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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA
Manuales Universitarios
88
Ficha catalogrfica
CEP
BATTANER ARIAS, Enrique
Compendio de enzimologa [Recuso electrnico] / Enrique Battaner Arias. 1a. ed. electrnica.
Salamanca : Ediciones Universidad de Salamanca, 2013.
320 p. - (Manuales Universitarios ; 88)
Introduccin a la Enzimologa..................................................................................... 17
Notas histricas.......................................................................................................................18
I. Los orgenes....................................................................................................................18
II. La fermentacin alcohlica............................................................................................20
El estudio de la Enzimologa....................................................................................................22
Bibliografa general..................................................................................................................23
INTRODUCCIN A LA ENZIMOLOGA
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
del tiempo biolgico o las asimetras (y simetras) espaciales que surgen en la ontogenia
de los seres vivos.
El propsito del autor de este libro es presentar una visin actualizada de las en-
zimas, pero a un nivel de estudiante de Grado, y especficamente, en el rea de Ciencias
de la Salud. Para el especialista hay numerosas y magnficas monografas, aparte de series
peridicas e innumerables artculos de investigacin y de divulgacin que tratan con
enzimas directa o indirectamente. A tal fin se da una cierta extensin a captulos como
la cintica enzimtica, que en los textos consagrados de Bioqumica ocupan un espacio
a nuestro juicio harto reducido, pero sin llegar por ello a extremos monogrficos o espe-
cializados. El autor pretende demostrar que la metodologa del estudio de las enzimas,
tanto en lo puramente tcnico como en lo ms conceptual y abstracto, es la indicada para
el abordaje de la gran mayora de los problemas, puros o aplicados, que nos plantea el
estudio de los seres vivientes.
Notas histricas
I. Los orgenes
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en otro imperaba el razonamiento de analoga, pero hemos de reconocer que van Hel-
mont estaba mucho ms cerca de la realidad. Y adems, desde entonces se estableci una
fructfera relacin entre los estudios que hoy llamaramos bioqumicos con los procesos
de digestin y de fermentacin, pues ambos fenmenos fueron desde entonces el objeto
principal de los estudios que han desembocado en la moderna Enzimologa.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
...Tenemos amplias razones para suponer que en las plantas y en los animales vi-
vientes tienen lugar miles de procesos catalticos entre los tejidos y los fluidos, y que de
ellos resulta la formacin de gran nmero de distintos compuestos, para cuyo origen
a partir de la sangre o de los jugos vegetales no podemos asignar hoy da una causa
conocida (1836).
Conocido desde tiempo inmemorial, este proceso empez a recibir atencin cien-
tfica a finales del siglo xviii. En 1779 la Academia de Ciencias de Francia estableci
un premio consistente en una libra de oro para el trabajo que arrojara luz sobre el hasta
entonces misterioso proceso qumico. Aunque este premio fue retirado en 1793, no hay
duda que contribuy decisivamente a nuestro actual conocimiento no solo de las fer-
mentaciones, sino de la Enzimologa en general.
Justus von Liebig (1803-1873), junto con F. Whler (el autor de la sntesis de
urea) consideraban la levadura como una sustancia qumica inestable que al comunicar
su inestabilidad al azcar lo degradaba a alcohol. Esto entraba en contradiccin con el
punto de vista sostenido por Schwann, Ktzing y Cagniard-Latour, es decir, la natura-
leza celular de la levadura. Por tanto se plante la cuestin de si las fermentaciones de-
pendan de la propia calidad viviente de la clula o bien se trataba de un componente
inanimado de la misma. Liebig defenda esta ltima postura, mientras que Schwann
sostena la primera.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
...Los fermentos no son, como crea Liebig, sustancias inestables que transmiten a
materiales normalmente no reactivos su vibracin qumica, sino que son sustancias
qumicas, relacionadas con las protenas y que como todas las dems sustancias poseen
una estructura qumica definida... La hiptesis propuesta por Schwann y Pasteur de
que la fermentacin ha de ser considerada como expresin de la actividad vital de los
organismos inferiores no es satisfactoria... Los fermentos son la causa de los procesos
qumicos vitales no solo en los organismos inferiores, sino tambin en los superiores.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
El estudio de la Enzimologa
-- En primer lugar, se repasan algunas nociones de quimicofsica que son necesarias para
la comprensin, siquiera superficial, de las reacciones qumicas. Los conceptos im-
portantes que se abordan son: la energa libre, la velocidad y el orden cintico de las
reacciones y el fenmeno de catlisis tratado de una manera general.
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Bibliografa general
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Libros y artculos
Fersht, A. R. Enzyme Structure and Metabolism, 2 ed. W. H. Freeman and Co., New
York, 1984.
Koshland, D. E. Jr. Evolution of catalytic function Cold Spring Harbor Symposia on Quan-
tiative Biology, vol. LII, 1-7, 1987.
Monod, J., Wyman, J., Changeux, J-P. On the nature of allosteric transitions: a plausible
model, J.Mol.Biol. 12, 88-118, 1965.
Segel, I. H. Enzyme Kinetics. Behavior and Analysis of rapid equilibrium and steady-state
systems. John Wiley and Sons, New York, 1975.
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Pginas web
http://www.expasy.ch/enzyme/
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
http://en.wikipedia.org/wiki/Enzymes
http://en.wikipedia.org/wiki/Coenzyme
http://en.wikipedia.org/wiki/Enzyme_kinetics
http://en.wikipedia.org/wiki/Enzyme_inhibitor
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Pgina intencionadamente en blanco por el editor
CAPTULO 1
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H). Como los procesos biolgicos tienen lugar por lo general en estas condiciones, en
lo sucesivo utilizaremos calor y entalpa prcticamente como sinnimos. Asimismo, he-
mos de sealar una importante convencin respecto a las variaciones de entalpa en una
transformacin: el incremento en entalpa se considera positivo cuando el sistema absor-
be calor a partir del entorno; en caso contrario, el incremento se considera negativo. Por
ejemplo, si se nos dice que una reaccin cursa con un incremento de entalpa de -100 kJ
(kilojoules), ello significa que la transformacin desprende esa energa en forma de calor
desde el sistema al entorno. El caso contrario (absorcin de calor por el sistema desde el
entorno) se representa como variacin positiva de entalpa.
