AMINOCIDOS

I. Estructura de los alfa-aminocidos. Todas las protenas son polmeros, y los alfa aminocidos son los monmeros que se combinan para formarlas. El grupo amino esta unido al carbono alfa, el carbono contiguo al grupo carboxilo; de aqu proviene el nombre de alfa- aminocido. Al carbono alfa de cada aminocido tambin estn unidos un tomo de hidrgeno y una cadena lateral (R). Las caractersticas estructurales y qumicas de los grupos R son las que le adjudican diferentes propiedades a cada uno de los aminocidos y, por lo tanto, determinan su funcin dentro de una protena ya constituida. La estructura general de un aminocido se muestra a continuacin:

De todos los aminocidos que se conocen en la naturaleza, nicamente 20 forman parte de las protenas o sea que estn codificados en los genes de todos los organismos. Algunos de estos aminocidos son esenciales; esto significa que no son sintetizados por el organismo del todo o en cantidades suficientes para poder cumplir con los requisitos celulares. En condiciones in vivo, la mayor parte de la bioqumica se lleva a cabo en el margen de pH fisiolgico prximo a la neutralidad. El pKa de los grupos carboxilo y amino de los alfa aminocidos es aproximadamente 2 y 10 respectivamente. Por consiguiente, en la proximidad del pH neutro, el grupo carboxilo habr perdido un protn y el grupo amino habr captado un protn, para dar la forma Zwitterion. De manera que en solucin acuosa, los aminocidos pueden funcionar como cidos o como bases (son anfolitos).

II. Nomenclatura de los aminocidos. Los primeros aminocidos recibieron su nombre de acuerdo con la fuente de donde haban sido extrados o por sus caractersticas; por esta razn, el aminocido que se extrajo por primera vez del queso se denomino tirosina (del griego tyros, que significa queso), y la glicina se llama as por su sabor dulce del griego glycos, que significa dulce. Todos los aminocidos son reconocidos internacionalmente por medio de dos sistemas de nomenclatura: el sistema de una letra y el sistema de tres letras. Esta nomenclatura simplifica la escritura de la secuencia de aminocidos (a veces de varios miles) que conforma las protenas. Alanina Arginina+ Asparragina Ac. Aspartico Cisteina Glutamina Ac. glutamico Glicina Histidina + Isoleucina* Leucina * Lisina* Metionina* Fenilalanina* Prolina Serina Treonina* Triptofano* Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp A R N D C Q E G H I L K M F P S T W

Tirosina Valina*

Tyr Val

Y V

+: Esencial en la niez *: Esencial durante toda la vida III. Clasificacin de los alfa-aminocidos: Propiedades de las cadenas laterales Los 20 aminocidos contienen en sus cadenas laterales diferentes, una notable coleccin de grupos qumicos. Esta diversidad permite que las protenas gocen de una gran versatilidad estructural. Las cadenas laterales se distinguen por sus caractersticas qumicas dominantes que incluyen el carcter hidrfobo o hidrfilo, la naturaleza polar o no polar, y la presencia o ausencia de grupos ionizables. Se han propuesto muchas formas de clasificar los aminocidos aqu se clasificaran en un orden que permita recordarlos con facilidad: la disposicin que va del mas simple al mas complejo (Mathews y Van Holde Bioqumica) (2002 pag. 147): a) Aminocidos con cadenas laterales alifticas: Glicina, alanina, valina, leucina e isoleucina poseen cadenas laterales alifticas o alcanos. El grupo R se extiende ms y se hace ms hidrfobo. Los aminocidos hidrfobos se encuentran normalmente en el interior de las molculas proteicas, donde estn protegidos del agua. La prolina a pesar de que es un aminocido cclico, comparte muchas propiedades con los aminocidos alifticos, su cadena lateral tiene un carcter principalmente aliftico. Sin embargo la rigidez del anillo suele dificultar el plegado de los residuos de prolina en las estructuras proteicas. b) Aminocidos con cadenas laterales que contienen hidroxilo o azufre: en esta categora encontramos a la serina, cistena, treonina y metionina. Debido a que sus cadenas laterales son dbilmente polares, son en general ms hidrfilos que sus anlogos alifticos, a pesar que la metionina es bastante hidrfoba. En este grupo se destaca la cistena en dos aspectos: en primer lugar la cadena lateral puede ionizarse a pH ligeramente elevado.

