CURSO DE ACTUALIZACIN EN GENTICA HUMANA 2012 IMBICE

Tasas de mutacin en marcadores STRs

STRs
Short tandem repeats = microsatlites
marcadores genticos que poseen una secuencia repetida en tndem

long. de la sec.: generalmente 2-7 nucletidos

ACAGTGATCATTAGGGATCCATATATATATATCGATAGCAGCACG TGTCACTAGTAATCCCTAGGTATATATATATAGCTATCGTCGTGC

GGAACAGCAGTCATTCATCGGTCGTCGTCAGATGGCAGTAACG CCTTGTCGTCAGTAAGTAGCCAGCAGCAGTGCTCCCGTATTGC

STRs
ubicuos (3% del genoma)

codominantes
altas tasas de mutacin y retromutacin pueden tener variacin de secuencia en una o varias repeticiones (STRs imperfectos)

Variacin en los STRs

variacin en el nmero de repeticiones = variacin en

el tamao del alelo por electroforesis
11 5 8 8

separacin de fragmentos

Mecanismo de mutacin de STRs

- deslizamiento durante la polimerizacin: slippage = tartamudeo de la ADN-polimerasa 10 a 100 veces ms que en regiones no repetidas - + errores en mecanismos de reparacin
bucles y estructuras secundarias

hebra molde hebra nueva hebra molde

Modelo de mutacin por pasos

Generacin actual
3 3.1
..CAGCCAGCAG..

Ancestro comn

Modelo de mutacin por pasos

el modelo de alelo infinito no es aplicable (no toma en cuenta el tamao allico) stepwise mutation model: alelo/s modal/es de tamao intermedio y los menos frecuentes distribuidos a los lados de la moda
Frecuencias allicas

0.2

0.1

0.0 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 Alelos segn cantidad de repeticiones

Variacin de entre STRs: tamao de repeticin

di > tri > tetra > penta > hexanucleotdicos
GA GAT GATT GATTA GATTAT

STRs dinucleotdicos: no se utilizan en tcnicas de identificacin STRs tetra, penta, hexa: tiles en identificacin STRs penta y hexa: tasa de cambio 2 veces menor que el resto = mayor robustez para inferencias filogenticas

Variacin de entre STRs: complejidad de cada STR

depende de la estructura interna de cada locus (repeticiones puras o perfectas vs. imperfectas) depende de su ubicacin en el cromosoma depende del motivo repetido: ej: AG > TC AAGG > TTCC

Variacin de entre alelos de un mismo STR

depende de la longitud del alelo: alelos largos, tienden a contraerse

aparente balance entre expansin y contraccin allica

depende de la presencia de SNPs: correlacin con el n de repeticiones puras ininterrumpidas la aparicin de sustituciones previene el crecimiento indefinido y acorta la longitud de arreglos ininterrumpidos = disminuye

Aplicaciones de marcadores STRs

estudios poblacionales
pruebas de identificacin / parentesco riesgo de enfermedades: estudios de ligamiento y expansin de STRs codificantes especficos (X-frgil, DM, Huntington) estimacin de inestabilidad genmica (hipermutacin de STRs) de algunos tumores: indicador de cambios en el genoma (enzimas de reparacin)

Cromosoma Y

2 regiones regin especfica pseudoautosmicas masculina

(MSY=male specific Y region)

no recombina con cr. X

Regin MSY

segmento haploide patrilineal principal fuente de variacin: mutaciones

STRs del segmento MSY = Y-STRs

se heredan en bloque permiten la construccin de haplotipos

Mutacin de Y-STRs

Cambio en el nmero de repeticiones de un Y-STR durante la espermatognesis: mutacin germinal

se considera mayor tasa de cambio en la lnea germinal masculina que en la femenina

Mutacin de una regin que contiene uno o ms Y-STRs

delecin de una regin

duplicacin de una regin

Cmo estimamos ?

1. 2.

estudios experimentales observacin directa de transmisiones allicas padre-hijo en duplas de paternidad certificada (>99,9999) poblaciones de historia bien documentada

3.

