Introduo Biologia Celular e Molecular

Este texto foi retirado do anexo de [Lem00], revisado por [Bas00], e tem como objetivo principal apresentar alguns conceitos bsicos de biologia celular e molecular. Ele foi baseado em [Rob85].

1. A Clula: Organizao Estrutural

O estudo do mundo vivo mostra que a evoluo produziu uma imensa variedade de formas. Existem em torno de quatro milhes de espcies diferentes de bactrias, protozorios, vegetais e animais, que diferem em sua morfologia, funo e comportamento. Entretanto sabe-se agora que, quando os organismos vivos so estudados a nvel celular e molecular, observa-se um plano nico principal de organizao. O objetivo da biologia celular e molecular precisamente este plano unificado de organizao isto , a anlise das clulas e molculas que constituem as unidades estruturais de todas as formas de vida. H muito tempo atrs observou-se que uma nica clula poderia constituir um organismo inteiro, como no caso dos protozorios, ou ser uma das muitas, agrupadas e diferenciadas em tecidos e rgos, para formar um organismo multicelular. Assim sendo, a clula a unidade estrutural e funcional bsica dos organismos vivos, da mesma forma que o tomo a unidade fundamental das estruturas qumicas. Clulas Procariticas e Eucariticas A vida manifesta-se em milhes de diferentes espcies, que possuem sua prpria morfologia e informao gentica especfica. As espcies podem ser reunidas em grupos progressivamente mais abrangentes gneros, ordens, famlias at o nvel dos reinos clssicos, vegetal e animal. Um dos esquemas de classificao, o de Whittaker, postula a diviso em cinco reinos Monera, Protista, Fungi, Plantae e Animalia, com as suas correspondentes subdivises. Esta aparente complexidade simplifica-se com o exame das formas vivas a nvel celular. As clulas so identificadas como pertencentes a dois grupos: procariticas e eucariticas. Somente os seres pertencentes ao reino Monera (i.e. bactrias, algas azuis 1

cianofceas) possuem clulas procariticas, enquanto que todos os outros reinos constituem-se de organismos formados por clulas eucariticas. A principal diferena entre estes dois tipos celulares a ausncia de um envoltrio nuclear nas clulas procariticas. O cromossomo desta clula ocupa um espao denominado nucleide, estando em contato direto com o protoplasma. As clulas eucariticas possuem um ncleo verdadeiro com um envoltrio nuclear elaborado, atravs do qual ocorrem trocas entre o ncleo e o citoplasma. Veja na Figura 1 e na Figura 2 as clulas animal e vegetal, e note a complexidade dos eucariontes.

2. A Clula: Organizao Molecular

A estrutura celular visvel aos microscpios ptico e eletrnico resultante de um arranjo de molculas numa ordem bastante precisa. Apesar de haver muito ainda a ser aprendido, comearam a surgir os princpios gerais da organizao molecular de algumas estruturas celulares, como membranas, ribossomos, cromossomos, mitocndrias e cloroplastos. A biologia celular no pode ser separada da molecular, pois da mesma maneira que as clulas so os tijolos de tecidos e organismos, as molculas so os tijolos das clulas. A organizao molecular dos seres vivos est baseada na qumica do carbono. Protenas, carboidratos, lipdios, etc., so diferentes macromolculas que contm um grande nmero de tomos de carbono arranjados de forma distinta. Numerosas estruturas celulares so constitudas por molculas bastante grandes denominadas macromolculas ou polmeros, compostas por unidades repetidas, chamadas monmeros. Existem trs exemplos importantes de polmeros nos organismos vivos. So eles: cidos nuclicos, que resultam da repetio de quatro diferentes unidades denominadas nucleotdeos. A sequncia linear de quatro nucleotdeos na molcula de DNA a fonte bsica da informao gentica.

Figura 1. Clula animal.

Figura 2. Clula vegetal.

Polissacardeos podem ser polmeros da glicose, formando amido, celulose ou glicognio, ou podem tambm envolver a repetio de outras molculas para formar polissacardeos mais complexos.

