© 2006 oleh The International Union of Biokimia dan Biologi Molekuler B IOCHEMISTRY DAN M OLECULAR B IOLOGY E ducation

Dicetak di USA Vol. 34, No 5, pp. 378-383, 2006

Latihan laboratorium

Analisis Sidik Jari DNA dari Tiga pendek Tandem Repeat (STR) Loci untuk Biokimia dan
Kursus Laboratorium Ilmu Forensik □ S

Diterima untuk publikasi, 21 November 2005, dan dalam bentuk direvisi, April 3, 2006

Kathleen McNamara-Schroeder ‡, Cheryl Olonan ‡, Simon Chu, Maria C. Montoya, Mahta Alviri, Shannon Ginty, dan John J. Love§
Dari Departemen Kimia dan Biokimia, San Diego State University, San Diego, California 92182-1030

Kami telah merancang dan menerapkan modul DNA fingerprinting untuk laboratorium divisi sarjana atas didasarkan pada amplifikasi dan analisis tiga dari 13
tandem pendek berulang lokus yang diperlukan oleh Biro Investigasi Federal Gabungan Sistem Indeks DNA (FBI CODIS) basis data. Siswa pertama
mengumpulkan epitel (pipi) sel manusia menggunakan penyeka bukal steril dan kemudian memanfaatkan commer- secara resmi tersedia kit andmaterials
untuk mengekstrak DNA genom. Ini diikuti dengan amplifikasi PCR dari tiga tertentu tandem pendek berulang lokus ( yaitu CSF1PO, TPOX, THO1).
elektroforesis gel poliakrilamida digunakan untuk menyelesaikan band alel terkait dengan tiga tandem pendek berulang lokus, dan hasilnya dianalisis secara
statistik dalam konteks genetika populasi manusia. Selain itu, DNA dikumpulkan dari keluarga, dan anak-anak alel set dibandingkan dengan orang-orang dari
orang tua untuk membantu menggambarkan ayah dan keterkaitan ibu. Modul ini memungkinkan siswa untuk menggunakan bahan dan metode yang
digunakan oleh lembaga penegak hukum yang sebenarnya dan karena itu dapat digunakan untuk latihan laboratorium dalam kurikulum biokimia tradisional
serta untuk bidang tumbuh ilmu pengetahuan dan pendidikan forensik.

Kata kunci: DNA fingerprinting, ilmu forensik, DNA genom, PCR, pendek tandem repeat (STR) lokus, polyacryl- amida gel elektroforesis (PAGE),
pewarnaan perak.

DNA fingerprinting diperkenalkan ke ilmu forensik pada tahun 1980 dan sejak
terbukti menjadi salah satu metode yang paling akurat membedakan bersalah
dari yang tidak bersalah dalam banyak kasus kriminal [1]. Telah digunakan untuk
membersihkan salah dituduh dan dipenjara individu dan telah memberikan bukti
hampir tak terbantahkan dalam keyakinan banyak penjahat. Selain itu, teknik ini
juga telah dimanfaatkan secara luas dalam membangun hubungan ayah dalam
banyak kasus perdata. Metode ini sangat tepat dan dapat bekerja pada jumlah
jejak menit dari DNA diekstraksi dari darah, air mani, urin, rambut, dan berbagai
sel-sel tubuh dan cairan ( misalnya sel pipi epitel dan air liur). Bukti seperti yang
ditemukan di TKP sering menjadi bukti kunci dalam kasus pengadilan yang
melibatkan pembunuhan dan perkosaan, dan jenis bukti juga dapat terlibat
dalam perselisihan dukungan anak. Karena meningkatnya sidik jari DNA
memainkan peran dalam banyak bidang masyarakat, penting bagi siswa untuk
terkena prinsip-prinsip kimia teknik ini dan untuk mempelajari keterampilan yang
diperlukan untuk melakukan analisis DNA akurat dan ketat.
jective adalah untuk mengajar siswa prinsip-prinsip biokimia pada akar analisis
DNA fingerprinting dan untuk memberikan penghargaan yang lebih besar dan
pemahaman manfaat dan aplikasi yang luas dalam sistem peradilan pidana saat
ini. Sebuah tujuan pembelajaran sekunder adalah untuk mengajar siswa
pentingnya teknik laboratorium yang tepat dan hati-hati yang penting untuk
keberhasilan penerapan metode ini dan untuk analisis statistik yang benar dari
data yang dihasilkan. Kami juga percaya bahwa sebenarnya bahan, protokol,
dan standar dimanfaatkan oleh laboratorium dipekerjakan oleh lembaga
penegak hukum telah matang ke titik di mana mereka dapat diselidiki dan
diterapkan di divisi sarjana kursus laboratorium pekerjaan atas.
Pendekatan kami dibangun di atas dilaporkan sebelumnya latihan
laboratorium dalam banyak protokol dapat diselesaikan dengan kit yang tersedia
secara komersial [2-6]. Dengan metode yang dilaporkan di sini, tiga dari repeat
13 tandem pendek (STR) 1

