Aliran informasi Genetik

(Transkripsi dan Translasi)

gumilar

Transkripsi
DNA tidak mengarahkan sintesis protein secara
langsung,
DNA bertindak sebagai manager yang
mendelegasikan berbagai tugas kepada tim
pekerjanya
Jika sel memerlukan protein tertentu, gen yang
terdapat pada DNA kromosom akan dikopi
menjadi asam nukleat RNA.
RNA yang selanjutnya yang akan mengarahkan
sintesis protein
Setiap gen dapat diekspresi menjadi RNA dan
protein dengan efisiensi yang berbeda-beda

Transkripsi-replikasi
Persamaan:
Dalam prosesnya DNA harus terbuka dan
sebagian basa-basa DNA akan terekspos
kepermukaan
urutan nukleotida pada RNA ditentukan oleh
pasangan basa komplemen ribonukleotida
terhadap DNA templat

Transkripsi-replikasi
Perbedaan:
RNA tidak membentuk ikatan hidrogen dengan untai
DNA templat (produk untai tunggal)
RNA mempunyai panjang yang jauh lebih pendek
dibanding molekul DNA karena RNA dikopi dari daerah
tertentu
RNA polimerase dapat memulai reaksi polimerisasi
tanpa primer.
RNA polimerase tidak mempunyai aktifitas proofreading
sehingga RNA polimerase dapat membuat kesalahan
lebih sering daripada DNA polimerase, yaitu satu
nukleotida dalam 104 nukleotida yang dikopi menjadi
RNA

RNA polimerase
Dari Escherichia coli merupakan molekul yang
sangat besar (500 kd) dan terdiri dari empat
macam subunit.
Komposisi subunit pada enzim yang disebut
holoenzyme adalah 2.
Subunit akan mencari/mengenal promotor dan
membantu inisiasi sintesis RNA dan sigma ini
selanjutnya terdisosiasi dari enzim.
RNA polimerase tanpa subunit disebut core
enzyme

Fungsi RNA polimerase

1.
2.
3.

4.
5.

Mencari tempat inisiasi DNA.

Membuka DNA heliks ganda untuk
menghasilkan templat DNA untai tunggal.
Memilih ribonukleotida yang cocok dan
mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester
yang menghubungkan setiap nukleotida dan
membentuk kerangka gula-fosfat.
Mendeteksi signal terminasi yang
menspesifikasi tempat berakhirnya transkripsi.
Berinteraksi dengan protein aktivator dan
represor yang mengendalikan kecepatan
transkripsi.

Promotor
Promotor mempunyai kemampuan untuk
transkripsi berbeda-beda.
Promotor kuat dapat menyebabkan terjadinya
inisiasi lebih sering, misalnya setiap 2 detik.
Promotor yang sangat lemah ditranskripsi kurang
lebih setiap 10 menit.
Urutan promotor dapat berbeda untuk satu gen
dengan gen yang lain.
Urutan promotor mempengaruhi efisiensi
pengikatan terhadap RNA polimerase sehingga
mempengaruhi efisiensi transkripsi.

Beberapa jenis promotor

Tahapan transkripsi
Inisiasi
Daerah -35 diduga merupakan tempat pengenalan dimana
enzim dan DNA akan membentuk closed promoter complex
RNA polimerase akan meng-cover kurang lebih 60 pb DNA
heliks ganda.
Daerah -10 adalah tempat terjadinya melting (DNA
membuka ) (open promoter complex).
Transkripsi akan dimulai pada basa A/T (basa purin).
Setelah terbentuk kurang lebih 10 nukleotida, sigma akan
terdisosiasi dan core enzyme akan melakukan reaksi
perpanjangan

Tahapan transkripsi
Reaksi perpanjangan
Enzim bergerak sepanjang untai DNA untuk
melakukan reaksi perpanjangan DNA
Penambahan ribonukleotida terjadi pada ujung 3.
Kecepatan polimerisasi tidak konstan.
Kadang-kadang enzim bekerja lebih lambat,
berhenti dan kemudian dipercepat kembali.
Kecepatan polimerisasi rata-rata adalah 50
nukleotida/detik

Tahap inisiasi
dan reaksi
perpanjangan
pada sintesis
RNA

Tahapan transkripsi
Terminasi
Pada bakteri ada dua jenis cara terminasi, yaitu terminasi
yang tergantung pada faktor terminasi dan terminasi yang
tidak tergantung pada faktor
Urutan pada ujung 3suatu gen mempunyai dua bentuk
yang spesifik yaitu dua segmen simetris yang kaya dengan
basa GC yang dapat membentuk struktur stem-loop
Terminasi yang tergantung pada faktor terminasi lebih
jarang terjadi

menyebabkan terjadinya disosiasi RNA polimerase dari

DNA dan pelepasan RNA

Model terminasi transkripsi yang tidak tergantung faktor

(di E.Coli)

RNA processing

Splicing

Capping
helps protect
mRNA from
ribonucleases

Translasi (biosintesis protein)

Translasi merupakan
proses yang lebih
kompleks dibanding
transkripsi dan replikasi.

