Apresentao inicial estagio

Mnica Silva
Alguns estudos quimiomtricos de
cancro
Raman spectral imaging of single cancer cells: probing
the impact of sample fixation methods
- espectroscopia de raman uma nova
ferramenta citolgica e pretende-se saber se vrios
metodos de preservao alteram os resultados
espectroscopicos provenientes de DNA, RNA e protenas;
- as imagens espectrais contm uma enorme
quantidade de dados baseados na informao espacial e
molecular, ento para facilitar esta analise utilizam-se
tcnicas quimiomtricas HCA e PCA;
- obtiveram-se vrios clusters ncleo
(amarelo), Citoplasma (verde), roxo (regio perinuclear) e
azul (saliencias da membrana);
- considerou-se o centro de clustering do ncleo
(compacto, bem delimitado e representado por
ac.nucleicos e proteinas).
HCA
- 15 espectros escolhidos ao acaso da
regio nuclear para cada clula, 10
clulas por condio experimental
(Living, Formalin-fixed, Formalin-
fixed/air-dried, Air-dried e
Cytocentrifuged cells);
- Distncia euclediana e Wards algorithm;
- Obtm-se 5 agrupamentos diferentes;
- Grupo Formalin-fixed cells est prximo
de Living cells;
- As clulas Cytocentrifuged esto num
grupo separado, mas liga-se ao das
Living cells e Formalin-fixed cells;
- As Formalin-fixed/air-dried cells e Air-
dried cells esto num grupo separado e
delineado das Living cells.
PCA
- Cada espectro considerado um
ponto no espao(com n dimenses,
n o nmero de nmeros de onda);
- Todos os espectros do origem a
uma nuvem de pontos nesse
espao;
- Atravs de PC2 e PC3 verificam-se
duas nuvens de pontos bem
distinguveis:
- Espectros de Living, Formalin-fixed
e Cytocentrifuged cells;
- Espectros de Formalin-fixed/air-
dried, Air-dried cells.
Comprova os resultados obtidos por
HCA!
Concluso deste artigo
Com o estudo de HCA e PCA destes dados,
conclui-se que formalin-fixation e
cytocentrifugation so mtodos que
preservam a clula num estado prximo da
forma viva das clulas, para a linha celular
estudada. Os mtodos de air drying causam
desvios de espectro em relao as clulas
vivas.
Alguns estudos quimiomtricos de
cancro
Investigation of blood vessels in glioblastoma at micrometric scale: a
comparative study by synchrotron and conventional micro-FTIR
Glioblastoma um tumor cerebral em que ocorre muita angiognese
(formao de vasos sanguneos), e a classificao dos BVs (vasos
sanguneos do glioblastoma) importante de modo a determinar
molculas marcadoras destes tumores (que mais tarde serviram para o
diagnstico).

- Comparam-se os dados obtidos com a microespectroscopia de FTIR
com a fonte de radiao synchrotron e com a fonte de radiao IR,
de modo a descobrir a melhor tcnica de estudar micro-BVS.
- 2 BVs de tamanhos diferentes (90m e 10m-micro BVs) de duas
secces de tumor cerebral.

Analisaram-se os big-BVs e os micro-BVs com
SR source e com IR source e construiram-se
grficos de pseudo-cor correspondente
absorvncia, verificando-se que com a SR
source permite delimitar melhor as vrias
regies do vaso, principalmente em micro-BVs.
Aplicou-se PCA ao spectral set e construram-se os grficos
de pseudo-cor baseados na PC2 que contm as
caractersticas bioqumicas que melhor caracterizam o BV
e o diferenciam melhor do tecido circundante.
O PCA serviu para melhorar a qualidade do grfico e
remover as componentes no-informativas da spectral
data.
Aplicou-se HCA ao spectral data, formando-se clusters com os
espectros mais semelhantes.
Com SR-IR obteve-se uma cluster imagem do big-BV que permite
a diferenciao com preciso do BV e da sub-estrutura (cluster
branco- lumen, cluster laranja-camadas internas do vaso, cluster
verde-camada externa, cluster azul-tecidos circundantes).
No micro-BV, com gobar source no se consegue definir um
cluster correspondente ao vaso, enquanto que com SR-IR h um
cluster que pode corresponder ao BV.
No dendrograma do HCA para o micro-BV v-se
que h dois clusters bem separados no ST spectra,
corresponndendo um ao BV e outro ao tecido
cirundante.
Atravs da derivao da mdia dos espectros consegue-
se analisar as diferenas na composio bioqumica dos
dois espectros (cada pico corresponde a uma
determinada molcula, como por exemplo no pico
1638
1
, que pode ser atribudo tripla hlix do
colagnio).
H uma alterao dos picos devido alterao estrutural
do colagnio e a sua deformao induzida pelo
crescimento do tumor e stress angiognico.
Concluso do artigo
A fonte de radiao synchrotron na
microespectroscopia de FTIR permite uma melhor
distino dos vasos sanguneos de glioblastoma em
relao aos tecidos circundantes, para
consequentemente avaliar a sua constituio
bioqumica e descobrir marcadores deste tumor do
que com a fonte de radiao IR.
Alguns estudos quimiomtricos de
cancro
Infrared microspectroscopy of Oral Squamous Cell
Carcinoma: Spectral signatures of cancer grading

Compara-se a anlise histopatolgica e vibraccional
de diferentes seces de tecido do Oral Squamous Cell
Carcinoma (OSCC) em vrios graus de malignidade, de modo
a identificar spectral signatures para cada grau.
Temos amostras saudveis e amostras dysplastic que
so estudadas em microscopia FT-IR, assim como amostras
de seces de tecido no grau 1, 2 e 3.
Obtiveram-se mapas qumicos das regies
epiteliais e conectivas, em que cada pixel
corresponde a um espectro.
Aplicou-se PCA apenas aos espectros correspondentes
s regies epiteliais e s regies conectivas.
No PCA correspondente regio conectiva v-se a
diviso em dois clusters: healthy, displastic e G1 e outro
cluster- G2 e G3, indo ao acordo da anlise histopatolgica.
Assim, decidiram avaliar a regio conectiva.

