ENZIMOLOGI

( Bagian I )

Pendahuluan
Di dalam mahluk hidup berlangsung

beraneka ragam rangkaian reaksi

biokimia yang dikenal sebagai
metabolisme.

jalur

Contoh: - jalur metabolisme pembentuk

energi

biologis (mis. glikolisis)

- jalur metabolisme pembentuk

bahan struktural penyusun

jaringan

Pada lingkungan normal di dalam

mahluk hidup kebanyakan reaksi
biokimia berlangsung amat lambat
sehingga tak mampu menunjang
Pada dasarnya laju reaksi kimia dapat
kehidupan
ditingkatkan dengan:
meningkatkan kadar reaktan
( tak selalu dapat
terlaksana pada mahluk hidup! )
meningkatkan suhu reaksi
( tak mungkin terjadi pada
mahluk
hidup!
)
Solusi
: pada
mahluk
hidup laju reaksi
ditingkatkan dengan cara lain
menggunakan katalis biologis (enzim)

Katalis
Katalis adalah senyawa yang dapat
meningkatkan laju reaksi kimia dengan
jalan memodifikasi mekanisme reaksi
tanpa dikonsumsi oleh reaksi (pada
akhir reaksi di dapatkan kembali
secara utuh)
Secara konseptual katalis dapat
digolongkan menjadi katalis umum dan
enzim
Contoh katalis umum:
H+
Alumina
Zeolit

Enzim sebagai katalis

Enzim merupakan katalis biologis
(biokatalis) yang mangkatalisis raksireaksi biokimia
Sebagai katalis, enzim memiliki ciri:
Berujud protein dan sebagian kecil
juga berupa RNA ( ribozim )
Spesifik (terhadap substrat/terhadap
jenis reaksi kimia)
Daya katalisis yang tinggi (daya
katalisis adalah
Daya katalisis yang dapat
dikendalikan

Keuntungan pengunaan enzim

sebagai katalis
Reaksi berlangsung pada keadaan yang
sesuai untuk mahluk hidup (suhu dan
kadar substrat yang tak perlu tinggi, pH
yang sesuai)
Reaksi spesifik, tanpa produk sampingan
Laju reaksi yang dapat dikendalikan,
sesuai dengan kebutuhan

Peningkatan laju reaksi oleh enzim

Enzim

Laju reaksi
tanpa enzim

Laju reaksi
enzimatik

Peningkatan
laju reaksi

Karbonik anhidrase

1,3 x 10-1

1 x 106

7,7 x 106

Triosa fosfat isomerase

4,3 x 10-6

4300

Karboksipeptidase A

3,0 x 10-9

578

1,9 x 1011

Nuklease stafilococcus

1,7 x 10-13

95

5,6 x 1014

1 x 109

Enzim meningkatkan laju reaksi 106 -1020

x !!!

Contoh perbandingan daya

katalisis enzim dengan katalis
umum
Contoh reaksi

:
Laju relatif

Tanpa katalis

Dengan Pt (katalis umum)

1
:

10,000

Dengan katalase (enzym): 300,000,000,000

Struktur enzim
Secara kimiawi molekul enzim berujud
protein (sebagian kecil enzim berupa RNAtidak dibicarakan di sini).
Protein adalah makromolekul berupa rantai
peptida yang terbentuk dari satuansatuan asam amino yang terangkai oleh
ikatan peptida. Urutan asam amino pada
rantai peptida dinamai struktur primer
protein.
Rantai peptida akan melipat membentuk
struktur sekunder berupa bentukan 3dimensi berujud -heliks,
-pleat, dan
lipatan acak (random coil).

Metionin

Leusin

Aspartat

Tirosin

Rantai
peptida

Ikatan
peptida

Ikatan peptida

Struktur primer protein: Ikatan peptida merangkai unit-unit asam amino

menjadi rantai peptida

 -Pleat

Heliks
Struktur sekunder (heliks dan -pleat) dan tersier proein

Beberapa rantai peptida berstruktur

tersier dapat bergabung melalui ikatan
non-kovalen membentuk protein
berstruktur kuarterner.
Sebagian enzim berujud protein tersier
dan sebagian lagi berupa protein
kuarterner yang terbentuk dari beberapa
unit rantai peptida.
Struktur sekunder, tersier dan
kuarterner terbentuk oleh ikatan non
kovalen yang relatif lemah, sedangkan
struktur primer terbentuk oleh ikatan
kovalen berupa ikatan peptida yang kuat.

Struktur primer

Struktur sekunder

Struktur tersier

Struktur kuarterner

Struktur primer, sekunder, tersier, dan kuarterner protein

Pengaruh fisika dan kimia dapat

memutus ikatan lemah intramolekul
sehingga mengubah konfigurasi tiga
dimensi protein.
Pengaruh yang lebih kuat dapat merusak
struktur kuarterner, tersier dan sekunder
protein sehingga mengakibatkan
denaturasi protein.
Perubahan struktur protein dapat
mempengaruhi kerja enzim sehingga
berdampak pada efektifitasnya sebagai
katalis.

