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a las Tcnicas de
Modelado Molecular
los electrones son lo suficientemente rpidos para ajustarse a cualquier movimiento del ncleo
Coleccin tipos de tomo (para definir los tomos en una molcula), parmetros (para longitud
de enlace, ngulos de unin, etc., y ecuaciones (para calcular la energa de una molcula)
En un campo de fuerza, un elemento dado puede tener varios tipos de tomo.
Por ejemplo, la fenilalanina contiene tanto carbonos sp3-hibridizados como carbonos
aromticos.
los carbonos sp3-hibridizados tienen una geometra de unin tetraedral
la unin C-C en el grupo etlico difiere de una unin C-C en el anillo fenilo
la unin C-C entre el anillo fenilo y el grupo etilo difiere de otras uniones C-C
en etilbenceno.
El campo de fuerza contiene parmetros para estos tipos diferentes de unin.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Campo de Fuerza: se usa para calcular la energa y la geometra de una molcula.
La energa total de una molcula se divide en varias partes llamados potenciales de fuerza,
o ecuaciones de energa potencial.
Los potenciales de fuerza se calculan independientemente, y se suman para dar la energa
total de la molcula.
Ejemplos de potenciales de fuerza son las ecuaciones para las energas asociadas con el
Grafica de la
Funcin de Energa
Potencial para la
Longitud de Unin
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Angulos)
Cuando el ngulo de unin se curva de la norma, la energa aumenta.
Suma sobre tres tomos
Grafica de la
Funcin de Energa
Potencial para el
Angulo de Unin
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Diedros Impropios)
Cuando el diedro impropio se curva de la norma, la energa aumenta.
Suma sobre cuatro tomos
Grafica de la
Funcin de Energa
Potencial para los
Diedros Impropios
(wo = 0)
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Angulos Diedros)
Cuando el ngulo diedro se curva de la norma, la energa aumenta.
El potencial de torsin es una serie de Fourier que toma en cuenta todas las relaciones
1-4 entre tomos unidos.
Suma sobre cuatro tomos
Serie de Fourier
Mnimos Mltiples
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Angulos Diedro)
Necesidad de incluir trminos de alto orden de uniones no simtricas
Distinguir entre conformaciones trans, gauche
tomos cargados ~ r6
Cuando los tomos estn muy juntos, la coraza de valencia
Se hace
repulsiva
Primero es
atractiva
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ley de Coulomb
Ley de Coulomb
interior de la protena
protena ~ 2-4
disolvente ~80
Para los clculos de protenas empleando restricciones de
Mejorando la Funcin de
Energa Potencial,
mejorar los parmetros y
definir mtodos ab initio
alternativos del plegado
en protenas son reas
muy importantes en la
investigacin del
Modelado Molecular.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Una Forma de Ver la Determinacin de la Estructura de una Protena con RMN es
como Una Estructura Modelada de Manera Hibrida
ETOTAL = Echem + wexpEexp
Eexp = ENOE + Etorsion + EH-bond + Egyr + Erama + ERDC + ECSA + Epara
Echem = Ebond + Eangle + Edihedral + Evdw + Eelectr
Los clculos de estructura por RMN modifican la funcin de energa potencial estndar para
incluir restricciones experimentales de RMN
restricciones en la distancia (NOEs)
ngulos etc)
estructuras sesgadas a las estructuras en PDB
pero este es el criterio usado para determinar la calidad de una estructura de protena
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Base de Datos de Ramachandran
similar en concepto a la longitud de unin, ngulo de unin, etc. Paramtros dirigidos
hacia , , 1 & 2.
basada en valores observados en el PDB.
Radio de Giro
ENOE NOE
E class
asignar ( resid 14 y nomb HD* ) ( resid 97 y nomb HD* ) 4.0 2.2 3.0
No hay contribucin a la
energa potencial global si la
distancia entre los tomos
est entre los lmites superior
e inferior de la restriccin de
RMN
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
restricciones de distancia (NOE)
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 2 and name HG2# ) 4.0 2.2 1.6
Muestra del Script para XPLOR
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 3 and name HN ) 2.5 0.7 1.0
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 3 and name HD1# ) 4.0 2.2 2.0
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 3 and name HD2# ) 4.0 2.2 2.0
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 100 and name HB# ) 4.0 2.2 2.0
assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 3 and name HN ) 4.0 2.2 2.0
Prepara la funcin objetivo de Noe y . assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 3 and name HD* ) 4.0 2.2 4.4
assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 100 and name HB# ) 4.0 2.2 3.0
limpia cualquier restriccin .
noe
.
assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 103 and name HN ) 4.0 2.2 2.0
.
existente
reset .
