MECANISMOS DE CATÁLISIS

En general, podemos clasificar los mecanismos de catálisis como cuatro

tipos principales en los que en la misma enzima se pueden dar múltiples
mecanismos a la vez:

1) Por aproximación: mediante establecimiento de interacciones E‐S

(enzima-sustrato). Se trata de un mecanismo por contribución
entrópica de la catálisis ya que reduce la entropía para que la
reacción sea más favorable.
a. Catálisis por aproximación: acercar los reactantes.
b. Efecto de orientación: acercar los reactantes.
2) Covalente
3) Ácido‐base
4) Por distorsión

MECANISMO DE CATÁLISIS POR APROXIMACIÓN:

Es un tipo de catálisis en el que se acepta que sucede en todas las enzimas.

Este mecanismo trata de acelerar la reacción y en el que el catalizador (la
enzima) no debe “gastarse”, esto es, que tiene que recuperarse tras haber
realizado la reacción para repetir el proceso. La enzima aproxima
espacialmente los sustratos (reactantes) y por lo tanto, aumenta
significativamente probabilidad de encuentros efectivos entre reactantes
en comparación con lo que sucedería si el catalizador está ausente.

El número de choques o encuentros entre los sustratos es mayor cuantas

más moléculas haya y por ello, mayor será entonces el número de
encuentros efectivos. Este número de encuentros debe ser
sustancialmente superior independientemente de la concentración de los
reactantes o de la temperatura del medio (la temperatura aumenta la
cinética de las moléculas provocando que éstas choquen entre sí con
mayor frecuencia) ya que este aumento en el número de los encuentros
efectivos tiene que ser debido a la acción de la enzima y no por efectos
estocásticos.

¿Cuánto supone en términos de eficacia catalítica este incremento en la

velocidad? Para evaluarlo en este ejemplo propongo la comparación de la
constante de velocidad (Kv) de una reacción de un enlace éster entre un
fenol y un ácido metanoico. Se trata de una reacción bimolecular que da
lugar a un enlace éster con una Kv = 10‐8 M‐1 s‐1. En caso que el fenol y el
carboxilo estén en la misma molécula, el enlace (reacción) que se forma es
intramolecular con una Kv = 10‐4 s‐1. Finalmente, dividiendo las constantes
de la reacción unimolecular sobre la bimolecular, se observa un orden de
diferencia de 1*104 M. Son cuatro órdenes de magnitud más rápido en la
reacción unimolecular que en la bimolecular. Este tipo de reacción se
conoce como CONCENTRACIÓN INTRAMOLECULAR EFECTIVA y en el caso
de una enzima, la enzima trabaja como un conversor de una reacción
bimolecular a una del tipo unimolecular, acelerando varios órdenes de
magnitud la velocidad de reacción.

<Esquema de catálisis por aproximación>

En términos de componente entrópico, los grupos de las reacciones uni y

bimoleculares son igualmente reactivos; sin embargo, las dos moléculas de
la reacción bimolecular son más entrópicas (S muy alto, ΔG negativo,
reacción espontánea) al tener más posibilidades de distribución en el
espacio. La reacción unimolecular tiene componente de cambio de
entropía sumamente grande para favorecer la formación del producto (S
bajo, ΔG positivo). Recordemos que a temperatura y presión constantes, el
cambio en la energía libre de Gibbs (ΔG) se define como: ΔG = ΔH – TΔS,
donde H es la entalpía, T es la temperatura y S la entropía.

La adición de grupos metilo al sustrato inicial en una reacción

unimolecular da una Kv del orden de 1*10-1 s-1. Sin embargo, estos grupos
no afectan a la reactividad entre el carboxilo y el grupo –OH y podemos
ver que sucede un fenómeno en el que aparentemente tenemos
concentraciones de 7 M en comparación con la reacción bimolecular. Esto
se debe a que al añadir los grupos metilo, incorporamos impedimentos
estéricos que reducen la posibilidad de orientación de los grupos carboxilo
y –OH. En este caso, el catalizador favorece también una orientación
determinada y reduce aún más la entropía.

En consecuencia, la formación del complejo ES resulta desfavorable y aún

sin haber reacción, la enzima ha reducido la entropía de los reactantes.
Esto es que ΔS es negativo y ΔG positivo, la reacción no es espontánea. En
realidad, ΔG es negativo en presencia de la enzima a pesar que ΔS lo sea
también, lo que sucede aquí es que la componente ΔH es ahora mucho
más negativo, haciendo que de la ecuación resulte una ΔG negativa.

Las enzimas (o su centro activo) son un SUMIDERO DE ENTROPÍA. Cuando

el sustrato entra en el centro activo, pierde entropía a costa de las
interacciones y da lugar a lo que se llama efecto ancla. Una parte del
sustrato que entra en el centro activo, no entra para participar en la
reacción, sino para brindar más interacciones en forma de energía para
contribuir a que en el sitio donde se produce la reacción estén los
reactantes congelados en posición y orientación. Se reduce la entalpía
mediante interacciones favorables.

Dado que no se puede reducir la entropía en el universo, las moléculas del

disolvente circundante deben compensar en términos entrópicos la
reducción de entropía del sustrato y la enzima. Las moléculas de agua que
interaccionan con la enzima y el sustrato están inmovilizadas y tienen
menos entropía, entonces las moléculas que estaban donde hay
interacción entre la enzima y el sustrato pasan a interaccionar entre
ambos y se liberan las moléculas de agua que han ganado mucha más
entropía. A esto se le conoce como DESOLVATACIÓN y se puede decir que
la desolvatación es un motor entrópico de la catálisis.

CATÁLISIS COVALENTE

Es un tipo de catálisis en la que la enzima forma un enlace con alguno de

los sustratos. Este enlace debe ser transitorio y cuenta como mínimo con
dos etapas: la formación enlace covalente y su ruptura. La catálisis ocurre
porque la ruptura del enlace puede favorecer la reacción ya que cada una
de las dos etapas por separado requieren una energía de activación menor
cuando ha pasado por ese intermedio covalente. Un ejemplo clásico de
este tipo de catálisis es la hidrólisis de ésteres o amidas.

El agua es un reactivo muy débil y su reactividad depende de la cantidad

de carga negativa que tiene el oxígeno (recordemos que la molécula de
agua tiene propiedades de nucleofilia debido a que sobre el oxígeno hay
una carga de electrones). La enzima propone un grupo mucho más
reactivo que la molécula de agua aislada y ese grupo químico pertenece a
un aminoácido localizado en el centro activo. Ese aminoácido puede ser el
grupo amino de una lisina o una cisteína. La formación de este enlace
covalente no da el resultado final de la reacción, pues primero se tiene
que formar el estado de transición.

Este mecanismo de catálisis no está tan generalizado como el anterior,

pero se suele dar en proteasas, esterasas y lipasas, entre otros. Si una
enzima sigue este mecanismo, el aminoácido que realiza el ataque es uno
de los aminoácidos críticos para la catálisis y eso hará que este grupo sea
muy susceptible a una modificación química y por lo tanto, a ser inactivada
químicamente. Si esta unión es irreversible, la inactivación de la enzima lo
será también.

CATÁLISIS ÁCIDO‐BASE

Es un mecanismo mucho más generalizado el anteriormente visto, es

incluso casi tan frecuente como la catálisis por aproximación.

Este tipo de catálisis favorece la reacción cuando un grupo o grupos de la

enzima actúa como ácido o como base. Muchas de estas reacciones
ocurren porque favorecen la transferencia de un protón (H+), debido a
esto, los aminoácidos que juegan un papel principal en estas reacciones
tienen una dependencia crítica del pH del medio. En lugar de ofrecer un
grupo que actúe como un nucleófico activo, éstas enzima activan el H2O
haciéndolo más reactivo. Para que esto ocurra, un grupo actúa como base
(debe estar desprotonado) captando un protón del agua, entonces el
grupo –OH es mucho más reactivo que la molécula de agua, es entonces
que el oxígeno tiene una distribución de carga más negativa y propensa a
formar un enlace con el sustrato.

CATÁLISIS ÁCIDO‐BASE CONJUGADA

Si al mecanismo anteriormente descrito se le añade un grupo ácido del

otro lado de la enzima, la formación de estos enlaces estará mucho más
favorecida. La conjunta acción del grupo ácido y base estabilizará
selectivamente la formación del estado de transición.

CATÁLISIS POR DISTORSIÓN

Este tipo de catálisis puede darse también en conjunto con otros tipos y se
está empezando a aceptar como un mecanismo común a todos los tipos
de catálisis. Consiste en distorsionar el o los sustratos para que adquieran
la forma del estado de transición (ET). La enzima desestabiliza al sustrato
haciendo que adopte la forma del estado de transición y dicha
desestabilización favorece la catálisis.

Un ejemplo de este tipo de catálisis se da en la lisozima: La enzima

hidroliza el enlace glicosídico en una zona, entonces toda la cadena debe
entrar en la zona análoga al estado de transición de la enzima ya que la
energía requerida para la entrada de la cadena estabiliza la rotura del
enlace.


Cuando se determinó la energía necesaria para la unión de una molécula

de N‐acetilglucosamina, ésta era de unos ‐7 KJ/mol, al ser negativo, la
formación del complejo es favorable.

Cuando se trata de un disacárido, la energía libre es de ‐14 KJ/mol y con un

trisacárido es de ‐21 KJ/mol. Cada uno da ‐7 KJ más de energía. En cambio
con un tetrasacárido la energía era de +13 KJ/mol, esto quiere decir que la
introducción del cuarto anillo cuestan 13 + 21 KJ, esto quiere decir que hay
que aportar una energía de 34 JK/mol, haciendo desfavorable esta
reacción.

