Aminocidos, peptdeos e

protenas

Caractersticas qumicas
dos aminocidos

Os aminocidos

Os aminocidos
presentes nas
protenas so
ismeros L
A biologia
canhota

Glicina no
tem isomeria
ptica

Carbo
no alfa

Grupo R apolar e
alifticos
Aminocidos apolares e hidrofbicos
Ligaes de Van der Waals
Ala, Val, Leu, Iso
Interaes hidrofbicas

Gly; menor aminocido

Met
Possui tomo de enxofre

Pro
Iminocido, menor flexibilidade estrutural

Grupo R aromticos
Aminocidos hidrofbicos
Tirosina pode formar pontes de
hidrognio com a gua
Modificaes pstraducionais
Fosforilao do OH
da tirosina

Fenilalanina
Mais apolar

Grupos R polares, no
carregados
Solubilidade intermediria em gua
Serina e treonina
Grupos hidroxil

Asparagina e glutamina
Grupo amida

Cistena
Grupo sulfidril
Ligaes dissulfeto

Grupos R carregados
Aminocidos bsicos

Carga positiva
Lisina, segundo grupo amino
Arginina, grupo guanidina
Histidina, grupo aromtico
imidazol

Aminocidos cidos
Carga negativa
Possuem segundo grupo
cido carboxlico

Aminocidos
incomuns
Modificaes ps-traducionais

4-hidroxiprolina
5-hidroxilisina
6-N-metil-lisina
Gama-carboxiglutamato
Fosforilao de resduos

Selenocistena
Selnio ao invs de enxofre na Cys
adicionado durante a traduo por
mecanismo especfico e regulado

pH e pKa
Constantes de dissociao
dependem do pH do meio e so
diferentes para diferentes molculas
Ionizao
< pH; > [H]+
estado no-ionizado

Aminocidos so
ionizveis
Substncias
anfteras:
possuem natureza
dual
Podem funcionar
assim como
cidos ou bases
Doam ou recebem
prtons

Titulao de um aminocido

Concluso: a
funo das
protenas
depende do
pH ao qual
esto
submetidas

Curvas de titulao
predizem a carga eltrica
dos aminocidos
Alguns aminocidos podem ter tomos
ionizveis tambm em sua cadeia lateral

Peptdeos e protenas

Ligaes peptdicas e o
ngulo omega

Ligaes peptdicas tem

geometria rgida e planar

Trans:

= 180

ngulos torsionais, phi e

psi
Responsveis pela
curvatura na
estrutura da protena
Entre o C-
e o N (do NH2)
e o C (do COOH)

Omega, phi e psi

Polipeptdeo
>Insulina [Homo sapiens]
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVN
QHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT
RREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLA
LEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENY
CN

Peptdeos so ionizveis
Ou seja,
possuem curva
de titulao
caracterstica
Funcionam em
faixas de pH
timas

Nmero de resduos por

protena

Uso de
aminocidos
Varia bastante entre
as protenas
No permite predizer
com preciso o
comportamento
molecular da
molcula

Protenas com outros grupos

qumicos
Adicionados ps-traducionalmente

Trabalhando com
protenas

Protenas podem ser separadas e

purificadas
Sabendo que a clula possui
milhares de protenas, como
purificar uma nica delas?
Basta selecionar por propriedade
Tamanho, carga e propriedades de
ligao

Obter o extrato bruto

correr em cromatografia de coluna
Fase estvel (matriz)
Fase mvel (soluo com tampo)

Coluna maior permite maior

resoluo na separao

Cromatografia por troca

inica
Polmero carregado
negativamente
Protenas positivas ligam
ao polmero e demoram
mais a ser eludas da
coluna

Afinidade da protena
definido tambm pelo
pH

Cromatografia por excluso

de tamanho
Grnulos porosos
na matriz seguram
as molculas
menores
Molculas grandes
no entram nos
poros e so
eludas primeiro

Cromatografia de
afinidade
Adiciona-se matriz
da coluna algum tipo
de molcula
ligante da molcula
de interesse
Molcula ligadora de
ATP; adiciona-se ATP
matriz
Elui-se com soluo
de ATP

Eletroforese -Histrico

1952, Markham and Smith

1955, Smithies

Gis de acrilamida com maior resoluo e

permitem separar ainda molculas
grandes de DNA

1980, Schwartz and Cantor

Gis de amido funcionam bem para

separar protenas do soro humano

1967, Loening

Ao estudarem hidrlise de RNA percebem

que molculas de diferentes estruturas
tm sua mobilidade diferenciada quando
aplicadas num papel e submetidas a um
campo eltrico

Eletroforese em campo pulsado separa

fragmentos enormes

hoje impossvel imaginar um

laboratrio de biomol sem eletroforese
acontecendo a todo instante...

