Disinfection and Sterilization

As  you  see  we  have  a  new  topic  related  to  disinfection  (‫)التطھير‬  and  sterilization 
(‫)التعقيم‬.  This  topic  as  you  know  is  part  of  the  medical  practice  because  you  cannot 
perform  any  surgical  procedure  or  any  treatment  associated  with  the  use  of  any 
device whether beginning by a simple injection of a drug or by fixing a tooth in the 
mouth  or  any  other  procedure  without  considering  that  this  procedure  might  be 
associated  with  the  introduction  of  one  or  other  type  of  microorganism  whether 
from our skin flora because we are not a sterile object or from the environment. We 
have  a  variety  of  microorganisms  associated  with  our  skin,  nose,  oral  cavity, 
intestinal tract and in the lower part of the urethra and any of these floras might be 
associated with contamination during a procedure. 

The Normal Flora:  

A term used to describe a number of bacteria which have been adapted to our body. 
Under  normal  conditions,  these  bacteria (and  to  some  extent  few  types  of  viruses, 
parasites and yeast) can occupy and colonize part of our body without causing any 
harm.  They  can  reside  in  any  part  of  our  body  (e.g.  oral  cavity,  nose,  intestines, 
extragenitalia, lower part of urethra, skin, etc.) but they are not found in seral parts 
of the body (e.g. blood, subcutaneous tissue, etc.) because these parts must be free 
of microorganisms.  

In general, our body contains a huge number of bacterial normal flora‐ accounts for 
99%, while parasite and yeast normal floras do not exceed 1%.  

Normal  flora  is  composed  of  more  than  1000  species  of  bacteria  that  colonize  our 
body,  beginning  with  the  oral  cavity  to  our  intestine.  These  can  be  considered  as 
commensals:  bacteria  which  live  under  normal  conditions  in  our  body  without 
causing harm but might become pathogenic under certain conditions (opportunistic 
parasites). 

NOW: refer to picture "Bacteria – Normal Flora" in the doctor's slides. 

As you can see in the picture, it only represents certain types of bacteria which might 
be part of what we call the normal flora. As you see in this picture from (left to right) 
you  have  a  variety  of  gram  +ve  cocci,  Staphylococcus,  Streptococcus.  Second  you 
have gram –ve coccobacilli with filaments. Thirdly, gram variable between gram +ve 
and  gram  –ve  represented  by  Diphtheroids,  often  not  important  as  pathogens  but 
stay in certain categories of patients with immunocompromised condition. Any type 
of  microorganism  if  introduced  in  the  blood  stream  or  any sterile  part of  the  body 
might be associated with infection ranging from a very simple wound infection to a 
more dangerous form of sepsis‐ presence of organisms in the blood, in the form of 

 1
 
bacteremia, and septicemia, which indicate the presence of organisms in the blood 
that can even can be carried to the CNS.  

Note: All three words; sepsis, septicemia, and bacteremia refer to the same disease 
but  each  is  caused  by  a  different  strain  of  bacteria;  sepsis  by  gram  –ve  and  +ve 
bacteria, septicemia by gram –ve bacteria, bacteremia by gram +ve bacteria. 

Also  in  the  picture  you  can  see,  spore‐forming  bacteria,  anaerobic  bacteria, 
facultative anaerobic bacteria, in varied shapes and colours that might be associated 
with infection.  

At the beginning you should know that we are not living in a sterile environment and 
that  our  body  contains  a  huge  number  of  microorganisms  estimated  to  be  1014 
bacterial cells in addition to the presence of few parasites and viruses. Even viruses 
can reside for a short period in our respiratory tract, in our intestines, urinogenital 
tract,  and  these  might  under  certain  conditions  produce  infection.  However,  they 
might persist in our bodies only for a short period of time before getting flushed out 
of  our  body.  The  same for  parasites;  not  all  parasites  are associated with  infection 
such as parasites found as part of the intestinal flora.  

As you see we have a large number of bacteria and we divide these bacteria into two 
major types in accordance with our body; commensals and pathogenic. 