Struktur tiga demensi molekul

enzim

Active site
Molekul enzim
memiliki bagian
yang secara tiga
dimensi berbentuk
celah, dikenal
sebagai active site.
Pada active site ini
terikat substrat
yang sesuai
membentuk
kompleks enzimsubstrat, ikatan
berujud ikatan
lemah (nonkovalen).

Kofaktor
Untuk dapat bekerja sebagai katalis,
beberapa enzim masih memerlukan
faktor tambahan yang dikenal sebagai
kofaktor
Apoenzim (enzim asli=nya) + kofaktor
= holoenzim
Kofaktor dapat berupa:
Koenzim (kosubstrat): senyawa
organik non-protein yang terikat enzim
melalui ikatan lemah, contoh NAD+
Gugus prostetik: senyawa organik
yang terhubung melalui ikatan kuat
(ikatan kovalen) dengan enzim, contoh:
Koenzim-A (CoASH)

Banyak koenzim merupakan derivat

(turunan) vitamin
Contoh koenzim derivat
vitamin

Koenzim lainnya bukan merupakan vitamin

atau turunannya
Contoh koenzim bukan
derivat vitamin
Koenzim
Koenzim A
Koenzim M
Koenzim Q

Beberapa enzim memerlukan kofaktor

anorganik berupa ion/logam (bukan
koenzim)
Contoh
kofaktor Enzim
anorganik
Kofaktor
Mg++
Glukosa 6-fosfatase,
heksokinase
Mn++
Arginase
Ni
Urease
Se
Glutation peroksidase
Zn
DNA polimerase

Energetika reaksi kimia

Untuk dapat bereaksi, molekul-molekul
senyawa kimia harus memiliki energi
kinetik yang cukup
Energi kinetik tersebut diperlukan untuk
mencapai keadaan transisi
Keadaan transisi adalah suatu keadaan
di mana ikatan intra molekul menjadi tak
stabil sehingga mudah terganggu dan
selanjutnya dapat membentuk ikatan
baru ( molekul baru)
Energi yang diperlukan untuk mencapai
keadaan transisi ini disebut energi

Kurva perjalanan reaksi

Keadaan transisi

Energi

Energi aktivasi
tanpa enzim

Reaktan
CO2 + H2O

Energi yang dibebaskan selama reaksi

Produk
H2CO3

Koordinat reaksi

Mekanisme kerja enzim

Pelibatan enzim akan menciptakan
mekanisme reaksi alternatif dengan
keadaan transisi yang memiliki tingkat
energi yang lebih rendah
Keadaan transisi berenergi lebih rendah
menyebabkan energi aktivasi yang
diperlukan menjadi lebih kecil
Karena energi aktivasi lebih kecil, suhu
reaksi yang diperlukan menjadi lebih
rendah

Kurva perjalanan reaksi dengan

enzim
Tanpa enzim

Energi

Energi aktivasi
tanpa enzim

Dengan enzim
Energi aktivasi
dengan enzim
Reaktan
CO2 + H2O
Keadaan transisi

Energi yang dibebaskan selama reaksi

Produk
H2CO3

Koordinat reaksi

Spesifisitas enzim

Berbeda dengan katalis umum yang dapat

mengkatalisis berbagai macam reaksi,
enzim merupakan katalis spesifik yang
hanya bekerja pada substrat atau jenis
reaksi kimia tertentu saja
Spesifisitas enzim ditentukan oleh ujud
active site nya
Untuk dapat mengkatalisis reaksi,
substrat harus terikat pada active site
Mekanisme pengikatan enzim-substrat
dijelaskan menurut 2 hipotesis:
Mekanisme lock and key

Mekanisme lock and key

Menurut hipotesis ini struktur active site

bersifat kaku dan tak dapat berubah
bentuk
Substrat memiliki struktur yang tepat
komplementer dengan active site enzim
(analogi anak kunci dengan kuncinya)
Hipotesis ini menjelaskan spesifisitas
enzim, namun tak dapat menjelaskan
beberapa aspek mekanisme kerja enzim
(mis. keadaan transisi)

Mekanisme lock and key

Substrat

Active site
( Struktur active site
tepat komplementer
dengan substrat )

Enzim
Substrat mendekati
Kompleks enzimactive site enzym
substrat

Produk

Kompleks enzimproduk

Produk terlepas dari

enzim

Mekanisme induced fit

Menurut hipotesis ini, walau memiliki

afinitas terhadap substrat, struktur active
site dalam keadaan aslinya tidak tepat
komplementer dengan substrat
Active site (dan keseluruhan molekul
enzim-nya) bersifat lentur, dan setelah
berikatan dengan substrat akan sedikit
berubah bentuk sehingga akhirnya
menjadi tepat komplementer dengan
substrat
Hipotesis ini menjelaskan dapat
menjelaskan spesifisitas enzim tertentu
yang agak longgar terhadap beberapa

