ENZIMAS

Las enzimas son protenas

Catalizan reacciones qumicas necesarias

para la sobrevivencia celular
Sin las enzimas los procesos biolgicos
seran tan lentos que las clulas no podran
existir.
Las enzimas pueden actuar dentro de la
clula , fuera de sta, y en el tubo de ensayo.

E + S ES EP E + P
E

La enzima disminuye la energa de

activacin
Sin enzima
Con enzima

La Ea de la hidrlisis de la urea
baja de 30 a 11 kcal/mol con la
accin de las enzimas, acelerando
la reaccin 1014 x

E+S

E+P
Tiempo de la reaccin

El aumento de temperatura
necesario para producir la reaccin
no catalizada seria de 529C

Enzima - Catalizador

Tanto la enzima como el catalizador aceleran

la velocidad de una reaccin qumica.
Una enzima puede transformar 1000
molculas de sustrato/ segundo
Las enzimas tienen 3 propiedades que los
catalizadores NO tienen

Especificidad por el sustrato

Se inactivan por desnaturacin
Pueden ser reguladas

Las enzimas se unen a los reactivos

(sustratos) reduciendo la energa de
activacin

Cada enzima tiene una forma nica

con un sitio o centro activo en el que
se une al sustrato

Despus de la reaccin, enzimas y

productos se separan.

Las molculas enzimticas no han

cambiado despus de participar en la
reaccin

Las enzimas cumplen su papel cataltico gracias a:

Fijacin estereoqumicamente complementaria
del substrato
Transformacin cataltica del mismo
En ambas funciones participan:
Cadenas laterales de los aminocidos
Grupos o molculas no proteicas:
Grupos prostticos
Iones metlicos
Cofactores

Los siguientes hechos:

Especificidad de la reaccin enzimtica
Carcter heterogneo de la catlisis enzimtica

Nos llevan a postular la existencia de un Centro Activo

en la molcula de enzima, capaz de:
Fijar especficamente al substrato
Transformarlo catalticamente.

Enzima

Sustrato
Sitio activo

La unin del sustrato es muy

especfica

Complementariedad geomtrica

Complementariedad
inicas

Modelos:

de

Encaje inducido
Llave cerradura.
Estado de transicin

cargas,

uniones

Teoras de la accin enzimtica, 1

Modelo de Llave y Cerradura (Emil Fischer)
Substrato y enzima se acoplan de forma estereospecfica,
de la misma manera que una llave se ajusta a su
cerradura.
Modelo aceptado durante mucho tiempo; hoy se
considera insuficiente al no explicar algunos fenmenos
de la inhibicin enzimtica

Teoras de la accin enzimtica, 2

Modelo de Ajuste Inducido (Koshland)
Tanto la enzima como el substrato sufren una
alteracin en su estructura por el hecho fsico de la
unin.
Est mucho ms de acuerdo con todos los datos
experimentales conocidos hasta el momento.

Teoras de la accin enzimtica, 3

Estabilizacin del Estado de Transicin
La teora del Ajuste Inducido se ampla en la actualidad
definiendo la accin enzimtica como
Segn lo cual, el Centro Activo enzimtico es en realidad
complementario no al substrato o al producto, sino al
estado de transicin entre ambos.

Una enzima puede unir dos sustratos

en su sitio activo

Clasificacin y
nomenclatura de enzimas

Clasificacin y nomenclatura
Nombre sistemtico:

Grupo transferido

ATP: hexosa fosfotransferasa

Donador

Aceptor

Tipo de reaccin catalizada

Grupos
qumicos

Nmero Enzyme Commission:

Enzyme
Comission

EC 2.7.1.1
Grupo

Enzimas
Subgrupo

Nombre comn (sustrato+asa): Hexokinasa

Clasificacin y nomenclatura
Clasificacin de enzimas por Grupos

EC 1.x Oxidorreductasas
EC 2.x Transferasas
EC 3.x Hidrolasas
EC 4.x Liasas
EC 5.x Isomerasas
EC 6.x Ligasas

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreduccin, en que tomos de
oxigeno hidrogeno son trasladados entre molculas:

Ared + Box

Aox + Bred

AH2 + B

A + BH2

En las reacciones redox, siempre tienen que estar presentes a

la vez el aceptor y el dador electrnico.

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Nombre: Dador:Aceptor oxidorreductasa
-D-Glucosa : O2 1-oxidorreductasa
Dador

EC 1.1.3.4

Aceptor
Nombre comn:
Glucosa oxidasa

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Nomenclatura del subgrupo en oxidorreductasas:
EC 1.1.x EC 1.2.x EC 1.3.x EC 1.4.x EC 1.5.x EC 1.6.x etc.

