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Introduccin

a las Tcnicas de
Modelado Molecular

Prof. Ramn Garduo Jurez


Modelado Molecular
Diseo de Frmacos
Campos de Fuerza
Una barrera fsica hecha de
energa para proteger a una
persona u objeto de ataques
o de intrusos

Forma funcional y conjunto de parmetros


usados para describir las interacciones
(fuerzas, potenciales) dentro de un sistema de
partculas.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Las Tcnicas de Modelado Molecular son un Componente Crtico en la
Determinacin de la Estructura de Protenas por RMN:
Las estructuras de protenas son calculadas al acoplar las funciones tradicionales del
modelado con datos experimentales de RMN
Modelado Molecular/MecnicaMolecular es un mtodo para calcular la estructura y energa de
molculas basado en movimientos nucleares.
los electrones no estn considerados explcitamente
encontraremos una distribucin ptima una vez que la posicin de los ncleos sean conocidas
la aproximacin Born-Oppenheimer a la ecuacin de Shrdinger
los ncleos son ms pesados y se mueven ms lentamente que los electrones

los movimientos nucleares (vibraciones, rotaciones) pueden ser estudiados separadamente

los electrones son lo suficientemente rpidos para ajustarse a cualquier movimiento del ncleo

El modelado molecular trata una molcula como la coleccin de


pesos conectados con resortes, donde los presos representan al
ncleo y los resortes representan las uniones.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Campo de Fuerza: se usa para calcular la energa y la geometra de una molcula.

Coleccin tipos de tomo (para definir los tomos en una molcula), parmetros (para longitud
de enlace, ngulos de unin, etc., y ecuaciones (para calcular la energa de una molcula)
En un campo de fuerza, un elemento dado puede tener varios tipos de tomo.
Por ejemplo, la fenilalanina contiene tanto carbonos sp3-hibridizados como carbonos

aromticos.
los carbonos sp3-hibridizados tienen una geometra de unin tetraedral

los carbonos aromticos tienen una geometra de unin trigonal.

la unin C-C en el grupo etlico difiere de una unin C-C en el anillo fenilo

la unin C-C entre el anillo fenilo y el grupo etilo difiere de otras uniones C-C

en etilbenceno.
El campo de fuerza contiene parmetros para estos tipos diferentes de unin.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Campo de Fuerza: se usa para calcular la energa y la geometra de una molcula.

La energa total de una molcula se divide en varias partes llamados potenciales de fuerza,
o ecuaciones de energa potencial.
Los potenciales de fuerza se calculan independientemente, y se suman para dar la energa
total de la molcula.
Ejemplos de potenciales de fuerza son las ecuaciones para las energas asociadas con el

estiramiento de una unin, movimientos de tijera, esfuerzo torsional e interacciones de van


der Waals.
Estas ecuaciones definen la superficie agraria potencial de una molcula.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Longitud de Unin)
Dondequiera que una unin se comprime o estirada la energa aumenta.
La energa de potencial para la compresin y estiramiento de una unin se describe por
una ecuacin similar a la Ley de Hooke para un resorte.
Suma sobre dos tomos

Suma sobre todas las uniones en la estructura

lo longitud de unin esperada/natural De lo que conocemos acerca de la estructura de


kl constante de fuerza protenas lo que hemos discutido hasta este punto
l longitud de unin actual/observada De la estructura

Grafica de la
Funcin de Energa
Potencial para la
Longitud de Unin
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Angulos)
Cuando el ngulo de unin se curva de la norma, la energa aumenta.
Suma sobre tres tomos

Suma sobre todos los ngulos de unin en la estructura

o ngulo de unin esperado/natural De lo que conocemos acerca de la estructura de


k constante de fuerza protenas lo que hemos discutido hasta este punto
ngulo de unin actual/observado De la estructura

Grafica de la
Funcin de Energa
Potencial para el
Angulo de Unin
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Diedros Impropios)
Cuando el diedro impropio se curva de la norma, la energa aumenta.
Suma sobre cuatro tomos

Suma sobre todos los diedros


impropios de la estructura

o diedro impropio esperado (generalmente se toma a 0o)


k constante de fuerza
diedro impropio actual/observado

Grafica de la
Funcin de Energa
Potencial para los
Diedros Impropios
(wo = 0)
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Angulos Diedros)
Cuando el ngulo diedro se curva de la norma, la energa aumenta.
El potencial de torsin es una serie de Fourier que toma en cuenta todas las relaciones
1-4 entre tomos unidos.
Suma sobre cuatro tomos