Si el grupo era ceto (R-CO-R’) en lugar de R-OH, la enzima funcionaba con

los cuatro sustituyentes y el tetrasacárido podía unirse ya que el centro
activo se ha estrechado formando un hueco complementario al estado de
transición. Se trata entonces de un efecto ancla por distorsión geométrica.

Las distorsiones pueden ser de distinta naturaleza, como pueden ser

electrostáticas, de desolvatación, o por alteración de los enlaces de
hidrógeno. En definitiva, cualquier componente energético que favorezca
la formación del estado de transición.
PROTEASAS

Evolutivamente hablando, se han solucionado de distintas formas la

hidrólisis de los enlaces peptídicos. Hidrólisis de enlaces amidas, digestión
(como liberación de aminoácidos de cualquier fuente) los aminoácidos son
los que entran en las células que darán lugar a las proteínas endógenas.
Esta digestión se produce fuera, para lo cual, el organismo debe secretar
las enzimas encargadas de la hidrólisis. Será la función de un primer grupo
de proteasas.

Se degradan las enzimas fuera de la célula para que no se importen

proteínas desconocidas que puedan alterar el status quo de la célula. Estas
proteasas digestivas que degradan las proteínas exógenas deben tener
baja especificidad para poder hidrolizar cualquier enlace peptídico, el
centro activo no debe poner muchas restricciones. Una especificidad muy
amplia, con un centro activo poco definido y con pocas interacciones, con
pocas interacciones, el factor entrópico será muy malo y se fijará poco al
centro activo. Factor solvatación, establecimiento de interacciones que
estabilicen el ET, etc. Si la Ecat es baja, el organismo debe sintetizar mucha
enzima y supone un gasto energético.

La funcionalidad definirá un tipo de mecanismo catalítico.
 Desde el

momento en que se sintetiza, puede degradar cualquier proteína
endógena y no interesa eso, además deben tener mecanismos de
seguridad para que no se activen antes de tiempo. Estos mecanismos son
varios, simultáneos y solapantes.
 Fundamentalmente dos mecanismos
de seguridad:

• 1) Síntesis de la proteasas en forma de precursor (zimógeno) para que

luego se convierta en enzima fuera de la célula. No es suficiente sólo
esto, además también las mismas células sintetizan: 


• 2) Otras moléculas que son inhibidores específicos, entonces esta célula

tiene inhibidores que se unen con mucha afinidad a esta enzima. En
la mayor parte de los casos es una proteína. Esta naturaleza del
complejo E/I es específica. 

Esto no quiere decir que no haya proteasas dentro de la célula. Regulación
del nivel de expresión génica, eso requiere que haya una degradación
continua.
 Se produce la digestión intracelular, que también afecta a
todas las proteínas. Las proteasas responsables de esa digestión deben de
tener una especificidad baja para poder degradar cualquier tipo de
proteína. Regulación, en general en eucariotas hay dos tipos de proteólisis
digestivas intracelular que aseguran baja especificidad y las señales que
indiquen qué se degrade:

. 1) Proteasoma: reúne la señal de reconocimiento y degrada. Si el

sistema tiene la ubiquitina, entra y se digiere. Las enzimas que
forman parte del proteasoma tienen sus centros activos. Al final, la
catálisis es lo que pasa en los centros activos y deben ser las enzimas
lo más inespecíficas posibles. 


. 2) Lisosomas: orgánulos subcelulares. 


PROTEASAS REGULADORAS

No convertir proteínas en aminoácidos, sino de disparar una respuesta.

Todas convierten el sustrato en una señal. Mecanismo de regulación por
proteólisis limitada. Son muy específicas, un único enlace peptídico en un
único sustrato. La ruptura de este único enlace es la señal.
 La regulación
son procesos de señalización muy particulares, el fenómeno
desencadenado es irreversible y es muy drástico, afecta a procesos que
provocan grandes cambios, relacionados con adaptaciones de la célula a
fenómenos con alta relevancia. Como la apoptosis en las caspasas, es una
activación geométrica, morfogénesis de un tejido, coagulación, activación
del complemento, etc. Esta actividad proteolítica es muy distinta en
regulación.

En todas las proteasas pasa lo mismo exactamente.
 Prácticamente todas

pueden clasificarlas en cuatro.
 Mecanismos distribuidos entre enzimas
que en muchos casos tienen relación filogenética y en otros no, muchas
proteasas se han inventado de manera independiente varias veces a lo
largo de la evolución. La formación de un centro activo que puede
hidrolizar enlaces peptídicos. Los cuatro mecanismos de catálisis que
explican cómo funcionan todas las enzimas proteolíticas son:

1) Serin‐proteasas: todas utilizan un mecanismo idéntico basado en

una Ser en el centro activo que usa un mecanismo de catálisis
covalente. Y la Ser forma un intermedio covalente en algún
momento de la reacción. Son serin‐enzimas porque todas tienen
la Ser en el centro activo y que en muchos casos no hidroliza
enlaces peptídicos, sino otro tipo de reacciones. Todas hacen lo
mismo, tienen un contexto muy parecido. Todas las enzimas con
Ser en el centro activo trabajan así. Una Ser es un residuo muy
malo, ‐OH es un grupo poco reactivo. Normalmente no participa
en un mecanismo de reacción. Lo importante no es la Ser, lo
importante es que la Ser está en un contexto estructural muy
particular. 
 Hay una triada catalítica: una Ser y otros dos
aminoácidos: Asp, His, Ser. En todas las serin‐ proteasas hay estos
tres en posiciones idénticas. Hacen que esa Ser es
particularmente reactiva. Esto ha aparecido dos veces, todas las
estructuras se parecen entre sí de forma que se pueden agrupar
en dos familias dentro de las serin‐proteasas y tienen un
estructura completamente diferente excepto por la triada. Han
aparecido en la evolución de forma independiente. 
 Tripsina,
quimotripsina y elastasa. 

2) Tiol‐proteasas: Cys en el centro activo, por lo demás tiene el
mismo contexto pero la Cys es más 
 reactiva que la Ser. Catálisis
covalente.
3) Aspartin‐proteasas (muy distinto mecanismo). El mecanismo
catalítico son los 2 Asp, no hay catálisis covalente. Pepsina

4) Metaloproteasas (también mecanismo totalmente covalente)
Zn2+. Un átomo metálico en el centro activo, por eso es un
oligoelemento esencial. Procarboxipeptidasas a y b.

La fam de la tripsina es la que más se conoce, es una proteasa digestiva

que libera todos los aminoácidos de cualquier proteína del alimento. En el
intestino, procarboxipeptidasa a, procarboxipeptidasa b, tripsinógeno,
proelastasa, quimotripsina.
 Proelastasa, tripsinógeno y quimotripsina
son Serin proteasas.
 Intestinal: enteroquinasa, el tripsinógeno es su
sustrato.

En el intestino se han hidrolizado el 30% de los enlaces, no se puede

hidrolizar completamente todos los enlaces por lo que dura la digestión.
Lo que se ha liberado en realidad será una mezcla de aminoácidos,
dipéptidos y tripéptidos que son absorbidos por la muchosa intestinal.
Están llenas de di y tripeptidasas, la hidrólisis se completa dentro de la
mucosa intestinal. En la absorción se completa el otros 70% de hidrólisis.

TRIPSINA

Dominada por las láminas β, dos hélices α. La lámina β es peculiar porque

hay dos dominios independientes. Relativamente independientes en el
plegamiento, cada uno forma un barril β. Lo barriles β están dispuestos
perpendicularmente. Entre los dos barriles está el centro activo, es muy
frecuente. Se forman en la interfase entre dos dominios e incluso entre
dos subunidades diferentes. Son en forma de comecocos. El plegamiento
de las

proteínas debe ser compacto y esa cavidad es complicado que se forme y

debe ser estable. Si una enzima tiene un centro activo amplio,
normalmente son dos dominios perfectamente compactos y estables.
Entre los dos forman una interfase donde puede haber la unión con el
sustrato.
 Esta es una endoproteasa ruptura de enlaces peptídicos en el
interior de la cadena. Las exoproteasas rompen cerca del N o C‐term. Las
estructuras de estas dos son completamente diferentes entre ellas. En las
endoproteasas es distinto, sólo por un lado debe unirse el sustrato.

La Ser catalítica está en el centro, entre la His y el Asp hay un puente de H

y entre la His y la Ser otro puente de H. 195,57,102 (S,H,D) La Ser está en la
parte de abajo y la H y D están arriba, los dos dominios deben estar en la
posición adecuada. La actividad catalítica no aparece hasta que los dos
dominios no estén bien alineados. Es muy frecuente en las enzimas, los
centros activos en la interfase entre subunidades, esta zona es flexible.

En gris oscuro, un barril β, en gris claro el otro.
 La lámina β casi nunca es

secuencial, es muy frecuente y se le llama topología en clave griega. Los
dos barriles son idénticos, sugieren un origen evolutivo de duplicación. Es
un vestigio de millones de años que codificaban para una de las mitades,
puede indicar que una proteína más primitiva fuera la mitad. Puede que
antes la proteína funcionara por dimerización tras el plegamiento y la
duplicación génica generara una estructura más favorable. Luego que a
base de acumular cambios, ahora ya no es tal cual una duplicación, sino
que sean cambios conservativos desde el punto de vista de la estructura.
Es una pseudosimetría. Lo importante es la estructura 3D y no la secuencia
de aminoácidos.
 Hay algunas enzimas que mantienen una estructura que
requieren la dimerización de organismos muy particulares. Existen
organismos actuales que presentan esta forma de dimerización, para en
virus. Son estructuras que se parecen aún a cómo sería la proteasa
ancestral porque eso implica duplicar esa parte del gen. Una de estas
proteasas es importante es la del virus del SIDA. Los retrovirus tienen
pocas enzimas, pero una de ellas es una proteasa, y la de
 los retrovirus
(no es una Ser‐proteasa) es
 una aspartín proteasa homóloga a
la
 pepsina.