Motivasi utama untuk proyek ini adalah untuk mengembangkan modul DNA
fingerprinting untuk divisi sarjana kursus laboratorium biokimia atas. The belajar
ob-
lokus yang dibutuhkan oleh basis FBI CODIS (Gabungan DNA Indeks System)
data diperkuat, dianalisis, dan diselesaikan melalui elektroforesis gel
poliakrilamid dan protokol perak pewarnaan standar. STR adalah panjang
polimorfisme ( yaitu molekul DNA berbeda dalam panjang daripada urutan)
yang mengandung unit berulang antara 3 dan 7 bp [7]. Yang paling berguna
dari STR ini untuk genetik

□S Versi on-line dari artikel ini (tersedia di http: // www. Bambed.org) berisi rincian
tambahan mengenai protokol dijelaskan serta tokoh tambahan.

1 Singkatan yang digunakan adalah: STR, short tandem repeat; FBI CODIS, Federal
‡ Kedua penulis kontribusi sama untuk pekerjaan ini. § Untuk siapa korespondensi
harus ditangani. E-mail: jlove@sciences.sdsu.edu. Bureau of Investigation Gabungan Sistem Indeks DNA.

378 Makalah ini tersedia on line di http://www.bambed.org


penentuan identitas bervariasi antara 5 dan 21 mengulangi tergantung pada
lokus. Di Amerika Serikat, satu set dari 13 lokus inti telah distandarkan, dipilih
karena alel didistribusikan dengan baik di kalangan penduduk, dan ketika
diperkuat dengan primer spesifik, produk berkisar 150-350 bp [8, 9]. tabel
frekuensi alel untuk setiap lokus (ada yang sampai dua di setiap situs,
pembatasan mutasi dan kontaminasi) digunakan untuk menentukan frekuensi
genotip alel individu pada setiap lokus, dan frekuensi untuk masing-masing
lokus dikalikan untuk menentukan probabilitas bahwa sebuah diberikan pola
akan cocok dengan individu tertentu [1]. Penjelasan lebih rinci dari statistik dan
probabilitas digunakan dalam analisis forensik dapat ditemukan dalam Bahan
Tambahan (Bagian C). Di laboratorium forensik, satu set alel ditemukan atau
terkait dengan TKP dapat diajukan ke data base CODIS, yang berisi profil genetik
dari pelaku dihukum, tersangka, dan sampel kerja kasus di mana DNA tidak
cocok dengan korban atau tersangka [10]. Basis data dapat dicari untuk
menentukan apakah kejahatan dapat menautkan diikuti oleh analisis ulang
sampel untuk mengkonfirmasi profil yang cocok.
siswa kami memanfaatkan metode dan prosedur (pada subset dari lokus)
yang digunakan oleh laboratorium peradilan pidana seperti FBI. Secara
khusus, latihan laboratorium ini mengajarkan siswa bagaimana
menggunakan metode steril untuk mengisolasi sel-sel pipi epitel manusia,
ekstrak DNA genom dari sel-sel, memperkuat set alel pada tiga STR lokus ( yaitu
CSF1PO, TPOX, THO1), melakukan agarose dan elektroforesis gel
poliakrilamid, dan perak-noda gel. Siswa diinstruksikan tentang bagaimana
statistik menganalisis hasil dalam konteks genetika populasi manusia dan
bagaimana menghitung probabilitas bahwa DNA mereka akan cocok dengan
sampel yang diperoleh dari TKP teoritis.
Tes tambahan metodologi ini mensyaratkan pengumpulan sampel DNA
genom dari sebuah keluarga di New York. Setelah pengiriman sampel lintas
negara, analisis selanjutnya dari tiga diperkuat STR lokus memberikan bukti
eksperimental langsung dari ayah genetik dan keterkaitan ibu dari masing-
masing anggota keluarga.
PROSEDUR PERCOBAAN
Bahan pengantar
laboratorium membutuhkan waktu minimal tiga periode laboratorium penuh untuk
mencapai, dengan dua kuliah sebelum periode laboratorium pertama dan kuliah
singkat tambahan diselingi antara kegiatan laboratorium. Karena kompleksitas dari
langkah-langkah, laboratorium dapat meregang untuk menampung 4-5 periode
laboratorium (terutama di laboratorium yang lebih besar, untuk mengakomodasi
sejumlah besar siswa menggunakan peralatan). Kedua kuliah meliputi teori dasar dan
penerapan topik-topik berikut: gel elektroforesis menggunakan agarose dan
akrilamida (baik asli dan denaturasi gel); teori PCR, STR, dan multiplexing; isolasi DNA
menggunakan Promega DNA-IQ kit; analisis sampel; menghindari kontaminasi sampel
selama pengumpulan bukti; 13 lokus dari sistem CODIS; pewarnaan perak gel
akrilamida; dan penentuan identitas genetik. Latar belakang yang tepat untuk analisis
