La seleccin genmica aplicada a un programa de mejora en vacuno de leche

Introduccin El presente y el futuro de la mejora gentica del vacuno de leche pasa sin duda por la seleccin genmica. Las modernas tecnologas de secuenciacin y genotipado del ADN nos permiten conocer miles e incluso millones de variantes a lo largo del genoma de los animales. Estas variaciones son responsables de que unos animales sean ms o menos productivos, tengan mejor o peor conformacin, y sean ms o menos resistentes a determinadas enfermedades. El reto est en saber identificar y asociar cuales de estas variantes estn asociadas a cada uno de los caracteres, y cual es su efecto sobre ellos. La suma de estos efectos para un determinado carcter es lo que se llama el valor genmico directo (VGD). Beneficios de la seleccin genmica El VGD tiene unas caractersticas que lo hacen atractivo frente a los ndices de pedigr tradicionales: Puede conocerse al inicio de la vida de los animales. Slo se requiere recoger una muestra biolgica del animal (p.ej. pelo, sangre), genotiparla con los chips o plataformas de genotipado disponibles e incorporar el genotipo resultante en un proceso de evaluacin genmica. Permite distinguir entre hermanos completos, los cuales comparten mismo padre y misma madre y por tanto mismo ndice de pedigr. Sin embargo sabemos que el ADN de estos individuos es diferente y con la informacin genmica podemos establecer esas diferencias a edades tempranas antes de una prueba de progenie. Su fiabilidad es mayor que la de los ndices de pedigr. El riesgo de que la prueba de progenie del animal sea muy diferente al VGD al nacimiento existe, pero es un riesgo menor que el asumido con el ndice de pedigr. Estas propiedades tienen importantes implicaciones en un programa de mejora gentica en vacuno lechero tanto en toros como en vacas: 1. Se aumenta la fiabilidad de las pruebas de los animales jvenes (del 35% de fiabilidad del n dice de pedigr al 65% de media con valoracin genmica) (Tabla 1). 2. Se pueden tomar decisiones de seleccin y reposicin a edades ms tempranas, utilizando animales ms jvenes como padres y madres de sementales. 3. Hay un mayor nmero de animales candidatos a futuros sementales y madres de sementales, al aumentarse el nmero de familias que pueden seleccionarse como candidatos a ser genotipados. 4. El progreso gentico anual podra aumentar considerablemente si las valoraciones genmicas se utilizan adecuadamente. Para ello es necesario realizar valoraciones genmicas continuas. 5. Es posible un mejor control de la complementariedad y la consanguinidad a partir de apareamientos genmicos. 6. Se reduce el error de asignacin de paternidades, aumentando la fiabilidad de las pruebas. Tabla 1. Correlacin del ndice de pedigr y la prueba genmica con la prueba de progenie real para varios caracteres (Valoraciones USA 2009). Valores ms prximos a 1 son deseables. ndice de pedigr Leche Grasa Protena RCS Fertilidad 0.44 0.54 0.48 0.38 0.21 Prueba genmica 0.63 0.70 0.63 0.53 0.34

Temario

O. Gonzlez Recio1, J.A. Jimnez-Montero2 y R. Alenda2 1 Dpto. Mejora Gentica Animal. INIA. 2 Dpto. Produccin Animal. E.T.S.I. Agrnomos. UPM.
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Utilizacin de la seleccin genmica En estos momentos la utilizacin de la informacin genmica es an limitada. En aquellos pases en los que se est implementando seleccin genmica (p.ej. Estados Unidos, Canad, Nueva Zelanda, Holanda) se han genotipado principalmente machos y algunas vacas madres de sementales. Con el genotipo de estos animales y los datos del control de rendimientos se realiza la valoracin genmica y se puede predecir el valor genmico del resto de animales que se genotipen. Esta primera poblacin genotipada es lo que se conoce como poblacin de referencia, y tiene una gran importancia en la seleccin genmica. La fiabilidad de los VGD, la utilidad de la seleccin genmica, y las po-

