Nov 28, 2017.

Preguntas de los alumnos del Curso de Biologia Molecular del IBT,

para la clase de Evolucion Molecular

1 De que manera se podria construir un arbol filogenetico de virus?

1 Con lo que se sabe hasta ahora, en donde se podria colocar a los virus en la evolucion?

2 Que tipo de factores ambientales habran influido para que los murcielagos adquieran todas esas
caracteristicas que los definen, como poder volar, y la eco-localizacion?
2 Hace algunos años se hablaba de un metodo que permitia obtener un posible fenotipo a partir
del genotipo. En caso de que esto sea posible, se podria otener una representacion de los ancestros
comunes a partir de del metodo de maxima parsimonia?

3 Como se podria incluir la estructura tri-dimensional como un criterio de clasificacion del RNA?
3 Como se podria usar el criterio anterior para la clsificacion de especie, subespecie, y
cuasiespecie?

4 Si hay transferencia vertical de genes, puedo asumir por el arbol que 2 individuos estan
relacionados, aunque realmente no lo esten?
4 Como puedo saber cual es un buen outgroup para construir un arbol filogenetico cuando quiero
relacionar especies que nunca antes habian sido relacionadas? La seleccion arbitraria de un outgroup no
podria afectar la calidad del arbol?

5 INTRODUCCION: Imagina un futuro en que podremos editar embriones con CRISPR/Cas9,

pero en que todos los humanos editados deben de tener un marcador de fueron editados
5 Que usarias para hacer un arbol enraizado, para separar los humano no-editados de los editados?
5 Que metodo usarias para construir el arbol?

6 En el pasado los cambio evolutivos generados causaron la apariencia que hoy nos define, somos
seres vivos pensantes, hemos desarrollado habilidades para modificar nuestro ambiente, ocupar nuevos
nichos, y desplazar otras especies. Si las nuevas tecnologias geneticas son el vehiculo para
automodificarnos y conducir nuestro destino hacia mejoras a nivel anatomico y funcional; cuales son
las limitaciones que podrian interrumpir esa utopia?
6 Si bien el origen de la variabilidad genetica son principalmente las mutaciones, recombinacion
genetica y flujo de genes, tambien es cierto que la variabilidad genetica se ve transformada por la
seleccion natural y la deriva genica. Por lo tanto, que consideraciones se tendrian que tomar en cuenta
para genera un algoritmo que nos permita calcular el ritmo de nuestra evolucion, y como, apartir de esa
proyeccion se podria moldear el futuro?

7 Todos los metodos para crear arboles filogeneticos pueden utilizar la hipotesis del "reloj
molecular"? Y, como supones la taza de mutacion constante? (Si se realizan arboles con secuencias (a
nivel molecular) no con caracters)
7 Porque es importante saber distinguir un gen paralogo de un ortologo al construir un arbolo
filogenetico? Que otros eventos evolutivos pueden dar pie a cometer errores en un arbol filogenetico?

8 Para la asignacion taxonomica de bacterias, y posterior construccion de un arbol filogenetico,

como puedo asegurar que mi construccion es la correcta si se acarrea una fuente de error desde la
secuenciacion del DNA? De acuerdo con la unidad de secuenciamiento del IBT te aseguran un 90% de
identidad de la secuencia.
8 Usando un metodo de soporte como bootstrap o jacknife, con que nivel de confianza o como es
que dan fiabilidad a un arbol filogentico?

9 Cuando comparan los genotipos de 2 especies distintas, cuales cromosomas comparan? Como
deciden cual secuencia debe corresponder con cual?
9 En el caso de transferencia horizontal que se da entre bacterias y plantas en los cromosomas,
que tan probable es que estos genes se hayan dado de forma independiente?
9 En los metodos bayesianos, porque se escoge esa estadistica y no la de Poisson o la de Gauss?
9 Como se realiza la datacion de fosiles y como se correlaciona esto con la filogenia basada en
fenotipos?

