Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Tema 1: Naturalesa i Multiplicació dels Virus

MORFOLOGIES VÍRIQUES (I)
a. Esfèrica (icosaèdrica, isomètrica): partícules víriques que tendeixen a assemblar-se a
una esfera (isomètric engloba tots els conceptes de partícules víriques en que totes les
mesures son iguals).
b. Helicoïdal: bastons o filaments. Les proteïnes que el formen son disposades
helicoïdalment al voltant d’un eix longitudinal.
c. Mixta: hi ha parts de la partícula que segueixen patrons isomètrics i d’altres que
segueixen patró helicoïdal. Els trobem en Fags: T4, lambda… (Fag M13 és únicament
helicoïdal i ø v 174 és únicament isomètric)
El 1884, es va inventar un filtre que té porus de mida inferior a la d'un bacteri. Així doncs, es
podia fer passar pel filtre una solució amb bacteris i eliminar-los completament de la solució. El
biòleg rus Dimitri Ivanovski utilitzà aquest filtre per a estudiar el que actualment es coneix com
a virus del mosaic del tabac. Els seus experiments demostraren que els extractes de fulles
mòltes de plantes de tabac infectades encara eren infecciosos després de filtrar-los.
Altres científics demostraren que, tot i que aquests agents (posteriorment anomenats "virus")
eren diferents dels bacteris, també podien causar malalties, i que eren unes cent vegades més
petits que els bacteris. El terme "virus" fou utilitzat per primer cop pel microbiòleg neerlandès
Martinus Beijerinck, que utilitzà els mots contagium vivum fluidum per a dir "germen vivent
soluble".
Els virus són dels agents infecciosos més petits, i la majoria d'ells només són visibles sota el
microscopi electrònic (per tincions amb contrast) i per difracció de raigs X (els cristal·litzables).
La majoria de virus no són visibles sota el microscopi òptic (en altres paraules, són
submicroscòpics); la seva mida va de 200 a 300 nm (fins a 20-60 nm).

DIVERSITAT PATOLÒGICA
a. Patologies benignes: herpes labial, grip…
b. Patologies greus: Verola (tot i que va desaparèixer al 1979), Èbola (les dos varen ser
les causes de mortalitat més elevades).
c. Patologies recurrents: Sarcoma de Kaposi (sorgeix a partir del SIDA)
d. Patologies que nomes es produeixen un cop: per anticossos de memòria. És la base
de les vacunes (rubèola, xarrampió…)
La patologia depèn de la virulència de la cepa i de la resistència de l’hoste.
El virus de la grip, per exemple, va produir 20-40 milions de morts fa un segle.
Depenent de les persones, les patologies difereixen. Això es conegut com l’Efecte Iceberg

1
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Ex: Poliomielitis (enterovirus)

En molt pocs pacients, el virus produeix la mort finalment.

Encara en menys pacients, el virus afecta als nervis destruint fibres

musculars.

En molts pocs casos, el virus arriba als nervis i produeix meningitis, però
sense deixar seqüeles.

Uns pocs la pateixen, però de forma lleu i sense seqüeles

DIVERSITAT D’HOSTES

La capacitat infectiva és molt variada. Els virus son capaços d’infectar qualssevol ésser viu.
Per cada espècie viva hi ha més de 100 virus capaços d’infectar. Això es degut a la capacitat
d’adaptació vírica.
Això fa que hi hagi moltes varietats de virus (si per cada espècie hi ha 100 etc.).

GENOMA VÍRIC
Tipus de virus:
DNAvirus
ss/ds
circular/lineal
RNAvirus
ss/ds
circular/lineal
DNA-RNAvirus
ss/ds
circular/lineal Retrovirus-like (Transcriptasa Inversa)

En general son haploides (els retrovirus son diploides)

Sentit del genoma:
Pels virus amb RNA, les cadenes poden ser positives (+) o negatives (-) depenent si es
complementari o no al mRNA viral.
a. L’RNA viral de sentit positiu (+) és idèntic al mRNA viral, i es tradueix directament a la
cèl·lula hoste.
b. L’RNA viral de sentit negatiu (-) és complementari al mRNA viral, i abans de ser traduït
s’ha de convertir en RNA de sentit positiu per una RNApol abans de la seva traducció.
Pels virus de DNA, la nomenclatura és semblant: les cadenes que codifiquen el mRNA són
complementàries a aquest (-), i les no codificadores són una còpia directa d’aquest (+).
Distribució del genoma:
a. Virus amb genoma segmentat: Influenza virus (–) ss RNA segmentat en 8 fragments.
b. Virus amb genoma partit: material genètic distribuït en dobles/triples partícules
víriques. Per tal de ser infectiu, el virus haurà d’introduir com a mínim una partícula de
cada una en les que estigui partit el seu genoma (per això VIRIÓ ≠ VIRUS ja que
cadascuna de les partícules per separat, en aquest cas, no és cap virus).

2
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

GENS VÍRICS
a. GENS ESTRUCTURALS Tenen un paper estructural al virió. Tot i que també ha proteïnes o
enzims associats al virió que no són estructurals, si no que tenen un paper metabòlic
en la fase intracel·lular (transcriptasa inversa en retrovirus).
a. Estabilitat – ofereixen protecció i resguard del material genètic.
b. Especificitat – reconeixen la cèl·lula hoste. L’espectre de hostes de cada virus, i
també el seu tropisme (el tipus cel·lular que infecta) ve determinat per gens
estructurals. Si es un virus sense envolta, serà determinat per una proteïna
transmembranal de l’envolta.
b. GENS NO ESTRUCTURALS Gens que codifiquen per a la replicació del virus.
L’especificitat la podem modular al laboratori, fent que els virus que no infecten humans,
siguin capaços d’infectar línies cel·lulars humanes si nosaltres els “adaptem”.
Les proteïnes codificades pels gens no estructurals són necessàries per a la replicació dels gens
estructurals (replicases, per exemple). Els promotors que regulen els gens estructurals són més
forts i s’usen més que els no estructurals.

