Enzimas y bioenergtica

Bioqumica

Metabolismo
Conjunto integrado de reacciones qumicas que tienen lugar en el organismo y que nos capacita para extraer energa del medio y utilizarla para sintetizar protenas, carbohidratos y grasas. Catabolismo Anabolismo

Catabolismo
Es la rotura o degradacin de molculas complejas ricas en energa. Da lugar a otras ms simples. La energa liberada es capturada como ATP y almacenada para ser utilizada posteriormente.

Anabolismo
Es la sntesis de molculas complejas a partir de otras ms simples. Protenas a partir de aminocidos Glucgeno a partir de glucosa, etc. Estas reacciones requieren energa que proviene de la hidrlisis de ATP.

Aspectos fundamentales sobre el metabolismo

Cada reaccin no tiene lugar de manera asilada, sino que proporciona un sustrato para la siguiente. Se crean vas en las que el producto final de cada una forma un sustrato para otras (proceso continuo). Las vas son como carreteras con escalas intermedias a lo largo del trayecto. Algunas de las vas son de un solo sentido.

Enzimas
Definicin Son catalizadores biolgicos proteicos. Su poder cataltico es mucho mayor que el de los catalizadores inorgnicos. Se han identificado unas 2000 enzimas diferentes. Las clulas pueden realizar reacciones qumicas a gran velocidad, a temperatura relativamente baja y PH biolgico merced a las enzimas. Las enzimas que una clula elabora determinan las funciones biolgicas de la misma, ya que una clula solo puede llevar a cabo una reaccin qumica, a un ritmo razonable, si tiene una enzima especfica para catalizar esa reaccin. Sin enzimas las reacciones seran tan lentas, que difcilmente se lleven a cabo.

Nomenclatura y Clasificacin
Las enzimas se clasifican en seis clases:
Oxidorreductasas: reacciones de xido-reduccin. Tranferasas: transferencias de grupos funcionales de una sustancia a otra. Hidrolasas: hidrlisis de sustancias. Liasas: ruptura de molculas por procesos distintos a hidrlisis. Isomerasas: interconversin de ismeros. Ligasas: unin de compuestos.

Propiedades de las Enzimas

Por ser catalizadores: Eficientes en pequeas cantidades. No se modifican durante la reaccin. No afectan el equilibrio de la reaccin. Por ser catalizadores biolgicos: Composicin qumica especfica: son protenas con estructura terciaria y cuaternaria. Componentes del citoplasma vivo y sintetizadas en el mismo. Especficas: para cada reaccin hay una enzima determinada. Sujetas a regulacin: estn reguladas en cantidad y funcin.

SITIO ACTIVO
Es el sitio de la enzima donde se fija el sustrato. En el sitio activo intervienen unos pocos a.a. de la enzima.: Algunos pueden ser continuos en la cadena primaria. Tambin hay a.a. alejados en la cadena primaria que se acercan merced al intrincado plegamiento de la estructura terciaria. a.a. de distintas cadenas de polipptidos. El sitio activo no solo tiene forma 3D complementaria del sustrato, sino que tambin posee una serie complementaria de reas con carga elctrica, hidrofbicas e hidroflicas. El sitio activo no solo reconoce al sustrato y la acopla, sino que tambin lo orienta en una determinada direccin.

 El modelo llavecerradura supone que la estructura del sustrato y la del sitio activo son complementarias, de la misma forma que una llave encaja en una cerradura.

Modelo de la llave y cerradura

E y S tienen forma complementaria

 Otra hiptesis ms aceptada actualmente es la del enzima flexible o de ajuste inducido (modelo de Koshland) Sugiere que el sitio activo no necesita ser una cavidad geomtricamente rgida y preexistente, sino que dicho sitio activo debe tener una disposicin espacial, precisa y especfica, de ciertos grupos de la enzima que en presencia del sustrato se adaptan a su estructura cuando interaccionan con l

Modelo del sitio inducido

E
E
S

Enzimas
Mecanismo de accin enzimtica
Modelo ajuste inducido

Modelo llave-cerradura

Enzimas
Mecanismos de regulacin de la actividad enzimtica
Una molcula de enzima no tiene por qu actuar siempre a la misma velocidad. Su actividad puede estar modulada por:
cambios en el pH cambios en la temperatura presencia de cofactores las concentraciones del sustrato y de los productos finales presencia de inhibidores

modulacin alostrica

Regulador alostrico: pequeos metabolitos o cofactores que se unen a sitios distintos o no del centro activo y modifican la actividad enzimtica

Control alostrico: ENZIMAS ALOSTRICAS

Modulador propio sustrato: homoalosterismo Modulador molcula distinta a sustrato: heteroalosterismo Enzimas homotrpicos el sitio modulador y el sitio activo son el mismo Enzimas heterotrpicos el sitio modulador y el sitio activo distintos

Enzimas

Introduccin

Intrn autoeditable de Tetrahymena

Una ribozima es una enzima de naturaleza ribonucleica, es decir, est formada por una o varias cadenas de ARN.
Son necesarias para la expresin correcta de los genes.
Por ejemplo, tenemos a los RNA nucleares pequeos (U1 a U6)

Biologa Celular y Molecular, 1 ed. Gerald Karp. McGrawHill Interamericana, 1998.

Las enzimas
Son necesarias para que las reacciones bioqumicas: Se produzcan a una velocidad adecuada Se canalicen hacia rutas que sean tiles en lugar de hacia reacciones colaterales que despilfarren energa. Pueda regularse la produccin de distintas sustancias segn las necesidades

 Las enzimas tienen el centro activo. Formado por aminocidos y sirve para fijar al sustrato. El sustrato se transforma en un producto. Se ha establecido una clasificacin internacional que define las seis clases principales. Cada una de ellas tiene varias subclases. Esta clasificacin fue dada por la Unin Internacional de Bioqumica (UIB).

Muchas enzimas requieren cofactores para su actividad:

Pueden ser de naturaleza. Inorgnica Orgnica (coenzimas)

Trminos relacionados con la accin enzimtica

Cofactor o coenzima: Son molculas orgnicas inorgnicas, cuya presencia es necesaria para que la enzima sea activa.
a) Iones inorgnicos Fe2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+ etc. b) Complejos orgnicos (Coenzimas) Vitaminas hidrosolubles

S: PM 250, 0.8 nm

Cofactor
E: PM 100000, 7 nm Inorgnico: Fe2+, Mn2+, Zn2+,etc.