Suma sobre todos los diedros en


la estructura

Serie de Fourier

diedro impropio esperado


Grafica de la
An constante de fuerza para cada trmino de Fourier Funcin de Energa
diedro impropio actual/observado Potencial para los
n multiplicidad (nmero de nodos) Diedros

Mnimos Mltiples
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Angulos Diedro)
Necesidad de incluir trminos de alto orden de uniones no simtricas
Distinguir entre conformaciones trans, gauche

Diferentes multiplicidades identifican cuales


ngulos de torsin son energeticamente
equivalentes

Para 1, 60, -60 & 180 todos son


equivalentes y debern producir una
energa de torsin de 0
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Ecuacin de Energa Potencial (Interacciones No enlazantes )
Interaccin de van der Waals
Acta solo a distancias muy cortas

Interaccin atractiva debido a dipolos inducidos entre

tomos cargados ~ r6
Cuando los tomos estn muy juntos, la coraza de valencia

comienza a traslaparse y a repelerlos ~ r12

Funcin de energa potencial de van der Waals

Se hace
repulsiva

Primero es
atractiva
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Ecuacin de Energa Potencial (Interacciones No enlazantes)


Interaccin electrosttica
Interaccin electrosttica de tomos cargados

Fuerzas de largo alcance

Ley de Coulomb

Ley de Coulomb

Interaccin positiva que


Interaccin negativa si aumenta inversamente
son de la misma carga con la distancia
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Ecuacin de Energa Potencial (Interacciones No enlazantes)
Interaccin electrosttica
Problema definir la constante dielctrica ()

La constante dielectrica difiere entre el disolvente y el

interior de la protena

protena ~ 2-4

disolvente ~80
Para los clculos de protenas empleando restricciones de

RMN, generalmente se apaga el trmino electrosttico


Cmo definir adecuadamente el disolvente, los

buffers, la sales, etc?


Definir explcitamente al disolvente aumenta la

complejidad de los clculos.


Con el electrosttico apagado durante el clculo de

la estructura, se puede usar el clculo de la energa


potencial posteriormente para determinar la calidad
de la estructura de RMN
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Interacciones No enlazantes)
Interaccin electrosttica
Problema definir la constante dielctrica ()
1) No use la energa potencial electrosttica durante el
clculo de la estructura
1) Use una constante dielctrica simple
protena ~ 2-4; disolvente ~80
2) Use disolvente explicito en el clculo de la estructura
Mejora la calidad de la estructura
Aumenta el tiempo de cmputo
Define adecuadamente al disolvente
Define adecuadamente el
comportamiento del campo de
fuerza en el disolvente

PROTEINS: Structure, Function, and Genetics 50:496506 (2003)


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Por qu la Funcin de Energa Potencial No es Suficiente para plegar una Protena?
Esta No es una funcin completa
principalmente la geometra de corto alcance tiene muchas soluciones iguales
VDW y electrosttica solo contribuyen en distancias cortas

Cmo se traeran regiones distantes de la cadena principal en contacto?

Demasiadas posibles conformaciones


3N donde N es el numero de amino cidos

Otros factores que guan el proceso del plegado en protenas


interacciones hidrofbicas, formacin puente de hidrgeno, interacciones de estructura

secundaria (dipolo en la hlice), efectos de disolvente, compactacin de la estructura, etc


Cmo se definira una ecuacin matemtica que incluya estas contribuciones?

Mejorando la Funcin de
Energa Potencial,
mejorar los parmetros y
definir mtodos ab initio
alternativos del plegado
en protenas son reas
muy importantes en la
investigacin del
Modelado Molecular.
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Una Forma de Ver la Determinacin de la Estructura de una Protena con RMN es
como Una Estructura Modelada de Manera Hibrida
ETOTAL = Echem + wexpEexp
Eexp = ENOE + Etorsion + EH-bond + Egyr + Erama + ERDC + ECSA + Epara
Echem = Ebond + Eangle + Edihedral + Evdw + Eelectr
Los clculos de estructura por RMN modifican la funcin de energa potencial estndar para
incluir restricciones experimentales de RMN
restricciones en la distancia (NOEs)

restricciones en los diedros (NOEs, constante de acoplamiento, desplazamiento qumico)

desplazamientos qumicos (1H, 13C)

constantes de acoplamiento dipolar residual (RDCs)

Recientemente, funciones de potencial adicionales se han aadido y que no son restricciones


experimentales de RMN pero que se han desarrollado para analizar bases de datos y tendencias
estructurales.
Controversial
No son datos experimentales verdaderos

pero similares a otras funciones geomtricas parametrizadas (longitud de unin,

ngulos etc)
estructuras sesgadas a las estructuras en PDB

pero este es el criterio usado para determinar la calidad de una estructura de protena
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Base de Datos de Ramachandran
similar en concepto a la longitud de unin, ngulo de unin, etc. Paramtros dirigidos

hacia , , 1 & 2.
basada en valores observados en el PDB.