MULTIPLICACIÓ VÍRICA
a. Infecció
b. Transfecció (introducció de material genètic lliure d’envolta proteica: transducció)
La capacitat infectiva ve donada pel DNA/RNA.
Reconeixen glicoproteïnes de la superfície de la membrana de les cèl·lules hostes.
L’etapa de multiplicació sempre s’ha de donar dins d’una cèl·lula hoste. Per això son paràsits
estrictes.
Parasiten tot l’ambient homeostàtic de la cèl·lula. Bàsicament:
a. L’energia biològica de la cèl·lula: l’ATP
b. La maquinària de síntesi proteica: ribosomes, RER, etc. Tot i que ells mateixos
son capaços de replicar els seus genomes mitjançant replicases (enzim que es
troba al genoma del propi virus).
Cicle lític/lisogènic:
Ex: Fag lambda
Fa el CICLE LÍTIC (en E. coli), però també produeix un cicle en què el genoma del fag s’integra al
de E. coli, es replica normalment i queda com a genoma propi de l’hoste. Hi ha expressió
d’alguns gens però no replica el seu material víric. Es el anomenat CICLE LISOGÈNIC.
Fenòmens d’estrès genètic poden fer entrar la cèl·lula en cicle lític, tornant a produir les
partícules víriques per a reproduir el virus. El cicle lític te efectes deleteris per la cèl·lula i la pot
arribar a matar.
a. INFECCIONS TRANSFORMANTS Hi ha altres virus que en alguns hostes transformen la
cèl·lula que infecten, desprogramen el cicle cel·lular i la transformen en immortal.
Provoca tumors (benignes o malignes). És un cul de sac: les cèl·lules transformades no
donen lloc a més virus.

3
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

b. INFECCIONS PERSISTENTS També hi ha infeccions productives, però son molt lentes, ja que
la cèl·lula no mor, però es converteix en una fàbrica de virus que va alliberant poc a
poc.
c. INFECCIONS LATENTS Sobretot en espècies animals. Recorda a la lisogènia (tot i que el
terme lisogènia només aplica per a FAGS). El material genètic del virus queda latent al
nucli de l’hoste. No produeix partícules víriques, tot i que hi ha expressió d’alguns gens
vírics, però no causa cap dany. L’estrès (xoc tèrmic, radiació, immunodepressió…)
causa la reactivació vírica, que fa entrar el virus en cicle lític (replicació, formació de
partícules víriques…).

VIRUS?
1. Tenim un cultiu cel·lular en medi amb una infecció del virus X latent.
2. Aïllem el medi sobrenedant i al analitzar-lo, no trobem cap virus X.
3. Si diem que el cultiu està infectat (latentment) per un virus, i al cultiu no
torbem cap virus, podem dir que hi ha virus?
Al cicle lític el virus adopta una forma morfològicament constant i definida. A la fase lisogènica
no té una forma determinada, no és “virus”, és una part que forma el cicle víric en forma
d’informació genètica, genoma…
És una entitat paràsita estricta, que compta amb una estructura de càpside per la seva vida
extracel·lular.
Per exemple, no s’ha pogut visualitzar al microscopi l’estructura del virus de la Hepatitis C,
però ningú en dubta de la seva existència perquè infecta 400 milions de persones a l’any. És un
virus, tot i que no se’n coneix forma extracel·lular d’aquest (és a dir, la seva etapa de VIRIÓ).

COMPARACIONS
Virus i plasmidis?
 Els plasmidis tenen mecanismes per autoreplicar-se.
 Els plasmidis necessiten l’interior d’una cèl·lula.
 Els plasmidis no tenen forma extracel·lular.
 Als plasmidis no se’ls hi associa una patogènia.

Virus i transposons?
S’integra al genoma (dsDNA)
Transcripció
mRNA
Traducció
proteïnes que s’ensamblaràn amb algun RNA (que
recorden a virions) que tenen activitat retrotranscriptasa. Això fa que el ssRNA es converteixi
en dsDNA i sigui integrat en un altre lloc del genoma de la cèl·lula hoste.
 El cicle es com el de la Hepatitis B o dels retrovirus.
 En el transposó succeeix intracel·lularment.
 No té forma extracel·lular

4
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Virus i bacteris?
BACTERIS VIRUS
Alguns causen malalties infeccioses Causen malalties infeccioses
Són éssers vius Són paràsits estrictes
Tenen metabolisme No tenen metabolisme
Són sensibles a antibiòtics Són resistents a antibiòtics
Es multipliquen ensamblant les seves parts
Es reprodueixen per divisió cel·lular
(com un puzle), tot i que en cicle lisogènic
(implica un augment del volum)
també es reprodueix (passivament)

