ENZIMAS

MSc Ana C. Colarossi Dpto de Bioqumica, Biologa Molecular y Farmacologa

Introduccin
En los diversos compartimientos celulares transcurre un gran nmero de reacciones qumicas que proporcionan a la clula energa y los componentes necesarios para su mantenimiento. La vida depende de la existencia de catalizadores poderosos y especficos

ENZIMAS
Protenas que funcionan como catalizadores biolgicos
Ribozimas son molculas de RNA que funcionan como catalizadores biolgicos

Estructura de las enzimas

Puede estar formada por:
Varias cadenas peptdicas: estructura cuaternaria)

Una cadena peptdica (estructura terciaria)

El sitio activo es el sitio unin del sustrato a la enzima y donde se lleva a cabo la catalisis

Es necesario el arreglo tridimensional adecuado de los aminocidos que forman la cadena polipeptdica de la enzima para lograr la actividad funcional correcta

Caractersticas generales de las enzimas

No sufren modificacin al final de la reaccin. No cambian la constante de equilibrio de una reaccin qumica. Son muy especficas. Aceleran varios ordenes de magnitud mayor con respecto a la reaccin no catalizada. Actan en condiciones moderadas de presin y temperatura.

Incrementos de velocidad producidos por enzimas

Anhidrasa carbnica Carboxipeptidasa A Fosfoglucomutasa Ureasa

107 1011 1012 1014

Representacin de una reaccin qumica:

Ke

A B
Representacin de la reaccin qumica catalizada por Ke una enzima:

S+E P+E

S representa el (los) reactante(s) (llamado sustrato) P representa el (los) producto(s)

Reacciones qumicas son reversibles,sin embargo las enzimas pueden catalizar una reaccin de manera reversible o irreversible

Ejemplo de reaccin catalizada de manera reversible por una enzima

LDH LDH

Ejemplo de reaccin catalizada de manera irreversible por una enzima

Isoenzimas
Las isoenzimas o isozimas son enzimas que difieren en la secuencia de aminocidos, pero que catalizan la misma reaccin qumica. Estas enzimas suelen mostrar diferentes parmetros cinticos , o propiedades de regulacin diferentes. La existencia de las isoenzimas permite el ajuste del metabolismo para satisfacer las necesidades particulares de un determinado tejido o etapa del desarrollo.

Muchas enzimas requieren cofactores para su actividad: Pueden ser de naturaleza. Inorgnica Orgnica (coenzimas)

Trminos relacionados con la accin enzimtica

Apoenzima:
Referido solo a la parte proteica de la enzima

Holoenzima:
Es la protena unido a una coenzima y/o in metlico

Grupo Prosttico:
Componente orgnico unido fuertemente (covalentemente) a la apoenzima. Es frecuente la confusin entre cofactor y grupo prosttico, pero la diferencia radica en la fuerza de su unin a la enzima

Trminos relacionados con la accin enzimtica Cofactor:

Son molculas orgnicas inorgnicas, cuya presencia es necesaria para que la enzima sea activa.

a) Iones inorgnicos Fe2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+ etc. b) Complejos orgnicos (Coenzimas) Vitaminas hidrosolubles

Nomenclatura
Nombre Trivial: sufijo asa (ej. Ureasa, Hexoquinasa) Nombre Sistemtico: El nmero de clasificacin es una serie de 4 dgitos que designan la clase, subclase,sub-subclase y nmero de orden de la enzima dentro de la clasificacin internacional que va precedido por las siglas EC

Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB)
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

EC 1 EC 1.4 EC 1.4.1
Examples: EC 1.4.1.1 EC 1.4.1.2 EC 1.4.1.3 EC 1.4.1.4 EC 1.4.1.5 EC 1.4.1.6 EC 1.4.1.7 EC 1.4.1.8 EC 1.4.1.9 .

OXIDOREDUCTASE Acting on the CH-NH2 group of donors With NAD+ or NADP+ as acceptor

alanine dehydrogenase glutamate dehydrogenase glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] glutamate dehydrogenase (NADP+) L-amino-acid dehydrogenase deleted, included in EC 1.4.4.1 serine 2-dehydrogenase valine dehydrogenase (NADP+) leucine dehydrogenase

 Las enzimas son clasificadas por la reaccin que catalizan

1. Oxido-Reductasas

1. Oxido-Reductasas
Peroxidasa.- Utilizan como oxidante H2O en lugar de oxgeno. Ejm NADH Peroxidasa, citocromo oxidasa NADH+H+ + H2O2 --------- NAD+ + 2H2O

Catalasa.- Transforma dos molculas de H2O2 en dos molculas de agua con desprendimiento de oxgeno. H2O2 + H2O2 ----------2H2O + O2

2. Transferasas
Transfieren grupos funcionales de un donante a un aceptor, estos grupos funcionales pueden ser un carbono, grupos aldehdos o cetnicos, fosfatos, aminos etc. a) Aminotransferasas.- Transfieren grupos aminos de un aminocido a un alpha ceto cido. b) Quinasas.- Transferencia de un grupo fosforilo del ATP a una molcula sustrato. c) Glucosiltransferasa.- Transferencia de glucosa activada (UDP-Glucosa) a la cadena creciente de glucogeno.

