CINETICA BIOQUMICA

Blgo. Csar A. Zaa

UNIVERSIDAD NACIONAL DE INGENIERA
FACULTAD DE INGENIERA AMBIENTAL
REAS BSICAS


Introduccin al estudio de las Protenas
Introduccin al estudio de las protenas
Mulder (1838):

Describe un material presente en todos los seres vivos, con la
siguiente composicin porcentual en peso:

C: 55 % H: 6.5 % O: 22 % N: 15 % S: 0.5 %
Dado el contenido en azufre (0.5 %) el peso molecular mnimo de
dicho material debera ser 32*100/0.5 = 6400
Hoppe-Seyler (1864):

Cristaliz por primera vez una protena, la hemoglobina

La hemoglobina cristalizada contiene invariablemente un
0.35 % de hierro. Aplicando el razonamiento de Mulder,
el peso molecular mnimo de la hemoglobina ser de

100*55.8/0.35 = 15942 (aprox. 16000)

Posteriormente se ha determinado que en la hemoglobina
hay cuatro tomos de hierro; por tanto su peso molecular
es de aprox. 64000
Las protenas son susceptibles de hidrlisis cida:

HCl 6N, 90C, 18 horas

En el hidrolizado aparecen aminocidos, compuestos que
contienen una funcin amino -NH2 y una funcin carboxilo,
-COOH

En las protenas hay 20 aminocidos distintos: los llamados
aminocidos proteicos

Hay asimismo muchos otros aminocidos que no forman parte
de protenas, los aminocidos no proteicos

Con frecuencia los aminocidos proteicos aparecen modificados:
son las modificaciones postraduccionales

H
2
N C
H
R
1
COOH
H
2
N C
H
COOH
R
2
H
2
N C
H
COOH
R
3
H
2
N C
H
R
1
CO NH C
H
CO
R
2
NH C
H
R
3
COOH + 2H
2
O
Teora del Enlace Peptdico
H
2
N
C
C
N
C
C
N
C
COOH
R
1
O
H
R
i
O
H
R
n
H
H
H
n-2
N-trmino
C-trmino
Teora del Enlace Peptdico - Pruebas experimentales
1. Las protenas nativas tienen relativamente pocos grupos
cido-base titulables. A medida que progresa su hidrlisis,
van apareciendo grupos -NH
2
y -COOH en cantidad equimolar

2. En hidrolizados parciales se encuentran di- y tripptidos
cuya estructura puede determinarse directamente

3. Las enzimas que hidrolizan protenas (tripsina, quimotripsina,
pepsina, papana) atacan al enlace -CO-NH-, tal como puede
observarse en compuestos sintticos (p.e. BAPNA)

4. Espectro infrarrojo: banda caracterstica de enlace C-N
que desaparece con la hidrlisis de la protena

C N
HC
C
N
O
H
HN
O
H
NO
2
C
+
H
2
N
NH
Enlace atacado
Hidrlisis de BAPNA
por tripsina
Benzoil L-arginina 4-nitroanilida (BAPNA)
CH
3
C
CH
3
CH
3
O C
O
N
H
C
R
1
H
C
O
OH Cl CH
2
R
CH
3
C
CH
3
CH
3
O C
O
N
H
C
R
1
H
C
O
O CH
2
R
Sntesis de pptidos, 1
+
t-BOC-aminocido
Resina de
poliestireno
C
R
1
H
C
O
O CH
2
R H
2
N
CH
3
C
CH
3
CH
3
O C
O
N
H
C
H
C
O
OH
R
2
C
R
1
H
C
O
O CH
2
R CH
3
C
CH
3
CH
3
O C
O
N
H
C
H
C
O
N
H
R
2
Sntesis de pptidos, 3
+
DCCI
Funciones biolgicas de las protenas
- Biocatalizadores (enzimas)
- Receptores de seales qumicas
- Transportadores
- Estructurales (citoesqueleto, colgeno)
- Defensa (inmune, restriccin bacteriana, etc.)
- Motilidad (motores moleculares)
- Transduccin
- Adherencia celular y organizacin tisular
- Plegamiento correcto de otras protenas
- Otras: anticongelante
Interaccin estereoqumica, 1
Aglutinina de Galanthus nivalis
con su ligando, un manopiransido
Interaccin estereoqumica, 4
Desoxirribonucleasa I
con su substrato, DNA
Clasificacin de las protenas
I. Segn solubilidad (obsoleta): Albminas, Globulinas,
Prolaminas, Gliadinas, Escleroprotenas, etc.

