Diario del microbioma humano

Volúmenes 5–6 , diciembre de 2017 , páginas 1-6

acceso abierto

La microbiota del pie diabético: una revisión.

Los enlaces de autor abren el panel de superposiciónJ. Jneid aJ.P. Lavigne b cB. La
Scola aN. Cassir a
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https://doi.org/10.1016/j.humic.2017.09.002

Resumen.
La diabetes mellitus representa una amenaza importante para la salud pública en
todo el mundo. Una complicación grave de la diabetes es el desarrollo de úlceras
en los pies que, cuando se infectan, son la causa más común de ingresos
hospitalarios relacionados con la diabetes y una de las principales causas
de amputación de las extremidades inferiores . En esta revisión, actualizaremos la
información sobre la microbiota del pie diabético junto con los factores que influyen
en su composición. Destacamos el papel de las bacterias en la patogenia.de las
úlceras del pie diabético. Sobre la base de la evidencia de la investigación actual,
abordamos el tema de diferenciar la infección de la colonización. Finalmente,
enfatizamos la importancia del uso de cultivos complementarios y métodos de
base molecular para describir microbiotas complejas, con miras a superar sus
respectivos límites.

Introducción.
La diabetes mellitus representa una importante amenaza para la salud pública en
todo el mundo, con una prevalencia estimada en 2014 de 422 millones de
pacientes [1] . Una complicación grave de la diabetes es el desarrollo de úlceras
en los pies . Se cree que los pacientes diabéticos tienen un riesgo de por vida
de 12 a 25% de desarrollar una úlcera en el pie [2] . Las úlceras del pie
diabético (DFU), especialmente cuando se infectan, son la causa más frecuente
de ingresos hospitalarios relacionados con la diabetes [3] . La osteomielitis del pie
diabético se desarrolla en aproximadamente el 44-68% de los pacientes
ingresados en el hospital con una infección del pie diabético (DFI) y es la principal
causa de amputación entre dichos pacientes.[4] .
Los DFU a menudo se desarrollan debido a una combinación de factores
mecánicos extrínsecos como presiones plantares altas o traumas locales, además
de factores intrínsecos como la neuropatía periférica , la enfermedad
microvascular y la respuesta inmunitaria alterada del huésped [5] . En pacientes
con un DFU curado, los factores de riesgo independientes significativos para
la recurrencia de DFU durante un período de seguimiento de 3 años, a pesar de la
atención intensiva del pie, fueron: localización de la úlcera plantar , presencia de
osteomielitis, HbA1c  > 7.5% y proteína C reactiva ( PCR)> 5 mg / l [6].
Una DFI se define por la presencia de una respuesta inflamatoria y una lesión
tisular que puede ejecutar el espectro clínico desde celulitis simple y
superficial hasta osteomielitis crónica , como consecuencia de la interacción entre
el huésped y las bacterias multiplicadoras [7] . Los factores asociados
significativamente con la aparición de DFI rara vez se han estudiado. Un estudio
prospectivo y de enfoque múltiple identificó el contacto con los huesos en el
sondeo, la duración de la úlcera del pie durante más de 30 días, un historial de
úlceras recurrentes del pie, la etiología traumática de la úlcera y la enfermedad
vascular periférica como factores de riesgo independientes para las IFD a partir de
un análisis multivariado 8 . Otro estudio retrospectivo.de DFI informaron que los
factores de riesgo para las DFI eran la amputación previa, la enfermedad vascular
periférica y la neuropatía, pero no el estado socioeconómico ni el conocimiento del
paciente sobre el cuidado de los pies [9].
Estudios recientes que utilizan métodos moleculares han confirmado que las
heridas crónicas , incluidas las DFU, tienen una naturaleza polimicrobiana que
supera ampliamente las capacidades de identificación de los métodos de cultivo
tradicionales [10] , [11] , [12] , [13] . Sin embargo, los métodos moleculares no se
utilizan de forma rutinaria en entornos clínicos y también se ven obstaculizados
por varios sesgos [14] . Determinar el papel específico de las bacterias aisladas es
un desafío, pero es necesario para optimizar el manejo de los DFU, especialmente
cuando se consideran infectados.
En esta revisión, actualizaremos la información sobre la microbiota del pie
diabético junto con los factores que influyen en su composición. Destacamos el
papel de las bacterias en la patogenia de los DFU. Sobre la base de la evidencia
de la investigación actual, abordamos el tema de diferenciar la infección de la
colonización. Finalmente, enfatizamos la importancia de utilizar cultivos
complementarios y métodos basados en moléculas para describir microbiota
compleja, con el fin de superar sus límites respectivos.

