El operón triptófano está formado por 5 genes estructurales adyacentes —necesarios para convertir el

ácido corísmico en triptófano— controlados por una región reguladora común promotora en la que se
sitúa el operador. Fuera de esta región se encuentra el represor trpR que codifica una proteína (TrpRp)
de 58 kDa. Tal cual es sintetizado, el represor TrpRp es inactivo y es necesario que su
efector correpresor, el triptófano, se una a ella para formar el represor activo que reconocerá su
operador en el promotor del operón trp e inhibirá la transcripción. La vida media del transcrito es de 3
minutos, lo que le permite una rápida respuesta a las variaciones de la concentración de triptófano.
Cuando disminuye la concentración intracelular de triptófano, el complejo Trp-TrpRp se disocia y la
proteína TrpRp libre abandona el operador, con lo que se activa la transcripción. El TrpRp reconoce el
DNA por un motivo hélice-giro-héllice, como LacIp y CRO, pero no provoca ninguna torsión en el DNA.

La región denominada TrpL (región líder) es un ORF que precede a los genes estructurales y contiene la
región de atenuación a. Al final del operón se encuentra trpt que es la región terminadora intrínseca
(independiente de ρ). Unos 250 nt después hay un terminador dependiente de ρ que se denomina trpt’.

Regulación por atenuación

Charles Yanofski observó que las actividades de los genes estructurales del operón variaban más de
~700 veces en función de las condiciones fisiológicas en que se cultivasen las células. Esta variación no
era explicable sólo por el mecanismo operador-represor, así que sus investigaciones le permitieron
descubrir la atenuación, que se basa en la formación de horquillas terminadoras.

El atenuador se encuentra en trpL y consiste en un pequeño marco abierto de lectura que contiene dos
codones UGG para el triptófano, indicando que la regulación principal por atenuación va a depender de la
disponibilidad del triptofanil-tRNA. También se encuentran 4 secuencias contiguas capaces de adoptar
distintas estructuras secundarias

Los elementos 1 y 2, así como 3 y 4 son los que mejor aparean entre sí, aunque también se puede dar un
apareamiento más imperfecto entre 2 y 3, quedando 1 y 4 sin aparear. La horquilla formada entre 3 y 4 es
capaz de funcionar como horquilla de terminación de la transcripción independiente de ρ.
Independientemente de la cantidad de triptófano disponible en el medio, el mRNA comienza a sintetizarse
y la RNA-polimersasa pasa más allá de la secuencia 2, momento en el que el RNA se pliega para formar
la horquilla 1:2, lo que enlentece la transcripción y permite que los ribosomas comiencen a sintetizar un
péptido desde el ATG. Al acercarse el ribosoma, se deshace la horquilla y sigue la transcripción. Lo que
viene detrás depende de la disponibilidad de triptófano:

hay poco triptófano

Hay poco t-RNATrp y el ribosoma se detiene cuando pasa por los codones UGG en el
elemento 1. Por tanto, no se produce la horquilla 1:2, sino una 2:3 que impide que se
forme la horquilla terminadora 3:4. La RNA-polimerasa continúa la transcripción de todo
el operón para que se pueda sintetizar triptófano
 abunda el triptófano

El ribosoma no se detiene hasta que llega al codón de parada UGA entre los elementos 1 y
2. Se puede formar la horquilla 3:4 que sí tiene actividad terminadora y se forman
transcritos truncados de 131 nt

Los aminoácidos que se sintetizan de trpL carecen de función biológica, ya que su única misión es la de
controlar la expresión del operón por atenuación. Se ha detectado atenuación en otros operones de
aminoácidos, como los de la leucina (con 4 codones Leu en el líder), la histidina (7 codones de His en el
líder), la fenilalanina (con dos bloques de 3 codones Phe), la thr (con 11 codones thr), etc.

Al igual que la regulación por el represor trp, la atenuación es un mecanismo para reducir la expresión del
operón trp cuando los niveles de triptófano son altos. Sin embargo, en lugar de bloquear la iniciación de la
transcripción, la atenuación impide la terminación de la transcripción.

