Módulo 1.

Ecologia microbiana

MICRORGANISMOS
DOS AMBIENTES
AQUÁTICOS
 Conceitos 1
 Em comparação com a taxa de difusão no ar, o
oxigénio difunde-se na água a uma taxa lenta; esta
característica é uma das mais importantes na definição
das características da água como um ambiente para o
crescimento e o funcionamento microbiano
 Depois de dissolvido na água, o oxigénio pode ser
mais rapidamente usado pelos microrganismos do que
a taxa a que é reposto: criação de zonas anaeróbias
 Se a luz penetrar nessas zonas anaeróbias, podem
desenvolver-se grupos específicos de microrganismos
fotossintéticos
 Também podem desenvolver-se comunidades
microbianas especializadas na interface entre regiões
anaeróbias e aeróbias
 Conceitos 2
 Os ambientes aquáticos, tanto marinhos
como de água doce, incluem grandes volumes
de água fria e de gelo
 Para além da água doce armazenada nos
glaciares e nas regiões polares, o gelo marinho
cobre aproximadamente 7% da superfície da
Terra
 A água fria (2-3%) e as águas de elevadas
pressões dos oceanos são locais importantes
para a sobrevivência e o funcionamento
microbianos
Conceitos 3
 Os ambientes aquáticos permitem o
desenvolvimento de muitos tipos únicos de
microrganismos, incluindo microrganismos das
nascentes hidrotermais dos fundos dos oceanos
 Outros microrganismos fazem a ligação entre
recursos espacialmente separados, como nitrato
e sulfato
 Continuam hoje a ser descobertos novos
microrganismos nos ambientes aquáticos
 Os ciclos biogeoquímicos do carbono, do azoto,
do enxofre e dos fósforo dos lagos e dos
ambientes marinhos envolvem interacções locais
e através de vastas distâncias
Conceitos 4
 O fitoplâncton (organismos fotossintéticos
procariotas e eucariotas) forma a base da
produção primária na maioria dos ambientes
marinhos e de água doce
 O fitoplâncton liberta matéria orgânica dissolvida
e particulada que é usada pelos microrganismos
heterotróficos
 Parte do fitoplâncton é consumida pelos
predadores, libertando nutrientes que são
reciclados e novamente usados pelo fitoplâncton
(loop microbiano)
 O ferro e o azoto podem limitar a actividade do
loop microbiano em diferentes ambientes
marinhos
Conceitos 5
 São constantemente adicionados à água
microrganismos patogénicos e matéria
orgânica que podem ser transportados ao
longo de grandes distâncias,
principalmente em rios, lagos e oceanos
 As poeiras atmosféricas e outros
materiais como poluentes, podem ser
transportados a regiões longínquas dos
oceanos, dos corpos de água doce e das
regiões cobertas de gelo
Conceitos 6
 Muitos patogénicos humanos, como Shigella, Vibrio
e Legionella, encontram-se na água
 Uns ocorrem normalmente e outros podem
sobreviver durante períodos de tempo variáveis
depois de serem adicionados à água
 Por serem seus predadores, os protozoários
providenciam muitas vezes protecção para estes
patogénicos, principalmente quando estão
associados em biofilmes
 Os ambientes aquáticos são reservatórios e
vectores de transmissão de microrganismos
patogénicos.
 Um dos objectivos da gestão dos ecossistemas
aquáticos é o controlo da sobrevivência e da
transferência de microrganismos patogénicos
Conceitos 7
 A água é um reservatório importante para a
sobrevivência e para a disseminação de
protozoários e de vírus, que não são
controlados pela adição de cloro à água
 Protozoários patogénicos incluem
Cryptosporidium, Cyclospora e Giardia
 A água subterrânea é uma fonte importante
de água potável, principalmente em zonas
suburbanas e rurais
 Em muitos casos, este recurso está
contaminado por microrganismos
patogénicos e por nutrientes, derivados
principalmente de fossas sépticas
Módulo 1 – Ecologia microbiana
(Microrganismos dos ambientes aquáticos)