Protenas ou polipeptdeos so compostos por aproximadamente 20 aminocidos, presentes em diversas propores, unidos por ligaes peptdicas. A ordem em que estes 20 monmeros podem se unir d origem a um nmero astronmico de combinaes em diferentes molculas proticas, determinando no s sua especificidade, mas tambm sua atividade biolgica.

cidos Nuclicos Os cidos nuclicos so macromolculas de suma importncia biolgica. Todos os organismos vivos contm cidos nuclicos na forma de cido desoxirribonuclico (DNA) e cido ribonuclico (RNA). O DNA o principal armazenador da informao gentica. Esta informao copiada ou transcrita para molculas de RNA, cujas as sequncias de nucleotdeos contm o cdigo para a ordenao especfica de aminocidos. As protenas so ento sintetizadas num processo que envolve a traduo do RNA. Refere-se frequentemente srie de eventos acima relacionada como o dogma central da biologia molecular; ela pode ser resumida na forma (Figura 3):

Figura 3. Processos transcrio e traduo.

Em clulas superiores, o DNA localiza-se principalmente no ncleo, dentro dos cromossomos. Uma pequena quantidade de DNA fica no citoplasma, contida nas mitocndrias e cloroplastos. O RNA encontrado tanto no ncleo, onde sintetizado, quanto no citoplasma, onde tem lugar a sntese protica. cidos Nuclicos: uma Pentose, um Fosfato e quatro Bases Os cidos nuclicos so compostos por uma molcula de acar (pentose), bases nitrogenadas (purinas e piridiminas) e cido fosfrico. Veja a Figura 4. 4

.
Figura 4. cido Nuclico

As pentoses so de dois tipos: ribose no RNA e desoxirribose no DNA. A nica diferena do ponto de vista de composio da molcula entre estes dois acares que a desoxirribose possui um tomo de oxignio a menos. As bases encontradas nos cidos nuclicos so tambm de dois tipos: piridiminas e purinas. No DNA as piridiminas so timina (T) e citosina (C); as purinas so adenina (A) e guanina(G). O RNA contm uracila (U) no lugar de timina. Existem duas diferenas principais entre o DNA e o RNA. O DNA possui uma molcula de desoxirribose e o RNA, uma de ribose; o DNA contm timina e o RNA, uracila (Figura 5).

cido desoxirribonuclico Localizao

cido ribonuclico

Primariamente no ncleo, No citoplasma, nuclolo e tambm nas mitocndrias e cromossomos cloroplastos

Bases pirimidnicas

Citosina Timina

Citosina Uracila Adenina Guanina

Bases purnicas

Adenina Guanina

Figura 5. Diferenas principais entre DNA e RNA.

Alm de atuarem como as unidade dos cidos nuclicos, os nucleotdeos so tambm importantes, pois armazenam e transferem energia qumica. Composio Bsica do DNA: A = T e G = C O DNA est presente nos organismos vivos na forma de molculas lineares de peso molecular extremamente elevado. A E.coli, por exemplo, possui uma molcula nica circular de DNA que pesa em torno de 2,7 X 109 dltons (dlton uma unidade de massa equivalente a 1/16 da massa de um tomo de oxignio, ou aproximadamente igual de um tomo de hidrognio) e tem um comprimento total de 1,4mm. Em organismos superiores a quantidade de DNA pode ser vrios milhares de vezes maior; por exemplo, o DNA de uma nica clula diplide humana, se totalmente esticado, teria um comprimento total de 1,7m. Toda a informao gentica de um organismo vivo est armazenada em sua sequncia linear das quatro bases. Portanto, um alfabeto de quatro letras (A, T, C, G) deve codificar a estrutura primria (i.., o nmero e a sequncia dos 20 aminocidos) de todas as protenas. Uma das mais extraordinrias descobertas da biologia molecular foi a elucidao deste cdigo. Um prlogo desta descoberta, que tem ligao direta com o entendimento da estrutura do DNA, foi o achado de que existiam regularidades previsveis no contedo das bases. Entre 1949 e 1953, Chargaff estudou detalhadamente a composio do DNA. Ele observou que, apesar da composio de bases variar de uma espcie para outra, a quantidade de adenina era igual de timina (A = T) em todos os casos. Foi tambm notado que o nmero de bases de guanina e citosina era igual (G = C). Consequentemente, a quantidade total de purinas equivale de piridiminas(i., A + G = C + T). Por outro lado, a razo AT/GC varia consideravelmente entre as espcies. O DNA uma Hlice Dupla Aps a descoberta da estrutura do DNA [WC53] ficou explicado a regularidade de sua composio de bases e suas propriedades biolgicas, particularmente sua duplicao na clula. A estrutura do DNA mostrada na Figura 6. Ele composto por duas cadeias helicoidais de polinucleotdeos com giro para a direita, formando uma hlice dupla em torno de um mesmo eixo central. As duas fitas so antiparalelas, unidas por pontes de hidrognio estabelecidas entre os pares de bases. 6

