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2017-‐02
Karen Nattaly Valero González – Universidad Nacional de Colombia-sede Medellin
DESARROLLO DE NUEVO MEDICAMENTO CONTRA LA PROTEASA DEL HIV-1
(VALEROFIR) MEDIANTE EVALUACIÓN EN LA HERRAMIENTA COMPUTACIONAL
DOCKING
INTRODUCCIÓN
La proteasa del virus de la inmunodeficiencia humana tipo I (VIH-1) es fundamental para
alcanzar la maduración viral, escinde las proteínas estructurales y replicativas que surgen
de los principales genes del VIH. La inhibición de esta proteína des inactiva la actividad
proteolítica, evitando de esta manera la formación de las proteínas virales, lo que genera
partículas virales inmaduras no infecciosas. Por lo dicho anteriormente esta molécula ha
servido como diana terapéutica, generándose desde varios siglos atrás, una cantidad
variada de inhibidores para dicho receptor. Sin embargo, la eficacia de estos fármacos se
ve obstaculizada por la aparición de mutaciones resistentes a los medicamentos, lo que
provoca alteraciones en la unión del fármaco con el sitio de unión de la proteasa. De esta
manera es necesaria la fabricación de nuevos inhibidores para el tratamiento de la
infección. Recientemente las herramientas computacionales han sido empleadas para el
desarrollo de medicamentos, su uso se enfoca en realizar simulaciones basadas en
dinámica molecular para predecir la estructura de posibles medicamentos terapéuticos.
Una de las herramientas computacionales es el docking molecular, el cual se emplea para
predecir la manera predecir la manera a través de la cual un posible fármaco se une a su
molécula diana o receptor.
En el presente trabajo utilizaremos dicha herramienta para generar y evaluar un posible
fármaco dirigido a la proteasa del virus de la inmunodeficiencia humana tipo I (VIH-1).
Se evaluarán tres inhibidores Ritonavir (1hxw), Lopinavir (2q5k) y Nelfinavir (3ekx), los
cuales se analizarán para Validar los parámetros del docking empleado para la fabricación
del nuevo fármaco.
Además del uso de docking, la fabricación del fármaco se realizara en base a los 5
principios de Lipinski , los cuales deben cumplir que la masa Molecular del compuesto
sea menor a 500 una . El c coeficiente de reparto octanol-agua (log P) debe ser inferior a
5. El número de donadores de puentes de hidrogeno debe ser menor a 5,m al igual que el
número aceptores de enlaces de hidrogeno debe ser menor a 10.
Para la validación del fármaco que se diseñará, se realiza la calibración de los parámetros
más relevantes que afectan los resultados del docking en los tres medicamentos análogos
mencionados anteriormente.
En autodocktools existen parámetros preestablecidos, que pueden mantenerse contantes
o pueden ser modificados para generar un proceso predictivo más óptimo.
La decisión de dejar algunos parámetros contantes y otros variables se tomaron por las
recomendaciones de algunos foros de discusión sobre docking y por la evaluación que
se hizo en el docking verificando que para dichos parámetros era mejor dejar los
preestablecidos.
Parámetros constantes:
Ligando:
➢ Residuos flexibles del ligando: Al dejar los enlaces de rotación del ligando
contantes (propios de la proteína) se le confiere a la molécula más grados de
libertad para que se acomode dentro del sitio activo, sin influenciar en las posibles
conformaciones que tome dentro del sitio activo.
Receptor:
➢ Residuos rígidos del receptor: Los residuos del receptor se dejan constantes , para
minimizar todas la posibles conformaciones aleatorias que podrían tomar la unión
del ligando y el receptor si este fuera el caso; además debido a que la estructura
tridimensional de la moléculas escogidas como receptor fueron determinada por
cristalografía de rayos x o resonancia magnética, se puede inferir que el receptor
unido al ligando en estado natural suele presentar los residuos en las posiciones
preestablecidas.
Docking:
Coordenadas
Inhibidores Dirección en x Dirección en y Dirección en z x y X
Ritoravir 43 39 41 10.976 22.27 3.333
Lopinavir 2Q5K 39 37 35 20.011 30.174 12.924
Nelfinavir 3EKX 38 38 36 20.088 30.725 14.453
Medicamento
Tabla 3. Coordenadas espaciales para la ubicación de la caja box escogidas para la realización de los
docking empleados para cada uno de los inhibidores.