ANNEX 1: 25 DE FEBRER

dsDNA (20 famílies) i +ssRNA (18 famílies) (en RNA, ssRNA és millor pel virus).
Els virus són els únics genomes RNA que es coneixen: per això, els virus serveixen per a estudiar
l’evolució dels genomes.
El 100% població humana aproximadament estem infectats per alguna classe d’Herpesvirus.
3 de les sp. de virus Herpes van ser descrites fa poc: s’han adaptat a multiplicar-se a l’espècie humana o
perquè la seva incidència d’infecció és baixa. Aquests 3 virus ja existien i van ser descoberts per
tècniques noves més precises i no tant per descobriment dels salts d’hoste.
Sarcòmer de Kaposi: ja existia, però s’ha descobert per virus HIV que patien més persones.
Dos tipus salts d’hoste:
Ébola (fam. Filoviridae): causa brots aïllats i no s’han escampat. El virus Ébola no s’ha adaptat a
multiplicar-se en l’home. És el contacte de l’home amb altres sp. què tenen Ébola el que fa que l’home
s’infecti (això permet al virus transcriure’s en humans, pero poc). És eficaç: si s’aïlla, no s’escampa (són
febres hemorràgiques). Cada vegada que hi ha un brot, és un contagi d’un reservori d’animal cap a
l’home.
El cas del VIH (fusió de 2 virus de simi), en un moment donat va aprendre a infectar a l’humà. Ara ja no
s’infecta a l’humà a partir del virus del simi, ha evolucionat per infectar a l’home i ara és un virus humà.
Amb Ébola això no ha passat (no s’ha adaptat a multiplicar-se en l’home).
La grip aviar es multiplica en aus. Pot infectar a humans però no es produeix transmissió entre persones
(és un salt d’hoste).
La ràbia tampoc es transmet entre humans però sí entre animals.
Xarampió: problema biològic. És antic. El virus provoca infeccions agudes. La infecció provoca una
resposta immune (es passa un sol cop perquè la resposta dura molt temps).
En una població de 10 persones, si s’infecta a un individu, s’infectarien els 10. Llavors es curarien però,
on està el virus? Les persones es curen i no és manté (no es contagia). Si abans de curar-te s’infecta a un
nadó, també s’infectarà (no tenen un gran SI) però es curarà.
El xarampió per transmetre’s i persistir, la grandària de la població cal q sigui gran (200.000 pers) i que hi
hagin naixements per anar infectant (sinó quan les persones es curen ja no tens virus i si la població és
petita, el virus desapareix).
Si el virus és antic i abans no hi havien poblacions grans, com s’ha mantingut? Per la introducció de salts
d’hostes per altres sp. amb virus semblants.

5
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

TEMA 2: VIROLOGIA I ELS SEUS ORIGENS

HISTÒRIA
Els postulats de Koch
Koch va dissenyar uns postulats que tot microorganisme ha de complir perquè sigui
responsable de certa patologia. Els postulats de Koch són:

1. El microorganisme ha d'estar present en tots els individus que tinguin la malaltia, però
no en individus sans.
2. El microorganisme ha de ser recuperat de l'individu malalt i poder ser aïllat en un cultiu
pur.
3. El microorganisme aïllat en el medi de cultiu ha de provocar la malaltia quan s'inoculi
en un individu sa.
4. El microorganisme s'ha de tornar a aïllar de l'individu inoculat i ha de correspondre al
que es va inocular.

La majoria de bacteris que provoquen malalties en l'home segueixen aquests postulats. Els
virus (en aquell temps encara no descoberts) tampoc els compleixen: els virus no es poden
cultivar in vitro en cultiu pur (com a mínim requereixen un cultiu cel·lular). Tot i així no podem
assegurar que tot el que tenim és el virus que volem (ja que pot haver-hi altre tipus de virus al
nostre cultiu), com per exemple, moltes dosi de la vacuna de la poliomielitis estaven
contaminades amb un altre virus (el papovirus SV-40). També es evident que hi ha molts
individus sans que contenen virus (efecte Iceberg).

Els postulats d’Evans

Dos conceptes:
a. PREVALENÇA - nombre total d’una patologia en un interval de temps concret.
b. INCIDÈNCIA – nombre de casos nous.
Dependrà de la patologia, per exemple: Per a la grip al 2008 la prevalença ha estat semblant a
la incidència (és una reacció puntual i aguda).En canvi, per al VIH al 2008, la prevalença ha
estat molt diferent a la incidència (és una infecció crònica).

Algunes fites importants:

1. S’han trobat virus a la tomba de Ramsès II (4000 aC.)
2. La verola era endèmica a Àsia i Índia, i quan els creuats van tornar de les creuades van
portar el virus amb si mateixos i el van introduir a Europa.
3. Més tard, els Espanyols la van dur a Amèrica del Sud, oferint mantes contaminades
pels virus als indígenes.
4. Al segle X, els xinesos duien a terme la variolació. Consistia en injectar via nasal el virus
de la verola, en dosi petites per tal d’immunitzar l’individu sense que aquest moris (un
1% dels variolats moria).
5. En 1798 es troba la vacuna contra la verola (Edward Jener). La verola era aleshores un
dels pitjors mals que patia la humanitat: una de cada deu persones morien causa
d'aquesta malaltia. Jenner, va notar que els que havien patit prèviament verola vacuna

6
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

(malaltia de les vaques que causa només símptomes de poca importància en l'home)
demostraven resistència quan s'exposaven a la verola (humana). Va extraure pus d'una
pústula de la mà d’una munyidora que havia contret verola vacuna de la seva vaca
lletera i va inocular a un nen saludable de 8 anys, per mitjà de dos incisions
superficials. El nen va desenvolupar una lleu malaltia que va desaparèixer sense la
complicacions. Després, es va inocular al nen amb la temuda verola per mitjà de
diverses punxades i incisions lleus, però no es va emmalaltir. Això és degut a que els
determinants antigènics (epitop) dels dos virus són molt semblants.
6. Al 1898 es descobreix el “virus” del mosaic del tabac. Tot i que el contemplaven com
a “fluid infecciós”; van usar tècniques de microfiltració amb porcellana.
7. Al 1980 la OMS declara la verola com a malaltia eradicada de la Terra. Només en
romanen dos estocs declarats a Rússia i a EUA.

Cicle víric de la Verola

Després de la exposició al virus hi ha un període d’incubació
durant el qual les persones no presenten cap símptoma es
Asi troben bé. Durant aquest lapsus, les persones no son gaire
mpt Període d’incubació contagioses, ja que comencen a ser-ho quan el virus es troba
om (Duració 12 dies) replicant (sobretot a les vies respiratòries) i es podria difondre
àtic No altament contagiós per aerosols.
a
Entre els primers símptomes trobem febre, malestar, mal de
cap i cos i vòmits.
La erupció es manifesta primer a la llengua i a la boca en
forma de taques vermelles. Aquestes taques esdevindran
nafres que rebenten i expulsen els virus a la boca i a la gola.
Al mateix temps, apareixen erupcions a la pell (cara, braços,
Primera erupció
cames, mans i peus). La febre baixa.
(Duració: uns 4 dies)
Període mes contagiós El tercer dia, les erupcions son inflors.
El quart dia, les inflors s’omplen d’un líquid que fa que la part
Sim central de la futura pústula quedi com a enfonsada
pto (característic de la verola).
màt
ica Les parts inflades, firmes i arrodonides s’inflen encara més i
comencen a rebentar.
Després de dues setmanes, la majoria de les pústules son
Pústules, crostes i cicatrius.
crostes, que cauran i deixaran marca a la pell en forma de
(Duració: 2-3 setmanes)
cicatriu, que més tard esdevindrà un clot a la pell (fins a les 3
Contagiós
setmanes, quan ja hauran caigut totes).
La persona seguirà essent contagiosa fins que totes les crostes
hagin caigut.