Desde que existam uma distncia fixa entre as duas molculas de acar nas fitas opostas, somente certos pares de bases podem se encaixar na estrutura. Os nicos pares possveis so o AT e o CG.

Figura 6. A dupla hlice do DNA.

A sequncia axial de bases ao longo de uma cadeia de polinucleotdeo pode variar consideravelmente, porm na outra cadeia a sequncia deve ser complementar. Devido a esta propriedade, dada uma ordem de bases em uma cadeia, a outra exatamente complementar. Durante a duplicao do DNA, as duas cadeias dissociam-se e cada uma age como um molde para a sntese da nova cadeia complementar. Assim sendo, so produzidas duas molculas de DNA de cadeia dupla, possuindo exatamente a mesma constituio molecular. Cada fita do DNA tem duas extremidades, chamadas de 3' e 5', numa aluso aos tomos de carbono que ficam livres no acar que compem cada nucleotdeo. H duas observaes importantes neste contexto. A primeira que a extremidade 3' de uma fita corresponde extremidade 5' da outra. A segunda que um A em uma fita corresponde a um T na fita oposta, e um C sempre corresponde a um G. dito que A e T so bases complementares, assim como, C e G. Com isto, a sequncia de nucleotdeos numa das fitas determina completamente a molcula de DNA. justamente esta propriedade que permite a auto-duplicao do DNA. A conveno adotada mundialmente para representar molculas de DNA escrever apenas umas das fitas na direo 5' ? 3'.

Estrutura do RNA: classes e conformao A estrutura primria do RNA semelhante do DNA, exceto pela substituio da ribose pela desoxirribose e da uracila pela timina. A composio de bases do RNA no segue as normas de Chargaff, pois as molculas de RNA so compostas por uma nica cadeia. Existem trs principais classes de cido ribonuclico: o RNA mensageiro (mRNA), o RNA de transferncia (tRNA) e o ribossmico (rRNA). Todos esto envolvidos na sntese protica. O mRNA contm a informao gentica para a sequncia de aminocidos, o tRNA identifica e transporta as molculas de aminocidos at o ribossomo, e o rRNA representa 50% da massa dos ribossomos, organelas que fornecem um suporte molecular para as reaes qumicas da montagem de um polipeptdeo. Protenas As unidades constituintes das protenas so os aminocidos. Existem vinte tipos de aminocidos. Eles esto apresentados na Figura 7 com os cdigos de nmeros 1 a 20. Alm dos cdigos dos aminocidos, existem mais trs cdigos usados pelos bilogos no sequenciamento de protenas, que tambm esto na tabela seguinte. O 21 e o 22 que identificam os pares de aminocidos Asparagina/cido Aspartmico (ou cido Asprtico) e Glutamina/cido Glutmico, e o 23 que identifica todos os aminocidos.

