CROMOSOMAS DE VIRUS Y BACTERIAS

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El material gentico organizado son los cromosomas. Los cromosomas de virus: Clasificacin. Virus cuyo material hereditario es ADN. Virus cuyo material hereditario es ARN. Virus cuyo material hereditario es ARN-ADN. Virus cuyo material hereditraio es ADN-ARN. El cromosoma de las bacterias: organizacin en dominios. Protenas bacterianas semejantes a las histonas. Los plasmidios.

EL MATERIAL GENTICO ORGANIZADO SON LOS CROMOSOMAS

Ahora que ya conocemos la composicin qumica, la estructura y algunas de las propiedades fsio-qumicas de los cidos nucleicos, podemos iniciar el estudio de los cromosomas. Pero, antes es necesario definir qu es un cromosoma?. El Cromosoma es el material gentico organizado que vara en la escala evolutiva, pasando de molculas de cido nucleico lineal o circular encerradas en cpsides de virus, a largas molculas de ADN doble hlice circular prcticamente desnudas y organizadas en dominios como en las bacterias, y a enormes molculas de ADN que interaccionan con protenas histnicas y no histnicas como en los eucariontes. Esta definicin, incluye tambin los cromosomas de orgnulos citoplsmicos, como los presentes en mitocondrias y cloroplastos, y los pequeos cromosomas extra (ADN circular doble hlice) o plasmidios que se encuentran en bacterias.

LOS CROMOSOMAS DE VIRUS: CLASIFICACIN

Los virus pueden clasificarse atendiendo al tipo de organismo que parasitan en:
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Bacteriofagos o fagos: virus que parasitan a bacterias. Virus Animales. Virus vegetales.

El material hereditario de los virus est organizado en cromosomas de diferente tipo. Desde el punto de vista gentico, los virus pueden clasificarse en virus ADN o ARN, doble hlice o hlice sencilla, y en circular o lineal.
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Virus cuyo material hereditario es ADN. Virus cuyo material hereditario es ARN. Virus cuyo material hereditario es ARN-ADN. Virus cuyo material hereditario es ADN-ARN.

VIRUS CUYO MATERIAL HEREDITARIO ES ADN

VIRUS ADN Tipo de Molcula Tipo de Hlice Tipo de virus segn husped. Fago M13 Animal Parvovirus Papovavirus (SV40, polioma) Circular Adenovirus Doble Animal Herpetovirus (Herpes) Poxvirus (viruela) Iridovirus (peste porcina) Extremos cohesivos: Fago P 80, 434, P2, 186) Lineal Doble Fago Redundancia terminal: serie T-par, T3 y T7 Familia de virus X174 Sencilla

De los virus anteriormente indicados, algunos han sido ampliamente estudiados genticamente por distintos motivos. Por tanto, no est dems aadir algunos detalles sobre varios de estos virus.
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El virus X174 ha sido empleado ampliamente en estudios sobre la replicacin del ADN. Este virus ADN tienen una cpside polidrica que contiene en su interior una molcula de ADN circular de hlice sencilla (hebra +) con 5.400 nucleotidos. Cuando el virus infecta a E. coli pasa por una forma replicativa duplex, formndose una molcula circular doble hlice (una hebra+ y una hebra -). A partir de la hebra - de esta doble hlice se sintetiza el ARN mensajero del virus que se traducir para producir las protenas de la cpside. Tambin a partir de la hebra - se sintetizan nuevas hlices de tipo + que se encapsularn dentro de las cpsides para originar nuevas partculas virales.

Partculas de X174

ADN de X174

Forma Replicativa de X174

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El bacteriofago M13 tiene una cpside de tipo filamentoso dentro de la cual se encuentra una molcula circular de ADN de hlice sencilla de 6.400 nucleotidos. Al igual que X174, tambin pasa por una forma replicativa dplex.