Commensals: bacteria which under normal healthy conditions cannot cause disease 
unless there is a reason or stimuli, if there is any surgical manipulation in our body 
these  commensals  might  gain  access  to  sterile  body  tissue  or  blood  or  fluids  and 
produce infection. Commensals are composed mainly of obligate anaerobic bacteria 
up to 95% associated with facultative anaerobes (5%). Aerobes are very few and only 
very  few  species  of  bacteria  are  considered  obligate  aerobes  such  as  the 
Mycobacterium  tuberculosis.  These  large  numbers  of  bacteria  (the  commensals) 
protect our body indirectly by competing with true obligate pathogens, and affecting 
their  survival…  HOW?  By  producing  a  variety  of  end  products,  mainly  a  form  of 
organic acids such as lactic acid, propionic acid, butyric acid and so on, in addition to 
other antibiotic‐like substances. One example would be in our intestine in which we 
have a group of bacteria called Enterobacteriacea including in particular Escherichia 
coli. The E. coli usually produces antibiotic‐like substance called coli C which inhibits 
the growth of other types of bacteria or at least reduce the number of bacteria. In 
addition  there  are  certain  types  of  bacteria  like  the  obligate  pathogens  called 
Bacteroides fragilis which have a very important role in our body. Mainly it produces 
detoxification for certain chemicals and neutralizes the action of certain radicals in 
the intestine which are usually produced from the digestion or intake of food. So as 
you  see  this  normal  flora  is  important  but  become  more  important  during  surgical 
operation in any part of the body such as skin, oral cavity, intestinal cavity, urinary 

 2
 
tract, etc. because they can cause infection if the surgeon does not apply antiseptic 
techniques.  

Four major parts of the body are usually occupied by normal flora: 

(1) Skin Flora: 

At least a little number of these bacteria which we consider as normal flora of the 
body  begins  from  outside  our  body;  skin  where  we  have  a  variety  of  gram  +ve 
bacteria  in  majority,  which  include  the  different  types  of  Staphylococcus  spp.,  and 
Propionobacterium sp. which is part of the Diphtheroids group. This group is a large 
group of gram +ve bacteria which grow under aerobic conditions and usually survive 
in our skin, in the hair follicles, where they might produce superficial infection.  

(2) Oral Cavity Flora: 

In the oral cavity we have more of gram +ve and gram ‐ve bacteria like Streptococcus 
spp., Neisseria spp. but not Neisseria the obligate pathogen like Neisseria gonorrhea, 
Corynebacter spp., Haemophilus spp.   

(3) Intestinal Flora: 

The  intestinal  tract  is  divided  into  small  and  large  intestine,  the  small  intestine 
normally contains less number of bacteria and less variation in contrast to the large 
intestine,  which  contains  a  huge  number  and  types  of  anaerobic  bacteria  like 
Fusobacterium  and  Bifidobacterium.  Bifidobacterium  resides  in  the  intestines  of 
newly  born  babies  up  to  the  age  of  30  days  and  later  slowly  it  changes  from 
Bifidobacterium  to  Fusobacterium,  Bacteroides  and  Streptococci,  which  is  a  huge 
group  of  bacteria.  We  have  obligate  anaerobic  strep  called  bifidostreptococci?  and 
other types of streptococci and we also have Clostridium. Clostridia as spore‐forming 
is  widely  distributed  in  nature,  some  of  these  might  reach  the  intestine  and  might 
under  certain  conditions  produce  infection.  In  addition,  we  have  the 
Enterobacteriacea  group  which  is  a  very  large  group  composed  of  gram  ‐ve 
facultative anaerobic bacteria which grow rapidly. Examples from this group include: 
Escherichia  coli,  Enterobacter,  Klebseilla,  Serratia,  Providencia,  etc.  Yeast 
represented by Candida is also present, in addition to certain viruses.  

Diarrhea results from a change in the normal flora of the colon.   