Las proteínas más primitivas serías muy pequeñas y a base de duplicar los
dominios sencillos y hacerlos más complejos nos lleva hasta las proteínas
actuales por evolución. Suma de dominios distintos (o módulos) en los que
cada uno de los cuales aporta algo, uno que sea catalítico y los otros
dominios que la regulen o la hagan más específica. Para un mismo sustrato
pueden llevarse a cabo distintas subunidades.

Zimógeno de la familia de la quimotripsina.
 Quimotripsinógeno y

quimotripsina (activado por la tripsina)

La activación da lugar a la forma activa.
 En la tripsina, los péptidos 147‐

148 y 14‐15 no existen en la forma madura.
De estos cuatro enlaces que se cortan uno es responsable de la
activación.
 El aminoácido que une el 15 con el 16, basta que con este se
corte para que se active, pero los otros también se cortan. Sólo basta con
que este enlace se corte. Aunque esté cortado, lo mantiene unido
covalentemente por puentes S‐S.

Quimotripsinógeno, tripsinógeno y proelastasa son iguales. Por hidrólisis

en el aminoácido 15 con el 16. El aminoácido 16 es el Ile (hidrofóbico).

Las diferencias se encuentran en la zona de arriba del zimógeno.

Se
 cortan unos lazos periféricos.
 La Ile es un aminoácido hidrofóbico,
esa carga + aparece al corte y la
 aparición del N‐term. Ese extremo a pH
fisiológico se protona y da una
 carga + que a su lado hay una carga –
donde está un Asp 194. En el que
 en el zimógeno está desplazado.
Cuando se corta, el Asp se desplaza porque la carga negativa polar debe
estabilizarse, Cuando no está la Ile, se estabiliza en la región polar. Pero
cuando se corta, atrae la carga+ a la del Asp 194. Esto es lo que produce la
activación porque este Asp está junto al aminoácido 195 de la Ser
catalítica que la arrastra a la posición crítica con los otros dos residuos de
la actividad catalítica. Se termina de formar la triada por ese corte, el corte
es esencial para esto. Si se sitúa a un pH por encima del pKa se pierde la
carga positiva y el Asp vuelve a la posición

original y da la inactivación. A pH alcalino se da una reversión y es un

efecto conformacional.
 (gráfica 1)
 La Ile debe estar protonado para que
los grupos de la actividad catalítica estén en posición adecuada.

Inhibidores específicos
 El otro mecanismo de seguridad.
 Inhibidor de

tripsina pancreático (en rojo) es una proteína
 más pequeña. Está metida
en la hendidura del centro
 activo, lo importante es ver por qué está en el
centro
 activo sin que se produzca la hidrólisis del inhibidor. Es diferencia
entre lo que hace el inhibidor y el sustrato en el mismo sitio.
Esto sugiere que las serinproteasas aparecen dos veces en la
evolución.
 Esta tabla muestra los porcentajes de similitud entre los
aminoácidos. Se comparan por alineamiento, puede haber
desplazamientos y se hace con todas las posibilidades de alineamiento y
nos quedamos con la que dé el máximo de similitud.
 Con un 60% de
similitud puede dar lugar a estructuras parecidas, el plegamiento. Eso se
hace comparando estructuras 3D (que están en la parte inferior de la
diagonal). Se determinan coordenadas para los átomos y se representan
las dos estructuras en el mismo eje de coordenadas hasta encontrar en
qué posición relativa las cadenas peptídicas quedan lo más paralela
posible. El número entre paréntesis es la distancia en angstrons de
distancia promedio.
 Cuando se pasa de poca similitud en aminoácidos
pero sí en 3D, quiere decir que muchos de esos cambios se han permitido
mientras que las estructura 3D se ha permitido, pueden ser posiciones
externas que la cadena puede que sea distinta, son cambios conservativos.

Si se comparan las de eucariotas y procariotas dan todas similitudes por

encima del 60% en la estructura 3D, determinó que la secuencia podrá ser
diferente, pero son todas versiones de la misma proteína. Si se compara la
posición de los aminoácidos de los barriles β, la similitud sube por encima
del 95% estos dos barriles β son los que se encargan de la estructura del
centro activo. Los puntos de activación están en los lazos externos, es un
mecanismo para eucariotas. Es por eso que se ha tendido más a la
modificación de los lazos externos. Esto da lugar a la evolución de la
proteína hasta que se analizó la diferencia interespecífica entre serin‐
proteasas.

La subtilisina es otra serin‐proteasa en la que la similitud es 0 en secuencia

de aminoácidos. No se detectaba similitud alguna ni por
alineamiento.
 Cuando se determinó a la estructura 3D se llegó a ver que
no tiene nada que ver con la tripsina ni con la elastasa. Tiene mucha más
estructura α, hay una lámina β paralela (en la misma dirección (contrario a
los barriles). Cuando una lámina β está orientada en la misma dirección, la
cadena debe estar cruzando de un lado a otro la lámina y cuando eso pasa,
suele dar lugar a una hélice α. (gráfica 2). Aunque el soporte estructural no
tenga nada que ver, se ha dado la

casualidad de la triada que ha aparecido en posiciones equivalentes. Por

casualidad estas tienen la misma actividad de serin‐proteasa.
 La
subtilisina y la tripsina son un ejemplo de la evolución convergente.

Proinsulina a insulina, es una conversión proteolítica que es por

eliminación del péptido C que da las dos subunidades unidas por un
puente s‐s y su módulo catalítico es igual al de la subtilisina. La subtilisina
es la que más dinero genera y la industria biotecnológica tiene uno de los
productos de mayor rendimiento económico que da productos que todos
usamos de forma exhaustiva (detergentes). Se usa a Bacillus porque es una
enzima que lo lleva al medio extracelular. Es una enzima de amplio
espectro, hidroliza con alta especificidad en condiciones muy amplias de
temperatura, pH, etc. Se ha ido modificando genéticamente para hacerla
más estable, más temperatura, etc. En realidad, la proteasa que hidroliza
la proinsulina tiene ese dominio como una sola parte de la estructura,
todo lo demás es una estructura aporta propiedades adicionales a la
actividad catalítica. En el caso de la proteasa que da la insulina, es la parte
que reconoce el sustrato y la enzima se abre y el centro activo se hace
accesible y aporta dominios que contribuyen a la regulación para que
aparezcan cuando es necesario, las propiedades control se aportan por
dominios extras. La parte fundamental, el catalítico es conservado. Luego
está la complejidad del contexto de cada una de las proteasas.

BASES MOLECULARES DE LA ESPECIFICIDAD DE LA FAMILIA DE LA

SUBTILISINA.

En la digestión hay al menos tres serín‐proteasas distintas con distintas

especificidades. La actividad catalítica va por un lado y la especificidad por
otro. Se puede alterar un aspecto, sin modificar el otro.
 En enzimas que
usan macromoléculas como sustrato, la especificidad es algo
complicado.
 En qué cosas discrimina la enzima cuando cataliza una
determinada reacción, el sustrato cuando es una macromolécula, los
requerimientos pueden ser múltiples. Es la caracterización de una enzima
en particular y se hace de forma sistemática. Las endoproteasas
(subtilisina), entra dentro del sustrato y coloca una parte de la estructura
del sustrato a los dos lados de la enzima. Se recurre a una determinada
nomenclatura. (gráfica 1)

El sustrato tiene que estar una parte en el centro activo, puede ser un
péptido pequeño o muy grande, al aminoácido de sustrato que aporta el
grupo carbonilo se llama residuo P1 (la situación P1 del sustrato) y P1’ es la
posición que aporta el grupo amino. A partir de ahí se pueden nombrar las
otras posiciones: P2, P3, P4, P2’, P3’, etc. La especificidad viene
determinada por el reconocimiento de estas regiones por el complejo ES el
enlace peptídico quedará en la Ser catalítica, en el centro activo. Cuando
se forma el complejo, hay interacciones entre sustrato y enzima (factor
entrópico, catálisis por aproximación). Igual que hay un aminoácido P1 y
un P1’, se puede definir un sitio S1 y S1’ que son los sitios con los que
establecen interacciones con el sustrato a esos niveles.

Sitios P1‐S1, P1’‐S1’, etc. se llama s por “sitio para aminoácido P1” P1, P2,
P3 son aminoácidos concretos del sustrato, pero S1, S2 y S3 son sitios 3D
que será un hueco del centro activo que tendrá que ver con el aminoácido,
que pueden estar formados por aminoácidos que estén lejos en secuencia.
Son SITIOS TOPOLÓGICOS en el centro activo. La especificidad viene
determinada por la complementariedad con el sustrato y el centro activo,
con las interacciones adecuadas en tamaño y tipo de interacciones, esto se
fija y la Ser puede iniciar la reacción.

La definición de la especificidad viene determinada por requerimientos de

aminoácidos concretos en cada una de las posiciones que ocupa el
sustrato que serán requerimientos establecidos por las interacciones ES.

Dos niveles de especificidad (diferenciación operativa):

. 1) Especificidad primaria: todos aquellos requerimientos si no están, no

hay catálisis. O el sustrato es 
 de una determinada manera, cómo
se estricta sea la enzima, si esas condicionantes no se dan, no 
 hay
catálisis. TODO O NADA. 