statistik dari data (dengan asumsi Hardy-Weinberg equilibrium) digambarkan dengan
siswa dengan referensi yang sesuai untuk sumber literatur.
Untuk berhasil menyelesaikan protokol ini, siswa harus mampu secara akurat pipet
volume tertentu, memiliki latar belakang informasi tentang struktur / muatan DNA,
memahami proses PCR, dan memiliki beberapa pengalaman dengan elektroforesis
gel. Kecakapan dalam metode ini dan pengetahuan yang tepat dari
379
konsep di atas diperlukan, dan karena itu disarankan agar modul ini disediakan untuk
biologi atas divisi, biokimia, dan forensik kursus laboratorium. Selain itu, asisten
laboratorium terutama didorong untuk memberikan bimbingan yang tepat ketika
bekerja dengan gel poliakrilamida relatif besar.
bahan
Bahan berikut diperlukan untuk analisis penuh tiga dijelaskan STR lokus: lateks
(atau neoprene) sarung tangan, jas laboratorium, Pipetman (nomor model yang p2,
P20, p200, dan P1000), kiat pipet steril, swab bukal (busa steril Puritan aplikator
-tipped, katalog nomor 25-1506 1PF), 1,5 ml, dan tabung microcentrifuge PCR, PCR
thermocycler, Unit gel kekuatan elektroforesis, piring kaca / penjepit / kaset / spacer
untuk gel poliakrilamida besar (31.0 cm 38,5 cm 0,4 mm), Promega DNA IQ TM
System (katalog nomor DC6701), Promega MagneSphere teknologi magnetik
pemisahan berdiri, dua posisi (nomor katalog Z5332), Promega Multiplex untuk STR
manusia berikut: CSF1PO, TPOX, TH01 (nomor katalog DC6001); dan Promega DNA
sistem pewarnaan perak (nomor katalog Q4132). Selain itu, bahan yang diperlukan
untuk setiap langkah spesifik tercantum di bagian Bahan Tambahan.
metode
Catatan untuk siswa- Semua tindakan pencegahan keselamatan harus benar-benar
dipatuhi untuk keselamatan siswa dan instruktur. Selain itu, adalah penting untuk bekerja di
bawah kondisi steril saat yang tepat dan bahwa semua tindakan pencegahan sampel secara
ketat dipatuhi sehingga mencegah kontaminasi eksternal dan / atau kontaminasi silang.
Siswa harus, setiap saat, memakai kacamata mata dan lateks atau neoprene sarung tangan
untuk menghindari kontaminasi sampel dengan DNA dari jari-jari dan untuk menghindari
mengekspos kulit untuk bahan kimia yang berbahaya dan reagen. Gunakan perlindungan
panas yang tepat dan pelindung mata tambahan ( misalnya wajah penuh plastik perisai) saat
menangani agarosa panas. Siswa harus memakai pelindung mata yang dinilai untuk
benar-benar memblokir radiasi UV ketika memvisualisasikan gel agarosa ethidium bernoda
(UV dinilai wajah penuh pelindung plastik sangat dianjurkan).
Hazards- potensial Akrilamida dalam bubuk dan cair bentuk merupakan racun
saraf dan harus ditangani sesuai. Sebuah masker wajah kedap udara harus dipakai
saat menimbang akrilamida (disarankan bahwa baik instruktur atau asisten pengajar
menangani bentuk bubuk akrilamida). Etidium bromida adalah karsinogen yang
dicurigai dan juga harus ditangani sesuai ( yaitu hati-hati dan hanya saat mengenakan
sarung tangan).
HASIL
Sebelum menerapkan modul laboratorium ini di laboratorium divisi biokimia
atas, kami ingin memastikan kelayakannya, dan oleh karena itu kami melakukan
dua percobaan fingerprinting berjalan pada lokus tiga STR digunakan secara
eksklusif dalam proyek ini ( yaitu CSF1PO, TPOX, THO1). Tujuan dari melakukan
percobaan berjalan adalah untuk memastikan bahwa modul dapat diselesaikan
secara tepat waktu dan bahwa semua aspek teknis yang terkait tidak terlalu
menuntut untuk laboratorium sarjana. Dua berjalan percobaan diikuti oleh
aplikasi yang sebenarnya di lapangan laboratorium divisi biokimia atas diajarkan
di sini di San Diego State University (SDSU) (CHEM567). Dua berjalan trial
(dengan modifikasi sesuai dengan protokol) dan aplikasi yang sebenarnya
terbukti sangat sukses dalam mencapai tujuan pembelajaran kami. Semua
modifikasi protokol yang tercantum dalam buletin teknis Promega dijelaskan
secara rinci dalam bagian Bahan Tambahan.
Pertama uji coba mensyaratkan pelaksanaan awal dari sidik jari DNA dan
mengambil tempat di laboratorium Dr.
380 BAMBED, Vol. 34, No 5, pp. 378-383, 2006

