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Biologa Molecular Genmica Bioinformtica Biologa Terica

Pedro A. Moreno
Escuela de Ingeniera de Sistemas y Computacin Facultad de Ingenieras Universidad del Valle Cali, COLOMBIA

Bioinformtica
Biologa Las Ciencias de la Computacin La Tecnologa de la Informacin

Tres sub-disciplinas dentro de la Bioinformtica


1) Desarrollo de nuevos algortmos y estadsticas para evaluar las relaciones entre un gran nmero de datos. 2) El anlisis y la interpretacin de datos que incluyen secuencias de nucletidos y aminocidos, dominios de protenas y estructuras de protenas. 3) El desarrollo e implementacin de herramientas que proporcionan acceso eficiente y manejo de los diferentes tipos de informacin.

Requerimientos core para los bioinformticos


1) Conocimiento en algunos aspectos de la biologa molecular. 3) Entender perfectamente el dogma central de la biologa molecular. 5) Debera tener alguna experiencia substancial en uno o dos de los grandes paquetes de programas de biologa molecular. 4) Debera trabajar confortablemente en medio ambiente de computacin de comandos de lneas, como Linux o Unix. 5) Debera tener experiencia en programacin, como C++, Perl, etc.

Gibas & Jambeck. 2001. Developing. Bioinformatics computer skills

La funcin de los genes es entendida en Biologa a varios niveles


Bilogo Molecular: Clonar y secuenciar un gen desconocido.
-

Bilogo Computacional: Identificar un gen desconocido. Bioqumico: Conocer la especificidad del sustrato. Bilogo Celular: Localizacin intracelular y sus cascadas de interaccin. Genetsta: La ruta que ste afecta. Fisilogo: El rgano que ste afecta.

Bioinformtico: Crear algortmos y bases de datos que puedan integrar parcial o totalmente toda esta informacin.

Historia de la Biologa Molecular

Fases de la historia
Fase 1: La gentica: 1865 1930. Mendel y sus leyes. 1865 1952. La bsqueda del gen y la sustancia hereditaria. Fase 2: La biologa molecular: 1953 1966. La doble hlice y el cdigo gentico. 1967 1989. La ingeniera gentica y la reaccin en cadena de la polimerasa. Fase 3: La genmica: 1990 2001. El proyecto genoma y la era post-genmica.
Moreno & Vlez, 2001

1865 1930. Mendel y sus leyes


El nacimiento de la gentica

Gregorio Mendel
Moreno & Vlez, 2001

1865 1952. La bsqueda del gen y la sustancia hereditaria

Friedrich Miescher

Aisl por primera vez los cidos nuclecos


Moreno & Vlez, 2001

1900 1952. La bsqueda del gen y la sustancia hereditaria


El papel jugado por los cromosomas en la herencia

Thomas H. Morgan
Moreno & Vlez, 2001

Cruces y recombinacin durante la meisis

Moreno & Vlez, 2001

La fsica: las propiedades estadsticas esperadas para el gen

Moreno & Vlez, 2001

Congreso de Solvay - 1927

La fsica: las propiedades estadsticas esperadas para el cromosoma y el gen (1927 1944)

Niels Borh

Erwin Schrdinger Qu es la vida?

Moreno & Vlez, 2001

Max Delbrck

Francis H. C. Crick

El grupo del fago (1935 1952)

Max Delbrck

Salvador Luria

Alfred D. Hershey
Moreno & Vlez, 2001

El grupo del fago


Cpside de protena marcada con S Core de ADN marcado con P

1 Fago infecta la bacteria 2 Los fagos son removidos de las clulas en la lic uadora 3 Las clulas y los fagos son separados por centr if ugacin

No se detecto S en las clulas S detectado en el sobrenadante

P es detectado en las clulas Ningn P es detectado en el sobrenadante

Moreno & Vlez, 2001

El experimento de la batidora

El neumococo transformante (1928)


El experimento de Frederick Griffith

Moreno & Vlez, 2001

El neumococo transformante (1934 1944)

Oswal T. Avery

Colin M. MacLeod * Maclyn McCarty *


Moreno & Vlez, 2001

Un gen .una enzma (1945 1955)

George Beadle y

Edward Tatum

Moreno & Vlez, 2001

La gentica de la resistencia bacteriana (1945 1956)