Translasi melibatkan
beberapa komponen,
yaitu mRNA, tRNA dan
ribosom

Kode genetik
DNA
protein: colinier
4 basa DNA, 20
asam amino
kodon triplet

Tahapan translasi
Aktivasi

Aktivasi tRNA dengan asam amino yang dikatalisis oleh

aminoasil tRNA sintetase.

Enzim aminoasil tRNA sintetase bekerja spesifik untuk

menjamin agar hanya asam amino yang tepat yang akan
diikat tRNA yang spesifik.

E. coli mempunyai kurang lebih 20 macam aminoasil

tRNA sintetase

Tahap-tahap reaksi aktivasi:

Asam amino diaktivasi oleh ATP membentuk amino asil

adenilat.

Pembentukan ikatan kovalen/ester antara amino asil

sdenilat dengan tRNA. Reaksi terjadi pada gugus
hidroksil pada posisi 2 atau 3.

Tahapan translasi
Inisiasi
Untuk memulai biosintesis protein diperlukan tiga protein
faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-3; IF, initiation factor).
Pengikatan IF-3 pada ribosom sub unit 30S dibantu oleh IF1.
IF-2 mengikat molekul GTP dan membantu pengikatan
tRNA pemula (tRNAfmet ).
Pengikatan mRNA pada ribosom sub unit kecil 30S terjadi
melalui pembentukan pasangan basa antara urutan ShineDalgarno (SD) dengan komplemennya yang terdapat pada
16S rRNA
SD biasanya merupakan daerah yang kaya dengan basa
purin pada mRNA, urutan SD terdapat kurang lebih 10
nukleotida sebelum kodon inisiasi metionin

Inisiasi
Setelah terjadi pengikatan mRNA dan tRNA pemula
mengenali kodon AUG yang mengkode metionin, IF-3
dilepaskan.
Selanjutnya, terjadi hidrolisis GTP menjadi GDP dan Pi,
pelepasan IF-2 dan IF-1, penggabungan ribosom sub unit
besar 50S.
Penggabungan sub unit 50S menghasilkan kompleks 70S
yang siap untuk menerima tRNA berikutnya.
Sub unit 50S mempunyai dua tempat untuk pengikatan
tRNA, yaitu peptidyl site (P) dan aminoacyl site (A). Exit site
(E) adalah tempat untuk tRNA yang sudah kosong .
Kodon inisiasi AUG mengikat tRNAfmet pada P site.

Tahapan translasi
Perpanjangan Rantai Polipeptida
Asam amino dibawa oleh faktor perpanjangan EF-Tu ke A
site (EF, elongation factor)
terjadi pembentukan ikatan peptida antara tRNAaa1 pada P
site dengan tRNAaa1+n pada A site
aa pada P site dipindahkan ke aa pada A site
Dalam proses pemindahan tRNAaa pada A site ke P site
ribosom bergerak sepanjang mRNA dari arah 5 ke 3
sebanyak satu kodon
Proses perpanjangan berlangsung terus menerus sampai
ribosom menemukan kodon terminasi UAA, UAG dan UGA.

Tahap 1
Perpanjangan

Tahap 2

Tahap 3

Tahapan translasi
Terminasi
Pada prokariot, protein yang berperan dalam terminasi
adalah RF-1, RF-2, dan RF-3 (RF, release factor)
RF-1 akan mengenal kodon UAA dan UAG, sedangkan RF-2
akan mengenal kodon UAA dan UGA.
RF-3 berperan dalam pengikatan dan hidrolisis GTP untuk
membantu proses pelepasan polipeptida dari ribosom.
Setelah RF-1 dan RF-2 terikat pada ribosom, peptidil
transferase akan menhidrolisis residu C-terminal rantai
polipeptida dari P site.
Selanjutnya terjadi pelepasan RF dan tRNA dari P site.
Ribosom 70S akan terdisosiasi menjadi 50S dan30S

Tugas
Resume tentang
Kontrol transkripsi (di lac operon)
Modifikasi pasca translasi

Max 1 hal A4
Paling lambat 16 oktober 2006 pkl
08.00