T SANGGUP saya
penomoran alel untuk pola pita masing-masing individu pada setiap lokus
Angka-angka Band untuk setiap alel untuk setiap individu di tiga lokus tercantum dalam kolom masing-masing dipimpin dengan label lokus. Kelompok etnis digunakan
untuk frekuensi alel (termasuk dalam manual Promega) tercantum dalam kolom kelima. Kolom keenam berisi kemungkinan numerik bahwa seorang individu secara acak akan
mencocokkan kombinasi tertentu alel dari sampel yang tersisa di TKP potensial.

Kolom tidak ada. CSF1PO TPOX THO1 tabel Promega digunakan 1 / () Sebuah

1 10, 11 9, 10 8, 9 Amerika Afrika 3074,11

2 10, 11 10, 11 8, 9.3 Amerika Afrika 3966,10
3 11, 12 8 9, 10 Kaukasia-Amerika 11.347,44
4 12 8, 11 6, 10 Kaukasia-Amerika 12.919,38
5 11, 13 8, 11 7, 10 Kaukasia-Amerika 60.759,79
6 9, 12 8, 11 6, 9 Kaukasia-Amerika 2083,77
7 11 11 9.3 Hispanik-Amerika 3904,81
8 12 8, 12 6, 7 Hispanik-Amerika 515,84
9 10 8, 11 6 Kaukasia-Amerika 942,27
10 10, 13 8, 11 9 Kaukasia-Amerika 4607,86
11 11, 13 8 6, 7 Kaukasia-Amerika 1378,96
12 12 8, 11 6, 9.3 Kaukasia-Amerika 195,16
13 11, 12 8 7, 9 Kaukasia-Amerika 383,36
14 11, 12 8 9.3 Kaukasia-Amerika 160,54
15 10, 12 8, 12 9.3 Kaukasia-Amerika 1410,14
16 12 8, 11 7 Kaukasia-Amerika 1397,87
17 9, 10 8, 9 9.3 kontrol K562 5610,21
Sebuah kesempatan adalah 1 / (nilai yang dihitung) bahwa seorang individu secara acak akan mencocokkan kombinasi tertentu alel dari sampel yang tersisa di TKP potensial.

Love at SDSU. penyeka bukal steril digunakan untuk mengumpulkan sel-sel T SANGGUP II

epitel dari 16 individu yang genom yang kemudian DNA-sidik jarinya untuk tiga penomoran alel untuk setiap anggota keluarga dan siswa
kontrol pada setiap lokus
STR lokus. 16 orang dipilih dalam upaya untuk sampel keragaman etnis yang
Angka-angka Band untuk setiap alel untuk setiap individu di tiga lokus tercantum dalam
luas, dan ras yang berbeda termasuk: Afrika-Amerika, Asia (Cina, Taiwan,
kolom masing-masing dipimpin dengan label lokus.
Filipina, Timur Tengah, India), dan Kaukasia. Dari 16 orang sampel, tidak
memiliki pola alel banding identik di semua tiga lokus, dan semua dianalisis Kolom tidak ada. Individu CSF1PO TPOX THO1

