Enzyme

Why Are Enzymes So Important?

Why are we
devoting two whole
lecture topic to a
enzyme?

Nearly all chemical

reactions in
biological cells need
enzymes to make
the reaction occur
fast enough to
support life.

From the Virtual Cell Biology Classroom on ScienceProfOnline.com Image: Jumping rope, Meagan E. Klein
 Outline
• Composition, structure and properties
of enzyme
• How Enzymes work
• Enzyme activity
• Factors affecting enzyme activity
• Regulation of enzyme activities
• Enzymes in clinical diagnosis
 REFERENSI

Harper’s Illustrated Biochemistry.

Murray, R.K; D.K. Granner; P.A; Mayes.
V.W. Rodwell. Twenty-Seventh Edition.
International Edition. Mcgraw-Hill
Companies inc. Lange Medical
Publication
4
 PENDAHULUAN
MAKANAN DICERNA DIMETABOLISME dalam
dalam saluran sel
pencernaan
METABOLISME :
KATABOLISME
MOLEKUL YG LEBIH BESAR  MOLEKUL YG LEBIH KECIL
GLUKOSA  CO2 + H2O + ENERGI
ANABOLISME = SINTESIS
MOLEKUL YG LEBIH KECIL  MOLEKUL YG LEBIH BESAR
GLUKOSA  GLIKOGEN

ENZIM
SEL JARINGAN ORGANISME
tersusun dari molekul2

5 REAKSI KIMIA
 LETAK ENZIM DALAM SEL
- ENZIM MITOKONDRIAL :
Reaksi pengadaan energi, reaksi oksidasi yang
menghasilkan energi
- ENZIM RIBOSOMAL :
Reaksi biosintesis protein
ENZIM INTI :
Berkaitan dengan perangkat genetika
ENZIM LISOSIM :
.Berkaitan dengan proses digestif intrasellular,
.Destruksi hidrolitik bahan yang tak diperlukan sel
Enzim mikrosomal :
. Reaksi hidroksilasi dalam sintesis hormon steroid
.Metabolisme dan inaktivasi obat

6
 Definition of enzyme
•Enzymes are biological catalysts.
•A Catalyst is defined as "a substance
that increases the rate of a chemical
reaction without being itself changed in
the process.”
 Enzymes as Biological Catalysts
 Enzymes are proteins
that increase the rate of
reaction by lowering the
energy of activation
 They catalyze nearly all
the chemical reactions
taking place in the cells
of the body
 Enzymes have unique
three-dimensional
shapes that fit the shapes
of reactants
(substrates)
 Properties of enzymes (important!)

• Catalytic efficiency – high efficiency, 103 to

1017 faster than the corresponding
uncatalyzed reactions

• Specificity - high specificity, interacting with

one or a few specific substrates and
catalyzing only one type of chemical reaction.
• Mild reaction conditions- 37℃, physiological
pH, ambient atmospheric pressure
  KATALISATOR ENZIM
INORGANIK
1. H+, OH-, Pt 1. PROTEIN 
biokatalisator
2. E. aktivasi 
2. E aktivasi 
3. -
3. BEREAKSI SPESIFIK
4. - 4. TIDAK TAHAN PANAS

10
 Chemical composition of enzymes

(1) Simple protein

(2) Conjugated protein

Holoenzyme= Apoenzyme+ Cofactor

Coenzyme : loosely bound to enzyme (non-covalently bound).

Cofactor
Prosthetic group : very tightly or even covalently bound to
enzyme (covalently bound)
 kead. transisi