10 Que secuencias mitocondriales son usadas como marcadores de filogenia?

10 Que ejemplo existe de especiacion simpatrica?

11 En la especiacion simpatrica, como se lleva a cabo la formacion de especies?

11 Como se relaciona el tiempo en un reloj molecular?

12 Que pasa con el paisaje adaptativo ante una mutacion que sea ventajosa y desventajosa al
mismo tiempo. Estaria en un maximo, o un minimo evolutivo? (Ejemplo, anemia falciforme)
12 Si para construir un arbol filogenetico mediante el metodo de distancia debo eliminar los "gaps"
en el alineamiento de secuencia, no estaria asumiendo que los individuos son mas parecidos de lo que
son?

13 Como podrian clasificarse los organismos transgenicos y los generados por biologia sintetica, y
su respectiva descendencia? Es decir, se deberian incluir en el arbol de la especie con la cual tienen
mayor proporcion de material genetico?
13 Con los avances tecnologicos y la posibilidad de mejorar muchas funciones del organismo
mediante dispositivos, se podria decir que la evolucion como la conocemos se estaria desacelerando o
deteniendo?

14 Como se puede diferenciar si una extremidad entre 2 individuos es de origen homologo o

analogo?
14 Cual es la diferencia entre la teoria de juegos y el efecto de "reina roja" en la evolucion?

15 Si tras un proceso de especiacion se da, posteriormente, un proceso de convergencia, como es

posible determinarlo ya que originalmente partieron de la misma y volvieron a convergir?
15 Ya que los transposones son fuentes altas de mutacion, existen metodos que puedan
correlacionarlos con la tasa de evolucion del reloj molecular, o estos estan considerados en los relojes
moleculares?
15 Si hay un cambio en la secuencia de codificacion de una proteina, pero no asi en su estructura
terciaria, y por consiguiente en su actividad, como se podria identificar cual fue inicialmente la
secuencia de la que partio si ambas proteinas realizan la misma funcion pero con secuencias distintas?

16 Cual es la probabilidad de que un nodo se genere a la distancia correcta al realizar un arbol por
distancia? Esta probabilidad no afecta la distancia estimada y no ayudaria a llegar a un arbol mas
cercano al real?
16 Podemos generar un arbol en el cual se incluya una cuasiespecie, integrando la informacion de
varios arboles con los metodos discutidos en clase?
17 Si se menciona que los virus ocupan cada rama del arbol de la vida. Seria solido enunciar que
cada virus existente cooevoluciono con cada ser vivo del arbol de la vida actual o porque no se podria
generalizar ese supuesto?
17 Es posible que las filogenias establecidas en el arbol de la vida cambien si son analizadas con
filogenomica, o porque no cambiarian?

18 Como podria la sintesis moderna de la evolucion incluir la nueva informacion generada para
extenderla hacia una nueva sintesis? Nueva informacion tal como, equilibrio puntuado, epigentica,
auto-organizacion, y evo-devo?
18 Cual de los 3 metodos de filogenia para generar arboles (distancia, parsimonia, verosimilitud) es
el mas util para la concordancia entre especie y el diseño de estrategias de conservacion?

19 Que define que existan organismos poco/no adaptados a una condicion dominante? Por
ejemplo, bacterias anaerobias en el "holocausto del oxigeno"
19 Es la simbiosis un mecanismo de coevolucion? O se habla de un fenotipo extendido?

20 De acuerdo con los temas revisados en la clase tambien debe ser posible construir arboles
filogeneticos de organelos. Es posible determinar el origen evolutivo de los organelos, es decir,
encontar un organismo que este estrechamente relacionado con el posible antcesor del organelo?
20 Ademas de la teoria de evolucion de Darwin, en la actualidad existen teorias evolutivas validas
o aceptadas por la ciencia? Son compatibles con la de Darwin?

21 Como se podria resolver la politomia de un arbol? Cual seria el camino para obtener la
informacion a partir de ese resultado?
21 En la seleccion sexual, podria no perpetuar la especie por el hecho de que el macho no tuviera
existo en el cortejo?

22 Segun la teoria del equilibrio puntuado, un organismo tiene un gran salto evolutivo en un
periodo corto de tiempo. Segun los analisis bioinformaticos de filogenia, como le hacen los algoritmos
para diferenciar estos grandes saltos en periodos cortos de aquellos que se han dado en periodos largos?
22 Si uno tiene datos de datacion de especies gracias a isotopos radiactivos (como C-14 o U-218),
estos datos se pueden ingresar al analisis, o solo servirian como controles del mismo?