II. Segn presencia o no de un grupo prosttico:
Protenas simples y Protenas conjugadas
Holoprotena = Apoprotena + Grupo prosttico

III. Segn presencia o no de subunidades:
Protenas monomricas y protenas oligomricas

IV. Segn estructura global:
Protenas fibrosas y protenas globulares
TEMA 3. PROTENAS
Composicin
Aminocidos: caractersticas
clasificacin
propiedades
Pptidos: definicin
constitucin: enlace peptdico
tipos: oligopptidos y polipptidos
Protenas: estudio de la estructura: estructuras
propiedades:
clasificacin
FUNCIONES
Solubilidad
Punto isoelctrico
Poder amortiguador
Desnaturalizacin
Especificidad
Protenas.
Constituidas por C, H, O, N y S. Pueden presentar otros elementos como P, Fe, Mg, Cu, ...
Aminocidos
Pptidos
Oligopptidos
Polipptidos
Protenas.
Aminocidos
Molculas orgnicas que presentan un radical amino y un radical carboxilo. Existen ms de
cien en la naturaleza.
Slo 20 forman parte de casi todas las protenas, se denominan protenicos. Son todos -
aminocidos.
C COOH R
NH
2
H
Otros aminocidos pueden presentar inters biolgico, porque forman parte de protenas de
microorganismos, porque dan lugar a molculas fundamentales (tiroxina) o porque sufren
modificaciones como metilaciones, fosforilaciones, ... ( -alanina; forma parte de coenzimas,
cido - aminobutrico; neurotransmisor de las sinapsis inhibidoras).
- Los aminocidos son cidos carboxlicos que contienen una funcin amina. En
determinadas condiciones el grupo amina de una molcula y el carboxilo de otra
reaccionan uniendo ambos aminocidos mediante un enlace amida.
-Los enlaces amida entre aminocidos se conocen como enlaces petdicos y el
producto formado por la unin de dos aminocidos se llama dipptido.
-La cadena peptdica puede extenderse mediante la incorporacin de otros
aminocidos (tripptidos, tetrapptidos, etc.). Los polipptidos contienen muchas
unidades de aminocidos.
-Las protenas son polipptidos que contienen ms de 50 aminocidos, son
polmeros formados por 100-300 aminocidos.
-Las protenas ejercen muy diversos papeles en los seres vivos: la seda, el pelo, los
msculos, el tejido conectivo y casi todos los enzimas son protenas.
- Se clasifican como , , , etc. De acuerdo con la localizacin del grupo amino
en la cadena carbonada que contiene el cido carboxlico.
-Aunque se conocen ms de 700 aminocidos naturales diferentes, hay un grupo de
20 -aminocidos que se encuentran normalmente presentes en las protenas.
Todos ellos, excepto la prolina, responden a la misma estructura general:
Prolina
Clasificacin de los aminocidos
CO
2
NH
3

CO
2
H
3
N

CO
2 H
3
N

cido 1-aminociclopropanocarboxlico: es un -aminocido y es el precursor

biolgico del etileno en la plantas.
cido 3-aminopropanoico: conocido como -alanina. Es un -aminocido que
constituye una de la unidades estructurales de la coenzima A .
cido -aminobutanoico: Conocido como cido -aminobutrico (GABA). Es
un -aminocido y es el principal neurotransmisor inhibitorio cerebral.
H
3
N CH C
R
O
O