.
Promedio sobre todas las posibles combinaciones Suma sobre todas las posibles combinaciones
de distancia de distancia
Ejemplo Ejemplo
si dos distancias 3 y 10 si dos distancias 3 y 10
((3-6 + 10-6)/2)-1/6 = 3.37 (3-6 + 10-6)-1/6 = 2.99
La SUMA se prefiere sobre R-6 para picos cruzados ambiguos de NOESY
AVERAGE = CENTER
R (rcenter
1
rcenter
2
) Diferencia entre los centros geomtricos de los tomos
(restricciones de distancia tienen que ser corregidas para
promediar el centro)
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
restricciones de distancia (NOE)
Muestra del Script XPLOR
Promedios
Potencial determina como se calculan las energas para las violaciones de las
restricciones de distancia
La Funcin de Pozo-Cuadrado se usa comnmente
Punto de
cambio
Constantes de Acoplamiento:
Nrestra int s
EJ kJ (
m 1
Jobs Jcalc ) 2
Radio de Giro:
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (NMR Constraints)
restricciones en el puente de hidrgeno
basadas en una formula emprica derivada de estructuras de rayos-X de alta calidad en el
PDB
la violacin energtica est basada en las desviaciones de los valore esperados de longitud
Nrestra int s
EHB kHB (1 / R 3 A [ B /{2.07 cos NHO}3 ]) 2
m 1
donde A 0.019 y B 0.21 3
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
Restricciones en el desplazamiento qumico del Carbn
diferencias los NOE esperados y observados y en los diedros
Tabla de consulta con compartimentos (10 o) que correlacionan los ngulos , con
where C n ( , ) Cexp
n
ected ( , ) Cobserved ( , )
n
(n or )
Nrestra int s
EDB (i ) kDB (log P )
m 1
i
El valor de la energa simplemente indica que tan bien se ajusta la estructura a los parmetors
esperados.
Valores tpicos de energa libre para la desnaturalizacin de protenas (Gd) son ~ 10 kcal/mol
implica la estabilidad relativa de la protena plegada comparada con la protena desnaturalizada
En la estructura nativa de una protena globular de 100 residuos de amino cidos puede haber:
~ 100 puentes de hidrgeno intramoleculares
~ 10 puentes salinos
Aparentemente esto imparte una estabilidad ca. -1000 kcal/mol del estado plegado!
La fuerza de las interacciones en el estado desplegado debe de ser muy similar ( ca. -990 kcal/mol).
As, la constante de fuerza para las restricciones de distancia (kNOE) deberan de ser ms
altas que las constantes de fuerza correspondientes para el potencial de la base de datos de
Ramachandran (KDB).
.
.
.
evaluate ($knoe = 25.0) ! noes
evaluate ($kcdi = 10.0) ! torsion angles
Valores tpicos para constantes de fuerza evaluate ($kcoup = 1.0) ! coupling constant
evaluate ($kcshift = 0.5) ! carbon chemical shifts
experimentales/empricas en el script de evaluate ($krgyr = 1.0) ! radius of gyration
XPLOR evaluate ($krama = 1.0) ! intraresidue protein
evaluate ($kramalr = 0.15) ! long range protein
.
.
.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Qu Queremos Decir con un Balance Adecuado?
Estas constantes de fuerza no son absolutas y son cambiadas
rutinariamente durante el clculo de una estructura
.
.
evaluate ($final_t = 100) { K }
evaluate ($tempstep = 50) { K }
evaluate ($ncycle = ($init_t-$final_t)/$tempstep)
evaluate ($nstep = int($cool_steps*2.5/$ncycle))
evaluate ($bath = $init_t)
evaluate ($k_vdw = $ini_con)
evaluate ($k_vdwfact = ($fin_con/$ini_con)^(1/$ncycle))
Extracto de un script de XPLOR evaluate ($radius= $ini_rad)
evaluate ($radfact = ($fin_rad/$ini_rad)^(1/$ncycle))
ilustrando como las constantes de fuerza evaluate ($k_ang = $ini_ang)
son modificadas durante el clculo de una evaluate ($ang_fac = ($fin_ang/$ini_ang)^(1/$ncycle))
estructura evaluate ($k_imp = $ini_imp)
evaluate ($imp_fac = ($fin_imp/$ini_imp)^(1/$ncycle))
evaluate ($noe_fac = ($fin_noe/$ini_noe)^(1/$ncycle))
evaluate ($knoe = $ini_noe)
evaluate ($kprot = $ini_prot)
evaluate ($prot_fac = ($fin_prot/$ini_prot)^(1/$ncycle))
.