(4) Urinogenital flora: 

It is especially important for ladies more than men where it is not necessary to have 
any type of microorganism in the urethra of men, whereas the vagina usually should 
be  occupied  by  a  very  useful  type  of  bacteria  called  Lactobacillus.  Lactobacilli 

 3
 
produce certain end products especially organic? acids and this protects the vagina 
from  other  invaders‐  foreign  types  of  bacteria.  These  acids  reduce  the  pH  of  the 
vagina to approx. 4.5 which helps keep the vagina free of pathogens and prevent the 
development of infection. However, the lower part of the urethra in both men and 
women  always  has  the  chance  to  be  contaminated  via  the  rectum,  which  might 
reside certain bacteria from the intestine in its lower part in few numbers. However, 
the  mucosa  of  the  urethra  and  the  vagina  secrete a  lysozyme  which  will  affect  the 
cell wall of these bacteria and keep the number of bacteria low, which prevents the 
development of infection. So there is equilibrium in the intestine. Generally our body 
is  perfected  to  control  the  presence  of  these  bacteria  by  producing  a  variety  of 
enzymes  starting  from  the  oral  cavity  to  the  intestinal  tract,  vagina,  urethra  where 
these enzymes control the types and numbers of bacteria. Furthermore, we have a 
type  of  flushing  system  in  the  urinary  tract,  usually  if  there  is  accumulation  of  a 
certain  type  of  bacteria  in  the  urinary  tract,  the  flow  of  urine  from  the  bladder,  in 
association with the prostatic secretions will flush out certain types of bacteria which 
reside in the mucosa of the urethra. Our skin is also protected to some extent. First, 
by  a  system  which  produces  saturated  fatty  acids  (sweating),  in  addition  to  the 
presence  of  certain  types  of  microorganisms  which  produce  a  bactericidal  effect 
(killing  other  types  of  bacteria)  by  producing  certain  organic  compounds  which 
prevent the access of other microorganisms. 

In short, we have a system in our body and this system keeps our body intact, but 
any  damage  within  the  skin  or  mucosa,  whether  by  surgical  manipulation  or 
accidents  due  to  the  use  of  any  type  of  device  or  instrument,  and  if  this  damage 
reaches  the  superficial  layer  of  our  skin;  epidermis  and  dermis,  then  we  might  be 
infected by one or other type of bacteria either from our own skin flora or from the 
environment. If we do a culture for any part of this room whether tables, clothing, or 
our  hands,  etc.  we  will  find  that  we  have  a  lot  of  different  types  of  bacteria.  Our 
hygienic condition is also very important, how we wash our hands, and how we try 
to reduce these numbers of bacteria. But keep in mind that you must not be living in 
a constant fear of getting infected any time; our bodies can cope with the presence 
of these bacteria and normally are not susceptible to develop infection. Our immune 
system  is  usually  excellent  under  healthy  conditions  but  if  there  is  any  form  of 
malignancy whether in relation to our blood in form of leukemia, lymphoma, etc. or 
any other type of malignancy and by loss of antimicrobial drugs or antitoxin drugs, 
our  body  becomes  more  susceptible  to  develop  infection  even  with  our  own 
bacterial flora or viruses. 

 4
 
 Definitions: 

Sepsis: the presence of any form of microorganisms in our sterile body fluids, in the 
blood  or  other  parts,  or  in  our  tissue.  This  word  is  mainly  related  to  sepsis  of  a 
wound or the blood. 

Asepsis: the absence of any form of microorganisms from a sterile part of the body.  

Antiseptic technique: the use of certain reagents or devices to prevent the access of 
certain  organisms  to  a  sterile  part  of  the  body  (blood,  tissues,  skin,  etc.).  This 
technique is to be applied on a living tissue.   

Disinfection: the use of certain fluids or reagents (called disinfectants) to disinfect– 
reduce  the  number  of  microorganisms  on  a  nonliving  object,  such  as  the 
thermometer, the floor, etc. Disinfection is not absolute unlike sterilization.  

If you have a sterile container this indicates the absence of any type of living cells, 
whether small as a virus or large as an animal cell. Sterilization means the absence of 
any living organism or microorganism whereas disinfection indicates the reduction in 
the number of microorganisms to  a safety level for example from 100% to 1%, i.e. 
you still might have few cells which might later produce infection.  