7
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

TEMA 3: ELS CULTIUS CEL·LULARS

ELS CULTIUS
Procés:
1. LISAT VÍRIC: la majoria de partícules víriques creixen adherides a línies cel·lulars.
Busquem doncs una màxima relació de superfície en el mínim volum possible. Per virus
animals s’usen tècniques com el Roller (ampolles de vidre plenes de medi de cultiu i de
cèl·lules en cultiu que són adherides per sedimentació a les parets de l’ampolla, la qual
va girant); o per a major escala, els Bioreactors (per a cèl·lules que creixen en
suspensió, o be en el medi trobem petites partícules de làtex en suspensió que
permeten l’adhesió del cultiu cel·lular en una mena de suspensió).
2. PURIFICACIÓ DELS VIRIONS: es du a terme per centrifugació a alta velocitat. Les partícules
víriques queden contingudes al sobrenedant, el pelet son restes cel·lulars. Per
assegurar la purificació del sobrenedant, es pot fer una centrifugació en gradient de
densitat (de sacarosa, clorur de cesi…), ja que la majoria de virions tenen una densitat
homogènia.
3. QUANTIFICACIÓ:
a. Quantificar partícules víriques totals (nombre de part./mL). Es pot fer
mitjançant boles de làtex. Es barreja una certa concentració d’aquestes amb
un volum de partícules víriques de concentració desconeguda, així ens
permetrà conèixer la concentració del virus per una regla de tres. També
serveixen tècniques de quantificació d’àcids nucleics (ELISA, Western Blot,
Northern Blot, PCR quantitativa, immunoassajos, marcadors sondats…)
b. Quantificar partícules víriques infectives. Hi ha molts virus que cometen
errors durant el procés d’infecció i això fa que no puguin infectar l’hoste
(partícules no infectives). Per exemple, en el virus del mosaic del tabac, de
cada 106 partícules, una és infectiva; mentre que en el cas del Fag T4, la ratio
es de 1. Es calcula mitjançant la PFU (unitats formadores de calbes) mitjançant
cultius confluents de virus i les seves cèl·lules hoste.
c. Titolats:
i. Titolat de fags – les cèl·lules no creixen en monocapa.
ii. Titolat de cèl·lules animals – aquestes sí creixen en monocapa. El
problema que tenim és que els virus poden flotar pel líquid i anar
infectant tota la superfície del cultiu. Per solucionar-ho es posa al medi
de cultiu un determinat volum de partícules víriques, es deixa un
temps per a que infecti les cèl·lules hoste i es substitueix ràpidament
aquest primer medi per agar tou (fos) per evitar la posterior dispersió.
d. Excepció: hi ha virus que no formen calbes, si no que transformen les cèl·lules
hoste (les immortalitza). En aquest cas es pot fer un recompte de colònies, ja
que les cèl·lules transformants poden créixer en monocapa i formen colònies.

8
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Hemaglutinació:
Hi ha virus capaços de reconèixer receptors de membrana dels eritròcits,
eritròcits mitjançant una
proteïna vírica anomenada hemaglutinina
hemaglutinina.. Això forma agregats d’eritròcits i virus, provocant
aglutinació.
Una aplicació d’aquestes proteïnes són els tests de detecció, com per
exemple, en plaques d’ELISA. Es col·loquen suspensions d’eritròcits als
pous, i després s’hi afegeixen les dilucions de la mostra a analitzar en
diferents concentracions. Si no hi ha virus a la most
mostra, baixaran tots els
eritròcits al fons del pouet, i veurem un punt vermell al mig del pou. Si a
la mostra hi ha virus (amb aquestes proteïnes), formarà aglutinació i
observarem una dispersió col·loïdal o xarxa de fils vermells. D’aquesta
manera, a banda de verificar la presència o absència de virus, podem
estimar la concentració del virus.
Actualment aquestes deteccions es fan amb boles de làtex (de diferents colors fins i tot) que ja
incorporen els receptors per la hemaglutinina en comptes d’eritròcits.

Diagnòstic:
Moltes infeccions es diagnostiquen actualment per la presència d’Ig
d’Ig-anti-virus.
virus. Es pot realitzar
per diferents tècniques:
1. IMMUNOASSAJOS: com per exemple ELISA, Western Blot…
2. TÈCNIQUES DE DETECCIÓ IN-SITU: amb mostres directes de teixit (biòpsia,
(biòp saliva…)
processades i per Microscopia Electrònica. Es pot fer mitjançant sonda directa al teixit
(ex: EBER(Epstein
Epstein Barr )/MG en teixit limfàtic infectat, amb sonda dirigida al genoma
Barr)/MG
del virus), o mitjançant anticossos marcats dirigits contra una proteïnaprot vírica
específica.
3. PCR: per obtenir la càrrega vírica (si la PCR és quantitativa). Per exemple si volem
saber si un fàrmac pel VIH te efecte sobre la multiplicació vírica, anem realitzant cicles
de PCR quantitativa al llarg de X temps per obtenir el n
nombre
ombre de genomes vírics totals
que contenia la mostra presa.

