Professional Documents
Culture Documents
1. Program Studi Pendidikan Dokter,Fakultas Kedokteran, Universitas Sriwijaya, Jln. Dr. Moh. Ali Komplek RSUP Dr.
Mohammad Hoesin Km 3,5, Palembang, 30126, Indonesia
2. Bagian Biologi Molekuler Fakultas Kedokteran, Universitas Sriwijaya, Jln. Dr. Moh. Ali Komplek RSUP Dr.
Mohammad Hoesin Km 3,5, Palembang, 30126, Indonesia
E-mail: shalinovizar@yahoo.co.id
Abstrak
Sampel arsip jaringan formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) menyediakan sumber materi biologis yang
melimpah dalam studi molekuler saat ini. Kualitas asam nukelat, terutama mtDNA yang diekstraksi dari jaringan
FFPE dapat dipengaruhi oleh waktu penyimpanan. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui apakah lama waktu
penyimpanan jaringan FFPE mempengaruhi kualitas hasil ekstraksi mtDNA di Bagian Patologi Anatomi RSUP
Dr. Mohammad Hoesin Palembang. DNA diekstraksi dari 16 sampel arsip FFPE yang diambil secara acak dari
Laboratorium Patologi Anatomi RSUP dr. Mohammad Hoesin Palembang. Sampel tersebut dibagi menjadi dua
kelompok berdasarkan lama waktu penyimpanan (kurang dari 1 tahun dan 1 sampai 5 tahun). Isolat DNA dari
kedua grup diamplifikasi menggunakan PCR dengan dua primer mitokondria spesifik yaitu, Mito ND (320 pb) dan
Mito In (142 pb). Visualisasi hasil PCR dilakukan dengan metode elektroforesis. Tidak ada sampel dari kedua
kelompok lama waktu penyimpanan yang dapat diamplifikasi dengan menggunakan primer Mito ND. Namun,
hasil PCR menggunakan primer Mito In menunjukkan hasil yang positif pada semua sampel dari kedua kelompok
lama waktu penyimpanan. Penelitian ini menunjukkan bahwa lama waktu penyimpanan tidak mempengaruhi
kualitas MtDNA yang diisolasi dari sampel arsip FFPE di Bagian Patologi Anatomi RSUP Dr. Mohammad Hoesin
Palembang. Labih lanjut, penelitian ini menunjukkan bahwa mtDNA yang diekstraksi dari sampel arsip FFPE
sudah terdegradasi sehingga tidak cocok digunakan untuk penelitan tingkat genetik yang membutuhkan amplikon
mtDNA yang panjang.
Abstract
The Association of Formalin-Fixed Paraffin Embedded Archival Tissue’s Storage Time with The Quality of
Tissue’s Extracted Mitochondrial DNA. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) archival tissue presents a readily
available resource in molecular study nowadays. The quality of nucleid acid, especially mtDNA extracted from FFPE
tissue could be affected by the storage time. Thus, this study investigated if the FFPE tissue’s storage time had an effect
on the quality of the extracted mtDNA at Department of Pathology RSUP Dr. Mohammad Hoesin Palembang. DNA was
extracted from 16 randomly selected archival FFPE tissues in Laboratory of Pathology Anatomy, RSUP dr. Mohammad
Hoesin Palembang. The samples were grouped based on their storage time (less than 1 year and 1 to 5 yrs.’ old). The
isolated DNA from each group was amplified using PCR with two specific mitochondrial primers, Mito ND (320 bp)
and Mito In (142 bp). The PCR products were visualized by electrophoresis method. None of the samples from both
groups could be amplified witht the Mito ND primers. However, the PCR result of the Mito In primers showed positive
for all of the samples from each study group. The study indicated that the storage time does not affect the quality of
mtDNA isolated from the FFPE samples archived in Department of Pathology RSUP Dr. Mohammad Hoesin
Palembang. Furthermore, the study showed that the mtDNA extracted from FFPE tissue has been degraded, therefore,
the samples are not suitable for genetic studies require a long mtDNA amplicon.