G tanpa katalisator

E. level
Ea
=

dgn katalisator inorg

E. bebas
Ea'
dgn enzim

Ea''
kead. awal G = Perubahan
E. bebas

kead. akhir

Perjalanan
13 reaksi
 Nomenclature
• Recommended name
•Enzymes are usually named according to the
reaction they carry out.
•To generate the name of an enzyme, the
suffix -ase is added to the name of its
substrate (e.g., lactase is the enzyme
that cleaves lactose) or the type of
reaction (e.g., DNA polymerase forms
DNA polymers).
•Systematic name (International classification)
• By the reactions they catalyze (Six
classes)
 Nomenklatur
 Umumnya nama:
 Contoh:
 Phosphofructokinase
 Acetylcholinesterase
 DNA Polymerase
 Secara Tradisional penamaan
enzim ditambahkan. “ase” Enzim pengendali glikolisis, memerlukan
 Misal : energi tubuh agar berjalan
 Proteinase (enzim) substrat
Protein
Acetylcholinesterase bekerja memecah Acetylcholine menjadi Acetate dan
Choline, enzim ini dapat dihambat insektisida maka Acetylcolie tdk pecah
akibatnya menumpuk dan menyebabkan kontrakasi otot sampai kejang
pada nyamuk  mati
 KELAS-KELAS ENZIM
ADA 6 KELAS (GOLONGAN) UTAMA :
1. OKSIDOREDUKTASE :
 MENGKATALISIS REAKSI OKSIDASI – REDUKSI.
P.U. : ENZIM2 PD. PROSES OKSIDASI BIOLOGIS

PIRUVAT + NADH + H+ Laktat dehidrogenase LAKTAT + NAD+

2. TRANSFERASE :
 MENGKATALISIS REAKSI2 PEMINDAHAN GUGUS FUNGSIONAL (BUKAN
HIDROGEN) MISAL AMINA, KARBOKSIL, METIL, ASIL DLL.
S–G + S’ S’–G + S
Mg++
-D-GLUKOSA+ATP Heksokinase -DGLUKOSA-6-P +ADP
Glukokinase
3. HIDROLASE :
 MENGKATALISIS PEMUTUSAN IKATAN KOVALEN SAMBIL MENGIKAT AIR
Contoh : Enzim - Amilase
- Lipase
- Karboksi peptidase A

17
 KELAS-KELAS ENZIM
Reaksi ––– -D-GALAKTOSIDA + H2O = suatu alkohol + D-galaktosa
4. LIASE (LYASE) :
 MENGKATALISIS REAKSI PEMBENTUKAN ATAU PEMECAHAN IKATAN RANGKAP DUA, ATAU
PEMBELAHAN LAIN YG. MENYANGKUT PENYUSUNAN KEMBALI ELEKTRON (MEMUTUS
IKATAN KOVALEN TANPA MENGIKAT AIR)
Contoh :
 ALDOLASE : KETOSA-I-P ALDOSA + DIHIDROKSI ASETON-P
 FUMARASE :
HO – CH – COOH H – C – COOH
| = || + H2 O
CH2 – COOH HOOC – C – H
MALAT FUMARAT
 PIRUVAT DEKARBOKSILASE :
O O
|| ||
– OOC – C – CH + H+ CO2 + H – C – CH3
3
PIRUVAT ASETALDEHID

18
 KELAS-KELAS ENZIM
5. ISOMERASE :
 MENGKATALISIS REAKSI ISOMERISASI.
All Trans – retinin 11 – cis – retinin

6. LIGASE :
 MENGGABUNGKAN 2 MOLEKUL, DISERTAI PEMUTUSAN IKATAN
PIROFOSFAT PD. ATP ATAU SENYAWA SEJENIS (MENGKATALISIS
PEMBENTUKAN IKATAN KOVALEN)
Mis :
~ PIRUVAT KARBOKSILASE :
O O
|| ||
– OOC – C – CH + CO ATP ADP+Pi–
3 2 OOC – C – CH2 – COO –
PIRUVAT OKSALOASETAT