Both  disinfection  and  sterilization  cause  damage  to  microorganisms  mainly  in 
relation to their cell wall, cell membrane, proteins, nucleic acids etc., and therefore 
affect  replication,  transcription  etc.  so  the  end  effect  is  usually  a  killing  effect.  An 
inhibition effect can be expressed in the form of what we call a bacteriostatic effect, 
by  the  use  of  a  certain  type  of  a  drug  which  does  not  kill  the  bacteria  but  only 
inhibits  its  replication  by  affecting  its  proteins,  nucleic  acids,  or  cytoplasmic 
membrane.  Later,  our  body  helps  get  rid  of  these  bacteria  by  phagocytosis  and 
production  of  antibodies.  The  term  bactericidal  means  that  it  produces  a  killing 
effect  which  also  includes  killing  of  the  spore‐forming  bacteria.  The  spore‐forming 
bacteria  is  more  difficult  to  be  killed  than  other  types  of  bacteria  because 
endospores  of  spore‐forming  bacteria  usually  have  a  double  cell  membrane  and  a 
special  coat  which  resists  to  some  extent  the  normal  procedure  of  disinfection. 
Boiling  of  the  water  for  few  minutes  usually  kills  the  majority  of  bacteria  and 
microorganisms present, except the spore‐forming bacteria.  

Sanitization:  this  process  is  used  in  relation  to  food  industry;  to  clean  dishes  and 
equipment. It reduces the presence of microorganisms by 99%.  

Refrigeration  and  Deep  freezing:  There  is  a  misconception  in  our  country  that 
refrigeration and deep freezing kill the bacteria while they only stop the growth of 
bacteria and might even help protect the bacteria from being killed especially if you 
do deep freezing within a short period of time.  

 5
 
Desiccation:  (‫)تجفيف‬ a method that usually makes use of sunlight to kill bacteria and 
keep food out of reach of these organisms. This method was used in our culture in 
the past before the modern methods of preservation of food have been applied. 

  

Physical Control of Microbes:  

Sterilization (killing effect) methods: 

1) Direct flaming (incineration): where you reduce the components of the bacterial 
cells to carbon dioxide. 

2)  Dry  heat  by  the  use  of  a  hot‐air  oven:  at  a  temperature  of  (170‐180) ºC  for  2 
hours.  The  majority  of  vegetative  (living)  forms  of  bacteria  can  be  killed  at  a 
temperature of 100 ºC for few minutes (2‐3 minutes) but the spore‐forming type of 
bacteria  require  a  higher  temperature  and  more  time,  therefore  we  are  obliged  to 
use  dry  heat  in  the  form  of  a  hot‐air  oven  to  sterilize  instruments  used  in  surgery. 
Most  sterile  instruments  used  in  surgery  are  disposable  and  only  some  are 
nondisposable.  

3)  Ionizing  Radiation:  Nowadays,  most  of  the  instruments  used  in  surgery  are 
sterilized  by  the  use  of  ionizing  radiation  (gamma  rays)  where  it  produces  high‐
energy  electron  beams  that  affect  mainly  nucleic  acids  and  so  at  the  end  kill  the 
microorganism (viruses, parasites, bacteria, etc.). 

4)  Moist  Heat/  Steam  under  pressure:  the  use  of  heat  here  in  a  special  container 
called  autoclave  where  we  use  boiling  water  but  under  pressures.  The  boiling 
temperature of water under normal atmospheric pressure is 100 ºC whereas under 
higher pressures you can elevate the boiling temperature of water to (121 or 125 or 
132) ºC  depending  on  the  pressures  used  in  a  closed  container.  This  mechanism 
allows the use of a higher temperature and moist steam that will penetrate the cell 
wall  and  the  cytoplasmic  membrane  of  most  microorganisms  and  produce  a  killing 
effect. Therefore it is a very effective method used to prepare culture media in our 
labs. Autoclave is an important device in the hospitals and clinics to make sure that 
all  articles  used  in  surgery  and  inserted  in  our  oral  cavities,  urinary  tract  etc.  are 
sterilized.  The  use  of  dry  heat,  however,  is  limited  to  certain  articles  and  not  as 
important.  

