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2. Aminoácidos
a. Na condição de polímero, gera uma proteína.
b. Realizam ligações de caráter de dupla ligação parcial.
i. Isso significa que a ligação entre os grupos amina e carboxila é rígida, planar e mais curta que uma ligação
simples comum.
c. Os α-aminoácidos são formados por um carbono alfa, um grupo amino, um grupo carboxila, um H e um radical R.
d. Com exceção da glicina, todos os aminoácidos são moléculas quirais. Apenas os isômeros levógiros são
encontrados nas células.
e. O pKr ou estado de ionização varia de acordo com o aminoácido.
f. Hidrofobicidade dos grupos R: tendência das cadeias laterais hidrofóbicas em se agruparem no interior de
proteínas enoveladas.
g. Os aminoácidos podem ser classificados de acordo com o seu grupo prostático:
i. R apolar: não tem capacidade de receber ou doar elétrons. São eles: valina, alanina, leucina, isoleucina,
prolina, fenilalalina, triptofano, metionina.
Prolina: o grupo amino desse aminoácido forma um anel, de modo que o grupamento se transforma em
um grupo imino. A prolina contribui para a formação das fibras colágenas.
Enovelam-se e ficam no centro da proteína, dada a hidrofobicidade dos grupos R.
ii. R polares desprovidos de carga: carga líquida 0 em pH neutro. São eles: serina, treonina, cisteína, asparagina,
glutamina, tirosina.
A cisteína e a tirosina podem perder um próton em pH alcalino.
iii. R ácidos: doadores de prótons. São eles: ácido aspártico, ácido glutâmico.
iv. R básicos: aceptores de prótons. São eles: lisina, histidina, arginina.
h. Os aminoácidos aromáticos - triptofano, fenilalanina, tirosina - podem absorver radiação ultravioleta.
i. Solução tampão: resiste a mudanças sutis de pH quando se
adicionam pequenas quantidades de ácido ou base. A capacidade
tamponante máxima acontece quando o pH=pKa, ou seja, quando
[A-] é igual a [HA], já que log1=0.
i. Em pHs ácidos, os grupos carboxila e amino estão
protonados. À medida em que o pH da solução é a aumentado, o
grupamento carboxila se dissocia e doa um próton para o meio,
formando o grupo carboxilato. É o ponto pK1.
Em pH fisiológico tem-se o ponto isoelétrico do
aminoácido, com o grupamento carboxila na forma de íon
carboxilato e o grupamento amino protonado. O ponto
isoelétrico (pI) é a média entre pK1 e pK2.
A carga elétrica dos aminoácidos pode ser
descoberta pela curva de titulação do aminoácido.
3. Proteínas
a. Estrutura das proteínas:
i. Primária: é a estrutura linear recém-sintetizada. Os aminoácidos são unidos covalentemente por ligações
peptídicas entre os grupamentos carboxila e amino.
Ligação peptídica: caráter de dupla ligação parcial. A ligação é rígida, planar e mais curta que uma ligação
simples comum.
ii. Secundária: arranjos regulares localizados próximos na sequência linear.
Helicoidal: estabilizada pela formação de pontes H entre os átomos de oxigênio das carbonilas e o de
hidrogênio das amidas.
o Os grupamentos R são projetados para fora, para que não haja interação entre si.
o A prolina quebra a hélice alfa, porque seu grupo imino não é compatível com o formato espiral.
o A glicina tem uma estrutrura muito flexível, o que desestabilizaria a hélice alfa.
o Aminoácidos carregados - glutamato, aspartato, histidina, lisina, arginina - quebram a hélice por
formar ligações iônicas ou se repelirem eletrostaticamente entre si.
o Aminoácidos com cadeias laterais volumosas - triptofano, valina e isoleucina - pode interferir na
formação da hélice se em grande quantidade.
Folhas Beta: pontes H entre todas os componentes da molécula. É composta por duas ou mais cadeias
quase totalmente estendidas, denominada pregueada porque suas pontes de H são perpendiculares ao esqueleto
peptídico na forma de zigue-zague.
o As folhas podem estar dispostas de forma antiparalela (extremidades C-terminal e N-terminal
alterando-se) ou paralela umas às outras.
o Os grupos R se projetam em direções opostas.
o Volta beta: Em folhas antiparalelas, as extremidades se dobram e conectam os segmentos de cada
folha. Os aminoácidos glicina e prolina são os mais presentes nesse caso.
iii. Terciária: atração ou repulsão das cadeias laterais de acordo com as propriedades físico-químicas. São
interações que estabilizam a estrutura terciária:
Pontes dissulfeto: ligação covalente entre grupos sulfridrila da cisteína, formando um resíduo de cistina.