. 2) Especificidad secundaria: siempre que se dan los requerimientos

 primarios, la reacción puede ser 
 mejor o peor en función de los
requerimientos de la especificidad secundaria. CUANTITATIVA, en
función de la Km o Kcat más altas. 


Cuando se analizan con detalle los aminoácidos que deben estar para
producir la reacción, se encuentran cosas interesantes:

• ¿Cómo puedo saber qué aminoácidos debe haber en posiciones P1 y

P1’? Se puede investigar analizando los extremos amino y carboxilo
terminales. 


• Para analizar los requerimientos en las otras posiciones ya no es tan

fácil. Es usando unos péptidos sintéticos con secuencias que pueda ir
variando de forma que sabiendo P1 y P1’ requeridos, se puede
obtener la posición de los aminoácidos en P2, P3 de forma
sistemática. 
 En todas estas serín‐proteasas hay cosas comunes a
ellas. 
 En todas sólo hay un requerimiento de especificidad
primaria, sólo una posición del sustrato que debe estar ocupada
por el aminoácido adecuado y esa posición es la P1. O en la
posición P1 está el aminoácido adecuado, o no se produce la
catálisis, no quiere decir que en todas las serín‐proteasas sea igual,
pero la posición P1 debe estar ocupada por el aminoácido adecuado.
Y nada más. Da igual lo que haya alrededor. Cuando se analiza si
produciéndose la catálisis difiere la eficacia, lo que difiere afecta
pero en términos de los aminoácidos que ocupan las posiciones P2,
P3 y P4, no afectan P2’, P3’ ni P4’. Eso quiere decir que lo más
importante es el sitio S1 cuando se forma el complejo ES y es lo
que da la especificidad primaria porque la reacción se produce en
ese carbonilo, la Ser catalítica es la que protagonizará la reacción
ataca al C carbonílico y debe estar en la posición adecuada y el
posicionamiento es de lo que se encargan estas interacciones por
eso la P1, interacciones que se adaptan al sitio S1 o no hay catálisis.
El carbonilo define este lado donde se produce la interacción y por
el otro también hay interacciones y por eso hay efectos
cuantitativos, pero del otro lado (P2’, P3’ y P4’) no. Si no se ve nada,
estos aminoácidos prácticamente no interaccionan, si
interaccionaran deberían de ser de alguna manera, lo mismo da un
aminoácido grande que pequeño, probablemente ahí y da igual. Y
no se establecen interacciones y probablemente de este lado, el
centro activo es amplio, no interacciona. Esto tiene consecuencias,
porque cuando se rompe el enlace, una vez separada, se irá del
centro activo y la otra parte se queda un tiempo. Pero si la parte
del amino se va, la reacción nunca podría revertir. Como
consecuencia de que hay una diferencia enorme en fijación,
interacciones por este lado o por el otro el que tiene el amino libre
gana en entropía y sale del centro activo y la catálisis no puede ir
atrás. Estas enzimas catalizan por eso reacciones prácticamente
irreversibles. 
 A nivel de P1. 
 INHIBIDORES 
 ¿Qué pasa con los
inhibidores? el más importante es el inhibidor de la tripsina. El
páncreas sintetiza un inhibidor de la tripsina que se une como
complejo y esa proteína se une y no se cataliza. Cuando se analiza el
complejo ES, el inhibidor en la posición P1 tiene una Lys y la
especificidad primaria de la tripsina es una Lys o una Arg, sólo
hidroliza enlaces donde haya Lys o Arg en el carbonílico. La
especificidad primaria, siempre que está se da la catálisis, entra
dentro de los requerimientos de la especificidad primaria. 
 Cuando
se analiza la secuencia de aminoácidos de los inhibidores o los
sustratos, todos los inhibidores de la tripsina tienen Lys o Arg, igual
que todos los sustratos (aminoácidos básicos), si no lo hay, no se
lleva a cabo la catálisis. Las diferencias en secuencia, es en la parte
secundaria, son cuantitativa. En los inhibidores en esas tres
posiciones aparecen secuencias distintas ricas en aminoácidos Gly,
Pro, Ala, Cys, Ser, Thr aminoácidos pequeños. La Gly hidrófobo, Pro
es el único cíclico. En los sustratos no se aprecia una tendencia
definida, eso parece indicar que si el inhibidor no da lugar a la
catálisis es porque en ese lado (secundaria) esa particular
composición permite adoptar una conformación especial. El
colágeno es la estructura más estable porque 1/3 son Gly y el otro
tercio es la Pro que da una rigidez, la Gly evita impedimentos
estéricos. La secuencia de los inhibidores en esta parte rica en los
 aminoácidos como los del colágeno, adopta una conformación igual
que a la del colágeno, si en el colágeno se estabiliza la estructura por
interacciones entre las hélices y en el inhibidor se establecen las
interacciones con la enzima. La cadena va tan paralela que se trenza
con la enzima. Esto explica por qué es de alta afinidad la unión,
debe tener la enzima más afinidad por el inhibidor que por eso
sustrato, esto se produce por una gran complementariedad de la
enzima con el inhibidor por los puentes de H.

El inhibidor se acopla perfectamente en las posiciones P2, P3, P4. Esos

puentes de H como las interacciones de la triple hélice del colágeno, el
ajuste es tan estrecho que no deja sitio ni para las moléculas de H2O, el
agua se desaloja totalmente, el agua es un reactante. Empieza la reacción
pero queda agotara porque el agua no puede intervenir y es necesario
para que se dé la reacción. El ajuste es perfecto, entre inhibidor y enzima.
Una desolvatación completa.

En el caso de un sustrato, el centro activo es el mismo, pero aunque la

posición P1 se une, la estructura se acopla menos y la desolvatación no es
completa. Cuando aparecen casos en los que hay mutaciones genéticas en
las que se altera la secuencia de aminoácidos del inhibidor, el inhibidor se
sigue sintetizando con menor afinidad y no funciona. Son mutaciones
letales, los pacientes autodigieren el páncreas.

ESPECIFICIDAD PRIMARIA

Lo define el sitio S1 y este sitio lo que entra en esta zona (gráfica 2) está la
cadena lateral de una Lys (o una Arg) una cadena alifática larga con una
carga positiva, se tiene que acoplar en un bolsillo que se conoce como
bolsillo hidrofóbico porque las paredes están formados por aminoácidos
hidrofóbicos y la cadena lateral de la Lys es en parte hidrofóbico, el
Asp189 a pH fisiológico tiene una carga negativa. La Lys o Arg se
complementan perfectamente (tamaño, forma, interacciones) con el
bolsillo hidrofóbico que constituye el sitio S1 en la tripsina. Formando
interacciones electrostáticas que posiciona a la entrada en el bolsillo al C
carbonílico con respecto a la Ser y hace que la tripsina tenga especificidad
primaria por la Lys o la Arg.
En la quimotripsina que es una enzima de la familia de tripsina, tiene una
especificidad primaria P1 por aminoácidos hidrofóbicos relativamente
grandes, aromáticos. Es prácticamente en estructura a la tripsina, con una
diferencia en que el aminoácido 189 es una Ser en lugar de un Asp. El
bolsillo es igual de hidrofóbico, pero el aminoácido que se puede acoplar
mejor es un aminoácido hidrofóbico estrictamente porque ya no hay una
carga negativa con el Asp, cuanto más grande, mejor porque rellena mejor
el bolsillo porque hay más interacciones.

La elastasa tiene otra especificidad primaria diferente. En P1 es por

aminoácidos pequeños: Ser, Ala, Gly todo idéntico a la tripsina, incluyendo
el bolsillo hidrofóbico, pero aquí hay dos aminoácidos que en tripsina y
quimotripsina es Gly (sin cadena lateral) y aquí en la elastasa uno es
Val216 y 190 (aminoácido hidrofóbico ramificado) y el otro Thr226
(aminoácido más pequeño con cadena lateral ramificada con un ‐ OH) son
aminoácidos hidrofóbicos que cierran el bolsillo. Y entonces entra con un
aminoácido pequeño porque es lo único que puede acoplarse del sustrato
(cabe al ser pequeño) para que el C carbonílico contacte con la Ser
catalítica.

La misma estructura responsable del mismo mecanismo catalítico cataliza

la misma reacción con diferencia muy sutil en especificidad que se deben a
cambios puntuales (mutaciones) que no afectan al resto de la catálisis, en
este caso al bolsillo hidrofóbico.
 Entonces se puede manipular la
especificidad de una enzima, sabiendo que hay que modelar las
interacciones del bolsillo hidrofóbico y sabiendo qué aminoácidos están
ahí, se pueden mutar para ver la complementariedad que interesa.

Se hizo un experimento de mutagénesis muy interesante a partir de

esto.
 El mutante de tripsina D189K (Asp sustituido por una Lys) (gráfica
3) la especificidad primaria sería esperada una invertida, ahora sería muy
afín por un Asp. Eso en teoría, pero se encontró una especificidad primaria
por aminoácidos hidrofóbicos no demasiado grandes y la razón no se pudo
conocer hasta determinar la estructura 3D. Cuando se analiza la
estructura, el mutante no tiene la Lys donde se esperaba, sino en otro lado
porque el bolsillo es hidrofóbico y la carga positiva no puede estar en un
entorno hidrofóbico donde no se puede estabilizar, en la tripsina la carga
negativa no está en la parte hidrofóbica, sino en el centro, pero la cadena
lateral de la Lys es más flexible y queda fuera y queda un bolsillo
hidrofóbico estricto con un fondo menos profundo.