Estrategia de búsqueda y criterios de selección.

Las referencias para esta revisión se identificaron mediante búsquedas

en PubMed de artículos publicados desde enero de 1980 hasta marzo de 2017,
mediante el uso de los términos "úlcera", "infección", "herida crónica", "microbiota",
"culturomics", "pirosecuenciación" , “Métodos moleculares”, “factores de
virulencia”, “colonización bacteriana” y “biofilm” en combinación con el término “pie
diabético”. Se revisaron todos los tipos de artículos resultantes de estas
búsquedas y referencias relevantes citadas en esos artículos. Sólo se incluyeron
artículos publicados en inglés o francés.

Papel de las bacterias: infección versus colonización

Patogenia y etiología de la infección.

Los DFU están expuestos principalmente a bacterias comensales de la piel que

pueden colonizar la herida como comunidades microbianas de múltiples capas
rodeadas por un biofilm extracelular protector autoproducido [15] . La biopelícula
hace que la curación de heridas y las infecciones sean muy difíciles de resolver,
ya que el acceso local para los agentes antimicrobianos y el sistema
inmunitario del huésped se ve obstaculizado [16] . La colonización se define como
la presencia de bacterias multiplicadoras sin reacción inmunológica manifiesta del
huésped [7] . Por el contrario, la infección se produce cuando los organismos
invasores superan las defensas del huésped. Se piensa que varios factores están
involucrados, incluyendo la carga bacteriana dentro de la herida [17] . Se ha
sugerido que la concentración bacteriana superior a 10 5 unidades formadoras de
colonias (UFC) por gramo de tejido [18] indica la presencia de un grado "crítico" de
colonización en el que las defensas del huésped ya no pueden contenerlo [7 ] .
Sin embargo, muchas personas con diabetes mellitus tienen una respuesta
inflamatoria alterada y es posible que no muestren los signos clásicos de infección
en una herida con una carga bacteriana alta [19] .
Otro factor importante que se correlaciona con la probabilidad de infección es
la virulencia del microorganismo colonizador , como lo demuestra la secreción de
toxinas.Estreptococos β-hemolíticos que fueron capaces de inducir daño tisular a
102UFC por gramo de tejido[18]. Trabajos recientes han informado que las cepas
toxigénicas de Staphylococcus aureus (que albergan genes que codifican
exfoliatina, EDIN, PVL o TSST) rara vez se aíslan de las UDU, pero a menudo
están presentes en infecciones con un grado más grave y un impacto sistémico,
mientras que las cepas no toxigénicas Parece que permanecen localizados en
estructuras profundas y huesos con osteomielitis del pie diabético [20].
Además, la flora polimicrobiana aislada de un DFU no revela qué microorganismos