Radio de Giro

basado en tendencias observadas en el PDB relacionadas con la longitud de la secuencia

trata de mejorar la compactacin de las estructuras de RMN

tendencia general de una estructura en la ausencia de disolvente explcito a moverse

hacia una conformacin de cadena abierta/expandida


Potencial Emprico de Unin Esqueleto-Esqueleto

basado en las tendencias observadas en el PDB relacionadas con los puentes de

hidrogeno en estructuras secundarias y puentes de hidrgeno aislados a grandes


distancias.
optimiza las distancias de puentes de hidrgeno y parmetros angulares

Convergence of NMR structure


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)


restricciones de distancia (NOE)
distancia al objetivo con lmites superior e inferior

ENOE NOE
E class

classes constra int s

asignar ( resid 14 y nomb HD* ) ( resid 97 y nomb HD* ) 4.0 2.2 3.0

No hay contribucin a la
energa potencial global si la
distancia entre los tomos
est entre los lmites superior
e inferior de la restriccin de
RMN
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Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
restricciones de distancia (NOE)
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 2 and name HG2# ) 4.0 2.2 1.6
Muestra del Script para XPLOR
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 3 and name HN ) 2.5 0.7 1.0
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 3 and name HD1# ) 4.0 2.2 2.0
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 3 and name HD2# ) 4.0 2.2 2.0
assign ( resid 2 and name HA ) ( resid 100 and name HB# ) 4.0 2.2 2.0
assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 3 and name HN ) 4.0 2.2 2.0
Prepara la funcin objetivo de Noe y . assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 3 and name HD* ) 4.0 2.2 4.4
assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 100 and name HB# ) 4.0 2.2 3.0
limpia cualquier restriccin .
noe
.
assign ( resid 2 and name HG2# ) ( resid 103 and name HN ) 4.0 2.2 2.0
.
existente
reset .
.

Define el numero de restricciones y nrestraints = 20000


coloca la violacin mxima de
energa para una restriccin sencilla ceiling 100
class all
Asigna un nombre a la clase de @noe.tbl
restricciones y lee un archivo que averaging all cent
contiene las restricciones en la potential all square
distancia. Puede leer archivos Define como las distancias y
scale all $knoe
mltiples con diferentes nombres de las energas son calculadas
clase. Permite la flexibilidad de
tratar las diferentes clases de NOEs sqconstant all 1.0
de manera diferente. sqexponent all 2
.
end
.
.

Cual clase de NOE


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
restricciones de distancia (NOE)
Muestra del Script para XPLOR

Promedios determina como se calcula la distancia

entre los grupos de tomos elegidos (pseudoatomos). Factor de escalamiento para


picos ambiguos en multimeros
Dependencia de R-6 sobre NOE simtricos

AVERAGE = R-6 AVERAGE = R-3 AVERAGE = SUM


R ( Rij6 ) 1/ 6 R ( Rij3 ) 1/ 3 R ( Rij6 / nmono) 1/ 6
ij

Promedio sobre todas las posibles combinaciones Suma sobre todas las posibles combinaciones
de distancia de distancia
Ejemplo Ejemplo
si dos distancias 3 y 10 si dos distancias 3 y 10
((3-6 + 10-6)/2)-1/6 = 3.37 (3-6 + 10-6)-1/6 = 2.99
La SUMA se prefiere sobre R-6 para picos cruzados ambiguos de NOESY

AVERAGE = CENTER
R (rcenter
1
rcenter
2
) Diferencia entre los centros geomtricos de los tomos
(restricciones de distancia tienen que ser corregidas para
promediar el centro)
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
restricciones de distancia (NOE)
Muestra del Script XPLOR

Promedios

Qu es Mejor (R-6, SUM,CENTER)? Punto de Discusin en la Comunidad de NMR

Lmite Inferior Lmite superior


Promedio: ninguno
Val H HG11 1.2 5.5
Diferentes lmites
Promedio: Suma
(ms pequeo que sin promediar debido al efecto aditivo) superior/inferior de Val Hs
a H1 dependiendo en los
Val H HG11 - HG13 1.0 4.6
varios promedios de
Promedio: R-6
(igual a no promediar debido a que los lmites son los mismos en pares
distancia
diferentes).
Val H HG11 - HG13 1.2 5.5
Promedio: Centro
(distancia de H al centro de los tomos HG11 hasta HG13)
Val H HG11 - HG13 2.1 4.9
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
restricciones de distancia (NOE)
Muestra del Script para XPLOR