AMBIENTES
AQUÁTICOS E
MICRORGANISMOS
 Ambientes aquáticos diversos:
◦ corpo humano, bebidas, rios, lagos,
oceanos, zonas saturadas dos
solos; desde alcalinos a
extremamente ácidos
◦ temperaturas nas quais os
microrganismos funcionam: -15ºC
a ≥121ºC
 Alguns dos microrganismos
mais intrigantes existem em
ambientes de temperaturas
elevadas
◦ géisers do Parque Nacional de
Yellowstone, EUA (termófilo
Thermus aquaticus)
◦ nascentes hidrotermais oceânicas
(hipertermófilo Pyrolobus fumarii)
 Principais factores que controlam as comunidades
microbianas dos ambientes aquáticos: mistura e
movimento de nutrientes, O2 e produtos de
excreção
◦ Nas lagos e nos oceanos, a matéria orgânica
proveniente da superfície afunda-se, criando zonas
ricas em nutrientes onde ocorre decomposição
◦ Os gases e os produtos solúveis produzidos por esses
microrganismos nas zonas profundas podem difundir-
se para as camadas superiores estimulando a
actividade de outros microrganismos
 Um objectivo da microbiologia é o isolamento e a
cultura de microrganismos marinhos únicos,
principalmente na busca de microrganismos que
produzam antibióticos (ver diapositivo seguinte)
 Novos agentes em medicina
 Maior parte dos antibióticos correntes:
microrganismos do solo, principalmente
ascomicetes, mas também de outros fungos e
de bactérias Gram-positivas
 Mais de 100 produtos são hoje usados como
antibióticos, agentes anti-tumorais e agro-
químicos
 Recentemente os microrganismos marinhos
têm recebido mais atenção
 Alguns dos mais recentes agentes químicos
são metabolitos de microalgas
 Também existe muito interesse na cultura de
microrganismos marinhos simbióticos com
hospedeiros macroscópicos
 Os microrganismos marinhos podem
providenciar compostos bioactivos que não
ocorrem nos microrganismos terrestres

Prochloron sp., um microrganismo unicelular marinho simbiótico com ascídias (tunicados

marinhos). Descoberto em 1976. Contém clorofila a e b e carotenóides
Os gases e os microrganismos aquáticos
 A distância (à escala microbiana) até uma bolha de ar ou
até à superfície limita a difusão de oxigénio na água
 Os ambientes aquáticos têm baixa difusão de oxigénio
(1/10000 da taxa de difusão numa fase gasosa)
 Na figura seguinte, as setas largas representam o fluxo
rápido de oxigénio através do ar; a diminuição da
intensidade da cor azul representa a diminuição da
concentração de oxigénio
 Depois de penetrar na água o oxigénio difunde-se
lentamente (seta castanha mais estreita) e a sua
concentração vai diminuindo até ser finalmente utilizado
por um microrganismo
 De acordo com a figura, a concentração de oxigénio
disponível para uma enzima pode ser apenas 1/1000 da
concentração atmosférica de oxigénio
 Difusão do oxigénio na água
Microrganismo

Bolha
Meio líquido
de ar
Enzima
respiratória

Interface da bolha
Concentração de oxigénio em ppm

100 000 de ar (barreira)

10 000
(escala logarítmica)