Es fcil refutar esta hiptesis, pues bastan unas pocas observaciones para compro-
bar que existen procesos endotrmicos y que son sin embargo espontneos. Por ejemplo,
la entrada en solucin de sales como el cloruro amnico es un proceso perfectamente
espontneo, y sin embargo cursa con absorcin de calor, como podemos comprobar al
tacto por el enfriamiento del recipiente que contiene la solucin. Por tanto, no es facti-
ble un criterio sobre espontaneidad de las reacciones qumicas basado nicamente en la
entalpa.
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la flecha del tiempo). Debemos hacer notar que en este caso definimos como positivas las
variaciones en las que aumenta la entropa del sistema.
Tampoco es vlido este segundo criterio. Por ejemplo, la congelacin del agua a
0 C y presin atmosfrica es un fenmeno totalmente espontneo y cursa con una im-
portante disminucin entrpica, la propia de pasar del relativamente desordenado estado
lquido al orden propio de los slidos cristalinos. Igualmente, la desnaturalizacin de una
protena cursa con un fuerte incremento de entropa en el sistema, ya que la estructura
nativa de aquella representa un sistema muy ordenado y, sin embargo, las protenas no se
desnaturalizan espontneamente.
[1]
G = H - TS
1.1.3.1. Normalmente se dispone de tablas en las que se especifican las energas libres
standard de formacin de compuestos. Esta magnitud es el incremento en energa libre
que tiene lugar en la reaccin de formacin del compuesto a partir de sus elementos
en estado standard (se toma como cero la energa libre de formacin standard de un
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G0 = G0 (productos) - G0 (reactivos)
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1.1.3.2 Para unas condiciones dadas, diferentes de las standard, podemos calcular el in-
cremento en energa libre de una reaccin concreta A B mediante la relacin
[2]
1.1.3.3 De la relacin anterior podemos obtener otra muy interesante, mediante la cual
se calcula la constante de equilibrio de una reaccin a partir de la energa libre standard,
o viceversa. En el equilibrio, G = 0, y por tanto,
[3]
G0 = -RT ln(Keq)
1.1.3.4 Por til que sea la magnitud energa libre standard, debemos tener muy en
cuenta que una cosa son las condiciones standard de una reaccin y otra muy distinta las
condiciones actuales en que se desarrolla la reaccin que nos interesa. As, por ejemplo,
podemos ver que una reaccin metablica cuyo clculo de energa libre standard nos
indica que tiene lugar espontneamente en un sentido, puede estar funcionando en el
metabolismo en sentido inverso porque las condiciones en el interior de la clula son
evidentemente distintas, y en particular las concentraciones de reactivos y productos.
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[4]
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O G0 = -2858 kJ/mol
La velocidad de una reaccin qumica depende de varios factores cuyo efecto po-
demos medir experimentalmente en el laboratorio. De estos factores tienen especial sig-
nificacin para nosotros la concentracin de reactivos, la temperatura y la presencia o
ausencia de catalizadores.
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[5]
C12H22O11 (sacarosa) + H2O C6H12O6 (glucosa) + C6H12O6 (fructosa)
[6]
-d[A]/dt = d[B]/dt = d[C]/dt = k[A]
[7]
aA + bB cC + dD
[8]
v = -d[A]/dt = -d[B]/dt = d[C]/dt = d[D]/dt = k[A]x[B]y
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mos tener presente que son posibles rdenes de reaccin no enteros; por ejemplo, en la
reaccin de descomposicin del acetaldehdo
[9]
CH3-CHO CH4 + CO
la experimentacin nos dice que tiene un orden de 3/2 con respecto al acetaldeh-
do, a pesar de que la observacin de la ecuacin estequiomtrica nos hara pensar en un
primer orden para esta reaccin.
Volvamos a la ecuacin [7]. En ella se deca que la velocidad puede ser igual a
k[A] [B]y, y por tanto el orden de reaccin global igual a (x+y). Es importante insistir en
x
[10]
2A + B C
Para esta reaccin son posibles varios mecanismos. Por ejemplo: en un caso pode-
mos suponer que las tres molculas colisionan simultneamente para producir C. En ese
caso la reaccin sera de orden 3. Ahora bien, si la reaccin transcurre de manera que en
primer lugar reacciona una molcula de A con una de B para dar un intermediario X y
este posteriormente reacciona con una nueva molcula de A para dar el producto C, el
orden ya no sera de 3, sino que estara comprendido entre 2 y 3. Y de esta misma manera
podemos pensar en muchos otros mecanismos para esta reaccin, cada uno de los cuales
nos dara un orden distinto. De hecho, rdenes de reaccin de 3 son muy raros en la
prctica; y superiores a 3 son realmente excepcionales.
1.2.1.2 Por las consideraciones anteriores debemos definir un nuevo concepto en la ci-
ntica de reacciones qumicas, la molecularidad. La molecularidad de una reaccin es el
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[11]
-d[A]/dt = k[A]
[12]
At = A0exp(-kt)
[13]
ln At = ln A0 - kt
[14]
t1/2 = ln2/k
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Ejemplos:
(d) La inactivacin por calor de algunas enzimas, como la fosfatasa alcalina, sigue
un proceso de primer orden. Esta enzima se emplea como indicador de enfermedades
seas o del rbol biliar, entre otras; y las enzimas de distintas procedencias se pueden
distinguir por su estabilidad trmica. As, el semiperodo de inactivacin de la fosfatasa
alcalina de origen seo a 56 C es de dos minutos, mientras que el de la de procedencia
heptica es de 7 minutos.
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podemos hacer un diseo racional de las pautas teraputicas para que la concentracin
de medicamento se mantenga en niveles ptimos.
[15]
k = A exp(-Ea/RT)
[16]
ln k = -Ea/RT + ln A
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Figura 1.1
La ecuacin de Arrhenius nos indica que las molculas reactivas deben alcanzar
una energa crtica Ea antes de que puedan reaccionar. La figura 1.2, por su parte, nos
muestra grficamente el concepto de energa de activacin como la barrera que debe
superarse para alcanzar el complejo activo, de energa mxima, y a partir de l, caer del
lado de los productos. Por otra parte, en esta grfica se ve que el intercambio global de
energa, E no depende del camino que siga la reaccin, sino nicamente de los estados
inicial y final.
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Figura 1.2
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1.2.3. Catlisis
Esto quiere decir que, aun cuando participan en la reaccin, los catalizadores no
sufren cambio alguno por efecto de la misma, o si lo sufren, en el transcurso de la reac-
cin vuelven a su estado original; de esta forma, en la ecuacin estequiomtrica global
apareceran iguales tanto en el trmino de la derecha como en el de la izquierda, por lo
que pueden ser eliminados de la misma.