Muito presentes em imunoglobinas.
Interações hidrofóbicas.
Interações iônicas.
Pontes de hidrogênio.
iv. Quaternária: arranjo de subunidades polipeptídicas na forma de proteínas multiméricas.
São agentes desnaturantes de proteínas: calor, solventes, agitação mecânica, ácidos ou bases
fortes, detergentes, íons e metais pesados.
Chaperonas: proteínas assistentes moleculares que atuam no dobramento adequado do polímero. Pode
atuar:
o Mantendo a proteína desdobrada até que sua síntese seja terminada.
o Catalisando o dobramento em seu estágio final.
o Impedindo que regiões expostas não formem dobramentos improdutivos.
4. Purificação de Proteínas
a. Princípios de purificação de proteínas:
i. Obtenção do extrato cru.
ii. Eliminação por separação manual.
iii. Precipitação.
iv. Diálise.
v. Localização e identificação.
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vi. Teste de atividade.
vii. Quantificação.
b. Técnicas:
i. Cromatografia de troca iônica: Permite dizer qual a carga da proteína a ser estudada. Esta técnica consiste na
passagem da proteína através de uma coluna desenhada para reter ou diminuir a velocidade da passagem das proteínas.
As moléculas com carga de mesmo sinal que a resina são eluídas primeiro, em uma coluna de troca. Na purificação, usa-
se uma solução de elevada concentração de sal que compete com a proteína na ligação à coluna. Como esta tem maior
afinidade para a carga dos sais do que para a das proteínas, estas acabam por ser libertadas, mantendo-se os sais ligados
à coluna. As proteínas com fracas interações iónicas serão libertadas com uma concentração baixa de sal. Para retirar o
sal, é feita uma diálise contra tampão. Se a troca for catiônica, a resina tem carga negativa e a proteína, positiva. Se a
troca for aniônica, a resina tem carga positiva e a proteína, negativa.
ii. Cromatografia de fixação em gel: A cromatografia de filtração em gel separa as proteínas com base no seu
tamanho. A coluna é constituída por uma matriz de pequenas esferas porosas empacotadas. Ao fazer passar a solução
de proteínas pela matriz da coluna, as moléculas pequenas entram nos poros das esferas demorando a atravessá-los,
enquanto que as grandes passam entre as esferas sendo separadas primeiro.
iii. Cromatografia de afinidade: A cromatografia de afinidade baseia-se nas funções biológicas da proteína que
se liga à coluna. O tipo mais comum envolve um ligante, que é imobilizado e ligado a uma matriz da coluna. A proteína
a analisar passa depois através da coluna e liga-se a ela pelo seu ligante, enquanto que outras proteínas serão libertadas.
A separação da proteína alvo é normalmente feita, passando através da coluna uma solução que contenha uma elevada
concentração de ligante livre. Isto é um método muito eficiente de purificação, uma vez que se baseia numa
especificidade biológica da proteína que se pretende analisar, tal como a afinidade de uma enzima a um substrato ou a
ligação entre antigénio e anticorpo.
iv. Eletroforese em gel: A eletroforese é uma técnica de separação de moléculas que consiste na migração de
moléculas com carga, numa solução, em função da aplicação de um campo eléctrico. O objetivo do SDS é desnaturar a
proteína, isto é, converter a proteína numa estrutura linear e conferir-lhe densidade de carga uniforme, de forma a
poderem ser separadas por eletroforese, somente, em função da massa molecular. As proteínas de maior massa são
eluídas primeiro.
v. Focalização isoelétrica: separa proteínas de acordo com seu ponto isoelétrico. Enquanto a proteína migra a
sua velocidade vai diminuindo até chegar ao ponto em que o valor de pH será igual ao seu pI. Neste ponto a proteína
terá carga total neutra e como consequência deixa de migrar.
vi. Eletroforese bidimensional: as proteínas são separadas pela focalização isoelétrica. O gel é colocado
horizontalmente e as proteínas são separadas por eletroforese de acordo com o ponto isoelétrico, diferentemente da
eletroforese em gel, que acontece na vertical e se dá por diferença de massa molar.