son patógenos. Determinar el papel de bacterias específicas es aún más difícil
porque las interacciones polimicrobianas pueden modular el potencial patógeno de
uno u otro [21] , [22] De hecho, los comensales que
incluyen Staphylococcus , Corynebacterium y Propionibacterium coagulasa
negativos , que se consideran bacterias que proporcionan beneficios al organismo
huésped, como la regulación de la respuesta inmune adaptativa del huésped o la
inhibición del crecimiento de organismos patógenos , también pueden producir o
participar en infecciones crónicas bajo ciertas condiciones. condiciones [23].
Notablemente, Dowd et al. mostró que las especies ordinarias no patógenas son
capaces de colaborar e interactuar junto con la sincronización para crear un
"patogrupo funcionalmente equivalente" (FEP) responsable de la cronicidad de la
infección y el mantenimiento de la biopelícula patógena [12] . De acuerdo con esta
descripción, algunas especies bacterianas consideradas no patógenas, cuando
están solas o no son capaces de mantener una infección crónica por sí mismas,
pueden coagregarse simbióticamente en una biopelícula patógena y actuar
sinérgicamente para causar una infección crónica. Además, trabajos recientes han
demostrado que, genotípicamente y fenotípicamente, S. aureus expuesto
a Corynebacterium striatum o Helcococcus kunzii se desplaza hacia
comensalismo con la atenuación de las características de
virulencia [22] , [24] . Los anaerobios están presentes en la mayoría de los FEP y
la distribución de los diversos patógenos en esas biopelículas multiespecíficas no
es aleatoria: las bacterias aeróbicas se localizan en la superficie superior donde el
contenido de oxígeno es relativamente alto, mientras que los anaerobios se
localizan más profundamente en los nichos creados por el oxígeno
del aeróbico consumo [25] . El concepto de biopelícula y FEP puede explicar la
curación tardía de las heridas crónicas, por qué los cultivos de DFU con infección
crónica a menudo son polimicrobianos y por qué los anaerobios se aíslan con
frecuencia en métodos óptimos de muestreo, transporte y cultivo. Una secuencia
compleja de eventos tiene lugar durante la formación de estas biopelículas, que
incluye el asentamiento bacteriano aleatorio de colonizadores tempranos, el
aumento de la competencia entre las especies presentes y la diferenciación de
nichos que da como resultado biopelículas muy heterogéneas [25] . Esto también
puede explicar la resistencia de algunos DFI a un solo agente antibiótico. En la
práctica, el papel de las biopelículas en las IFD puede fomentar
el desbridamiento agudo para eliminar las bacterias de la biopelícula y obtener
muestras en profundidad para el cultivo bacteriológico.