Orgnico: Coenzimas NAD, FAD, CoASH. Grupo Prosttico

Enzimas

Introduccin
No todas las enzimas necesitan coenzimas, pero aquellas que lo hacen no pueden trabajar sin su coenzima. A la parte proteica de la enzima se le llama apoenzima, y a la unin de apoenzima y coenzima se le conoce como holoenzima, que ya es activa.

Dominio carboxitransferasa de la acetil-CoA carboxilasa

Bioqumica Fundamental 4 ed. Conn, Stumpf, Bruening. Limusa-Wiley, 2001.

 Apoenzima: El componente proteico de una enzima que carece de cofactor o coenzima. Holoenzimas: Las enzimas completas intactas con sus cofactores o coenzimas unidos Los organismos pueden controlar directamente las actividades enzimticas a travs de la unin de activadores o inhibidores o indirectamente regulando la sntesis de la enzima

Coenzimas
Pueden ser vitaminas o derivados de vitaminas. Vitaminas
Vitamina B1 tiamina Vitamina B2 riboflavina Ac. nicotnico

Coenzimas
Pirofosfato de tiamina Flavin adenin dinucletido (FAD) Flavin mononucletido (FMN) Nicotn adenin dinucletido (NAD) Nicotn adenin dinucletido fosfato (NADP) CoA Fosfato de piridoxal

Ac pantotnico Vitamina B6 piridoxina

Enzimas que requieren elementos inorgnicos

Citocromo oxidasa Catalasa, peroxidasa
Citocromo oxidasa DNA polimerasa Anhdrasa carbnica Alcohol deshidrogensa Hexoquinasa Glucosa 6-fosfatasa

Fe2+, Fe+,
Cu2+ Zn2+ Mg2+

Arginasa
Piruvato quinasa Ureasa Nitrato reductasa

Mn2+
K+, Mg2+ Ni2+ Mo2+

Clasificacin de las enzimas

Oxido-reductasas ( Reacciones de oxidoreduccin) Si una molcula se reduce, tiene que haber otra que se oxide. (deshidrogenasas, oxidasas, oxigenasas, peroxidasas)

Enzimas:
No.

Clase

Tipo de reaccin que catalizan

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas

Oxidorreductasas De xido reduccin (transferencia de e-)

Reduccin: ganancia de electrones (hidrgeno o prdida de oxgeno) Oxidacin: prdida de electrones (hidrgeno o ganancia de oxgeno). La Oxidacin y la Reduccin son reacciones acopladas (REDOX)

 Transferasas (Transferencia de grupos funcionales) grupos aldehidos gupos acilos grupos aminos grupos fosfatos (kinasas)

(trancarboxilasas, transmetilasas, transaminasas)

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas

Oxidorreductasas

Transferasas

Transferencia de grupos

Kinasas Transaminasas

 Hidrolasas (Reacciones de hidrlisis). Transforman polmeros en monmeros. Actan sobre: enlace ster enlace glucosdico enlace peptdico enlace C-N (fosfatasas, peptidasas)

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas

Oxidorreductasas

Transferasas

Transferencia de grupos

Hidrolasas

Hidrlisis, con transferencia Pirofosfatasa de grupos funcionales del Tripsina agua Aldolasa

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas Pirofosfatasa Tripsina Aldolasa

Oxidorreductasas

2 3

Transferasas Hidrolasas

Transferencia de grupos Hidrlisis, con transferencia de grupos funcionales del agua

Liasas

Lisis de un substrato, (Sintasas) generando un doble enlace, o Adicin de un substrato a un Descarboxilasa doble enlace de un 2o. pirvica substrato

Liasas (Adicin dobles enlaces)

Entre C y C
Entre C y O Entre C y N

 Isomerasas (Reacciones de isomerizacin) (epimerasas, mutasas)

Enzimas:
No. Clase Tipo de reaccin que catalizan
De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas Pirofosfatasa Tripsina Aldolasa (Sintasas) Descarboxilasa pirvica

Oxidorreductasas

2 3

Transferasas Hidrolasas

Transferencia de grupos Hidrlisis, con transferencia de grupos funcionales del agua Lisis de un substrato, generando un doble enlace, o Adicin de un substrato a un doble enlace de un 2o. substrato (Sintasa)

Liasas

Isomerasas

Transferencia de grupos en el interior de las molculas para dar formas ismeras

Mutasas Epimerasas Racemasas

 Ligasas (Formacin de enlaces, con aporte de ATP).

Entre C y O Entre C y S Entre C y N Entre C y C (sintetasas)

Enzimas:
No.
1

Clase
Oxidorreductasas

Tipo de reaccin que catalizan

De xido reduccin (transferencia de e-)

Ejemplo
Deshidrogenasas Peroxidasa Oxidasas Oxigenasas Reductasas Kinasas Transaminasas Pirofosfatasa Tripsina Aldolasa (Sintasas) Descarboxilasa pirvica

2 3

Transferasas Hidrolasas

Transferencia de grupos Hidrlisis, con transferencia de grupos funcionales del agua Lisis de un substrato, generando un doble enlace, o Adicin de un substrato a un doble enlace de un 2o. substrato (Sintasa)

Liasas

Isomerasas

Transferencia de grupos en el interior de las molculas para dar formas ismeras Formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N. Mediante reacciones de condensacin, acopladas a la ruptura del ATP

Mutasas Epimerasas Racemasas Sintetasas

Ligasas

 Cada enzima se clasifica en la actualidad de acuerdo con la clase de reaccin que cataliza. A cada enzima se le asigna una clasificacin de cuatro nmeros y un nombre sistemtico. La UIB (EC) sugiere para el uso diario un nombre recomendado. Debido a que muchas enzimas se descubrieron antes de instituirse la nomenclatura sistemtica, muchos nombres se han conservado.

