A respiração aeróbia é o processo de degradação da glicose que tem

como aceitador final dos eletrões cedidos o oxigénio. Neste processo a

glicose é degradada totalmente, sendo os compostos finais muito pouco
energéticos.
Este processo é compreendido por quatro etapas: a glicólise, a
formação da acetil coenzima A (acetil coA); o ciclo de Krebs; e a cadeia
respiratória (ou transportadora). A primeira ocorre no hialoplasma e as
restantes na mitocôndria.
A mitocôndria é um organito membranar, isto é, tem uma membrana
externa. Além disso, tem ainda outra interna, pregueada - isto é, existe
espaço não preenchido entre as duas membranas. Esse espaço,
intermembranar, forma as cristas. O espaço dentro da mitocôndria é
designado matriz.
Após a glicólise, o ácido pirúvico é oxidado pelo NAD​+​, processo que
liberta CO​2​ (e reduz o NAD​+​ em NADH e H​+​), na matriz mitocondrial,
originando a coenzima A.
Inicia-se então o ciclo de Krebs, na matriz da mitocôndria ainda. A
acetil coA é convertida em ácido cítrico, no início do ciclo. Depois
dão-se oxidações sucessivas da molécula desse ácido, reduzindo
moléculas de NAD​+​ em NADH e H​+​, fosforilando o ADP em ATP e
reduzindo moléculas de FAD (flavina adenina dinucleótido) em FADH​2​.
Entra também uma molécula de H​2​O no ciclo, sendo hidrolisada
(decomposta). É também libertado CO​2​ ao longo do ciclo, durante as
primeiras reduções de NAD​+​. No final, a molécula existente é de ácido
oxaloacético, que irá aceitar a acetil coenzima A novamente, dando
início a novo ciclo. O balanço final deste ciclo são, por cada molécula de
glicose:
- 4 moléculas de CO​2
- 6 moléculas de NADH + H​+
- 2 moléculas de FADH​2
- 2 moléculas de ATP
 A última etapa, a cadeia respiratória, ocorre nas cristas mitocondriais,
onde estão duas membranas relativamente perto. Aqui existe uma
cadeia transportadora de eletrões em que o aceitador final dos mesmos
é o oxigénio. O sentido desta cadeira é de dentro da mitocôndria para
dentro da membrana interna, espaço intermembranar e depois regresso
à membrana interna e ao interior da mitocôndria. Esta etapa só poderá
ocorrer caso exista esse gás e é por isto que se designa respiração
aeróbia.
Os NADH + H​+​ e os FADH​2​ vão ser oxidados e os eletrões que
fornecem, juntamente com os protões (H​+​), vão entrar na membrana
interna: os eletrões permanecem dentro dela, sendo transferidos até à
ATP sintase; os protões atravessam a membrana, sempre a favor do
gradiente de concentração (sem gasto de energia), até ao espaço
intermembranar, voltando atrás quando a concentração nesse espaço é
maior. Ao entrarem novamente, pelas ATPases (ou ATP sintases), os
protões e eletrões vão juntar-se ao oxigénio, formando água, e
fosforilando o ADP, dando origem a ATP. As moléculas de água
regressam ao ciclo de Krebs, para serem degradadas.
O balanço energético da respiração aeróbia é variável, pois diferentes
compostos fornecem diferentes quantidades de energia, mas pode ser
de, até, 36 ATPs - até 40% da energia inicial da molécula de glicose.