Fago filamentoso M13

Esquema del bacteriofago M13

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El virus SV40 (Papovavirus) tiene una cpside icosadrica que encierra en su interior un ADN circular doble hlice de 5.243 pares de nucleotidos. El ADN de SV40 se asocia con las protenas histnicas de las clulas animales que infecta formando de 20 a 24 nucleosomas. El ADN del virus del polioma (Papovavirus) y ADN de los Adenovirus que tambin es circular de doble hlice, se asocia con las protenas virales V y VII para formar una estructura similar a la de la cromatina de los organismos eucariontes. Los Adenovirus estn siendo utilizados en experimentos de terapia gnica.

Partculas del virus SV40

ADN de SV40

Otros virus conocidos, cuyo material hereditario es ADN doble hlice circular y que tambin infectan especies animales son los siguientes:

Herpetovirus (Herpes)
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Iridovirus (peste porcina)

Poxvirus (viruela)

Poxvirus

El fago P posee una cpside icosadrica con una cola. Dentro de la cpside existe una molcula de ADN doble hlice lineal con 48.000 pares de bases aproximadamente. Una caracterstica importante de este virus es que presenta extremos cohesivos, es decir, tiene dos extremos 5 monocatenarios, formados cada uno por 12 nucleotidos que tienen una secuencia complementaria. Cuando infecta a E. coli lo primero que hace el fago P es circularizarse gracias a sus extremos cohesivos. Despus de circularizarse puede seguir un ciclo ltico y lisar a E. coli o puede suceder que su ADN se integre en el ADN del cromosoma principal bacteriano. Cuando se replica el ADN del virus se forman concatmeros y una endonucleasa de restriccin denominada ter reconoce una secuenca palindrmica y produce un corte a distinto nivel (asimtrico) en cada hlice que genera los extremos 5 monocatenarios de 12 bases. El fago P ha sido muy utilizado en estudios de regulacin gnica, en concreto en el establecimiento del modelo del opern.

Fago P

Fagos P

Extremos cohesivos del Fago P

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Los fagos de la serie T presentan una cpside icosadrica con cola que encierra en su interior ADN doble hlice lineal (aproximadamente 166.000 pb). Los virus T pares (T2, T4 y T6) presentan permutaciones circulares y redundancia terminal. La redundancia terminal consiste en la repeticin de una secuencia de 2.000 a 6.000 pares de nucletidos en los dos extremos del virus. Por ejemplo, las secuencias AB se repiten en los extremos del virus: ABCDEFGHAB. Adems, diferentes virus T4 muestran diferentes ordenaciones de sus genes (diferentes permutaciones circulares), un virus tiene la secuencia ABCDEFGHAB y otro tiene la secuencia CDEFGHABCD, pudindose encontrar otro que tenga la secuencia EFGHABCDEF. Cada cromosoma de un fago T4 es una permutacin circular distinta de una secuencia comn de nucleotidos (secuencia ABCDEFGH) y adems terminalmente repetitivo con respecto a una regin determinada. Por esta causa, los mapas genticos en T4 resultan ser circulares, a pesar de tener como material hereditario ADN doble hlice lineal. Los virus T3 y T7 no presentan permutaciones circulares.

Fago T4

Fago T5

Fago T5

VIRUS CUYO MATERIAL HEREDITARIO ES ARN

VIRUS ARN Tipo de Molcula Tipo de Hlice Tipo de virus segn husped. Fago Familia de virus MS2, f2, QF Picornavirus (polio) Togavirus Animal Rhabdovirus (estomatitis, rabia) Myxovirus (gripe) Paramyxovirus (Sendai, paperas) Vegetal Fago Doble Circular Sencilla Animal Vegetal Vegetal Virus mosaico tabaco (TMV) 6 Reovirus Tumor de las heridas Viroide (PSTV)

Sencilla Lineal

El bacteriofago MS2 tienen como material hereditario ARN lineal de una sla hlice. MS2 es uno de los fagos ms pequeos ya que posee slo 3569 ribonucleotidos . Su ARN lleva informacin para tres protenas: la replicasa, la protena A y la protena de la cubierta. Los ribonucleotidos que llevan la informacin para la protena de la cubierta presentan secuencias de tipo palindrmico que permiten la aparicin de horquillas o regiones de ARN doble hlice (autoapareamiento).

