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Universidad de las Fuerzas Armadas

Bioinformtica
Nombre: Kevin Aguirre Nrc: 3271 Fecha: 2017/11/23
Prctica 3: Barcoding
Objetivos:
Ensamblar fragmentos de ADN a partir de secuencias obtenidas con el mtodo
Sanger.
Hacer bsquedas de BLAST para la identificacin molecular de microorganismos
Determinar si una secuencia es apropiada para barcoding.

Desarrollo
1. Ensamblaje KS29

Carga de archivos KS29 a Pregap4


Seleccin de parmetros

Creacin del ensamblaje


Abrimos el archivo generado en gap4 donde se observa que se obtuvo 3 contigs

Resultados
Observamos el template display de cada contig:
(1)
(2)

(3)
Se dirige a la opcin edit contig

Se observa el electroferograma de la seccin 780-790 donde evidenciamos que la


decisin de la secuencia consenso es la adecuada. (eligi la base A)
Se observa el electroferograma de la seccin 2070-2080 donde evidenciamos que el
vaco que dejo se debe eliminar.

Guardamos el consenso

Se realiza un blast para identificar qu organismo es en blastn


Se obtiene que es Ophiosphaerella herpotricha con un 100% de query cover e identidad
Se utiliza la base de datos organismo tipo

Se obtiene que es de otro organismo y pertenece al arn ribosomal 28s


2. Ensamblaje A6

Cargamos los archivos a Pregap4

El archivo generado se abre en Gap4: indica que tenemos 3 contigs


Se despliegan los templados de cada contig
(1)

(2)
(3)

Se observa electroferograma, no se evidencia anomalidades

Se realiza un blastn con el fragmento de ITS


Se obtuvo que con un 40% de query cover y 99% de identidad se trata de la especie
Dactylonectria macrodidyma
Con la base organismo tipo con un 30% de query cover y 99% de identidad se trata de
la especie Dactylonectria alcacerensis.
Del fragmento de EF1 de A6 se realiza blastn con base de datos completa

Se obtuvo que con un 93% de query cover y 99% de identidad se trata de la especie
Dactylonectria torresensis
Con la base organismo tipo con un 93% de query cover y 91% de identidad se trata de
la especie Beauveria medogensis.

(NCBI, 2017)
Resultados

Qu fragmento de ADN est representado en las secuencias de KS29?

ITS1, ITS2, rARN 18s, rARN 5.8s, rARN 18s, algunos intrones

Qu parte de esa secuencia es considerada barcode universal de hongos?


1) 976..1137
2) 1138..1296

Qu pasa cuando se hace la bsqueda con la secuencia de KS29 en la base


de datos de organismos tipo?
Se obtiene que es de otro organismo y pertenece al arn ribosomal 28s.

Qu pasa cuando se hace la bsqueda con la secuencia de A6 en la base de


datos de organismos tipo?

Las especies variaron en el caso del fragmento de ITS se obtuvo Dactylonectria


alcacerensis y pata el fragmento de EF1 se obtuvo la especie Beauveria medogensis.
Mientras que con las bases normales se obtuvo Dactylonectria macrodidyma y
Dactylonectria torresensis, respectivamente

A qu especie pertenece A6?

Pertenece a Dactylonectria torresensis

Qu fragmento de A6 sirve mejor como barcode para ese grupo


taxonmico? Porqu?

El mejor fragmento es EF1 porque toda su secuencia est presente en el gen, es decir
tiene una buena cobertura e identidad mientras que ITS1 solo tiene una buena identidad
pero no una buena cobertura.

Conclusiones
- Se logr realizar los ensamblajes solicitados con el program Pregap4 y Gap4
- Se identific que el gen KS29 sencuenciado pertence a Ophiosphaerella
herpotricha y para el gen A6 pertence Dactylonectria torresensis.
- Se logr identificar para el gen A6 que el major fragmento para barecoding es el
EF1

Bibliografa
NCBI. (20 de Noviembre de 2017). Blast. Obtenido de blastn:
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&L
INK_LOC=blasthome#