1 000 Ar Água Célula

100
Meio líquido
10
Célula microbiana
(barreira)
1
Concentração na
0.1 superfície da enzima
Taxas de difusão e barreiras à difusão do oxigénio
Efeito da temperatura da água e da altitude
na concentração de O2 dissolvido (mg/litro)
Elevação acima do nível do mar
(metros)
Temperatura (ºC) 0 1000 2000 3000
0 14.6 12.9 11.4 10.2
5 12.8 11.2 9.9 8.9
10 11.3 9.9 8.8 7.9
15 10.0 8.9 7.9 7.1
25 9.1 8.1 7.1 6.4
20 8.2 7.3 6.4 5.8
35 7.5 6.6 5.9 5.3
40 6.9 6.1 5.4 4.9
A solubilidade do oxigénio diminui com o aumento da temperatura e
com a diminuição da pressão: formação de zonas hipóxicas ou
anóxicas nos ambientes aquáticos com microrganismos quimiotróficos
e fototróficos especializados
O CO2 dissolvido
 Importante em processos químicos e biológicos
 O sistema tampão do bicarbonato (figura seguinte)
mantém o equilíbrio entre o dióxido de carbono, o
bicarbonato e o carbonato, que controlam o pH da
água
 O pH da água destilada (não tamponada) é
determinado pelo CO2 dissolvido em equilíbrio com
o ar e é aproximadamente 5.0-5.5
 A água tamponada a pH 8.0 contém CO2 absorvido
do ar, principalmente sob a forma de bicarbonato
(HCO3-)
 Quando os microrganismos autotróficos como as
algas usam o CO2 da água, o seu pH geralmente
aumenta
Relação entre pH e CO2 dissolvido
Os gases atmosféricos afectam as características físicas da água. O pH da
água é influenciado pela quantidade de CO2 na água e também pelo equilíbrio
entre o CO2 dissolvido e os iões bicarbonato e carbonato
100 CO2 dissolvido
Percentagem do carbono total

80
Bicarbonato
(HCO3-)
60

40

20 Carbonato
(CO32-)

0
5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0
pH
Nutrientes nos ambientes aquáticos
 Concentração muito variável; muitos nutrientes nos
ambientes poluídos e nos esgotos
 Taxa de reciclagem muito variável; nos ambientes
marinhos pode demorar centenas a milhares de anos,
nos pauis, sapais e estuários a taxa é rápida
 Uma das formas de ilustrar os gradientes de
nutrientes e a sua exploração por diferentes
microrganismos é a coluna de Winogradsky
◦ Microcosmos no qual os microrganismos e os nutrientes
interagem num gradiente vertical de condições
◦ Os produtos da fermentação e sulfito sobem a partir da
zona de redução inferior (condições semelhantes aos
sedimentos ricos em nutrientes dos lagos).
◦ A luz permite o crescimento de microrganismos
fotossintéticos, tanto aeróbios (zona superior) como
anaeróbios (zona inferior)
 A coluna de Winogradsky

Diatomáceas e cianobactérias (fotoautotróficos)

Camada de água

Camada de lama com O2 Algas e microrganismos aeróbios que oxidam

sulfato: Beggiatoa, Thiobacillus, Thiothrix. Usam
(castanho-claro)
compostos reduzidos de enxofre como fonte de e- e
O2 como aceitador

Fotoheterotróficos: bactérias púrpuras não

Zona cor de sulfurosas Rhodospirilum, Rhodopseudomonas.
Lama ferrugem Usam MO como fonte de e- sob condições
anaeróbias

Zona Chromatium
vermelha usam sulfito de hidrogénio como dador
Lama + Zona de e- e CO2 como fonte de C
enxofre, Chlorobium
verde
carbonato
e fonte de Difusão de H2S Clostridium (celulose → produtos de fermentação)
celulose Zona anaeróbia com H2S (preta) Desulfovibrio (produtos de fermentação+sulfato → sulfito)
Ciclos de nutrientes nos ambientes aquáticos
 Fotossíntese, principalmente fitoplâncton =
principal fonte de MO nas superfícies iluminadas
◦ E.g. cianobactéria Synechococcus sp.: pode atingir
densidades de 104-105 células/ml
◦ Picocianobactérias podem representar 20-80% da
biomassa de fitoplâncton
 Para crescer o fitoplâncton necessita de N e de P
 A composição da água em nutrientes afecta a
razão C:N:P das células