CO
2
H
2
N
Clasificacin
Estereoisomera
Propiedades
Slidos, fcilmente cristalizables; incoloros o blanquecinos; con sabores diversos; los de
carcter polar son solubles en agua y algunos de los apolares son muy hidrfobos.
Tienen carcter anftero: su comportamiento cido o base depende del medio.
pH < 7 cido pH = 7 neutro pH > 7 bsico
BASE NEUTRO CIDO
C COO
-
R
NH
2
H
C COOH R
NH
2
H
C COOH R
NH
3
+
H
H
+
OH
-

Enlace peptdico
La unin de dos o ms aminocidos (AA) mediante enlaces
amida origina los pptidos. En los pptidos y en las protenas,
estos enlaces amida reciben el nombre de enlaces peptdicos y
son el resultado de la reaccin del grupo carboxilo de un AA con el
grupo amino de otro, con eliminacin de una molcula de agua
El enlace peptdico (-CO-NH-) se representa normalmente como un
enlace sencillo. Sin embargo, posee una serie de caractersticas
que lo aproximan ms a un doble enlace.Como el nitrgeno es
menos electronegativo que el oxgeno, el enlace C-O tiene un 60%
de carcter de doble enlace mientras que el enlace C-N tiene un
40%. Por tanto, los enlaces C-O y N-C del enlace peptdico tienen
caractersticas intermedias entre el enlace sencillo y el enlace doble.
Esta disposicin atmica est estabilizada por resonancia, de
forma que los seis tomos implicados en la formacin del enlace
peptdico estn contenidos en el mismo plano
Otra consecuencia importante de la resonancia es que incrementa
la polaridad del enlace peptdico y se establece un momento
dipolar (Figura derecha de la tabla superior). Por este motivo, cada
enlace peptdico puede participar en dos puentes de hidrgeno.
En uno de ellos, el grupo -NH- acta como donador de hidrgeno y
en el otro, el grupo -CO- acta como receptor de hidrgeno. Esta
propiedad contribuye notablemente al plegamiento tridimensional
de las protenas
Momento dipolar del enlace peptdico
El carcter parcial de doble enlace impide la libre rotacin del enlace que une
los tomos de C y N en el enlace peptdico .



Esta rigidez del doble enlace limita las posibilidades conformacionales de los
pptidos. Existen dos configuraciones posibles :
Configuracin cis: los dos Ca se sitan del mismo lado del doble enlace
Configuracin trans: los dos Ca se sitan a distinto lado del doble enlace
Los pptidos slo podrn cambiar de conformacin mediante el
giro en torno a los enlaces sencillos en los que intervienen los
Catetradricos (Figura de la derecha).

En cada AA, el Ca puede establecer dos ngulos de torsin con los
planos de los dos enlaces peptdicos contiguos: los
llamados f (phi)y y (psi) (Figura de la derecha):

. el ngulo phi (f) es la rotacin en torno al enlace Ca-N
. el ngulo psi (y) es la rotacin en torno al enlace C-Ca

Como estos son los nicos grados de libertad que presenta la
estructura, la conformacin de la cadena polipptdica queda
completamente definida cuando se conocen los valores de y y
de f para cada AA.
En la estructura de un
pptido o de una
protena, cada AA
presenta un valor de f y
otro de y determinados.
Es el tamao fsico de los
tomos o grupos de
tomos presentes en las
cadenas laterales el que
determina los posibles
valores que pueden
adoptar los ngulos phi (f)
y psi (y).
- La glicina es el aminocido ms sencillo y es aquiral.

-En los dems -aminocidos el carbono es un centro estereognico.