19
 Klasifikasi Enzim
Dehidrogenase- Oksidasi substrat
menggunakan Kofaktors sebagai akseptor
atau donor elektron.
contoh: Piruvate dehidrogenase)
Reductase- : menambah elektrons dari
kofaktor reduksi
Contoh: enoyl ACP reduktase
Kinase- : phosphorilase substrate.
Contoh: hexokinase
Hidrolase : menggunakan air untuk
memecah Molekul.
Phosphatase : - hidrolisa ester phosphate.
Contoh: glucose-6-phosphatase.
Esterase (lipase): hidrolisa esters , sedangkan
yg bekerja pada ester lipid adalah lipase.
Contoh : lipoprotein lipase
Thioesterase : hidrolisa thioesters
Thiolase : - menggunakan thiol untuk
membantu pembentukan thioester.
Contoh: β-ketothiolase.
Isomerase :- interkonversi dari isomer.
contoh: aldose ke ketose; triose phosphate
isomerase
 How enzymes work (important!)
1) Enzymes lower a reaction’s
activation energy
 All chemical reactions have an
energy barrier, called the
activation energy, separating the
reactants and the products.
 activation energy: amount of
energy needed to disrupt stable
molecule so that reaction can take
place.
Enzymes
Lower a
Reaction’s
Activation
Energy
 What is the difference between an
enzyme and a protein?

Protein Enzymes RNA

•All enzymes are proteins except some RNAs

• not all proteins are enzymes
 AKTIVITAS ENZIM

ENZIM PROTEIN TERSUSUN DARI ASAM AMINO

ASAM AMINO DALAM LARUTAN SELALU berbentuk ion tergantung pH larutan

R - C - COOH RUMUS UMUM ASAM AMINO

I
NH2

AKTIVITAS KATALITIK ENZIM ERAT HUBUNGANNYA DENGAN

STRUKTUR ENZIM (PROTEIN)
Contoh-contoh aktifitas enzim yang
umum

 Kinase
 Serine/Threonine (rantai
samping protein tdk aktif)
 Tyrosine
 Phosphatase (Pi posfat di
lepas)
 Serin pada sisi aktif H
diganti PO4 memerlukan
1 ATP
 Susunan enzim
 Komponen utama enzim adalah protein
 Protein yang sifatnya fungsional
(bergerak dalam cairan sel), bukan
protein struktural(ada dalam jaringan –
terikat)
 Tidak semua protein bertindak sebagai
enzim contoh Albumin,Globulin.
 Protein Enzim protein
sederhana

Enzim
Enzim
Konjugasi

Protein +
Bukan Protein

Bukan protein =
Protein = apoenzim Gugus prostetik

Organik = Anorganik = kofaktor

Koenzim
Apoenzim adalah protein yang belum sebagai enzim, berfungsi
bila ada koenzim (vitamin) atau kofaktor (logam) Mg, Zn, Co
dsb.
Heksokinase pada metabolisme Karbohidrat harus ada kofaktor
Mg.
 Enzim
 Katalisator Biologis
 Specifik untuk Reaksi Kimia; Tidak habis dipakai dalam reaksi, jadi
setelah reaksi enzim kembali lagi kebentuknya.
 Apoenzime: protein
 Kofaktor: Komponen Nonprotein
 Coenzyme: Kofaktor Organik
 Holoenzime: Apoenzime + kofaktor
Lock and Key Teori Fisher
Apoenzim tdk cocok dgn substrat dgn adanya koenzim jadi cocok (aktif)

Figure 5.3
Active side of enzyme
1. Fisher Theory : Lock and Key
Tanpa koenzim mis Acetylcholine,

E-Ko pakai ko enzim. S2 kofaktor/koenzim msk dari sisi yg jauh

dari sisi aktif dan akhirnya sisi aktifnya sesuai substratnya sehingga
reaksi berjalan.
Enzymatic reaction steps

1. Substrate approaches active site

2. Enzyme-substrate complex forms
3. Substrate transformed into products
4. Products released
5. Enzyme recycled
2. Induced fit Khosland
Ada muatan – perubahan konformasi. Lysin dan metionin pada sisi aktif ketarik.
Enzim allosteric (enzimk pengendali jalur reaksi)dipengaruhi dari jauh. Terjadi tarik menarik ion yg
berlawanan.
 Gugus hidrofobik dan gugus bermuatan (warna biru) sama-sama
terlibat dalam pengikatan substrat ( gugus pengikatan )
 Gugus fosfoserin (-P) dan residu sistein (-SH) terlibat dalam
proses katalisis( gugus katalitik )
 Lys dan Met tidak terlibat proses
 Keadaan tanpa (S) gugus gugus katalitik dan gugus pengikatan
substrat terpisah dengan jarak beberapa ikatan
 Mendekatnya substrat (S) menimbulkan perubahan konformasi
protein enzim yang menyusun gugus pengikatan substrat dan
katalitik
 Pada saat yang sama daerah lain juga berubah, residu Lys dan
metionin mendekat
 Kecepatan reaksi enzim
 The turnover number is generally 1-10,000 molecules per second.