Potencial determina como se calculan las energas para las violaciones de las

restricciones de distancia
La Funcin de Pozo-Cuadrado se usa comnmente

escala determina la magnitud de la funcin (constante de fuerza) tpicamente 20-50 kcal/mol

techo mxima violacin energtica por restriccin

Funcin Bi-armnica Funcin Pozo-Cuadrado Funcin Cuadrado-Suave

Punto de
cambio

Violacin energtica para Misma regin plana alrededor


Regin plana alrededor de la
cualquier distancia fuera de la de la distancia objetivo pero la
distancia objetivo donde la
distancia objetivo violacin energtica para
violacin energtica es cero.
violaciones superiores se
Igual energa para violaciones
reduce al punto de cambio.
superior/inferior
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Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
Restricciones de Angulo Diedro
ngulo diedro objetivo con lmites superior e inferior

similar a la funcin de pozo-cuadrado de NOE

la diferencia en ngulo diedro () tiene que tomar en

cuenta la naturaleza circular del los ngulos (0-360o)

asigna (resid 1 y nomb c ) (resid 2 y nomb n )


(resid 2 y nomb ca ) (resid 2 y nomb c ) 1.0 -93.57 30.0 2
Constante de fuerza (C) determina la magnitud de la violacin energtica
Escala (S) factor de peso global (permite los cambios en la contribucin a la

violacin energtica global durante el clculo de la estructura


Exponente (ed) aumenta la violacin energtica para diferencias ms grandes

en los ngulos diedros, usualmente 2 para armnicos.


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
Otras restricciones de RMN y empricas siguen el mismo patrn de las restricciones NOE y de
ngulos diedros
una diferencia entre el valor observado y el objetivo determina una violacin

una constante de fuerza para escalar la energa asociada con la violacin

Constantes de Acoplamiento:
Nrestra int s
EJ kJ (
m 1
Jobs Jcalc ) 2

Constantes de Acoplamiento Residual Dipolar:


Nrestra int s
ERDC kRDC (
m 1
Dobs Dcalc ) 2

Radio de Giro:
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (NMR Constraints)
restricciones en el puente de hidrgeno
basadas en una formula emprica derivada de estructuras de rayos-X de alta calidad en el

PDB
la violacin energtica est basada en las desviaciones de los valore esperados de longitud

de puente de hidrgeno (R) y ngulo ()

La violacin ocurre si este trmino no es cero


(relacin entre R y )

Nrestra int s
EHB kHB (1 / R 3 A [ B /{2.07 cos NHO}3 ]) 2
m 1
donde A 0.019 y B 0.21 3
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
Restricciones en el desplazamiento qumico del Carbn
diferencias los NOE esperados y observados y en los diedros

no es una funcin continua

Tabla de consulta con compartimentos (10 o) que correlacionan los ngulos , con

los desplazamientos qumicos de C y C


Nrestra int s
ECshift ( , ) kCshift [(C ( , ))
m 1
2
C ( , )) 2 ]

where C n ( , ) Cexp
n
ected ( , ) Cobserved ( , )
n
(n or )

Expected C secondary shifts


Compartimentos de diferencias esperadas en los
desplazamientos qumicos (relativos a los
desplazamientos qumicos de un alambre azaroso)
para los desplazamientos qumicos de C
graficados como una funcin de (,)
-1

+1 +1

-1
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Ecuacin de Energa Potencial (Restricciones de RMN)
Restricciones de la Base de Datos de Ramachandran
similar a las restricciones del desplazamiento qumico del carbn

no es una funcin continua

Tabla de consulta con compartimentos (8 o) correlacionando los ngulos ,



con la probabilidad de ocurrencia basada en el anlisis PROCHECK del PDB

Nrestra int s
EDB (i ) kDB (log P )
m 1
i

La violacin energtica esta relacionada con la


probabilidad de que ocurra el par observado , or
1,2 y su comparacin con los compartimentos
vecinos.

Probabilidad o numero de ocurrencias


observadas para pares dados de ngulos diedro
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Para un Conjunto dado de Coordenadas Atmicas, se puede Calcular una Energa
para la Estructura Basados en un Conjunto de Funciones de Energa Potencial
ETOTAL = Echem + wexpEexp
Eexp = ENOE + Etorsion + EH-bond + Egyr + Erama + ERDC + ECSA + Epara
Echem = Ebond + Eangle + Edihedral + Evdw + Eelectr

Qu Relacin tiene es Valor de Energa con Cualquier Observacin Experimental?


NINGUNA!

El valor de la energa simplemente indica que tan bien se ajusta la estructura a los parmetors
esperados.

Esta no indica la estabilidad relativa de una protena respecto a otra.