1. Pendahuluan
Formalin-fixed paraffin-embedded tissue atau pada proses pembuatan, iklim, pH, suhu dan
jaringan FFPE telah secara luas dan puluhan kelembapan lingkungan penyimpanan
tahun digunakan dalam studi-studi FFPE.(Font) Kondisi lingkungan penyimpanan
imunohistokimia. Jaringan FFPE tidak hanya yang berbeda memengaruhi kualitas DNA di
merupakan sediaan sampel jaringan yang bisa dalam FFPE. Berdasarkan hal tersebut, maka
bertahan lama, tapi juga merupakan sumber penelitian ini dilakukan di kota Palembang,
material biologis berlimpah yang mudah karena RSUP Dr. Mohammad Hoesin
didapat dan memiliki biaya rendah untuk Palembang mempunyai faktor lingkungan
penggunaan skala besar.(ludyga) penyimpanan FFPE tersendiri.
Meningkatnya minat para peneliti untuk Penelitian ini dilakukan untuk
mempelajari penyakit atau kelainan-kelainan membandingkan dengan hasil penelitian
genetik sampai di tingkat asam nukleat sebelumnya di negara yang berbeda. Penelitian
menyebabkan tingginya nilai manfaat dari ini juga dilakukan untuk membandingkan
jaringan FFPE sebagai arsip sampel biologis kualitas mtDNA yang diambil dari sampel
tersimpan (Kokkat) arsip FFPE (Formalin-fixed paraffin-
Berbagai teknik ekstraksi mtDNA telah embedded tissue) dengan lama waktu
dikembangkan untuk mendapatkan isolat penyimpanan kurang dari 1 tahun dan lebih
mtDNA dari jaringan FFPE agar bisa dianalisis dari 1 tahun di RSUP Dr. Mohammad Hoesin
lebih lanjut. Namun, untuk mendapatkan hasil Palembang.
ekstraksi mtDNA dari FFPE yang cukup baik
secara kualitas dan integritas agar bisa 2. Metode Penelitian
dianalisis lebih lanjut masih merupakan Penelitian ini menggunakan jenis
tantangan tersendiri bagi para peneliti di penelitian observasional analitik dengan
bidang molekular. Umur atau lama waktu arsip desain pengambilan data cross-sectional.
jaringan blok parafin tersebut tersimpan Sampel penelitian ini adalah 16 jaringan arsip
diyakini memengaruhi kualitas dan integritas FFPE yang tersimpan kurang dari 5 tahun di
mtDNA hasil ekstraksi dari FFPE (Font) Bagian Patologi Anatomi RSUP Dr.
Beberapa penelitian yang menghubungkan Mohammad Hoesin Palembang. Sampel
lama waktu penyimpanan dengan kualitas penelitian ini dipilih secara acak dan telah
hasil ekstraksi DNA dari FFPE telah banyak memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi.
dilakukan. Terdapat level mtDNA yang sama Jaringan FFPE dengan konsistensi yang
ditemukan di jaringan beku dan sampel arsip kurang baik sehingga akan menyulitkan
FFPE dan tidak terdapat perbedaan yang pemotongannya dieksklusikan dari penelitian
signifikan pada kualitas dan kuantitas DNA ini. Semua sampel diketahui telah difiksasi
antara DNA arsip beberapa tahun lalu dengan dalam larutan formalin dan direndam dalam
arsip jaringan FFPE yang baru tesimpan parafin dengan prosedur yang sama. Sampel
selama 1–2 bulan.(Font Kokkat) tersebut dibagi menjadi dua kelompok
Selain umur atau lama waktu berdasarkan lama waktu penyimpanan, yaitu 8
penyimpanan, terdapat faktor lain yang dapat sampel dengan lama penyimpanan kurang dari
memengaruhi kualitas DNA dalam FFPE 1 tahun dan 8 sampel dengan lama
yaitu, kondisi ketika dilakukan fiksasi formalin penyimpanan lebih dari 1 tahun.
