El campo de la microbiología puede ser dividido en varias subdisciplinas:
Fisiología microbiana: estudio (a nivel bioquímico) del funcionamiento de las células
microbianas. Incluye el estudio del crecimiento, el metabolismo y la regulación de este. Estrechamente relacionada con la genética microbiana.
Genética microbiana: estudio de la organización y regulación de los genes microbianos
y cómo éstos regulan el funcionamiento de las células. Está muy relacionada con la biología molecular.
Microbiología médica: estudio de los microorganismos que causan enfermedades en el
ser humano, su transmisión, la patogénesis y su tratamiento. Muy relacionada con la medicina, la epidemiología, la farmacología y la salud pública.
Microbiología veterinaria: estudio de los microorganismos que causan enfermedades
en los animales, principalmente en los domésticos y en los de interés económico (reses, aves de corral, cerdos, ovejas, cabras, etc.).
Microbiología ambiental: estudio de la función y diversidad de los microbios en sus
entornos naturales. Incluye la ecología microbiana, la geomicrobiología, la diversidad microbiana y la biorremediación.
Microbiología evolutiva: estudio de la evolución de los microbios. Incluye la sistemática
y la taxonomía bacterianas.
Microbiología industrial: estudia la explotación de los microorganismos para su uso en
procesos industriales. Ejemplos son la fermentación industrial (obtención de bebidas alcohólicas), el tratamiento de aguas residuales, la producción de biológicos (vacunas, antídotos) y la producción de alimentos tales como yogur, queso, etc. Muy cercana a la industria de la biotecnología, dado que mediante técnicas de ingeniería genética se sobreestimula la producción de ciertos metabolitos microbianos de interés económico (aminoácidos, antibióticos, ácidos orgánicos, vitaminas, etc.).
Microbiología sanitaria: estudio de los microorganismos que contaminan los alimentos
y que los estropean o mediante los cuales pueden transmitir enfermedades a quienes los consumen.
Microbiología agrícola: estudio de los microorganismos (especialmente los hongos y las
bacterias) que se encuentran en los suelos destinados al cultivo de plantas de interés económico y de cómo éstos interaccionan en conjunto de manera benéfica.
Fitopatología: estudio de las enfermedades que ciertas especies de microorganismos
(virus, bacterias, hongos, protistas y nematodos) causan en las plantas, principalmente en las de interés económico.
Ecología microbiana: estudia el comportamiento que presentan poblaciones de
microorganismos cuando interactúan en el mismo ambiente, estableciendo relaciones biológicas entre sí.
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