Esta no indica la estabilidad de la protena (G).
Calcular una E entre la protena con/sin un ligando no indica la afinidad de unin del ligando o
la estabilidad inducida del complejo.

No Sobre Interprete el Significado de esta Funcin de Energa!


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

Considere Estos Hechos Acerca de las Protenas Correctamente Plegadas:

Valores tpicos de energa libre para la desnaturalizacin de protenas (Gd) son ~ 10 kcal/mol
implica la estabilidad relativa de la protena plegada comparada con la protena desnaturalizada
En la estructura nativa de una protena globular de 100 residuos de amino cidos puede haber:
~ 100 puentes de hidrgeno intramoleculares

~ 10 puentes salinos

~ 10 residuos hidrofbicos enterrados

Aparentemente esto imparte una estabilidad ca. -1000 kcal/mol del estado plegado!
La fuerza de las interacciones en el estado desplegado debe de ser muy similar ( ca. -990 kcal/mol).

Esto sugiere que se necesita un excepcional nivel de precisin para analizar


correctamente las energas de diferentes confrmeros y correctamente predecir la
estructura ms estable.
ETOTAL = Echem + wexpEexp
Eexp = ENOE + Etorsion + EH-bond + Egyr + Erama + ERDC + ECSA + Epara
Echem = Ebond + Eangle + Edihedral + Evdw + Eelectr

Estamos todava muy lejos de llegar a esta meta loable.


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Qu Relacin Existe entre las Constantes de Fuerza y las Observaciones
Experimentales?

Para parmetros geomtricos (uniones, ngulos), las


constantes de fuerza provienen de espectroscopias de IR,
Raman y de clculos ab inito.

Para parmetros experimentales (NOE, diedros), No existe una Relacin!

Las constantes de fuerza experimentales han


sido determinadas por prueba y error o
empricamente hasta obtener un balance
adecuado y contribuciones balanceadas de cada
parmetro experimental de la estructura
calculada.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

Qu Queremos Decir con un Balance Adecuado?


Como ejemplo:
Es ms deseable el tener valores experimentales como los NOEsa tener ms influencia
sobre la estructura resultante que una funcin emprica como la base de datos de
Ramachandran.

As, la constante de fuerza para las restricciones de distancia (kNOE) deberan de ser ms
altas que las constantes de fuerza correspondientes para el potencial de la base de datos de
Ramachandran (KDB).
.
.
.
evaluate ($knoe = 25.0) ! noes
evaluate ($kcdi = 10.0) ! torsion angles
Valores tpicos para constantes de fuerza evaluate ($kcoup = 1.0) ! coupling constant
evaluate ($kcshift = 0.5) ! carbon chemical shifts
experimentales/empricas en el script de evaluate ($krgyr = 1.0) ! radius of gyration
XPLOR evaluate ($krama = 1.0) ! intraresidue protein
evaluate ($kramalr = 0.15) ! long range protein
.
.
.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Qu Queremos Decir con un Balance Adecuado?
Estas constantes de fuerza no son absolutas y son cambiadas
rutinariamente durante el clculo de una estructura
.
.
evaluate ($final_t = 100) { K }
evaluate ($tempstep = 50) { K }
evaluate ($ncycle = ($init_t-$final_t)/$tempstep)
evaluate ($nstep = int($cool_steps*2.5/$ncycle))
evaluate ($bath = $init_t)
evaluate ($k_vdw = $ini_con)
evaluate ($k_vdwfact = ($fin_con/$ini_con)^(1/$ncycle))
Extracto de un script de XPLOR evaluate ($radius= $ini_rad)
evaluate ($radfact = ($fin_rad/$ini_rad)^(1/$ncycle))
ilustrando como las constantes de fuerza evaluate ($k_ang = $ini_ang)
son modificadas durante el clculo de una evaluate ($ang_fac = ($fin_ang/$ini_ang)^(1/$ncycle))
estructura evaluate ($k_imp = $ini_imp)
evaluate ($imp_fac = ($fin_imp/$ini_imp)^(1/$ncycle))
evaluate ($noe_fac = ($fin_noe/$ini_noe)^(1/$ncycle))
evaluate ($knoe = $ini_noe)
evaluate ($kprot = $ini_prot)
evaluate ($prot_fac = ($fin_prot/$ini_prot)^(1/$ncycle))
.
.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Qu Queremos Decir con un Balance Adecuado?

No solamente la magnitud de la constante de fuerza puede ser modificada


durante un clculo estructura, sino tambin funciones objetivo especficas
que se pueden encender o apagar durante el clculo de una estructura.