◦ 106C:16N:1P = razão de Redfield=razão óptima para

o crescimento dos organismos foto-autotróficos
 MO fixada pelo fitoplâncton entra no
loop microbiano, onde é reciclada em
CO2 e minerais
 MO dissolvida libertada pelo fitoplâncton
usada pelos microrganismos
heterotróficos tornando-se parte da MO
particulada
 Organismos heterotróficos consumidos
por predadores (protozoários e
metazoários) libertando CO2 e minerais
 O loop microbiano (setas vermelhas).
Uma grande parte da MO sintetizada durante a fotossíntese pelo fitoplâncton é
libertada como MO dissolvida (DOM). DOM usada pelas bactérias tornando-se POM.
Parte das bactérias é consumida pelos protozoários; após digestão os nutrientes das
bactérias e dos protozoários são mineralizados e voltam ao fitoplâncton (loop)

Consumi-
dores

Zooplâncton

Protozoários
POM

Bactérias

DOM
Azoto (N)
Fósforo (P)
Fitoplâncton
CO2 e
minerais
Módulo 1 – Ecologia microbiana
(Microrganismos dos ambientes aquáticos)

A COMUNIDADE
MICROBIANA
 Diversidade elevada
 Adaptações especiais a ambientes aquáticos
particulares
 Enorme abundância de ultramicrobactérias/
nanobactérias (<0.2mm); dominantes nos
ecossistemas marinhos, podem atingir 1012-1013
células/ml; e.g. Sphingomonas sp.

Sphingomonas sp.
 Maior bactéria
conhecida:
Thiomargarita namibiensis
◦ diâmetro100-300 mm
◦ usa sulfito como fonte de
energia e nitrato como
aceitador de e-
◦ acumula nitrato num
enorme vacúolo interno
(pode ocupar 98% do seu
volume e atingir
[800mM])
◦ grânulos de enxofre na Thiomargarita namibiensis
camada de citoplasma
 A bactéria “esparguete”
Grânulos de enxofre
 Adaptação: capacidade de ligar
e usar recursos que se
encontram espacialmente
separados
◦ Thioploca sp. : na costa do Chile
onde água pobre em O2 mas rica
em nitrato está em contacto
com sedimentos ricos em sulfito
◦ Células 15-40 mm largura e
muitos cm comprimento; (daí o
nome esparguete…)
◦ Formam estruturas filamentosas
na superfície e no interior dos
sedimentos
◦ Usam o sulfito dos sedimentos
anaeróbios e o nitrato da coluna
de água aeróbia
◦ Constituem a maior comunidade
de bactérias visíveis a olho nu
As superfícies expostas na água
 Alguns microrganismos exploram as superfícies e
os gradientes de nutrientes
 São aeróbios obrigatórios mas alguns podem
fazer desnitrificação (Hyphomicrobium sp.)
 As bactérias são muitas vezes pioneiras da
colonização das superfícies, abrindo o caminho
para a formação de biofilmes
 Sphaerotilus sp. e Leucothrix sp.

 Caulobacter sp. e Hyphomicrobium sp.

 Flexithrix sp. e Flexibacter sp.

Os fungos aquáticos
 Oomicetes – bolores aquáticos
◦ Têm esporos assexuados móveis com 2 flagelos
 Quitrídeos
◦ Têm esporos assexuados móveis com 1 flagelo
◦ Importantes na decomposição da MO e como agentes
patogénicos e parasitas (e.g. Batrachochytrium dendrobatidis
na pele dos anfíbios, causando a sua morte); também
parasitam algas
 Fungos imperfeitos (Filo Deuteromycota) ou
hifomicetes aquáticos
◦ Esporulam dentro de água; os esporos ou conídeos em
forma tetra-radiada ou de S são transportados na água; ao
contactar com uma folha, colam-se e começam a crescer
micélio que penetra na folha e promove a sua
decomposição
◦ Importantes na decomposição da matéria orgânica (folhas
e outros detritos) nos rios
Os hifomicetes aquáticos
 0
Zona fótica
Os ambientes marinhos
1000 Zona dos
barotolerantes  A profundidade condiciona a
2000 disponibilidade de luz e a pressão:
◦ pressão aumenta 1 atm/10 m de
3000
Zona dos profundidade
4000 barofílicos ◦ atinge 1100 atm nas zonas mais
moderados profundas (11000 m)
Profundidade (m)