2. Carboidratos
a. Funções:
i. Fornecimento e armazenamento de energia
ii. Componentes estruturais de:
3. Glicólise
a. Transporte da glicose para dentro da célula:
i. Transporte por difusão facilitada: mediado por transportadores de glicose encontrados nas membranas
celulares, designados GLUT-1 a GLUT-14.
Os transportadores de glicose apresentam padrão de expressão com especificidade tecidual.
Alguns transportadores de glicose apresentam funções especializadas:
5. Fosforilação Oxidativa
a. A cadeia respiratória é constituída de três complexos proteicos:
i. NADH:Q oxidorredutase.
ii. Q:citocromo c oxidorredutase.
iii. Citocromo c oxidase.
Os elétrons de NADH são transferidos para o oxigênio na cadeia respiratória.
São transportados da NADH:Q oxidorredutase para a Q:citocromo c oxidorredutase pela forma da
coenzima Q ou ubiquinona.
o O NADH transfere seus dois elétrons de alto potencial para a flavina mononucleotídeo (FMN),
originando sua forma reduzida.
o Os elétrons são transferidos da FMNH2 para os aglomerados Fe-S, e depois seguem para a coenzima
Q.
A ubiquinona também transfere elétrons do FADH2, gerado na succinato desidrogenase no ciclo do ácido
cítrico, para a Q:citocromo c oxidorredutase através da succinato:Q oxidorredutase.
O citocromo c carreia elétrons da Q:citocromo c oxidorredutase para a citocromo c oxidase, componente
final da cadeia.
A citocromo c oxidase catalisa a redução do oxigênio em duas moléculas de água. Os outros quatro
prótons de hidrogênio são bombeados para o espaço extramitocondrial.
b. Hipótese quimiosmótica:
i. A concentração de prótons de hidrogênio tornar-se-ia baixa na matriz mitocondrial, já que a cadeia
respiratória levaria ao bombeamento de prótons da matriz para o outro lado da membrana mitocondrial interna,
gerando uma força próton-motriz que impulsiona a síntese de ATP pela ATP-sintase.
c. ATP-sintase:
i. Constituição:
F1: atividade catalítica de sintase.
o Constituída por cinco tipos de cadeia peptídicas (𝛼3 , 𝛽3 , 𝛾, 𝛿, 𝜀), sendo que apenas a subunidade β
participa da catálise.
o A alça P é constituída pelas unidades β e α.
F0: contém o canal de prótons do complexo.
ii. Atividade:
Hipótese de ligação-e-troca: as variações nas propriedades das três subunidades β permitem a sequência
de ligação de ADP e Pi, síntese e liberação do ATP.
d. Lançadeira do glicerol-3-fosfato:
i. Os elétrons do NADH são transferidos para a di-hidroxiacetona fosfato, formando glicerol-3-fosfato.
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Reação catalisada pela glicerol-3-fosfato desidrogenase no citosol.
O glicerol-3-fosfato é reoxidado a di-hidroxiacetona fosfato na superfície externa da membrana
mitocondrial interna pela isoenzima da glicerol-3-fosfato desidrogenase. Um par de elétrons do glicerol-3-fosfato é
transferido para o FAD.
A utilização de FAD possibilita aos elétrons do NADH citossólico serem transportados para dentro da
mitocôndria contra o gradiente de concentração.
O preço desse transporte é uma molécula de ATP para cada dois elétrons.
ii. A lançadeira de glicerol-3-fosfato é importante para sustentar taxas altas de fosforilação oxidativa no tecido
muscular.
e. Lançadeira de malato-aspartato: presente no tecido muscular cardíaco e nas células hepáticas.
i. Os elétrons são transferidos do NADH para o oxaloacetato no citossol formando malato.
ii. O malato atravessa a membrana mitocondrial interna e é reoxidado pelo NAD na matriz, formando O NADH
numa reação catalisada pela malato desidrogenase, formando oxaloacetato.
iii. O oxaloacetato sofre transaminação para formar aspartato e poder atravessar para o lado citosólico.
iv. No citoplasma o aspartato é desanimado e transformado em oxaloacetato.
f. A velocidade da fosforilação oxidativa é determinada pela necessidade de ATP.
i. A velocidade de consumo de oxigênio por mitocôndrias aumenta proporcionalmente quando se adiciona ADP
e depois volta ao normal quando o ADP adicionado for fosforilado.
g. O desacoplamento regulado provocado pela termoginina resulta na liberação de energia na forma de calor.