Cdigo 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Letra A C D E F G H I K L M

Abreviao Ala Cys Asp Glu Phe Gly His Ile Lys Leu Met

Nome Alanina Cistena cido asprtico cido glutmico Fenilalanina Glicina Histidina Isoleucina Lisina Leucina Metionina

12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23

N P Q R S T V W Y Z B X

Asn Pro Gln Arg Ser Thr Val Trp Tyr Glx Asx

Asparagina Prolina Glutamina Arginina Serina Treonina Valina Triptofano Tirosina Asparagina/cido Aspartmico Glutamina/cido Glutmico Qualquer aminocido

Figura 7. Cdigos dos aminocidos.

Protenas Homlogas Protenas homlogas so aquelas que possuem relao filogentica comprovada. A evoluo molecular segue alguns dos mesmos princpios da evoluo dos seres vivos; golfinhos e tubares tem mais ou menos o mesmo formato, entretanto so animais completamente diferentes (peixes X mamferos). Da mesma forma, duas protenas podem exercer a mesma funo, e at terem uma certa semelhana, mas no terem relao nenhuma do ponto de vista de sua origem. Resumindo, duas protenas homlogas so protenas cuja relao de origem foi comprovada.

3. Biologia Molecular do Gene

O DNA transporta a informao gentica de maneira codificada de clula a clula e dos pais para a prognie. Toda a informao necessria para a formao de um novo organismo est contida na sequncia linear das quatro bases, e a replicao fiel desta informao assegurada pela estrutura de dupla cadeia do DNA onde o A pareia-se somente com o T e o G com o C. O DNA no est livre dentro da clula, mas forma complexos com protenas na estrutura denominada cromatina. No momento da diviso celular, a cromatina condensa-se na forma de cromossomos. 9

Figura 8. A clula e o cromossomo.

Os cromossomos so filamentos encontrados no interior do ncleo das clulas (Figura 8). Eles ocorrem normalmente em pares, tm diferentes tamanhos e formas e seu nmero constante em cada espcie de ser vivo. As clulas humanas tm 46, divididos em 23 pares, com exceo das reprodutivas, que tm apenas 23 cromossomos. Os membros de um par recebem o nome de cromossomos homlogos. O gene uma unidade hereditria que consiste numa sequncia particular de bases no DNA e que especifica a produo de uma certa protena (por exemplo, uma enzima). Existem trs tipo de genes. Aqueles que so apenas transcritos, os que so transcritos e traduzidos e os que no so transcritos e consequentemente no so traduzidos. Os genes esto presentes em pares denominados alelos, sendo que cada alelo est localizado em um dos cromossomos homlogos. Eles esto situados num locus especfico que ocupa a mesma posio em cada cromossomo. Quando um gene se expressa, sua informao primeiramente copiada no cido ribonuclico (RNA), que por sua vez dirige a sntese dos produtos elementares do gene, as protenas especficas. O termo transcrio empregado como sinnimo de sntese do RNA, e traduo como sinnimo de sntese protica.