BIOPERILLOSITAT

9
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

TEMA 4: MORFOLOGIA DE PARTÍCULES VÍRIQUES

Virus Animals, Vegetals i Bacterians:

Són virus majoritàriament esfèrics (isomètrica). Pocs són allargats (helicoïdals sense envolta)
ja que la millor estructura per a formar contactes multivalents és la isomètrica.

Els virus helicoïdals sense envolta són més típics de plantes, degut a la major facilitat dels
helicoïdals allargats per travessar parets cel·lulars mitjançant els plasmodesmes, per poder
infectar les cèl·lules veïnes.
Els virus que infecten a bacteris s’anomenen Fags.

SIMETRIA VÍRICA (II)

La càpside o càpside vírica és una estructura que recorda a les cúpules geodèsiques
arquitectòniques, proteica, observable al MET, i formada per una sèrie de monòmers:
capsòmers. En l'interior d'aquesta càpside es troba sempre el material genètic del virus (el
terme nucleocàpsida es refereix al material genètic embolicat a la càpsida). Pot estar
envoltada per un embolcall. Cada capsòmer pot estar constituït per una o diverses proteïnes.
En general sol haver pocs tipus de proteïnes distintes en els capsòmers; la raó és que quantes
més proteïnes, més informació genètica, i l'espai per a l’àcid nucleic que té un virus és molt
limitat.
Es distingeixen tres tipus de càpsides atenent a la seva simetria:
1. CÀPSIDA HELICOÏDAL Típica de virus vegetals i bacteriòfags (exemple: TMV o virus del
mosaic del tabac, que té 2.130 capsòmers idèntics que es disposen helicoïdalment al
voltant del ssRNA; tots els capsòmers estan constituïts per una proteïna de 158
aminoàcids).
2. CÀPSIDA MIXTA Aquestes són estructures regulars, però la naturalesa de la morfologia
no està encara completament entesa. Exemple: els poxvirus.

10
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

5 : 3 : 2
3. CÀPSIDA ICOSAÈDRICA Típica de virus
animals i en menorr mida de vegetals i
fags. Els capsòmers es disposen
formant un icosàedre. Un icosàedre és
una figura amb 20 cares i una rotació
simètrica de 5:3:2.. Hi ha 6 eixos de 5
plecs de simetria a través dels quals el icosàedre pot ser rotat passant pels seus
vèrtexs,
xs, 10 eixos de 3 plecs de simetria travessant cada cara i 15 eixos de 2 plecs
travessant per les vores. Hi ha 12 angles o vèrtexs i una simetria de 5 plecs al voltant
dels vèrtex.
La càpside està feta de repeticions de subunitats de la
proteïna viral (pot
ot haver un o diversos tipus de
subunitats, depenent del virus).
Els capsòmers en els 12 cantons del icosàedre tenen
una simetria de 5 plegaments i interactuen amb 5
capsòmers veïns, per tant, a aquesta interacció se la
denomina pentàmers
pentàmers. Els virus més grans contenen
més capsòmers; qualsevol capsòmer extra se situa en Capsòmer
apsòmer (pentàmer)
un arranjament regular en les cares dels icosàedres.
Tenen sis partícules veïnes, i es diuen hexàmers.

Quantes partícules proteiques tenim

tenim?
m que té 3 partícules per cara del icosàedre

Si ens mirem el virus en posició o ordre 3, veiem
20 cares x 3 partícules = 60 subunitats totals de la càpside
càpside.
Si ens el mirem per ordre 5,, veurem les 5 partícules (una a cada vèrtex del triangle), i aquestes
5 contigües formen el capsòmer
60 subunitats totals tals / 5 proteïnes per cada capsòmer = 12
pentàmers totals.
Això ens porta al VALOR T (nombre de triangulació). Una càpside isomètrica té:
20T costats
12 pentàmers
60T monòmers o subunitats
60 monòmers que formen els pentàmers
60T-60
60 monòmers que forme
formen els hexàmers
10T-10 hexàmers
10T+2 capsòmers
*NOTA: Per T=1 no hi ha hexàmers.
Ex: Comovirus/Picornavirus
És T=3
60T = 180 proteïnes al virió; però en realitat té 240, ja que en aquest cas, de les tres
proteïnes que el formen (Vp0+Vp1+Vp3) una es divideix
videix en dos proteïnes més (V0
Vp2+Vp4)
Arquitectura de les càpsides helicoïdals
La hèlix és una estructura simple que es pot definir per:
a) µ és el nombre de subunitats per cada volta (pot ser decimal)
b) ρ és el desplaçament d’una subunitat respecte la segü següent
P = µ ⋅ρ
c) P és l’alçada de la volta (ens descriu la inclinació de l’hèlix)

11
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Virus amb envolta

La superfície de l’envolta compta amb diverses proteïnes que fan tant la

funció de reconèixer les cèl·lules com la de fusionar l’envolta amb la
membrana cel·lular (pr
(proteïna F).
La proteïna F és sintetitzada a l’hoste com a precursor no actiu. Un cop
s’ha fusionat l’envolta amb la membrana, la part d’envolta que ara forma part de la
membrana també compta amb receptors pel mateix virus, cosa que en facilita la infecció (per (
això sovint es formen sincitis a la cèl·lula hoste, ja que
ue es pot donar una fusió des de dins
mateix de la cèl·lula amb la cèl·lula veïna: el virus infecta sense necessitat de formar virions,
com el del xarampió)

RESPOSTA ANTIVÍRICA
• IgG, IgM
• IgA (mucoses)

La neutralització és la pèrdua d’infectivitat de les partícules víriques per mitjà de la interacció

amb anticossos (neutralitzants). Cada anticòs monoclonal pot ser neutralitzant o no, però el
conjunt en el sèrum fa que aquest sigui neutralitzant en la seva totalitat.

• El paratop és el lloc específic d’unió de l’anticòs l’antigen. Pertany a la regió

variable del receptor de l’anticòs.
• L’epitop és la regió de l’antigen que es reconeguda per l’anticòs.