Partculas del virus MS2

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Autoapareamiento gen protena cpside MS2

El virus Sendai (Paramyxovirus) tiene la propiedad de que puede fusionar clulas animales de distinto origen emplendose en la obtencin de clulas hbridas somticas ratn-humanas. Dichas clulas hbridas eliminan cromosomas humanos al azar y es posible establecer a partir de ellas lneas celulares que contienen todos los cromosomas de ratn y algunos cromosomas humanos. Estas lneas celulares hbridas ratn-humanas se utilizan para averiguar en qu cromosoma humano se localiza un determinado gen, o en qu cromosoma se localiza un determinado fragmento de ADN humano.

Esquema virus Sendai (paramyxovirus)

Partculas del virus Sendai

Otro virus conocidos que infectan especies animales y cuyo material hereditario es ARN lineal de una hlice son los siguientes:

Myxovirus (Gripe)

Myxovirus (Gripe)

Picornavirus (Polio)

Picornavirus (Polio)
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Partcula viral y esquema deTogavirus

El virus del mosaico del tabaco (TMV) infecta a las plantas del Tabaco produciendo manchas necrticas en las hojas y prdidas muy importantes en las cosechas. El TMV tiene una cpside cilndrica formada por 2.130 capsmeros, siendo todos los capsomros idnticos y estando constituidos por un polipptido de 158 aminocidos de longitud. Dichos capsmeros estn dispuestos helicoidalmente dejando en el centro de la cpside un hueco donde se aloja el ARN de 6.400 ribonucletidos de longitud y de una sola hlice de este virus.

Esquema Virus TMV

Partculas del virus TMV

Reovirus : su genoma est formado por 10 segmentos de ARN de doble hlice. Tienen una cpside icosadrica poco usual que est formada por dos laminas. Su ARN no sirve como ARN-mensajero ni tampoco sirve de molde para producir ARN-mensajero, en el interior de la cpside existe una transcriptasa codificada por el genoma del virus. Cada uno de los segmentos de ARN del virus codifica para una protena viral, al igual que sucede en el virus de la gripe.

Reovirus (cpside de dos laminas)

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Partculas del virus 6

Viroide PSTV (viroide del huso del tubrculo de la patata): son virus muy pequeos con genomas inusuales que carecen de cpside proteca. Se han descrito en plantas y violan muchos de los principios establecidos para los virus animales. El genoma es ARN circular de hlice sencilla con una longitud que oscila entre 240 y 350 ribonucletidos. Su pequeo cromosoma forma grandes regiones de doble hlice (autoapareamiento) que le protegen de la digestin con ribonucleasa (enzima que ataca a los ribonucletidos sin aparear), adems debido a su pequeo tamao son resistentes a la inactivacin mediante luz ultravioleta. Su secuencia carece de codones de iniciacin (AUG) y los marcos de lectura abiertos poseen frecuentemente codones de terminacin, de forma que no codifican para ninguna protena. Por consiguiente, la replicacin de su ARN depende de las enzimas presentes en las clulas vegetales a las que infecta.

Esquema del ARN hlice sencilla circular del viroide PSTV

VIRUS CUYO MATERIAL HEREDITARIO ES ARN-ADN

VIRUS ARN-ADN Tipo de Molcula Tipo de Hlice Tipo de virus segn husped. Familia de virus Retrovirus (Ribodesoxivirus) - Sarcoma de Rous (Pollo) Lineal Sencilla Animal - Leucemia de Rauscher (ratn) - HIV (virus de inmunodeficiencia humana causante del SIDA)
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Los Retrovirus (Ribodesoxivirus), productores de algunos tipos de cncer, como el Sarcoma de Rous en los pollos o la Leucemia de Rauscher en los ratones, tienen como material hereditario dos segmentos de ARN con un coeficiente de sedimentacion 35S y en el interior de su cpside esfrica se encuentra adems una protena llamada transcriptasa inversa. Los Retrovirus gracias a la transcriptasa inversa sintetizan ADN de doble hlice tomando como molde su ARN (transcripcin inversa) durante el proceso de infeccin de las clulas animales. Posteriormente este ADN doble hlice producido por el virus se integra en el ADN de las clulas husped. Los virus de inmunodeficiencia humana (HIV) que causan el SIDA pertenecen a esta misma familia o categora. Su material hereditario es ARN, tambin llevan transcriptasa inversa en el interior de la cpside y dos molculas de ARN. Poseen un genoma ms complejo con al menos 7 genes. Al igual que en el caso anterior tiene lugar la transcripcin inversa, la sntesis de ADN doble hlice a partir del ARN del virus y la integracin del ADN sintetizado por el virus en el ADN de la clula humana infectada. Los virus de esta familia estn siendo empleados en experimentos de terapia gnica.