La cuestión de confirmar una infección.

Como los microorganismos colonizan todas las heridas crónicas, la presencia de

bacterias colonizadoras en los DFU debe diferenciarse de la infección clínica. Es
importante considerar primero los hallazgos clínicos para diagnosticar la DFI. El
Grupo de Trabajo Internacional sobre el Pie Diabético (IWGDF) y la Sociedad de
Enfermedades Infecciosas de América (IDSA) han desarrollado criterios clínicos
para reconocer y clasificar la gravedad de las IFD ( Tabla 1 ) [26] , [27].
Sin embargo, los signos clínicos o los síntomas de la infección de la herida del pie
pueden reducirse mucho en los pacientes diabéticos. Esto significa que la
confianza en estos signos para el diagnóstico puede hacer que algunas
infecciones no se detecten cuando se presentan por primera vez. La demora
resultante en el inicio del tratamiento puede llevar a que la infección progrese de
limitada a grave y que amenace las extremidades. Esta progresión suele ser
rápida debido a la isquemia asociada, a la diabetes inmunidad deteriorada y a las
características anatómicas particulares del pie.

Tabla 1 . Consenso internacional sobre la clasificación del pie diabético de las infecciones de la
herida del pie

Clasificación Clasificación clínica de la infección.

IWGDF / IDSA
1 (no infectado) No hay síntomas sistémicos o locales o signos de infección
2 (Infección leve) - Al menos 2 de los siguientes artículos están presentes:
•
Hinchazón o induración local.
•
Eritema> 0.5 cm * alrededor de la herida
•
Ternura o dolor local.
•
Calidez local
•
Descarga purulenta
- Se deben excluir otras causas de una respuesta inflamatoria de la piel (p. Ej.,
Traumatismo, gota, neuroosteoartropatía de Charcot aguda, fractura, trombosis, estasis
venosa)
- Infección que afecta solo la piel o el tejido subcutáneo (sin afectación de tejidos más
profundos y sin manifestaciones sistémicas, como se describe a continuación).
- Cualquier eritema presente se extiende <2 cm * alrededor de la herida
- No hay signos o síntomas sistémicos de infección (ver más abajo)
3 (infección - Infección que involucra estructuras más profundas que la piel y tejidos subcutáneos (por
moderada) ejemplo, hueso, articulación, tendón, músculo) o eritema que se extiende a> 2 cm *desde
el margen de la herida
- No hay signos o síntomas sistémicos de infección (ver más abajo)
4 (infección severa) Cualquier infección en el pie con el síndrome de respuesta inflamatoria sistémica (SIRS),
como se manifiesta por ≥ 2 de los siguientes:
•
temperatura> 39 ° C o <36 ° C
•
pulso> 90 lpm
•
frecuencia respiratoria> 30 / min
Clasificación Clasificación clínica de la infección.
IWGDF / IDSA
•
PaCO2 <32 mmHg
•
Leucocitos> 12,000 o <4000 / mm 3
•
10% de leucocitos inmaduros.
*
En cualquier dirección, desde el borde de la herida. La presencia de isquemia del pie
clínicamente significativa hace que el diagnóstico y el tratamiento de la infección sean
mucho más difíciles.

En la práctica clínica, los resultados de un cultivo de herida son útiles solo si las
muestras se recolectan adecuadamente [28] . Se recomienda enviar muestras
para cultivo a partir de tejido profundo obtenido mediante biopsia
por punción, aspirado con aguja o cureta dérmica después de que la herida haya
sido limpiada, desbridada y raspado el tejido [26] . Deben evitarse los cultivos
de hisopos de úlcera debido a la sensibilidad y especificidad
reducidas [29] , [30] , [31] .
Cuando se sospecha osteomielitis, una muestra de hueso es la mejor técnica de
diagnóstico disponible tanto para diagnosticar la osteomielitis del pie diabético
como para proporcionar datos fiables sobre los microorganismos responsables y
sus perfiles de susceptibilidad a los antibióticos [29] . Si no se realiza una
intervención quirúrgica, se pueden obtener cultivos óseos mediante biopsia
percutánea al pasar por la piel intacta y sin infección [32] . La aspiración con aguja
podría ser otra solución, pero cuando los cultivos de heridas profundas se
compararon con las biopsias óseas transcutáneas , los resultados del cultivo no
fueron confiables, con menos del 50% de acuerdo [33] . En otro estudio, los
cultivos de heridas profundas se correlacionaron bien con las biopsias óseas, lo
que proporciona un método sensible para evaluar y detectar posibles patógenos
que causan osteomielitis [34].
Sin embargo, la infección o colonización concurrente de tejidos blandos puede
resultar en la contaminación bacteriana de muestras de tejidos
profundos [26] . Esto es particularmente confuso cuando las bacterias que
pertenecen a la flora comensal, tales como Staphylococcus coagulasa
negativa, Corynebacterium spp. y Propionibacterium spp. junto con bacterias de
baja virulencia como Enterococcus spp., Stenotrophomonas
maltophiliay Pseudomonas sp. están aislados , cuando esto sucede, se deben
volver a tomar muestras y esas bacterias deben tomarse en consideración cuando
crecen repetidamente a partir de muestras confiables en pacientes con signos
clínicos de DFI.[26] .

La microbiota del pie diabético.