Figure 5.4
Contoh koenzim
 Konezim Pelopor Vitamin Fungsi

Nikotinamide Adenine Di Nukletida (NAD+) Niasin Redoks

Nikotinamide Adenine Nukleotida Phosphat Niasin Redoks
(NADP+) Redoks
Flavin Adenine Dinukleotida (FAD) Riboflavin Redoks
Flavin Mononukleotida (FMN) Riboflavin Redoks
Asam Lipoat Tidak ada Redoks
Heme Tidak ada Oksidasi
Tiamin PiroPhosphat (TPP) Thiamin dekarboksilasi
Piridoksal Phosphat (Py) Piridoksin Transaminasi-
Rasemasi
Koenzim A ( Co ASH) Asam Pantotenat Transfer ggs asil.
Asam Tetrahidrofolat (THF) Asam Folat
Biotin Transfer Ggs
5'-Deoksiadenosil kobalamine ( Koenzim B 12) Kobalamin ( B 12) satu karbon.
Transfer CO2
Transfer ggs
metil
Oksidasi-reduksi
Keadaan tereduksi ATP  akan teroksidasi  ADP 
teroksidasi lanjut  AMP
Posfat terlepas satu -- > tereduksi
Enzim
 Enzim dibentuk dalam protoplasma sel
 Enzim beraktifitas di dalam sel tempat sintesisnya
(disebut endoenzim) maupun di tempat yang lain diluar
tempat sintesisnya (disebut eksoenzim)
 Sebagian besar enzim bersifat endoenzim
 Umumnya ada dalam sel, kalau ada di luar sel
menunjukkan ada sel yg rusak. Banyak yg rusak 
patologis (enzim dalam darah meningkat)– SGOT, SGPT
meningkat
 PENGUKURAN KADAR ENZIM DLM. PLASMA

 UNTUK MEMBANTU DIAGNOSIS

ENZIM PLASMA FUNGSIONAL ENZIM PLASMA NON FUNGSIONAL

(YG. BERFUNGSI DLM. PLASMA) (YG. BERFUNGSI DI JARINGAN LAIN,
TIDAK DLM. PLASMA)

 MIS. :
 N : PERGANTIAN SEL (SEL MATI
 ENZ.2 PROSES PEMBEKUAN DARAH
DIGANTI SEL BARU)
 LIPOPROTEIN LIPASE
 DIFFUSI PASIF

 KADAR  :
  : SEL MATI 
 GANGGUAN PROSES SINTESIS DI HATI  RADANG
 / (-) : KELAINAN GENETIK  Ca
 DEFISIENSI F VIII : HEMOFILIA  TRAUMA
 PENYAKIT GENETIK
(CONTOH: DMD)

 GEN : SUATU SEGMEN DNA YG. BERISI INFORMASI/KODE GENETIK SUSUNAN

ASAM AMINO, SUATU RANTAI POLI-PEPTIDA/PROTEIN  mRNA 
POLPEPTIDA/PROTEIN
 Factors affecting enzyme activity
 Concentration of substrate
 Concentration of enzyme
 Temperature
 pH
 Activators
 Inhibitors
 Enzim
 Suhu: optimum 30 C, minimum 0 C, maksimum 40 C
 Logam, memacu aktifitas enzim: Mg, Mn, Co, Fe
 Logam berat, menghambat aktivitas enzim: Pb, Cu,Cd, Ag, Hg
(inhibitor)
 pH, tergantung pada jenis enzimnya (pepsin aktif kondisi asam,
amilase kondisi netral, tripsin kondisi basa)
Faktor mempengaruhi aktifitas Enzim
 Temperatur