.
.
Apagar todas las funciones flags
objetivo
exclude *
include bonds angles impropers vdw
Extracto de un script de
end
XPLOR ilustrando como .
las sanciones objetivo .
son apagadas y flags
encendidas. exclude *
include bond angle dihed impr vdw noe cdih carb rama coup coll
Encender la funcin end
objetivo seleccionada .
.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Qu Queremos Decir con un Balance Adecuado?

Cmo puede la constante refuerza impactar el clculo de la estructura?

Una Simple Ilustracin: restriccin de distancia incorrecta

10 H
La longitud de unin C-H de 1.1 con una constante de H
fuerza de 410 kcal/mol C C
Restriccin en la distancia de H-H de 3.0 con una fuerza de
25 kcal/mol (con un techo de 100 kcal/mol) La restriccin de distancia es violada
(correctamente) sin distorsin en las
longitudes de unin

La longitud de unin C-H de 1.1 con una constante de 3


H H
fuerza de 10 kcal/mol
Restriccin en la distancia de H-H de 3.0 con una fuerza de
500 kcal/mol C C
Queremos Mantener Todos Los Valores La restriccin de distancia es satisfecha
Geomtricos Conocidos Dentro De Intervalos (incorrectamente) con distorsiones grandes
Adecuados en la longitud de unin
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Cmo Usamos La Funcin De Energa Para Calcular La Estructura
De Una Protena?
ETOTAL = Echem + wexpEexp
Eexp = ENOE + Etorsion + EH-bond + Egyr + Erama + ERDC + ECSA + Epara
Echem = Ebond + Eangle + Edihedral + Evdw + Eelectr

Minimizacin Molecular comenzamos de alguna estructura (R), encontramos su energa


potencial usando la funcin de energa potencial dada arriba. El vector de coordenadas R es luego
variado usando un procedimiento de optimizacin para minimizar la energa potencial ETOTAL(R).

Dinmica Molecular el movimiento de una molcula es simulado como una funcin de


tiempo. La segunda ley de movimiento de Newton se resuelve para encontrar como la posicin
de cada tomo vara con el tiempo. Para encontrar las fuerzas en cada tomo, se calcula el vector
de derivadas (o gradiente) de la de la funcin de energa potencial dada arriba. Factores tales
como la temperatura y la presin del sistema se pueden incluir en este tratamiento.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Hiptesis Termodinmica De Anfinsen
La conformacin activa de una protena es la conformacin con la energa libre (G) ms baja
el mnimo global sobre la superficie de energa libre.

ms bien difcil (y cara) el calcular las energas libres

por definicin stas involucran el promedio sobre un gran nmero de conformaciones

la secuencia primaria determina el plegado de la protena.

En 1957, Anfinsen mostr que la


ribonucleasa A (124 amino cidos, 4
puentes disulfuro) desnaturalizada
producida en 8 M de urea y un
agente reductor ( -mercaptoetanol)
puede reactivarse al dializar el
agente desnaturalizante en
condiciones de oxidacin
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Paradoja de Levinthal
Si el proceso entero de plegado fuera una bsqueda azarosa, ste requerira de mucho tiempo.
Los estados iniciales del plegado deben de ser azarosos.

Cambios conformacionales ocurren en una escala de tiempo de 10 -13 segundos.

Se sabe que las protenas se pliegan en una escala de tiempo de segundos a minutos.

Considrese una protena de 100 residuos:

si cada residuo tuviera solamente 3 posibles conformaciones (muy lejos de la realidad)

3100 conformaciones x 10-13 segundos = 1027 aos


an si un nmero significativo de estas conformaciones fueran estricamente

deshabilitadas, el tiempo desplegado sera astronmico


las barreras energa probablemente causen que la protena se pliegue siguiendo un

sendero definido
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Minimizacin Molecular
mueve las coordenadas Cartesianas (X,Y,Z) de cada tomo para obtener la energa mnima

ETOTAL = Echem + wexpEexp


Eexp = ENOE + Etorsion + EH-bond + Egyr + Erama + ERDC + ECSA + Epara
Echem = Ebond + Eangle + Edihedral + Evdw + Eelectr
el resultado es dependiente de la estructura inicial
encuentran mnimos locales pero no el global
tpicamente, slo movimientos pequeos en las posiciones atmicas son llevados a cabo
la estructura inicial se asemeja mucho a la estructura final

cambios muy grandes pueden ocurrir para estructuras muy distorsionadas (alargamiento de

la unin)

El alargamiento de
una unin puede
invertir la quiralidad
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Minimizacin Molecular
la minimizacin fallara para estructuras severamente deformadas
un ligando pobremente acoplado a una protena donde las uniones o tomos estn

traslapados

Es altamente improbable que estas


estructuras se minimice ya que el
C de la cadena lateral de Leu
penetra el centro del anillo de
benceno