En segundo lugar, puede producirse una oxidacin entre pares de cadenas laterales de cistena para formar un enlace disulfuro.

c) Aminocidos aromticos: fenilalanina, tirosina y triptfano. Presentan cadenas laterales aromticas. La fenilalanina junto con los aminocidos alifticos (val, leu, ile), es uno de los aminocidos ms hidrfobos. La tirosina y el triptfano tambin presentan un carcter ligeramente hidrfobo, aunque atenuado por los grupos polares de sus cadenas laterales. Los aminocidos aromticos, como la mayora de los compuestos que llevan anillos conjugados, absorben luz con fuerza en la regin del espectro ultravioleta cercano. Esta caracterstica se usa con frecuencia para la deteccin analtica de las protenas, midiendo la absorcin a 280 nm. d) Aminocidos bsicos: histidina, lisina y arginina llevan grupos bsicos en sus cadenas laterales. Existen a valores de pH prximos a la neutralidad. La histidina es el menos bsico de los tres, debido a que puede intercambiar protones cerca del pH fisiolgico, suele participar a menudo en la catlisis enzimtica que comporta transferencia de protones. La lisina y la arginina son aminocidos ms bsicos y sus cadenas laterales estn siempre cargadas positivamente en condiciones fisiolgicas.

Los aminocidos bsicos son muy polares y en consecuencia suelen hallarse normalmente en las superficies exteriores de las protenas, donde pueden hidratarse por el entorno acuoso que les rodea. e) Aminocidos cidos y sus amidas: cido asprtico y el cido glutmico son los nicos aminocidos que llevan cargas negativas a pH 7. La carga negativa de la cadena lateral se conserva en condiciones fisiolgicas. Por lo tanto, se suele denominar a estos residuos de aminocidos aspartato y glutamato. Los cidos asprtico y glutmico estn acompaados por sus amidas, la asparagina y la glutamina. Estas tienen cadenas laterales sin carga, aunque son claramente polares, tambin son hidrfilos y tienden a encontrarse en la superficie de las molculas de protena, en contacto con el agua.

IV. Aminocidos modificados. En ocasiones las cadenas laterales de los aminocidos se modifican tras su incorporacin a una protena. Por ejemplo: Fosfoserina (grupo fosfato) 4-hidroxiprolina (grupo hidroxilo en el C-4) hidroxilisina (grupo hidroxilo en el C-delta) acido gamma carboxiglutmico (grupo carboxilo en el C-gamma): forma parte de la estructura de la osteocalcina. Osteocalcina: constituye el 10-25% del total de las protenas no colgenas del hueso. Esta involucrada en su formacin uniendo el calcio de la hidroxiapatita a travs de sus tres residuos de acido gamma carboxiglutmico, siendo vitamina K dependiente. V. Estereoqumica de los alfa- aminocidos. Los enlaces alrededor del carbono alfa son tetradricos, por lo que la representacin espacial de un aminocido es la siguiente:

Cuando un tomo de carbono tiene cuatro sustituyentes distintos fijados a el, formando una molcula asimtrica, se dice que el carbono es quiral, un centro de quiralidad o un estreocentro. Tambin se le suele llamar simplemente carbono asimtrico. Si una molcula contiene un carbono asimtrico, existen dos estereoismeros distinguibles; se trata de imgenes especulares que no se pueden superponer una a la otra, o enantimeros. Las dos formas del aminocido se denominan formas L y D. Los enantiomeros L y D pueden distinguirse entre si experimentalmente debido a que sus soluciones rotan el plano de la luz polarizada en direcciones opuestas. Por esta razn, los enantiomeros se llaman a veces ismeros pticos. Todos los aminocidos, excepto la glicina, pueden existir en las formas L y D. Es importante que todos los aminocidos que incorporan los organismos a las protenas son de la forma L. De hecho que cada una de las tres clases principales de macromolculas biolgicas tiene una fuerte preferencia por una u otra clase de estereoismero. La mayor parte de polisacridos naturales emplean azucares D, y as mismo lo hacen el DNA y el RNA. Lo aminocidos D existen en la naturaleza, y algunos desempean funciones bioqumicas importantes, pero nunca se encuentran en las protenas.
Tabla. Algunos aminocidos con importancia biolgica que no se hallan en las protenas