Deshidrogenasas
Oxidasas
Peroxidasas
Oxigenasas
Hidroxilasas
Reductasas

Aplicaciones: Ensayos de diagnostico clnico (glucosa oxidasa y colesterol oxidasa

Deslignificacin Bioblanqueamiento

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de tomos
grupo de tomos entre molculas:

A-X + B

A + B-X

Dador: Aceptor Grupo transferido - transferasa

ATP: D-Hexosa Fosfotransferasa
Nombre comn: hexokinasa

EC 2.7.1.1

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Clasificacin de subgrupo de las transferasas:
EC 2.1.x
EC 2.2.x
EC 2.3.x
EC 2.4.x
EC 2.5.x
EC 2.6.x
EC 2.7.x
EC 2.8.x
EC 2.9.x

Grupos monocarbonados
Grupos aldehido o ceto
Aciltransferasas
Glicosiltransferasas
Alquil- o Ariltransferasas
Grupos nitrogenados
Grupos fosfato
Grupos sulfato
Grupos selenio

Aplicaciones: Sntesis de oligosacridos

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrlisis y tambin su reverso. Son
las ms comunes en el dominio de la tecnologa enzimtica:

A-B + H2O

A-OH + H-B

No se suelen utilizar nombres sistemticos en las

hidrolasas. Muchas de ellas conservan el nombre
Primitivo. Ejemplo: Quimosina EC 3.4.23.4.

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Clasificacin de las hidrolasas:
3.1.-.3.2.-.3.3.-.3.4.-.3.5.-.etc.

Esterasas (carboxilesterasas, fosfoesterasas, sulfoesterasas)

Glicosidasas
ter hidrolasas
Pptido hidrolasas
Acil anhdrido hidrolasas

Aplicaciones: Lipasas Sntesis de tensioactivos

Proteasas Fabrico de quesos
Glicosidasas Clarificacin de jugos; liberacin de aromas en los
vinos; aplicaciones textiles

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Caso particular Pptido hidrolasas: clasificacin comn (no
sistemtica)
I. Segn la situacin del enlace atacado:
- Exopeptidasas (extremos de la cadena) (Peptidasas)
- Endopeptidasas (interior de la cadena) (Proteinasas)
II. Segn el mecanismo cataltico:
- Serin proteinasas
- Tiol proteinasas
- Aspartil proteinasas
- Metaloproteinasas

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 4: Liasas
Catalizan reacciones reversibles de remocin de grupo de
tomos del sustrato (este grupo no incluye las hidrolasas):

A-B
Ejemplo
Nombre sistemtico:
Histidina amonio-liasa (EC 4.3.1.3)
Nombre comn:
Histidasa

A+ B

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 4: Liasas
Clasificacin de las liasas:
4.1.x - Actan sobre enlaces C-C
4.2.x - Actan sobre enlaces C-O
4.3.x - Actan sobre enlaces C-N
4.4.x - Actan sobre enlaces C-S
4.5.x - Actan sobre enlaces C-Haluro (S-, Cl-, Br-, I- At-)
4.6.x - Actan sobre enlaces P-O
4.99.x - Otras liases
Aplicaciones: Pectato liasa Remueve los compuestos indeseables (ceras,
pectinas, protenas) en fibras en la industria textil bioscouring

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Catalizan reacciones de isomerizacin moleculares

A
Ejemplo:
Glucosa isomerasa (EC 5.3.1.5)

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Clasificacin de las isomerasas:
5.1.x - Rasemasas y Epimerasas
5.2.x - cis-Trans-Isomerasas
5.3.x - Oxidoreductasas Intramolecular
5.4.x - Transferasas Intramoleculares (mutases)
5.5.x - Liasas Intramoleculares
5.99.x - Otras Isomerasas

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Catalizan la unin de dos grupos qumicos a expensas
de la hidrlisis de un nucletido trifosfato (ATP, GTP, etc.).