Para refinar adecuadamente esta pobre estructura, el protocolo de minimizacin necesitar


regresar el C a travs del anillo accin que requerir primero tener una estructura de energa
muy alta.
Esto no ocurrir ya que la tendencia para la minimizacin es el moverse hacia una

menor energa.
La estructura minimizada resultar probablemente con una unin C-C alargada y

distorsionada en cuanto l C se aleja del anillo hacia otra direccin


El anillos de benceno y el resto de la cadena lateral de la Leu tambin sern

distorsionadas en un esfuerzo de acomodar la estructura traslapada


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

El problema del Mnimo Local versus el Global

El panorama estructural est


lleno con picos y valles.

El protocolo de minimizacin
siempre se mover colina abajo.

No hay forma de ver el


panorama estructural global.

No hay forma de pasar a travs


estructuras intermediarias de alta
energa para llegar a un mnimo
de ms baja energa.

La estructura inicial determina el resultado de la minimizacin!


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

El problema del Mnimo Local versus el Global

Otra perspectiva del Panorama Estructural es la visin de un embudo en 3D


que lleva al mnimo global en la base del embudo.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Minimizacin Molecular
Revisin del Proceso
El potencial molecular U depende de dos tipos de variables:

El gradiente de la energa potencial g(Q), es un vector con 3N


componentes:

La condicin necesaria para un mnimo es que el gradiente de la


funcin sea cero:
or
Donde xi denota las coordenadas Cartesianas atmicas y N es el
nmero de tomos

La condicin suficiente para un mnimo es que la matriz de la


segunda derivada sea positiva definida, i.e. para cualquier vector u
3N-dimensional:
Una definicin operativa simple en esta propiedad es que todos los
eigenvalores de F son positivos en el mnimo. La matriz de la
segunda derivada se denota por F en mecnica molecular y por H en
matemticas, y est definida como:

Una medida de la distancia de un punto estacionario es el gradiente de rms:


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Minimizacin Molecular
Revisin del Proceso
un mnimo ocurre cuando la primera derivada de cero y cuando la segunda derivada es positiva.

U(Q) es una funcin complicada que vara rpidamente con las coordenadas atmicas Q
la minimizacin de la energa molecular a menudo se lleva cabo en una serie de pasos

las coordenadas en el paso n+1 estn determinadas por las coordenadas en el paso previo n

donde n es llamado un paso.

el paso inicial es iniciado de manera azarosa


una bsqueda sistemtica o azarosa no es prctica (Paradoja de Levinthal)

Mtodo del Descenso ms Rpido


el paso de bsqueda ( ) se lleva cabo en la direccin de disminucin ms rpida de U,
n
opuesto al gradiente g

donde es un factor que determina


la longitud del paso.

no es eficiente, pero es bueno para


estructuras inicialmente distorsionadas
puede ser muy lento cercano a la solucin
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Minimizacin Molecular
Revisin del Proceso
Gradiente Conjugado (Powell)
modifica el descenso ms rpido para aumentar la eficiencia

Los pasos iniciales son del descenso ms rpido

el rector de paso actual no es similar a los vectores previos de paso

la informacin acerca de la funcin de energa se acumula de una iteracin a la siguiente

Uno o dos factores determinan cuando el


clculo de la minimizacin se ha completado:

a) se ha llegado al nmero definido de


pasos (n).
b) un valor predefinido del gradiente (g)
ha sido obtenido. (el gradiente muy
rara vez llega exactamente a cero)
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

Dinmica Molecular (DM)


mueve las coordenadas Cartesianas (X,Y,Z) para cada tomo al integrar sus ecuaciones de
movimiento
un cambio la posicin con respecto al tiempo (aceleracin) da la velocidad

sigue las leyes de la mecnica clsica, ms notoriamente en la segunda ley de Newton:

la fuerza en un tomo i se puede computar directamente de la derivada de la funcin de la


energa potencial (U) con respecto a las coordenadas ri, Fi = -U/ri.
para iniciar la DM necesitamos asignar velocidades iniciales

Esto se hace usando un generador de nmeros aleatorios usando la restriccin de la

distribucin de Maxwell-Boltzmann.

donde:
Hamiltoniano H(), donde representa el conjunto de posiciones y momento
Temperatura Objetivo (T)
Constante de Boltzman (kB)
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Dinmica Molecular (DM)
La temperatura est definida por el promedio de la energa cintica del sistema de acuerdo
a la teora cintica de los gases.
la energa interna del sistema es U = 3/2 NkT
la energa cintica es U = 1/2 Nmv2
donde :
N es el nmero de tomos
v es la velocidad
m es la masa
T es la temperatura
k es la constante de Boltzman
Al promediar sobre las velocidades de todos los tomos en el sistema la temperatura

puede ser estimada.