menggunakan frekuensi alel (disediakan dalam Manual Promega Teknis Nomor 1 Kontrol positif 9, 10 8, 9 9.3
D004) dan analisis statistik standar. Hasil tercantum dalam Tabel I. 2 kontrol siswa 1 10, 12 9, 11 7, 9
3 putri lebih tua 12, 13 8, 11 6, 9
4 Ayah 12, 13 10, 11 6, 9.3
5 Ibu 11, 12 8 9
6 putri yang lebih muda 11, 12 8, 10 9, 9.3
7 Paman 11, 12 8 7, 9
Kedua uji coba berbuntut pada kumpulan sel-sel epitel dari sebuah keluarga
8 kontrol siswa 2 12 8, 11 6
di New York (ayah, ibu, dan dua anak perempuan) dan sidik jari DNA berikutnya 9 tidak diketahui 12, 13 10, 11 6, 9.3
dari genom yang dikumpulkan di laboratorium Dr Cinta di California. Tujuan 10 kontrol siswa 3 11, 12 8, 12 7, 9.3
utama dari kedua run percobaan adalah untuk menguji kelayakan offsite
(nasional) pengumpulan sampel DNA dengan analisis yang dilakukan di SDSU
dan juga untuk menentukan kelayakan menjelajahi keterkaitan keluarga dengan hanya orang tua dengan alel CSF1PO yang memiliki 13 STR mengulangi, putri tua
menganalisis hanya tiga STR lokus. Langkah awal dari uji coba ini (pengumpulan warisan yang alel dari dia, dan karena itu alel dengan 12 mengulangi harus
sel pipi epitel) harus diulang sebagai koleksi pertama, yang disimpan pada suhu berasal dari ibu. Sebaliknya, anak yang lebih muda mewarisi CSF1PO alel nya
4 ° C untuk 1 bulan, tidak menghasilkan produk PCR yang layak. Kami dengan 11 mengulangi dari ibunya, dan karena itu dia mewarisi alel lainnya
berhipotesis bahwa bakteri atau jamur endemik mulut manusia mungkin telah ayahnya (alel dengan 12 STR mengulangi). Analisis TPOX lokus lebih mudah
menurunkan DNA genom dari individu-individu tes selama penyimpanan karena ibu hanya memiliki satu alel pada posisi yang (alel dengan delapan
sebulan pada 4 ° C. Untuk mendapatkan DNA genom yang layak, sel-sel epitel mengulangi), dan oleh karena itu jelas bahwa ayah menyumbangkan nya alel 11
yang lagi dikumpulkan di New York, dikirim ke Laboratorium Cinta semalam via ulangi dengan putri yang lebih tua dan nya alel 10 berulang untuk anak muda .
FedEx, dan langsung dianalisis pada saat diterima. Sel-sel pipi epitel segar dan Akhirnya, untuk lokus THO1, ibu hanya memiliki satu alel (9 ulangi alel), dan ayah
DNA genom terkait terbukti sebagai layak seperti yang dikumpulkan langsung membagi alel di antara anak-anaknya: alel 6 berulang untuk anak yang lebih tua
di SDSU dan akhirnya memunculkan produk PCR yang layak yang dianalisis dan 9. 3 ulangi alel untuk putri muda. Perbandingan ini memberikan bukti
melalui HALAMAN (lihat Gambar. 2). langsung yang menganalisis hanya tiga lokus

adalah cukup untuk menunjukkan keluarga

Genetik (ayah dan ibu) keterkaitan dari dua anak perempuan untuk setiap keterkaitan.
orang tua tampak jelas setelah melihat pola pita yang dihasilkan pada Tabel II Selain mengeksplorasi kelayakan koleksi DNA offsite, kami ingin menjelajahi
untuk masing-masing tiga lokus. Hal ini jelas bahwa sejak ayah adalah kemungkinan simulasi pengenalan pola yang melekat pada analisis TKP DNA (
yaitu tersangka tidak diketahui). Oleh karena itu kami di-