[17]
A+XB+X
[18]
A + X AY BX B + X
Por esta razn, las reacciones catalizadas siempre pueden representarse como un
proceso cclico (figura 1.3). Este hecho tiene particular importancia en el metabolismo,
en el que las vas cclicas (como el ciclo de Krebs, por ejemplo), se comportan cataltica-
mente.
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Figura 1.3
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[19]
Segn la teora de las colisiones, para que se produzca una reaccin entre tomos
o molculas, estas deben primero colisionar entre s. De esta forma se explica que a una
mayor concentracin de reactivo se acelere la reaccin. Ahora bien, no todas las colisio-
nes son eficaces; para que lo sean se necesita que las molculas reaccionantes posean una
cierta energa cintica y, adems, que las molculas entren en colisin con la orientacin
precisa.
Los catalizadores permiten un nivel energtico ms bajo, bien sea por introdu-
cir un nuevo agente en la reaccin que posteriormente se regenera (por ejemplo, en la
catlisis especfica cido-base), o bien por permitir el encuentro de las molculas en la
orientacin adecuada (caso de la catlisis heterognea). En todo caso, la accin del cata-
lizador se traduce en una disminucin de la energa de activacin, haciendo ms grande
el factor de Boltzmann y, por tanto, aumentando el nmero de molculas con capacidad
de reaccionar en unas condiciones dadas (figura 1.4).
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Figura 1.4
[20]
N2 + 3H2 2NH3 G0 = -91.83 kJ/mol
A pesar del valor negativo de G0, que nos indica que el equilibrio favorecer la
formacin de amonaco, la reaccin es extraordinariamente lenta, y para que se lleve a
cabo se necesitan temperaturas de 450 C y presiones que van de 200 a 1000 atmsferas.
El amonaco as obtenido se utiliza ampliamente en la fabricacin de fertilizantes, explo-
sivos, fibras sintticas, etc., de tal manera que la cantidad total de amonaco producido
por la industria qumica viene a ser de unas 5107 Tm/ao.
Los seres vivos, en concreto las llamadas bacterias fijadoras de nitrgeno, realizan
un proceso que globalmente es anlogo al de Haber, fijando el nitrgeno atmosfrico
a compuestos amnicos como los aminocidos, pero en una magnitud global mucho
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Se suele distinguir entre catlisis homognea, en la cual toda la reaccin tiene lu-
gar en la misma fase fsicoqumica, y catlisis heterognea, en la cual la reaccin ocurre
en una interfase (lquido-slido, gas-slido, gas-lquido), tambin llamada catlisis de
superficie. La catlisis homognea de mayor inters para nosotros es la que tiene lugar en
solucin, y particularmente la catlisis general cido-base o la catlisis especfica cido-base,
que estudiaremos con mayor detenimiento en un captulo posterior.
[21]
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[22]
[23]
[24]
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CAPTULO 2
Los seres vivientes se caracterizan por llevar a cabo varios miles de reacciones qu-
micas diferentes, a cuyo conjunto damos el nombre de metabolismo. Estas reacciones
no tienen lugar aleatoriamente; en lneas generales, los fines que persiguen son los si-
guientes: (a) proveer a la clula de energa en una forma directamente aprovechable; (b)
sintetizar los elementos plsticos necesarios en la estructura celular; (c) generar y procesar
seales informativas a efectos regulatorios y adaptativos; y (d) propagar y mantener la
informacin gentica propia de la especie. La mera enumeracin de estos fines nos da
una idea de la complejidad de los sistemas bioqumicos, y de las complicadas reagrupa-
ciones moleculares que tienen lugar en el metabolismo. Todas las reacciones que en un
momento dado tienen lugar en la clula cursan, como es lgico, en el sentido de un in-
cremento negativo en energa libre en la forma definida por la ecuacin 1.2 del captulo
anterior. Ahora bien, la gran mayora de ellas seran extremadamente lentas para el ritmo
temporal propio de los seres vivientes; por eso todas ellas, o al menos la gran mayora,
son reacciones catalizadas, y llamamos enzimas a estos catalizadores. Pero a diferencia de
otros catalizadores que emplea la Qumica, las enzimas tienen la particularidad de ser
especficas para cada reaccin. No sera rigurosamente exacto, pero tampoco muy aleja-
do de la realidad, afirmar que en el metabolismo hay tantas enzimas como reacciones;
en otras palabras, cada reaccin tiene su enzima especfica. Uno de los criterios exigidos
cuando se propone tericamente una va metablica estriba en el hallazgo de una enzima
especfica para cada uno de los pasos postulados.
En este captulo vamos a tratar de ofrecer una idea de las caractersticas ms rele-
vantes de la catlisis enzimtica, como la naturaleza proteica de las enzimas, su especifici-
dad y su eficiencia como catalizadores. Antes de entrar a estos apartados, vamos a definir
algunos trminos comnmente empleados en Enzimologa, y de los que se har amplio
uso en el presente estudio.
2.1.1. Enzima
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del pasado siglo se descubrieron RNAs con actividad cataltica (ribozimas). No obstante,
casi todas las enzimas conocidas son protenas, y en este curso partiremos de esa base. En
la mayora de los casos, la actividad enzimtica se debe a los grupos qumicos propios de
las protenas. Esto no excluye que en determinadas ocasiones (a) la actividad cataltica
est ligada a grupos no proteicos asociados a la enzima; o bien (b) el caso citado de las
ribozimas, molculas de RNA dotadas de actividad cataltica. Pero estas excepciones no
contradicen en absoluto el principio antes citado. Ms adelante se discutir con mayor
profundidad este concepto.
Figura 2.1
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2.1.2. Substrato
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 2.2
2.1.4. Protmero
Entendemos por actividad enzimtica la velocidad con que transcurre una reaccin
catalizada por una enzima. Ntese que excluimos cualquier otro significado que pueda
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atribuirse al trmino actividad; una enzima muy activa, en el presente estudio, significa
que est catalizando muy rpidamente una reaccin. La velocidad de una reaccin en-
zimtica es en todo momento directamente proporcional a la concentracin de enzima;
por tanto, la actividad es una medida de la concentracin de enzima.
