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Bioinformtica
Nombre: Kevin Aguirre Nrc: 3271 Fecha: 2017/11/23
Prctica 3: Barcoding
Objetivos:
Ensamblar fragmentos de ADN a partir de secuencias obtenidas con el mtodo
Sanger.
Hacer bsquedas de BLAST para la identificacin molecular de microorganismos
Determinar si una secuencia es apropiada para barcoding.
Desarrollo
1. Ensamblaje KS29
Resultados
Observamos el template display de cada contig:
(1)
(2)
(3)
Se dirige a la opcin edit contig
Guardamos el consenso
(2)
(3)
Se obtuvo que con un 93% de query cover y 99% de identidad se trata de la especie
Dactylonectria torresensis
Con la base organismo tipo con un 93% de query cover y 91% de identidad se trata de
la especie Beauveria medogensis.
(NCBI, 2017)
Resultados
ITS1, ITS2, rARN 18s, rARN 5.8s, rARN 18s, algunos intrones
El mejor fragmento es EF1 porque toda su secuencia est presente en el gen, es decir
tiene una buena cobertura e identidad mientras que ITS1 solo tiene una buena identidad
pero no una buena cobertura.
Conclusiones
- Se logr realizar los ensamblajes solicitados con el program Pregap4 y Gap4
- Se identific que el gen KS29 sencuenciado pertence a Ophiosphaerella
herpotricha y para el gen A6 pertence Dactylonectria torresensis.
- Se logr identificar para el gen A6 que el major fragmento para barecoding es el
EF1
Bibliografa
NCBI. (20 de Noviembre de 2017). Blast. Obtenido de blastn:
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&L
INK_LOC=blasthome#