Enzimas

Nomenclatura
1. Se toman el (los) sustratos de la enzima.
2. Se separan con dos puntos (:). 3. Se escribe la actividad de la enzima. Por ejemplo, existe una enzima que transfiere un grupo fosfato del ATP a la glucosa, en el carbono 6. Por lo tanto, se llamar: ATP : D-glucosa 6-fosfotransferasa
Sustratos separados por dos puntos (:) La enzima transfiere 1 grupos fosfato del ATP en la posicin 6 de la glucosa

Esto creo confusin, porque varias enzimas pueden tener el mismo sustrato. Por ello, se sistematiz la forma de ponerles nombres a las enzimas. Ahora, se siguen los pasos que se muestran en el cuadro en naranja.
El encargado de ello es el Comit de Nomenclatura Enzimtica de la Unin Internacional de Bioqumica.

Bioqumica, 4 ed. Lubert Stryer. Revert ed., 2001.

Enzimas

Nomenclatura
Sin embargo, con el fin de evitar la simplicidad y la complejidad excesivas, se recomienda que se nombre primero el sustrato y despus la actividad que tiene la enzima sobre el mismo.
Por ejemplo, en vez de ATP : Dglucosa 6-fosfotransferasa, es ms sencillo escribir glucosa cinasa (las cinasas son enzimas que transfieren grupos fosfatos).

Modelo tridimensional de la glucosa cinasa. En verde se muestra el ATP, y en amarillo la glucosa

Bioqumica, 4 ed. Lubert Stryer. Revert ed., 2001.

Nombre sistemtico:

Unin Internacional de Bioqumica y Biologa Molecular (IUBMB)

Se asigna a cada enzima un nombre descriptivo y un nmero que permite identificarla inequvocamente

Nombre comn: Hexoquinasa Nombre sistemtico: ATP: glucosa fosfotransferasa Cdigo de 4 dgitos: 2.7.1.1. Clase 2: transferasa Subclase 7: fosfotransferasa Subsubclase 1: fosfotransferasa con un grupo hidroxilo como aceptor N de orden de la enzima en su subclase 1: glucosa como aceptor del grupo fosfato

Bases de la accin enzimtica: Energa de activacin

Para que se d una reaccin qumica tienen que verificarse 3 condiciones: Los reactivos, llamados sustratos, deben colisionar. La colisin molecular tiene que ocurrir con una orientacin adecuada (las enzimas aumentan la probabilidad). Los reactivos deben poseer suficiente energa para alcanzar el estado de transicin.
Las enzimas hacen que la reaccin vaya ms rpida.

Enzimas

Propiedades
El nmero de recambio es la cantidad de sustrato (en moles) que una cantidad de enzima (tambin en moles) convierte en producto por unidad de tiempo (en minutos).
Por ejemplo, la anhidrasa carbnica puede catalizar la hidratacin de 105 molculas de CO2 a HCO3-1 en un segundo.

Anhidrasa carbnica humana

Enzimas

Propiedades

Especificidad significa que una enzima slo puede reconocer a un, y slo a un, sustrato.
A veces, debido a que una molcula se parece mucho a un sustrato, la enzima los puede confundir, pero no puede catalizar su conversin a producto.

La especificidad es producto de la necesaria complementariedad conformacional que debe existir entre el sitio activo y el sustrato.

Enzimas

Modo de accin

Para que una reaccin qumica tenga lugar, los reactivos deben de alcanzar un estado de energa, de modo que se puedan activar y transformarse en productos.
A esta energa se le conoce como energa de activacin.
Termodinmica de la reaccin de desplazamiento del bromuro de etilo y oxhidrilo a etanol y bromuro.

En las reacciones bioqumicas

Energa de activacin:
Barrera de energa que hay que superar para que se produzca la reaccin. Es la energa necesaria para:
Alinear grupos reactivos Formar cargas inestables transitorias Reordenar enlaces

Superada esta barrera, se llega a un estado activado o de transicin en el que se produce la orientacin y condiciones adecuadas para la reaccin .

Enzimas

Modo de accin
La energa de activacin es un paso limitante en la velocidad de las reacciones. Las enzimas aceleran las reacciones al disminuir la energa de activacin necesaria para llevar a cabo la reaccin.
Esto no quiere decir que los sustratos pierden o ganan energa, slo se necesita menos para realizar su transformacin.

 Las enzimas aceleran la reacciones bajando la energa de activacin. La enzima se une al sustrato y la hace adoptar un estado intermediario semejante al de transicin, pero de menor energa. Esta energa de activacin y la conversin del intermediario en producto son menores que la energa de activacin de la reaccin sin catalizar.

Regulacin actividad enzimtica

Las clulas pueden regular la actividad enzimtica mediante:
El PH. Concentracin de cofactores. Concentracin de sustrato.

Sin embargo, existen enzimas con propiedades que les confieren especficamente papeles reguladores del metabolismo.

Enzimas

Factores moduladores

Como parte de las reacciones, muchos factores que participan directamente en ellas afectan la velocidad con que funcionan las enzimas

Las clulas suelen tener bajo un fino control la actividad de las enzimas. Adems de los mecanismos discutidos, existen toda una serie de factores componentes de las reacciones que modifican la velocidad de catlisis de las enzimas.

 Para estudiar la cintica enzimtica se mide el efecto de la concentracin inicial de sustrato sobre la velocidad inicial de la reaccin, manteniendo la cantidad de enzima constante.

Enzimas

Factores moduladores
Un factor importante es la cantidad de enzima presente en la reaccin. A mayor cantidad, mayor cantidad de sitios activos para cada sustrato, y ms rpidamente se lleva a cabo la reaccin.
Con la ingesta de alcohol, la cantidad de alcohol deshidrogenasa del hgado aumenta para eliminar esta toxina.

Entre ms obreros haya en una fbrica, ms fcil podr ser cubrir la demanda del mercado.

Enzimas

Factores moduladores

Si una sola contadora tratara de auditar a todas las empresas en Mxico, ira mucho ms lento que si tuviese ayuda, pues tiene una velocidad mxima de auditoria.

La cantidad de sustrato tambin es un factor determinante. A una cantidad constante de enzima, entre ms sustrato haya, menos sitios activos habr para cada sustrato, y las enzimas se saturarn, hasta que no puedan ir ms rpido de un lmite.