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2.1.7. Inhibidor
2.1.8. Activador
2.1.9. Coenzima
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reactivo, y hay autores que reservan el trmino coenzima para estas. Otras, por el con-
trario, aparecen modificadas al trmino de la reaccin (como los nucletidos de nicoti-
namida, figura 2.4) y en la misma lnea sera preferible el trmino de cosubstrato; ambos
tipos de agentes, en conjunto, seran los cofactores. En el presente trabajo, sin embargo,
no se har esta distincin terminolgica, y utilizaremos indistintamente estos trminos.
Figura 2.3
Figura 2.4
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Ya desde aqu es interesante sealar la relacin que existe entre los trminos de
coenzima y vitamina. Muchas coenzimas tienen estructuras qumicas complejas que no
pueden ser sintetizadas por nuestro organismo. Por lo general, no se trata de toda la
molcula, sino tan solo de una parte. Esta porcin no sintetizable debe necesariamente
ingresar en el organismo con la dieta, y por ello son factores obligatorios en la alimen-
tacin: muchos de ellos son lo que llamamos vitaminas. Ahora bien, conviene no con-
fundir los trminos: ni todas las coenzimas son vitaminas, ni todas las vitaminas forman
parte de coenzimas, al menos en el sentido restringido en el que han sido definidos aqu.
2.1.10. Isoenzima
Las grandes vas metablicas son comunes a todos los seres vivos, y se llevan a
cabo gracias a enzimas que catalizan la misma reaccin aunque tengan estructuras mole-
culares diferentes. Pero este fenmeno no se da solamente entre diferentes especies, sino
entre diferentes rganos y tejidos del mismo individuo. As, por ejemplo, la hexokinasa
(ATP:D-hexosa fosfotransferasa), enzima que permite la entrada de glucosa en el meta-
bolismo a travs de su transformacin en glucosa-6-fosfato, presenta diferentes formas
segn el tejido de procedencia: hexokinasa cerebral, hexokinasa muscular, hexokinasa
heptica, etc., cada una de ellas con diferente estructura molecular.
Sin embargo, dicho concepto ha prevalecido de tal manera que hoy nadie duda de
la naturaleza protenica de las enzimas. El fallo en le deteccin de protena era debido,
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
1. Una de las primeras observaciones a este respecto fue que la actividad enzi-
mtica puede ser eliminada de una preparacin mediante tratamiento de la misma con
enzimas proteolticas, como pepsina, tripsina o quimotripsina.
4. El peso molecular de las enzimas, en aquellos casos en que puede ser determina-
do, es compatible con una estructura proteica.
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enzimas proteolticas digestivas. Hoy da se cuentan por centenares las enzimas que han
podido ser purificadas hasta la cristalizacin; todas ellas son protenas.
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los hidroxicidos que contienen el grupo -CHOH- suelen ser absolutamente especficas
hacia el ismero L- o hacia el D-, no actuando la enzima en absoluto sobre el enanti-
mero. Si el carbono asimtrico est relativamente lejos del grupo atacado en la reaccin
enzimtica, la especificidad ya no es tan absoluta y puede haber un cierto grado de reac-
tividad por parte del enantimero; en otras ocasiones este se comporta como inhibidor
competitivo.
Por otra parte, las enzimas son capaces de llevar a cabo sntesis asimtrica, es decir,
de generar un solo enantimero a partir de un grupo simtrico. Por ejemplo, en la reduc-
cin del piruvato llevada a cabo por la lactato dehidrogenasa, encontramos que solo se
produce L-lactato (en el caso de la enzima de fuentes animales) o D-lactato (en la enzima
procedente de bacterias). Esta reaccin se presenta en la figura 2.4.
Figura 2.5
2.3.2. Proquiralidad
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Figura 2.6
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 2.7
Cuando la enzima cataliza una reaccin multisubstrato (lo cual es ms regla que
excepcin en Bioqumica), la especificidad suele ser absoluta hacia todos ellos. Esto ocu-
rre particularmente con las deshidrogenasas y las kinasas (bisubstrato) y las sintetasas (tri-
substrato). Como es lgico, existen tambin excepciones a esta regla. La alcohol deshi-
drogenasa es completamente especfica hacia uno de sus substratos, la coenzima NAD+,
pero admite muchos tipos de alcohol como segundo substrato.
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-GAATTC-
-CTTAAG-
por otra parte, las aminoacil-tRNA sintetasas son capaces de reconocer una secuen-
cia especfica en el tRNA propio del aminocido que activan; esta secuencia se sabe que
es diferente del anticodon.
Por otra parte, las enzimas son catalizadores polivalentes en el sentido de que son
muchos los tipos de reacciones catalizadas por ellos, a pesar de que los mecanismos in-
trnsecos de la catlisis enzimtica son relativamente pocos. Entre las reacciones cataliza-
das encontramos: reacciones redox, transferencia de grupos, hidrlisis, deshidrataciones
y decarboxilaciones, fosforolisis, condensaciones aldlicas, reacciones de radicales libres,
polimerizaciones, etc.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
E + S ES E + P
Pero por otra parte, la especificidad de las reacciones enzimticas nos indica que la
interaccin enzima-substrato est mediada a travs de una disposicin altamente precisa
de los grupos qumicos de la enzima, de forma que solo pueden entrar al centro activo las
molculas que encajen perfectamente en los mismos. De esta forma, una pequea varia-
cin en la estructura molecular del substrato podra impedir su fijacin al centro activo.
Estas ideas fueron adelantadas por Emil Fischer en 1894, cuando propuso su
conocida analoga de la llave y la cerradura para explicar la especificidad enzimtica; una
enzima es especfica hacia su substrato de la misma forma que una cerradura solo puede
ser abierta por una llave determinada. Esta idea se ha mantenido bsicamente inaltera-
da durante dcadas, y ha dado lugar a lo que podramos llamar el modelo de interaccin
estereoqumica que explica no solo la accin enzimtica, sino muchos otros fenmenos
biolgicos que tienen lugar a travs de la interaccin de una protena y un ligando (por
ejemplo, la accin hormonal y el efecto de frmacos).
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
La teora del ajuste inducido conduce a un desarrollo ulterior sobre la accin en-
zimtica. Esta puede ser descrita en trminos de estabilizacin del estado de transicin. El
estado de transicin es una especie qumica inestable, situada en un mximo de energa
potencial, con una configuracin tridimensional que no es ni la de los reactivos ni la de
los productos, sino una forma intermedia. As, la fijacin al centro activo de la enzima
depende de la disposicin estereoqumica precisa y complementaria de una serie de gru-
pos qumicos. Esta complementariedad se refiere, pues, sobre todo al estado de transicin,
y no a los reactivos o productos en su estado basal. Este concepto ser analizado ms
detenidamente en el captulo 6 de esta obra, cuando se hable de los llamados anlogos
de estado de transicin, poderossimos bloqueadores de la accin enzimtica (figura 2.8).