2. Transferasas

3. Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrlisis

4. Liasas
Enzimas que remueven o agregan los elementos del agua, amonio o CO2. Ejm descarboxilasas, deshidratasas etc.

5. isomerasas
Catalizan isomerizacin de varios tipos que incluyen: a) Epimerasas: Catalizan la inversin a nivel del carbono asimtrico. b) Mutasas: Hacen la transferencia intramolecular de un grupo funcional. c) Interconversion Aldosa-Cetosa d) Interconversin de Cis-Trans

5. isomerasas

6. Ligasas
Formacin de enlaces con ruptura de enlaces de alta energa (ATP)

Modelo de la llave y cerradura

E y S tienen forma complementaria

Modelo del sitio inducido

E E

II.CINETICA ENZIMATICA
Estudia la velocidad de las reacciones catalizadas enzimticamente Los principios generales de las reacciones qumicas se aplican tambin a las reacciones enzimticas

Definicin de la velocidad de reaccin V= -d[S] = d[P] dt dt

Conceptos bsicos de cintica qumica

Las reacciones qumicas se clasifican en: Monomoleculares, bimoleculares y trimoleculares segn el nmero de reaccionantes sea uno, dos o tres. A P A+B P A+B+C P Las reacciones qumicas tambin se clasifican en: reacciones de orden cero, primer orden, segundo orden y tercer orden dependiendo de cmo la velocidad de reaccin es influenciada por la concentracin de los reaccionantes. V= -d[S] =d[P] dt dt

Conceptos bsicos de cintica qumica

En una reaccin de orden cero, la velocidad de formacin del producto es independiente de la concentracin de sustrato: v = k En una reaccin de primer orden la velocidad de formacin de los productos es directamente proporcional a la concentracin del sustrato: v = k [A] Una reaccin de segundo orden es aquella en la que la velocidad de formacin del producto depende de la concentracin de dos sustratos (como en una reaccin de condensacin): v = k [A1] [A2] del cuadrado de la concentracin de un nico sustrato (reaccin de dimerizacin): v = k [A]2

Factores que afectan la velocidad de una reaccin enzimtica

1. 2. 3. 4. 5. Concentracin de Enzima Concentracin de sustrato pH Temperatura Presencia de Inhibidores

Factores que afectan la velocidad de una reaccin enzimtica

1. Concentracin de Enzima

2. Concentracin de sustrato

Modelo Cintico de Michaelis - Menten

La derivacin de la ecuacin se basa en: 1) que la concentracin de S es mayor que la concentracin de E 2) La concentracin de Producto al inicio de la reaccin es insignificante 3) el paso limitante de la velocidad es la transformacin de ES a E+P

Se puede asumir: En equilibrio rpido:

En estado estacionario:

En equilibrio rpido: Ks= K2 = [E] [S] K1 [ ES] Si vo=k3 [ES] Si k3 [E]t = Vmax

[ES ] = [E][S]/Ks Vo = k3 [ES] [E]t [E]+ [ES Vo = Vmax Vo = Vmax [ES] [E]+ [ES] [S]/Ks 1 + [S]/Ks

Vo = Vmax Vo
=

[E][S]/Ks [E]+ [E][S]/Ks Vmax [S] Ks + [S]

En estado estacionario: K1 [E] [S] = k2 [ES] + K3 [ES]

[ES] =K1 [E] [S] (k2 + K3 ) Vo = k3 [ES] [E]t [E]+ [ES Vo = Vmax Vo = Vmax Km= [ES] [E]+ [ES] [S]/Km 1 + [S]/Km (k2 + K3 ) K1

Si vo=k3 [ES]

Si k3 [E]t = Vmax

Vo = K1 [E][S]/(k2 + K3 ) Vmax [E]+ K1 [E][S]/(k2 + K3 ) Vo

=

Vmax [S] Km + [S]

Estado estacionario: La concentracion del complejo ES se Mantiene constante en el tiempo

Ecuacin de la velocidad de una reaccin enzimtica

Por qu determinar Km? Km es una medida de la afinidad de la enzima por el sustrato cuando k3<k2. Km=(k 2+k3)/k1 Km establece un valor aprox. para el valor intracelular de sustrato Km es constante para una enzima dada, permite comparar enzimas de diferentes organismos o tejidos o entre distintas protenas Un cambio en el valor de Km es un modo de regular la enzima

Kcat/ Km es una medida de la eficiencia cataltica K3 = k cat Vmax = Kcat Et

Kcat=Vmax/Et Nmero de recambio

Tomando las inversas de la ecuacin de velocidad, tenemos:

Plot de Lineweaber-Burk

3. pH del medio

3. Efecto del pH del medio El sitio activo de la enzima esta frecuentemente compuesto de grupos ionizables que deben estar en la forma inica adecuada para mantener la conformacin, unir los sustratos o catalizar la reaccin. La actividad de la enzima debe ser medida al pH ptimo

4. Efecto de la Temperatura
A medida que aumenta la temperatura por lo general aumenta la actividad catalitica dentro del margen de estabilidad de la enzima

Ecuacin de Arrhenius:

log k= -Ea 1 + log A 2.3RT T

La forma integrada:

log k2 = Ea T2-T1 k1 2.3R T2T1 Ea = 2.3RT2T1 log k2 T2-T1 k1 Ea = 2.3RT2T1 log Q10 10