Figure 5.5a
Faktor mempengaruhi aktifitas Enzim
 pH

Figure 5.5b
 Faktor mempengaruhi aktifitas Enzim
 Substrate concentration

Figure 5.5c
Enzim
 Konsentrasi substrat, substrat yang banyak mula-mula memacu
aktifitas enzim, tetapi kemudian menghambat karena:
penumpukan produk (feed back effect)
 Konsentrasi enzim, peningkatan konsentrasi enzim memacu
aktifitasnya
 Air, memacu aktifitas enzim
 Vitamin, memacu aktifitas enzim
Faktor mempengaruhi aktifitas Enzim
 Enzimes dapat berubah atau rusak oleh tempratur dan pH.
Tetramer  terurai

Figure 5.6
 pH and Temperature Dependence

 Enzim masing2 mempunyai pH dan temperature optimums

 Pikirkan dimana enzim bekerja?
 Contoh: Pepsin adalah aktif di lambung.
 bekerja aktif pada suasana pH asam dan 37°C

 Apa yang terjadi pada protein umumnya pada pH/temperature yang

ekstrim?
Secara kinetik enzim bekerja menurunkan
rintangan energi ( E )
Enzim

Figure 5.2
Kinetik Michaelis –Menten (( Kurva Enzim Saturasi)
Plot Dari Konsentrasi Substrat versus Reaksi Velocity
 Michaelis and Menten, and later Briggs and Haldane used
the scheme to drive a matematical expression :
Vmax (S)
V = --------------
Km + (S)
V : Kecepatan
Vmax : Kecepatan max
(S) : substrate concentration
Km : Michaelis constant
Km = 1(s) – V = V max (s)/(s) (s) = ½ V max.
Km 6 s –V = 1/6 V max ( substrat boros, enzim boros dan
kecepata rendah.
 BILA [S]  Km , MAKA V BERBANDING LURUS
DENGAN (S)
 BILA [S] = Km , SEHINGGA V = 1/2 VMAX
 BILA [S]  Km , MAKA V = VMAX
  HARGA Km
 MENUNJUKKAN AFFINITAS (DAYA IKAT) ENZIM
TERHADAP SUBSTRAT
 APABILA SUATU ENZIM BEKERJA TERHADAP
LEBIH DARI 1 MACAM SUBSTRAT HARGA Km
UNTUK MASING-MASING SUBSTRAT BERBEDA,
CONTOH : ENZIM HEKSOKINASE

55
  ENZIM HEKSOKINASE :
SUBSTRAT Km (mM)
Glukosa 0,15
Fruktosa 1,15
 ARTINYA HEKSOKINASE MEMPUNYAI AFFINITAS
TERHADAP GLUKOSA LEBIH BESAR DARIPADA
TERHADAP FRUKTOSA

56
Inversion of the Michaelis – Menten Eq as
rereciprocals on Lineweaver-Burk plot
Fungsi Linier

1 = Km 1 + 1
V Vmax (S) Vmax
Figure LINEWEAVER-BURK PLOT
Menggambarkan kalau ada inhibitor
1
Vo

Km
Slope=
Vmax

1
Vmax

1
(S)
1
-
Km
Lineaer eq.
Enzim Inhibitor dibagi 2 kelompok:
1.Yang menyebabkan tidak aktifnya enzim Irreversible (
tidak bisa kembali lagi)
 Effek inhibitor dapat kembali lagi. Inhibitor biasanya
menyebabkan tidak aktifnya modifikasi kovalen dari
struktur enzim.
Contohnya: Cyanida sebagai Klasik Enzim ireversible
inhibitor, dimana terikat secara
Kovalen pada Cytochrome Oxidase mitokondria. Dimana
akan menghambat semua Reaksi yang berhubungan
dengan transport elektron.
2.Reversible Inhibitor
 a.Noncompetitive Inhibitor
 b.Competive Inhibitor
 c.Uncompetitive Inhibitor
 Plot Lineweaver- Burks Enzim Inhibited (dihambat )
 Penghambatan aktifitas fungsional
enzim reversibel ada tiga tipe