5000  Os microrganismos que se

encontram em várias
6000 profundidades têm
especializações para diferentes
7000
pressões
8000 ◦ Barotolerantes (podem crescer
Zona dos
entre 0-400 atm)
9000 barofílicos ◦ Barofílicos moderados(óptimo a
extremos 400 atm, mas podem crescer a 1
10000 atm)
◦ Barofílicos extremos (apenas
11000 crescem a pressões >400 atm)
0 1100
Pressão (atmosferas)
Ciclo dos nutrientes nos oceanos
 Maior parte da reciclagem de nutrientes
ocorre até aos 300 m de profundidade
◦ Fitoplâncton cresce na zona iluminada e cai até
ao fundo
◦ Na descida é decomposto; abaixo dos 300m não
existe praticamente MO por decompor
◦ Abaixo dos 300m praticamente não existe MO
(ambiente oligotrófico) e apenas alguns
microrganismos conseguem sobreviver nessas
condições
 Metano hidratado acumula-se no fundo dos
oceanos devido às baixas temperaturas e à
enorme pressão
 Retorno do CO2 à atmosfera
Uso e libertação de CO2 Dias-meses Anos-séculos
CO2
HCO3-
Zona superior Fotossíntese Respiração
0-300m
Upwelling e
Fitoplâncton difusão
Zooplâncton
Microrganismos
Termoclino
Carbono de DOC
origem terrestre
CO2 HCO3-
POC dissolvidos

Oceano Respiração e decomposição;

transporte na zona profunda
profundo

O metano deposita-se
CH4
nos sedimentos
Os nutrientes e os oceanos
 Apesar da enorme capacidade que os
oceanos têm para acumular poluentes, o
aumento crescente das populações
humanas nas zonas costeiras e a baixa
taxa de mistura das águas costeiras com o
oceano aberto está a aumentar a carga de
nutrientes e a carga microbiana em zonas
como o Mar Báltico e o Mar
Mediterrâneo
 Marés vermelhas:
devidas a crescimento
exagerado de algas
(e.g. Pseudonitzschia)
podem levar à morte
dos consumidores por
cauda de neurotoxinas
 Impactos negativos na
economia porque não A diatomácea Pseudonitzschia
se podem apanhar http://wdfw.wa.gov/science/articles/ra
zor_clams/index.html
bivalves
 Pfiesteria piscicida:
dinoflagelado que
provoca a morte dos
peixes
 Nos humanos pode
causar perda de
memória

Dinoflagelados: grupo de protistas

com flagelos
http://pt.wikipedia.org/wiki/Dinoflagel
ado
 Os ambientes de água doce: lagos
 A maior parte da água doce encontra-se congelada; o
resto é água subterrânea ou encontra-se nos lagos e
nos rios
 Nos lagos criam-se gradientes verticais porque existe
pouca mistura da água

O aquecimento diferencial da
coluna de água cria diferenças na
temperatura que resultam na
formação de camadas de água com
diferentes densidades:
Epilimnion
Metalimnion (termoclino)
Hipolimnion
Lagos oligotróficos
Contêm muito poucos nutrientes dissolvidos e baixa
população microbiana
Saturados em oxigénio