Mekanisme induced fit

Active site
(Struktur active site tidak tepat
komplementer dengan substrat)
Produk
Substrat

Substrat mendekati
active site enzym

Active site sedikit

berubah bentuk saat
beikatan dengan enzym

Kompleks enzimsubstrat

Kompleks enzimproduk

Produk terlepas dari

enzim

Skema 3 dimensi mekanisme

induced fit
Active site lentur dan sedikit berubah
bentuk sehingga menjadi
komplementer dengan substrat
Active site

Substrat

Perbandingan mekanisme lock and key

dan induced fit
Active
site

Mekanisme lock and key

Active
site

Mekanisme induced fit

Konformasi
keadaan transisi

Spesifisitas enzim
Terdapat beberapa derajat spesifisitas
enzim:
Spesifisitas relatif (spesifisitas jenis
ikatan/spesifisitas rendah)

Spesifisitas moderat (spesifisitas

gugusan/spesifisitas struktural)

Spesifisitas absolut (spesifisitas

tinggi/spesifisitas substrat)

Spesifisitas optis (stereospecificity)

Spesifisitas relatif (spesifisitas jenis

ikatan/ spesifisitas rendah)
Satu enzim dapat bekerja pada beberapa
substrat yang memiliki ikatan kimia
sejenis.
Contoh: enzim amilase dapat
menghidrolisis ikatan
1-4
glikosidik yang terdapat pada
amilum, glikogen, dan dekstrin

Spesifisitas moderat (spesifisitas

gugusan/ spesifisitas struktural)
Satu enzim dapat bekerja pada beberapa
substrat yang memiliki ikatan kimia sejenis
yang menghubungkan gugus/struktur
sejenis.
Contoh: enzim pepsin menghidrolisis
ikatan-ikatan peptida di bagian
dalam rantai peptida dengan
syarat : salah satu asam amino yang
membentuk gugus amino dari
ikatan peptida yang bersangkutan
adalah asam amino aromatik .

Spesifisitas absolut (spesifisitas

tinggi/spesifisitas substrat)
Satu enzim hanya bekerja pada satu
substrat saja.
Contoh: - Laktase, hanya bekerja pada
laktosa
- Arginase, hanya bekerja pada
arginin

Spesifisitas optis (stereospecificity)

Satu enzim hanya bekerja pada salah satu
isomer optis dari suatu senyawa spesifik.
Contoh:

- -glikosidase hanya bekerja

pada ikatan
-glikosidik, dan tak bekerja
pada ikatan
-glikosidik.

- L-amino acid oxidase hanya

bekerja pada
L-asam amino, dan tak bekerja
pada
D-asam amino

Faktor-faktor yang
mempengaruhi aktivitas enzim
Suhu
pH
Kadar enzim
Kadar substrat

Pengaruh pH pada aktivitas

enzim
pH dapat mempengaruhi ikatan
antarmolekul enzim dengan substrat
pH dapat mengubah ikatan intramolekul
enzim perubahan struktur 3 dimensi
active site perubahan aktivitas
Enzim hanya dapat bekerja pada
rentang pH yang sempit
pH dengan aktivitas enzim tertinggi
dalam rentang tersebut dikenal sebagai
pH optimum
pH optimum suatu enzim umumnya
berkisar di sekitar pH habitat alaminya

Pengaruh pH pada aktivitas

enzim
pH optimum
tripsin

Laju reaksi

pH optimum
pepsin

pH reaksi

Pengaruh suhu pada aktivitas

enzim
Suhu energi kinetik molekul
probabilitas benturan antarmolekul
dengan energi adekuat kecepatan
reaksi (berlaku untuk semua reaksi
Untuk
kimia) enzim (protein): bila suhu
terlampau tinggi denaturasi aktivitas
hilang
Suhu optimum:
- suhu tertinggi untuk suatu
enzim tertentu tanpa efek negatif akibat
denaturasi
Suhu optimum enzim umumnya sesuai
dengan suhu habitat alaminya

Pengaruh suhu pada aktivitas

enzim
Suhu
pH optimum
optimum enzim
bakteria
tripsinair panas

Laju reaksi

Suhu optimum
enzim manusia

Suhu reaksi

Pengaruh kadar substrat pada laju

reaksi enzimatik
Secara umum, laju reaksi kimia akan
bertambah cepat bila kadar reaktannya
meningkat (hukum mass action)
Peningkatan kadar substrat akan
meningkatkan laju reaksi enzimatik
secara hiperbolik (peningkatan laju reaksi
enzimatik tidak berbanding lurus dengan
peningkatan kadar substrat) sampai pada
kadar substrat tertentu di mana
penambahan substrat lebih lanjut tidak lagi
meningkatkan laju reaksi
Laju reaksi tertinggi yang tidak bertambah
lagi walau kadar substrat diperbesar
dinamai Vmax