Tipus de neutralitzacions

1. L’anticòs fa de bloquej
bloquejant
ant per la regió del virus que reconeix el receptor, impedint el
possible contacte amb la cèl·lula hoste.
2. L’anticòs reconeix diversos epitops vírics formant xarxes o agregats vírics (tot i que així
no es bloqueja el lloc d’unió).
3. De vegades, l’anticòs inh
inhibeix
ibeix el procés d’encapsidació del virus des de dins de la
cèl·lula.

Ex1: Vius del refredat humà (HRV)

Té al voltant de 115 serotips diferents. T = 3.
El virus reconeix la proteïna ICAM
ICAM-1 1 de l’hoste (els 115 serotips). Com pot ser que la proteïna
vírica que reconeix l’ICAM-11 no sigui la mateixa per als 115 serotips (ja que si fos la mateixa, un
mateix anticòs serviria per als 115 serotips)?
Hipòtesi del Canyó:: El virus de l’HRV reconeix la proteïna
ICAM-11 de les cèl·lules hoste mitjançant un receptor vír víric en
forma de vall: la part inferior es prou estreta com per a que entri i
pugui reconèixer la proteïna hoste però que no entri l’anticós, i
per tant, que no hi hagi reconeixement Ag Ag-Ac.

Ex2: Vius de la Poliomielitis (HPV)

En el cas de la Pòlio, el virus no té el receptor situat a un canyó, si no disposats en 5 pous que
fan una funció semblant.

12
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Altres virus formen bucles que consten d’una regió bàsica

de reconeixement (uns 27aa) i la resta del bucle amb altres
aa. L’anticòs es formarà per reconèixer el bucle sencer,
però el virus al llarg de successives multiplicac
multiplicacions,
provocaran canvis en la seqüència de l’epitop (el bucle)
que farà que no pugui ser reconegut per l’anticòs, però
sigui igualment funcional, si conserva intacta la regió dels
27 aminoàcids bàsics.

Els àcids nucleics a les càpsides: reconstruccions tridimensionals

La difracció de raigs X no ens dóna informació sobre la disposició de l’àcid nucleic dins de la
partícula vírica (nomes sabem que està molt compactat i no té espais buits).
El nivell
ivell de resolució del ME es de 50 Å, mentre que el de raigs X és de 3 Å.
En alguns casos es fan reconstruccions tridimensionals a partir d’imatg
d’imatges
es 2D de ME: usant
diferents imatges obtingudes per criomicroscopia electrònica, es filtren les imatges i s’obté,
s’ob
per superposició, un model en 3D. En aquests casos la resolució es de 25 Å.

13
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

TEMA 5: GRANDÀRIA DELS GENOMES VÍRICS

Al voltant d’uns 30Kb son els genomes més grans que trobem a virus RNA.
Entre 2,5Kb i 40Gb son els genomes més grans que trobem a virus DNA.
• Virus de la hepatitis B ~ 2,5 Kb (Entre 1,5 – 2,5 Kb trobem el mínim virus
infectiu)
• Poxvirus ~ 200Kb (DNA virus > RNA virus)
Virus satèl·lit:: espècies víriques que no porten suficient informació en el seu genoma com per
a multiplicar-se se de forma autò
autònoma.
noma. Només poden infectar cèl·lules que ja hagin estat
infectades per un altre virus (virus Helper)
Helper).. Normalment als virus satèl·lit els hi manca el gen
de la replicasa.
Les freqüències consens per les freqüents mutacions (substitucions/nucleòtid) durant la
replicació son:
- DNA virus - 10-10 s/nt
- RNA virus – 10-4 s/nt
L’activitat correctora de les còpies fa que disminueixi el nombre de mutacions, per això, com
els virus de RNA no tenen proof
proof-reading compten amb una taxa de mutació superior.
A part, la freqüència
üència de mutació també depèn de la grandària del genoma.
Es considera letal que durant cada replicació es produeixin 3 o 4 còpies amb mutacions. És per
això que els virus de RNA compten amb genomes petits, ja que si fos molt gran produiria molts
errors quee no podria reparar i seria letal.

SEQÜÈNCIA DELS GENOMES VÍRICS

Sequenciació ORFs
Els àcids nucleics son molt economitzats (molt aprofitats) i tenen una gran capacitat codificant:
per cada 3 nucleòtids
6 aminoàcids
(3 pautes de lectura x 2 cadenes).
En aquest cas es el HIV,, amb els gens
gag i env (estructurals: càpside i
envolta) i el pol (no estructural, dona
lloc a la transcriptasa inversa).
Aprofitant les diferents pautes de
lectura obtindrem les diferents
proteïnes.
En el cas dels Adenovirus,, son dsDNA, i usa les dos cadenes per codificar. Els seus gens es
distingeixen entre early gen (no estructural) i late gen (estructural).

14
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Genomes complexes vs. Genomes simples

El Fag T4 té un genoma complex. Els gens del cap, cua, placa etc. s'organitzen i estructuren
junts respectivament.
Els virus de la hepatitis HCV i HBV, per contra, tenen un genoma simple amb poques proteïnes
i pocs enzims.

Organització genètica de virus ssRNA

Togaviruses
Estructura: 5’-- CAP (com als mRNA) – UTR (regió no codificant) – proteïnes no estructurals –
proteïnes estructurals – UTR – AAAAAAA—3’

Picornaviruses
Estructura: 5’-- VPg (és una seqüència IREs: internal ribosome entry site) – UTR – proteïnes no
estructurals – proteïnes estructurals – UTR – AAAAAAA—3’
Quan el virus infecta la cèl·lula, aquesta el veu com un mRNA, per tant la primera activitat dins
la cèl·lula és la traducció (no hi ha transcripció primerenca).
Es tot un ORF, no hi ha stops enmig, només al final. Els gens estructurals donaran lloc a uns
precursors proteics que esdevindran les diferents proteïnes necessàries per autoproteòlisi
(proteïnes per la matriu, glicoproteïnes, nucleoproteïnes…). Els precursors i les proteïnes
apareixen totes alhora (en altres virus estan mes regulats).
càpside replicació
(estructurals) (no estructurals)

Precursors protèics

Autoproteòlisi

Coronaviruses
Tal i com entra a la cèl·lula infecta als ribosomes, ja que és com un mRNA.
Té ORFs amb STOPs pel mig, i això fa que es pari l’activitat de traducció en un principi.
1. A la traducció primària, es tradueix nomes un gen no estructural: la
polimerasa/replicasa vírica (és RNA polimerasa-RNA depenent).
2. Mitjançant l’activitat REPLICASA, produeix l’antigenoma (o intermediari replicatiu) per
poder traduir. Aquest intermediari, dóna lloc al genoma parental.
3. Mitjançant l’activitat TRANSCRIPTASA, acaba de transcriure els altres gens que havien
quedat sense expressar (per l’ STOP) i codificarà per els virions.