sibilidades de futuro dependen en gran medida de estos animales. Una poblacin de referencia ptima debera cumplir las siguientes caractersticas: Debe tener un tamao elevado (entre 2000 y 4000 individuos). Los caracteres de baja heredabilidad (ej., fertilidad) necesitan una poblacin de referencia mayor para obtener la misma fiabilidad que los de alta heredabilidad (ej., protena). Los genotipos de estos animales deben realizarse con el chip ms completo posible (genotipado de alta densidad). Los animales incluidos deben ser los progenitores ms cercanos y los ms representativos de la poblacin sobre la cual queremos predecir los VGD. Debe incluir los animales con mayor y menor mrito gentico, para aumentar la fiabilidad de las predicciones (Jimnez-Montero et al., 2010). Se debe disponer de informacin completa y detallada de sus caractersticas productivas y las de su descendencia, lo que confiere una importancia an mayor al control de rendimientos. La poblacin de referencia debe evolucionar con el paso de las generaciones, a medida que se va obteniendo progreso gentico y nuevos animales empiezan a dejar ms descendencia en la poblacin y son ms representativos. Por ello, el control de rendimientos y las pruebas de progenie de los sementales seguirn manteniendo una gran importancia en las prximas dcadas. De modo que tenemos dos tipos de valores genmicos directos: los de los animales incluidos en la poblacin de referencia, y los de los animales no incluidos en la poblacin de referencia, a la cual llamaremos poblacin de prediccin. En el primer caso, los valores genmicos son igual o poco ms fiables que los valores genticos tradicionales (al menos con el conocimiento actual). El VGD de los animales fuera de la poblacin de referencia tendr una fiabilidad bastante mayor que el ndice de pedigr, pero sin llegar a la fiabilidad de una prueba de progenie en caracteres de media-alta heredabilidad. Sin embargo, el VGD tiene una fiabilidad similar a una prueba de 60-70 hijas para caracteres de baja heredabilidad (ej., recuento de clulas somticas, das abiertos) Por ello puede ser conveniente combinar la prueba genmica y la prueba tradicional. La poblacin de prediccin puede incluir a cualquier animal que se genotipe, siendo en la prctica cualquier ternero/a, novillo/a, vaca o toro de la poblacin. Como el genotipado de toda la poblacin es aun demasiado caro es necesario establecer estrategias que maximicen la exactitud de los VGD de la poblacin de prediccin a un menor coste. La reduccin del coste de genotipado pasa actualmente por reducir el nmero de SNPs a conocer en los individuos. Un DEFINICIONES Valor genmico directo (VGD): Es aquel que se obtiene a partir de los genotipos de los animales, sin tener en cuenta la matriz de parentesco. Adems este valor no est ponderado con del valor gentico obtenido de las valoraciones genticas usando el BLUP tradicional. Poblacin de referencia: El conjunto de animales que son genotipados en la primera etapa de la seleccin genmica, y que sirven para establecer las ecuaciones de referencia. Esta poblacin es de vital importancia, y la calidad de la misma afectar a la fiabilidad de las predicciones de los ani-

chip de alta densidad (700.000 SNPs) puede costar entre 250-350 euros, mientras que uno de baja densidad (3.000 SNPs) estara entre los 30-50 euros. Las estrategias de reduccin del nmero de SNPs son principalmente dos: Seleccin de SNPs informativos, asociados a genes involucrados en la expresin fenotpica del carcter. Esta estrategia tiene altas fiabilidades carcter por carcter (Weigel et al., 2009), pero tiene la desventaja de necesitar chips especficos para cada carcter. Eliminacin del genotipado de SNPs cada cierto intervalo, que sern imputados posteriormente de manera estadstica, en lugar de bioqumica. Esta estrategia esta ganando aceptacin y protagonismo para reducir costes de genotipado en la poblacin de prediccin (Weigel et al., 2010). Una vez que se pongan a punto estas estrategias, se podr genotipar un mayor nmero de animales con el mismo presupuesto, para alcanzar fiabilidades que se acerquen a las obtenidas con los chips de alta densidad (Figura 1). Es necesario recordar que estas estrategias no son validas para la poblacin de referencia, la cual debe genotiparse con la mayor densidad de SNPs posibles. Es fcil intuir que algunos animales de la poblacin de prediccin pasarn en algn momento de su vida a la poblacin de referencia. Figura 1. Posible estrategia de genotipado en la poblacin de vacuno de leche para reducir su coste.
Poblacin de referencia
Algunos animales pasan a la porblacin de referencia