Nombre - alanina D-alanina Acido aminobutrico Acido D- glutmico L- homoserina L- ornitina Sarcosina

Origen bioqumico, funcin Se encuentra en la vitamina acido pantotnico y en algunos pptidos naturales En polipptidos de algunas paredes celulares bacterianas Cerebro, otros tejidos animales; acta como neurotransmisor En polipptidos de algunas paredes celulares bacterianas Muchos tejidos; un intermediario del metabolismo de los aminocidos Muchos tejidos; un intermediario de las sntesis de arginina Muchos tejidos; un intermediario de las sntesis de los

L- tirosina

aminocidos Glndula tiroides; es la hormona tiroidea (I=yodo)

Las estructuras de los aminocidos por conveniencia se escriben con el grupo amino a la izquierda, el carboxilo a la derecha y el grupo R en la parte superior. VI. Pptidos y enlace peptdico Los aminocidos pueden unirse entre ellos de modo covalente por formacin de un enlace amida entre el grupo alfa-carboxilo de un aminocido y el grupo alfa-amino de otro. La reaccin puede considerarse una simple eliminacin de una molcula de agua entre el grupo carboxilo de un aminocido y el grupo amino de otro. Este enlace suele denominarse enlace peptdico, y los productos que se forman a partir de esta unin se llaman pptidos. Cuando se han combinado dos aminocidos, el producto se llama dipptido. Las cadenas que solo contienen unos pocos residuos de aminocidos se denominan oligopptidos. Si la cadena es muy larga, se llama polipptido. La mayora de los oligopptidos y los polipptidos conservan un grupo amino que no ha reaccionado en un extremo (que se llama amino terminal o N-terminal) y un grupo carboxilo sin reaccionar en el otro extremo (carboxilo terminal o C-terminal). Nomenclatura: consiste en escribir siempre el N-terminal a la izquierda y el C-terminal a la derecha. Todas las protenas son polipptidos. Por este motivo, es importante su conocimiento en la bioqumica. VII. Estructura, estabilidad y formacin del enlace peptdico: El enlace peptdico tiene algunas propiedades muy importantes para la estructura proteica. El grupo de tomos alrededor del enlace peptdico puede adquirir dos configuraciones posible, cis y trans. En realidad suele estar favorecida la forma trans, dado que la configuracin cis puede interferir estricamente los grupos R voluminosos sobre los carbonos alfa adyacentes.

Un enlace peptdico puede formarse por eliminacin de una molcula de agua entre dos aminocidos. En realidad en un entorno acuoso este proceso no esta favorecido termodinmicamente.

El equilibrio se encuentra desplazado hacia la derecha. La reaccin sin catalizar es sumamente lenta a pH y temperatura fisiolgicos. El enlace peptdico es metaestable, los polipptidos se hidrolizan en disolucin acuosa cuando esta presente un catalizador. Pero Cmo se sintetizan en el medio acuoso de la clula?: Se precisa el acoplamiento de la reaccin de sntesis con la hidrlisis d compuestos de fosfato de energa elevada

PROTENAS: Polipptidos de secuencia definida I. Generales Cada protena tiene un orden definido de residuos de aminocidos. Esta secuencia se denomina estructura primaria de la protena. Las protenas son polipptidos largos. Ejemplo: la Mioglobina de Cachalote tiene 153 aminocidos, igual que la mioglobina humana. Alguna protenas tienen secuencias que incluyen muchos cientos o incluso miles de residuos de aminocidos.

A pesar de que dos secuencias de aminocidos sean similares, NO son idnticas. Su similitud se refiere a que cada una de ellas realiza la misma funcin bioqumica. Las protenas evolucionan, y lo hacen mediante cambios de secuencias de aminocidos. a) Cambios conservadores: conservan la naturaleza de la cadena lateral. Ejemplo: Asp (aspartato) por Glu (glutamato). b) Cambios No conservadores: no conservan la naturaleza de la cadena lateral. Pueden tener consecuencias mas graves. Ejemplo: Asp (aspartato) por Ala (alanina)

II.