A + B + ATP

A-B + ADP + Pi

Ejemplo: Glutationa sintasa (EC 6.2.2.3)

Nombre sistmico:
G-L-glutamilo-L-cisteina:glicina ligase

Clasificacin y nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Clasificacin de las ligasas:
6.1.x
6.2.x
6.3.x
6.4.x
6.5.x
6.6.x

- Forman enlaces C-O

- Forman enlaces C-S
- Forman enlaces C-N
- Forman enlaces C-C
- Forman enlaces steres fosfricos
- Actan sobre enlaces N-metal

Cintica Enzimtica

Cintica Enzimtica
La cintica enzimtica es el anlisis cuantitativo del efecto de
cada uno de los factores que intervienen en la actividad
enzimtica, que se evala a travs de la velocidad de la
reaccin catalizada.
Las variables ms importantes son:
Concentracin de enzima, sustratos y productos
(incluyendo inhibidores y/o activadores)
pH
Temperatura

Ella est basada en la medicin de la velocidad de reaccin. As en la reaccin:

S

Se tendr:

Como se observa en la figura, la velocidad de reaccin (pendiente) disminuye

continuamente a partir de un valor mximo inicial. Esto se puede deber a:

dp
ds
v

dt
dt

Desaturacin de la enzima con sustrato, por disminucin de la

concentracin del sustrato

Inactivacin de la enzima por su inherente inestabilidad

Inhibicin por el producto

Desplazamiento del equilibrio, si la reaccin es reversible

Baja
concentracin
de sustrato

ALTA
concentracin
de sustrato
SATURACION

.
.
.
.
.

Efecto de la concentracin de substrato

.
[s]

Concepto de velocidad inicial

[ ]

d[P]
v = dt , t

s
t

Una cintica hiperblica implica un proceso saturante:

Hay un nmero limitado de sitios en la enzima

para fijar substrato; una vez que estn ocupados
todos, por mucho que aumente la concentracin
de substrato, la velocidad permanecer constante
tendiendo a un valor asinttico

E+S

k+1
k-1

ES

k+2

E+P

El sistema de ecuaciones diferenciales que describe la dinmica

del sistema

E+S

k+1
k-1

ES

k+2

Sistema No admite solucin analtica.

- Simulaciones numricas
- Hiptesis que lo simplifiquen

E+P

Hiptesis de Michaelis - Menten

E+S

k+1
k-1

ES

k+2

E+P

- La primera parte del mecanismo,

k+1

E+S

k-1

ES

Tiene lugar mucho ms rpidamente que la segunda:

ES

k+2

E+P

Hiptesis de
Michaelis-Menten
Equilibrio rpido

e0s
x
K m s

v k

V m ax s
v
K m s

k 2 e 0 s
v
K m s

k 2 e 0 V

E S e s e 0 x s
Km

E S
x
x

m ax

Hiptesis de estado estacionario

Segn veamos en la simulacin numrica, hay un tiempo
relativamente prolongado en el curso de la reaccin en el
que la variacin de complejo [ES] es prcticamente igual
a cero:

dx/dt = k+1es - (k-1 + k+2) x = 0

A partir de esta expresin podemos llegar a obtener una
expresin que nos da la velocidad para la concentracin
de substrato

dx
0 k 1e s k
dt

k 1e s k

e0s
k 2

x s k

v k

k 2 e 0 V

e0s

Km s

V m ax s
v
Km s
Hiptesis de
estado estacionario

m ax

A partir de las suposiciones de Michaelis-Menten y

Estado estacionario, llegamos a la ecuacin

v=

Vmax * s
Km + s

La nica diferencia radica en el significado de Km:

Km = k-1/k+1 en mecanismo de M.M.
Km = (k-1 + k+2)/k+1 en mecanismo de E.E.

Significado de la constante Km
1. Constante de equilibrio de disociacin del complejo ES
(en condiciones de equilibrio rpido)
2. Medida inversa de la afinidad de la enzima por el substrato
(en condiciones de equilibrio rpido)
3. Mide la funcin de fijacin (en cond.de equilibrio rpido)
4. Concentracin de substrato para la que la velocidad se hace
igual a la mitad de la mxima (s0.5)
5. Se define para una pareja enzima-substrato
6. Se mide en unidades de concentracin

Significado de la constante Vmax = k+2 e0

1. Velocidad asinttica para s
2. Directamente proporcional a la concentracin de
enzima (hoy se prefiere caracterizar a la enzima
por k+2)
3. Mide funcin de transformacin cataltica
4. Se expresa en unidades de velocidad

Velocidad de la reaccin (v)

Vmax

Relacin entre Km y Vmax

Michaelis y Menten

Vmax/2

Km

Concentracin de Sustrato [S]

La Km es la concentracin de sustrato
donde se obtiene la mitad de la Vmax

Velocidad de la reaccin (v)

Vmax

Vmax/2

Km

Concentracin de Sustrato [S]