800.000 SNPs

Coste chip1

Precio SNP1

N animlaes genotipados a igualdad de coste 100

250

0,0003 /snp

Toros en prueba y madres de sementales

54.000 SNPs

164

0,0030 /snp

152

Algunos animales pasan de estrato

Vacas y candidatos a toros en prueba

50

0,0167 /snp

500

3.000 SNPs
Este coste se ha tomado como una cifra de referencia aproximada. El verdadero coste est sujeto a las condiciones de mercado y depende del procesado y laboratorio que realice el genotipado
1

Importancia del control de rendimientos El vacuno lechero destaca a nivel mundial por la exhaustiva y amplia cantidad de informacin que recoge. Esta organizacin de la informacin ha males del resto de la poblacin. Poblacin de prediccin: el conjunto de animales que no pertenecen a la poblacin de referencia pero si tienen genotipo. En general est formada por animales sobre los cuales hay un especial inters por saber su valor genmico directo (machos jvenes, candidatas a madres de sementales, vacas). Acoplamiento genmico: uso de la informacin genmica individual de los animales de un acoplamiento para determinar cual es el macho que mejor combina con una determinada hembra para los diferentes caracteres de inters. N 177 FRISONA ESPAOLA 105

La seleccin genmica
hecho posible, entre otros factores, que la seleccin genmica tenga mayor importancia en vacuno de leche que en otras especies, as como una aplicacin ms inmediata. Con la seleccin genmica, la importancia de la recogida de informacin se hace an ms evidente, y se pone de manifiesto la necesidad de completar y mejorar la toma de datos en los controles de rendimientos. Por un lado es necesario sistematizar la recogida de informacin para nuevos caracteres (enfermedades, eficiencia productiva, fertilidad, etc) que actualmente no se registran de forma sistemtica. Esta informacin es necesaria para poder conocer que regiones del genoma son las que estn asociadas a los caracteres de inters por los que se va a seleccionar genmicamente. Es decir, los centros de clculo necesitan esta informacin para saber que SNPs, de entre los miles que podemos conocer con los chips de genotipado, estn asociados a cada carcter. Es necesario resaltar en este punto que sin control de rendimientos no es posible hacer seleccin genmica o bien su potencial se ve sensiblemente reducido. La genmica debe ir unida a lo que se ha denominado como fenmica, entendida como grandes cantidades de informacin fenotpica sobre los caracteres que nos interesa seleccionar. Es necesario que la recogida de esta informacin sea lo ms fiable y detallada posible. Se debe poner nfasis en obtener una informacin de calidad sobre las fechas de cubricin, partos y bajas, motivos de desecho, tratamientos y diagnostico de enfermedades. En resumen, la informacin recogida en el control de rendimientos debe ser fiable y de calidad, y adems debe fluir de forma rpida y eficaz entre todos los integrantes del sistema, desde la informacin que se genera en las granjas, hasta los valores genmicos que se generan en los centros de clculo y del cual hacen uso los ganaderos para la toma de decisiones en materia de seleccin. niente de las valoraciones genmicas y/o una combinacin de ambos. Es importante saber interpretar esta combinacin de valores genmicos para tomar las decisiones adecuadas. Aquellos animales que no estn genotipados nicamente dispondrn de la valoracin gentica obtenida a travs de la informacin productiva propia y de la de sus parientes, los cuales pueden o no estar genotipados. Cada pas realizar su propio sistema de evaluacin y de genotipado, que puede diferir entre pases, utilizando su propia poblacin de referencia y metodologa, y puede que combine toda esta informacin de forma diferente. Por este motivo es importante que haya una valoracin genmica en Espaa para que est basada en unas circunstancias productivas y una situacin real concreta. Tambin por ello seguir siendo importante el papel de INTERBULL para poder comparar las pruebas de diferentes pases de la forma ms objetiva posible (Figura 2). Figura 2. Esquema que refleja la problemtica de la aplicacin de la seleccin genmica en diferentes pases, y la necesidad de un organismo (Interbull) que procese esta informacin para expresar los valores genmicos de los diferentes pases en una misma escala.