Funciones de las protenas

Las protenas cumplen infinidad de funciones en todos los organismos vivientes, unicelulares y multicelulares; entre otros, desempean el papel de: a) Componentes estructurales; por ejemplo, el colgeno del pelo y ciertos componentes de la tela de araa. b) Transportadores de sustancias; por ejemplo, la hemoglobina que transporta el oxigeno en la sangre. c) Hormonas; por ejemplo la insulina. d) Catalizadores de reacciones qumicas biolgicas; a las protenas que cumplen esta funcin se les denomina enzimas. e) Favorecedores de procesos de bioluminiscencia; por ejemplo, los que se observan en organismos como la lucirnaga y los dinoflagelados. f) Componentes del esqueleto intracelular o citoesqueleto; por ejemplo, los microtbulos y los filamentos intermedios. g) Elementos fundamentales en la contraccin muscular; por ejemplo, los filamentos de actina y miosina. III. Clasificacin de las protenas 1. Protenas simples: formadas exclusivamente por alfa-aminocidos, como es el caso de la ubiquitina, una proteasa intracelular formada por 53 AA.

Desde un punto de vista qumico, existen dos grandes grupos de protenas:

2. Protenas conjugadas: que contienen adems de la cadena polipeptdica un componente no proteico llamado grupo prosttico, que puede ser un azcar, un lpido, un cido nucleico o simplemente un in inorgnico. La protena en ausencia de su grupo prosttico no es funcional, y se llama apoprotena. La protena unida a su grupo prosttico es funcional, y se llama holoprotena (holoprotena = apoprotena + grupo prosttico). Son protenas conjugadas la hemoglobina, la mioglobina, los citocromos, etc. En cuanto a su forma molecular (estructura), podemos distinguir: 1. Protenas globulares: la cadena polipeptdica aparece enrollada sobre s misma dando lugar a una estructura ms o menos esfrica y compacta. Ejm: Mioglobina y Hemoglobina. 2. Protenas fibrosas: tienen funciones estructurales y de soporte en las clulas animales y vegetales. Son menos abundantes que las globulares. La estructura primaria de las protenas fibrosas favorece una clase particular de estructura secundaria, que le define sus caractersticas especficas de elasticidad y soporte. Son siempre alargadas. Algunos ejemplos: Protenas de la piel, tejido conjuntivo y el pelo, la seda Ejm: queratina, colgeno, elastina, fibroina IV. Desnaturalizacin y renaturalizacin de las protenas

Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida de las estructuras de orden superior (secundaria, terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica reducida a un polmero esttico sin ninguna estructura tridimensional fija La desnaturalizacin provoca diversos efectos en la protena: 1. Cambios en las propiedades hidrodinmicas de la protena: aumenta la viscosidad y disminuye el coeficiente de difusin

2. Una drstica disminucin de su solubilidad, ya que los residuos hidrofbicos del interior aparecen en la superficie 3. Prdida de las propiedades biolgicas

Estado nativo

Estado denaturalizado

Los agentes que provocan la desnaturalizacin de una protena se llaman agentes desnaturalizantes. Se distinguen agentes fsicos (calor) y qumicos (detergentes, disolventes orgnicos, pH, fuerza inica). Como en algunos casos el fenmeno de la desnaturalizacin es reversible, es posible precipitar protenas de manera selectiva mediante cambios en: (1) la polaridad del disolvente (2) la fuerza inica (3) el pH (4) la temperatura

V.

Niveles de organizacin proteica

En una protena existen diversos niveles de organizacin, cada uno estabilizado por fuerzas o enlaces. La conformacin de una protena esta determinada por las interacciones que se establecen entre los diferentes niveles de organizacin (y los constituyentes) de esa protena particular. Las protenas presentan cuatro niveles de organizacin o estructuras. 1. Estructura Primaria

Se define como la secuencia de aminocidos que componen una protena. Esta estabilizada principalmente por enlaces peptdico, y, en el caso del aminocido cistena, por puentes disulfuros que establecen las molculas entre si. Algunos ejemplos de protenas con estructura nicamente primaria son la hormona insulina, la vasopresina (Hormona antidiurtica), la colecistoquinina, la gastrina y la secretina; estas tres ltimas son hormonas del sistema digestivo y algunas actan tambin como seales nerviosas en el cerebro. 2. Estructura Secundaria 3. Estructura Terciaria 4. Estructura Cuaternaria