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CUESTIONARIO

1- Haz un BLAST de la proteína eIF-4E de Drosophila melanogaster.


a) ¿Qué organismo distinto de Drosophila tiene el eIF-4E mas parecido? ¿Cuál es su % de
identidad y homología?
Homología Identidad

b) ¿Qué organismo, distinto de insecto tiene el eIF-4E mas parecido? ¿Cuál es su % de


identidad y homología?
Homología Identidad

c) ¿Cuál es el % de identidad y homología del eIF-4E de Drosophila con el humano?

RecName: Full=Eukaryotic translation initiation factor 4E; Short=eIF-4E; Short=eIF4E; AltName:


Full=eIF-4F 25 kDa subunit; AltName: Full=mRNA cap-binding protein [Homo sapiens]

MATVEPETTPTPNPPTTEEEKTESNQEVANPEHYIKHPLQNRWALWFFKNDKSKTWQANLRLISKFDTVE
DFWALYNHIQLSSNLMPGCDYSLFKDGIEPMWEDEKNKRGGRWLITLNKQQRRSDLDRFWLETLLCLIGE
SFDDYSDDVCGAVVNVRAKGDKIAIWTTECENREAVTHIGRVYKERLGLPPKIVIGYQSHADTATKSGST
TKNRFVV
2- a) ¿En que cromosoma se encuentra el gen del eIF-4E humano? (pista, Map viewer, human).

EIF4E eukaryotic translation initiation factor 4E


[ Homo sapiens (human) ]

b) ¿Cuál es su localización (brazo largo/corto; cerca del centrómero/telómero)?

Cromosoma 2: brazo largo

Cromosoma 3: cerca del centrómero en el brazo corto

Cromosoma 4:Brazo largo

Cromosoma 14: Brazo corto cerca del telomero y cerca del centrómero

Cromosoma 15: Brazo largo

c) ¿Cuántos intrones tiene? (pista, NCBI genome)


b) ¿Cuántas hélices tiene la proteína eIF-4E humana? (pista, NCBI structure).

Eukaryotic translation initiation factor 4E [Homo


sapiens]
MATVEPEATPTPNPPTTEEEKTESNQEVANPEHYIKHPLQNRWALWFFKNDKSKTWQANLRLISKFDTVE
DFWALYNHIQLSSNLMPGCDYSLFKDGIEPMWEDEKNKRGGRWLITLNKQQRRSDLDRFWLETLLCLIGE
SFDDYSDDVCGAVVNVRAKGDKIAIWTTECENREAVTHIGRVYKERLGLPPKIVIGYQSHADTATKSGST
TKNRFVV
Helices alfa: 7

Helices beta:7

e) ¿Cuál es la función biológica del eIF-4E humano? ¿Qué les pasa a los ratones transgénicos
que lo sobreexpresan? (pista, NCBI OMIM)

Description

All eukaryotic cellular mRNAs are blocked at their 5-prime ends with the 7-
methylguanosine cap structure, m7GpppX (where X is any nucleotide). This structure is
involved in several cellular processes including enhanced translational efficiency,
splicing, mRNA stability, and RNA nuclear export. EIF4E is a eukaryotic translation
initiation factor involved in directing ribosomes to the cap structure of mRNAs. It is a
24-kD polypeptide that exists as both a free form and as part of a multiprotein complex
termed EIF4F. The EIF4E polypeptide is the rate-limiting component of the eukaryotic
translation apparatus and is involved in the mRNA-ribosome binding step of eukaryotic
protein synthesis. The other subunits of EIF4F are a 50-kD polypeptide, termed EIF4A
(see 601102), that possesses ATPase and RNA helicase activities, and a 220-kD
polypeptide, EIF4G (600495) (summary by Rychlik et al., 1987).

Gene Function

Jones et al. (1997) stated that EIF4E is the rate-limiting component in protein synthesis
and may play a role in growth regulation. The overexpression of EIF4E can cause
malignant transformation.

Boussemart et al. (2014) demonstrated that the persistent formation of the eIF4F
complex, comprising the eIF4E cap-binding protein, the eIF4G (600495) scaffolding
protein, and the eIF4A (602641) RNA helicase, is associated with resistance to anti-
BRAF (164757), anti-MEK (176872), and anti-BRAF plus anti-MEK drug combinations
in BRAF(V600) (164757.0001)-mutant melanoma, colon, and thyroid cancer cell lines.
Resistance to treatment and maintenance of eIF4F complex formation is associated
with 1 of 3 mechanisms: reactivation of MAPK (see 176948) signaling; persistent ERK-
independent phosphorylation of the inhibitory eIF4E-binding protein 4EBP1; or
increased proapoptotic BMF (606266)-dependent degradation of eIF4G. The
development of an in situ method to detect the eIF4E-eIF4G interactions showed that
eIF4F complex formation is decreased in tumors that respond to anti-BRAF therapy
and increased in resistant metastases compared to tumors before treatment. Strikingly,
inhibiting the eIF4F complex, either by blocking the eIF4E-eIF4G interaction or by
targeting eIF4A, synergized with inhibiting BRAF(V600) to kill the cancer cells. eIF4F
appeared not only to be an indicator of both innate and acquired resistance, but also a
therapeutic target. Boussemart et al. (2014) concluded that combinations of drugs
targeting BRAF (and/or MEK) and eIF4F may overcome most of the resistance
mechanisms in BRAF(V600)-mutant cancers.

3- Queremos obtener un fragmento terminal izquierdo del DNA de Ø29 lo mas corto posible.
¿Con que enzima deberíamos digerir para obtenerlo:
El fragmento terminal izquiero mas corto se logra con BstNI o PspGI

4- ¿Cuántos fragmentos y de qué tamaño se obtendrían al digerir el fragmento terminal


izquierdo del DNA de Ø29 (V01121) con Taq I?
5- ¿Cuántas fase de lectura
abierta de más de 30 aa
hay en el fragmento terminal izquierdo del DNA? ¿Con que enzimas de restricción habría que
digerir para clonar la mas próxima al extremo izquierdo?.
6- El DNA del fago Ø29 tiene covalentemente unido a sus extremos 5´ una proteína llamada
proteína terminal. La proteína terminal (p3) es el producto del gen 3 (gp3), que se encuentra
en la mitad izquierda del genoma.

a) ¿Cuántos aminoácidos tiene la proteína p3? (pista, NCBI protein).

Tiene 265 amoniacidos

b) La unión entre el DNA y p3 se efectúa mediante un enlace fosfoéster entre el nucleótido 5´


terminal y el OH de un aminoácido de p3. ¿Cuál es ese aminoácido? ¿Qué posición ocupa en la
proteína? (pista, NCBI protein).

Esta proteína terminal, denominada p3, es el producto del gen viral 3, y está unida al DNA por
un enlace fosfoester entre el grupo OH del residuo de serina y 5’-dAMP.

c) Haz un BLAST de la proteína terminal de Ø29. Según esto ¿Que fagos están evolutivamente
mas próximos a Ø29? (pista, NCBI blastp).

FASTA:
ANMRYQFEKNAYGVVASKAKIAEIERNTKEVQRLVDEKIKAMKDKEYYAGGKPQGTIEQRIAMTSPAHVT
GINRPHDFDFSKVRSYSRLRTLEESMEMRTDPQYYEKKMIQLQLNFIKSVEGSFNSFDAADELIEELKKI
PPDDFYELFLRISEISFEEFDSEGNTVENVEGNVYKILSYLEQYRRGDFDLSLKGF
Rpta:

Los fagos que están evolutivamente mas próximos a Ø29 son: Homología