Figura 2.8
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CAPTULO 3
A lo largo del s. xix y durante gran parte del xx no se dispona de una nomenclatura
o clasificacin sistemtica de las enzimas. El nombre de cada enzima reflejaba vagamente
la reaccin catalizada en el mejor de los casos, y no era en absoluto extrao encontrar
nombres nacidos directamente de la jerga del laboratorio descubridor: diastasa (separador,
por separar dextrinas solubles a partir de almidn insoluble); Zwischenferment (enzima
intermedia), Gelbferment (enzima amarilla), y otros que an siguen hoy en plena vigencia
a pesar de su inadecuacin o su falta de sistemtica descriptiva: catalasa, pepsina, tripsina,
etc. En otras ocasiones se pretenda reflejar el gnero o especie biolgica de procedencia;
as, la ficina, un grupo de enzimas proteolticas extradas del gnero Ficus, o la papana,
aislada del ltex de la papaya. Por ltimo, y ya de una forma semisistemtica, se intentaba
denominar a la enzima por el substrato atacado y aadiendo al mismo el sufijo -asa:
ureasa, maltasa, tirosinasa, etc. El inconveniente de esta forma de denominacin era
obvio: no daba ningn detalle sobre el tipo de reaccin catalizada.
3.1.1. Nomenclatura
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
reconocida por un nmero sistemtico formado por cuatro elementos numricos separa-
dos por punto y precedido de las siglas E.C. Por ejemplo,
Ahora bien, enzimas que catalizan una misma reaccin pueden proceder de muy
diversas fuentes (microorganismos, vegetales, animales), y vara ampliamente su estruc-
tura molecular; igualmente, dentro de un mismo organismo, enzimas que catalizan la
misma reaccin pueden corresponder a estructuras moleculares distintas (isoenzimas).
Por ello, se suele aadir entre parntesis la fuente biolgica de la enzima, y en su caso el
rgano; por ejemplo,
3.1.2. Clasificacin
67
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Dador:aceptor oxidorreductasa
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En el contexto de esta obra, sera excesivo seguir al pie de la letra las recomenda-
ciones de la EC para hacer una descripcin elemental de las enzimas. Se ha presentado
esta clasificacin nicamente a efectos informativos.
(a) Deshidrogenasas
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
(b) Oxidasas
Son las enzimas que utilizan como aceptor electrnico el oxgeno molecular, pro-
ducindose por lo general H2O2 o H2O, o incluso el anin superxido O2- ,en el curso
de la reaccin. Al utilizar O2, estas reacciones son aerbicas, mientras que las catalizadas
por deshidrogenasas pueden tener lugar aerbica o anaerbicamente. Las oxidasas suelen
ser flavoprotenas o metaloprotenas, o ambas cosas a la vez; las reacciones que catalizan
suelen ser bastante complejas.
(c) Peroxidasas
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
su reduccin a H2O. Este papel lo cumplen las peroxidasas. En general, las peroxidasas
suelen ser hemoprotenas, es decir, con un grupo prosttico porfirnico. Las peroxida-
sas corresponden al subgrupo 1.11.-.- de la clasificacin sistemtica.
2H2O2 2H2O + O2
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
(e) Hidroxilasas
(f ) Reductasas
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
A-X + B A + B-X
en rigor, esta reaccin general sera asimismo vlida para las oxidorreductasas si el
grupo transferido X fuera un par electrnico, dos tomos de hidrgeno o un ion hidru-
ro. Asimismo, las hidrolasas catalizan una reaccin similar. Igualmente, las reacciones de
fosforolisis, similares a las de hidrlisis, son catalizadas por enzimas de este grupo que re-
ciben el nombre de fosforilasas. Desde el punto de vista de nomenclatura, las transferasas
forman su nombre sistemtico como
Dador:aceptor grupo-transferasa
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- Serin proteinasas
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- Tiol proteinasas
- Proteinasas cidas
- Metaloproteinasas
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A=B + X AXB
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Substrato grupo-liasa
Entre los nombre recomendados para estas enzimas, encontramos, por ejemplo,
descarboxilasas, enzimas que eliminan CO2; sintasas (no confundir con sintetasas), cuan-
do la reaccin relevante es la de unin; aldolasas, cuando catalizan condensaciones ald-
licas; hidratasas, cuando la reaccin consiste en una adicin de agua a un doble enlace.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
El subgrupo 4.2 son las liasas C-O. En el apartado 4.2.1 encontramos las hidro-
liasas (hidratasas o dehidratasas), enzimas que catalizan la adicin o eliminacin de agua
en un doble enlace.
Requiere zinc como cofactor, y se conocen al menos siete formas moleculares dis-
tintas de la enzima en mamferos. Tiene una gran importancia fisiolgica, ya que partici-
pa en el proceso de transporte de gases en sangre, en la secrecin de HCl por el estmago
y en la excrecin renal de bicarbonato.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
El subgrupo 5.1 contiene las racemasas y las epimerasas, que catalizan la inversin
de configuracin en un carbono asimtrico. Son importantes las que actan sobre ami-
nocidos y sobre monosacridos o sus UDP-derivados.
85
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
este consiste en la absorcin de un fotn por el ismero 11-cis para dar lugar al todo-
trans. La retinal isomerasa regenera la molcula receptora.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
o bien
El subgrupo 6.1 contiene las ligasas que forman enlaces C-O. Entre ellas, el sub-
subgrupo 6.1.1 es el correspondiente a las aminoacil-tRNA sintetasas, enzimas encargadas
de la activacin de los aminocidos en la sntesis de protenas.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Las sintetasas que forman enlaces C-N estn en el subgrupo 6.3. Entre ellas des-
tacan la asparragina- y glutamina sintetasas, encargadas de la introduccin de NH3 en el
carboxilo terminal de aspartato o glutamato.
El subgrupo 6.4 presenta las enzimas encargadas de formar enlaces C-C, normal-
mente en reacciones de carboxilacin, por lo que las enzimas de este grupo son las llama-
das carboxilasas (no confundir con las descarboxilasas). La mayor parte de ellas contienen
biotina como grupo prosttico.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
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CAPTULO 4
COENZIMAS O COFACTORES
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
4.1. Introduccin
A-X + B A + B-X
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
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forma reducida NADPH, suele proveer el poder reductor necesario para las biosntesis
celulares.