6. Gliconeogênese
a. Durante um jejum prolongado, os depósitos de glicogênio hepático são depletados, e a glicose é formada a partir
de precursores como o lactato, o piruvato, o glicerol e os α-cetoácidos.
i. O glicerol é liberado durante a hidrólise de triacilglieróis no tecido adiposo. É levado ao fígado pelo sangue e
fosforilado pela glicerol-cinase, resultando em glicerol-fosfato. A glicerol-fosfato-desidrogenase oxida o glicerol-fosfato
em diidroxiacetona-fosfato, um intermediário da glicose.
ii. O lactato é liberado no sangue pelo músculo esquelético em exercício e pelas células que não possuem
mitocôndrias, como os eritrócitos. No ciclo de Cori, a glicose é convertida em lactato, o qual difunde para o sangue. O
lactato é reconvertido em glicose no fígado.
iii. Os aminoácidos são obtidos pela hidrólise de proteínas teciduais, principais fontes de glicose em jejum. Os
α-cetoácidos são produzidos pelo metabolismo de aminoácidos glicogênicos. Eles podem entrar no ciclo do ácido cítrico
e produzir oxalacetato, precursor direto do fosfoenolpiruvato.
b. 90% da gliconeogênese imediata ocorre no fígado, e o restante acontece nos rins. Em um jejum prolongado,
porém, os rins podem fornecer 40% das moléculas de glicose recém-sintetizadas.
c. Reações glicolíticas irreversíveis e exclusivas da gliconeogênese:
i. Carboxilação do piruvato pela piruvato-carboxilase, produzindo oxalacetato.
A piruvato-carboxilase contém biotina, que se liga covalentemente à proteína enzimática e forma a
biocitina.
A piruvato-carboxilase é ativada alostericamente pela acetil-CoA. Altos níveis de acetil-CoA pode indicar
um dos estados metabólicos nos quais é necessária uma síntese aumentada de oxalacetato.
ii. O oxalacetato produzido na mitocôndria deve chegar no citosol, onde as outras outras enzimas da
gliconeogênese estão localizadas. Ele deve primeiro ser reduzido a malato pela malato-desidrogenase mitocondrial. No
citosol, o malato é reoxidado a oxalacetato pela malato-desidrogenase.
iii. O oxalacetato é descarboxilado e fosforilado em fosfoenolpiruvato pela PEP-carboxicinase.
A reação utiliza energia liberada na hidrólise da GTP.
A PEP sofre as reações da glicólise em sentido inverso até chegar à frutose-1,6-bisfosfato.
iv. A frutose-1,6-bisfosfato é hidrolisada pela frutose-1,6-bisfosfatase, formando frutose-6-fosfato.
A frutose-1,6-bisfosfato é inibida por níveis elevador de AMP e estimulada por altos níveis de ATP.
A frutose-1,6-bisfosfatase é inibida por frutose-2,6-bisfosfato.
v. A glicose-6-fosfato é hidrolisada pela glicose-6-fosfatase, formando a molécula de glicose.
O fígado e os rins são os únicos órgãos que liberam glicose livre a partir da glicose-6-fosfato.
2. Metabolismo do Glicogênio
a. Estrutura e função do glicogênio:
i. Sendo a gliconeogênese um processo lento para resposta imediata à redação dos níveis de glicose, fez-se
necessário um mecanismo de armazenamento de glicose de rápida mobilização, o glicogênio.
ii. Os principais estoques de glicogênio no corpo se encontram nos músculos esqueléticos e no fígado.
Nos músculos esqueléticos, o glicogênio é combustível para a síntese de ATP durante a contração
muscular. Não atua na manutenção glicêmica por não possuir glicose-6-fosfatase.
No fígado, o glicogênio serve para manter a glicemia ideal.
iii. O glicogênio é um homopolissacarídeo de cadeia ramificada formado exclusivamente por α-D-glicose.
iv. A união glicosídica primária é uma ligação α(1→4).
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v. Após uma média de 10 resíduos glicosil, há uma ramificação contendo um ligação α(1→6).
vi. Os estoques de glicogênio hepático aumentam durante o estado alimentado e são depletados durante o
jejum. O glicogênio muscular só é afetado em jejuns prolongados.