structed keluarga untuk memberikan penyeka bukal untuk semua anggota
keluarga dan mengulangi untuk satu individu tanpa menunjukkan identitas
mereka. Seperti dapat segera diamati pada Gambar. 2, tersangka diketahui
adalah diragukan lagi (setidaknya dalam kasus keluarga tertentu) ayah sebagai
pola pita nya dan ini tidak diketahui adalah 100% identik dan unik relatif
terhadap semua individu dianalisis.
Setelah berhasil memenuhi tujuan untuk dua uji DNA fingerprinting dijelaskan
di atas, kami menerapkan modul di laboratorium divisi biokimia atas yang
memiliki total 18 siswa, kebanyakan dari mereka adalah junior dan senior dan
jurusan kimia. Meskipun seluruh protokol relatif panjang, mahasiswa mampu
menyelesaikan protokol dan benar menganalisis data yang dihasilkan dalam tiga
periode laboratorium. Periode laboratorium pertama mensyaratkan koleksi
sampel DNA, isolasi DNA, dan PCR amplifikasi dari tiga STR lokus. Selama
periode laboratorium kedua, produk PCR divisualisasikan pada gel agarosa
(Gambar. 1 di Bahan Tambahan) diikuti oleh persiapan dan menuangkan enam
gel poliakrilamida besar oleh kelompok siswa. Sejak sebanyak 30 sampel dapat
dijalankan per gel, Anda hanya perlu untuk menjalankan satu gel akrilamida
besar, dan oleh karena itu gel terbaik dipilih untuk memuat semua sampel siswa.
Selama periode ketiga, siswa dimuat dan berlari sampel dalam gel besar dan
melakukan prosedur pewarnaan perak segera sesudahnya (data tidak
ditampilkan).
Untuk analisis statistik, siswa diperintahkan untuk menggunakan rumus P 2PQ
untuk lokus heterozigot, di mana P adalah frekuensi genotipe di lokus, p
adalah frekuensi alel dalam populasi tertentu dari set diperkuat pertama
mengulangi STR, dan q adalah frekuensi set kedua [1]. Untuk lokus
homozigot, rumus P p 2 digunakan. Alel dengan frekuensi rendah diberi
frekuensi minimal 0,002 untuk menghindari menggembungkan probabilitas
karena kehadiran alel yang langka. Untuk mendapatkan frekuensi alel
digunakan untuk p dan q, nomor Band untuk alel masing-masing individu
yang pertama ditentukan dengan membandingkan mereka ke tangga band
CTT pada gel akrilamida. Untuk lokus CSF1PO, jumlah terkecil mengulangi
tujuh, dan karena itu band migrasi tercepat (terendah) di tangga CTT
ditugaskan nomor tujuh. Untuk mendapatkan frekuensi alel, salah satu
mendongak frekuensi populasi untuk setiap band dalam tabel frekuensi alel
Promega yang disediakan (Jumlah Pedoman Teknis D004). Berikut
perhitungan probabilitas pada setiap lokus, aturan produk diaplikasikan untuk
menghitung probabilitas dari pertandingan di semua tiga lokus [9, 11].
Sebagai bagian dari pembahasan eksperimental, siswa diingatkan bahwa
penduduk harus diasumsikan dalam Hardy-Weinberg keseimbangan dan
dituntun untuk memahami bahwa 2PQ rumus ini berasal dari fakta bahwa ada
dua cara untuk mendapatkan alel pq: p dari ayah dan q dari ibu atau sebaliknya.
tabel frekuensi yang digunakan oleh siswa disediakan oleh Promega, dan
mahasiswa bisa memilih dari tabel Afrika-Amerika, Kaukasia-Amerika, atau
Hispanik-Amerika. Sayangnya, pada saat itu, tidak ada set data yang
komprehensif frekuensi populasi yang tersedia untuk orang Asia, dan karena itu
kami menggunakan
381
nilai-nilai dari tabel Kaukasia-Amerika untuk siswa Asia atau kontrol. Ini tidak
ada masalah konseptual besar seperti frekuensi, di tiga kategori lomba yang
disediakan, relatif sama untuk yang sesuai alel.
DISKUSI
Secara keseluruhan, proyek ini terbukti sangat berhasil membangun sebuah
protokol laboratorium biokimia untuk sidik jari DNA pada tingkat divisi atas
sarjana. Tujuan pembelajaran utama yang dicapai sebagai siswa yang sangat
sukses pada 1) mengisolasi DNA genom mereka dari sel pipi epitel mereka, 2)
menggunakan PCR untuk memperkuat set alel pada lokus sasaran STR ( yaitu
CSF1PO, TPOX, THO1), 3) menyelesaikan set alel dengan elektroforesis gel
poliakrilamid dan pewarnaan perak, dan 4) belajar bagaimana untuk benar
menganalisis hasil dalam konteks genetika populasi manusia dan bagaimana
menghitung probabilitas bahwa DNA mereka akan cocok dengan sampel yang
diperoleh dari TKP teoritis. Dari noteworthiness tertentu, siswa berkomentar
bahwa motivasi mereka meningkat mengetahui bahwa mereka sedang
melakukan protokol yang sebenarnya digunakan oleh lembaga informan hukum
dan pengadilan dalam menentukan bersalah atau tidak dalam kasus pidana.
Selain itu, penggunaan siswa dari DNA mereka sendiri dalam protokol
peningkatan minat mereka dengan memberikan bukti eksperimental langsung
dari sifat alel gen mereka.
Meskipun kami berhasil menggabungkan semua elemen dari total
prosedur dalam tiga periode laboratorium, mungkin lebih mudah untuk
menyebarkan laboratorium selama 4-5 periode. Mengenai langkah-langkah
tertentu dan protokol, kami menemukan bahwa pengumpulan sampel DNA
melalui swab bukal oleh siswa itu langsung, seperti prosedur isolasi DNA
selanjutnya menggunakan Promega MagneSphere teknologi pemisahan
magnetik berdiri dan bahan terkait. PCR amplifikasi lokus tiga STR juga
mudah dan memberikan siswa dengan kesempatan untuk mendapatkan
pengalaman dengan metode penting yang digunakan secara luas di banyak
bidang penelitian ilmiah. Aspek yang paling menantang dari protokol ini
adalah penyusunan piring kaca dan menuangkan dari gel akrilamida besar
untuk resolusi HALAMAN dari band STR. Sebelum instruktur dan asisten
pengajar keahlian dan pengalaman akan dibutuhkan bagi siswa harus benar
diperintahkan dalam menuangkan, pemuatan, dan menjalankan gel.
Persiapan gel besar dapat dicapai pada akhir periode kedua. Kalau tidak,
Jika latihan selesai sesuai dengan protokol, sidik jari DNA dapat
divisualisasikan cukup jelas (Gambar. 1 dan 2). The gel poliakrilamid menawarkan
resolusi tinggi dari fragmen DNA, dan prosedur pewarnaan perak menciptakan
kontras tinggi untuk visualisasi langsung dari band alel. Alel sesuai dengan STR
lokus yang berbeda relatif dibedakan dengan tangga CTT, dan pola sidik jari
DNA yang berbeda bisa diselesaikan (Tabel I dan II). Penentuan penomoran
untuk sebagian besar alel, pada perbandingan dengan tangga, adalah
382 BAMBED, Vol. 34, No 5, pp. 378-383, 2006

