Instituto Tecnológico de Ciudad Victoria

Maestría en Ciencias en Biología

Sesión de Cómputo

Registros de colecta
1) Información biológica

• Realizar una revisión bibliográfica de los recursos espaciales relacionados con la ocurrencia
de la especie.
• Mapa de la distribución de la especie, que permitirá identificar a los registros erróneos.
• Artículos o descripciones de la especie son fuentes fidedignas de los sitios de colecta.

2) Obtención de registros de colecta

Los registros pueden provenir de:
a) Colecciones nacionales.

El CONABIO ofrece una serie de registros en línea de distintos grupos:

http://www.conabio.gob.mx/remib/doctos/remibnodosdb.html?
La segunda opción es dirigirse con las instituciones de educación superior para solicitar tal
información.

b) Colecciones internacionales
Algunas instituciones Estadounidenses tienen en línea los registros de colecta de sus colecciones:

http://www.herpnet.org/ Herpetofauna
http://manisnet.org/ Mastofauna
http://fishnet2.net/portal-presentation/fishnet2portal?action=home Peces
http://olla.berkeley.edu/ornisnet/ Avifauna
http://www.gbif.org/ Todas los grupos

Es recomendable mantener los datos adjuntos a la localidad o coordenadas geográficas, para realizar
una depuración de los registros.

NOTA: Algunos registros están mal identificados, por lo que debe revisarse la correspondencia del
registro con el mapa de distribución de la especie.

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c) comunicaciones personales

3) Los archivos los colocara en la carpeta C: SIG/registros, la cual debe crear.

4) Transformar los registros de grados/minutos/segundos a decimales
Los registros pueden contener el formato de grados/minutos/segundos. Por lo que deben
transformarse al de grados decimales, ya que es el formato que utilizan los sistemas de información
geográfica. Un grado contiene 60 minutos y un minuto 60 segundos, por lo que se debe realizar la
siguiente transformación:

Grados decimales = (grados) + (minutos/60) + (minutos/3600)

Por ejemplo: 19º26`35`` = 19 + (26/60) + (35/3600) = 19.44305556

Actividad: Del archivo “Thamnophis_rufincpuctatus.xls” convierta las coordenadas en formato
grados/minutos/segundos a formato de grados decimales.

5) Los registros sin coordenadas, solo tienen la localidad de colecta.

• Si el registro corresponde a los Estados Unidos, entonces puede utilizar la base de

localidades que tienen las colecciones de los Estados Unidos (Geolocate) . Debe especificar
la localidad, estado, condado. Las coordenadas correspondientes a Canadá y México no son
confiables, por lo que mejor utilice la segunda opción.

http://www.museum.tulane.edu/geolocate/demo.aspx

La segunda opción es buscar los registros en Google Earth. Especifique que las coordenadas de
salida son grados decimales:

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En el panel debe especificar la localidad, país, estado. El paquete desplegará la imagen

correspondiente a la localidad y en la parte inferior izquierda de la pantalla le mostrará las
coordenadas en grados decimales.

Actividad: Del archivo “Thamnophis_rufincpuctatus.xls” obtenga los registros que solo tienen
localidad.

6) Exportar a formato vectorial

Una vez terminado de obtener las coordenadas de los registros en formato de grados decimales o en
UTM, se deben exportar a ArcView. Los registros deben tener al menos tres campos, el
identificador (ID), latitud y longitud (negativa), como se muestra en la figura

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a) Los datos se copian a un archivo de block de notas (si son menos de 500 registros, figura
a) o al NotePad (si son más de 500). En este último formato, se debe pegar como texto
sin formato y guardarlo como documento de texto.

b) Abra una nueva vista en ArcView.

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c) Abra el archivo .txt donde están sus registros

d) Busque la ruta y especifique que es un archivo de texto delimitado, en la lista de archivos

de tipo

e) El paquete le desplegará la tabla:

f) En la vista que abrió, elija la opción de “View” y seleccione “Add Event Theme”

g) Especifique que tabla utilizara y que campos contienen los valores de X (longitud) e Y
(latitud).
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h) ArcView genero un archivo vectorial de puntos temporal

i) Guarde el archivo como shapefile, que se encuentra en el sub-menú “Theme”

7) Depurar registros
Las bases contienen registros mal clasificados, una forma de eliminarla es revisando los ejemplares,
para corroborar su identificación. Sin embargo, no siempre es posible ir a las colecciones, por lo que
los registros se deben comparar con la distribución conocida de las especies. Eliminando a aquellos
registros que estén lejanos de la distribución conocida de la especie. En el caso de los ejemplares
que se encuentran dentro de la distribución el error se reduce si se cuenta con un elevado número de
registros; mientras que para las especies con pocos registros se deben contrastar con las
descripciones de las especies o publicaciones.

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8) Extraer información espacial (vectorial o raster)

a) Abra las extensiones: “Geoprocessing”, “Grid Pig Tools” y “Spatial Analisis”, que se
encuentran en File/Extensions

a. Formato Vectorial
i. Abra el archivo vectorial del cual desea obtener la información.
ii. Seleccione el sub-menú View y elija la opción “Geoprocessing”

iii. Elija la opción “assign data for location”

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iv. Debe especificar a que tema se le va a asignar la información y el tema del cual se obtendrá
la información.

v. Guarde el archivo resultante, ya que la información permanecerá temporalmente y cuando

cierre la aplicación se perderá la información.

b. Formato Raster
i.Abra el archivo “tal”, recuerde que debe elegir el tipo de GRID.
ii.Seleccione el archivo vectorial, del sub-menú “Grid Pig Tools”, elija la opción “Grid Value to
Point”

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iii.Le desplegara una ventana, preguntándole si quiere obtener los valores de cuatro pixeles
alrededor de donde se encuentra su punto

iv.Especifique de que archivo obtendrá la información

v.Le preguntara si quiere colocarle al campo el nombre del archivo del cual obtendrá la
información.

vi.El tiempo que tardará el proceso depende del número de registros que contenga su archivo
vii.No es necesario guardar el archivo.
viii.Verifique la extracción de información. Clasifique los registros en función de la altitud, elija la
opción de “Leyend Type” y seleccione “Graduated Color”

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ix.Vea el resultado.
x.Paquetes como MaxEnt, para reducir el tiempo de análisis, requiere de los datos de las capas
que utilizará. Por lo que una vez que tenga todas las capas, debe realizar este proceso.

9) Edición del archivo .dbf

El archivo rufipunctatus.dbf, que se encuentra en la carpeta C:MCH, puede ser editado en Excel,
para ello debe seleccionar el archivo y con el botón izquierdo del ratón desplegar las opciones del
mismo, elija abrirlo con excel.

El archivo que delegara Excel es el mismo que le despliega ArcView cuando solicita la tabla.
Los datos que contiene el archivo los puede re-ordenar, transformar, incluir nueva información. Al
terminar de editarlo lo puede guardar, recuerde que cuando edite el archivo en Excel, este no debe
estar abierto en ArcView.

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A entregar
Genere la base para la especie que eligió.

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