyalar ve cinsler,
zarfın varlığına veya yokluğuna ve nükleoprotein
bileşenin şekline bağlanmaktadır.

Çok genel bir sınıflandırma da virüs ör, nükleik asit

tipine göre; DNA (veya RNA), kapsid simetrisine göre;
kübik, kompleks, heliksel veya şekilsiz olabilir, virionun
zarf içerip içermemesine göre (zarflı veya zarfsız),
kapsomerlerinin sayısına göre; 32, 72, 252 kapsomerli
gibi sınıflandırma prosedürü uygulanabilir.
•01. Adenoviridae
01.0.1. Mastadenovirus
01.0.1.0.001 Human adenovirus 2

•25. Filoviridae
25.0.1. Filovirus
25.0.1.0.001 Marburg virus
25.0.1.0.004 Ebola virus Zaire

•59. Prions
59.0.0.0.001 Scrapie agent
Familya Grupları (Baltimore metoduna göre)

•Grup I: dsDNA virüsleri

•Grup II: ssDNA virüsleri
•Grup III: dsRNA virüsleri
•Grup IV: (+) RNA virüsleri
•Grup V: (-) RNA virüsleri
•Grup VI: RNA revers transkript virüsleri
•Grup VII: DNA revers transkript virüsleri
•Subviral ajanlar: satallitler, viroidler ve spongiform
ensefalopati ajanları
Tek zincirli RNA (ssRNA): (+) RNA
Virüslerin Antijenik Yapısı

Bir virüs, sıcakkanlı bir organizmayı infekte ettiğinde genel olarak

iki sonuç vardır; birincisi virüs bir hücreye girer, çoğalır ve yeni virüs
partikülleri oluşturur. Bu virüsler ekseri kan dolaşımı yoluna dahil olarak
diğer hücreleri de infekte eder. İkincisi ise infekte olan organizma bu
saldırıya karşı antikorlar üreterek reaksiyon gösterirler, bu antikorlar
virüse bağlanarak virüsü inaktive eder. Antikorlar virüs partiküllerinin
yüzeylerinin bir kısmını oluşturan antijenler ile birleşirler. Virüslerin
kabuk proteinlerindeki belli amino asit dizileri veya zarflı virüslerdeki
karbonhidrat bileşenleri antijenik özelliklerden sorumlu yapılardır. Kabuk
proteinlerinin dizilerindeki çok az değişiklikler bir virüsün farklı sub-
tiplerinin ortaya çıkmasına sebep olabilirler. Genellikle bir sub-tipe karşı
üretilen antikorlar diğer sub-tiplerle etkileşime girmezler (nötralize
etmezler). Bu durum serolojik nötralizasyon testinin temelini oluşturur ve
farklı sub-tiplerin birbirinden ayrılabilmelerine olanak verir. Bu serolojik
sınıflandırma pratik görüş açısından çok büyük önem taşır, çünkü viral
hastalıkların teşhisinde kullanılan metodun temelini oluşturur. Serolojik
nötralizasyon metodu aynı zamanda herhangi bir özel virüsün
sınıflandırılmasında en kesin ve sağlam metodu oluşturur.