A mayor Km, menor es la afinidad de la enzima por el sustrato

A menor Km mayor es la afinidad de la enzima por el sustrato

Representacin directa

Vmax

100

80

60

40

V
K

m x
m

20

s
0
0

20

Km

40

60

80

100

Representacin Lineweaver-Burke

1/Vmax
-1/Km

1
K m 1
1

v V mx s V mx

Representacin Hanes

1/V

-Km

x
ma

s
1
Km

s
v V mx
V mx

Representacin de Eadie-Hofstee
Vmax

-K

v K

v
V
s

m x

Mtodos de linealizacin para determinacin

parmetros cinticos
Mtodo

Eje Y

Eje X

Intercepto
Eje Y

Intercepto
Eje x

Pendiente

LineweaverBurke

1/v

1/s

1/V

-1/K

K/V

Hanes

s/v

K/V

-K

1/V

EadieHofstee

v/s

V/K

-K

Definicin Actividad Enzimtica

Es el nmero de moles de sustrato que

reaccionan para formar producto, por mol de
enzima y por unidad de tiempo. Esto supone
que la enzima est plenamente saturada con
sustrato y por tanto que la reaccin se efecta
con su mxima rapidez
El ndice de recambio muestra la eficiencia
impresionante de la catlisis enzimtica

 A fin de normalizar la medicin de la actividad, se ocupa el valor de

la velocidad inicial de reaccin, donde eses factores son
despreciables. As,

a vt 0

dp

dt

t 0

ds

dt

t 0

Esta velocidad inicial no se espera que sea observada en un

proceso enzimtico donde, debido a los elevados tiempos de
operacin, es razonable suponer que esos factores ejercern su
influencia.

Clculo de Actividad Enzimtica

La velocidad de reaccin catalizada por 0,1ml de

una dilucin 1:100 de Fosfatasa Alcalina es
0,3umoles / min. de producto. Cul es su
actividad enzimtica?
0,1ml-------- 0,3umoles producto / min.
1,0ml------------3,0umoles producto / min.
dil 1:100-------------300umoles
producto / min.
Respuesta: 300U/ml

Nmero o ndice de Recambio

Es til definir una constante de velocidad ms

general, k cat , para describir la velocidad
limitante de cualquier reaccin enzimtica a
saturacin
kcat x Et= Vmx

V0 = k cat x Et x [S] / KM + [S];

Kcat es una constante de velocidad de 1 er orden

con unidades de tiempo-1, tambin llamada
Nmero de Recambio

Efecto del pH en la ENZIMA

Cada enzima tiene un pH ptimo para su actividad

El pH afecta las interacciones inicas

Efecto del pH
1. Sobre la fijacin del substrato al centro activo:
- Grupos disociables de la enzima
- Grupos disociables del substrato
2. Sobre la transformacin cataltica del substrato
3. Sobre la estructura de la protena enzimtica

En el efecto de la temperatura hay dos componentes:

1. Aceleracin de la reaccin segn la ecuacin

de Arrhenius
k = A exp (-Ea/RT)
2. Desnaturalizacin trmica de la protena

Efecto de la temperatura en la ENZIMA

Aumento de la
velocidad

15

Desnaturacin
por calor

40

75

Temperatura

Cada enzima tiene una temperatura ptima.

ORGANISMOS TERMFILOS

Son organismos que viven a altas t y realizan

sus reacciones enzimticas a estas altas t
Ejemplos son los que viven en las aguas
termales
Es tema de investigacin el aislamiento de las
enzimas de estos organismos para desarrollar
procesos industriales en condiciones ms
extremas

Coenzimas
Las

coenzimas son pequeas molculas

orgnicas, que se unen a la enzima.
Las coenzimas colaboran en la reaccin
enzimtica recibiendo transitoriamente
algn grupo qumico: H+ , OH, CH3 .
La enzima sin la coenzima recibe el nombre
de APOENZIMA

El NAD es una coenzima aceptora de H

Sustrato
oxidado

Algunas enzimas requieren metales para

mejorar su actividad

Isoenzimas o Isozimas

Son formas moleculares diferentes de una

misma enzima
Catalizan la misma reaccin
Ejemplo: Lactato deshidrogenasa
Lactato + NAD ==== Piruvato + NADH
M4, M3H1, M2H2, M1H3 y H4
Se diferencian por su movilidad electrofortica
Usadas en clnica: sueros normales y sueros
con alguna patologa

 As esta actividad corresponde al mximo potencial

cataltico que las enzimas poseen para un determinado
conjunto de condiciones ambientales. Luego, estas
deben ser consideradas en las expresiones matemticas
representativas del proceso enzimtico.
Existen situaciones (sustratos heterogneos) donde la
velocidad inicial de reaccin no es representativa del real
potencial cataltico de la enzima.
Se asume que la velocidad inicial de reaccin es
proporcional a la concentracin de protena enzimtica.