Eletroforese
Movimento de partculas
dispersas num fludo sob
influncia de um campo eltrico
uniforme
DNA, carga negativa
Tem tendncia a se dirigir ao
polo positivo quando sujeito a
um campo eltrico

Serve para separar molculas

por tamanho/carga eltrica
Protena deve ser desnaturada
com detergente (SDS)

Tcnica utilizada exausto em

trabalhos de biologia molecular

Eletroforese, etapas
1.Preparao do gel
2.Aplicao das amostras
3.Eletroforese
4.Colorao
5. Anlise dos resultados

Preparao
do gel
Horizontal X Vertical
Agarose X Poliacrilamida

Aplicao das amostras

Definio do mapa
das amostras por
canaleta

Corrida do gel
Aplicao do campo
eltrico
Fonte eltrica gera
fluxo de ons atravs
da soluo tampo
Terminais positivo e
negativo
Tempo adequado,
seno o DNA sai do gel

Colorao das molculas

Prata
Gel SDS-PAGE
PoliAcrilamide Gel Electrophoresis

Melhor resoluo

Coomassie blue, etc

Brometo de etdio
Agente intercalante do DNA
Cancergeno!

Composto fluorescente luz UV

Gel de agarose

Eletroforese de um
resultado de cromatografia

O marcador de peso
molecular
Comprado de uma empresa
Possui protenas de peso molecular bem conhecido

Permite saber o peso molecular da(s) protena(s)

presente(s) numa amostra

Geis
bidimensionais
Corre-se o gel normalmente
em uma dimenso... E depois
corre-se em outra dimenso
Cada ponto representa
aproximadamente uma
protena original presente na
amostra
Maiores gis do maiores
resoluo

Protenas no separadas
podem ser quantificadas
Deve-se saber
qual o substrato
que a enzima
usa
Deve-se poder
medir o produto
da ao
enzimtica
Uma unidade
de enzima
digere 1mol de
substrato por
minuto a 25C

Estrutura primria das

protenas

Nveis estruturais das

protenas

Estruturas secundrias
Descreve o arranjo espacial
dos tomos na cadeia
principal
Ocorre quando os ngulos
diedros (phi e psi)
permanecem quase iguais
durante todo um segmento
da protena
Tipos

Hlices
Conformaes
Voltas
Indefinida (loops, coils, turns)

Alfa-hlices
O arranjo mais simples que as protenas podem
assumir um arranjo helicoidal
Esqueleto polipeptdico fica
enrolado em torno de um eixo
imaginrio
Cada volta contm 3,6 resduos
= -57; = -47

Grupos R se voltam para fora

do eixo
Em mdia, 25% dos aminocidos de qualquer protena esto
em hlices

All-alpha proteins

Estabilidade da alfa
hlice
A hlice comum porque
nesse modelo as
posies das ligaes
de hidrognio esto
otimizadas
Entre um H ligado ao NH2
e um O do COOH
Cada ligao peptdica
participa de ligao de
hidrognio, conferindo
estabilidade

Para isso, todos os

aminocidos precisam ter
o mesmo tipo de
isomeria ptica (L ou D)

Tendncia dos Aminocidos em formar hlices

O grupo lateral interfere na

capacidade do aminocido em
formar hlices
Volume e forma de Asp, Ser, Thr
e Cys desestabilizam se
estiverem muito prximos
Pro e Gly dificultam a formao
de hlices

Relaes com o vizinho

tambm so importantes
Componentes amino a carbonil
formam dipolo eltrico

Restries para a formao

de hlice-
195
1. Tendncia do resduo
em formar hlice
2. Interaes entre os
grupos R espaados 3-4
aa
3. Volumes dos grupos R
adjacentes
4. Ocorrncia de Pro e Gly
5. Interaes entre
resduos das
extremidades com o
dipolo

Conformao
(beta)
Esqueleto estendido em
forma de zigue-zague
Folhas paralelas e antiparalelas
Paralela: = -119; =
113
Anti-par: = -139; =
135

Quanto as folhas so
prximas, os grupos R
devem ser pequenos
Teias e queratinas... Gly e Ala

Estruturas em folhas
Beta
Beta-propeller
Beta-barril

Dicroismo circular (CD)

Uma assimetria estrutural em uma molcula leva

a diferenas de absoro de luz polarizada

A medida dessa diferena permite-nos ter uma

idia da estrutura secundria de uma protena.

Dicroismo circular
O CD pode ser empregado na obteno de
detalhes
estruturais de diferentes tipos de compostos:
Protenas;
Carboidratos;
cidos nuclicos;
Frmacos;
considerado o mtodo de escolha para
determinao
rpida do contedo de estrutura 2 de peptdeos
e
protenas;
O CD um mtodo altamente sensvel, capaz de
distinguir
conformaes de -hlice, folhas- e alas.