O glicogênio hepático nunca é degradado completamente. Em geral, apenas as ramificações são
encurtadas ou prolongadas.
b. A glicogênese:
i. Ocorre no citosol.
ii. Requer trifosfato de uridina (UTP) e energia fornecida pelo ATP.
iii. A α-D-glicose ligada à UDP é a fonte dos resíduos de glicosil adicionados à molécula de glicogênio.
A UDP-glicose é sintetizada a partir da UTP e da glicose-1-fosfato (glicose-6-fosfato convertida em glicose-
1-fosfato pela fosfoglicomutase) pela UDP-glicose-pirofosforilase.
A pirofosfatase hidrolisa os fosfatos em resíduos inorgânicos, garantindo que a síntese se dê em direção
à formação de UDP-glicose.
iv. A glicogênio-sintase é responsável pela formação das ligações α(1→4) por alongamento de cadeias já
existentes.
Nessa reação, um resíduo de glicose é transferido da UDP-glicose para a extremidade não-redutora da
cadeia em crescimento, formando uma nova ligação glicosídica entre a hidroxila do carbono anômero da UDP-glicose e
a hidroxila do carbono 4 no resíduo glicosil aceptor.
O UDP liberado após a formação da ligação glicosídica pode ser convertido em UTP pela nucleosídeo-
difosfato-cinase.
A glicogênio-sintase é alostericamente ativada por glicose-6-fosfato.
v. Na ausência de um fragmento de glicogênio, o grupo hidroxila da cadeia lateral de um resíduo de tirosina,
em uma proteína denominada glicogenina, pode servir como aceptor de resíduos livres de glicose.
A glicogenina continua associada à molécula completa de glicogênio e se encontra em seu centro.
vi. A estrutura ramificada do glicogênio é muito mais solúvel do que a cadeia não-ramificada da amilose vegetal.
As ramificações aumentam o número de extremidade não-redutoras às quais pode-se adicionar novos resíduos glicosil.
vii. As ramificações são formadas pela ação da “enzima de ramificação” amilo-α(1→4)→α(1→6)-
transglicosidase.
Essa enzima transfere uma cadeia de 5 a 8 resíduos de glicosil da extremidade não-redutora da cadeia
do glicogênio, clivando uma ligação (1→4) para outro resíduo da cadeia, unindo-o por meio de uma ligação (1→6).
c. A glicogenólise:
i. Quando o glicogênio é degradado, o produto primário é a glicose-1-fosfato, liberada após clivagem das
ligações (1→4). Glicose livre é liberada a partir de cada resíduo glicosil unido por ligações (1→6).
ii. A glicogênio-fosforilase cliva as ligações glicosídicas α(1→4) por fosforólise simples até antes do ponto de
ramificação. A estrutura resultante é denominada dextrina-limite, incapaz de ser fosforilada pela enzima.
A glicogênio-fosforilase conta com a piridoxal-fosfato como coenzima.
A glicogênio-fosforilase é alostericamente inibida por altos níveis de glicose-6-fosfato e ATP.
iii. As ramificações são removidas primeiramente pela oligo-α(1→4)→α(1→4)-glican-transferase, que remove
os três resíduos glicosil mais externos e os transfere para a extremidade não-redutora de outra cadeia, e em segundo
lugar pela amilo-α(1→6)-glicosidase, que libera a glicose livre.
iv. Após a atuação das enzimas de desramificação, a cadeia está novamente disponível para degradação pela
glicogênio-fosforilase.
v. A glicose-1-fosfato é convertida no citosol em glicose-6-fosfato pela fosfoglicomutase.
vi. No fígado, a glicose-6-fosfato é transportada até o RE pela glicose-5-fosfato-translocase e convertida em
glicose pela glicose-6-fosfatase. Os hepatócitos liberam as moléculas de glicose no sangue.
vii. Uma pequena quantidade de glicogênio é continuamente degradada pela enzima lisossômica α(1→4)-
glicosidase ou maltase ácida.
d. Regulação da glicogênese e glicogenólise:
i. A glicogênio-sintase é alostericamente ativada por glicose-6-fosfato quando esta estiver presente em
concentrações elevadas. Em contrapartida, a glicose-fosforilase é inibida alostericamente pelo composto, bem como
por um alto nível de ATP.