L’ACQUA

Struttura e proprieta’ dell’acqua

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
 Le proprietà del ghiaccio e
dell’acqua liquida sono in gran parte
dovute alla presenza di
legami idrogeno inter-molecolari
DONATORE ACCETTORE

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
Struttura cristallina del ghiaccio

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
L’acqua liquida ha una struttura
che fluttua rapidamente
2 x 1011 s-1

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
 I legami idrogeno e le altre
interazioni deboli presenti nelle
molecole biologiche
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
NB: 1 kcal = 4.183 kJ

(D. Voet, J.G. Voet, C.W. Pratt, Fundamentals of Biochemistry, 2nd ed., John Wiley & Sons, 2005)
(D. Voet, J.G. Voet, C.W. Pratt, Fundamentals of Biochemistry, 2nd ed., John Wiley & Sons, 2005)
 L’acqua come solvente

• Molecole polari o idrofiliche

• Molecole apolari o idrofobiche
• La legge di Coulomb:

kq 1 q 2
F = 2
Dr
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
L’acqua e le molecole non polari
o idrofobiche
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
Struttura dei Clatrati

(D. Voet, J.G. Voet, C.W. Pratt, Fundamentals of Biochemistry, 2nd ed., John Wiley & Sons, 2005)
Le proprietà chimiche dell’acqua

- Reazioni acido-base secondo Bronsted-Lowry

- Equilibri di dissociazione
- Concetto di pH
- Equazione di Henderson – Hasselbalch
- Acidi poliprotici
- Sistemi tampone
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
Costanti di equlibrio e pKa per la dissociazione acida di alcuni acidi deboli

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
Costanti di equlibrio e pKa per la dissociazione acida di alcuni composti di riferimento

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
 Potere-Tampone

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
Potere –Tampone: utile per valori di pH = pKa + 1

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3° ed., John Wiley & Sons, 2004)
 Potere tampone nel sangue
• pH fisiologico 7.4
• Acidosi pH < 7.1
• Alcalosi pH > 7.6

• CO2 + H2O H2CO3 H+ + HCO3-

• Ostruzione polmonare Æ acidosi
• Iperventilazione polmonare Æ alcalosi
 Titolazione di Gly
• ANIMATED_Lessons_V&V\Open_Animate
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 SUMMARY 1
• Water is essential for all living organisms
• Water molecules can form H-bonds with other molecules
because they have two H-atoms that can be donated
and two lone electron pairs that can accept H-bonds.
• Liquid water is an irregular and dynamic network of H-
bonded water molecules.
• Hydrophilic substances can dissolve readily in water.
• The hydrophobic effect is the tendency of water to
minimize its contacts with apolar molecules (increasing
solvent entropy).
• Water ionizes to H+ (“representative” of the hydronium
ion(s)) and OH-.
 SUMMARY 2
• The concentration of H+ in solution is represented by the
pH value: acidic, neutral, basic solutions are therefore
defined.
• According to Bronsted & Lowry, acids donate protons,
bases accept protons. The strength of an acid is
expressed by its pKa.
• The Henderson-Hasselbalch equation relates the pH of a
solution to the pKa of an acid and to the concentration
of its dissociated and indissociated forms.
• Buffer solution resist pH changes best at the pKa value +
1 pH units
 Reazioni biochimiche

• Migliaia di reazioni cellulari

apparentemente molto complesse
• I principali tipi di reazione sono
relativamente pochi e generalizzabili
• Le reazioni biochimiche seguono
(ovviamente) i meccanismi classici della
chimica organica
 Reazioni biochimiche di
riferimento

• SOSTITUZIONE NUCLEOFILA
• ELIMINAZIONE
• ADDIZIONE
• ISOMERIZZAZIONE
• OSSIDO-RIDUZIONE
 METABOLISMO

• Insieme di processi biochimici

• Possibile grazie al flusso di energia e
nutrienti
• Migliaia di reazioni biochimiche
• Migliaia di enzimi
 Funzioni tipiche del
metabolismo
• Acquisizione e utilizzo di grandi
quantita’ di energia
• Sintesi di molecole organiche per la
composizione e funzionamento della
cellula (proteine, acidi nucleici, lipidi...)
• Accrescimento e sviluppo
• Eliminazione dei prodotti di rifiuto
 http://www.expasy.ch/cgibin/show_thumbnails.pl

• Metab_Patways_complete.htm
• Urea_Cycle.htm
• G2_region.htm