Enzimas

Factores moduladores
Alcohol deshidrogenasa

Grfica de cintica de saturacin

Enzimas

Factores moduladores
Asimismo, las enzimas por su naturaleza proteica estn fuertemente influenciadas por la temperatura y el pH, de modo que slo pueden trabajar en rangos muy especficos de estos dos.
La pepsina, un enzima hidroltica del estmago, slo trabaja a pHs bajos, mientras que la DNA polimerasa de Thermus aquatica slo trabaja a ms de 70 C.

La mayora de las enzimas trabajan en rangos muy estrechos de pH, como se muestra en la grfica.

 Los aumentos de temperatura aceleran las reacciones qumicas: por cada 10C de incremento, la velocidad de reaccin se duplica. A partir de cierta temperatura, se empiezan a desnaturalizar por el calor. La temperatura a la cual la actividad cataltica es mxima se llama temperatura ptima Por encima de esta temperatura, el aumento de velocidad de la reaccin debido a la temperatura es contrarrestado por la prdida de actividad cataltica

 La mayora de los enzimas son muy sensibles a los cambios de pH. Desviaciones de pocas dcimas por encima o por debajo del pH ptimo pueden afectar drsticamente su actividad. As, la pepsina gstrica tiene un pH ptimo de 2, la ureasa lo tiene a pH 7 y la arginasa lo tiene a pH 10.

Enzimas

Inhibidores

Los inhibidores son sustancias que reducen de manera dramtica la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas al interactuar con ellas, al grado de ser capaces de detener por completo la reaccin. Hay dos tipos: reversible e irreversible.

Muchos venenos metablicos y medicamentos llevan a cabo sus acciones al inhibir de alguna manera enzimas.

Inhibidores enzimticos
El efecto de un inhibidor es disminuir o bloquear la velocidad de una reaccin catalizada unindose a la enzima. Son especficos, cualquier sustancia no sirve para unir cualquier enzima. Se alteran grupos importantes para la funcin cataltica o se altera ligeramente la conformacin (con lo que la protena ya no es activa) sin llegar a desnaturalizarlo.

Tipos de inhibidores
Irreversibles o permanentes Reversibles

Tipos

Competitiva Acompetitiva No competitiva

Inhibicin de las enzimas

Irreversibles:
Ciertas sustancias inhiben a las enzimas en forma irreversible, sea fijndose permanentemente de manera covalente o desnaturalizndolas.

Enzimas

Inhibidores
Los inhibidores irreversibles son aquellos que se unen covalentemente a la enzima en alguna regin que bloquea o interfiere por completo con su actividad cataltica. La velocidad de la reaccin no aumenta al aumentar la cantidad de sustrato, porque la enzima no tiene actividad.
Un ejemplo notable es el cianuro, que se une a los grupos hem de los citocromos, bloqueando de manera permanente su actividad.

Citocromo c oxidasa

Enzimas

Inhibidores
Los inhibidores reversibles son de dos tipos: competitivos, no competitivos y acompetitivos. No se unen de manera covalente a la enzima, pero si interfieren con su actividad. Cuando se aumenta la cantidad de sustrato, aumenta la velocidad de la reaccin. Los competitivos son compuestos que se parecen mucho al sustrato, y compiten con este por el sitio activo.

La succinato deshidrogenasa es inhibida competitivamente por el malato. Su funcin es la catlisis de succinato a fumarato, sin embargo, el malato la inhibe por tener una semejanza con el sustrato original.

Enzimas

Inhibidores

Los inhibidores acompetitivos slo logran inhibir a la enzima cuando sta ha formado el complejo ES, pero no cuando est libre; es decir, no forman complejo EI

Los inhibidores no competitivos no compiten por el sitio activo, sino que se unen a este cuando la enzima se ha unido a su sustrato (formando el complejo enzima-sustratoinhibidor ESI-) o cuando la enzima est libre (formado el complejo EI).

Inhibicin Competitiva
Inhibidor y sustrato compiten por unirse a la enzima en el mismo sitio de manera que no se unen a la vez.

Inhibicin no competitiva
El I se fija a la enzima en un sitio de la molcula que no es el activo. El inhibidor no interfiere en la unin del sustrato, pero si inhibe el fenmeno cataltico Es reversible, pero no por la cantidad de sustrato.

Inhibicin acompetitiva
El inhibidor slo se une al complejo enzima sustrato, para formar un complejo inactivo enzima-sustrato-inhibidor que ya no formar producto. El inhibidor no se une al centro activo sino a cualquier otro sitio, lo que hace que cambie la conformacin y la enzima ya no es tan efectiva.

 La enzima se representa [E] que indica una concentracin enzimtica actuando sobre un sustrato [S], dando al final de una reaccin un producto [P] + [E]. La enzima vuelve a actuar sobre un sustrato. Reaccin enzimtica [E] + [S] [ES] [E] + [P]

Cintica enzimtica
El estudio cuantitativo de la catlisis enzimtica se denomina cintica enzimtica. Miden la afinidad de las enzimas por los sustratos y los inhibidores. Proporcionan conocimientos sobre los mecanismos de reaccin.

La cintica enzimtica
Estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas. Estos estudios proporcionan informacin directa acerca del mecanismo de la reaccin cataltica y de la especifidad del enzima. La medida se realiza siempre en las condiciones ptimas de pH, temperatura, presencia de cofactores, etc, y se utilizan concentraciones saturantes de sustrato. En estas condiciones, la velocidad de reaccin observada es la velocidad mxima (Vmax). La velocidad puede determinarse bien midiendo la aparicin de los productos o la desaparicin de los reactivos.

 Los estudios sistemticos del efecto de la concentracin inicial del sustrato sobre la actividad enzimtica comenzaron a realizarse a finales del siglo XIX. En 1882 se introdujo el concepto del complejo enzima-sustrato como intermediario del proceso de catlisis enzimtica. En 1913, Leonor Michaelis y Maud Menten desarrollaron esta teora y propusieron una ecuacin de velocidad que explica el comportamiento cintico de los enzimas.