Estimacin experimental

sntesis de repeticiones artificiales de longitud y secuencia especficas

clonado con genes reporteros en modelos bacterianos

diferencias dependiendo de dnde se inserta el fragmento en el genoma bacteriano resultan menores tasas que las obtenidas por anlisis de transmisiones allicas

Estimacin con transmisiones allicas padre-hijo

a partir de la rutina de laboratorio de identificacin

observacin directa de transmisiones allicas de padre a hijo varn: un hijo: un evento meitico

paternidad confirmada por estudio de paternidad

completo (incluyendo marcadores autosmicos) se requiere un nmero elevado de eventos meiticos

a analizar

Estimacin de de Y-STRs
Transmisiones allicas padre hijo: Bianchi et al. (1998): 1743 eventos=0 mutaciones
(7 Y-STRs en 249 individuos de familias del CEPH)

Heyer et al. (1997): 1917 eventos=3 mutaciones

Kayser et al. (1997) 626 eventos=2 mutaciones = 1,2 x 10-3

Estimacin de especficas de Y-STRs

cada STR puede presentar una tasa especfica de mutacin se necesita >> n de eventos a analizar surgimiento de estudios colaborativos entre laboratorios

Estudio colaborativo GEP-ISFG

Grupo Espaol-Portugus - International Society of Forensic Genetic, GEP-ISFG

18 laboratorios
17 Y-STRs

27.029 transmisiones allicas Padre-Hijo

Aporte al estudio colaborativo

60 familias de vnculo biolgico comprobado 500 eventos de transmisin allica Padre-Hijo 11 Y-STRs edad paterna promedio = 33,5 a

Aporte al estudio colaborativo

3 mutaciones de un paso (confirmacin por secuenciacin) Alelo pat. Alelo filial Edad pat. IP Mutacin

STR

DYS391

10

11
11/15 14/17

26
37 40

5,5x104
3,7x106 1,2x104

DYS385a/b 11/14 DYS385a/b 14/18

Estudio colaborativo GEP-ISFG

Gusmo et al. 2005

55 mutaciones en 27.029 eventos de transmisin allica 54 mutaciones single step: = 1,998 x 10-3

95% I.C. 1,501 x 10-3 - 2,606 x 10-3

con datos de otros trabajos: = 2,100 x 10-3

Tasas de mutacin STR especficas

Locus

DYS437 DYS438 DYS439 DYS460 DYS461 DYS635 GATAA10 GATA H4

1,739x10-3 0,824x10-3 6,873x10-3 4,577x10-3 0 3,436x10-3 4,577x10-3 2,286x10-3

la mayor
la menor

Tasas de mutacin STR especficas

Locus

DYS389 I DYS389 II DYS390 DYS391 DYS392 DYS393 DYS19 DYS385a/b

1,115x10-3 1,123x10-3 1,065x10-3 3,197x10-3 1,070x10-3 1,275x10-3 1,425x10-3 1,819x10-3

Trabajos ms recientes

Ballantyne (2010): 120 (de 186) Y-STRs 352,999 eventos de transmisin allica P-H 924 mutaciones =3,35 x 10-3

Modo de mutacin
Relacin ganancia-prdida de repeticiones: Kayser et al. (2000), Dupuy et al. (2004), Kurihara et al. (2004), Budowle et al. (2005) = ganancia > prdida

Gusmo et al. 2005 = 2:1

Goedbloed et al. 2009 = 1 : 0,75 Ballantyne et al. 2010 = 1 : 1,16

Modo de mutacin
Relacin ganancia-prdida de repeticiones: Contracciones: aumenta exponencialmente con el tamao allico Expansiones: pico en alelo 19

Modo de mutacin
Relacin entre cambios simples y mltiples repeticiones:
Gusmo = 54:1

Goedbloed = 33,33 : 1
Ballantyne = 25,23 : 1

Estimacin de especficas por edad

Goedbloed (2009):
17 Y-STRs (Y-Filer) 29.792 eventos de transmisin allica P-H

84 mutaciones + 18 trabajos previos

reunieron 135.212 eventos de transmisin allica 2 x 10-4 a 6,5 x 10-3 / locus / generacin (un orden de magnitud de diferencia) tasas especficas por edad

Efecto de la edad paterna

Gusmo et al. 2005:
Promedio edad paterna: en transferencias mutadas= 37,3 +/- 1,82

en transferencias normales= 31,30 +/- 0,08

La edad avanzada aumenta la probabilidad de cambio

N de transmiisones allicas
Tasa de mutacin
0.000 0.025 0.050 0.075
2000 1000 0

14 -1 8 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 44 43 -4 5

Goedbloed et al. 2009

Edad paterna al nacimiento

Efecto de la edad paterna

Tasa de mutacin de Y-STRs por edad

Edad paterna al nacimiento

46 47 49 48 -5 51 0 . 52 0 . 53 0 . 54 0 55 .0 -5 60 9 . 61 0 . 63 0 . 64 0 . 65 0 . 66 0 . 67 0 . 73 0 . 76 0 . 85 0 .0