Esquema Partcula virus SIDA Retrovirus (SIDA)

Retrovirus: Sarcoma de Rous (Pollo)

VIRUS CUYO MATERIAL HEREDITARIO ES ADN-ARN

VIRUS ARN-ADN Tipo de Molcula Circular
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Tipo de Hlice Doble (gap)

Tipo de virus segn husped. Animal

Familia de virus Hepatitis B

El virus de la Hepatitis B: Es un virus animal cuyo material hereditario es ADN circular de doble hlice, aunque realmente se trata de dos hlices sencillas lineales, la hlice de ADN+ (la ms corta) y la hlice de ADN- (la ms larga) que complementan formando una doble hlice circular dejando un hueco (gap) de hlice sencilla. Adems dentro de la partcula viral existe una ADN polimerasa. Cuando infecta a las clulas animales su ADN se termina de convertir en doble hlice circular gracias a la ADN polimerasa y despus se convierte en ADN doble hlice lineal que sirve de molde para producir una molcula de ARN- (pre-genoma del virus). La replicacin del virus se realiza por transcripcin inversa a partir del ARN- (pre-genoma). Por consiguiente, la replicacin del virus necesita de la transcriptasa inversa que a partir del ARN- produce el ADN del virus. Por tanto, bajo este punto de vista el virus de la Hepatitis B es un Retrovirus.

Esquema de replicacin del virus de la Hepatitis B

Partculas del Virus de la Hepatitis B

En algunos virus se han detectado protenas de bajo peso molecular asociadas al ADN o ARN del virus, dichas protenas se denominan VPg. Las protenas VPg se han encontrado en virus vegetales y animales con ARN de una sola hlice (poliovirus) y en virus ADN de doble hlice como el 29 que infecta a la bacteria Bacillus subtilis, en adenovirus y en el virus de la Hepatitis B. En todos los casos, las protenas VPg estn unidas al ADN o ARN mediante un enlace fosfodister con la base del extremo 5' P, y juegan un papel en la iniciacin de la replicacin del virus.

LOS CROMOSOMA DE LAS BACTERIAS: ORGANIZACIN EN DOMINIOS

La informacin hereditaria de las bacterias se encuentra fundamentalmente en un nico cromosoma consistente en una molcula de ADN doble hlice circular. El tamao de esta molcula varia segn la especie bacteriana de 0,1 x 109 a 8 x 109 dalton. Una de las bacterias ms estudiadas desde el punto de vista gentico es Escherichia coli cuyo ADN mide 1.100 Q de longitud y tiene 3.200.000 pares de nucletidos.

E. coli dividindose (nucleoides en el centro) La circularidad del cromosoma de E. coli se demostr mediante estudios genticos de construccin de mapas de tiempo mediante la tcnica de la conjugacin interrumpida (Jacob y Wollman, 1958). Sin embargo, la primera evidencia citolgica de la circularidad del cromosoma de E. coli se obtuvo ms tarde (Cairns, 1963) marcando radiactivamente el ADN, realizando una autorradiografa y analizando los resultados al microscopio ptico.

