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CITOGENÓMICA
3R
5R
2x (4,5 pg)
Bulnesia retama
0.5 pg
Es esperable que en varios grupos, durante una ola de extinción, aumente la proporción de
poliploides pero disminuya el contenido de ADN medio por genoma.
TASA TAMAÑO COMPLEJIDAD TASA DE
METABOLICA CORPORAL ORGANISMICA DESARROLLO
TAMAÑO DIVISIÓN
CELULAR CELULAR
INSERCIONES ELEMENTOS
DELECIONES TRANSPONIBLES
OTROS
MECANISMOS
MOLECULARES
Impactos Fenotípicos paralelos a la variación del tamaño del genoma en
plantas (Genome size and the phenotype)
Tamaño Celular
(Cromosomas/
Núcleo/célula)
Volumen cromosoma (14 angiospermas) Quiasmas, meiosis (6 angiospermas) Masa seca nuclear (6 angiospermas)
Polen y semillas
EL TAMAÑO DEL GENOMA NO AUMENTA CON LA COMPLEJIDAD
Menor
Complejidad
Canola
Genomic DNA
Potato
Mb
3000 TE DNA
2500 Protein-coding
2000 DNA Grass
1500
a
1000 Corn
500 Genes
0 funcionales
Wheat
Feschotte & Pritham 2006
La cantidad de TE se relaciona positivamente
con el tamaño del genoma
Cromosomas B
Incremento en Valor C Aumento en el numero de
(Obesidad Genómica)
copias de secuencias
Repetidas (TE)
Poliploidia
POLIPLOIDÍA
Variacion Intra e interespecifica en el Contenido de ADN ( Valor C)
0.05 pg Cardamine amara 127.4 pg Fritillaria assyriaca
-Disperso ( a lo largo del cromosoma) ( elementos transponibles,
retroelementos).
-Repetido en tandem ( localizado en lugares particulares )
Variación ADN repetido ;Microsatélites( 2-5 pb rep.)
-Minisatélites (6-100 pb rep.) Satélite ( secuencias mayores, rDNA,
telómeros, centrómeros).
Corn Genes
funcionales
Variacion en
bandas C en el
género Zea
ADN ALTAMENTE REPETIDO
VARIACION INTRA ESPECIFICA BANDEO C
EN PLANTAS
BULNESIA TRITICALE
DAPI en Centeno
7R
7R
7R
5R 3R
1R 1R
5R 3R
3R 6R
7R
6R 2R 4R 6R
2R 2R
4R 6R
1R 4R 3R
5R
5R
4R
2R 1R
A B
Paquitene
II heteromórfico
Z. mexicana
2C= 5-7 pg
II heteromórfico
Z. parviglumis
2C= 5-7 pg I de distinto tamaño
Z. mays
2C= 4-6 pg
Z. mays x Z. luxurians
Z. luxurians II heteromórfico
2C= 9 pg
Neocentrómeros
SIGNIFICADO ADAPTATIVO DEL TAMAÑO DEL GENOMA
ADAPTIVE SIGNIFICANCE OF GENOME SIZE
en realizacion.
OG
Bauhinia
Saraca
Tamarindus
0,75-1,1pg Gleditsia
0,5-1,1pg / Caesalpinia
1,48-2,94 pg Cassia
Parkinsonia
Peltophorum
Adenanthera
0,75-1,1pg / Prosopis
1,48-2,94 pg
Acacia
< 0,49-1,47pg Mimosa
Inga
Albizia
Crotalaria
Arachis
Dalbergia
Lonchocarpus
Millettia
Tephrosia
Cajanus
1,48- 2,94 pg
Dunbaria
Flemingia
Paracalyx
Rhynchosia
Psophocarpus
Pueraria
0,75-1,1pg Lablab
Phaseolus
Vigna
Robinia
Sesbania
Anthyllis
Lotus
Scorpiurus
0,5- 0,74 pg Colutea
Caragana
Hedysarum
Cicer
1,11- 1,47 pg
Medicago
L = 23 CI = 21 RI = 41 Melilotus
Trigonella
< 0,49 pg
0,5-0,74 pg
El valor C, en un contexto Trifolium
0,75-1,1 pg filogenético, permite analizar los Lens
1,11-1,47 pg
Vicia
mecanismos involucrados en la Lathyrus
1,48-2,94 pg >2,95 pg
Pisum
>2,95 pg evolución cromosómica.
Reconstrucción ambigua
Género con único registro
EN ANGIOSPERMAS
Tamaño del genoma varía independientemente del número cromosómico.
BIDIRECCIONALES
Soltis et al 2005
En árboles filogenéticos realizados en base a
datos moleculares:
Eventos comunes :
aumento del número cromosómico por
poliploidía y
disminución por rearreglos
(disploidía )
~50 myr
~10 myr
4800 Mb
430 Mb 750 Mb 2500 Mb
TEs
BANDAS C
BANDAS DAPI-CMA
HETEROCROMATINA CONSTITUTIVA:
¿Tipo de secuencias?
