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DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA
U.N.A.M.
Conjunto “E”, Paseo de la Investigación Científica, Circuito Institutos
Ciudad Universitaria 04510, México D.F.
Teléfonos (55) 5622-5335 Fax (55) 5622-5329
CURSO DE BIOQUÍMICA
Carreras de QFB y QA
1) NO POLARES O
GRUPO R O Tienen diferentes HIDROFÓBICOS.
CADENA tamaño, forma, 2) POLARES NO CARGADOS.
LATERAL O carga y por tanto 3) POLARES CON CARGA
SUSTITU- propiedades. POSITIVA.
YENTE 4) POLARES CON CARGA
NEGATIVA.
LOS AMINOÁCIDOS TIENEN UNA CONFIGURACIÓN ABSOLUTA D o L,
(QUE SE DENOMINA DE ACUERDO A LA DEL GLICERALDEHÍDO)
POR SER ISÓMEROS ÓPTICOS, PUES TIENEN UN CENTRO QUIRAL
(el Carbono alfa o Carbono asimétrico o Carbono anomérico )
LOS 20 AMINOÁCIDOS DE
LAS PROTEÍNAS TIENEN GLICINA ALANINA VALINA
GRUPOS R O CADENAS
FENILALANINA
LATERALES QUE SON TIROSINA
TRIPTOFANO
PROLINA ASPARAGINA
GLUTAMINA
AC. ASPÁRTICO AC. GLUTÁMICO
CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS SEGÚN SUS GRUPOS R O CADENAS LATERALES
2) Los a.a. como cristales tienen altos puntos de fusión ( 250 ºC)
UN PESO PROMEDIO
ES 110 DALTONES
Propiedades espectroscópicas de los aminoácidos.
Son cuatro los aminoácidos que absorben la luz ultravioleta
Triptofano Fenilalanina
Tirosina Histidina
Fenilalanina
Es un ácido porque tiene la tendencia a donar H+, por tanto sus valores de
pK’ son bajos
Es una base porque tiende a aceptar H+, por tanto sus valores de pK’
serán altos.
IONIZACIÓN DE LOS GRUPOS R DE LOS AMINOÁCIDOS
pKs de aminoácidos a 25 ºC
Aminoácido pK11 pK12 pK1R
+
αCOOH αNH 3 grupo R
H 13
H2NCHRCOO-
|
+ 12
NH3– C – COOH
| 11
pK2 =9.69
CH3
10
- - - - - - - - - - - - - - - - ---------
9
H3N+CHRCOO-
8
H2NCHRCOO-
7
H3N+CHRCOOH
pH 6 - - - - - - - pH1=6.02 H3N+CHRCOO-
5
4
3 pK1=2.34
+
2 H3NCHRCOOH
1 H3N+CHRCOO-
2.0
0.5 1.0 1.5
Equivalentes -OH
IONIZACIÓN DE LOS GRUPOS R DE LOS AMINOÁCIDOS
pKs de aminoácidos a 25 ºC
Aminoácido pK11 pK12 pK1R
+
αCOOH αNH 3 grupo R
4.1
Glutamato CH2 CH2 COOH CH2 CH2 COO- + H+
H
+
N 6.0 N
Histidina C C + H+
H2 NH H2 NH
8.4
Cisteína CH2 SH CH2S- + H+
10.5
Tirosina OH O- + H+
+ 10.5
Lisina CH2 CH2 CH2 CH2 NH3 CH2 CH2 CH2 CH2 NH3 + H+
+
NH2 NH
Arginina 12.5
CH2 CH2 CH2 NH C CH2 CH2 CH2 NH C + H+
NH NH
CURVAS DE TITULACIÓN
DE UN AMINOÁCIDO CON
DOS GRUPOS DISOCIABLES
EL NH3 Y EL COOH
Y DE UN AMINOÁCIDO
CON TRES GRUPOS
DISOCIABLES:
NH3, COOH Y EL
GRUPO R
CH2
CURVAS DE TITULACIÓN DE UN AMINOÁCIDO CON TRES GRUPOS
DISOCIABLES: NH3, COOH Y EL GRUPO R
EL CASO DE LA HISTIDINA
pKR= 6.0
pH
p I o pHi = pH isoeléctrico
pK1= 1.82
Equivalentes de OH-
ESPECIES PREDOMINANTES
CURVAS DE TITULACIÓN DE UN AMINOÁCIDO CON TRES
GRUPOS DISOCIABLES: NH3, COOH Y EL GRUPO R
EL CASO DE LA HISTIDINA
p I o pHi = pH isoeléctrico
CH2
ESPECIES PREDOMINANTES
EL CASO DE UN AMINOÁCIDO CON TRES GRUPOS IONIZABLES
pKs de la Histidina:
pK3
pK1 = 1.8 COO- 9
pHi
pK2
+ 6
pK2= 6.0 Imidazolio (R) = NH pH
pK1
+ 2
pK3 = 9.3 NH3
[OH]
pHi = pH isoeléctrico
IONIZACIÓN DEL ÁCIDO GLUTÁMICO IONIZACIÓN DE LA LISINA
CURVAS DE TITULACIÓN PARA AMINOÁCIDOS CON TRES