En P1 siempre hay Lys o Arg.
 No se hidrolizan por el tipo de aminoácidos.

P2, P3 y P4 da una conformación muy peculiar en los inhibidores con las
enzimas.
 La hidrólisis no continúa porque se bloquea el paso del agua, se
bloquea la acción enzimática.

El acodamiento se permite gracias a las Pro, la enzima hidroliza los enlaces

peptídicos en la superficie del sustrato. Es donde están todos los
lazos.
 Hueco del bolsillo hidrofóbico de la quimotripsina (Ser189):

Se ha mutado 216 y 226 en tripsina y quimotripsina son Gly y en la elastasa

Val y Thr.
 G216A Será suficiente para que pase lo mismo por la falta de
un protón sin cambiar tanto la estereoisomería. Se han determinado los
parámetros para cada forma de la proteína con dos sustratos diferentes.
Uno con Arg y Lys. Sustratos adecuados en especificidad primaria, y en
términos relativos.
 La tripsina wt para Arg la Kcat, Km y kcat/Km son 1
(por relativización). Los mutantes tanto el doble como los individuales
producen un efecto malo para la catálisis. La catálisis va 100 o mil veces
peor por el simple cambio de un H por un metilo, ilustra hasta qué punto
está ajustada la forma con la cadena lateral de los aminoácidos que deben
entrar. Un protón por un metilo representa un impedimento estérico.

WT: Arg y Lys se pueden catalizar, pero no igual. Para Lys la kcat=0.9 y la
Km es 10, la eficacia catalítica es 0.1 (diez veces peor para Lys que para
Arg). En términos cuantitativos también hay diferencia. Cuanto más se
rellene, mejor.
 Se invierte la preferencia por un metilo en la posición 226
y en la posición 216. En el mutante G226A hay más preferencia por Lys
que por Arg. La Arg es un sustrato más grande. Cuando se sustituye, se
cierra el bolsillo hidrofóbico. La interacción electrostática es a través de
una molécula de agua con la Lys, como la molécula de agua se polariza,
hace de puente. Si aparece un metilo, ya no dejaría sitio para la molécula
de agua y es hidrofóbico y entonces esta molécula de gua no estaría ahí,
entonces la interacción con la Lys está desfavorecida sin esta molécula,
establece una interacción electrostática mucho más débil.

Dentro de la familia de la tripsina, hay enzimas con especificidades más

complejas. Una enzima con una especificidad muy estricta no puede estar
basada sólo en P1 porque no puede discriminar lo suficiente.

TROMBINA

Estructura análoga a la de la tripsina con los dos barriles β y catálisis serin‐

proteasa. La hidrólisis del fibrinógeno por la trombina es por una cascada.
Estos fenómenos de proteolisis son fenómenos en cascada. En el
fibrinógeno a nivel de P1 hay una Lys (frecuente en serin‐proteasas)
porque hay un aminoácido ácido. No es suficiente con eso sólo, en la
posición S6 debe haber en la secuencia del sustrato es un aminoácido
ácido porque en el centro activo hay un aminoácido básico. Hay otra
región fuera del centro activo 8exositio) debe reconocerse una secuencia
que si no se reconoce, no hay catálisis, el conjunto de estas interacciones
solamente las puede cumplir el sustrato (fibrinógeno) y lo que pasa en
este centro activo es idéntico a lo que pasa con la tripsina. Desde un punto
de vista en el contexto biológico, requiere una complejidad mayor de la
estructura que está fuera del centro activo.

MECANISMOS DE CATÁLISIS

Las serin‐proteasas no sólo hidrolizan enlaces peptídicos, sino que también

la tripsina puede hidrolizar enlaces tipo éster. El paranitrofenol hidrolizado
es cromogénico y se puede ver a medida que se da la hidrólisis. Quiere
decir que el mecanismo de catálisis debe explicar también esta ruptura y
no sólo los enlaces peptídicos. (gráfica 1)

Cuando se medía la liberación de paranitrofenol con el tiempo, la principio

se liberaba muchísimo y muy rápido y dependía de la concentración de
enzima. Se puede extrapolar a tiempo 0 la parte lenta de la cinética y a
partir de este valor de Abs se puede determina la concentración de pNp en
etapa rápida y esta concentración es equivalente a la concentración de E.
Es una CINÉTICA DE TIPO BURST.
Cada molécula de enzima cuando se pone a la tarea, empieza a catalizar la
primera molécula la cataliza muy rápido y las siguientes más lentas.

Se ha analizado la actividad frente a pH usando el mismo sustrato. Con la

enzima se pone el sustrato, y en un momento determinado se echa al tubo
de ensayo ácido para bajar el pH a 5 (debajo del pKa) para inactivar la
enzima y por tanto, se inactiva y la cantidad de pNp no aumenta más. En
este momento, se ve que la enzima está modificada químicamente, la
enzima tiene mayor masa molecular, esta mayor masa molecular es
exactamente CH3‐CO, unión covalente del grupo acilo. Ese grupo se une a
la Ser 295. Eso quiere decir que si se baja el pH de repente, se “pilla a la
enzima in fraganti” da un intermedio acil‐enzima. El acilo está
transitoriamente unido covalmentemente a la enzima, es lo típico de una
catálisis covalente, para formar la acil‐enzima ha liberado la otra parte que
es la que ha salido del centro activo. la ruptura del acil‐enzima es más
lenta que la ruptura inicial del acilo y del pNp. La liberación de la primera
molécula del pNp es más rápido, para liberar la segunda molécula tarda
más porque llega entonces la interacción con el agua.

La etapa limitante es la de desacilación.

Esto con un sustrato tipo amida. Para que haya sólo una fase en la amida,
la etapa de acilación aquí es la etapa limitante.

Cuando se le administran sustratos tipo éster, la etapa limitante es k3. Y

aparece una etapa bifásica. La existencia de estas dos etapas y dos
constantes k2 y k3 es que sea bifásica y cuando se para la reacción, se ve
que está modificada covalentenemente. La acil‐enzima es la que
lentamente termina la reacción, casi toda la enzima está en forma de acil‐
enzima. Debe darse que la segunda etapa es la más lenta. En el caso de las
amidas, la acil‐enzima no se acumula porque la primera etapa es la que es
más lenta y el intermedio inmediatamente anterior es el complejo de
Mikaelis y la enzima no está modificada en este momento. Esto es un
mecanismo típico de catálisis covalente.

Si se compara la reacción catalizada con Ser, no se ve diferencia. Es tan

lenta si hay Ser como si no la hay. Varios órdenes de magnitud que si no
hay proteasa. Los alcoholes son menos reactivos que el H2O, la Ser per se
no aporta nada en la reacción, si aporta, es en el contexto de la triada
catalítica. El complejo ES aporta unas contribuciones.

1) INTERACCIONES ENTRE P1‐S1 (bolsillo hidrofóbico) aunque la Ser sea

poco reactiva, ayuda a la reacción. El enlace que va a ser atacado por la Ser
tiene su aminoácido metido en el bolsillo hidrofóbico que es muy estrecho
y fijará su cadena lateral en ese aminoácido. Estas interacciones fijan la
posición de ese aminoácido para que en la entrada en el bolsillo esté al
lado justo de la Ser. ESTAS INTERACCIONES INTRODUCEN UN FACTOR
ENTRÓPICO. Porque fijan en distancia y orientación la posición de los dos
grupos que van a reaccionar: enlace peptídico con carbonilo y la Ser por el
otro lado, que aunque sea poco reactiva, es mayor cuando está en su
contexto enzimático.

. 2) INTERACCIONES (menos importantes) con las otras posiciones cerca

del bolsillo hidrofóbico en el lado carbonilo: P2‐P5, S2‐S5.
Cuantitativamente no da igual. Porque también aporta interacciones
al factor entrópico. Siempre por el lado carbonilo, por el amino no
hay interacciones. 


. 3) AGUJERO DEL OXIANIÓN: Contribución de la catálisis por distorsión.




. 4) TRIADA CATALÍTICA: 


Agujero del oxianión: Cuando se forma el complejo ES la fijación de la

posición en el bolsillo hidrofóbico hace que cuando se una al centro activo,
queda justo al lado de la Ser. Cuando empieza la reacción, la triada
catalítica empuja la reacción del –OH de la Ser. Este –OH se hace muy
reactivo, el O ataca al C carbonílico y se forma el estado de transición. La
Ser deja transitoriamente el H+ y se une covalentementemente y se forma
el ET (edo de transición). Este O en este estado, tiene una carga negativa
que eran los que antes formaban el doble enlace. Esto es el oxianión. EL
agujero es el sitio donde se alojará este oxianión en el centro activo.

Cuando se forma el complejo ES que sólo se forma de la manera adecuada

cuando entra en el sitio correspondiente, en posición al lado de la Ser
correspondiente y eso produce la formación de dos puentes de H entre el
O del oxianión y dos NH: con la Ser 195 y el aminoácido 192. Estos dos
puentes de H son importantes para la colocación en distancia y colocación
de la Ser y el C carbonílico del enlace peptídico. Estos dos puentes de H
que constituyen el agujero del oxianión son más importantes.

La estructura del sustrato y del ET son diferentes. El C es uno plano, el otro

es tetraédrico. Después del ataque, los puentes siguen formados, sino que
también son mucho más fuertes que en el estado anterior, son más cortos
y energéticos en el ET que en el sustrato, Porque el O ha cambiado de
posición y el sitio del agujero del oxianión está detrás y no en el plano
porque la forma del estado del centro activo es tetraédrica para optimizar
sobre todo con el ET que es tetraédrico y la geometría es mucho mejor y
las interacciones son óptimas. Los dos puentes de H de este agujero están
sustanciando la estabilización selectiva del ET. Son más fuertes y tienen
más energía del estado de estabilización que cuando tienen la estructura
original. Cómo una enzima explota las diferencias estructurales entre
sustrato y ET.