La interfaz huésped-microbiota es a menudo el punto clave en el desarrollo

de infecciones de la herida . Definir la microbiota del pie diabético implica la
posibilidad de distinguirla dela microbiota de la piel asociada con otros estados
clínicos. Por ejemplo, se ha demostrado que en comparación con los pies de los
hombres no diabéticos, los hombres diabéticos tenían poblaciones reducidas
de Staphylococcusspp., Poblaciones aumentadas de S. aureus y mayor diversidad
bacteriana[35]. Cuando se comparó con la piel sana contralateral, la microbiota
DFU albergaba menos diversidad bacteriana con mayores niveles de patógenos
oportunistas[36]. Sin embargo, recientemente se han informado resultados
contradictorios con una mayor diversidad bacteriana en los DFU y una falta de
asociación entre el aislamiento de patógenos conocidos y patrones microbianos
cualitativamente distintos o una diversidad alterada de otro modo [37] . Además,
los DFU se han asociado con una microbiota más polimicrobiana [12] , [38] , que
contiene más bacterias anaeróbicas[39] , en comparación con otras heridas. A la
inversa, en un estudio reciente que comparó la composición bacteriana de los
DFU (n = 910), las úlceras venosas de las piernas (n = 916), las úlceras de
decúbito (n = 767) y las heridas quirúrgicas que no cicatrizan(n = 370), todos los
tipos de heridas mostraron niveles similares de diversidad y abundancia. Además,
la riqueza de especies bacterianas en cada herida fue casi la misma [13] . Estos
resultados sugieren que ni la demografía del paciente ni el tipo de herida
influyeron en la composición bacteriana del microbioma de la herida crónica . Se
necesitan estudios adicionales para confirmar estos resultados e indicar si dichos
tipos de heridas podrían agruparse en una sola entidad en términos de manejo
clínico para mejorar la curación de heridas. En particular, sabemos que la ecología
de los DFU varía entre las regiones del mundo: en los países occidentales, los
cocos aerobios grampositivos son los microorganismos principales , pero en los
países más cálidos (particularmente en Asia y África) los bacilos gramnegativos
son más prevalentes [20] . Esto podría influir en la composición bacteriana de la
microbiota DFU.
En general, la heterogeneidad de los resultados de los estudios que analizan la
microbiota del pie diabético destaca la presencia de varios sesgos.
•
En primer lugar, como se indicó anteriormente, los métodos de muestreo
microbiológico, incluido el desbridamiento de la herida, tienen un impacto
importante en la evaluación de la diversidad y la riqueza bacteriana. De
hecho, la microbiota profunda de las heridas del pie diabético es más
diversa y compleja que la microbiota superficial [40] . Existe un predominio
de bacterias patógenas localizadas en la parte más profunda de la herida,
lo que confirma la necesidad de recolectar muestras de tejido profundo para
definir con precisión la microbiología de un DFU. Sin embargo, la
distribución de varios patógenos en biopelículas patógenas multiespecíficas
no es aleatoria. Por ejemplo, un análisis cuantitativo de la distancia de los
agregados bacterianos desde la superficie de la herida mostró que los
compuestos de P. aeruginosase ubicaron significativamente más profundo
en el lecho de la herida que los compuestos por S. aureus [41] . Esta
distribución de agregados podría explicar el hecho de que S. aureus en la
superficie de la piel forma un biofilm que inhibe específicamente los
mecanismos de curación de heridas, evitando así los efectos de
la inmunidad localizada y permitiendo que otros microorganismos colonicen
e infecten la herida. Además, se ha informado de que las bacterias
aeróbicas , como las corinebacterias , se localizan en las porciones
superiores de la herida, donde el contenido de oxígeno es relativamente
alto, mientras que los anaerobios se localizan en nichos hipóxicos más
profundos creados por el consumo de oxígeno por los aerobios