12 GRUPOS IONIZABLES
pK’2 12
pK’R pK’2
9 10.53
9
8.95
pH pH
6
pK1R 6
pK’1 pK’1
3 3
2.18
1 2 3
1 2 3
Eq. OH
Eq. OH
pI = pK2+ pKR
2
pI = 9.18 + 10.79 =10.0
2
AMINOÁCIDOS ESENCIALES Y NO ESENCIALES
Todos son INDISPENSABLES, pero los ESENCIALES no son sintetizados por el
metabolismo humano, por lo que necesitan ser ingeridos en productos que sí los
contienen y en los que son sintetizados por otros organismos
PROTEÍNAS
• ESTRUCTURAS PRIMARIA,
SECUNDARIA, TERCIARIA Y
CUATERNARIA
FUNCIONES BIOLÓGICAS
Hemoglobina Colágeno
Acuaporina
ESTRUCTURA
TRANSPORTE
Albúmina
Histonas
REGULACIÓN PROTEÍNAS
Y CATÁLISIS
Insulina
SEÑALIZACIÓN
Pepsina
MOVIMIENTO
Ciclooxigenasa
Inmuno-
gammaglobulina Factor de Alcohol
transcripción
Miosina deshidrogenasa
PROTEÍNAS.- FUNCIONES BIOLÓGICAS
b) Hormonas
c) Anticuerpos
Reconocimiento específico
d) Receptores en membranas de ligandos, sin transformarlo
Estructura
PRIMARIA
Estructura
SECUNDARIA
Estructura
TERCIARIA
Estructura
CUATERNARIA
PARA PODER ESTUDIAR A LAS PROTEÍNAS TENEMOS QUE IR ENTENDIENDO
SU ESTRUCTURA POCO A POCO:
NIVELES DE ESTRUCTURACIÓN DE LAS PROTEÍNAS
NIVELES DE
ESTRUCTURACIÓN DE ESTRUCTURA SECUNDARIA
LAS PROTEÍNAS
Todas las proteínas
presentan estructura
primaria,
secundaria y terciaria.
Algunas, también
cuaternaria
específica
carboxilo
ESTRUCTURA PRIMARIA
LOS AMINOÁCIDOS QUE FORMAN UNA PROTEÍNA ESTÁN
UNIDOS ENTRE SÍ POR ENLACES PEPTÍDICOS
Enlaces peptídicos
ESTRUCTURA PRIMARIA
Características del enlace peptídico
Características del
enlace peptídico 3) C O, 40% enlace sencillo
o
FORMA DE EXPRESAR LA SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS DE UNA
PROTEÍNA.
AQUÍ CADA AMINOÁCIDO SE REPRESENTA POR TRES LETRAS, PERO
EN OTROS CASOS, SE LE REPRESENTA POR UNA LETRA
La secuencia de aminoácidos o estructura primaria de la ribonucleasa
La secuencia de aminoácidos o estructura primaria de la ribonucleasa
ESTRUCTURA PRIMARIA
Cada proteína tiene una secuencia de aminoácidos
específica
ESTRUCTURA
PRIMARIA
Giro o vuelta
ESTRUCTURA SECUNDARIA
α hélice
1) Arreglo periódico.
2) Especialmente la cadena no está “estirada”. β plegada
3) Promovida y estabilizada por puentes de H.
Giros o vueltas
* Cadena helicoidal
α hélice
β plegada
Giro o vuelta
α-hélice Esquele
adquirien
* Cadena helicoidal
MODELO DE α- HÉLICE
Esqueleto covalente de la cadena polipeptídica
adquiriendo una “torsión” helicoidal
a-hélice
α – HÉLICE DEXTRÓGIRA O
DE ENROLLAMIENTO A LA
DERECHA
EN LA a-HÉLICE, LOS GRUPOS R SE ENCUENTRAN HACIA FUERA
DE LA HÉLICE, AQUÍ SE MUESTRA LA CADENA DESDE “ARRIBA”
EN LA a-HÉLICE, LOS GRUPOS R SE ENCUENTRAN HACIA FUERA
DE LA HÉLICE
0.7 nm
Puentes de Hidrógeno
en hojas β – plegadas
antiparalelas y paralelas
FIBROÍNA DE LA SEDA
HOJA β-PLEGADA
ANTIPARALELA
APARIENCIA DE UNA HOJA
β-PLEGADA
ANTIPARALELA
VUELTAS O GIROS Y ASAS
-Estructuras secundarias en forma de U.
-Prolina favorece las vueltas o giros así como glicina, por tener un pequeño R.
a) Interacciones hidrofóbicas.
b) Interacciones electrostáticas. ENLACES
NO-COVALENTES
c) Puentes de hidrógeno.
d) Puentes disulfuro.