En el caso del NAD+, podemos ver que se trata de un nucletido de adenina unido
a un nucletido de nicotinamida a travs de sus fosfatos. La nicotinamida (tambin lla-
mada niacina) es la 3-amidopiridina (de ah el nombre de coenzimas piridnicas). Los en-
laces de ambas bases a sus respectivas ribosas son del tipo -N-glicosdico. La unin gli-
cosdica en - da lugar a anlogos inactivos de estos coenzimas (-NAD+ y -NADP+).
En el NADP+ el fosfato adicional aparece unido al C-2 de la ribosa adenosnica.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Por esa razn las reacciones asociadas a estas coenzimas se representan as:
o bien:
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
(a) NAD+
(b) NADP+
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Una gran cantidad de organismos, entre ellos el hombre, son incapaces de sinteti-
zar el anillo de nicotinamida (o el correspondiente cido nicotnico), por lo cual deben
recibirlo como factor diettico esencial. En el s. xviii el mdico de la corte de Felipe V,
Gaspar de Casal, describi el mal de la rosa en poblaciones cuya alimentacin era
esencialmente a base de maz. Esta enfermedad, llamada asimismo pelagra, consiste en
una serie abigarrada de sintomatologa neurolgica, cutnea e intestinal (la trada der-
matitis- diarrea-demencia). En 1937, Elvehjem y Woolley demostraron que la pelagra
poda ser prevenida por la administracin de cido nicotnico o de nicotinamida, reci-
biendo as el nombre de factor PP (preventivo de la pelagra) reconocido por los estudios
de von Euler y Warburg como un componente de la primitiva cozimasa de Harden y
Young. Tambin es conocida como Vitamina B3.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
dinucletido (FAD). El FAD es la unin del FMN con un nucletido de adenina a travs
de los fosfatos, como en el caso del NAD+ (figura 4.3).
98
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
piridnicas). Esto da lugar a que existan tres grados en el proceso de reduccin del anillo:
la forma oxidada, la semiquinona y la forma plenamente reducida (FMNH2 y FADH2).
Las distintas flavoenzimas (se conocen alrededor de un centenar) se diferencian entre s,
por tanto, respecto al modo de oxidorreduccin en tres grupos: (a) las que oscilan entre
las formas plenamente reducida y plenamente oxidada, es decir, F - FH2, como la glucosa
oxidasa; (b) las que oscilan entre la forma oxidada y la semiquinona, F - FH, como es el
caso de la dihidrolipoamida deshidrogenasa; y (c) las que oscilan entre la semiquinona y
la forma plenamente reducida, es decir, FH - FH2.
4.2.2.2. Flavoprotenas
(b) La unin a la protena favorece la interaccin de las flavinas con otros grupos,
particularmente metales como Fe o Mo. Esto permite un gran espectro de actividades
redox para estas protenas. En este mismo sentido, podemos decir que aunque la mayor
parte de las flavoprotenas contienen un solo grupo prosttico, puede haberlas con dos,
en cuyo caso, teniendo en cuenta los modos de reduccin que veamos antes (reducida,
semiquinona y oxidada), los estados de oxidorreduccin de algunas flavoprotenas pue-
den ser extremadamente variados.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
101
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 4.5 Estructura del grupo hemo. Se trata de una protoporfirina IX coor-
dinada a un ion Fe++. El hemo es el grupo prosttico caracterstico de la hemog-
lobina y de los citocromos b.
A diferencia de los grupos flavnicos y piridnicos que hemos visto hasta ahora,
nuestro organismo sintetiza por completo la porfirina, por lo cual no tiene carcter vi-
tamnico. Est descrita en humanos una serie interesantsima de trastornos metablicos
relacionados con la sntesis del grupo porfirnico, las denominadas porfirias. Y adems, el
inters que presentan estos compuestos se extiende tambin a sus productos de degrada-
cin, los pigmentos biliares (bilirrubina, biliverdina, etc.).
102
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
mayora de los casos, este metal es el hierro, bien en forma ferrosa, o en forma frrica, o
alternando ambas, o incluso en estados de valencia superiores, como en las peroxidasas.
Dado que el hierro se presenta en complejos hexacoordinados de forma octadrica (fi-
gura 4.6) su unin al grupo porfirnico deja libres otras dos posiciones de coordinacin.
Estas posiciones estn normalmente ocupadas bien por grupos de la apoprotena, o por
ligandos propios del sistema, o no estn ocupadas. El grupo porfirnico suele estar ubica-
do en el interior de la estructura proteica, dado su carcter hidrofbico.
103
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Casi todas las peroxidasas conocidas suelen ser hemoprotenas que contienen una
ferriprotoporfirina IX. El modo de reaccin de las peroxidasas es bastante complejo y
puede seguirse por mediciones pticas y magnticas. As se ha podido determinar, por
ejemplo, que en el curso de la reaccin las posiciones quinta y sexta del complejo estn
esencialmente vacantes, y que el hierro pasa por estados de valencia superiores a tres (io-
nes ferrilo, 4+ y perferrilo, 5+).
Los citocromos fueron descubiertos por McMunn en el siglo xix al estudiar teji-
dos animales con un espectroscopio y observar sus bandas de absorcin caractersticas.
Fue Keilin, alrededor de 1925, quien sistematiz el conocimiento en torno a estas he-
moprotenas (y a quien debemos el nombre de las mismas).
104
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Los citocromos c tienen un potencial redox intermedio entre los a y los b; por ello
los encontramos como transportadores centrales en los sistemas redox celulares. Uno de
ellos, el citocromo c (los dems se conoces como c2, c3, etc.) tiene la particularidad de ser
fcilmente extrable de la mitocondria por su solubilidad en agua. Esta caracterstica lo
hace nico en su gnero, dado que los dems suelen estar fuertemente unidos a membra-
nas de manera que su estudio ha de hacerse necesariamente a partir de la disociacin de
105
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
estas por mtodos ms o menos drsticos: detergentes, pH, etc. El grupo prosttico en
este tipo de citocromos es el hemo C, cuya estructura es anloga al B excepto en la unin
a la protena, que en este caso es covalente a travs de dos residuos de cistena invariantes
en la protena.
