Instituto de Virologa Facultad de Ciencias Mdicas UNIVERSIDAD NACIONAL DE CORDOBA

Curso Terico- Prctico: Aplicacin de anlisis bioinformticos al estudio de enfermedades infecciosas Lugar: Instituto de Virologa Dr. J. M. Vanella- FCM- UNC Direccin: Enfermera Gordillo Gomez s/n- Ciudad Universitaria CP: 5016 Universidad Nacional de Crdoba, Crdoba Argentina.

Fecha: 2 al 6 de Mayo de 2011 Horario: 9:00 a 17:00 hs. Duracin: 45 horas DIRECTORES: Dra. Viviana R, Dr. Rodolfo Campos COORDINADORES: Dr. Adrin Daz, Bioq. Beln Pisano CONTACTO: vivianare@fcm.unc.edu.ar, adrian.diaz@conicet.gov.ar, pisanomb@yahoo.com

DOCENTES: Universidad Buenos Aires - Fac. Farmacia y Bioqumica Dr. Rodolfo Campos Lic. Andrs Culasso Dra. Carolina Torres Universidad Nacional de Crdoba- FCM- InViV Dra. Marta Contigiani Dr. Adrin Diaz Dra. Viviana R Dr. Leonardo Ferreyra Lic. Patricia Barril Bioq. Beln Pisano Dr. Guillermo Albrieu Dra. Lorena Spinsanti Universidad Nacional de Quilmes Lic. Javier Iserte Lic. Sandra Goi

PROGRAMA 1) Introduccin. Bioinformtica: orgenes, desarrollo y estado actual. Su utilidad como herramienta cientfica. Supuestos y limitaciones. Glosario y definicin de conceptos a utilizar durante el curso. 2) Obtencin de la informacin gentica. Bases de datos biolgicas.

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Fuente de datos para la realizacin de anlisis bioinformticos y filogenticos. Bases de datos de secuencias: NCBI, EMBL, DDBJ. Bsquedas y remisin de informacin en las bases de datos. Lectura y correccin de Cromatogramas. 3) Alineamiento de Secuencias. Alineamientos de secuencias de a pares.BLAST. Alineamientos mltiples. Algoritmos y programas disponibles: Clustal, Prank. 4) Diseo de primers y sondas para la implementacin de herramientas diagnsticas 5) Mtodos de inferencia filogentica. Mtodos basados en distancias, mxima parsimonia, mxima verosimilitud, inferencia bayesiana. Modelos de sustitucin nucleotdica: seleccin. Bsqueda del rbol ptimo. Algoritmos y programas disponibles: MEGA, TNT, PhyML, MrBayes. 6) Evaluacin de la confiabilidad de los rboles inferidos. Soporte de agrupamientos internos: mtodos de remuestreo (Bootstrapping / Jacknifing) 8) Anlisis de recombinaciones genticas: Deteccin y anlisis de secuencias genticas recombinantes a travs del programa bioinformtico Simplot. 9) Introduccin a la Coalescencia. 10) Exposicin y discusin de diferentes modelos: Aplicacin de las tcnicas moleculares diagnsticas y de la bioinformtica en la resolucin de problemas diagnsticos y epidemiolgicos. 11) Evaluacin: aplicacin de los contenidos aprendidos en la resolucin de diferentes situaciones epidemiolgicas concretas. Nota: Los alumnos podrn trabajar sobre la base de los modelos de sus respectivos proyectos o de lo contrario de algn modelo a eleccin. Bases Para la ejecucin de las tareas prcticas es indispensable contar con equipos informticos para lo cual cada alumno o al menos cada dos alumnos es necesario cuenten con computadoras personales. Cupo mximo 20 participantes. El curso tendr lugar el da 2 de mayo de 2011 de 9:00 a 17:00 hs. en el Instituto de Virologa Dr. J. M. Vanella FCM-UNC. Enfermera Gordillo Gmez s/n Ciudad Universitaria. Los interesados podrn realizar la preinscripcin hasta el 15 de abril y recibirn la comunicacin de su aceptacin entre el 25-26 de abril. Enviar la manifestacin de inters junto a una descripcin de los antecedentes del postulante o un CV no mayor de 3 pginas y las razones por las que desea hacer el curso a: vivianare@fcm.unc.edu.ar; ladriandiaz@yahoo.com.ar; pisanomb@yahoo.com El costo del curso es de $300 (40$Inscripcin- 260 curso) que se abonar en la Secretara de Posgrado de la Facultad de Cs. Mdicas - UNC, el mismo da del inicio del curso.

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Introduccin El uso de tecnologa molecular en la ltima etapa del siglo 20 nos ha permitido detectar e investigar enfermedades infecciosas ya existentes y otras emergentes, contando con nuevas herramientas diagnsticas, la caracterizacin molecular. La bioinformtica, es la aplicacin de tecnologa computacional a la gestin y anlisis de datos biolgicos. Los trminos bioinformtica, biologa computacional y, en ocasiones, biocomputacin, utilizados en muchas situaciones como sinnimos, hacen referencia a campos de estudios interdisciplinarios muy vinculados, que requieren el uso o el desarrollo de diferentes tcnicas que incluyen informtica, matemtica aplicada, estadstica, ciencias de la computacin, inteligencia artificial, qumica y bioqumica para solucionar problemas, analizar datos, o simular sistemas o mecanismos, todos ellos de ndole biolgica, y usualmente en el nivel molecular. El ncleo principal de estas tcnicas se encuentra en la utilizacin de recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano. Una constante en proyectos de bioinformtica y biologa computacional es el uso de herramientas matemticas para extraer informacin til de datos producidos por tcnicas biolgicas de alta productividad, como la secuenciacin del genoma. La heterogeneidad gentica de determinados microorganismos y su forma de diseminacin entre los pacientes infectados puede ser examinada con exactitud mediante el anlisis molecular (secuencia de nucletidos) y bioinformtico (anlisis filogentico y de coalescencia). La utilizacin de esta estrategia experimental, ha permitido dilucidar brotes epidmicos, o establecer origen y vas de diseminacin en diferentes regiones y a travs del tiempo. A su vez el estudio de la diversidad de las secuencias genmicas permite establecer sitios de mutaciones de resistencia a la terapia, sitios claves de ingreso o egreso del microorganismo a la clula husped, sitios para el diseo de herramientas diagnsticas (especficos, genricos, filogenia), sitios blanco altamente conservadas para inducir respuesta celular y humoral confiables para el diseo de vacunas, entre otros. El curso presentado pretende brindar al participante conocimientos bsicos de los rpidas, seguras, sensibles y que permiten a su vez

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aspectos relacionados a metodologas moleculares para la deteccin y caracterizacin gentica de agentes productores de enfermedades infecciosas de importancia mdicoveterinaria. As mismo, se espera no solo compartir los conocimientos previamente generados por cada una de las Instituciones participantes, sino tambin promover la formacin tcnico-acadmica de recursos humanos. Objetivos: Brindar base terica y entrenamiento prctico en el manejo de anlisis bioinformticos para el diseo de herramientas diagnsticas, interpretacin de secuencias genmicas y anlisis filogenticos. Aplicar los conocimientos aprendidos en la resolucin de problemas diagnsticos, epidemiolgicos y en la prctica cientfica.