4) Es una consecuencia de la estructura primaria y es por
tanto, específica.
5) Es estable, pero “respira”.
6) Los grupos polares tienden a estar en la superficie
7) Los grupos hidrofóbicos tienden a mantenerse
internamente
ESTRUCTURA TERCIARIA
DEL CITOCROMO c
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
ELECTROSTÁTICAS
IÓNICAS/SALINAS PUENTES DE HIDRÓGENO
HIDROFÓBICAS
ELECTROSTÁTICAS
IÓNICAS/SALINAS
PUENTES DE
HIDROFÓBICAS
HIDRÓGENO
PUENTES
DISULFURO
Puentes de Hidrógeno
Coordinación con iones metálicos
M2+
70
+ RMET RILE
NH3 103
RFEN
30 O 97
RLEN CH2
O- RVAL COO-
H COO-
85
O C H3N+
CH2 CH2
CH2 H2C CH
2
S H2C
CH2
S
CH2 Interacciones
45
electrostáticas
Interacciones hidrofóbicas Puente disulfuro
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
MIOGLOBINA
QUIMOTRIPSINA
CADENA β DE HEMOGLOBINA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
(e) CITOCROMO c
(f) INSULINA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
(A) MIOGLOBINA
(B) CONCANAVALINA
A
L
F
A
L
A
C
T
A
L
B
Ú
M
I
N
A
TRANSFERRINA
Pérdida de la estructura terciaria de una proteína.
Desnaturalización.
Conformación
Proteína en Actividad termodinámicamente
estado nativo biológica más estable.
Pérdida de la estructura
Proteína en secundaria, terciaria, y en
Sin
estado actividad las que la tienen, de la
desnaturalizado cuaternaria
AGENTES DESNATURALIZANTES:
pH extremos, temperaturas extremas, altas
Fuerzas iónicas, detergentes
Agentes reductores de puentes disulfuro
LOS AGENTES DESNATURALIZANTES MÁS USADOS EN EL
ANÁLISIS DE PROTEÍNAS SON:
•pH (rompe puentes de H y salinos)
•TEMPERATURA (perturba puentes de H y salinos)
•SOLVENTES (perturba interacciones hidrofóbicas)
•ALTAS FUERZAS IÓNICAS (perturba puentes salinos, y de H)
•DETERGENTES (perturba interacciones hidrofóbicas)
•AGENTES REDUCTORES DE GRUPOS S-S
(reducen puentes disulfuro)
ditiotreitol
b-mercaptoetanol
40 92
Estado Pérdida de la estructura
Sin actividad terciaria, y en ciertos
58
desnaturalizado
casos, de la cuaternaria
84
26
Puentes
110 95 disulfuro reducidos
92
-Urea - βMSH
58 65
110 26
95
Estado Re-naturalizado 40
Proteína en Proteína en estado
estado Proteína en estado
desnaturalizado renaturalizado
nativo
Proteína en Proteína
estado nativo desnaturalizada
ESQUEMA DE DESNATURALIZACIÓN-RENATURALIZACIÓN
ESQUEMA DE DESNATURALIZACIÓN-RENATURALIZACIÓN
ESTRUCTURA CUATERNARIA
DÍMERO
DÍMERO TRÍMERO
TRÍMERO TETRÁMERO PLANAR
TETRÁMERO
TETRÁMERO PENTÁMERO
PENTÁMERO HEXÁMERO PLANAR
HEXÁMERO HEPTÁMERO OCTÁMERO
(TRÍMERO DE
DÍMEROS)
4 SUBUNIDADES, ES UN TETRÁMERO FORMADO
E POR DOS HOMODÍMEROS DIFERENTES ENTRE SÍ
S
T
R
U
C
T
U
R
A
D
E
D
E
O
X
Y
H
b
NIVELES DE ESTRUCTURACIÓN DE LAS PROTEÍNAS
Todas las proteínas presentan estructura primaria,
secundaria y terciaria.
Algunas, también cuaternaria
MEMBRANA
MEMBRANA
Región
hidrofílica
Región
hidrofóbica
Región
hidrofílica
Plausible models for the tertiary structures of Prpsc and Prpc. (a) the proposed three – dimensional structure Prpc.
Helix 1 is shown in red while helix 2 is in green. We believe that helices 1 and 2 are Converted into a β – sheet
structure during the formation of Prpsc. The H2-H3 loop corresponding to the S2b – H3 loop in Prpsc is shown in yellow
four residues (ASN108, Met129 and Ala133) inplicated in the species barrier are shown in the bold d stick model.
(b) The propoced three - dimensional structure of Prpsc (Red.29). This structure was choosen from the six
Penultimated models.
MOTIVO
DOMINIO GIRO
ESTRUCTURA
SUPERSECUNDARIA
EJEMPLOS DE DOMINIOS
BARRIL-b