Cintica enzimtica
El estudio cuantitativo de la catlisis enzimtica se denomina cintica enzimtica. Miden la afinidad de las enzimas por los sustratos y los inhibidores. Proporcionan conocimientos sobre los mecanismos de reaccin.

 La teora cintica Se llama teora de la colicin, declara que para que dos molculas reaccionen, deben: Aproximarse dentro de la distancia formadora de enlace de la otra o chocar. Poseer suficiente energa cintica para vencer la barrera de energa para alcanzar el estado de transicin.

 Una ecuacin qumica balanceada lista las especies qumicas iniciales (sustratos) y las nuevas especies qumicas (productos) formadas para una reaccin qumica particular. Las dobles flechas indican reversibilidad, propiedad intrnseca de todas las reacciones qumicas. A+B P+Q Si A + B pueden formar P + Q, stos (P + Q) tambin pueden formar A y B. La designacin de un reactivo como sustrato o producto es arbitraria Los productos para una reaccin en una direccin son los sustratos para la reaccin inversa.

 Las reacciones para las cuales los factores termodinmicos favorecen de manera significativa la formacin de los productos hacia los cuales apunta la flecha, a menudo se representan con una flecha nica como si fueran irreversibles. Tambin se usan flechas unidireccionales para describir reacciones en clulas vivas en la cuales los productos de la reaccin son consumidos inmediatamente por una reaccin subsiguiente catalizada por enzima. La eliminacin rpida del producto P o Q impide de manera efectiva la reaccin inversa, lo que hace a la reaccin irreversible desde el punto de vista funcional en condiciones fisiolgicas

 El cambio de energa libre de Gibbs DG (energa libre o enrga de Gibbs), describe la direccin en la cual tender a proceder una reaccin de qumica, como las concentraciones de reactivos y productos que estn presentes en el equilibrio. La DG de una reaccin qumica es igual a la suma de energas libres de la formacin de los productos de la reaccin DGp menos la suma de las energas libres de la formacin de los sustratos DGs. DG0 denota el cambio de energa libre que acompaa a la transicin desde el estado estndar, concentraciones uno molar de sustratos y productos.

 Para explicar la relacin oservada entre la velocidad inicial (v0) y la concentracin inicial de sustrato ([S]) Michaelis y Menten propusieron que las reacciones catalizadas enzimticamente ocurren en dos etapas: En la primera etapa se forma el complejo enzima-sustrato y en la segunda, el complejo enzima-sustrato da lugar a la formacin del producto, liberando la enzima libre:

La velocidad de una reaccin depende de:

Concentracin de la enzima [E] Concentracin del sustrato [S] Temperatura pH Presencia de cofactores Inhibicin por presencia de inhibidores

 A concentraciones de sustrato pequeas, la velocidad inicial es directamente proporcional a la concentracin de sustrato con lo cual la reaccin es un proceso cintico de primer orden. A concentraciones de sustrato elevadas. La velocidad de reaccin es independiente de la concentracin del sustrato, y por tanto, la reaccin es un proceso cintico de orden cero. La velocidad mxima de la reaccin (Vmax): Es la velocidad que se alcanzara cuando todo la enzima disponible se encuentra unida al sustrato.

 Cuando se une el sustrato S en el lugar activo de una enzima E, se forma un complejo intermediario (ES). Durante el estado de transicin, el sustrato se convierte en producto. Tras un breve espacio de tiempo, el producto se disocia de la enzima. E+S ES E+ P
k1 k3

k2

 K1 = constante de velocidad de la formacin de ES K2 = constante de velocidad de la disociacin de ES K3 = constante de velocidad de la formacin y liberacin del producto del lugar activo.

Ecuacin de Michaelis-Mentes
Esta ecuacin relaciona la velocidad inicial, la velocidad mxima y la concentracin inicial del sustrato a travs de la constante de MichaelisMenten. Observemos una relacin numrica importante: en el caso de que la velocidad inicial de la reaccin sea la mitad de la velocidad mxima.

 La ecuacin de Micahelis Menten relaciona la actividad inicial (vi) a la concentracin del sustrato [s] y los dos parmetros adicionales Km y V mx. La Km de la enzima para un sustrato es la concentracin de sustrato en la que la vi es igual a la de la V mx La constante se da en moles/litro y es independiente de la concentracin de enzima.

 A concentraciones de sustrato pequeas, la velocidad inicial es directamente proporcional a la concentracin de sustrato con lo cual la reaccin es un proceso cintico de primer orden. A concentraciones de sustrato elevadas. La velocidad de reaccin es independiente de la concentracin del sustrato, y por tanto, la reaccin es un proceso cintico de orden cero. La velocidad mxima de la reaccin (Vmax): Es la velocidad que se alcanzara cuando todo la enzima disponible se encuentra unida al sustrato.

Regulacin por concentracin de sustrato y de producto

La velocidad de todas las enzimas depende de la concentracin del sustrato Esta dependencia se refleja en condiciones:
Inanicin (Varias vas estn carentes de sustrato) Varias vas de almacenamiento (Glucosa a glucgeno en hgado) normalmente aceleradas cuando aumenta la disponibilidad del sustrato.

 La representacin grfica de la ecuacin de MichaelisMenten (V0 frente a [S]0) es una hiprbola. La Vmax corresponde al valor mximo al que tiende la curva experimental, y la Km corresponde a la concentracin de sustrato a la cual la velocidad de la reaccin es la mitad de la Vmax.

A una concentracin infinitamente alta de sustrato, todas las molculas de la enzima estarn unidas al sustrato y la velocidad de la reaccin estar a la V mx

A concentraciones de sustrato menores de un dcimo de la Km, una duplicacin de la [S] casi duplica la velocidad de la reaccin. En La velocidad de una concentraciones 10 veces superiores a es ms sensible la enzima Km duplicando la concentracin de a cambios en pequeo la sustrato tienen un efecto o concentracin de nulo en la velocidad

sustrato dentro de un intervalo de concentracin por debajo de su Km

ECUACIN DE MICHAELIS-MENTEN
Vmax [S]

V0 = --------------[S] + KM Cuando V = Vmax/2: KM = [S]

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

Vmax Velocidad de la reaccin (v)

Vmax/2

Km

Concentracin de Sustrato [S]

A mayor Km, menor es la afinidad de la enzima por el sustrato A menor Km mayor es la afinidad de la enzima por el sustrato

 Todos los productos son inhibidores reversibles de las enzimas que los producen y pueden ser competitivos o no competitivos con respecto a un sustrato. La inhibicin por producto simple: Una disminucin en la velocidad de una enzima causada por la acumulacin de su propio producto. Previene que una enzima en una secuencia de reacciones genere un producto ms rpidamente de lo que puede ser usado por la siguiente enzima de la ruta.