4.2.4. Quinonas
106
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Posee una cadena lateral poliprenoide compuesta por diez unidades isoprnicas en
mamferos y seis en algunas bacterias. La ubiquinona opera en el transporte electrnico
mitocondrial, entre los complejos I y III y entre los complejos II y III, cuestin que es-
tudiaremos detalladamente en el metabolismo.
Existen en la naturaleza muchas otras quinonas que operan como coenzimas re-
dox: las plastoquinonas, compuestos anlogos a la ubiquinona en la cadena de transporte
electrnico fotosinttico del cloroplasto; las vitaminas K o naftoquinonas y la pirroloqui-
nolina quinona (PQQ), grupo prosttico de las quinoprotenas, protenas presentes en
bacterias metilotrficas de gran inters biotecnolgico.
Se trata de una molcula muy abundante en todos los seres vivos que opera esen-
cialmente como transportador redox, aunque son relativamente pocas las reacciones en-
zimticas conocidas en las que participa como coenzima. Por esta razn, se piensa que
su abundancia en los tejidos se debe ante todo a su poder antioxidante, ya que reacciona
de forma espontnea con multitud de aceptores electrnicos. El cido ascrbico es una
vitamina para los primates y el cobaya; el resto de los seres vivos sintetiza la molcula. Su
sndrome carencial es el escorbuto, enfermedad ampliamente conocida por los marineros
de la poca de navegacin a vela. Fueron precisamente estudios conducidos por la Royal
107
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Navy britnica durante el siglo xviii los que sentaron las bases de la prevencin del es-
corbuto mediante las verduras frescas, y sobre todo, el zumo de lima. Reconocido en el
siglo xx como vitamina (la vitamina C), fue aislado y cristalizado por Szent-Gyrgyi en
1928, determinando Haworth posteriormente su estructura.
El cido ascrbico puede ser oxidado por multitud de aceptores electrnicos; entre
ellos tenemos diversos colorantes, nitrato de plata (dando lugar a plata metlica), oxge-
no y yodo en presencia de trazas de metal, etc.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
4.2.6. Glutatin
109
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Las funciones del glutatin pueden establecerse en dos categoras: (a) protectoras
contra el stress oxidativo y (b) de transporte y metablicas. Nos ocuparemos solamente
de las primeras.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
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112
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En la forma descrita, el piridoxal fosfato acta como coenzima en los grupos 2.4.1
(aminotransferasas o transaminasas), 4.1.1 (carboxiliasas o decarboxilasas) y 5.1.1 (ami-
nocido racemasas), entre otros.
113
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Otros enzimas o grupos en los que participa el piridoxal son: transferasas de gru-
pos CH2OH-, CHO-, CHNH2-, etc. (grupo 2.1.2) y algunas aldehdo-liasas del grupo
4.1.2.
El cido flico fue primitivamente aislado a partir de levadura por Day como un
factor nutricional requerido para el crecimiento de Lactobacillus. Aislado posteriormente
de las hojas de espinaca, en las que se presenta en elevada concentracin, y de donde
deriva precisamente su nombre (Lat. folium, hoja), fue reconocido como factor vita-
mnico (vitamina B9) en la dieta humana; su carencia es la responsable de la aparicin
de anemias megaloblsticas. Como veremos, algunos frmacos activos en la teraputica
antineoplsica son anlogos de cido flico (aminopterina y methotrexate, por ejemplo),
por lo que el sndrome carencial correspondiente tiene una cierta importancia clnica.
114
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
formimino (-CHNH), metileno (-CH2-) y metenil (-CH=); con menor frecuencia opera
como transportador de grupos metilo (-CH3). En este sentido podemos considerar al cido
tetrahidroflico como miembro de una familia de coenzimas involucrados de un modo
u otro en el metabolismo de grupos monocarbonados, y que estara integrado, adems
del THF, por S-adenosil metionina (como transportador principal de grupos metilo), la
biotina (de grupos carboxilo - COOH) y las coenzimas cobamdicas (cuya funcin no
suele ser la de transportadores estrictos, como los anteriores, sino que participan en sus
interconversiones).
115
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
116
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
117
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Tal y como es normalmente aislada del extracto de hgado, la vitamina B12 aparece
bajo la forma de cianocobalamina, cuya estructura se presenta en la figura 4.16.
118
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
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Ni las plantas superiores ni los animales son capaces de sintetizar coenzimas coba-
mdicas, y para muchos microorganismos se trata de un factor necesario para su creci-
miento. La carencia pura de vitamina B12 no existe en la prctica; normalmente la flora
bacteriana intestinal sintetiza toda la necesaria en la nutricin. En la especie humana, el
sndrome carencial (anemia perniciosa) se debe esencialmente a la carencia de factor in-
trnseco. Este es una glicoprotena producida por las clulas parietales del estmago, con
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
un P.M. de 50 kDa, que fija vitamina B12 en la proporcin 1:1 y que es esencial para la
absorcin de la vitamina en los tramos distales del tubo digestivo. Una vez absorbidas,
las cobalaminas circulan en la sangre asociadas a dos protenas, transcobalaminas I y II.
Las principales fuentes naturales de esta vitamina se dan en los fangos y en el es-
tircol; los tejidos animales, como el hgado, pueden ser asimismo una fuente rica en la
vitamina, pero no los vegetales.
4.3.5. Biotina
121
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4.3.5.2. Avidina
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4.3.7. Pantetenas
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4.3.8. Carnitina
No parece que la carnitina tenga carcter vitamnico. Ahora bien, su sntesis re-
quiere lisina y S-adenosilmetionina, por lo que algunos autores recomiendan su adicin
126
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
a la dieta, sobre todo a deportistas; parece que en muchos casos la concentracin de car-
nitina es limitante en cuanto a la oxidacin mitocondrial de los cidos grasos.
El PAPS no tiene carcter vitamnico. Esta coenzima opera con todas las sulfo-
transferasas del grupo 2.8.2. Algunas de las funciones ms importantes de este proceso
son las siguientes:
127
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Las reacciones en que participa ATP pueden clasificarse dentro de dos grandes
grupos: transferencia de alguna porcin de la molcula de ATP a un aceptor adecuado, o
bien rotura de los enlaces pirofosfato del ATP para suministrar energa libre a reacciones
en principio desfavorables energticamente.