Kejenuhan enzim pada kadar substrat

yang tinggi

Laju reaksi (Vo)

KM = [S] di mana vo = Vmax

KM

[S]
Kurva Michaelis-Menten

1 Km 1
1

v Vmax [S ] Vmax

y = ax + b

KM
Kurva Michaelis-Menten

Makna KM dan Vmax

Enzim harus berikatan dengan substrat
membentuk kompleks ES sebelum terjadi
katalisis membentuk produk

Pengikatan substat

Katalisis

Makin banyak kompleks ES, makin tinggi

pula laju reaksi tahap katalisis

KM adalah kadar substrat yang

menghasilkan laju reaksi sebesar
Vmax. Secara matematis:
Persamaan
Michaelis-Menten

Untuk reaksi enzimatik:

KM =

k-1 + k2
k1

Makin besar k1 (berarti makin kecil angka KM) makin banyak enzim yang berikatan
dengan substrat (ES), maka: (lihat slide berikutnya)

KM =

k-1 + k2
k1

KM mencerminkan daya ikat enzim

terhadap substrat untuk membentuk
kompleks ES (menggambarkan afinitas
enzim terhadap substrat)
KM yang yang rendah mencerminkan
afinitas tinggi enzim terhadap substrat
(makin banyak membentuk kompleks ES),
sebaliknya :
KM yang tinggi menggambarkan
afinitas rendah enzim terhadap substrat
KM dapat pula dipandang sebagai ukuran

Harga KM adalah spesifik untuk tiap

enzim
Misalnya ada 2 enzim (enzim A dan
enzim B) yang dapat bekerja pada
substrat yang sama (substrat C). Enzim
A memiliki KM yang rendah dan enzim B
memiliki yang KM yang lebih tinggi,
maka
enzim A akan dapat bekerja pada
kadar C yang rendah (afinitas enzim
Harga
Vmax terhadap
juga spesifik
untukCsuatu
A tinggi
substrat
)
enzim
tertentu,enzim
yang B
menggambarkan
sedangkan
baru dapat
lajubekerja
reaksi maksimum
dapat
pada kadar yang
C yang
lebih
dikatalisis
tinggi. oleh enzim yang
bersangkutan

Pengaruh kadar enzim pada laju

reaksi enzimatik
Pada keadaan alami kebanyakan reaksi
enzimatik berlangsung pada kadar
substrat yang jauh lebih besar dari pada
kadar enzim
Dengan demikian penambahan kadar
enzim tidak akan kejenuhan substrat
terhadap enzimnya, maka
Pada keadaan alami peningkatan kadar
enzim akan berbanding lurus (bukan
berbanding hiperbolik) dengan
peningkatan laju reaksi enzimatik

Golongan inhibitor
1.

Inhibitor reversibel: penghambatan

tidak permanen dan enzim dapat
diperoleh kembali dalam keadaan utuh,
meliputi:
a)

Inhibitor kompetitif

b) Inhibitor

Inhibitor uncompetitive
Inhibitor irreversible , umumnya
disertai kerusakan permanen struktur
protein
c)

2.

nonkompetitif

Inhibitor kompetitif
Struktur inhibitor mirip substrat
Inhibitor bersaing (kompetisi) dengan
substrat untuk berikatan pada active site

Inhibitor kompetitif

Ciri:
- Vmax
tetap
- KM

Inhibitor non-kompetitif
Struktur inhibitor berbeda dengan
struktur substrat
Inhibitor terikat bukan pada active site
Pengikatan substrat dan inhibitor tidak
saling menghalangi

Inhibitor non-kompetitif

Ciri:
- Vmax
- KM tetap

Penggolongan enzim
1.Oksidoreduktase:

mengkatalisis reaksi

oksidasi-reduksi
2.Transferase: mengkatalisis pemindahan
gugus fungsi- onal (mis. gugus metil, gugus
fosfat) dari satu senyawa ke senyawa lain
3.Hidrolase: mengkatalisis hidrolisis ikatan
kimia (hidro- lisis adalah pemutusan ikatan
kimia yang melibatkan molekul H 2O)
4.Liase: mengkatalisis pemutusan ikatan
kimia tanpa melibatkan molekul air)
5.Isomerase: mengkatalisis perubahan
isomer senyawa menjadi isomer lainnya
6.Ligase: mengkatalisis penggabungan dua
molekul melalui ikatan kimia

...terimakasih atas perhatiannya