Inhibidores Competitivos
Compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima Se une solo a la enzima libre V mx no se altera y K M cambia

Inhibidores Competitivos
Compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima Se une solo a la enzima libre V mx no se altera y K M cambia

Inhibicin competitiva

Al aumentar la cantidad de SUSTRATO el inhibidor competitivo es desplazado y se forma producto

S
E

ES

E+P
[E] [I] Ki = [EI]

I
EI
Se define una constante de equilibrio de disociacin del inhibidor:

Caractersticas: - Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas - A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibicin - Por lo general, el inhibidor competitivo es un anlogo qumico del substrato. - El inhibidor es tan especfico como el substrato

Sin inhibidor

Con inhibidor

El inhibidor competitivo aumenta la Km

Km Km Sin con inhibidor inhibidor

Inhibidor No Competitivo
Se une a un lugar diferente del sitio activo la enzima Se une a la enzima libre y tambin al complejo enzima-sustrato Por accin del inhibidor disminuye la Vm pero el valor de Km no se altera

Inhibicin NO competitiva

Inhibidor NO competitivo
El inhibidor NO competitivo se une a la enzima en un sitio diferente del sitio activo

E
I S I

ES

E+P
Inhibicin No Competitiva

EI

ESI

El inhibidor se fija indistintamente a la enzima libre E y al complejo enzima-substrato ES; ni el complejo EI ni el complejo ESI son productivos

Vmax diferente KM igual

Inhibidor Acompetitivo
En este tipo de inhibicin el inhibidor se une pero solo despus de que el sustrato lo haya hecho y, por tanto, inhibidor y sustrato no compiten. De esta manera, aunque todo el sustrato est saturando la enzima y toda la enzima est como complejo ES, el inhibidor puede enlazarse produciendo un complejo inactivo ESI. Como I solo se une a ES estimula la formacin de ES y, por tanto, incrementa la unin del sustrato a la enzima, disminuyendo Km . Sin embargo, el complejo ESI no conduce a productos y Vm disminuye.

Inhibidor Acompetitivo
Se une a un lugar diferente del sitio activo de la enzima Se une slo al complejo enzima-sustrato Los efectos que tiene: disminuye el valor de Km y tambin el de Vmx

S E ES E+P
Inhibicin Anticompetitiva

I ESI
El inhibidor slo puede fijarse al complejo ES; el complejo ESI no es productivo

Regulacin mediante cambios en la cantidad de la enzima

La tasa de reaccin es proporcional a la cantidad de enzima presente. La capacidad de un tejido puede cambiar cuando se incrementan la sntesis o la degradacin protenica:
Sntesis regulada por la enzima: La velocidad de sntesis es regulada mediante el incremento o disminucin de la velocidad de transcripcin. Degradacin regulada de protenas: Tienen una vida media y pueden ser degradadas en los lisosomas mediante 2 sistemas: proteasomas y caspasas

 Cuando [S] es pequea, la velocidad inicial es directamente proporcional a la concentracin de sustrato (reaccin de primer orden). A altas [S], la enzima se encuentra saturada por el sustrato, y la velocidad ya no depende de [S]. En este punto, la reaccin es de orden cero y la velocidad es mxima (Vmax)

Regulacin de las vas metablicas

Las vas metablicas son una serie de reacciones secuenciales en las que el producto de una reaccin es el sustrato de la siguiente reaccin. Cada reaccin es catalizada por una enzima diferente. Las enzimas de una va tienen la funcin de convertir los sustratos a los productos finales de la va. Una va tambin puede tener puntos de ramificacin en donde un intermediario se convierte en el precursor de otra va.

Regulacin del paso limitante de la velocidad de la va

Las vas generalmente estn reguladas principalmente por una enzima clave (enzima reguladora) que cataliza el paso limitante de la va. Es el paso ms lento de la va y generalmente no reversible. Los cambios en el paso limitante de la va pueden influir sobre el flujo a travs del resto de la va.

Cambios conformacionales por modificacin covalente

Fosforilacin
La actividad de muchas enzimas est regulada a travs de la fosoforilacin por una protena cinasa o mediante desfosforilacin por una protena fosfatasa. Las protenas cinasas de serina/treonina tansfieren grupos fosfatos del ATP al grupo OH de una serina o treonina especfica de una enzima blanco. El fosfato es un residuo voluminoso cargado negativamente interactuando con otros aa cercanos generando un cambio conformacional en el sitio activo. Pueden ser ms o menos activa y el efecto se revierte por una protena fosfatasa que remueve el grupo fosfato

Cambios conformacionales por modificacin covalente

Glucgeno fosforilasa muscular Es una enzima limitante de la velocidad en la va de la degradacin de glucgeno, transforma el glucgeno en glucosa 1 P. Se regula por el activador alostrico AMP, que se incrementa en la clula a medida que el ATP se utiliza para la contraccin muscular. Cambia la enzima al estado conformacional completamente activo.

Regulacin por retroalimentacin

La regulacin por retroalimentacin se refiere a la situacin en la que el producto final de una va controla su propia velocidad de sntesis. Generalmente involucra la regulacin alostrica de la enzima de velocidad limitante por el producto final de una va. El producto final de una va puede controlar su propia sntesis mediante la induccin o la represin de la transcripcin gnica.

Regulacin por prealimentacin

Muchas de stas vas se regulan por este mecanismo. Puede ocurrir a travs de un incremento en la disponibilidad de sustrato para una enzima con una Km alta. Por una induccin de la transcripcin gnica o por una concentracin elevada de una hormona que estimule una va de almacenamiento.