Setiap blok sampel dipotong secara seri 2 2016 0.265 0.234 1.132
sebanyak 10 potongan dengan ketebalan 8-10
3 2016 0.252 0.224 1.125
mikrometer setiap potongannya dan
dimasukkan ke dalam mikrotube 1.5ml. 4 2016 0.284 0.240 1.183
Sampel kemudian dideparafinasi terlebih
1.225
dahulu dan dilanjutkan dengan proses isolasi 5 2016 0.349 0.285
DNA untuk mendapatkan isolat DNA dari 1.122
6 2016 0.258 0.230
jaringan FFPE. Setelah dideparafinisasi dan
dilakukan isolasi DNA, isolat DNA kemudian 7 2016 0.443 0.325 1.363
diuji dengan spektrofotmetri untuk mengetahui 1.096
kemurnian DNA. Kemurnian DNA dinyatakan 8 2016 0.229 0.209
dengan membandingkan panjang gelombang 9 2015 0.293 0.259 1.131
260 nm dan 280 nm (A260/A280).
10 2015 0.266 0.242 1.099
Isolat DNA dari kedua grup diamplifikasi
menggunakan PCR dengan dua primer 11 2014 0.285 0.240 1.188
mitokondria spesifik yaitu, Mito ND (320 pb)
1.143
dan Mito In (142 pb). Sampel di PCR 12 2014 0.280 0.245
menggunakan 2 jenis primer guna 1.127
13 2013 0.257 0.228
mengidentifikasi adanya mtDNA yang
berkaitan dengan hubungan lama waktu 14 2013 0.235 0.215 1.093
penyimpanan arsip jaringan FFPE dengan 1.119
15 2012 0.244 0.218
kualitas ekstrak mtDNA dan untuk melihat
seberapa besar fragmentasi molekul-molekul 16 2012 0.243 0.217 1.120
DNA yang umumnya mengalami degradasi
akibat proses parafinisasi dan fiksasi dengan
Nilai rata-rata pengukuran hasil
formalin. Visualisasi hasil PCR dilakukan
spektrofotometri yang membandingkan
dengan metode elektroforesis gel agarose.
panjang gelombang A260/A280 pada
Kualitas mtDNA hasil isolasi dinilai
kelompok sampel dengan lama penyimpanan
dengan melihat positif atau tidaknya gambaran
kurang dari satu tahun adalah 1.172 dan pada
pita DNA di dalam gel hasil elektroforesis
kelompok sampel dengan lama penyimpanan
menggunakan sinar Ultra Violet (UV),
kurang dari satu tahun adalah 1.127. Secara
sehingga data yang akan dikumpulkan adalah
keseluruhan rata-rata hasil spektrofotometri
data nominal. Analisis data pada penelitian ini
antara dua kelompok sampel mempunyai hasil
menggunakan analisis korelasi Fisher Exact
yang tidak jauh berbeda, namun kelompok
Test.
sampel dengan lama penyimpanan diatas satu
tahun sedikit lebih tinggi.
3. Hasil
Hasil Spektrofotometri Tabel 4. Nilai Rata- Rata Hasil Spektrofotometri
Kualitas DNA dinilai melalui kemurnian DNA Subjek Usia penyimpanan FFPE
yang dinilai dengan membandingkan
pembacaan DNA pada panjang gelombang <1 tahun >1 tahun
260 nm dan 280 nm (A260/A280). A260 0.32250 0.26288
A280 0.27363 0.23300
Tabel 3. Hasil spektrofotometri
No. 260/280 Rasio A260/280 1.17212 1.12750
Tahun 260 280
Sampel
1 2016 0.500 0.442 1.131
Hasil Elektroforesis Menggunakan Mito
ND
Visualisasi hasil PCR dengan primer Mito ND
menggunakan elektroforesis tidak berhasil
mendapatkan hasil amplifikasi PCR sepanjang
320 bp pada semua sampel. Hasil visualisasi
hanya terlihat berupa sebaran DNA dan
fragmen-fragmen DNA yang tidak spesifik.
Gambar 8a. Hasil elektroforesis menggunakan primer
Mito In menunjukkan hasil positif pada seluruh
sampel pada ketinggian band 142 bp. M = DNA
Marker 50 bp. KP merupakan Kontrol Positif dan
KN merupakan Kontrol Negatif