- Las configuraciones se especifican mediante la notacin D y L. Todos los
aminocidos que provienen de protenas tienen configuracin L, aunque se conocen
-aminocidos naturales de la serie D.
Estereoqumica
CO
2
H
3
N H
H
CO
2
H
3
N H
R
CO
2
NH
3
H
R
Glicina
(Aquiral)
L-aminocido
(Proyeccin de Fischer y en perspectiva)
- El cambio de la configuracin en aquellos aminocidos que poseen slo un centro
estereognico conduce a la obtencin de su enantimero. Para un aminocido con
ms de un centro estereognico el cambio de configuracin del carbono de L a D da
lugar a un diastereoismero.
CO
2
H
3
N H
CH
2
CH
3
H
3
C H

CO
2
H NH
3
CH
2
CH
3
H
3
C H

Estereoqumica
L-Isoleucina D-Allo-Isoleucina
Las ismeras son molculas orgnicas formadas por los mismos tomos,
idntica composicin, pero con propiedades fsicas y qumicas diferentes.
La isomera estereoqumica ocurre en los compuestos que tienen los mismos
tomos; pero estn orientados de diferente manera. Los compuestos capaces
de existir en dos formas diferentes y que cada forma es la imagen en el espejo
de la otra, como la mano derecha y la mano izquierda, reciben el nombre de
compuestos quirales (del griego mano).

El fenmeno de la quiralidad se produce en compuestos que poseen algn
tomo de carbono unido a cuatro compuestos o grupos de tomos diferentes,
como algunos aminocidos entre ellos la alanina, la prolina o el cido
asprtico.






Isomera ptica o Enantiomera.
- Los aminocidos son sustancias mucho ms polares de lo que uno esperara de
acuerdo con su frmula molecular.
- Las propiedades que presentan, slidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al
hecho de que la forma estable es un zwitterin o sal interna.
- Los aminocidos son anfteros, contienen un grupo cido y uno bsico.
Propiedades
Formas zwitterinicas de un aminocido
H
3
N CH C
R
O
O
H
2
N CH C
R
OH
O
H
3
N CH C
R
O
O
H
2
N CH C
R
O
O
H
3
N CH C
R
OH
O
-H
+
+H
+
-H
+
+H
+
Especie presente
en medio cido
Especie presente
en medio bsico
Zwitterin
Especie presente
en medio neutro
pK
a
es la fuerza que tienen las molculas de disociarse (es el logaritmo
negativo de la constante de disociacin cida de un cido dbil).
Una forma conveniente de expresar la relativa fortaleza de un cido es
mediante el valor de su pK
a
, que permite ver de una manera sencilla
en cambios pequeos de pK
a
los cambios asociados a variaciones
grandes de K
a
. Valores pequeos de pK
a
equivalen a valores grandes de
K
a
(constante de disociacin) y, a medida que el pK
a
decrece, la
fortaleza del cido aumenta.

Un cido ser ms fuerte cuanto menor es su pKa y en una base ocurre
al revs, que es ms fuerte cuanto mayor es su pKa.


Curva de valoracin de la glicina.
- Valores de pH menores que pKa1: la especie a es la mayoritaria.
- Valores entre pKa1 y pKa :la principal especie es el zwitterin (b). La concentracin
del zwitterin es mxima en el punto isoelctrico pI.
- Valores superiores a pKa2: la especie c es la presente en mayor concentracin.
a b c
Propiedades
H
3
N CH C
R
O
O
H
2
N CH C
R
O
O
H
3
N CH C
R
OH
O
-H
+
+H
+
-H
+
+H
+
-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posicin ms cida
(pKa1) y el otro a la menos cida (pKa2). Otros aminocidos con cadenas laterales
neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.
- El punto isoelctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminocido no
tiene carga neta, corresponde a un mximo en la concentracin del zwitterin.
Aminocido pKa1 pKa2 pI
Glicina 2.34 9.60 5.97
Alanina 2.34 9.69 6.00
Valina 2.32 9,62 5.96
Leucina 2.36 9,60 5.98
Isoleucina 2.36 9,60 6.02
Metionina 2.28 9,21 5.74
Prolina 1.99 10.60 6.30
fenilalanina 1.83 9,13 5.48
Triptofan 2.83 9,39 5.89
Asparagina 2.02 8,80 5.41
Glutamina 2.17 9,13 5.65
Serina 2.21 9,15 5.68
Treonina 2.09 9,10 5.60
pKa1:ionizacin del grupo carboxlico; pKa2: deprotonacin del in amonio
- El cido glutmico se forma en la mayora de los organismos por reaccin de cido
-cetoglutrico y amonaco. El cido -cetoglutrico, intermedio del ciclo de Krebs, se
forma a partir de la rotura metablica de carbohidratos, grasas y protenas
provenientes de los alimentos.