15
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Expressió gènica en genomes +ssRNA

El genoma víric quan queda alliberat dins la cèl·lula, dona lloc a la transcripció i la replicació a
partir de la qual es generaran noves copies del virus per col·locar als nous virions.
La RNApol-RNAdepenent s’encarrega de transcriure i replicar. És un enzim que es codificat i
transportat al virió (la presència d’aquesta RNApol al virió és necessaria per dur a terme els
processos de expressió dins l’hoste).
Ex atípics:
 Bunyaviridae:: té el genoma segmentat en tres parts

 Arenaviridae:: té el genoma segmentat en dos parts. El

seu genoma es denomina ambisense.
Està composat per el fragment L (large) que és (+)
ssRNA i el S (small) que és (+/-) ssRNA.

Per la transcripció del gen GPC ens cal un intermediari

replicatiu,, ja que el gen GPC surt quan es llegeix el
fragment S en sentit contrari ((-). En sentit directe (+)
obtenim directament el mRNA per traduïr la proteïna N.
* El clon infecciós
ansfectar un cultiu amb clons (+ss
ds

Si a partir de un RNA víric (+)ss podem transfectar
vector). Així que si a partir d’un vector de dsDNA obtenim el RNA i transfectem el cultiu
in vitro, també el podrem infectar.
Però, en el cas d’escollir un (-)ssRNA,
)ssRNA, no es generaran virions al cultiu perquè sense la
transcriptasa que porten els virions no podrà dur a terme la multiplicació vírica. Per
tant els genomes dels virus –ss ss no son infectius per si mateixos, si no que els hi cal
sctiptasa/replicasa en tot cas (excepte el virus de la Polio, que té un
l’acció de la transctiptasa/replicasa
genoma infectiu per si sol).
D’altra banda, els retrovirus son un cas excepcional. Són +ssRNA i primer es produeix la
biosíntesi amb l’ajut de la transcriptasa reversa (si no introduïm TR i nomes posem
genoma pur, no hi haurà infecció). Ara bé, el DNA al que dóna lloc el RNA del retrovirus
sí es infectiu per si sol.
Per a que l’RNA sigui infectiu ((-ss, +/-ss,
ss, ds) hem de posar TR al medi. Les tècniques que
s’utilitzen per introduir TR s’anomenen reverse genetics (usant un aport extra que
codifica per la TR)
Qualsevol modificació genètica que vulguem fer en qualsevol virus de RNA, cal passar-
passar
lo primer a dsDNA per poder treballar amb ell.

Expressió gènica en retrovirus

Els retroviridae tenen una molècula de +ssRNA i es val de la RNApol II de la cèl·lula hoste. Amb
la TR passen de +ssRNA a cDNA i després a dsDNA.
Té un únic promotor al genoma: la transcripció dóna lloc a un únic transcrit que s’utilitza per
• Produir més virions
• Produir div
diversos mRNAs

16
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

Expressió gènica en el VHB

Els Hepadnaviridae tenen una cadena de DNA (+) positiva i
una (-) negativa circularitzades (ja que tenen seqüències
complementàries) amb modificacions a 5’ (com proteïnes)
per tal de que no quedin tancats.
Un cop
op entra al nucli (no se sap com) les dos cadenes es
tanquen totalment (dsDNA circular supercoil). S’integra al
genoma de la cèl·lula hoste i es transcriu per la DNApol II.
Això produeix mRNA i unes proteínes de la càpside. Aquestes
proteïnes envolten diferents
rents mRNAs juntament amb TR. Dins
d’aquesta nucleocàpside immadura, la TR sintetitzarà la
cadena de (-)DNA
)DNA a partir de la (+)RNA del missatger.
Aquest híbrid (–DNA - +RNA) és inestable i es degradarà el RNA, i se sintetitzarà la cadena (+)
complementària de DNA víric (utilitzant un encebador de la cadena antiga de RNA).

Expressió gènica en herpesvirus

Els herpesvirus sintetitzen unes proteïnes early que fan de
transactivadors dels gens late
late. Aquestes proteïnes tenen un feedback
negatiu sobre si mateixes, s, fent que la expressió dels gens no no-
estructurals sigui puntual.

Reorganització en genomes segmentats

El reassortment és la barreja de material genètic de dos virus que infecten la mateixa cèl·lula.
Produeix una gran variabilitat en els virus de genoma segmentat.

Generació de genomes defectius

Les replicases RNA tenen una baixa processivitat, es desenganxen molt fàcilment de la cadena
motlle que estan copiant. Tot i així, un defectiu per a algun gen, pot infectar una altra cèl·lula
ja infectada pel mateix
ix virus (però amb el genoma complert) usant part del genoma de l’altre
virus com a complement. Per exemple, un virus defectiu per el gen de la replicasa infecta una
cèl·lula que si té aquest gen; aleshores el nou virus usarà el gen de la replicasa del virus
vir ja
establert i esdevindrà infectiu.
Això va relacionat amb la MOI, perquè a valors elevats de MOI facilitem la amplificació dels
genomes defectius, ja que fem que una cèl·lula hoste pugui ser infectada per més d’un virus
alhora. Són DI (partícules Defec
Defectives
tives Interferents; perquè els hi falta part del genoma i perquè
destorben la multiplicació de partícules víriques salvatges).