1. Kompetitif: zat penghambat memp struktur yg mirip dengan substrat

sehingga dapat bergabung dgn sisi aktif enzim. Terjadi kompetisi
antara substrat dengan
inhibitor untuk bergabung dgn sisi aktif enzim (misal feed back effect)
2. Non kompetitif: zat penghambat menyebabkan struktur enzim rusak
sehingga sisi aktifnya tidak cocok lagi dgn substrat
3. Unkompetitif : enzim dan inhibitor masing2 bekerja sendiri2 tetapi
dpt mengubah bbrp parameter enzim
1. Competitive inhibition etanol dan metanol berkompetesi thdp enzim yg sama)

Slope, Km and Vmax ??? ( Parameter2

enzim)( slope dan Km berubah, yg tdk berubah V max)

1
Vo

Km
Slope=
Vmax

Slope increases
1
Vmax

1
(S)
1
-
Km
 Faktor mempengaruhi aktifitas Enzim
 Competitive inhibition

Figure 5.7a, b
2. Noncompetitive Inhibition (Aspirin inhibitor pada enzym Cyclooksigenase (cox 1)
Km, Vmax and Slope decrease or increase ???(Slope dan V
max
berubah. Km tdk berubah.) new line after inhibition
1
Vo Slope increases

Km
Slope=
Vmax

1
Vmax

1
(S)
1
-
Km
Faktor mempengaruhi aktifitas Enzim
 Noncompetitive inhibition

Figure 5.7a, c
3.Uncompetitive inhibition
Slope, Km and Vmax ?? Change/ no change (slope tdk berubah
karena sejajar, yg berubah Km dan V max)

1 new line after inhibition

Vo Slope no change

Km
Slope=
Vmax

1
Vmax

1
(S)
1
-
Km
Faktor mempengaruhi aktifitas Enzim

 Feedback
inhibition
Satu jalur reaksi
substrat dan enzim ( 4)
ada produk akhir.
Produk akhir
menghambat enzim
diatasnya secara non
kompetitif sehingga sisi
aktifnya berubah
bentuk sehinga jalur
tdk berjalan.

Figure 5.8
 Enzim pada Diagnosa Patologis
1.Khas Enzim pada Hati yaitu AST (SGOT= Serum Glutamat Oxaloasetat
Amino transferase), & ALT (SGPT =Serum Glutamat-piruvate
Transminase) SGPT banyak dijumpai di hepatosit.. ;
 Normal rasio SGPT/SGOT kurang dari 1

2..LDH ( Lactate Dehydrogenase) bila ada kenaikan dalam 12-24 jam

yaitu pada Kelainan Infark Jantung . Lalu kembali normal pada
hari ke 5-10.

3..CPK ( Creatine Phosphokinase atau CK) terutama dijumpai pada

Otot Jantung, otot Rangka dan juga otak Jadi Pemeriksaan ini
baik untuk mengetahui bila ada kelaianan, Pada organ Otot
Jantung, otot rangka dan otak. CPK-MB levelnya meningkat pada 3-6
jam serangan Infark jantung dan mencapai puncak 12-24 jam, normal
kembali bila tidak ada kerusakan lebih lanjut 12-48 jam.
 Common enzymes used for clinical diagnosis include:
 alanine aminotransferase(ALT,also called glutamate pyruvate
transaminase,GPT)
 alkaline phosphatase
 amylase
 aspartate aminotransferase
 creatine kinase
 lactate dehydrogenase
Sifat Enzim
1. Enzim bersifat koloid, luas permukaan besar, bersifat hidrofil
2. Dapat bereaksi dengan senyawa asam maupun basa, kation
maupun anion
3. Enzim sangat peka terhadap faktor-faktor yang menyebabkan
denaturasi protein misalnya suhu, pH dll
4. Enzim dapat dipacu maupun dihambat aktifitasnya
5. Enzim merupakan biokatalisator yang dalam jumlah sedikit
memacu laju reaksi tanpa merubah keseimbangan reaksi
6. Enzim tidak ikut terlibat dalam reaksi, struktur enzim tetap baik
sebelum maupun setelah reaksi berlangsung
7. Enzim bermolekul besar
8. Enzim bersifat khas/spesifik
The future.