23 Los grupos nativo-americanos parecen mas propensos a desarrolar diabetes. Ademas del
desarrollo de la agricultura, hay diferencias en la microbiota que influencie esta caracteristica, o alguna
otra, como la intolerncia a la lactosa? De ser asi, puede determinarse mediante huellas en el genoma, o
seria necesario tener acceso a habitantes aislados (hipoteticamente hablando).
23 Dada la solucion propuesta por Guseva et al. (2017) en la que propone una cadena polipeptidica
como primer molecula autoreplicante en la cual el 3% de las proteinas predichas se doblan de tal
manera que exponen parches hidrofobicos y por tanto funcionando como "sitio activo"; esto en
contraposicion al mundo de ARN. Que tan improbable es que la primera molecula autoreplicante haya
sido una cadena de RNA estabilizada por una proteina sencilla? Es un escenario plausible o totalmente
improbable?

24 Se que para armar el arbol de la vida se analizaron RNA ribosomales, pero de cuantos y cuales
organismos? De todos los que se conoce su genoma?
24 Como afecta el paisaje evolutivo la seleccion artificial? Lo afecta, o no?
25 Cuando se logra recuperar material genetico de algun fosil, como se hace el analisis filogentico?
Se utilzan todas las secuencias disponibles?
25 Existe un metodo con el que se pueda estudiar la herencia no genetica, a modo de construir una
pequeña filogenia, o alguna mas grande?

26 Cual es la diferencia entre los metodos heuristicos y los estocasticos?

26 Que parametros se usan para escoger que metodo usar para la optimizacion numerica. Esto para
longitudes que maximizan L.

27 Existe alguna forma de saber si un organismo determinado se encuentra en un proceso de

especiacion?
27 Los organismos con altas tasas de mutabilidad no son propensos a formar nuevas especies mas
rapidamente?
27 Como se sabe que la existencia de genes de otros hominidos se debe al entrecruzamiento, y no
como resultado de un proceso evolutivo independiente?

28 La teoria de seleccion natural sigue siendo aplicable para los humano, tomando en cuenta los
avances de las ciencias de la salud?
28 Como afecta la edicion genetica los modelos actuales de seleccion natural y filogenetica? Que
modificaciones se tendrian que hacer para incluir estos organismos?
28 Porque no hay clasificacion filogenetica de virus?

29 Cuando surge una nueva especie y se encuentra muy cercanamente emparentada con otra, como
se determina que ha surgido una nueva especie?
29 Al tener tantos arboles filogenticos, como sabemos que tenemos el que refleja la mejor relacion
evolutiva?

30 Fue necesario un proto-sistema de defensa (sistema inmune innato) para que se desarrollara la
vida en la tierra? En que momento de la evolucion emerge el sistema inmune innato.- Sistema de
defensa, no contra otros organismos, sino a especies quimicas o cosas fisicas contraproducentes.
30 La suma de los sistemas digitales e internet generan proiedades emergentes en la forma de
reproduccion y metabolismo (definicion de sistema vivo) de muchos sistemas biologicos (poblaciones,
ecosistemas, comunidadaes, etc). Se podria considerar este nuevo "pegamento" un nuevo nivel de
organizacion biologica?

31 Si adecuacion y adaptacion son mecanismos diferentes, la adecuacion puede conllevar a

adaptacion en la especie?
31 Si se desea trabajar unicamente con caracteres morfologicos, que aproximacion deberia de usar
para construir mi filgenia?

32 Es la evolucion del pensamiento un evento relacionado con los mismos factores que determinan
la evolucion biologica?
32 Surgira otra especie de Homo que desplace al actual Homo sapiens?

33 Entiendo que en las plantas la especiacion tipo simpatrica ocurre por errores de la separacion
durante la divison celular. Pero aun no me queda muy claro como ocurre en animales cuando no hay
ninguna separacion fisica entre ellos. Como ocurriria?
33 Porque es importante saber si un gen homologo es ortologo o paralogo para el analisis
filogenetico?
34 Cada especie tiene una huella especifica en la grafica de fitness landscape? Asi esten en
distintos ecosistemas?
34 Porque los virus tienen mas mutaciones en su genoma? Ya que al ser mas cortos (los genomas),
y al tener muchas mutaciones, se puede dar el caso de que estas sean letales?