Docking:
Número de runs: indica cuántos modelos se construirán durante el docking. El número
de run es muy importante para validar el modelo, entre mayor cantidad de runs se tiene
más fiabilidad de los resultados. Se recomienda un mínimo de 50 para garantizar la
validez del clúster (a mayor número de run, mayor precisión en el resultado). Por tanto,
este será un parámetro muy importante para la validación de nuestro medicamento. En la
estandarización del modelo (ver página 4) se observa que inicialmente se trabajó para el
inhibidor Ritonavir un número de runs de 20, el cual no proporciono resultados muy
fiables, al cambiar este valor a 50, el ki se acercó al valor convencionalmente verdadero
y el clúster con la conformación más estable adoptó una conformación tridimensional
muy similar.
VALIDACIÓN DE LA METODOLOGÍA DE DOCKING UTILIZANDO TRES
MEDICAMENTOS ANALOGOS
Imagen2. Alineamiento de los receptores de los tres inhibidores utilizados para la estandarización.
Inicialmente se pensó en realizar para para cada uno de los docking un numero de runs
igual a 20, pero el valor de inhibición del mejor clúster difería de los valores encontrados
en la literatura, por lo que se aumentó el número de runs a 50 .
Imagen5. Docking realizados con un parámetro de 20 runs. A. Parámetros. Clúster. C. sobreposición
cluser1(verde) a ligando natural (azul)
En la evaluación realizada para 20 runs se observa que el clúster de menor energía libre
a sobreponerlo al ligando natural adopta una conformación muy diferente a la esperada,
además la constante de inhibición 86.06Nm, se aleja mucho de las contantes encontradas
en la literatura. (tabla4).
En la evaluación realizada para 50 runs se observa que existen muchos clúster , los cuales
contiene varios números de conformaciones, por lo que se tomó el de menor energía libre,
al sobreponerlo al ligando natural no adopta una conformación, sin embargo, se observa
que la molécula organiza sus átomos en el espacio muy similar a nuestro inhibidor, lo que
indica que podría generar las mismas interacciones, por el lado de la contante 924Nm, al
igual que la anterior en el docking de 20 runs se aleja mucho de las contantes encontradas
en la literatura. (tabla4).
Lopinavir(2q5k):
Imagen7.Lopinavir2D
En la evaluación realizada para 50 runs se observa que el clúster de menor energía libre
al sobreponerlo al ligando natural no adopta totalmente la misma conformación, es este
caso se observa cómo se intercambian dos pedazos de la cadena , mientras que las otras
dos coinciden espacialmente, comparando este docking con los realizados anteriormente
la Ki 9.92 Nm se acerca a la constante extraída del pdb Ki: 0.005 nM (tabla4).
Nelfinavir(3ekx):
Imagen10.Nelfinavir 2D
En la evaluación realizada para 50 runs se observa que el clúster de menor energía libre
al sobreponerlo al ligando natural no adopta la misma conformación, la molécula se
posiciona en el mismo espacio, pero se intercambiaron las cadenas, en este caso se
observa cómo se intercambian dos pedazos de la cadena. En este docking la Ki es muy
pequeña 1.75 Pm, difiriendo mucho de las extraídas de pdb Ki: 2 nM
Ki: 0.39 nM y de los artículos 1.0microM.
Teniendo en cuentas las reglas de Lipinski esta molécula, las anteriores moléculas rompen
tres de las 5 reglas, por lo que se buscará del nuevo fármaco sea de menor tamaño, tenga
menos de 10 aceptores de puente de hidrogeno y el coeficiente (CLogP) < 5.
Un buen fármaco debe ter cierta polaridad para poder interaccionar con la molécula
Diana, pero también debe tener una parte lipofílica para poder incorporarse a través de la
membrana de la célula, aunque, se busca una molécula que no tenga un grado de
saturación alto pues las moléculas con un grado alto de saturación tienden a tener menos
puntos de fusión, ser más soluble, y tener menor probabilidad de éxito clínico.
Imagen15.Caracteristicas clúster
de Valerovir.
Conclusión:
➢ El Nuevo compuesto generó una constante de inhibición buena y se organiza dentro de
la molécula como se esperaría que lo hiciera, sin embargo los docking para validar el del
fármaco , no fueron perfectos, las constantes de inhibición generadas eran mucho
menor a las reportadas en la literatura y las posiciones de algunas partes de las cadena
de las moléculas ,no coinciden con las esperadas, por lo que realmente no se puede
validar bien el modelo, se tendrá que ser mas estricto con los parámetros escogidos,
quizás aumentar el número de generaciones y evaluaciones , para cada una de las
validaciones para ver si se parecen más los ki con los reportados.
Elokely, K. M., & Doerksen, R. J. (2013). Docking Challenge: Protein Sampling and Molecular
Docking Performance. Journal of Chemical Information and Modeling, 53(8), 1934–1945.
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