Pas A
A
Poblacin de referencia A Control lechero A Genotipado A

Pas B
B
Poblacin de referencia B

Control lechero B Genotipado B

Metodologa A

Metodologa B

Valores genmicos en escala A Valores genmicos de A+B en escala A

INTERBULL

Valores genmicos en escala B Valores genmicos de A+B en escala B

Difusin de la seleccin genmica Es importante tener claro que la aplicacin de la seleccin genmica no es nica, y que la manera ptima de incorporarla a un programa de seleccin depende de las caractersticas de la especie, raza, sistema productivo, recogida de datos u organizacin entre otros muchos factores. Es previsible que la incorporacin de la informacin genmica en un programa de seleccin en vacuno lechero se realice de forma gradual, y que por tanto durante un tiempo convivan la seleccin tradicional y la informacin genmica. Para los animales genotipados tendremos un valor gentico proveniente del BLUP tradicional, un VGD prove106 FRISONA ESPAOLA N 177

Como se ha mencionado anteriormente, el punto ms destacado de la seleccin genmica es que aumenta la fiabilidad de los valores genticos, pero no sustituye a una prueba de progenie. Poner un macho joven en testaje seguir siendo necesario, al menos de momento, para alcanzar una fiabilidad cercana al 99%, ya que de los 100 mejores machos seleccionados con prueba genmica no todos resultaran entre los 100 mejores una vez obtenida su prueba de progenie. Sin embargo si que habr algunos aspectos que puedan cambiar con la seleccin genmica y que afecten a las decisiones de los programas de testaje y del uso de la gentica por parte de los ganaderos. Por ejemplo, los programas de testaje con un nmero elevado de toros probados al ao podrn reducir la cantidad de toros en prueba, puesto que pueden diferenciar entre hermanos completos. De esta manera pueden aumentar el nmero

de hijas en la primera cosecha a la vez que reducen los costes en los centros de inseminacin. Sin embargo los programas de testaje con un nmero reducido de toros probados al ao basarn las ventajas de la seleccin genmica en elegir de forma ms adecuada los toros puestos en prueba, diferenciando entre hermanos completos y haciendo ms nfasis en la eleccin de padres y madres de sementales. Los programas de testaje podrn incorporar estrategias de genotipado de animales recin nacidos de poblaciones o familias que no son consideradas en la actualidad para obtener machos a poner en prueba. Los beneficios de la seleccin genmica se vern potenciados por las tcnicas de sexado de semen/eyaculado, ya que aumentarn el nmero de hijas de toros genmicos, y el sexado de embriones. Al usar toros jvenes genmicos en las explotaciones ser conveniente usar lotes, es decir, 5 o 6 toros con prueba genmica para disminuir el riesgo de que alguno de ellos no sea tan bueno como indica su prueba genmica, de manera que el nivel gentico medio del rebao no se vea afectado. Ser posible realizar acoplamientos genmicos entre toros y vacas, para buscar la mejor combinacin de genes para el producto resultante. Para ello ser necesario contar con el genotipo tanto de los toros como de las vacas, y con las herramientas adecuadas para poder realizar estos acoplamientos genmicos. Si el genotipado de las vacas se realiza con un chip reducido de bajo coste, ser necesario adaptar el acoplamiento a la diferente densidad de marcadores entre machos y hembras. Los ganaderos podrn realizar pruebas genmicas a sus terneras o novillas que les permitan predecir como van a ser esos animales una vez entren en produccin, el potencial productivo que tienen, lo frtiles que pueden llegar a ser o el riesgo de que sufran determinadas enfermedades como la mamitis. Las candidatas a madres de sementales podrn aparecer en cualquier explotacin, y las decisiones basadas en prueba genmica estarn menos influenciadas por el tratamiento preferencial.