All  DISPOSABLE  articles,  such  as  small  tubes  in  which  we  collect  blood  samples,  or 
containers  used  for  the  collection  of  urine  or  any  other  body  fluid,  or  any  other 
disposable  instrument  that  can  be  damaged  by  the  use  of  dry  heat  or  moist  heat 
such as endoscopes inserted into our respiratory tract or any other part of the body, 
are usually cleaned or sterilized by other means such as by ionizing radiation though 

 6
 
this method's apparatus are very expensive, or other means by using special gases 
which at the end have a killing effect. 

5) Filtration:  is only used for certain types of drugs. If you want to have a fluid that is 
free of any type of microorganism, especially in relation to in‐vitro experiments or if 
you want to prepare any chemical fluid, drug or any type of fluid used in experiments 
that cannot be sterilized by the use of hot air because it will be damaged or by moist 
heat  because  it  might  damage  the  proteins  such  as  the  proteins  of  the  blood  and 
lead to coagulation and inactivation of its components, in these cases the filtration 
methods are used.  

NOW: refer to picture "Ultraviolet‐Autoclave" in the doctor's slides. 

To the left side of this picture is a special container called ultraviolet cabinet (not a 
physical  but  a  chemical  control  of  microbes)  usually,  there  is  a  land  and  this  land 
usually produces emission of 260 nm UV beams. Usually these UV beams can control 
and  kill  many  types  of  microorganims  but  the  end  effect  is  related  more  to 
disinfection  than  sterilization…  WHY?  Because  certain  microorganisms  whether 
bacteria like the spore‐forming bacteria or viruses like the hepatitis B virus or HIV the 
causative  agent  of  AIDS  cannot  be  killed  by  UV  light  so  the  UV  cabinet  equipment 
should  not  be  considered  for  sterilization  but  only  for  disinfection,  whereas  the 
autoclave can be used for sterilization which has an end effect of killing all types of 
microorganims. 

6) Alkylating Gases: here we have two gases used in clinical practice for sterilization 
and these gases are toxic and should be used under certain conditions and in special 
containers.  One  gas  used  is  Ethylene  oxide,  which  can  catch  fire  easily  therefore  it 
will be mixed by 10% carbon dioxide or nitrogen in order to reduce its flammability. 
These  gases  at  the  end  have  the  effect  of  sterilization  because  they  usually  cause 
damage not only to the cytoplasmic membrane, but also to the nucleic acids of the 
microorganism  and  so  affect  the  transcription  and  translation  processes  and 
therefore  its  replication.  However,  usually  the  alkylating  gases  require  a  longer 
exposure time more than the sterilization by autoclave requires time, which usually 
requires 30‐45 minutes whereas by using these gases we need at least 4‐12 hours. 
These  gases  are  used  for  sterilization  of  sensitive  types  of  instruments  such  as  the 
endoscopes which are used widely in clinical practice, heart‐lung machines and any 
other  instrument  used  in  surgical  procedures  especially  disposable  plastic  wares. 
Another type of gas called formalin gas (formaldehyde gas) which is widely used in 
clinical  practice  especially  to  preserve  certain  types  of  tissues  which  later  must  be 
sent  to  the  lab  for  pathological  examination.  When  there  is  an  operation  and  you 
take a biopsy from the liver or from the stomach etc. to be investigated later for the 
presence  of  malignancy,  here  you  have  to  keep  these  in  a  special  solution;  2% 
aqueous formaldehyde gas in the form of formalin. (Formalin means a water solution 

 7
 
of  formaldehyde  gas  (37%))  or  we  can  use  glutaraldehyde  gas  which  has  the  same 
effect for the preservation of tissue by preserving the shape of the tissue while killing 
the  microorganisms,  and  wiping  out  their  fermentation  action.  Gases  can  also  be 
used to disinfect the patient's room. For example, if a patient is infected with a type 
of microorganism which might be dangerous for other patients or for the community 
etc. and we want to keep the room clean and free of these microorganisms, let the 
gas  fill  the  room  for  12‐24  hours  long  exposure  time  in  order  to  kill  all  types  of 
microorganisms including the spore‐forming type of bacteria.  

The End. 

Special Thanks to Yazan Atoom ☺

Miral Al‐Nimri 

 8