superpuestos [42].
•
En segundo lugar, la microbiota del pie diabético está influenciada por
varios factores, como las características demográficas, la higiene personal y
el origen geográfico del paciente, el grado de gravedad, el control
glucémico y los tratamientos antibióticos en curso o previos . En particular,
los resultados de los métodos basados en el cultivo pueden estar limitados
en pacientes que están siendo o han sido tratados con
antibióticos [43] . Además, Kandemir et al. mostraron que el tratamiento
antibiótico previo y su duración, la frecuencia de hospitalización por la
misma herida y la duración de la estancia hospitalaria eran factores de
riesgo significativos para las IFD con microorganismos resistentes a
múltiples fármacos [44]. Otros factores, como la residencia en un centro de
atención crónica o la amputación previa, también pueden influir en la
aparición de estas bacterias resistentes [45] . Además, Gardner et
al. encontraron que el control glucémico deficiente estaba relacionado con
una mayor abundancia de estafilococos y estreptococos [38] . En el mismo
estudio comparativo, mostraron que la profundidad de la úlcera se
correlacionó positivamente con la abundancia de bacterias anaeróbicas y
se correlacionó negativamente con la abundancia de
estafilococos. Además, la duración de la úlcera se correlacionó
positivamente con la diversidad bacteriana, la riqueza de especies y la
abundancia relativa de Proteobacteria, pero se correlacionó negativamente
con la abundancia relativa de estafilococos. Dado que es probable que la
microbiota de la piel sana esté limitada por el agua y los nutrientes,
la hidratación y la disponibilidad de nutrientes pueden tener una influencia
notable en la composición microbiana de las heridas [37] . El contenido
restringido de nutrientes y humedad de la piel sana puede limitar la
proliferación de organismos exigentes y, por lo tanto, puede seleccionar
bacterias grampositivas, como los estafilococos coagulasa negativos ,
corinebacterias y propionibacterias [46] . En contraste, el ambiente
comparativamente rico en nutrientes de una herida puede facilitar el
crecimiento de una variedad más amplia de organismos, incluyendo S.
aureus, P. aeruginosa , estreptococos, enterobacterias y otras especies
anaerobias facultativas. En un estudio longitudinal de microbiota de herida
en un modelo de úlcera diabética animal, se informó que a medida que
avanzaba el tiempo hubo un cambio significativo en el tipo de bacteria
de Firmicutes a Proteobacteria, incluyendo Enterobacteriaceae , que
produjo una disminución correspondiente en la cicatrización de la
herida [47] . Este cambio de bacterias en la herida crónica puede ser el
resultado de una colonización cruzada desde otro sitio del cuerpo
(especialmente la microbiota intestinal) [48] . Además, en su reciente
estudio sobre el microbioma DFU evaluado mediante pirosecuenciación
de 16rRNA, Smith et al. No se encontraron diferencias significativas en las
poblaciones bacterianas en los DFU nuevos y recurrentes, lo que sugiere
que cada herida proporciona un nuevo sustrato para el desarrollo de una
microbiota única dentro de cada DFU [49] . El estado inmunitario del
paciente también tiene un impacto en la microbiota DFI, ya que
los colonizadores de baja virulencia del tejido o hueso desvitalizado, como
los estafilococos coagulasa negativos y las corinebacterias, pueden asumir
un papel más patógeno y una mayor abundancia relativa en pacientes
inmunodeprimidos [43] .
•
En tercer lugar, el método utilizado para la identificación de bacterias tiene
un gran impacto en el análisis de la microbiota del pie diabético [40] . Por
ejemplo, en un estudio reciente, se detectaron significativamente más
anaerobios con la secuenciación de 16S rRNA en comparación con las
técnicas de cultivo convencionales (86.9% vs. 23.1%) y más bacilos
grampositivos (78.3% vs.3.8%) [4] .
Métodos basados en la cultura

