MAKALAH BIOKIMIA KELOMPOK III

OLEH NURSABTRIA PEPI RAHMI SARI J TRY SUTRISNO W (0810412052) (0810413090) (0810413084)

PEMBIMBING : MARNIATI SALIM, M.S

JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS ANDALAS PADANG 2010

Pertanyaan 14 :

REPLIKASI DAN TRANSKRIPSI DNA SERTA SINTESIS PROTEIN DAN PENGATURANNYA

1. Jelaskan mekanisme biosintesis nukleotida purin, pirimidin ( asam amino prekuser bio nukleotida ). 2. Jelaskan mekanisme replikasi DNA. 3. Jelaskan mekanisme transkripsi DNA. 4. Jelaskan mekanisme sintesis protein dan pengaturannya, pembentukan amino asil tRNA dan inisiasi. 5. Jelaskan mekanisme sintesis protein elongasi dan terminasi. 6. Jelaskan mekanisme hipotesis operon ( sintesis protein mengalami induktif dan pengaturannya ).

1. Mekanisme biosintesis nukleotida purin, pirimidin ( asam amino prekuser bionukleotida ). Nukleotida Purin dibentuk melalui jalur yang kompleks. Hampir semua organisme hidup, kecuali beberapa bakteri, nampaknya mampu melakukan sintesis nukleotida purin dan pirimidin. Kedua nukleotida purin induk dari asam nukleat ini adalah adenosine 5-monofosfat ( AMP ), yang juga dinamakan adenilat, dan guanin 5monofosfat ( GMP ), atau guanilat. Nukleotida ini mengandung basa basa purin berturut turut adenine dan guanin. Asal usul biosintetik nukleotida purin diberikan melalui percobaan yang melibatkan pemberian beberapa metabolit berisotop kepada hewan dan penentuan tempat masuknya atom isotop ini kedalam cincin purin. Cincin purin dibentuk lebih dahulu, barulah digabungkan dengan bagian ribosa fosfat, biosintesis nukleotida purin ternyata dimulai dengan ribosa 5-fosfat dan cincin purin dibanggun pada struktur ini setahap demi setahap. Tahap pertama pada lintas de novo ini menghasilkan ribonukleotida yang berantai terbuka, yang selanjutnya mengalami penutupan pada struktur cincin, menghasilkan nukleotida purin.

Tahap utama dalam lintas ini menghasilkan AMP dan GMP. Pertama, suatu gugus amino yang diberikan oleh glutamin diletakkan pada posisi 1 ribosa 5-fosfat melalui dua tahap kompleks.

Pengubahan D-ribosa 5-fosfat menjadi 5-fosfat--D-ribosilamin.

Asam amino glisin kemudian ditambahkan kepada gugus yang baru ini. Selanjutnya, terjadi reaksi bertahap, dan struktur cincin menutup, menghasilkan cincin imidazol dengan lima anggota karbon pada nukleus purin. Aspartat memberikan gugus aminonya kepada cincin imidazol, selanjutnya terjadi lagi penutupan cincin menghasilkan cincin kedua dari gabungan strukturcincin nucleus purin

Senyawa antara pertama yang memiliki cincin purin yang telah sempurna adalah asam inosinat. Pengubahan selanjutnya asam inosinat menjadi asam adelinat ( AMP ) memerlukan tergabungnya gugus amino yang diturunkan dari aspartat. Asam inosinat diubah menjadi asam guanilat ( GMP ) melalui reaksi yang memerlukan ATP. Fosforilasi AMP menjadi ADP digiatkan oleh adelinat kinase. ATP + AMP 2 ADP

ADP yang terbentuk kemudian difosforilasi menjadi ATP melalui rangkaian glikolitik atau oleh rantai respirasi. ATP kemudian melangsungkan pembentukan bertahap GDP dan GTP berturut turut melalui kerja nukleosida monofosfat kinase dan nukleosida difosfat kinase.

Nukleotida pirimidin dibuat dari aspartat dan Ribosa fosfat. Nukleotida pirimidin dikenal adalah sitidin 5-monofosfat ( CMP ), atau sitidilat dan uridin 5-monofosfat ( UMP ) atau uridilat yang masing masing mangandung sitosin dan urasil. Biosintesis nukleotida pirimidin, cincin pirimidin dengan 6 anggota karbon dibentuk dulu, dan kemudian dilekatkan pada ribosa fosfat yang diperlukan dalam proses ini adalah karbamoil fosfat, yang juga merupakan senyawa antara di dalam siklus urea. Karbamoil fosfat yang diperlukan di dalam sintesis urea dibuat didalam mitokondrion oleh enzim mitokondrion yaitu karbamoil fosfat sintetase I, sedangkan karbamoil fosfat yang diperlukan dalam biosintesis pirimidin dibuat di dalam sitosol oleh enzim yang berbeda, karbamoil fosfat sintetase II. Karbamoil fosfat sitosol bereaksi dengan aspartat menghasilkan N-karbamoilaspartat. Reaksi ini dikatalisis oleh aspartat transkarbamoilase, yakni salah satu diantara enzim alosterik. Dengan reaksi

pelepasan air dari N-karbamoilaspartat, yang dikatalisis oleh dihidroorotase, cincin pirimidin ditutup dengan pembentukan asam L-dihidroorotat. Senyawa ini dioksidasi menghasilkan suatu turunan pirimidin asam orotat. Reaksi ini, NAD+ bertindak sebagai senyawa akhir penerima electron. Pada saat ini rantai samping D-ribosa 5-fosfat, yang diberikan oleh 5fosforibosil-1-pirofosfat, dilekatkan pada orotat, menghasilkan asam orotidilat. Orotidilat kemudian didekarboksilasi menjadi uridilat yang difosforilasi menjadi

UTP dan menerima gugus amino dari glutamine, membentuk sitidin trifosfat atau CTP.