17
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

TEMA 6: TAXONOMIA VÍRICA

Classificació de Baltimore::
Classifica els virus segons la manera que tenen d
d’obtenir el +mRNA.
1. GRUP I: dsDNA
mRNA
aa (síntesi) // dsDNA
dsDNA (replicació)
ó)
2. GRUP II: (+)ssDNA
dsDNA
mRNA
aa // ssDNA
dsDNA
ssDNA
3. GRUP III: dsRNA
mRNA
aa // dsRNA
(+)ssRNA
dsRNA
4. GRUP IV: (+)ssRNA (=mRNA)
aa // (+)ssRNA
(-)ssRNA
(+)ssRNA
ssRNA
5. GRUP V: (-)ssRNA
mRNA
aa // (-)ssRNA
(+)ssRNa
(-)ssRNA
ssRNA
6. GRUP VI: RETROVIRUS SS (+)ssRNA
RNA/DNA
dsDNA
mRNA
aa //
(+)ssRNA
RNA/DNA
dsDNA
(+)ssRNA
7. GRUP VII: RETROVIRUS ds

ò, la taxonomia actual es basa en altres

Tot i això,
caràcters: propietats del virió,
ó, propietats del genoma,
propietats de les seves prote proteïnes, mètodes de
replicació, etc.

18
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

TEMA 7: ORIGEN DELS VIRUS

Les cèl·lules i els virus han co-evolucionat.
Segurament no hi ha un únic origen dels virus.
Són diferents estructures de les cèl·lules que han guanyat independència i capacitat d’auto-
replicació. Són extensions cel·lulars que estan fora de l’espai físic de la cèl·lula.
Alguns defensen que els virus serveixen per intercanviar informació entre cèl·lules sense
sexualitat; i que degut a l’efecte iceberg, una infecció vírica és un error en el procés
d’intercanvi.
Altres defensen que els virus sorgeixen a partir d’una involució cel·lular quedant-se en paràsits
simples. Però no te sentit en cap altra família que no sigui la Poxviridae. (Teoria Regressiva)
L’evolució vírica (com els virus canvien genètica i fenotípicament) es pot explicar a partir de
teories neodarwinistes. L’evolució es dóna per:
 Variabilitat genètica i fenotípica
 Processos selectius / Pressió selectiva
 Selecció d’individus variants existents que generen descendents, tot i tenir
pressió selectiva
Els virus poden anar escapant a aquestes pressions selectives (anticossos, per exemple) i donar
lloc a canvis d’hoste, mutacions, etc.
Hi ha diversos mecanismes de generació de variabilitat: mutació, recombinació,
reorganitzacions…. En RNAvirus i retrovirus per exemple és molt més ràpida donat l’elevat
índex d’error de la replicasa i la RT.

Colls d’ampolla i seqüències consens:

Si tenim un entorn que no varia, hi haurà una seqüència genòmica òptima per a un virus que
promogui la seva multiplicació (seqüència màster).
La seqüència màster te una fitness = 100% (capacitat de generar descendència viable). És la
que té major representació a la població vírica i la que genera més descendència.
Qualsevol mutació produïda a la seqüència màster farà baixar la fitness.
- Mutació letal
dóna lloc a fitness = 0
- Mutació neutral
dóna lloc a fitness = 0,999

Si l’entorn canvia (aparició d’anticossos) els

virus quedaran neutralitzats tots excepte
aquells que degut a una mutació siguin
resistents a l’Ac. Aquest(s) virus serà(n) els
únics que infectaran la cèl·lula i donaran
lloc a una descendència amb una fitness =
0,8 o 1.

Es fan estudis computacionals de qüasispècie per poder Antigenic SHIFT – petit canvi
estudiar les seqüències predominants i les semblants
entre sí, així com les mutacions que es van generant per Antigenic DRIFT – canvi brusc

19
 Virologia 2008-2009 Biologia (UAB)

sobreviure a les pressions selectives (de manera que es produeix un desplaçament en l’espai
de la seqüència).
Quan més gran sigui la distància genètica entre la seqüència màster inicial i la nova per a poder
sobreviure al nou entorn, menys possibilitats hi ha de que el virus generi mutacions per a
produir un desplaçament en l’espai de la seqüència.
Si un individu infectat fa un tractament amb 3 fàrmacs diferents a la vegada, la càrrega vírica
baixarà i tardarà molt en tornar a augmentar: necessitarà de moltes més mutacions per als 3
fàrmacs que no pas amb un de únic (tot i que al final pot esdevenir resistent a tots 3). Això és
teràpia retrovírica (ex. VIH).
Se sap que apareixen noves espècies víriques quan un virus capaç d’infectar un hoste esdevé
capaç d’infectar un altre hoste diferent (virus derivats). Per exemple, el VIH humà prové del
VIsimià (abans de sorgir el VIH l’espai de seqüència del VIH ja existia, tot i que el virus encara
no).
Que aparegui una nova espècie depèn de:
a. Un precursor víric tingui una distància genètica molt gran.
b. Freqüència en la qual hi hagi contacte entre el virus inicial i el nou virus
(ex: si un virus vegetal no infecta humans, es perquè necessitaríem un número molt
elevat de mutacions)

Pressió selectiva, mutació, fixació:

Sense mutació o variació el genoma víric es manté.
Si un retrovirus muta, al fer la seqüència consens de la població del virus serà la mateixa. En
canvi si hi apliquem un efecte selectiu (coll d’ampolla) farà que el canvi afecti fins i tot a la
seqüència consens de l’espècie.
Al llarg del temps es fixen les mutacions. La velocitat d’evolució és molt constant per cada
virus. D’aquesta manera es poden crear arbres evolutius de cada espècie i veure salts
evolutius.

  
  

 


  


20