Esta estructura tetraédrica se forma cuando se forma el ET y es después de

iniciada la reacción. SI los puentes de H son más fuertes cuando el O está
detrás, incluso antes del ataque, los H están tirando del O hacia atrás y
están deformando el C. El C que antes de unirse es plano, y por tanto ese C
ya es un C que no es tan plano y está algo deformado. Y entonces se están
llevando ese exceso de caga negativa hacia atrás y al electrofilia está hacia
adelante en la deformación y es justo donde está la Ser que entra desde
delante. Cuando entra el sustrato y se forman los dos puentes de H que
sólo se pueden formar cuando se ha encajado bien en el bolsillo, estos
puentes ya están contribuyendo para ir deformando y favoreciendo la
reacción para hacer la actividad del O de la Ser vaya directo al C. Todo es
posible gracias a todas las interacciones que se produjeron antes. Desde
este punto de vista, es una catálisis por distorsión para que se parezca al
ET. La forma no plana con el C es inestable y en este caso es la fetén. EL
AGUJERO DEL OXIANIÓN APORTA UNA CONTRIBUCIÓN DE CATÁLISIS
POR DISTORSIÓN.
Covalente: por la Ser. Aproximación: bolsillo hidrofóbico.

Mutando la Ser, la enzima pierde la actividad, pero si se compara con la

velocidad de reacción no catalizada con E, sigue siendo mucho más rápida
porque se sigue favoreciendo por distorsión y aproximación y el H2O por sí
sola podrá ser reactante. La reacción en presencia de Serin proteasas sin
serinas también puede ser catalizada, a lo mejor 100 veces más que la
reacción sin enzima (no catalizada). La contribución por distorsión y
aproximación aportan unos dos órdenes de reacción.

TRIADA CATALÍTICA

Suma dos contribuciones distintas.

. 1) Existencia de la triada en el incremento de reactividad de la Ser. En la

triada es mucho más reactiva 
 que el H2O aunque sola, es mucho
menos que el H2O. 


. 2) Participa en la transferencia de protones. También hay mecanismo de

catálisis ácido‐base. Ahora se 
 tienen las cuatro contribuciones. 


Este protón es el del OH de la Ser. Mientras se forma el estado de

transición. Hasta que el protó se lo lleva el grupo saliente, pasa unas
fracciones de tiempo. SI el protón se va, la reacción se queda retenida
porque el grupo saliente debe cogerlo y para eso debe mantenerse cerca
para que se lo lleve X. Lo que lo retenga, será la enzima colocando un
grupo que actúe como base, un grupo susceptible a protonarse. Pero un
grupo que se protone y que tenga ese protón junto al X sustituyente. Asp e
His son los dos grupos que son capaces de captar los protones y cederlos
en función de su estado de protonación original.

Hay que ver el papel ácido‐base y el activador de la Ser.

El Asp102 de la tripsina está justo al lado de la cadena lateral de la His57 y

el otro N de la His está formando un puente de H con la cadena lateral de
la Ser 195. Las cadenas laterales de los tres aminoácidos están alineadas
de manera que se pueden formar estos dos puentes de H. Para eso, en la
estructura 3D deben estar cerca. Si falta cualquiera de estos aminoácidos o
de estos dos puentes de H, la enzima no funciona. Estos dos puentes de H
explican la actividad de la tripsina.

EL sustrato entra, la R se inmoviliza en una distancia que permita que el C

carbonílico esté al lado de la Ser. Cuando entra el sustrato, el centro activo
es hidrofóbico y cuando entra, la hendidura se desolvata y se hace más
hidrofóbico. Este Asp en pH fisiológico está en carga negativa, pero en
ambiente hidrofóbico, es más inestable, al entrar el sustrato, es más
inestable aún. Para estabilizarse, pierde la carga negativa protonándose
cogiendo el H de la His. La His ahora tira del protón de la Ser, donde antes
había un alcohol, ahora hay un radical alcóhóxido que es muchísimo más
reactivo. La triada catalítica es un Relé de carga, la carga negativa del Asp
se traspasa hasta el O de la Ser. El O se hace especialmente reactivo y el
ataque se produce.

5/Dic/2012
 Es imposible que se forme un radical alcóxido porque el

hidroxilo de un grupo alcohol es muy difícil ionizarse hasta ese punto. El
pKa es del orden del 15 para que el protón se pierda, es imposible.
 No es
necesario arrancar completamente el protón a Ser para que se produzca la
reacción. Entra el sustrato, se da la desolvatación, altera al Asp que se
protona y se inicia la captación del protón. Iniciar quiere decir que a través
del puente de H el Asp tira del H y el enlace es más largo y el puente de H
es más corto. En la misma medida que el Asp elonga el enlace, la His
elonga el enlace O‐H de la Ser y una elongación de este enlace sobre el O
aparece un déficit de carga, no aparece una carga negativa completa pero
sí un resto de carga negativa y ese resto en cualquier caso supone
incrementar la reactividad de ese O. Todo favorece al ataque nucleófilo y
además está deformado por el agujero del oxianión para que la electrofilia
se vaya a la Ser. La triada catalítica lo que hace es iniciar la activación de la
Ser. Una vez que se inicia, el O ataca al C carbonílico y se forma el ET. En
ese momento, se termina el O de la Ser para formar el enlace covalente
con el C y se suelta el protón y la His entonces puede cederle el protón al
Asp.
 El protón que ha soltado la Ser se lo queda la His manteniéndolo en
posición, para que ahora cuando el ET se rompa y se rompa el enlace éster
o el amida, el grupo saliente puede llevarse el protón de la His y ésta
recuperar el del Asp. Ahora tendremos al Asp con su carga negativa, el
primer producto de la reacción y la parte acilo del sustro queda
covalentemente unido a la Ser.
 La carga negativa, primero una pequeña
carga negativa y luego acaba en el oxianión y luego la carga negativa
regresa. En ese ir y venir de la carga negativa, viene la activación de la Ser,
la formación del ET y la ruptura.

Como esta parte en el sustrato original no tiene interacciones y ya no está

unido ni al sustrato ni la Ser, sale del centro activo y cuando sale, el lugar
es ocupado por el agua. El protón de la molécula de agua está ocupando el
lugar que antes estaba ocupando el protón del grupo saliente y es el lugar
que está ocupando el protón de la Ser. Quiere decir que cuando se vuelva
a producir la descarga del relé y el Asp tira del protón de la His, ahora la
His tira del protón del agua el O del agua es el que se vuelve más reactivo,
atacando al C. Antes activaba la Ser, ahora ha activado al agua,
produciendo un segundo ataque nucleófilo sobre la acil‐enzima y
produciendo un segundo ET. Y cuando ese ET revierta para romper el
enlace del acil‐ enzima, la Ser recupera el protón de la His y la His del Asp,
es la reacción de desacilación.

Todo el funcionamiento de la triada catalítica se basa en dos descargas del

relé (polarizaciones). Una primera que acaba activando la Ser para que
produzca el primer ataque nucleófilo y termine en la reacción de
activación (acil‐enzima) y uno segundo que activa al agua que ataca al C
carbonílico que da la segunda reacción (desacilación). Todo se basa en la
carga negativa del Asp y la posible transferencia de la carga gracias a ese
“cable” de puentes de H entre Asp, His y Ser, donde la Ser es el elemento
ejecutor.

Esto fue un modelo propuesto a partir de la determinación de la

estructura 3D, pero eso habrá que demostrarlo.

Todo se está basando en el movimiento de protones de un sitio a otro, en

casi todas las enzimas suele ser un movimiento de protones lo que lo
explica, pero demostrar eso supone ser capaz de posicionar esos protones
en cada etapa de la reacción.
 Lo que uno no encuentra, es posicionar los
H porque tienen una densidad tan pequeña que no se pueden ver. Pero
protones críticos es lo que demostraría que la reacción ocurre así.

Empezaron a salir evidencias en contra del modelo.

Curva de actividad frente a pH: pK2 del amino terminal y el pK1 de un

aminoácido. El pK1 de 6.5 es de un aminoácido que debe estar
desprotonado y en el modelo hay dos que tienen que estar desprotonados
para que la enzima tenga actividad (Asp e His). En las tablas de pKa de
ionización de los aminoácidos, el de una His está en torno a 6.5. Se
propuso que este pKa era el de una His. Había que demostrarlo. Una cosa
es el pKa de una His que el de una His de una triada en concreto.

Se encontró una serín‐proteasa que tenía en toda su estructura una única

His (la de la triada), todas las demás tienen varias His. Cuando se hace un
espectro de RMN se obtuvieron una señal de los protones y cada protón
tiene un comportamiento determinado: son espectros de muy alta
resolución para asignar a cada aminoácido qué protón le corresponde.
Esas señales se solapan.

Cuando la His se protona, (gráfica 3) esta His cuando se protona, tiene una
señal de terminada. Cuando se determinó el pKa era de 4.5 y esa proteína
tenía un perfil frente a actividad como el anterior mencionado. La His de la
triada catalítica tiene un pKa de 4.5 y el Asp lo tiene de 6.5 (tienen los pKa
invertidos) los residuos de la triada catalítica tienen sus estados muy
alterados. Esta inversión es porque el entorno de la triada es un centro
activo hidrofóbico. El entorno hidrofóbico del centro activo favorece a la
forma con menos cargas, el menos polar. Para arrancarle el protón al Asp
en el entorno hidrofóbico, hay que subir el pH mucho más.