2. Jelaskan mekanisme replikasi DNA. Replikasi DNA. PERAN DNA : DNA terletak di kromosom dan kloroplas DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA. DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi gen (promoter, operator, dll.) Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotidanukleotida Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double heliks Single strand DNA-binding protein : menstabilkan DNA induk yang terbuka

Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif , yaitu kedua untai tunggal DNA bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru; seluruh untai tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotidanukleotida. Hal ini menyebabkan DNA baru membawa informasi yang persis sama dengan DNA induk/cetakan Replikasi DNA berarti penggandaan. Ada 3 model replikasi DNA yaitu : 1. Model konservatif. Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA bereplikasi tanpa memisahkan rantai-rantainya. 2. Model semi konservatif. Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA berpisah kemudian bereplikasi.

3. Model dispersi. Model ini menyatakan bahwa DNA terpecah menjadi potongan-potongan yang kemudian bereplikasi.

Replikasi dimulai dari tempat-tempat spesifik, yang menyebabkan kedua utas DNA induk berpisah dan membentuk gelembung replikasi. Pada eukariota, terdapat ratusan atau bahkan ribuan origin of replication di sepanjang molekul DNA. Gelembung replikasi terentang secara lateral dan replikasi terjadi ke dua arah Selanjutnya gelembung replikasi akan bertemu, dan sintesis DNA anak selesai.

3. Mekanisme transkripsi DNA. Tahap Transkripsi 1. Inisiasi : Daerah DNA dimana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi dimulai disebut Promotor. Juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan. 2. Elongasi : Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA, membuka double heliks dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3 dari RNA yang sedang tumbuh. 3. Terminasi : Terjadi pada tempat tertentu. Proses terminasi transkripsi ditandai dengan terdisosiasinya enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA dilepaskan.

4. Mekanisme sintesis protein dan pengaturannya, pembentukan amino asil tRNA dan inisiasi. Pada tahap pertama biosintesis protein, yang terjadi didalam sitosol sel, ke 20 jenis asam amino berikatan ester dengan tRNA masing-masing dengan dikatalis oleh 20 jenis enzim pengaktif, yang dinamakan animo asil-tRNA sintetase Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan ribosom. Gambaran sintesis protein berlangsung dengan arah tertentu sebagai berikut : 1) Molekul mRNA ditranslasi dengan arah 5 3, tetapi tidak dari ujung 5 hingga ujung 3. 2) Polipeptida disintesis dari ujung amino ke ujung karboksil dengan menambahkan asam-asam amino satu demi satu ke ujung karboksil.

Sintesis protein terdiri dari 4 tahapan yaitu: 1. Aktivasi Setiap asam amino aktif bereaksi dengan ATP. Sintesis tRNA dengan bantuan enzim mengaktifkan asam amino menghasilkan 2 partikel tRNA

2. Inisiasi. Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA. Penempelan terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5-AGAUGGU-3, Ribosom bergeser ke arah 3 sampai bertemu dengan kodon AUG

3. Elongasi. Penempelan sub unit besar pada sub unit kecil menghasilkan dua tempat yang terpisah .Tempat 1 adalah P (peptidil) ditempati oleh tRA yang membawa metionin.

Tempat kedua adalah tempat A (aminoasil) yang terletak pada kodon ke dua dan kosong

4. Terminasi. Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir. Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke tempat A dan melepaska rantai polipeptida yang terbentuk dari tRNA yang terakhir. Kemudian ribosom pecah menjadi sub unit kecil dan besar.

5. Mekanisme hipotesis operon ( sintesis protein mengalami induktif dan pengaturannya ). Jenis pengaturan sintesis protein yang dilakukan oleh konsep operon dinamakan kontrol transkripsional. Jacob dan Monod mengusulkan bahwa 3 gen structural z, y dan a, masing masing menyandi untuk sintesis -galaktosidase, -galaktosida permease, dan protein A, yang semuanya dapat diinduksi oleh laktosa, terletak berdekatan satu sama lain pada kromosom E. coli. Mereka lebih lanjut mengusulkan bahwa DNA mengandung tempat lain di dekat gen gen tersebut, yang dinamakan tempat penghambat I, yang mampu menghambat transkripsi 3

gen structural z, y dan a. daerah I tersebut diusulkan menjadi gen pengatur yang menyandi bagi urutan asam amino protein pengatur yang disebut repressor. Apabila gen ini disalin untuk membentuk mRNA yang bersangkutan, mRNA tersebut akan berdifusi ke ribosom dan di ribosom akan bertindak sebagai cetakan bagi sintesis repressor. Protein repressor mempunyai tempat pengikatan bagi segmen spesifik DNA yang disebut operator.