Analisaram o espectro dessa regio em frequncias especficas que
correspondem a certas mollulas constituintes como carbohidratos,
RNA, DNA e verificaram como que o seu espectro ia sendo alterado
de classe para classe de modo a descobrir quais as marcas de grau
cancergeno. As tcnicas computacionais serviram para homogeneizar a
base de dados.

Para caracterizar melhor o padro da protena
na regio epitelial em cada cluster, isolaram-se
vrias bandas e construiu-se o seguinte grfico.
DNA Z
DNA
backbone
carboxilatos
Stretching dos
grupos fosfato
Concluso do artigo
Atravs desta anlise conseguiram-se definir
marcadores espectrais confiveis deste tipo de
cancro e para confirmar o grau do tumor atravs de
seces de tecido das duas regies.
Alguns estudos quimiomtricos de
cancro
Identification and diferentiation of single cells from
peripheral blood by Raman spectroscopy imaging
Pode-se fazer diagnstico de cancro atravs da
anlise do sangue difuso na periferia de tumores com
espectroscopia de Raman.
Estudaram-se 48 clulas individuais de quatro classes:
- leuccitos, extrados do sangue perifrico de pessoas
saudveis;
- breast carcinoma derived tumor cells (MCF-7, BT-20);
- myeloid leukaemia cells (OCI-AML3) de culturas
celulares;

Analisaram-se os picos de cada espectro de cada
clula que correspondem contribuio de vrios
componentes bioqumicos como DNA, protenas,
lpidos e hidratos de carbono.
Aplicou-se HCA aos dados obtidos, construindo-se o
dendrograma. V-se dois clusters bem separados: leuccitos e as outras
clulas. Dentro do cluster as outras clulas formam-se sub-clusters que
correspondem ao tipo de clula. V-se tambm uma heterogeneidade no
cluster dos leuccitos, uma vez que estes so uma mistura de
granulcitos, moncitos e macrfagos.
Aplicou-se PCA aos dados e verifica-se uma
disperso dos leuccitos, como em HCA. As clulas de
cultura esto no PC1 negativo que coicide com as
bandas correspondentes aos cidos nucleicos,
protenas e aminocidos. Cada tipo de clula est bem
separado.
Com a ajuda de mtodos estatsticos supervisionados
support vector machines, construiu-se um modelo de
classificao com uma preciso de 99,7 % nesta diferenciao.
Este modelo pode ser aplicado a uma mistura de clulas,
de modo a identificar as clulas atravs do seu espectro Raman.
Confirmaram-se os resultados com marcao fluorescente.
Base de dados Lymphography
Obtida de University Medical Centre, Institute
of Oncology, Ljubjana, Yugoslavia;
148 amostras;
4 classes:
Controlo Saudvel (1);
Metastases (2);
Malign lymph (3);
Fibrosis (4).
Base de dados Lymphography
18 variveis com valores numricos:
- lymphatics (teste a todo o sistema linftico):
- normal: 1
- arqueado: 2
- deformado: 3
- deslocado: 4
- block of aferent: no-1, sim-2
- block of lymph c: no-1, sim-2
- block of lymph s: no-1, sim-2
- By pass (passagem secundria): no-1, sim-2
- Extravasates (expelida por uma veia): no-1, sim-2
- Regenerao: no-1, sim-2



Base de dados Lymphography
- Early uptake: no-1, sim-2
- Dimenso dos gnglios linfticos- de 0 a 3
- Alargamento dos gnglios linfticos de 1 a 4
- Alteraes na linfa:
- bean (feijo):1;
- oval: 2;
- redondo: 3.
- Defeito no gnglio:
- no: 1
- lacunars: 2
- lacunars marginal: 3
- lacunars central: 4

Base de dados Lymphography
- Alteraes no gnglio:
- no 1
- lacunars 2
- lacunars marginal: 3
- lacunars central: 4
- Alteraes na estrutura (a estrutura do sistema linftico)
- Formas especiais:
- no 1
- clices 2
- vesculas 3
- deslocao do gnglio: no-1, sim-2
- Excluso do gnglio: no-1, sim-2
- Nmero de gnglios: 0 a 80



Alguma terica:
O sistema linftico constitudo por vasos sanguneos (LVs), gnglios linfticos (LNs) e orgos
linfticos. Est envolvido no transporte da linfa e as lymphagions e vlvulas so a base unitria dos
vasos linfticos. O conhecimento deste sistema importante de modo a compreender doenas
linfticas e controlar metastases.

Os vasos linfticos colhem e transportam clulas danificadas, clulas tumorais e partculas
estranhas. Esta linfa filtrada nos gnglios, sendo removidas estas clulas e partculas e produzidas
clulas que as vo combater.

Para este diagnstico existem tcnicas de imagem como lymphoangiography, lymphography,
ultrassons

A linfografia indirecta utiliza um agente de contraste ou corante que corre nos vasos linfticos, aps
ser injectado interstecialmente. Permite a localizao de vasos linfticos e de gnglios linfticos.
Tem a capacidade de demonstrar degeneraes da arquitectura interna de gnglios linfticos com
tamanho normal. Ou seja avaliao no-invasiva dos gnglios, de modo a diagnosticar a sua
malignidade.