14-18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44-45 46 47 48 49-50 51 52 53 54 55-59 60 61-63 64 65 66-85

Estimacin con poblaciones de historia corta y bien documentada

registro escrito registro arqueolgico se reconoce un linaje fundador haplogrupos definidos por SNPs menos frecuente en la bibliografa

Estimacin con poblaciones de historia corta y bien documentada

Ej. Gitanos de Bulgaria: Zhivotovsky et al. (2004) origen: India; entrada a Europa: 900-1000 d.C. registro de los ltimos 700 aos linaje raro en Europa: M82; se asume nico linaje fundador las variaciones de Y-STRs en individuos M82 pueden considerarse mutaciones

Para qu sirve estimar de Y-STRs?

Identificacin de individuos de sexo masculino

Identificacin masculina individual

clculos de probabilidad de paternidad de hijo varn con aparicin de posibles mutaciones

en casos con ausencia de padre incorporacin de los valores de en la estimacin del IP

Identificacin masculina individual

Identificacin de individuos dentro de un mismo linaje masculino Ballantyne et al. seleccionaron los 13 Y-STRs de ms elevada: 462/924 = 50% !!! > 1 x 10-2 mutabilidad excepcional: RM Y-STRs

permite la diferenciacin estrechamente relacionados

entre

varones

Para qu sirve estimar de Y-STRs?

Gentica de poblaciones

Gentica de poblaciones
Y-STRs de menor tasa mutacional: para estudios evolutivos Y-STRs de tasa mutacional intermedia: para estudios genealgicos y estudios histricos evitar Y-STRs con alta tasa mutacional (homoplasia)

Antigedad de procesos poblacionales

estimacin de la antigedad de procesos poblacionales de un linaje masculino: colonizacin, expansin, divergencia

Los 1ros. nativos americanos

cromosomas Y monofilticos T-II de nativos americanos 54 haplotipos DYS199 - T / - II

haplotipo ms frecuente
DYS389I DYS389I I 10 27 DYS390 24

haplotipo ancestral 0A
DYS391 10 DYS392 14 DYS393 13

restantes 53 haplotipos: 7 grupos

Haplotipos obtenidos
Hapl 199 alf 19 389I 389II 390 391 392 393 Pobl n

0A 1a 1b 1c 1d 1e 1f 1h

T T T T T T T T

II II II II II II II II

13 14 13 13 13 13 13 13

10 10 10 10 10 10 10 9

27 27 27 28 27 26 27 27

24 24 24 24 23 24 24 24

10 10 10 10 10 10 10 10

14 14 15 14 14 14 13 14

13 13 13 13 13 13 13 13

Wich, Toba
Wich, Tehu Wich, Leng Ayor, Toba Leng Maya Wich Navajo

5 2 3 2 2 1 1 1

Estimacin de la antigedad de 0A

Se utiliz una tasa de 0,0012 calculada por transm.P-H Distancia mxima entre 0A y dems haplotipos: 7 pasos mutacionales = 7 haplogrupos Nmero de generaciones estimado para que se generen 7 haplogrupos = 843,37 Tiempo generacional = 27 aos Fecha de entrada al continente = 22.770 aos a.p.

Cromosoma X

Cromosoma X
X-STR Ubicacin Secuencia repetitiva

DXS8378 Xp22.31 [CTAT] DXS9898 Xq21.33-22.3 [TATC]2-ATC-[TATC]N DXS7424 Xq22.3 [TAA] DXS101 Xq21.33-22.3 [CTT]N-[ATT]N HPRTB Xq26 [AGAT] GATA31E08 Xq27.3 [AGAT] DXS7423 Xq27-28 [TCCA]

 de X-STRs

1015 transmisiones allicas en duplas Madre-hijo / tros Padre-madre-hija 1 cambio de un paso en DXS9898: prdida de una repeticin tetranucleotdica 12-11

 de X-STRs

1015 transmisiones allicas en duplas Madre-hijo / tros Padre-madre-hija 1 cambio de un paso en DXS9898: prdida de una repeticin tetranucleotdica 12-11

 de X-STRs

X-STR DXS101 DXS7424 DXS7423 GATA31E08 DXS8378 DXS9898 HPRTB TOTAL

transmisiones estudiadas 139 157 173 93 =1,31 x 10-3 206 124 123 1015

Estudios poblacionales con X-STRs

1- LenguaAyoreo
2- ChoroteWich
2

3- Mocov