Isoenzimas tisulares de protenas reguladoras

El cuerpo humano tiene diferentes tipos celulares que realizan funciones especficas para un tipo celular. Sintetizan protenas concernientes para esta funcin. La regulacin se adeca a la funcin, las enzimas reguladoras de una va generalmente existen como isoenzimas tejido especficas, con propiedades reguladoras diferentes, nicas para su funcin en diferentes tipos celulares.

Contrarregulacin de vas opuestas

Una va para la sntesis de un compuesto usualmente tiene uno o ms pasos enzimticos que difieren de la va de degradacin. Esto ocasiona que mientras una va de sntesis va a ser activada, la va de degradacin opuesta va a ser inhibida (la sntesis de glucgeno es activada mientras la de degradacin es inhibida).

Grfica de doble recproco o de lineweaver

La Km y la V mx para una enzima se determinan en una grfica 1/Vi versus 1/S. Los recprocos de ambos lados de la ecuacin de Michaelis Menten generan una ecuacin que tiene la forma de una lnea recta

Representacin recproca doble (Lineweaver - Burk)

0.04

Representacin Lineweaver-Burke

1/v
0.03

1/Vmax
0.02

-1/Km
0.01

1 Km 1 1 v Vmx s Vmx

0.00 -0.4 -0.2 0.0 0.2 0.4 0.6

1/s

Usos diagnsticos de las enzimas

Son tiles en la prctica mdica.
Proporcionan informacin importante con relacin a la presencia y severidad de una enfermedad. Pueden proporcionar un medio de seguimiento de la respuesta de un paciente al tratamiento. Las predisposiciones genticas pueden determinarse mediante enzimas especficas.

PARMETROS ENZIMTICOS

El plasma contiene 2 tipos de enzimas.

Las especficas del plasma
Se encuentran en grandes cantidades Procesos de coagulacin de la sangre

Las inespecficas del plasma

No tienen funcin fisiolgica en el plasma Se encuentran normalmente en pequeas cantidades. Un rgano daado por una enfermedad o por una lesin puede elevar las enzimas inespecficas del plasma.

Determinacin de actividades enzimticas para el diagnostico clnico

La enzima debe estar presente en fluido biolgico La enzima debe ser fcil de medir y automatizar la medida Los valores de actividad entre individuos sanos y enfermos deben ser significativos y debe haber buena correlacin con los valores patolgicos. La enzima debe ser estable Tipos de lquidos: Suero (Ms comn) y Orina LCR, Pleura, Sinovial, etc

Para utilizar una enzima para el diagnstico

Facilidad de medida
El anlisis debe ser exacto y conveniente

Conveniencia del mtodo muestras con utilidad clnica

Sangre

para

obtener

Plasma: lquido que permanece despus de separa las clulas sanguneas. Suero: Lquido amarillento que se produce cuando coagula la sangre

Orina LCR

Enzimas para el Diagnstico Clnico

Fosfatasa cida Fosfatasa alcalina TGO TGP GGT Amilasa Lipasa CPK LDH Transaminasa Transferasa Aldolasa ACP

Determinacin de actividades enzimticas para el diagnostico clnico Mejor conocimiento molecular metabolismo Desarrollo de mtodos de anlisis enzimtico Herramientas analticas
Purificacin de enzimas

Terapia enzimtica
Industria Biotecnolgica

Inhibidores enzimticos (Frmacos)

Conocimiento estructural y funcional

Enzimas no especficas del plasma

Enzimas que son secretadas por los tejidos. Ej. Amilasas, lipasas, fosfatasas, etc. Enzimas intracelulares. Dao Tisular Proliferacin Celular (Neoplasia) Aclaramiento renal deficiente

Infarto del miocardio

Interrupcin del flujo sanguneo al corazn, que conduce a la muerte de las clulas musculares cardiacas. Se utilizan varios anlisis enzimticos para confirmar el diagnstico y para seguir el tratamiento. Las ms utilizadas son la creatina kinasa (CK), la lactato deshidrogenasa (DHL) y la aspartato aminotransferasa (ASAT) tambin conocida como transaminasa glutmico oxalactica (TGO).

ENZIMOLOGIA CLNICA DEL INFARTO DE MIOCARDIO

Pruebas enzimticas : Evidencia de la produccin de un infarto Seguimiento del progreso y la recuperacin Creatina Quinasa Aspartato aminotransferasa Lactato deshidrogenasa Valor en plasma Concentracin en tejido Velocidad del vertido Grado de degradacin Vida media 10 130 horas Test depende del tiempo del infarto Creatina Quinasa mas especfica LDH se puede diferenciar por electroforesis

 La CK (CK2 y CK3) es la primera enzima que se detecta. Tiene su pico mximo el primer da y cae rpidamente. La LDH empieza a aumentar despus del da 3, y puede persistir hasta el dcimo da. La TGO (aspartato amino transferasa) aumenta desde el primer da y persiste hasta el da 4 o 5, pero no es especfica de dao cardiaco.

Enzimas Fosfatasa Alcalina

Ubicacin Huesos/Placenta/ Hgado

Aumento Nios/Tuberculosis/ Consolidacion de fracturas/ tumores seos

TGO GGT (gamma glutamil transpeptidasa)

Hgado/Musculo Cardiaco

Infarto/Hepatitis/ Traumatismo Rin/Hgado/Pncreas/Intesti Alcoholismo/ no Obesidad/ Insuficiencia renal /Hepatitis/ Tumor heptico/ Cirrosis Glndulas Salivales/Pncreas Pancreatitis Aguda/ Cncer de Pncreas/Paperas/ Embarazo ectpico

Amilasa

Lipasa

Hgado/ Estomago/Intestinos/ Leche Materna

Pancreatitis aguda/Carcinoma Pancretico/ Gastroenteritis

Fosfatasa cida Fosfatasa alcalina Amilasa Glutamato aminotransferasa Lactato deshidrogenasa

Creatin kinasa
Ceruloplasmina Aldolasa Glucosa 6 P deshidrogenasa

Carcinoma prosttico Hgado, enfermedad sea Enfermedad pancretica Enfermedad heptica y cardiaca Hgado, corazn, hemates Corazn, msculo, cerebro. Enfermedad de Wilson Msculo, corazn Hemates, defecto gentico

La termodinmica
Trata de las transformaciones del calor y la energa. Tienen lugar en un universo compuesto por un sistema y su entorno. Un sistema puede definirse como un organismo entero o una nica clula, o una reaccin in vitro. En un sistema abierto la materia y la energa se intercambia entre el sistema y su entorno. En un sistema cerrado se puede intercambiar energa, pero no materia. Los seres vivos que consumen nutrientes de su entorno y liberan a l productos de desecho, son sistemas abiertos.