El manejo óptimo de las IFD requiere la identificación de bacterias y pruebas

de susceptibilidad a los antibióticos para ajustar el tratamiento con
antibióticos . Los métodos tradicionales dependientes de la cultura se realizan
generalmente en la práctica clínica. Sin embargo, los resultados están limitados
por el hecho de que estos métodos seleccionan especies que rinden más rápido
en condiciones restringidas. De hecho, en el cultivo estándar, S. aureus ha sido la
bacteria más comúnmente aislada de las IFD en los países del noroeste [20] . Esto
no tiene en cuenta el hecho de no identificar organismos anaeróbicos o
de crecimiento lento , y no refleja necesariamente las bacterias más abundantes o
clínicamente importantes en las IFD [50]. Dos grandes estudios dependientes de
la cultura sobre la ecología de las muestras de DFI en 1266 pacientes arrojaron
resultados similares [39] , [51] . Identificaron principalmente
bacterias aerobias grampositivas , principalmente Staphylococcus spp. (24–35%) y
especialmente S. aureus (47–55%). Se encontró una mayor incidencia
de aerobios gramnegativos ( P. aeruginosa , Enterobacteriaceae ) y anaerobios en
las heridas más crónicas ( Tabla S1 ) [39] , [62], [63]. Los anaerobios fueron
reportados como de baja abundancia. Sin embargo, en un estudio reciente con
condiciones anaeróbicas optimizadas, se cultivó una amplia gama de anaerobios a
partir de DFI [52] . En estudios anteriores, los anaerobios se han aislado de hasta
el 95% de las heridas diabéticas profundas; Los aislamientos predominantes
son Peptostreptococcus spp., Bacteroides spp . , y Prevotella spp. [53] , [54] .
Esto enfatiza el potencial para ampliar los espectros del método de cultivo.
La identificación bacteriana con el uso del nuevo método, Culturomics, que
consiste en condiciones de cultivo a gran escala con identificación de colonias
mediante espectrometría de masas de tiempo de vuelo con ionización
asistida por matriz ionización o 16S. PCR de ARNr [14]. Estrategias prometedoras,
como la reducción del tiempo de transporte de la muestra antes de la inoculación y
el uso de agentes antioxidantes como el ácido ascórbico y el glutatión , mejorarán
drásticamente el cultivo de bacterias no cultivadas previamente, incluidos los
anaerobios [55].
Finalmente, como las herramientas moleculares no están disponibles en la
mayoría de los entornos clínicos, la identificación de la mayor variedad de
bacterias, incluidos los anaerobios obligados en biopelículas patológicas, requiere
el uso de métodos de cultivo precisos. Estos incluyen métodos óptimos de
muestreo de heridas, transporte de muestras y selección de medios de cultivo.

Métodos de base molecular.

Las tecnologías microbiológicas moleculares han traído a la luz nueva información

sobre las poblaciones de bacterias en los DFU ( Tabla S2 ). Actualmente, la PCR
cuantitativa 16S rRNA (qPCR) se utiliza para determinar la diversidad bacteriana
de las heridas y estimar la carga bacteriana . Las técnicas para determinar la
biodiversidad incluyen la amplificación ribosomal completa, la clonación y
la secuenciación de Sanger (FRACS), la amplificación ribosomal parcial con
identificación de la banda de gel y la secuenciación de Sanger (PRADS) y
la electroforesis en gel de gradiente de densidad (DGGE) [56]. Estas herramientas
recientemente permitieron la sugerencia de que las IFD surgen de la presencia de
combinaciones específicas de patógenos, en lugar de un simple aumento en
la carga microbiana de un microorganismo oportunista [12] .
Los cambios en las cargas bacterianas pueden caracterizar presentaciones
clínicas específicas. De hecho, Gardner et al. mostraron una sobrerrepresentación
de Staphylococcus spp. y la subrepresentación de anaerobios en DFU
neuropáticos [38].
Estudios recientes sugieren que las técnicas moleculares, como la amplificación
de la PCR 16S rRNA, identifican una mayor diversidad de bacterias que los
métodos de cultivo estándar ( Fig. 1 ). En particular, revelan anaerobios más
exigentes y especies gramnegativas [38] , [56] , [57] .
Fig. 1 . Especies bacterianas identificadas de pacientes con úlcera del pie diabético o infección por
métodos basados en cultivos (A) o basados en métodos moleculares (B). Ver el nombre detallado
de la especie bacteriana en Material complementario .