Estruturas tercirias e quaternrias de protenas

Estrutura terciria (3D)

Arranjo tridimensional total de
todos os tomos de uma protena
Alcance mais longo e dimenso
total, quando comparado com 2D
Segmentos distantes na
estrutura 1D podem ser atrados
por interaes fracas
Algumas protenas so formadas
por mais de um complexo
polipeptdico (quaternria)
Protenas fibrosas e globulares

Protenas fibrosas

Queratina, colgeno, fibrona

Protenas estruturais: fora e
elasticidade

Insolveis em gua: aas

hidrofbicos (Ala, Val, Leu, Ile, Met e Phe)
Alfa queratina: cabelo, pelo,
unhas, garras, penas, chifres,
cascos e parte externa da pele
Pontes dissulfeto
estabilizam e do mais
resistncias s cadeias

Colgeno
Tecidos conectivos:
tendes, cartilagens
Garante resistncia

Hlice especfica (phi

= -51; psi = 153)
Existem mais de 30
variantes do
colgeno
dependendo do
tecido e da funo

 Folhas beta

Rica em Ala e Gly

Alto empacotamento

Ligaes de H entre as
cadeias B

No elstica, mas flexvel

A fibrona, produzida por aranhas

e insetos, uma protena fibrosa
constituda por cadeias
estendidas, e rica em Alanina e
Glicina (estudos da sequncia
indicam a presena da unida de (Gly-Ser-Gly-Ala-Gly-Ala-)n)
As folha ficam sobrepostas em
camadas com um empacotamento
de Alaninas numa face e Glicinas
na outra
A as propriedades mecnicas da
seda podem ser explicadas se
considerarmos a sua estrutura:
pequena extensibilidade:
porque a cadeia j uma
estrutura
quase totalmente estendida
flexibilidade: porque as foras entre
camadas sucessivas so de
natureza no-covalente
(relativamente fracas)

Fibronas de seda

Protenas globulares
Diversidade estrutural reflete diversidade
funcional
Dobramento gera estrutura compacta

Teem partes em hlices-a e partes em

folhas-B
Motivos estruturais
Padro identificvel
Envolve elementos 2D
e conexes entre eles

Classificao estrutural das

protenas

Classificao estrutural das

protenas

SCOP Famlias de
protenas

Estrutura quaternria
Dmeros,
homodmeros,
heterodmeros
Trmero, tetrmero
Oligmero,
multmero

Desnaturao de
protenas
Condies diferentes
das celulares levam as
protenas desnaturao
Perda da estrutura leva
tambm perda da
funo
Calor, pHs extremos,
temperatura (?), solventes
orgnicos, detergentes

Renaturao de
protenas
A sequncia terciria
determinada pela
sequncia primria,
certo?
As protenas
desnaturadas,
portanto, podem voltar
aos estados nativos
atravs de renaturao,
quando o estmulo
retirado

Enovelamento protico
Lento e gradual
Diminuio da entropia
at alcanar um estado
estvel
Algumas protenas se dobram
de forma assistida pelas
protenas chaperonas

As estruturas
primrias das
protenas so
conhecidas

Para todos os genomas

sequenciados, conhece-se
a estrutura primria de
todas as protenas para
este organismo
As pontes dissulfeto
podem se formar entre
diferentes cadeias proticas
E principalmente dentro da
mesma

Sequenciamento de
peptdeos
Degradao de Edman
Marca e remove apenas o
resduo N-terminal

Mtodo ineficiente,
permite sequenciamento de
pequenas pores das
molculas
Sequenciamento do RNAm
muito mais simples e
preciso; permite sequenciar
protenas enormes como a
titina

Produo de peptdeos
Purificao a
partir de tecidos
Engenharia
gentica
Sntese qumica
direta

Alinhamento de
sequncias
Os organismos
possuem, em grande
medida, as mesmas
protenas (ortlogas)
Derivam do ancestral
comum entre os
organismos

O alinhamento permite
que identifiquemos as
pores mais
importantes
(conservadas) da
protena

Evoluo molecular
Quanto mais similares as
sequncias das protenas dos
organismos, mais prximos eles so
evolutivamente

rvore molecular da vida

Concluses
Diferentes caractersticas qumicas das cadeias laterais
dos aminocidos definem caractersticas de peptdeos e
protenas
Os resduos de aminocidos so ligados s centenas
ou milhares para formar peptdeos e protenas
As protenas podem ser modificadas pstraducionalmente
As protenas podem ser separadas por carga, tamanho e
afinidade e assim estudadas isoladamente
cromatografia e eletroforese
As protenas podem ser sequenciadas e sua estrutura
primria (seq. de aminocidos conhecida)
As sequncias das protenas so excelentes marcadores
da evoluo da vida na terra