Los determinantes de splicing alternativo de

ARN en células humanas

Paula Contreras Meza

Cirujano Dentista

Magíster en Ciencias Biomédicas

Regulación de la Expresión Génica
Universidad de Talca
 Objetivo

Estudiar los diferentes aspectos

de la regulación de AS en
células humanas con énfasis en
los mecanismos que pueden
predeterminar el patrón complejo
de AS intramolecular con el uso
coordinado de sitios de splicing
distantes.
 Splicing Alternativo

92-94% de los genes Principalmente tejido

humanos nervioso

AS anormal está
Producción de múltiples asociado con un amplio
proteínas espectro de
funcionalmente distintas enfermedades
del mismo gen hereditarias y tumores
malignos
Principales instancias de AS

Inclusión u omisión de un exón

Exones mutuamente excluyentes

AS en 5´donador

AS en 3´aceptor

Retención de un intrón
• Exitrones: secuencias cortas dentro de
la región exónica
• tamaño de múltiplos de 3 nucleótidos
• 923 exitrones en genoma humano
Srebrow A, Kornblihtt AR. The connection between splicing and cancer. J Cell Sci.
2006; 119(Pt 13):2635-41.
 Modos
adicionales de
AS

Splicing de
múltiples pasos
o recursivo

Splicing no
secuencial

Gen de la
distrofina
Gazzoli I, Pulyakhina I, Verwey NE et al (2015) Non-sequential and multi-step splicing
of the dystrophin transcript. RNA Biol 13:290–305.
 Regulación AS por interacción
de ARN-proteína
Spliceosoma
• Ribonucleoproteínas
pequeñas
• U1-U2-U4-U5-U6
• Más de 100 proteínas
spliceosomales

Sitio de splicing en 5´
• Dinucleótido GU

Sitio de splicing en 3´
• Dinucleótido AG

Punto de ramificación
• Cerca del sitio de splicing
3´

Tracto de
polipirimidina
• Entre punto de ramificación
y sitio de splicing 3´
 Elementos
reguladores de
splicing (SRE)
• Potenciadores de splicing
exónicos (ESE)
• Silenciadores de splicing
exónicos (ESS)
• Potenciadores de splicing
intrónicos (ISE)
• Silenciadores de splicing
intrónicos (ISS)
Se localizan en intrones y
exones
Favorecen o inhiben un
splicing determinado
Proteínas reguladoras
spliceosomales (RBP)
• hnRNPs
• Proteínas SR
• FOX1
• 2 isoformas: largo es
activador de splicing y el
corto suprime al anterior
• NOVA1
• Promueve inclusión de
exón 9 de GABRG2 (ISE)
• Reprime la inclusión de
exón 4 (ESS)
 Elementos
reguladores de
splicing (SRE)
• Potenciadores de splicing
Lenasi T, Peterlin BM, Dovc P (2006) Distal regulation of alternative splicing by
exónicos (ESE) splicing enhancer in equine beta-casein intron 1. RNA N Y N 12:498–507.

• Silenciadores de splicing
exónicos (ESS)
• Potenciadores de splicing Gen de la caseína ẞ equina
intrónico (ISE)
• Silenciadores de splicing
intrónico (ISS)
Primer intrón contiene ISE
Se localizan en intrones y
• Incluye 2 exones débiles (exones 5 y
exones
8)
• Sitio alternativo débil en exón 7

Distancia entre SRE y regiones

de splicing es de 8000 pb
 Regulación epigenética de AS
Epigenética

• Rama de la biología que explica por qué los

organismos expresan unos genes y silencian otros

Metilación de citosinas en ADN

Ocupación de nucleosomas

• Mayor en regiones exónicas que intrónicas

Modificación específica de histonas

• Marcan diferencialmente los exones, intrones y sus

bordes constitutivos

Acetilación de histonas en unión intrón-exón

• Promueve omisión de exones

Desacetilación de histonas

• Promueve inclusión de exones

Histonas modificadas participan en

reclutamiento de proteínas reguladoras
spliceosomales (RBP)
Regulación transcripcional de
AS

Modelo de
Modelo cinético
reclutamiento
• Interacciones • Tasa de
directas entre transcripción
componentes predetermina
de transcripción elementos cis
y splicing
 Regulación transcripcional de
Modelo cinético AS
 Regulación de AS por
estructuras secundarias de ARN
Gen TAU

Competencia entre apareamiento ARN-ARN y unión de

factores reguladores de splicing
• Superposición en sitio de splicing 5’ o 3’ que impide interacción snRNPs
 Aproximación de
Bucle en pre-ARNm reguladores
cooperativos
• Favorece la actividad • Por emparejamiento
de SRE (elementos de bases de
reguladores de secuencias distantes
splicing) ubicados en • SINE (repeticiones
el bucle de 100-500 pb)
• Aproximación de un
SRE a su exón diana
por plegamiento
 Control de calidad de AS
NMD (decaimiento de ARN sin sentido)
• Divide moléculas de ARN con codones de término
prematuros
• Primer mecanismo descubierto
NSD (decaimiento continuo)
• Elimina moléculas de ARN donde no hay codón de
término en la cola de poli-A
NGD (decaimiento no continuo)
• Se activa por bloqueo de ribosoma por codones raros,
tractos de codones de polilisina o nucleótidos dañados
 Control de calidad de AS

Control de calidad nuclear

• Detecta moléculas de ARN poliadenilado
que no completó correctamente proceso
de splicing y contiene intrones retenidos
• También puede ser inducida por unión
de miARNs, por interferencia de ARN y
de RBP (proteínas reguladoras
spliceosomales) recluta a la maquinaria
de decaimiento de ARN
 Referencias
• Alonso CR (2012) A complex “mRNA degradation code” controls gene expression during
animal development. Trends Genet TIG 28:78–88.
• Gazzoli I, Pulyakhina I, Verwey NE et al (2015) Non-sequential and multi-step splicing of
the dystrophin transcript. RNA Biol 13:290–305.
• Kar A, Fushimi K, Zhou X et al (2011) RNA helicase p68 (DDX5) regulates tau exon 10
splicing by modulating a stem-loop structure at the 5′ splice site. Mol Cell Biol 31:1812–
1821.
• Lenasi T, Peterlin BM, Dovc P (2006) Distal regulation of alternative splicing by splicing
enhancer in equine beta-casein intron 1. RNA N Y N 12:498–507.
• Sanidas I, Polytarchou C, Hatziapostolou M et al (2014) Phosphoproteomics screen
reveals Akt isoform-specific signals linking RNA processing to lung cancer. Mol Cell
53:577–590.
• Yap K, Makeyev EV (2013) Regulation of gene expression in mammalian nervous system
through alternative pre-mRNA splicing coupled with RNA quality control mechanisms. Mol
Cell Neurosci 56:420–428.
• Wickramasinghe VO, Gonzàlez-Porta M, Perera D, Bartolozzi AR et al (2015) Regulation of
constitutive and alternative mRNA splicing across the human transcriptome by PRPF8 is
determined by 5' splice site strength. Genome Biol.16:201.
• Srebrow A, Kornblihtt AR. The connection between splicing and cancer. J Cell Sci. 2006;
119(Pt 13):2635-41.
Los determinantes de splicing alternativo de
ARN en células humanas

Paula Contreras Meza

Cirujano Dentista

Magíster en Ciencias Biomédicas

Regulación de la Expresión Génica
Universidad de Talca