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Trs Nucleotdeos codificam um Aminocido Os cdons, ou unidades hereditrias que contm o cdigo de informao para um aminocido, so compostos por trs nucleotdeos (um trio). Esta informao encontra-se no DNA, de onde transcrita para o RNA mensageiro; assim, o mRNA possui a sequncia de bases complementar do DNA do qual foi copiado. O DNA e o mRNA possuem somente quatro bases diferentes, enquanto que as protenas contm 20 diferentes aminocidos. Dessa maneira, o cdigo lido em grupos de trs bases, sendo trs o nmero mnimo necessrio para a codificao de 20 aminocidos. [As permutaes possveis das quatro bases so 43 = 64. Se o cdigo gentico fosse constitudo por duplas, o nmero de cdons seria insuficiente (42 = 16) e se fossem utilizados grupos de quatro bases as possibilidades ultrapassariam em muito o necessrio (44 = 256).] Veja na Figura 9 a ilustrao do cdigo gentico. O comprimento da poro codificadora de um gene depende da extenso da mensagem a ser traduzida, isto , o nmero de aminocidos da protena. Por exemplo, uma sequncia de 1.500 nucleotdeos pode conter 500 cdons que codificam para uma protena que contm 500 aminocidos. A mensagem lida a partir de um ponto inicial fixo sinalizado por cdons de iniciao especiais. A sequncia de trios determina a sequncia dos aminocidos de uma protena. Os aminocidos, no entanto, no so capazes de reconhecer por si ss um dado trio do mRNA; para que isso acontea, cada aminocido precisa ligar-se a uma molcula adaptadora denominada RNA de transferncia (tRNA). Cada molcula de tRNA possui um stio de ligao do aminocido e um outro local para o reconhecimento dos trios do mRNA. Este ltimo stio denominado de anti-cdon e consiste em trs nucleotdeos que podem estabelecer um pareamento de bases com o cdon complementar do mRNA. A traduo da mensagem numa protena ocorre nos ribossomos, que asseguram a interao ordenada de todos os componentes envolvidos na sntese protica.

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Figura 9. O cdigo gentico.

Por volta de 1964 todos os 64 cdons possveis haviam sido decifrados. 61 cdons correspondem a aminocidos e 3 representam sinais para a terminao das cadeias polipeptdicas. Sabendo que existem somente 20 aminocidos, fica evidente que vrios trios podem codificar para o mesmo aminocido; isto , alguns dos trios so sinnimos. A prolina, por exemplo, codificada por CCU, CCA, CCG e CCC. Note que na maioria dos casos os cdons que so sinnimos diferem somente na base que ocupa a terceira posio no trio e que as duas primeiras bases so mais inflexveis na codificao. Em consequncia, as mutaes que atingem a terceira base frequentemente passam desapercebidas (mutaes silenciosas) pois elas podem no alterar a composio de aminocidos da protena. O sinal de iniciao para a sntese protica o cdon AUG. O sinal de terminao fornecido pelos cdons UAG, UAA, UGA. Quando o ribossomo atinge o cdon de terminao, a cadeia polipeptdica completa liberada.

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Sequncias Intercaladas nos Genes Eucariticos Inesperadamente, observou-se que nos eucariontes a informao para mRNAs covalentemente contguos est frequentemente localizada em segmentos de DNA no contguos. Em outras palavras, os genes so interrompidos por inseres de DNA no codificador. Estas sequncias de DNA inseridas, que no so encontradas no mRNA maduro, so denominadas sequncias intercaladas ou ntrons. Foram encontrados ntrons em genes da globina, albumina de ovo, imunoglobina, tRNA e muitos outros genes. Nem todos os genes eucariticos so interrompidos; aqueles que codificam para as histonas e alguns tRNAs, por exemplo, so contnuos. As partes da sequncia de DNA que produzem protena so chamadas de xons. Mutao Outro conceito importante da biologia o de mutao, que uma mudana no contedo do DNA. Os tipos de mudanas podem ser de substituio de base, insero de base, remoo de base, e rearranjo ou troca na ordem de segmentos de base. Estas mudanas podem ser divididas em classes dependendo da escala com que elas ocorrem. Algumas mudanas so fenmenos localizados, enquanto outras ocorrem um milho de vezes seguidas. Genoma O genoma o contedo de todo DNA presente em uma clula, incluindo todos os genes e todas as regies intergnicas.

4. Referncias
[Bas00] [Rob85] [Lem00] A.Baslio. Comunicao pessoal, 2000. E.M.F. De Roberts, Jr. "Bases da Biologia Celular e Molecular". Editora Guanabara, 1985. M.Lemos. Gerenciamento de Memria para Comparao de Biossequncias Dissertao de , Mestrado, Departamento de Informtica, PUC-Rio, 2000. [WC53] J.D.Watson e F.H.C Crick. "Molecular Structure of Nucleic Acid: a Structure for Deoxyribose Nucleic Acid." Nature 171, 737, 1953.

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