- El proceso es una aminacin reductora (formacin de imina y reduccin de sta)
catalizada por un enzima y por accin de un agente reductor (un coenzima). La
reduccin de la imina intermedia tiene lugar de forma estereoselectiva dando lugar
nicamente al cido L-glutmico.
- El cido L-glutmico no es, por tanto, un aminocido esencial. No es necesario
tomarlo en la dieta ya que los animales pueden sintentizarlo.
Algunas reacciones biolgicas
cido -cetoglutrico cido L-glutmico
O
OH
O
HO
O
NH
3
NH
2
O
HO
O
OH
Enzima
Agente redutor
+
-El cido L-glutmico es un intermedio clave en la sntesis de otros aminocidos,
por ejemplo la L-alanina, mediante un proceso conocido como transaminacin.
O
OH
O
HO
O
NH
3
O
HO
O
O
+
O
O
OH
NH
3
O
O
+
Enzimas
cido pirvico cido L-glutmico L-Alanina cido -cetoglutmico
cido L-glutmico cido pirvico Imina Imina reordenada
1
era
etapa: la formacin de la imina
2

etapa: Un enzima cataliza la transferencia de l protn para

obtener un nuevo ismero de la imina
NH
2
O
HO
O
O
O
O
HO
N
O
HO
O
O
O
HO
+
1 etapa
N
O
HO
O
O
O
HO
H
2 etapa
base
H-cido
3

etapa: La hidrlisis de la iminia reordenada conduce al formacin del anilina y cido -cetoglutmico
N
O
HO
O
O
O
HO
+ H
2
O
O
O
HO
O
O
O
HO
H
2
N
+
Imina reordenada cido -cetoglutrico L-Alanina
- La L-fenilalanina se clasifica como un aminocido esencial que sirve como
precursor biolgico de su derivado p-hidroxilado, la L-tirosina.
- Algunas personas carecen del enzima necesario para dicha transformacin y la L-
fenilalanina que toman en su dieta sufre un proceso metablico diferente formando
cido fenilpirvico:
-El cido fenilpirvico puede provocar retraso mental en nios (fenilcetonuria).
-La descarboxilacin de la histidina, por ejemplo, produce histamina, un potente
vasodilatador presente normalmente en los tejidos. La histamina es responsable de
muchos sntomas asociados con alergias, los antihistamnicos reducen los sntomas
mediante el bloqueo de la accin de la histamina.
L-fenilanlanina
NH
2
O
OH
Enzimas
cido fenilpirvico
O
O
OH
H
2
N
HN
N
NH
2
HN
N
O
OH
Enzimas
-CO
2
Histidina Histamina
Protenas. Propiedades I
Solubilidad: solubles en agua donde forman dispersiones coloidales. En la estructura, los
aminocidos hidrfilos se encuentran al exterior y los hidrfobos al interior. Hay excepciones.
Las protenas fibrosas suelen ser insolubles.
Punto isoelctrico: el valor del pH para el cual las cargas positivas y negativas de los radicales
de los aminocidos estn compensados. En este valor las protenas son insolubles, por lo que
el pH fisiolgico debe ser diferente.
Poder amortiguador o tampn: debido a su carcter anftero regulan el pH del medio
Protenas. Propiedades II
En pptidos, polipptidos y protenas los aminocidos se unen unos a otros
mediante enlaces amida. El enlace amida entre un grupo amino de una aminocido
y el carboxilo de otro se denomina enlace peptdico.
- Por acuerdo las estructuras peptdicas se escriben de manera que el grupo amino
se escribe a la izquierda y el carboxilo a la derecha. As los extremos izquierdo y
derecho de los pptidos corresponden al extremo amino y al carboxlico,
respectivamente. La alanina es el aminocido N-terminal en la alanilglicina y la
glicina es el aminocido C-terminal.
- El orden preciso de enlace en un pptido es su secuencia de aminocidos y se
especifica usando las abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminocido
conectadas por guiones.
- Los aminocidos individuales que componen un pptido son llamados residuos.
H
N
O
OH
NH
2
O
Alanilglicina
Aminocido N-terminal
Aminocido C-Terminal
Glicina
Alanina
Pptidos y protenas
Hechos estructurales importantes:

- El enlace peptdico muestra una geometra plana.