Cuando los niveles de triptófano son altos, la atenuación provoca que la ARN polimerasa se detenga
prematuramente cuando está transcribiendo el operón trp. Solo se hace un ARNm corto que no codifica
ninguna enzima de la biosíntesis del triptófano. La atenuación funciona a través de un mecanismo que
depende del acoplamiento (la traducción de un ARNm que está todavía en el proceso de ser transcrito).
[Ocultar explicación.]
Para entender la atenuación, enfoquémonos en una región del operón trpque analizamos superficialmente
en las secciones anteriores. Esta sección se encuentra entre el operador y el primer gen del operón y se
llama líder. El líder codifica un polipéptido corto y también contiene una secuencia atenuadora. El
atenuador no codifica un polipéptido, pero cuando se transcibe en ARNm, tiene secciones
autocomplementarias y puede formar varias estructuras de horquilla.

Image showing the location of the leader. The leader comes after the promoter and operator, but before
the trpEgene. From left to right, the leader DNA contains four marked segments labeled 1-4. Segment 1
encodes the leader polypeptide. Segments 2-4 are part of the attenuator.

Una vez que la ARN polimerasa ha comenzado a transcribir el operón, un ribosoma puede adherirse al
transcrito aún en formación y comenzar a traducir la región líder. El polipéptido codificado por el líder es
corto, con solo 141414 aminoácidos de largo, e incluye dos residuos de triptófano (Trp)^11start
superscript, 1, end superscript. Los triptófanos son importantes porque:

 Si hay mucho triptófano, el ribosoma no tendrá que esperar mucho por un ARNt que porte triptófano y
acabará rápidamente el polipéptido líder.

 Si hay poco triptófano, el ribosoma se detendrá en los codones de Trp (que esperan un ARNt que porte
Trp) y será lento para acabar la traducción del líder.

¿Por qué importa si el ribosoma traduce al líder rápida o lentamente? Según lo mencionado antes, el líder
es seguido por una región de atenuador, que (en su forma de ARNm) puede adherirse a sí misma para
formar diferentes estructuras de horquilla. Una estructura incluye una señal de terminación de la
transcripción, mientras que la otra no finaliza la terminación (y de hecho, previene la formación de la
horquilla terminadora)^22start superscript, 2, end superscript.

 Si el ribosoma traduce lentamente, se detendrá brevemente y su detención causa la formación del

antiterminador (horquilla no terminadora). Esta horquilla previene la formación del terminador y permite
que continúe la transcripción.
 Low Trp levels: When there is not much tryptophan available in the cell, the ribosome will stall at the Trp
codons while translating the short polypeptide at the start of the leader. This stalling causes regions 2 and
3 to associate with one another in a hairpin. This hairpin, called an antiterminator hairpin, prevents the
terminator hairpin (regions 3 and 4 paired up) from forming. Termination does not occur and RNA
polymerase continues transcribing, producing a transcript that includes the trpE-trpAgenes.

 Si el ribosoma traduce rápidamente, se caerá del ARNm después de traducir el péptido líder. Esto permite
la formación de la horquilla terminadora y una horquilla asociada, lo que provoca que la ARN polimerasa
se separe y finalice la transcripción.

High Trp levels: The ribosome does not stall at the Trp codons while synthesizing the leader polypeptide,
because Trp is abundant (and there are thus plenty of Trp-carrying tRNAs around). Instead, the ribosome
quickly synthesizes the leader polypeptide, reaches the stop codon, and detaches from the mRNA. This
leaves regions 1 and 2 free to pair up, at which point regions 3 and 4 will also pair up and form a terminator
hairpin. The terminator hairpin causes RNA polymerase to detach from the DNA and from the transcript,
ending termination. A short mRNA consisting of the leader region is all that gets produced; the trpE-
trpAgenes are never transcribed.

Este mecanismo puede ser complejo, pero el resultado es bastante directo. Cuando el triptófano es
abundante, el ribosoma se mueve rápidamente a lo largo del líder, se forma la horquilla terminadora y
finaliza la transcripción del operón trp. Cuando el triptófano es escaso, el ribosoma se mueve lentamente
a lo largo del líder, se forma la horquilla no terminadora y continúa la transcripción del operón trp.

En otras palabras, la lógica de la atenuación es igual a la de la regulación por el represor trp. En ambos
casos, altos niveles de triptófano en la célula detienen la expresión del operón. Esto tiene sentido, pues
altos niveles de triptófano significan que la célula no necesita hacer más enzimas biosintéticas para
producir triptófano adicional.