Lagos eutróficos
Contêm muitos nutrientes dissolvidos
Apenas a zona superior está saturada em O2
A zona inferior (sedimentos) assim como o hipolimnion
têm carga elevada de matéria orgânica e podem ser
anaeróbias, com o desenvolvimento de microrganismos
sulfurosos fotossintéticos como Chromatium e
Chlorobium

Eutrofização
Quando é adicionada à água uma carga de nutrientes (N
e P) ocorre crescimento pronunciado de plantas, algas e
bactérias
A decomposição desta grande quantidade de MO pode
levar à anóxia nestes lagos
Variação sazonal do perfil de oxigénio dissolvido nos lagos
oligotróficos e eutróficos
Nos lagos oligotróficos depende apenas da temperatura
Nos lagos eutróficos está relacionada com a carga de matéria orgânica
 As cianobactérias
 Papel importante na acumulação de nutrientes mesmo
na ausência de azoto porque muitos géneros fixam
azoto atmosférico
◦ Anabaena, Nostoc, Cylindrospermum fixam azoto sob condições
aeróbias
◦ Oscillatoria fixa azoto sob condições anaeróbias
 Pode ocorrer eutrofização mesmo sem adição de azoto,
apenas com adição de fósforo
 Vantagens competitivas em relação às algas
◦ Não necessitam de azoto
◦ Funcionam mais eficientemente sob condições de pH elevado
(8.5-9.5) e de temperatura alta (30-35ºC)
◦ Usam CO2 a taxas elevadas, aumentando o pH da água e
tornando-a pouco propícia ao desenvolvimento das algas
◦ Muitas espécies produzem toxinas, sendo menos consumidas
que as algas; as toxinas causam grandes problemas ambientais
e de saúde pública na eutrofização por cianobactérias
 Rios e ribeiros 1
 Existem gradientes longitudinais (i.e., de distância) e
temporais
 Existência de corrente: maior parte dos
microrganismos aderentes às superfícies expostas;
apenas nos rios grandes (coluna de água profunda e
corrente lenta) existem microrganismos em suspensão
 Fontes de nutrientes:
◦ (1) Produção interna (autóctone) por microrganismos
fotossintéticos aquáticos
◦ (2) Fonte externa (alóctone) através de escorrências
terrestres ou das folhas e de outros detritos produzidos na
zona ripícola
 MO metabolizada por microrganismos quimio-
organotróficos, providenciando energia para as cadeias
alimentares
 Rios e ribeiros 2
 Na maioria das circunstâncias a quantidade de
MO que entra no sistema não excede a sua
capacidade de a oxidar: os rios possuem uma
enorme capacidade para processar a MO
 Mas podem também tornar-se anaeróbios sob
condições extremas
◦ Carga de esgotos (carga de MO) não tratados =
poluição pontual: produz alterações previsíveis
na comunidade microbiana e na concentração de
O2 (curva sag de oxigénio dissolvido)
◦ Carga de nutrientes provenientes dos fertilizantes
usados na agricultura = poluição difusa
 http://www.ce.utexas.edu/prof/maidment/GISHydro/ferdi/webedu/webdosag/webdosag.html A curva sag do oxigénio dissolvido
Os microrganismos e as suas actividades podem criar gradientes espaciais e
gradientes temporais, quando existe carga de nutrientes nos rios.
A curva sag do oxigénio dissolvido ocorre quando existe carga de matéria
http://www.rpi.edu/dept/chem-eng/Biotech-Environ/AERATION/sag.html

orgânica num rio limpo.

http://www.egr.msu.edu/classes/ce280/voice/do/doSagCurve.html

Durante os estádios mais tardios da auto-depuração, a comunidade

fotoautotrófica torna-se novamente dominante
Carga de MO
↓
Crescimento dos
organismos
heterotróficos
↓
Libertação de
dissolvido (%)

matéria mineral
Oxigénio

↓
Crescimento dos
organismos
fotoautotróficos
Fluxo do rio (tempo/distância da fonte de poluição)