HIBRIDACION IN SITU
Pasos de la técnica
• Secuencias de ADN de una Preparación de los
extendidos cromosómicos
Preparación de la
especie son marcadas para sonda
generar una sonda.
• Los extendidos con cromosomas
son el “blanco” que se pondrá en
contacto con la sonda, ambos Desnaturalización del ADN de
cromosomas y sonda
desnaturalizados previamente.
• Las secuencias complementarias
de la sonda y del ADN de los
cromosomas hibridarán, en Hibridación
relación a su homología, en un
“sitio citológico”.
• Se realizan lavados posteriores a Lavados
esta hibridación a fin de remover
la sonda que no se unió.
• Detección de la hibridación y
visualización de la hibridación a Detección
través de fluorocromos.
Visualización
.-EXTRACCION ADN TOTAL
.-AISLAMIENTO DE ADN SATELITE
.-CORTES CON ENZIMA DE RESTRICCION, ELUCION DE BANDAS
.-OBTENCION POR PCR A PARTIR DE ADN GENOMICO CON PRIMERS
OBTENCION ESPECIFICOS
.-SE COMPRAN SECUENCIAS ( MICROSATELITES)
.-OBTENIDAS POR MICRODISECCION O FLOW SORTING
Lisis celular
Suspension de proteínas y ADN
Extraccción de proteínas
Limpieza del ADN
Resuspensión
ESTAS TECNICAS COMBINAN INFORMACION CITOLOGICA CLASICA CON INFORMACIÓN MOLECULAR DE LA
ESTRUCTURA DE LAS SECUENCIAS Y SE UTILIZAN CADA VEZ MAS
--LA GRAN DISPONIBILIDAD DE SECUENCIAS CLONADAS PARA UTILIZAR COMO SONDA
.- ADN GENÓMICO
.-PLASMIDOS +ADN
• ELABORACIÓN DE MAPAS
CROMOSÓMICOS FISICOS UTILIZANDO
SECUENCIAS DE DISTINTO ORIGEN .
• ANALISIS DE PROGENIES EN
PROGRAMAS DE MEJORAMIENTO
APLICACIONES FISH VEGETAL
• LOCALIZACIÓN DE SECUENCIAS
PARTICULARES ( TRANSGENES,
RETROVIRUS, EST, ETC).
Dra. L. Poggio
A
Constricción secundaria
En maíz señal en el brazo corto del par 6(
sonda ADN r)(FISH)
Sonda rDNA 45S ( rojo ) y 5S ( verde )
en organismos con distinto contenido de
ADN
Sondas
telómeros
Dra. L. Poggio2014
FISH REVELA SECUENCIAS REPETIDAS EN TANDEM
CENTENO
Hibridación con distintas sondas
e idiograma
Idiogramas de subgenomas de Nicotiana tabacum.
Sondas ADN
repetido
Se indica la
divergencia entre
los progenitores y
el evento de
hibridación
a)FISH con un BAC clone
de 100Kpb .
b) Sonda derivada de
micro disección de una
banda cromosòmica
c) Sonda derivada de
micro disección de un
brazo cromosómico
d) Dos sondas
especificas de dos
cromosomas de otra
especie.
En todos los casos se
efectuó supresión de
secuencias repetidas
FISH DE ALTA RESOLUCIÓN EN PAQUITENE :
CROMOSOMA 4 DE A. THALIANA. SONDAS BAC CONTIGUOS MARCADOS CON BIOTINA Y
DIGOXIGENINA
EXPRESION DE TRANSGENES
SEGÚN SU LOCALIZACION
FISH EN NUCLEOS INTERFASICOS
.- en cortes de tejidos
.- en núcleos aislados
.- mapeo de sec separadas a distancias
menores a 500-1000 kb ( en metafase señales
en distancias cortas se superponen)
.- organización y disposición de centrómeros,
telómeros, y distintos cromosomas en núcleos
interfásicos en distintos órganos y tejidos.
.- cambios que se producen durante el ciclo
celular en distintas estructuras.
Secuencias knob en Zea
Las relaciones obtenidas por GISH no son afectadas por genes que producen
C
disturbios en el apareamiento meiotico (asinapsis, desinapsis, apareamiento
homeologo o heterologo
Hay distintas situaciones que se describen como pintado
cromosómicos:
INACTIVACIÓN Y
NEOCENTRÓMERO
REARREGLOS Inversión
pericéntrica
Inserción CROMOSÓMICOS
PRIMARIOS
INVERSIÓN PERICÉNTRICA
Translocación
Translocación
recíproca intracromosómica
Cromosoma 9 –maiz
Cr. 4 Arabidopsis
Elymus-GISH
Triticeae-GISH
EVOLUCIÓN CROMOSÓMICA
DE Arabidopsis thaliana
mediante PINTADO CROMOSÓMICO
n=8 n=5
HORDEUM X SECALE
En Triticale se encontro una
disposicion diferente
Poggio et al 2009
NUCLEO INTERFASICO: TRIGO + 1 PAR DE CROMOSOMAS DE CENTENO
Ordenamiento cromosómico según convenciones.