Un Asp normal pierde el protón a pH 4.5, pero aquí hay que subir hasta
6.5. Con la His es lo contrario porque lo que tiene carga es la forma
protonada (al revés) en un entorno hidrofóbico va a la forma que no tiene
carga. Si quiero protonar la His, hay que bajar el pH mucho más, hasta 4.5,
por eso los pKa están invertidos. Uno está desplazado hacia arriba y el otro
hacia abajo.

Cuando se hace la curva y se interpreta de actividad frente a pH, como

mínimo hay un grupo que debe estar protonado y cuya desprotonación
conduce a inactivación ocurriendo a pH 8.5 y otro grupo que debe estar
desprotonado y cuya protonación cuando se baja el pH conduce a
inactivación a pH inferior a 6.5.
 Hay dos grupos que deben estar
desprotonados, uno con un pKa de 6.5 y el de 4.5 pero veo uno, porque
una vez que el grupo se protona, pierde actividad, no se ve otro cambio
porque ya está desactivada de por sí.

La actividad de la enzima sólo aparece a un pH superior de 6.5 y

considerando los pKas de los dos aminoácidos de la triada catalítica el
punto de partida es con dos grupos desprotonados y solo queda el Asp con
carga negativa, la His sin protón y la despolarización desde el Asp hacia la
His se puede transmitir a la Ser. HAY QUE SABER DÓNDE ESTÁN LOS
PROTONES

Hay técnicas que permiten determinar la posición de protones, por

difracción de neutrones.
 Se encontró que el protón de la His nunca pasa
al Asp durante toda la catálisis, el Asp nunca deja de estar
desprotonado.
 Hay que reconducir el modelo. (gráfica 4)

Si el Asp se desestabiliza, una forma de contrarrestarlo, es que el Asp

tienda a protonarse y perder la carga, tira del protón y haría que la His tire
del protón también. Sabemos que el Asp no tira del protón o no lo
suficiente, la inestabilización debida a la desolvatación puede
contrarrestarse protonando al Asp, la carga negativa se hace inestable en
un entorno hidrofóbico y se debe poner entonces una carga positiva que
compense esa carga. El Asp puede obtenerlo de la protonación de la His, si
la desestabilización supone un problema, la mera presencia de esa carga
negativa sobre la His, la His tira del protón y activa la Ser que cuando
produzca el ataque nucleófilo y la formación del enlace covalente, la His se
carga positivamente. Carga negativa en el Asp, positiva en la His y negativa
en el oxianión. El efecto es el mismo, el Asp induce la polarización de la His
que traslada a la Ser por el hecho de poner la carga negativa al lado. El Asp
no interviene en la reacción en términos de soltar y tomar protones. Tiene
un papel estructural en poner la carga negativa al lado de la His. En las dos
etapas: en la etapa de acilación la polarización sobre la His activa a la Ser y
en la segunda, activa el agua.

El Asp es un inductor de la onda de polarización. Si se protona el Asp, se

pierde la actividad.

¿Y el protón de la Ser en su unión o no a la His?
 ¿Para un sustrato tipo

amida, que sería el sustrato real de estas enzimas?
 Los ésteres tienen
una cinética distinta a la de las amidas.
 La amida tiene una estructura de
resonancia que hace que los enlaces no sean sencillos ni dobles, sino
“medio dobles” que hace que estos tres átomos con el doble enlace
deslocalizado estén en el mismo plano, formando una estructura
aromática. Porque hay un enlace y medio y otro y medio y se tienen dos
dobles enlaces entre tres átomos que están compartiendo dos pares de
electrones. Uno del del doble enlace C=O y otro que tienen todos los N en
un orbital (pi) que no utilizan para formar un enlace y que hace que tengan
un propiedad determinada y hace que se forme una nube compartida por
igual entre los tres átomos. Cuando se activa el O de la Ser, la reactividad
del O es la carga negativa dirigida para formar el enlace con el C. Cuando el
O manda su carga negativa contra el C.
 El O mete la carga negativa al C y
ese par de electrones se dispersan y ya no están deslocalizados, el que va
al O es el par de electrones que forma el oxianión cuando acabe la
reacción y el par que se van al N vuelven a estar en el orbital y hace que el
N en cuanto empezó la reacción, ahora pasa a ser un N amínico alcalino, es
alcalino porque se protona gracias a ese par de electrones. A partir de este
momento, el N pilla los electrones del protón de la Ser que está al
lado.
 El relé manda un poco de carga negativa al O que es suficiente para
iniciar la reacción y basta con que esta poca carga negativa se oriente
hacia el C para que ya los electrones del enlace peptídico se localicen
sobre el O y el N, y ahora ese N le quita el protón a la Ser. Pasando desde
la Ser hasta el producto, sin pasar por la His. El propio sustrato es el que le
quita el protón a la Ser. El producto per se tiene la avidez antes de que la
reacción se dé. Esto sólo pasa con las amidas en la primera etapa ya que
luego llega el agua y continúa, porque los ésteres tienen un –OH, es la
diferencia intrínseca en la primera etapa entre ésteres y amidas.

Caso particular de la hidrólisis de un enlace amida: El Asp con su carga

negativa que no pierde nunca (nunca se protona), todo lo que pasa ocurre
entre la His de la triada catalítica y la Ser, una vez que entra el sustrato
Inducción de la protonación de la His a costa de la Ser (el inicio de la
reacción), el Asp se desestabiliza por la desolvatación, pero cuando entra
en el sustrato supone mayor hidrofobicidad y la inducción de un inicio de
carga positiva sobre la His como consecuencia del acortamiento de ese
puente de H y el alargamiento del enlace da la aparición de una traza de
carga negativa del O que es mayor reactividad que el O sin someterse a
este ambiente. Basta con la aparición de esa pequeña carga negativa sin la
necesidad de que le O termine de soltar el protón, como esto se orienta
porque todo está colocado previamente hacia ese C, en el enlace peptídico
(tiene nube electrónica con dos pares de electrones deslocalizados) y
cuando el O orienta su carga negativa hacia el carbono, el enlace peptídico
que antes de entrar cuando aparece la carga negativa, está repeliendo los
dos pares de electrones que se van cada uno a su sitio, uno al O y va a ser
el par de electronces que formará el oxianión y el otro par de electrones se
va al N y hace que el N se convierta en un N alcalino (como todos los
grupos aminos), los grupos amino tienden a protonarse. Los N de las
amidas no, porque el par de electrones no está sobre el N. Esta
transformación que se produce exclusivamente por la aparición de carga
negativa es lo que termina desencadenando la reacción porque el N se
hace alcalino o tiene avidez por un protón y por tanto, el que capta el
protón es el propio sustrato.
 Directamente pasa lo siguiente: (gráfica 1)

El N le arranca el protón a la Ser de manera que simultáneamente, el O

forma un enlace con el C y esto da lugar al ET. El N del grupo saliente ya
tiene el protón. El protón pasa de la Ser al grupo saliente.
 Cuando se
rompe el ET, el grupo saliente se lleva el protón. Cuando se rompa el ET; si
se rompe entre el C y el N, se tiene el final de la reacción de acilación. El
Asp nunca gana ningún protón, siempre tiene carga negativa, la His no ha
hecho nada, mas que transmitir la polarización (iniciador).

Se tiene el grupo amino libre que no tiene interacción con el centro activo
(se va del centro) y la parte acilo que está unida covalentemente a la Ser. A
partir de ahora, la reacción es común a la anterior. En esta segunda parte,
la His sí se lleva el protón (en este caso el del H2O).
 His: papel activador
pero no de transferencia de protones, pero en la segunda etapa sí, el O del
H2O. Ahora cuando el Asp induzca la polarización de la His, la His tirará de
ese protón e inducirá la carga negativa sobre el O del agua, el mismo
efecto activador de la His ahora se proyecta para activar el H2O. Con lo
cual se produce el segundo ataque nucleófilo por parte del H2O sobre el C
carbonílico y se forma un segundo ET. Pero para que se forme el enlace
entre el O y el C, el agua debe soltar el protón y la His se quedará con ese
protón; el O del agua entonces forma a la vez el enlace covalente. Cuando
el ET evolucione a la ruptura de enlace acil‐enzima, la Ser va a recuperar el
protón a partir de la His y da el final de la reacción.

La His actúa como catalizador base cuando el sustrato es un éster y cuando

es amida, la His no hace de catalizador base en la primera etapa (no se
protona). Esto explica por qué la constante de velocidad es distinta entre
ésteres o amidas.
 La diferencia es si la primera etapa es más

o menos desfavorable en comparación con los ésteres o las amidas. Un

grupo del propio sustrato es el que participa en la reacción, en este grupo
al quitar con la alcalinidad que gana el N y quitándole el protón a la Ser,
este grupo está haciendo un papel de activación de la Ser y la hace que
esté avocada a formar el enlace covalente, tiene un papel catalítico. Se le
llama CATÁLISIS ASISTIDA POR SUSTRATO. Es muy frecuente, en el centro
activo de la enzima se aprovecha todo para mejorar la catálisis.

Un conjunto de fenómenos que suman una contribución que darán varias

órdenes de magnitud para la catálisis: catálisis por aproximación,
covalente, ácido‐base, distorsión y asistida por sustrato.

La alcalinidad que gana el N hace que la k2 sea inferior.

Esto explica el mecanismo de reacción
 para varias enzimas más. Lipasas,

acetil hidrolasa, acetilcolinesterasa, β‐lactamasa.
 β‐lactamasa sigue el
mismo principio. Un grupo inductor de polarización, uno que pueda hacer
catálisis ácido‐base que pueda transmitirlo y otro grupo que haga catálisis
covalente.