F. Jacob

E. L. Wollman

J. Cairns

ADN circular en E. coli (replicacin)

La deshidratacin requerida por las tcnicas citolgicas necesarias para la

observacin al microscopio electrnico de la organizacin cromosmica de las bacterias produce un desplegado o disgregacin del nucleoide bacteriano que dificulta los anlisis. Por esta causa, no ha sido posible determinar mediante microscopa electrnica la estructura del nucleoide bacteriano. La extraccin del nucleoide se realiza mediante un lisado de la pared celular con detergentes y lisozimas y posterior centrifugacin en un gradiente de sucrosa. El 60 % del nucleoide es ADN, un 30 % es ARN (incluido el ARN producto de la transcripcin), del 5 al 10 % es protena (un 90% de la protena corresponde a polipptidos de la ARN polimerasa) y 1% son lpidos (probablemente contaminaciones de membrana). El estado ms o menos relajado, desplegado o disgregado del nucleoide bacteriano puede deducirse de su comportamiento despus de ciertos tratamientos y posterior centrifugacin en gradiente de sucrosa. Cuanto ms compactado est el nucleoide menos viscoso es, menos rozamiento ofrece cuando migra en el tubo de centrifuga a travs de la solucin saturada de sucrosa y, por tanto, presenta una mayor velocidad de sedimentacin. Cuanto ms relajado o disgregado est el nucleoide ms viscoso es, ofrece un mayor rozamiento en su migracin y disminuye su velocidad de sedimentacin.

Bacteria lisada

Nucleoide bacteriano (dominios)

Cuando el nucleoide se trata con ARNasa, enzima que digiere especficamente ARN, la velocidad de sedimentacin disminuye de 1.600 S a 160 S en una relacin directa al tiempo de tratamiento con ARNasa. El tratamiento con reactivos que disocian o degradan protenas tambin produce un desplegado o relajamiento del ADN del nucleoide que se traduce tambin en una disminucin de la velocidad de sedimentacin. Este dato indicara que

tambin las protenas podran jugar un papel en el enrollamiento o plegamiento del nucleoide. El tratamiento del nucleoide con bromuro de etidio produce tambin una disminucin de la velocidad de sedimentacin. Este cambio en la velocidad de sedimentacin es tpico de ADN superenrollado.

Organizacin en dominios del nucleoide bacteriano Cuando se trata con ADNasa que produce roturas a nivel de una sola hlice, tambin se relaja la estructura y disminuye la velocidad de sedimentacin, pero se necesitan muchas roturas para relajar todo el superenrollamiento del nucleoide. Este superenrollamiento del nucleoide se produce en parte por una cuestin de tipo mecnico. Si imaginamos dos cuerdas paralelas (cada una de las hebras de la doble hlice de ADN) y las enrollamos girando los extremos en sentido contrario (como si quisiramos hacer una trenza, modelo estructural de la doble hlice) y, por ltimo, unimos los extremos para forma un circulo, observaremos que debido a la tensin producida se forman inmediatamente nuevos superenrollamientos. Este resultado parece sugerir que el cromosoma de E. coli est formado por distintos dominios que a su vez estn superenrollados. La rotura en una sola hlice de un dominio relajara el superenrollamiento de ese dominio y no de los otros. El nmero de dominios que se estima que existen en el cromosoma de E. coli es variable (12 a 80) y depende de las condiciones experimentales de aislamiento y purificacin. El papel del ARN en la estructura del nucleoide no esta claro, ya que se encuentra ARN mensajero (ARN-m), ARN transferente (ARN-t) y ARN ribosmico (ARN-r) unido al ADN mediante la ARN polimerasa. Se ha postulado que el ARN podra encontrarse en la base de los dominios estabilizndolos, sin embargo, algunos investigadores creen que la causa que mantiene estables los dominios no est identificada. De manera, que los dominios se mantendran unidos en su base a

travs de fuerzas desconocidas.