Sistema Americano NRC ACTUALIZADO

La formulacin de raciones es imprescindible para que las vacas demuestren su alto potencial gentico para producir leche. Adems, al ser raciones equilibradas, no aparecen las enfermedades metablicas que impiden la alta produccin y aceleran la tasa de desechos. SE INCLUYEN EJEMPLOS DE RACIONES YA FORMULADAS PARA Terneros: Primer mes de vida: Estarter (pienso iniciador como nico alimento slido) 4 primeras semanas ms lactoreemplazante. 2 mes de vida: Despus del destete slo pienso estarter ms agua a libre consumo permanentemente. 3 y 4 mes de vida: Se sigue con el pienso estarter o se cambia a un pienso de crecimiento. Agua a libre consumo. Pienso de crecimiento. Lactoreemplazante: Usado hasta el destete. Novillas: (Raciones ya formuladas en el texto) con diseo de corrales. Grupo 1: Durante 5 a 6 meses de edad. Grupo 2: Desde 7 a 10 meses de edad. Grupo 3: Desde 11 a 14 meses de edad. Grupo 4: Desde 15 a 22-24 meses. Grupo novillas en preparto (21 das antes del parto) Vacas: (Raciones ya formuladas en el texto) Vacas secas. Vacas secas en preparto con o sin sales aninicas. Vacas en lactacin: (Raciones ya formuladas en el texto, ejemplos) RECIN PARIDA. FINAL DE LACTACIN. MITAD DE LACTACIN. ALTA PRODUCCIN. MUY ALTA PRODUCCIN. RACIONES TRADICIONALES. RACIONES EN POCA CALUROSA. Cmo se calcula el promedio rotativo anual del rebao? RACIN NICA (nico grupo de vacas en ordeo). Cundo es racionalmente posible? Manejo del carro mezclador. Manejo del preparto y de las recin paridas. Enfermedades metablicas, prevencin y tratamiento ANEXOS (1). Tablas de COMPOSICIN en nutrientes de los ALIMENTOS Para hacer los clculos que exige la formulacin se usa la hoja de clculo EXCEL. Las formulaciones anunciadas se han realizado con ella. Se explica detalladamente su manejo para que Vd. formule sus raciones.
(1)

La seleccin genmica a medio y largo plazo En los ltimos meses se han generado grandes cantidades de informacin acerca de la seleccin genmica y su implementacin en los programas. Sin embargo an hay mucho camino por recorrer, se deben aplicar cambios a los procedimientos y estructuras tradicionales, y por supuesto debemos seguir investigando para obtener el mximo aprovechamiento de la seleccin genmica. Es importante que las asociaciones realicen una remodelacin de las bases de datos para almacenar las grandes cantidades de informacin que se esperan obtener en la era genmica. Adems sera conveniente crear unos bancos de muestras biolgicas, que sirvan tanto como informacin potencial para su futuro aprovechamiento en caso de genotipados masivos (p.ej. en caso de que el genotipado sea cada vez ms barato y los ordenadores ms potentes para procesar tal cantidad de informacin) como para la creacin de un reservorio de material gentico que nos proporcione informacin de las poblaciones actuales en un futuro. Por ultimo, se hace latente la necesidad de colaboracin e intercambio de informacin entre los diferentes integrantes del programa de mejora gentica para beneficio de todos. Las Asociaciones de ganado vacuno frisn, los centros de inseminacin artificial y la investigacin en Espaa tienen ante si un reto importante para seguir teniendo una ganadera competitiva con la incorporacin de la informacin genmica de una forma apropiada. Referencias bibliogrficas Jimnez-Montero, J.A., Gonzlez-Recio, O., and Alenda, R. 2010. Genotyping strategies for genomic selection in dairy cattle. XV Reunin Nacional de Mejora Gentica Animal. Vigo, 2010. Weigel, K. A., de los Campos, G., Gonzlez-Recio, O., Naya, H., Wu, X.L., Long, N., Rosa, G.J. M.. Gianola, D. 2009. Predictive ability of direct genomic values for lifetime net merit of Holstein sires using selected subsets of single nucleotide polymorphism markers. J. Dairy Sci., 92, 5248-5257. Weigel, K. A., Van Tassell, C.P., OConnel, J.R., Van Raden, P.M., Wiggans, G.R. 2010. Prediction of unobserved single nucleotide polymorphism genotypes of jersey cattle using reference panels and populationbased imputation algorithms. J. Dairy Sci. 93: 2229-2238.

PEDIDOS: B. MARTN VAQUERO C/ Cea Bermdez, 37-6 B 28003 Madrid - Tlf: 91 544 39 62

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