Universidad de las Fuerzas Armadas – ESPE

Departamento de Ciencias de la Vida y la Agricultura

Bioinformática
Nombre: Vélez Michelle
NRC: 3271
Fecha: 21/11/2017

PRÁCTICA N°2
Tema: Ejecución de programas de alineamiento múltiple
Objetivos:
 Ejecutar y comparar programas para hacer alineamientos múltiples.
 Comprender la importancia de la construcción adecuada de un alineamiento
múltiple.
Resultados
ALINEAMIENTO CON MAFFT

Fortalezas
 Interface amigable por el usuario
 Programa en línea que no necesita un
instalador por lo que no colapsa la
computadora.
 Visualización de Dot Plots
Debilidades
 Sin acceso a internet es inútil.
 Al ser una página web está sujeta a
mantenimientos continuos que la vuelve
inestable.

Figura 1: Interface del programa

 Figura 2: Parámetros por defecto de MAFFT

Figura 3: Alineamiento de secuencias con MAFFT en formato CRUSTAL

 Figura 3: Alineamiento de secuencias con MAFFT en formato FASTA
Cambio de parámetros
1. Variando el límite de columnas a 80 se muestran zonas altamente conservadas.
2. Variación de la matriz de secuenciación a BLOSUM80
ALINEAMIENTO CON MEGA7

Fortalezas Debilidades
 No necesita internet para su correcto  Su interface no es muy amigable para el
funcionamiento usuario.
 Posee manuales y tutoriales de ayuda
 Utiliza más de un algoritmo de
alineamiento: CRUSTAL y MUSCLE

Figura 4: Interfase de MEGA7

Figura 6: Parámetros para el alineamiento con algoritmo CRUSTAL

 Figura 7: alineamiento con algoritmo CRUSTAL

Figura 8: Parámetros para el alineamiento con algoritmo MUSCLE

 Figura 9: alineamiento con algoritmo MUSCLE
UTILIZANDO ALINEAMIENTOS MÚLTIPLES IDENTIFIQUE INTRONES Y
EXONES EN LA SECUENCIA DE LA ESPECIE NUEVA.
Tanto el alineamiento hecho en MAFFT como los alineamientos realizados en MEGA7 muestran
zonas altamente conservadas en: 308-375 y 748-1803. Se puede afirmar que estos son exones
porque son secuencias que transcriben a una proteína y están asociados con sitios activos o
ligandos por lo cual son secuencias altamente conservadas que no aceptan mutaciones.
Por otro lado se detectan dos intrones desde el nucleótido 1-307 y 379-749, se eligio estas dos
zonas bajo el criterio de que no hay similitud en los nucleótidos pues los intrones son secuencias
que presentan muchas mutaciones porque no desempeñan funciones en el organismo.

Al analizar la secuencia en BLASTn se muestran cuatro exones para la secuencia problema.

DETERMINE SI ES POSIBLE IDENTIFICAR ZONAS ALTAMENTE CONSERVADAS
CON UN ALINEAMIENTO POR PAREJAS.
Alineamiento entre Nueva Especie y Fusarium
Alineamiento entre Nueva Especie y Metarhizium brasiliense

Alineamiento entre Nueva Especie y Metarhizium anisopliae

Alineamiento entre Nueva especie y Rosellinia

En todos los alineamientos por parejas se observa que mayor región con similitud empieza desde
el nucleótido 1600 en hasta el final de la secuencia, se puede afirmar que esta zona final es
altamente conservada entre las especies, sin embargo, quedaría mejor corroborado con un
alineamiento múltiple.
COMPRUEBE SI ES POSIBLE MEJORAR LA CALIDAD DEL ALINEAMIENTO AL
MODIFICAR PARÁMETROS DEL ALGORITMO EN LOS DIFERENTES
PROGRAMAS.
Cambios de penalidad por Gap en Crustal
Se observa un buen alineamiento

Con el algoritmo MUSCLE se agregan varios GAPS sin embargo se mantiene el alineamiento al
final
INTERPRETE LOS DOT PLOTS OBTENIDOS EN MAFFT, ¿QUÉ PASA CUANDO SE
CAMBIA EL THRESHOLD DE 39 A 22?
Se observa que las secuencias comparten regiones similares: una larga y dos más pequeñas que
corresponden a regiones altamente conservadas que posiblemente correspondan a secuencias que
codifican péptidos que cumplen un papel de actividad o de unión a un ligando.
Al cambiar el threshold de 39 a 22 se observa principalmente la aparición de otras secuencias
similares a parte de las secuencias principales. Estas otras secuencias o ruido pueden llegar a
confundir en los resultados por lo que es de suma importancia seleccionar un threshold adecuado
al momento de hacer el alineamiento múltiple en MAFFT
CONCLUSIONES

 Existen varias herramientas disponibles para el alineamiento de secuencias que no

necesariamente generan el mismo resultado al variar los parámetros.
 El programa MEGA permite realizar alineamientos múltiples empleando dos algoritmos
diferentes: ClustalW y Muscle, que ayudan en la identificación de zonas conservadas,
exones e intrones. Además, al ser un programa instalado la conectividad a internet no es
un limitante para su funcionamiento
 De forma general en un alineamiento múltiple las zonas altamente conservadas se
presentan al final de la secuencia.
 Mediante una inspección del alineamiento es posible determinar el lugar de los exones y
de los intrones.
 El mejor alineamiento depende del algoritmo que se esté empleando, así como los valores
que le demos a los parámetros que nos presenta, como la penalidad por gap.
 Los dot plots revelan la presencia de identidades continuas que nos ayudan a observar
zonas conservadas, sin embargo, la variación thresshold puede ocasionar la generación
de ruido que puede confundirse erróneamente con zonas conservadas.