.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Qu Queremos Decir con un Balance Adecuado?
.
.
Apagar todas las funciones flags
objetivo
exclude *
include bonds angles impropers vdw
Extracto de un script de
end
XPLOR ilustrando como .
las sanciones objetivo .
son apagadas y flags
encendidas. exclude *
include bond angle dihed impr vdw noe cdih carb rama coup coll
Encender la funcin end
objetivo seleccionada .
.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Qu Queremos Decir con un Balance Adecuado?
10 H
La longitud de unin C-H de 1.1 con una constante de H
fuerza de 410 kcal/mol C C
Restriccin en la distancia de H-H de 3.0 con una fuerza de
25 kcal/mol (con un techo de 100 kcal/mol) La restriccin de distancia es violada
(correctamente) sin distorsin en las
longitudes de unin
Se sabe que las protenas se pliegan en una escala de tiempo de segundos a minutos.
sendero definido
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Minimizacin Molecular
mueve las coordenadas Cartesianas (X,Y,Z) de cada tomo para obtener la energa mnima
cambios muy grandes pueden ocurrir para estructuras muy distorsionadas (alargamiento de
la unin)
El alargamiento de
una unin puede
invertir la quiralidad
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Minimizacin Molecular
la minimizacin fallara para estructuras severamente deformadas
un ligando pobremente acoplado a una protena donde las uniones o tomos estn
traslapados
menor energa.
La estructura minimizada resultar probablemente con una unin C-C alargada y
El protocolo de minimizacin
siempre se mover colina abajo.
U(Q) es una funcin complicada que vara rpidamente con las coordenadas atmicas Q
la minimizacin de la energa molecular a menudo se lleva cabo en una serie de pasos
las coordenadas en el paso n+1 estn determinadas por las coordenadas en el paso previo n
distribucin de Maxwell-Boltzmann.
donde:
Hamiltoniano H(), donde representa el conjunto de posiciones y momento
Temperatura Objetivo (T)
Constante de Boltzman (kB)
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Dinmica Molecular (DM)
La temperatura est definida por el promedio de la energa cintica del sistema de acuerdo
a la teora cintica de los gases.
la energa interna del sistema es U = 3/2 NkT
la energa cintica es U = 1/2 Nmv2
donde :
N es el nmero de tomos
v es la velocidad
m es la masa
T es la temperatura
k es la constante de Boltzman
Al promediar sobre las velocidades de todos los tomos en el sistema la temperatura
simulacin.
Si al sistema se le ha minimizado la energa la energa potencial de cero y la temperatura de cero
Se necesita calentar al sistema hasta la temperatura deseada
escala las velocidades: v = (3kT/m)1/2
Calcular una trayectoria en un espacio fase 6N-dimensional (3N posiciones y 3N momentos)
mide las trayectorias en pequeos pasos de tiempo, generalmente 1 femto-segundo (fs)
10-6 - 10-1s
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Script de XPLOR para calcular una estructura extendida a partir de un archivo PSF
Script de XPLOR para calcular una estructura extendida a partir de un archivo PSF
.
.
parameter
nbonds
Cambiar los parmetros no-enlazantes rcon=2. nbxmod=-3 repel=0.75
end
end
minimize powell nstep=100 nprint=25 end
dynamics verlet
nsteps=500 timestep=0.005 iasvel=maxwell
firsttemp = 300.
Otro ciclo de Minimizacin y tcoupling = true tbath = 300. nprint=100 iprfrq=0
Dinmica donde se aaden los end
hidrgenos a la estructura y sta flags exclude vdw elec end
se refina vector do (mass=1.) ( name h* )
hbuild selection=( name h* ) phistep=360 end
flags include vdw elec end
minimize powell nstep=200 nprint=50 end
{*Write coordinates.*}
remarks extended strand (PROTEIN)
Se guarda la estructura y se detiene write coordinates output=PROTEIN.ext end
stop
Image adopted from Nature Rev. Drug Discov. 2, 369-378 (200