F IG. 1. Resolusi HALAMAN DNA STR dari tiga

lokus: CSF1PO, TPOX, THO1. PCR produk amplifikasi
yang sesuai dengan 16 uals individ-diselesaikan
pada 6% polyacryl- gel amida. Jalur yang sesuai
untuk setiap individu nomor di atas, dan jalur
dengan CTT tangga alel ditandai dengan huruf L.
Dalam disi ad-, berulang STR dari tangga alel
diilustrasikan pada kiri dan

kanan oleh bar berwarna. Bar corre- sponding untuk

mengulangi CSF1PO ( paling atas) berwarna hijau, yang untuk
TPOX ( tengah) berwarna berwarna merah muda, dan orang-
orang untuk THO1 ( bawah) berwarna

biru. alel yang diperkuat ( yaitu STR mengulangi)

dari K562 kontrol dijalankan di
jalur 17. Untuk mendapatkan nomor Band STR
ulangi untuk setiap individu, pola pita
dibandingkan dengan tangga CTT.

F IG. 2. Resolusi HALAMAN DNA STR dari keluarga

dengan satu sampel diketahui un-. gel ini diselesaikan
produk amplifikasi PCR yang cor-menanggapi tiga
lokus dari ayah, ibu, dua anak perempuan, paman,
kontrol mahasiswa, dan tidak diketahui. Sampel
dikenal un- dijalankan di jalur 9, dan DNA yang sesuai
individu dapat dengan jelas diidentifikasi di jalur 4 (
ayahnya). Keduanya digambarkan oleh kotak
pembatas merah. Jalur dengan CTT al tangga lelic
ditandai dengan ter let- L.