La distribucin de velocidad de Maxwell-Boltzmann ser mantenida durante toda la

simulacin.
Si al sistema se le ha minimizado la energa la energa potencial de cero y la temperatura de cero
Se necesita calentar al sistema hasta la temperatura deseada
escala las velocidades: v = (3kT/m)1/2
Calcular una trayectoria en un espacio fase 6N-dimensional (3N posiciones y 3N momentos)
mide las trayectorias en pequeos pasos de tiempo, generalmente 1 femto-segundo (fs)

la duracin tpica de una corrida de dinmica es de 10-100 pico-segundos (ps)


Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular
Dinmica Molecular (DM)
La fuerza Fi ejercida en el tomo i por otros tomos en el sistema est dada por el gradiente
negativo de la funcin de energa potencial (V) en turno depende de las coordenadas de todos los N
tomos en el sistema

Para pasos pequeos de tiempo (t), la siguiente aproximacin se mantiene:

Tpicamente un paso de tiempo de 1 a 10 fs se usa para sistemas moleculares.


As una simulacin de dinmica molecular de 100 ps (10-10 segundos) involucra de 105 a 104 pasos
de integracin.
An empleando las computadoras ms rpidas solamente procesos moleculares muy rpidos
pueden ser simulados al nivel atmico.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

Regiones Tpicas de Tiempo para el Movimiento Molecular

Escala de tiempo Amplitud Descripcin


corto femto, pico 0.001 - 0.1 - vibraciones en longitudes de unin
10-15 - 10-12s y ngulos de unin
- restriccin en el movimiento de
ngulos diedro
mediano pico, nano 0.1 - 10 - libre movimiento de las cadenas
10-12 - 10-9s laterales de la superficie
- movimiento de vueltas de horquilla,
movimientos colectivos
largo nano, micro 1 - 100 - plegamiento de pptidos muy
10-9 - 10-6s pequeos
- transicin hlice-alambre
muy largo micro, second 10 - 100 - plegamiento de protenas

10-6 - 10-1s
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

Script de XPLOR para calcular una estructura extendida a partir de un archivo PSF

structure @PROTEIN.psf end {*Read structure file.*}


Leer archivos PSF y los parmetros parameter @/PROGRAMS/xplor-nih-2.9.1/toppar/parallhdg_new.pro end

vector ident (X) ( all )


vector do (x=x/10.) ( all )
Manipulacin matemtica de vector do (y=random(0.5) ) ( all )
las propiedades atmicas vector do (z=random(0.5) ) ( all )
{*Friction coefficient, in 1/ps.*}
vector do (fbeta=50) (all) {*Heavy masses, in amus.*}
vector do (mass=100) (all)
parameter
nbonds
Conjunto de parmetros para cutnb=5.5 rcon=20. nbxmod=-2 repel=0.9 wmin=0.1 tolerance=1.
la funcin de energa potencial rexp=2 irexp=2 inhibit=0.25
no enlazante end
end
Define cuales funciones de flags exclude * include bond angle vdw end
energa potencial se usarn minimize powell nstep=50 nprint=10 end
flags include impr end
minimize powell nstep 50 nprint=10 end
Ejecuta el conjunto de dynamics verlet
Minimizacin y Dinmica nstep=50 timestep=0.001 iasvel=maxwell firsttemp= 300.
tcoupling = true tbath = 300. nprint=50 iprfrq=0
end
.
.
Introduccin a las Tcnicas de Modelado Molecular

Script de XPLOR para calcular una estructura extendida a partir de un archivo PSF

.
.
parameter
nbonds
Cambiar los parmetros no-enlazantes rcon=2. nbxmod=-3 repel=0.75
end
end
minimize powell nstep=100 nprint=25 end
dynamics verlet
nsteps=500 timestep=0.005 iasvel=maxwell
firsttemp = 300.
Otro ciclo de Minimizacin y tcoupling = true tbath = 300. nprint=100 iprfrq=0
Dinmica donde se aaden los end
hidrgenos a la estructura y sta flags exclude vdw elec end
se refina vector do (mass=1.) ( name h* )
hbuild selection=( name h* ) phistep=360 end
flags include vdw elec end
minimize powell nstep=200 nprint=50 end
{*Write coordinates.*}
remarks extended strand (PROTEIN)
Se guarda la estructura y se detiene write coordinates output=PROTEIN.ext end
stop
Image adopted from Nature Rev. Drug Discov. 2, 369-378 (200

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