Estudia:

Cambios de energa que acompaan a los procesos biolgicos. Procesamiento y consumo de energa dentro de los sistemas biolgicos. Transformacin y empleo de energa por las clulas vivientes.

Utiliza ideas bsicas de la termodinmica especialmente G, que tienen que ver con la energa disponible en un sistema y ayudan a predecir si una reaccin podr suceder o no.

...Generalidades

La termodinmica clsica solo es aplicable a sistemas aislados o cerrados.

Conceptos:

Sistema: parte del Universo objeto de estudio.

Alrededores: porcin del Universo que no se va a estudiar, pero que puede interaccinar con el sistema. Pared: separacin real o imaginaria entre el sistema y los alrededores.

http://joule.qfa.uam.es/beta-2.0/temario/introduccion/introduccion.php

Entorno

Sistema

Universo termodinmico

Los sistemas termodinmicos que podemos estudiar, se pueden clasificar en:

Cerrados: son aquellos que pueden intercambiar energa, aunque no materia, con los alrededores. Abiertos: aquellos que pueden intercambiar materia y energa. Aislados: que no pueden intercambiar ni materia ni energa.

http://joule.qfa.uam.es/beta-2.0/temario/introduccion/introduccion.php

Clasificacin de las reacciones

Las reacciones que requieren un aporte de energa se conocen como reacciones endergnicas, dado que se aade energa, los productos de estas reacciones deben contener ms energa libre que los reactivos.
Las reacciones que convierten molculas con ms energa en molculas con menor energa y por tanto liberan energa a medida que se producen se denominan reacciones exergnicas.

La energa liberada por las reacciones exergnicas se emplea para impulsar los procesos celulares que consumen energa (reacciones endergnicas). Dado que las clulas no pueden emplear la energa calorfica para impulsar los procesos que consumen energa, la energa de los enlaces qumicos (energa qumica) que se libera en las reacciones exergnicas debe de transferirse de forma directa a la energa de enlace qumico de los productos de las reacciones endergnicas. Por tanto, las reacciones que liberan energa estn acopladas con las reacciones que consumen energa.

Esta relacin es similar a la de dos engranajes unidos; el giro de uno (el que libera energa) provoca el giro del otro (el engranaje que consume energa). De esta manera la energa se almacena en la formacin de ATP (trifosfato de adenosina.). Por tanto cuando las enzimas invierten esta reaccin y convierten el ATP en ADP + Pi, se libera una gran cantidad de energa, esta energa se utiliza para impulsar los procesos que consumen energa en las clulas. Como transportador universal de energa el ATP sirve para acoplar de manera eficaz la energa liberada de las molculas en su degradacin con la requerida por los diferentes procesos endergnicos de la clula

Entropa Definicin
Es el grado de desorden que poseen las molculas que integran un cuerpo. Cuando hablamos de desorden nos referimos a quitar uno o varios grados de restriccin a un sistema.

Bolitas separadas por divisiones

Quito una divisinQuito un o ndice de restriccin

AUMENTA LA ENTROPA

Quito otra divisinQuito otro ndice de restriccin

La entropa de este sistema ha aumentado al ir quitando las restricciones pues inicialmente haba un orden establecido y al final del proceso (el proceso es en este caso el quitar las divisiones de la caja) no existe orden alguno dentro de la caja.

La entropa es en este caso una medida del orden (o desorden) de un sistema o de la falta de grados de restriccin.

ENTROPA ENTROPA

ENTROPA FINAL

INICIAL

LA ENTROPA LA PODEMOS DEFINIR ENTONCES COMO EL CAMBIO DE CONDICIONES DE UN SISTEMA

Es la cantidad de calor que un sistema puede intercambiar con su entorno. Entalpa (del griego thalpein calentar), tal palabra fue acuada en 1850 por el fsico alemn Clausius. Permite observar la medida de la cantidad de energa absorbida (endotermica) o liberada (exotermica) en un sistema termodinmico,

1 LEY DE LA TERMODINMICA

La energa no se crea ni se destruye, sino que, durante un proceso solamente se transforma en sus diversas manifestaciones Se refiere al concepto de energa interna, trabajo y calor. Si sobre un sistema con una determinada energa interna, se realiza un trabajo mediante un proceso, la energa interna del sistema variar.

ENERGA INTERNA

EL TRABAJO

SISTEMA Hace variar su

2 LEY DE LA TERMODINMICA

"Todo sistema evoluciona espontneamente en el sentido en que aumente el desorden, es decir, evoluciona espontneamente para alcanzar la mxima entropa

Funcin del ATP

El adenosin trifosfato (ATP) tiene funciones muy importantes dentro de las clulas. La hidrlisis del ATP proporciona de forma inmediata y directa la energa libre para impulsar una variedad inmensa de reacciones bioqumicas.

 EL ATP impulsa varias clases de procesos como: Biosntesis de macromolculas Transporte activo de sustancias a travs de las membranas celulares Trabajo mecnico, como la contraccin muscular.

ATP
Se considera como moneda universal de energa. El ATP es un nucletido
Base nitrogenada Azcar Grupo fosfato

Se forma de adenina, ribosa y un trifosfato.

 Contiene enlaces (fosfoanhidro) de alta energa entre los grupos fosfato. Al romperse dichos enlaces se libera la energa almacenada

Sntesis de ATP
Se sintetiza a partir de ADP mediante dos procesos: Fosforilacin a nivel de sustrato
Mediante la fosforilacin directa de ADP. No se requiere de oxgeno. Sucede en el ciclo de Krebs y la gluclisis.

Fosforilacin oxidativa
Se requiere de oxgeno. Se realiza a travs de la cadena transportadora de electrones.