ASINAPSIS B
A
.-La hibridación es el proceso que produce
mayor impacto en la expresión génica; la
poliploidía impacta en menor grado.
.-Estos cambios fueron recapitulados en híbridos
artificiales. C D
UNIVALENTES
54
DETECCIÓN DE HIBRIDOS
(MORFOLOGÍA, MARCADORES MOLECULARES,
CITOGENETICA CLÁSICA Y MOLECULAR)
Festuca x Vulpia
Triticeae
Gibasis Croccus
Hibrido ( 2n=38) involucrando Tripsacum ( rojo)- Zea mays ( verde ) y
Zea diploperennis . GISH ( sonda ADN genómico )
POLIPLOIDÍA: ORIGEN Y POSIBLES CONFIGURACIONES MEIÓTICAS
IV II II AAxBB
AA AAAA AA BB
Autopoliploide estricto Alopoliploide típico AB
IV
II II
A 1 A 1 x A 2A 2 AzAzxAwAw
A1A1 A2A2
AwAwAzAz A wA z
A 1A 2 II II
IV
Autopoliploide intervarietal Alopoliploide segmentario
Bulnesia retama
2n=26 El Valor C no
2C= 4.5 pg
Cx=2,5 refleja el nivel de
ploidía
Bulnesia sarmientoi
2n=26
2C= 0,7 pg
ÉXITO POLIPLOIDE ES COMPORTARSE COMO DIPLOIDE, TANTO
GENÉTICA COMO CITOLOGICAMENTE
PROCESOS DE DIPLOIDIZACIÓN INVOLUCRAN
TRITICEA MAIZ
ABD
Previniendo la formación de quiasmas
Ph1: 1II+19 I ph1:2III+2II+8I
.-IDENTIFICACIÓN DE SEGMENTOS Las relaciones obtenidas por GISH no son afectadas por
INTRODUCIDOS POR INTROGRESIÓN genes que producen disturbios en el apareamiento meiótico
Tricepiro (2n=42)
14 cromosomas hibridados con 28 cromosomas hibridados con Hibridación con Hordeum (putativo progenitor)
centeno. B. setifolius (2n=28) Translocaciones intergenómicas de brazos enteros
-Mínimos rearreglos intergenómicos Tomas et al. 2012.
-García et al. (en prep)
Papa con INTROGRESIÓN de S.brevidens. Se hibridó con ADN genómico de
S. brevidens y con un clon-Bac específico de papa ( da señal en S.
brevidens)
Dong et al 2005
S. esculentum ( tomate ) con introgresión de S. lycopersicoides
Ji chetelat
REPOSICIONAMIENTO
Alteraciones Estructurales DEL CENTRÓMERO
Cambia la razón de brazos, pero no el
orden de genes (marcadores) a lo largo del
cromosoma
INACTIVACIÓN Y
NEOCENTRÓMERO
REARREGLOS Inversión
pericéntrica
Inserción CROMOSÓMICOS
PRIMARIOS
INVERSIÓN PERICÉNTRICA
Translocación
Translocación
recíproca intracromosómica
Translocaciones múltiples
IV Metafase I
Agropiro. B
Hunziker et al .
A
IV paquitene maíz
2 P y F, Zea
Rezagados, AI, Zea
C D
Verbena. 3II, 1IV, 4 Bs
.- GÉNICA O DE DESARROLLO
E F
repetido. Se dificulta la detección citogenética
(mapeo genómico)
Husos multipolares Asinapsis, 20 I , Zea
.- Técnicas convencionales
DETECCIÓN DE Complemento de mapeo
.- FISH-GISH
REARREGLOS genómico comparativo
.- Pintado cromosómico
Cromosoma 9 –maiz
Cr. 4 Arabidopsis
Elymus-GISH
Triticeae-GISH
EVOLUCIÓN CROMOSÓMICA
DE Arabidopsis thaliana
mediante PINTADO CROMOSÓMICO
n=8 n=5
Que cromosomas
se pierden
durante la división
celular?
PORQUE SE FORMAN PSEUDOBIVALENTES?
Cual es la distribución de
las secuencias/l
cromosomas/ genomas en
el núcleo?
LOGRAR UN MAPA FISICO, FUNCIONAL Y ESTRUCTURAL DEL GENOMA
PARA SER UTILIZADO EN ESTUDIOS DE SISTEMÀTICA, FILOGENIA
BIODIVERSIDAD ,EVOLUCIÒN, MEJORAMIENTO, BIOTECNOLOGIA
En plantas la sonda obtenida de un cromosoma tiene mucho ADN repetido que esta
en otros cromosomas y que son difíciles de bloquear.