Además, los métodos metagenómicos han ampliado la capacidad de

analizar microbiomas complejos al permitir también la identificación
de virus, protozoos y hongos [35] , [58] . Sin embargo, las herramientas
moleculares para la identificación bacteriana se ven obstaculizadas por varios
sesgos. En primer lugar, a excepción del análisis metagenómico en secuencias
genómicas completas, la corta duración de las secuencias amplificadas solo
permite una asignación taxonómica limitada de phyluma género y, rara vez, a nivel
de especie [59] . En segundo lugar, los estudios moleculares pasan por alto las
especies minoritarias y no pueden distinguir entre bacterias vivas y muertas o
latentes [60] . En tercer lugar, las diversidades microbianas medidas en la misma
muestra y la abundancia relativa de taxones pueden diferir con los métodos
de extracción de ADN , la (s) región (es) de 16S rRNA dirigida y la tecnología de
secuenciación [61]. Por último, existe el alto costo de adquirir equipos de
tecnología molecular y la importante demanda del tiempo del técnico en
microbiología y bioinformática para evaluar y comparar las secuencias
proporcionadas. Si bien las nuevas tecnologías como la microarreglo de ADN , la
PCR multiplex en tiempo real y la metagenómica funcional ofrecen una
oportunidad única para analizar tanto la virulencia como el potencial de resistencia
de los microorganismos [42] , la cultura pura es la única forma de caracterizar las
propiedades fisiológicas de las bacterias vivas. y para evaluar su potencial de
virulencia y resistencia antimicrobiana.en el nivel de tensión. Finalmente, un tema
clave para los médicos es determinar si la información adicional proporcionada por
genotypic versus phenotyping microbial detective proporciona o no
información clínica útil. Se necesitan más estudios para evaluar si dirigir
el tratamiento con antibióticos a todos los organismos adicionales encontrados
mediante técnicas moleculares mejora el resultado del paciente.
Conclusiones
Las IFD son un problema importante de salud pública y el diagnóstico temprano y
el tratamiento adecuado son esenciales. En esta revisión, hemos resaltado las
dificultades de diferenciar la infección de la colonización, la importancia de un
muestreo y transporte precisos al laboratorio y los límites de los métodos basados
tanto en cultivos como en métodos moleculares para proporcionar una
representación real de la carga bacteriana patógena . Sin embargo, nuevos datos
derivados de herramientas moleculares sugieren que las heridas
crónicas contienen consorcios de microorganismos que coexisten como
combinaciones de comunidades altamente estructuradas. Esto incluye no solo
bacterias, sino también virus, protozoos y hongos.unido a superficies bióticas que
muestran interacciones específicas entre microbios y huéspedes. Al incluir
múltiples especies de bacterias y hongos en una sola comunidad, los microbios
pueden potencialmente obtener beneficios, como la resistencia pasiva, la
cooperación metabólica, los sistemas de detección de quórum y el intercambio de
ADN. Las biopelículas compuestas de mezclas de bacterias con hongos o virus
pueden ser comunes, y estas interacciones son muy complejas. Investigaciones
adicionales podrían descubrir los roles específicos de estos patógenos en las
heridas crónicas. Además, estudios adicionales que utilizan métodos
complementarios de identificación bacteriana y las poblaciones bien definidas con
DFI junto con los métodos de muestreo estandarizados permitirán una mejor
comprensión de la diversidad bacteriana, brindarán nuevas perspectivas para
redirigir los tratamientos y podrían mejorar los resultados clínicos en el futuro.

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