- La conformacin ms estable con respecto a dicho enlace tiene los dos carbonos
en anti, uno con respecto al otro.

- La rotacin en torno al enlace amida es lenta debido a la deslocalizacin del par
electrnico sin compartir del nitrgeno en el grupo carbonilo, lo que da al enlace C-
N cierto carcter de enlace doble.
ANLISIS DE AMINOCIDOS EN PPTIDOS Y PROTENAS

-Existen distintos niveles en la estructura peptdica, uno de ellos es la estructura
primaria, que consiste en la secuencia ordenada de aminocidos que forman la
cadena completa y que resulta, en gran medida, determinante del resto de los
niveles estructurales del pptido o la protena.

- La determinacin de sta, por tanto, ha resultado un enorme avance para la
bioqumica (F. Sanger, premio Nobel de Qumica 1958). La estrategia bsica
consiste en :

1.Determinar qu aminocidos estn presentes y en qu relacin molar.
2. Romper el pptido en pequeos fragmentos, separarlos y determinar su
composicin en aminocidos.
3. Identificar los aminocidos de N y C terminales del pptido original y de cada
fragmento.
4. Organizar la informacin de manera que los fragmentos puedan unirse para
revelar la secuencia completa.
Secuenciacin de pptidos y protenas
1. Anlisis de aminocidos.

Se lleva a cabo la hidrlisis completa de los enlaces peptdicos mediante el
tratamiento con disolucin acuosa de HCl 6M y calefaccin durante 24 h.

La mezcla de aminocidos se separa mediante cromatografa de intercambio inico
(basada en las diferentes propiedades cido-base) y se establece la proporcin
coloreando los residuos (con ninhydrina).

El proceso se encuentra totalmente automatizado y slo requiere del orden de 10
-5
-
10
-7
g de pptido.
Secuenciacin de pptidos y protenas
2. Hidrlisis parcial del pptido.

- La hidrlisis enzimtica (petidasas, proteasas o enzimas proteolticas) es una
hidrlisis selectiva que permite convertir el pptido en fragmentos ms
pequeos.

- Por ejemplo, un grupo de enzimas pancreticas, conocidas como
carbopeptidasas, catalizan slo la hidrlisis del enlace peptdico del
aminocido C-terminal. La tripsina, enzima digestivo del intestino, cataliza
slo la hidrlisis de los enlaces peptdicos que involucran al grupo carboxilo de
la lisina o arginina. As, otras muchas enzimas digestivas se usan en al
hidrlisis selectiva de pptidos.
H
N CH C
R
O
H
N CH C
R'
O
H
N CH C
R''
O
El sitio catalizado de la Quimotripsina
cuando R es un grupo aromtico
3. Anlisis de los residuos terminales.

- Una secuencia de aminocidos es ambigua a no ser que se conozca el sentido
en que debe leerse. Es necesario conocer cul es el extremo N y C- terminal.


- Como vimos antes, la hidrlisis catalizada por carbopetidasas rompe el
aminocido C-terminal, lo que permite identificarlo.