Joshua Lederberg

Moreno & Vlez, 2001

La composicin de los cidos nucleicos (1945 1953)

[A] = [T] [G] = [C]


Erwin Chargaff

Pu/Pi = 1.0

Moreno & Vlez, 2001

La cristalografa y la estructura molecular de las protenas

John Kendrew

Frederick Sanger

Max Perutz

Moreno & Vlez, 2001

Linus C. Pauling

Christian Anfiensen

1953 1966. La doble hlice y el cdigo gentico


La estructura molecular del ADN (1952 1953): el nacimiento de la biologa molecular

Maurice Wilkins & Rosalind Franklin

James Watson & Francis Crick


Moreno & Vlez, 2001

El dogma central de la Biologa Molecular (1953 1956)


Francis Crick

DNA RNA Protena

Moreno & Vlez, 2001

Los mecansmos en la sntesis biolgica del ARN y el ADN (1956 1960)

Severo Ochoa

Arthur Kornberg

Moreno & Vlez, 2001

El DNA se replica de manera semiconservativa (1958)

Experimento de Meselson & Stahl

Moreno & Vlez, 2001

Elucidacin del cdigo gentico y su funcin en la sntesis de protenas (1960 1966)

Har Gobin Khorana

Marshall W. Nirenberg

Robert W. Holley
Moreno & Vlez, 2001

El cdigo gentico y su funcin en la sntesis de protenas (1960 1966)

Moreno & Vlez, 2001

t-RNA

Ala

Moreno & Vlez, 2001

La sntesis de Protenas

El control gentico de la sntesis de enzmas y virus (1958 1964)

Francois Jacob, Andr Lwoff y Jacques Monod

Moreno & Vlez, 2001

El control gentico: induccin del operon lac

Moreno & Vlez, 2001

1967 1989. La ingeniera gentica y la reaccin en cadena de la polimerasa


El nacimiento del ADN-Recombinante

Werner Arber

Daniel Nathans

Hamilton O. Smith

Paul Berg

Moreno & Vlez, 2001

ADN-Recombinante

B C D E

F G Banda de ADN Sitio de restricci n A B C D E F E G F C D B A

Moreno & Vlez, 2001

El secuenciamiento de los cidos nucleicos (1960 1977)

Walter Gilbert

Frederick Sanger

Moreno & Vlez, 2001

Kary B. Mullis

La reaccin en cadena de la polimerasa o PCR (1983)

Denaturacin

Un cclo de Polimerizain PCR


100 90 Te m p. (oC) 80 70 60 50 40 Tie m po (m in)
1
Hibridizacin

Moreno & Vlez, 2001

La mutagnesis dirigda
Michael Smith

Moreno & Vlez, 2001

La microscopa electrnica cristalogrfica: elucidacin de complejos DNA-protenas (1973 1980)

Aaron Klug

Moreno & Vlez, 2001

La estructura molecular del Ribosoma

Moreno & Vlez, 2001

Virus tumorales y el material gentico de la clula (1965 1973)

David Baltimore

Renato Dulbecco

Howard M. Temin

Moreno & Vlez, 2001

El dogma central de la Biologa Molecular revisado (1972)

DNA

Francis Crick

RNA

Protena
Moreno & Vlez, 2001

El dogma central dentro de la clula

Moreno & Vlez, 2001

Orgen celular de los oncogenes retrovirales (HIV) (1977 1983)

J. Michael Bishop

Harold E. Varmus

Moreno & Vlez, 2001

El RNA cataltico y los elementos mviles (1970 1977)

Sidney Altman y Thomas R. Cech

Barbara McClintock
Moreno & Vlez, 2001

El RNA cataltico (1970 1977)

Moreno & Vlez, 2001

La redefinicin del concepto del gen: los genes interrumpidos (1975 1977)

Richard J. Roberts y Phillip A. Sharp

Moreno & Vlez, 2001

Procesamiento del RNA heteronclear o primario

Exn 1
hnRNA

Exn 2 Intrn 1 Intrn 2

Exn 3

Procesamiento del gen humano G0S19 (MIP1-alpha/CC3) para formar el RNAm, parte del cual es luego traducdo para formar la protena quimoquna cuyo receptor (CCR5) es tambin un co-receptor HIVI.