TIOL‐PROTEASAS

Muy parecidas a las serin‐proteasas. El ataque nucleófilo lo produce una

Cys (reactiva) y no necesita estar en una triada catalítica muy elaborada.
His‐Cys es un par tiol‐imidazol. Funciona igual, como la Cys es
suficientemente reactiva, no hace falta un activador por polarización
inducida por el Asp. La Cys participa como nucleófilo y la His que es el
catalizador de reacción ácido‐base. La Cys hace el papel de la Ser en las
serin‐proteasas, pero hay una reactividad intrínseca de la Cys. La papaína
es una enzima de este tipo.

ASPARTIN‐PROTEASAS

No hay intermedio acil‐enzima. Activa el agua directamente, hay dos

etapas sin intermedio acil‐enzima, un único ataque nucleófilo, un único ET,
pero es un mecanismo muy eficiente, más que la de las serin‐ proteasas.

La PEPSINA es una enzima de este tipo.
 Dos Asp son los responsables del
mecanismo catalítico.
 La pepsina es una endoproteasa, por eso el centro
activo es amplio. Es la primera que hidroliza los enlaces peptídicos, son
dos dominios yuxtapuestos que cada uno de ellos aporta un Asp. Esto sólo
funciona cuando los dos dominios están en la posición adecuada.

El pepsinógeno la estructura es idéntica, pero con una extensión

(segmento de 40 aminoácidos) que tiene que cortarse. Está metido justo
en el centro activo, hasta que no se quite, no se activa. Se separa por
hidrólisis por cambio conformacional de la proteína por pH ácido, la luz
gástrica por una concentración de HCl determinado hace que el péptido se
despliegue y se autohidroliza.

Doble mecanismo de seguridad, las células de la pared gástrica sintetizan

la pepstatina. Es un inhibidor de pepsina. Evitar que se active dentro de la
célula.
 Es un inhibidor peptídico, en este caso, con siete aminoácidos.
Hay un aminoácido que es la estatina que es un aminoácido no proteico
que da un C hidroxilado que simula el ET porque es tetraédrico, es un
análogo del ET porque es el inhibidor más potente que hay. Es una
estructura muy potente para inhibir cualquier tipo de proteasa. No sólo la
pepsina.

La proteasa del virus del SIDA es homóloga a la de la pepsina, en este caso

la estructura es un dímero, hay un eje de simetría perfecto. En la pepsina
es pseudosimetría. Supone mantener una actividad con la mitad del
tamaño el tenerlo en forma de dímero.
 La proteasa del HIV es de 90
aminoácidos. Da lugar a un dímero funcional, tan funcional como la
pepsina. Los aminoácidos de la pepsina deben ser accesorios.

La pepsina es muy inespecífica, puede hidrolizar cualquier proteína,

mientras que la de HIV es muy específica. Esta proteasa es una de las
pocas que aporta el virus por sí mismo: transcriptasa inversa, integrasa y
proteasa. Esta proteasa madura los precursores de las proteínas del virus,
procesa sólo las proteínas virales y en puntos muy concretos.

12/12/12
 En el HIV hay un eje de simetría perfecto.
 Las posiciones de

los dos Asp en el HIV y la pepsina son idénticas.
 Esta proteasa fue la
primera proteína sobre la que se empezó a investigar, por su simplicidad,
por tener tan pocos aminoácidos. Curioso que sea una enzima parecida,
pero que sea una de las tres que hay en el virus que se haya conservado,
¿Por qué no una la pepsina animal?

• El pH de activación es un pH ácido. Las aspartin‐proteasas suelen actuar

a pH ácido, pero esta del HIV actúa a pH neutro y casi básico. 


• La pepsina es una proteína muy inespecífica. La proteasa del HIV es muy

específica porque sus sustratos son solamente las proteínas virales y
dentro de ellos, enlaces peptídicos muy concretos para dar lugar a
las otras proteínas de los virus como las de la cápsida. 


• La proteína más específica es la más pequeña. 
 La proteína es tan

simple, que se ha logrado sintetizar químicamente que daba una
 proteína igual de activa y con las mismas características.
 Se
sintetizó una versión de esta proteína con D‐aminoácidos. Los 90
con D‐aminoácidos en lugar de los L. No funcionaba esta proteína, a
no ser que se le proporcione sustratos todos D, esto demuestra
hasta qué punto la especificidad es importante. 
 El centro activo
está ocupado por un inhibidor, el centro activo es mucho más
cerrado de la proteasa del HIV, y cuando se une el inhibidor, el
centro activo es todavía más cerrado ya que se produce un cambio
conformacional (AJUSTE INDUCIDO) experimentada por la enzima
que afecta al centro activo como consecuencia de la formación del
complejo ES. Una parte de estas interacciones se usan para disparar
este cambio de conformación. En casi todas las enzimas, este
cambio forma parte de la eficacia catalítica. Este cambio da lugar a
una estructura que desde el punto de vista catalítico es más
eficiente. 
 Si se cierra más, aumenta el factor entrópico, mejora la
desolvatación, inmovilización, muchas veces los residuos catalíticos
se terminan de colocar en su sitio. En muchos casos, sobre todo en
enzimas con 
 sustrato muy grande, tiene que estar muy abierto y
dificulta el posicionamiento de los aminoácidos. El centro activo es
abierto, pero cuando se une el sustrato, se ajusta y terminan de
colocarse los residuos que deben entrar.
 Entra con el tema de la
flexibilidad del centro activo ya que debe soportar cambios
conformacionales y si es más flexible, lo hace más endeble a
desnaturalización. Este cambio es responsable de que la enzima
actúe a pH neutro y la otra a pH ácido.

¿Por qué la pepsina necesita pH ácido y la proteína del HIV

neutro?
 Porque la pepsina a pH ácido, los aminoácidos deben tener el
estado de protonación adecuado. Y la otra tiene el estado de protonación
adecuado a pH neutro. Pero son iguales los residuos.
 Un Asp tenía el pH
neutro porque estaba en un entorno hidrofóbico. Los Asp de la proteasa
del HIV están en un entorno hidrofóbico porque la proteína está más
cerrada.
Si se analiza el perfil de actividad frente a pH.
 Al menos tiene un grupo
con pKa de 1.5 que debe estar desprotonado a ese pH y otro grupo al
menos que debe estar funcionando en un estado protonado a pH 3.5 y ese
grupo pasa de estar protonado a desprotonado a ese pH. Estos dos grupos
son los dos Asp de la pepsina. No hay más grupos.
 Con el HIV pasa lo
mismo, uno debe estar protonado y el otro desprotonado. Están en el
mismo entorno, uno está protonado y el otro desprotonado.

Ácido maleico

Cundo se pierde un protón, ese está formando un puentede H con el

carboxilo y hay una nube de carga negrativa entre ellos. Quitar el primer
protón es muy fácil, pero ya quitar el segundo protón es más difícil porque
las cargas están deslocalizadas.
 Es lo mismo que pasa con los Asp. Entre
estos tres estados está uno que comparte el protón por puente de H. El
protón en realidad está entre los dos, al 50%. Además de la interacción
entre los puentes de H entre los dos carboxilos, hay una molécula de agua
fija que no se intercambia, que está formando un puente de H con los dos
carboxilos.

En las serin‐proteasas el problema de que el agua sea poco reactivo, es

añadiendo un grupo (grabación).
 En las tiol.‐proteasas algo parecido, la
enzima ofrece una Cys que es más reactiva y no tiene que activarla y eso
soluciona el inicio de la reacción.

En las aspartin‐proteasas, directamente activan el agua desde el principio.

La molécula de H2O entre los dos Asp será la molécula de agua que
hidrolizará el enlace peptídico, la enzima ya la tiene preparada para que
entre el sustrato. El agua ya está en posición. Cuando entra el sustrato, se
produce la desolvatación. Se irán las demás moléculas de agua, la que está
entre los Asp, se mueve pero no se va. Hidroliza amidas y no ésteres.
Cuando entra el sustrato, el O del carbonilo del sustrato, ocupará el sitio
donde está el O del agua. El agua se desplaza a otro sitio.

Ahora se tiene el sustrato en posición y el agua al lado, el O del agua ataca

al C carbonílico y se forma el ET con el oxianión.
 ¿Cómo incrementar la
reactividad del agua? Poniendo al lado un residuo que actúe como base,
que tire del protón y ese grupo puede ser el carboxilo desprotonado. El N
gana avidez por un protón y ese protón se lo da el Asp protonado. El
estado de protonación ahora está invertido, pero el protón en realidad
está entre los dos, el protón del agua reemplaza el protón que han perdido
los dos Asp para el grupo saliente. Los dos Asp están desprotonados y
protonados para actuar como ácido o base. Tienen eficacias catalíticas
bastante mayores que las serin‐proteasas dependiendo del pH. En el HIV
es así mientras el centro activo sea lo suficientemente hidrofóbico y por
eso será con determinados sustratos. Todo es un movimiento de protones,
los residuos más importantes son los del centro activo con su capacidad de
ceder o captar protones para otros aminoácidos.

Quien quita el protón del agua, siempre hay uno de los aminoácidos que lo
quita, es el que queda al lado del agua, cualquiera de los dos puede hacer
de catalizador base. Según dónde esté el protón.

La pepstatina es un inhibidor muy potente de la proteasa del virus del SIDA

porque es muy similar. ¿La pepstatina sería un buen fármaco? no, porque
inhibiría a todas las proteasas.