- Para identificar el aminocido N-terminal se suele aprovechar que el grupo
amino puede actuar como nuclefilo (frente a la menor nucleofilia de los N que
forman parte de los enlaces amida).
O
2
N
NO
2
F +
H
2
N CH C
CH(CH
3
)
2
O
H
N CH C
CH
2
C
6
H
5
O
H
N CH
2
C
O
H
N CH C
CH
3
OH
O
1-fluoro-2,4-dinitrobenceno
Val-Phe-Gly-Ala
O
2
N
NO
2
CH C
CH(CH
3
)
2
O
H
N CH C
CH
2
C
6
H
5
O
H
N CH
2
C
O
H
N CH C
CH
3
OH
O
DNP-Val-Phe-Gly-Ala
O
2
N
NO
2
CH COH
CH(CH
3
)
2
O
H
2
N CH COH
CH
2
C
6
H
5
O
H
2
N CH
2
COH
O
H
2
N CH C
CH
3
OH
O
+ + +
DNP-Val Phe
Gly
Ala
Un ejemplo: la cadena B de la insulina
- La reaccin de la cadena peptdica con 1-fluoro-4-nitrobenceno determina el
extremo N-terminal.
- La hidrlisis catalizada por pepsina dan cuatro pptidos (en azul) pero sin
puntos de solapamiento entre ellos.
- Los pptidos en rojo llenan los espacios entre los representados en azul.
- La secuencia en amarillo se asla mediante la hidrlisis catalizada por tripsina.
La degradacin de Edman (P. Edman) permite el anlisis secuencial y
automatizado de pptidos basada en un mtodo estndar para analizar el residuo
N-terminal, simplemente empezando por el extremo N-terminal y continuando
hacia el C-terminal, identificando un aminocido detrs de otro.
Mejora en la secuenciacin de pptidos: degradacin de
Edman y secuenciacin automatizada.
+ H
2
N CH C
R
O
H
N PPTIDO
fenilisotiocyanato
N C S
H
N CH C
R
O
H
N PPTIDO HN C
S
N CH
C
R
O
H
N PPTIDO
H
N
C
S
N CH
C
R
O
H
2
N PPTIDO
H
N
C
S
H
+
HCl
N CH
C
R
O
H
N
C
S
Cl
-
H Cl
HN CH
C
R
O
H
N C
S
Cl
HN CH
C
R
O
N
C S
Cl
H
HN CH
C
R
O
N
C S
Protenas. Estructura 1
aria

Protenas. Estructura 2
aria
. -hlice
ESTRUCTURA SECUNDARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS

- La estructura secundaria de un pptido consiste en la relacin conformacional
del aminocido vecino ms cercano con respecto a otro.

- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptdicas eran
ms estables que otras.

- Dos disposiciones especialmente estables son: la hlice y la hoja plegada .

- Ambas conformaciones se basan en:

- La geometra del enlace peptdico es plana y la cadena principal se dispone en
conformacin anti.

- Se pueden formar enlaces de hidrgeno cuando el grupo N-H de un residuo y el
grupo C=O de otro se encuentran prximos en el espacio. Aquellas
conformaciones que maximizan el nmero de estos enlaces se encuentran
particularmente estabilizadas.
Estructura de pptidos y protenas
Protenas. Estructura 2
aria
. Lmina
Hoja plegada o lmina
En esta disposicin los aminocidos forman una
cadena en forma de zigzag, mediante la formacin de
enlaces de hidrgeno entre los grupos N-H y los C=O
de cadenas adyacentes antiparalelas. Ej: fibrona de la
seda.
Hlice
Se forma al enrollarse la estructura primaria
helicoidalmente sobre s misma. Se debe a la
formacin de enlaces de hidrgeno entre el -C=O de
un aminocido y el -NH- del cuarto aminocido que le
sigue. Ej: queratina del pelo, cuernos, uas, lana.
Protenas. Estructura 3
aria
ESTRUCTURA TERCIARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS
- La estructura terciaria de una protena consiste en el plegamiento de la cadena.
La forma en que se pliega la cadena afecta tanto a sus propiedades fsicas como a su
funcin biolgica.
- Las protenas estructurales, tales como las presentes en la piel, el pelo, los
tendones, la lana o la seda, pueden tener una estructura secundaria tanto de hlice
como de hoja plegada , pero en general tienen una forma alargada de longitud
varias veces el dimetro de la cadena. Se denominan protenas fibrosas y tienden a
no ser solubles en agua.
- Otras protenas, incluyendo la mayora de los enzimas, operan en agua. stas se
denominan globulares y tienen una forma ms o menos esfrica:
Mioglobina
La estructura terciaria de una protena depende de diversos factores:
- Su estructura primaria y secundaria.
- Su entorno. En protenas globulares la parte lipoflica se sita hacia el interior y los
grupos polares en la superficie. El estado nativo de una protena es la estructura
terciaria en la cual expresan su actividad biolgica.
- Conocer el plegamiento de la protena permite entender el mecanismo por el que
un enzima cataliza las reacciones. Ej: carboxipeptidasa.
- La regin interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que
participan en la actividad cataltica se conoce con el nombre de sitio activo.
COENZIMAS
- Los coenzimas, cofactores o grupos prostticos interaccionan tanto con los enzimas
como con el sustrato para producir los cambios qumicos correspondientes que la
protena no puede hacer por s misma (ej: reacciones de oxidacin o reduccin).
- El grupo prosttico hemo (una porfirina) se encuentra rodeado por la mioglobina
(protena del msculo). Esta protena es capaz de almacenar el oxgeno gracias a que
ste se coordina al Fe
2+
del grupo hemo, que no se oxida a Fe
3+
(incapaz de unirse a
oxgeno) porque se encuentra protegido por esta protena.

ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTENAS: HEMOGLOBINA

- Algunas protenas estn formadas por ensamblaje de dos o ms cadenas. La forma
en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura
cuaternaria.
- La hemoglobina es una protena de la sangre encargada del transporte de oxgeno,
unindose a ste y transportndolo hasta los msculos donde se almacena en la
mioblobina. La hemoglobina se une a oxgeno de la misma forma que la mioglobina,
a travs del grupo hemo, pero es mucho ms grande que sta. La hemoglobina es un
ensamblaje de cuatro grupos hemo y cuatro cadenas proticas, dos llamadas y dos
.
- Algunas sustancias, por ejemplo CO, mucho ms fuertemente al Fe que el oxgeno
por lo que interfieren con el transporte y almacenamiento de oxgeno pudiendo
provocar resultados letales.
hemoglobin protease,
Escherichia coli
(http://www.pdb.org/)
DOI:10.1074/jbc.M412885200

Oligopptidos
Molculas formadas por un nmero de aminocidos inferior a 100.
Oligopptidos con actividad biolgica:
Algunas vitaminas del grupo B: cido pantotnico y cido flico.
Hormonas: adrenocorticotropa (ACTH), melanotropa (MSH), insulina y glucagn, gastrina y
secretina y angiotensina.
Neuropptidos: encefalinas
Antibiticos: alcaloides
Protenas. Clasificacin I
Holoprotenas o protenas simples (slo contienen aminocidos) :
Globulares: solubles( ) e insolubles ( )
Globulinas: inmunoglobulinas, seroglobulina, lactoglobulina,...
Albminas: ovoalbmina, lactoalbmina,...
Histonas: forman la cromatina
Protaminas: unidas al ADN en espermatozoides
Gluteninas: en semillas.
Fibrilares o escleroprotenas:
Colgeno: tejidos conectivos
Queratinas: estructuras drmicas(pelo, uas,...)
Elastinas: fibras musculares (actina y miosina)
Fibringeno: coagulacin sangunea
Protenas. Clasificacin II
Heteroprotenas o protenas conjugadas: formadas por una parte proteica (grupo proteico) y
otra no proteica (grupo prosttico). Se clasifican segn la naturaleza del grupo prosttico.
Fosfoprotenas: algunos a. estn fosforilados (casena de la leche)
Cromoprotenas: llevan unido un pigmento
Porfirnico: con el grupo porfirnico (hemoglobina, citocromos)
no porfirnico: con un ion metlico como Cu (hemocianinas)
Glucoprotenas: con un oligosacrido como la mucina de la saliva
Lipoprotenas: con un lpido como el transporte de colesterol
Nucleoprotenas: con cidos nucleicos como ribosomas o cromatina