El Orgen de la diversidad de los anticuerpos (1977-1983)

Susumo Tonegawa

Las protenas tienen seales intrsecas que gobiernan su transporte, localizacin y comunicacin dentro de la clula (1979 1995)

Gnter Blobel

Moreno & Vlez, 2001

El Control del ciclo celular

R. Timothy Hunt

El Control del ciclo celular

Leland H. Hartwell

Paul M. Nurse

Un gen codifica una forma en el cuerpo: el control gentico del desarrollo embrionario en Drosophila
Edward B. Lewis

Eric F. Wieschaus

Christiane Nsslein-Volhard

Sydney Brenner

La regulacin gentica del desarrollo de los rganos y la muerte celular programada

H. Robert Horvitz

John E. Sulston

Aplicaciones de las tcnicas de ADN-Recombinante y de ingeniera gentica en todas las disciplnas de las ciencias de la vida

Agricultura: mejoramiento de cosechas, control de plagas. Antropologa: rastreo de haplotipos, movimientos migratorios. Biologa celular: metabolsmo, divisin celular, diferenciacin celular, morfognesis, envejecimiento celular. Cuestiones legales: perfiles de DNA (fingerprinting). Filogena y sistemtica. Medicina: diagnstico y tratamiento de enfermedades. Medio ambiente: bioindicadores de fuentes contaminantes. Parasitologa: aislamiento de genes blanco para control. Proteccin de la vida silvestre mediante rastreo de perfiles DNA. Biotecnologas. Terapia gnica y organismos transgnicos,.etc.

Moreno & Vlez, 2001

La biologa molecular de hace 10 aos


La biologa del desarrollo busca primero un gen para especificar una forma en el embrin. La biologa celular busca un gen que especifique un elemento estructural. La medicina busca genes para producir protenas del cuerpo o trazar las causas de las enfermedades. Las cuestiones evolutivas, desde el orgen de la vida hasta el orgen de las especies son todas trazadas por patrones de molculas de ADN. La ecologa caracteriza las poblaciones naturales por amplificacin de ADN: los habitats sociales de los animales y las migraciones de las poblaciones humanas se conducen sobre patrones de ADN. Las cuestiones legales de vida o muerte pueden abordarse sobre patrones de restriccin de ADN. Y ahora, el proyecto genoma contempla descubrir los patrones de ADN completos y listar cada uno de los genes que caracterizan todas las especies modelo que los bilogos estudian, includa la nuestra (Gilbert, W. 1991).

1990 2001. El proyecto genoma y la Genmica El proyecto oficial y pblico


GeneBank, EMBL y GDBJ
Francis Collins

El proyecto privado
TIGR & Celera Genomics
Craig Venter
Moreno & Vlez, 2001

Con el proyecto genoma aparecieron: Nuevas esperanzas para la humanidad Nuevas alianzas Nuevas concepciones Nuevas tecnologas Nuevas empresas biotecnolgcas Abundante informacin Nuevas ambiciones humanas Y muuuuuucho dinero
Moreno & Vlez, 2001

En resumen
Siglos XVI-XVII Biologa 1865/1900 Gentica 1944/1953 Biologa molecular DNARecombinante 1975 1967 Bioinformtica Genmica 1995 estructural 2000 funcional 2000 Sistemas para la nueva biologa...?
Moreno & Vlez, 2001

El dogma central de la biologa molecular en la era post-genmica


DNA1 RNA11 RNA12 RNA13 RNA1n Protena111 Protena121 Protena131 Protena1n+n
Moreno & Vlez, 2001

Protena1111 Protena1112

La biologa de sistemas: la prxima generacin.?

Moreno & Vlez, 2001

Lee Hood

George Lake

y la historia continua

Moreno & Vlez, 2001

Referencias
1) Academa Nobel. Stocolmo, Suecia. http://www.nobel.se 2) Burke, A. 2000. Genome technology. Sep. 20-26. 3) Gribben, J. 1986. En bsca de la doble hlice. Enciclopedia cientfica Salvat. Espaa. 4) La base molecular de la vida. 1972. Edt. Interamericana. 5) Shrdinger. E. 1986. Qu es la vida?. Edt. Tusquest. 6) Watson, JD. 1972. La doble hlice. Plaza y Janes. Bogot.

Moreno & Vlez, 2001