Dominios e interaccin del ADN con protenas bsicas

PROTENAS BACTERIANAS SEMEJANTES A LAS HISTONAS

Por ltimo, en bacterias se han encontrado protenas con caractersticas muy semejantes a las histonas de los organismos eucariontes. Por esta causa se piensa que estas protenas podran unirse al ADN y formar una especie de cromatina primitiva. Estas protenas son las siguientes: la HU que es un dmero de subunidades diferentes y semejante a la histona H2B, la protena H dmero de subunidades idnticas y semejante a la histona H2A, la protena P semejante a las protaminas, la subunidad H1, el dmero HLP1 y el monmero HLP1. PROTENAS BSICAS DETECTADAS EN BACTERIAS Protena HU H IHF H1 HLP1 P Composicin Dmero subunidades E y F de 9.000 d. Dmero subunidades idnticas de 28.000 d. Contenido por clulas 40.000 dmeros Semejanza con eucariontes Histona H2A

30.000 dmero Histona H2B

Subunidad E de 10.500 d. Desconocido Desconocida Subunidad F de 9.500 d. Subunidad de 15.000 d. Monmero de 15.000 d. Sububnidad de 3.000 d. 10.000 copias Desconocida 20.000 copias Desconocida Desconocido Protaminas

LOS PLASMIDIOS
Adems del cromosoma bacteriano principal (nucleoide) se han encontrado otras molculas ms pequeas de ADN doble hlice circular que se replican de forma autnoma e independiente a la del cromosoma principal y que pueden, en algunas situaciones, integrarse en el cromosoma principal bacteriano y a partir de ese momento replicarse al mismo tiempo. Este tipo de material hereditario ha recibido el nombre de elementos genticos extracromosmicos, queriendo indicar que estn adems del cromosoma principal. El tamao de los plasmidios es muy variable (2.000 a 100.000 pares de bases) y el nmero de plasmidios que se encuentra en el interior de una bacteria es tambin variable y depende del tamao del plasmidio, si los plasmidios son grandes suele haber u o dos copias por bacteria y si son pequeos pueden encontrarse hasta 20 copias por clula bacteriana. Los plasmidios se pueden se clasifican segn las funciones o el tipo de informacin que llevan en:
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Factores de Fertilidad o factores F. Factores de resistencia de transferencia a drogas, factores RTF o factores R. Factores colicingenos, factores Col o factores Cf. Las colicilinas son sustancias que matan a las bacterias. Naturalmente las bacterias productoras de colicilinas son inmunes a ellas.

La capacidad de replicacin autnoma de los plasmidios los ha convertido en vehculos para clonar genes o piezas de ADN. De forma que gracias a ellos es posible conseguir una gran cantidad del ADN deseado en poco tiempo.

Esquema de integracin de un plasmidio Otra caracterstica importante es que tienen la capacidad de integrarse en distintos puntos del cromosoma bacteriano principal o en otros plasmidios. Esta movilidad se debe a la existencia en su interior de secuencias de insercin y transposones

que les permiten cambiar de posicin ciertos segmentos de su ADN e integrarlos en otras molculas de ADN constituyendo elementos genticos mviles.

CMO SE ORGANIZA EL MATERIAL HEREDITARIO?

El material hereditario se organiza en forma de cromosomas, los cromosomas son largas molculas de cidos nucleicos que en el caso de los virus interaccionan con las protenas de la cpside para conseguir su plegamiento y empaquetamiento y, en algunos virus, adems interaccionan con protenas de bajo peso molecular (VPg) relacionadas con la replicacin. Tambin existen virus cuyo ADN se asocia con las histonas del husped para formar nucleosomas. El cromosoma principal bacteriano (nucleoide) es ADN doble hlice circular superenrollado y organizado en dominios o lazos, existiendo posiblemente interacciones con protenas bsicas semejantes a las histonas (HU y H) que sugieren la formacin de una cromatina rudimentaria que permitira su plegamiento y empaquetamiento en el interior de la bacteria. El genoma de una especie est constituido por el conjunto las diferentes molculas de cido nucleico que posee, por ejemplo, existen virus con una sola molcula de ARN o ADN, con un slo cromosoma (TMV, Adenovirus, T4, etc.), y hay virus que contienen varias molculas de ARN o ADN , varios cromosomas (virus de la gripe, Reovirus, Retrovirus). El genoma de las bacterias puede estar constituido por ms de un cromosoma, ya que adems del cromosoma principal (nucleoide), pueden contener en su interior una o varias copias de cromosomas pequeos de ADN doble hlice circular (plasmidios o plasmidos).