mudah, tetapi penting untuk dicatat bahwa, karena hanyut normal di gel, harus
ada tidak lebih dari empat jalur sampel antara jalur tangga. Hal ini juga harus
dicatat bahwa band THO1 mungkin muncul sebagai doublet, tapi fakta ini tidak
mengganggu analisis sebagai perbandingan dengan CTT alel tangga
diperbolehkan untuk tugas yang relatif ambigu. Satu-satunya alel yang
ditimbulkan masalah penugasan adalah alel 9,3 untuk lokus THO1, tapi setelah
perbandingan hati dengan alel tangga dan kontrol positif, tugas yang benar
dibuat untuk setiap individu.
Meskipun FBI menggunakan 13 lokus khusus untuk keperluan profil
tersangka, analisis dari tiga lokus yang kita dimanfaatkan (CSF1PO, TPOX, THO1)
terbukti cukup untuk mengamati perbedaan antara sidik jari DNA dari puncak-
berbeda
individu yang terlibat. Dari 25 individu dianalisis (satu individu adalah umum
untuk kedua gel), tidak memiliki pola pita yang identik. Nilai-nilai yang
tercantum dalam Tabel I, kolom paling kanan, sesuai dengan probabilitas
pertandingan acak antara “TKP” sampel dan individu tertentu. Nilai-nilai berlari
dari ratusan rendah ( misalnya termurah
1 di 160,54)
hingga puluhan ribu ( misalnya paling tinggi 1 di 60,759.79). rentang nilai ini
menunjukkan bahwa kemungkinan memperoleh pertandingan acak antara “TKP”
sampel dan individu yang tidak terkait dalam kelas laboratorium relatif kecil.
Oleh karena itu penggunaan TKP DNA pseudo-penjahat ( misalnya DNA
mahasiswa acak atau DNA profesor) tidak akan menimbulkan masalah pada
perbandingan statistik dengan DNA siswa. Selain itu, analisis pola alel STR
banding dari keluarga (ayah, ibu, dan dua

putri) membuktikan bahwa itu adalah mudah untuk membedah mana alel
diwarisi dari setiap orangtua (Gbr. 2 dan Tabel II), dan dengan demikian ayah
ditunjukkan (namun tidak selalu secara statistik terbukti) dalam kasus keluarga
tertentu.
Secara keseluruhan, hasil sukses dari tiga implementasi dan umpan balik
positif berikutnya dari siswa menunjukkan kelayakan memperkenalkan metode
DNA fingerprinting dan teknologi yang digunakan oleh lembaga penegak
hukum dalam kelas laboratorium sarjana. Pengalaman yang diperoleh dan
pengetahuan yang diperoleh akan membantu para pelajar yang berencana
untuk mengejar karir di bidang tumbuh dari ilmu forensik serta bantuan semua
siswa menjadi individu yang lebih baik informasi ketika melakukan tugas warga
negara mereka sebagai anggota juri.
REFERENSI
[1] JM Butler (2005) Forensik DNA Mengetik Biologi, Teknologi, dan
Genetika STR Spidol, Kedua Ed., Hlm. 87-113, 465-510, Elsevier Academic Press,
Burlington, MA.
[2] L. DeLong Frost, ST Peart (2003) isolasi DNA dari darah kering
383
sampel, pcr amplifikasi, dan populasi analisis: Membuat sebagian besar kit tersedia secara
komersial, Biochem. Mol. Biol. Educ. 31,
418-421.
[3] PE Kima, ME Rasche. (2004) penentuan seks menggunakan PCR,
Biochem. Mol. Biol. Educ. 32, 115-119. [4] KM Lounsbury (2003) Kejahatan adegan
investigasi: Latihan di
menghasilkan dan menganalisis bukti DNA, Biochem. Mol. Biol. Educ.
31, 37-41.
[5] JT Millard, AM Pilon (2003) Identifikasi sampel forensik melalui
DNA mitokondria di laboratorium biokimia sarjana,
J. Chem. Educ. 80, 444.
[6] L. Thion, C. Vossen, B. Couderc, M. Erard, B. Clemencon (2002)
Deteksi organisme dimodifikasi secara genetik dalam makanan oleh tion DNA pencabutan
yang dan PCR amplifikasi, Biochem. Mol. Biol. Educ. 30, 51-55. [7] PJ Lincoln, JA Thomson
(1998) Forensik DNA Profiling Protokol,
Vol. 98, pp. 105-119, 173-192, Humana Press, Totowa, NJ. [8] B.Budowle, J. Smith, T.
Moretti, J. DiZinno (2000) DNA Mengetik Pro
tocols: Biologi Molekuler dan Analisis Forensik, pp. 119-131, 135-155, Eaton Publishing,
Natick, MA. [9] N. Rudin, K. Inman (2002) Sebuah Pengantar Analisis DNA Forensik,
pp. 50-51, 139-147, CRC Press, Boca Raton, Florida. [10] CA Spencer (2004) Kesaksian
genetik, Panduan untuk DNA Forensik
profiling, Prentice Hall, Upper Saddle River, NJ. [11] G. Sun, ST McGarvey, R. Bayoumi, CJ
Mulligan, R. Barrantes, S.
Raskin, Y. Zhong, J. Akey, R. Chakraborty, R. Deka (2003) variasi genetik Global di sembilan singkat
tandem repeat lokus dan implikasi pada genetika forensik, Eur. J. Hum. Genet. 11, 39-49.