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
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Pgina intencionadamente en blanco por el editor
CAPTULO 5
5.1. Introduccin
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Figura 5.1
134
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Por esta razn, las medidas de actividad enzimtica (recurdese que en Enzimo-
loga actividad es sinnimo de velocidad) solo son vlidas en los primeros tramos de la
curva de progreso. En rigor, la velocidad vlida para la medida es la pendiente a tiempo
cero, que es la llamada velocidad inicial (en la figura 5.1 la medicin vlida de velocidad
es la tangente a la curva para t=0). Normalmente los ensayos enzimticos son diseados
de manera que el tramo lineal de la curva de progreso sea lo ms largo posible, con lo
que se facilita la medicin de la velocidad inicial. Ahora bien, cuando se trata de puntos
experimentales reales, trazar una tangente a t=0 puede ser mucho ms difcil de lo que la
figura 5.1 muestra. En lo sucesivo, y mientras no se especifique lo contrario, siempre que
hablemos de velocidad, queremos decir velocidad inicial.
Figura 5.2
135
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[1]
En general, este es un resultado propio de todos aquellos procesos que, como la ca-
tlisis, son de ndole regenerativa, tal y como aparece expresado grficamente en la figura
5.3, y no es atribuible a ninguna caracterstica especfica de las enzimas.
Figura 5.3
De hecho, uno de los argumentos que utiliz Krebs para postular el ciclo de
los cidos tricarboxlicos que lleva su nombre era la relacin lineal entre el consumo
136
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.4
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Figura 5.5
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Figura 5.6
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Figura 5.7
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[2]
141
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.8
Las nicas soluciones posibles son las numricas o bien aquellas que introducen
ciertas suposiciones simplificadoras del mecanismo. En cualquier caso, la velocidad de la
reaccin siempre ser
[3]
142
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.9
Brown y Henri en 1902 fueron los primeros en sugerir el mecanismo [2], es decir,
que la accin enzimtica tiene lugar formndose primero un complejo ES que posterior-
mente se descompone a E + P. En 1913, Michaelis y Menten postularon una suposicin
adicional sobre este mecanismo que conduce a una solucin sencilla que concuerda con
los datos experimentales en la mayora de los casos (suposicin de equilibrio rpido).
143
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[4]
[5]
Pero la velocidad de la reaccin enzimtica, segn [3] es dp/dt = k+2x; por lo tanto,
al sustituir el valor de x por [5] obtenemos
[6]
[7]
144
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
5.3.3. Concepto de Km
[8]
[9]
Glucosa + ATP Glucosa-6-fosfato + ADP
Ahora bien, se debe tener presente que el concepto de Km como medida de afini-
dad es solamente vlido en aquellos casos en que el mecanismo obedezca a las condicio-
nes de Michaelis y Menten, es decir, cuando la formacin de complejo ES sea mucho
ms rpida que la descomposicin de este hacia el producto, lo cual es por lo general la
regla en muchas reacciones enzimticas.
145
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.10
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COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
lugar a un 50 % de saturacin; y que tiene, por lo tanto, el mismo significado que la s0.5
o la Km (bajo suposiciones de Michaelis-Menten).
2. La propia definicin de Vmax como k+2e0 (en el mecanismo [2]) nos permite
deducir que la Vmax es directamente proporcional a la concentracin de enzima. En este
contexto se prefiere denominar a la constante k+2 como kcat que es el nmero de recambio
o de turnover de la enzima, es decir, el nmero de moles de substrato transformadas en la
unidad de tiempo por mol de enzima, y sus dimensiones son de t-1. e0 es la concentracin
molar de enzima. Por tanto, Vmax queda establecida como el producto kcate0. Al ser kcat
independiente de la concentracin de enzima, hoy da se prefiere el uso de esta constante
en lugar de Vmax.
147
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[10]
dx/dt= k+1es -(k-1+ k+2) x
[11]
dx/dt= k+1es -(k-1+ k+2) x = 0
148
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Entonces,
[12]
[13]
e0 = e + x || e = e0 - x
[14]
k+1e0s xs = (k-1 + k+2)x
Despejando x,
[15]
[16]
149
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[17]
[18]
[19]
150
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En la cual no aparece ningn trmino en s, lo que nos indica que en estas condi-
ciones la reaccin enzimtica es orden cero respecto al substrato. Sin embargo, a concen-
traciones bajas de substrato (s << Km), la ecuacin de Michaelis-Menten toma la forma
[20]
Tabla I
151
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Una vez realizado el ensayo, representamos en una grfica los resultados obteni-
dos; la concentracin de substrato en el eje X, y la velocidad inicial obtenida para cada
condicin en el eje Y. Un resultado tpico se presenta en la figura 5.10, en la que los
resultados parecen seguir claramente la ecuacin de Michaelis. A partir de ella podemos
determinar la Vmax (como la asntota superior) y a continuacin la Km como concentra-
cin de substrato que da lugar a una velocidad igual a Vmax/2.
Ahora bien, este tipo de grficas no nos permite una determinacin precisa de
Vmax, y por tanto de Km. El error de los puntos experimentales hace muy difcil situar
exactamente la asntota; por otra parte, ajustar los puntos a una hiprbola es ms difcil
que hacerlo a una lnea recta. Por estas razones se prefiere hacer transformaciones lineales
de la ecuacin de Michaelis-Menten.
152
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[21]
[22]
[23]
Podemos ver que se trata de otras tantas ecuaciones de una recta. En el primer caso
[21], tenemos que la representacin de 1/v en funcin de 1/s nos da una lnea recta cuya
pendiente es Km/Vmax; su corte en ordenada es 1/Vmax y el corte en abscisa es -1/Km, tal
y como aparece en la figura 5.11. Este tipo de representacin se llama recproca doble, o
bien representacin de Lineweaver y Burk.
Figura 5.11
153
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
El pH del medio es una de las variables a las que ms sensible es la accin enzim-
tica. En general, cuando representamos el efecto del pH sobre la actividad de una enzima
se suelen obtener grficas como la presentada en la figura 5.12.
Figura 5.12
154
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Se trata de una curva acampanada que muestra una regin de actividad mxima
(el pH ptimo de la enzima) con regiones de actividad decreciente a uno y otro lado. En
algunos casos falta una de las dos ramas descendentes; en otros, la regin ptima est ex-
tendida en una amplia gama de pH; pero la forma ms usual de dependencia es la citada
en primer lugar.
En algunos casos un estudio detenido de los efectos del pH puede dar informacin
muy valiosa sobre los grupos presentes en el centro activo. Pero los efectos del pH son,
por lo general, mucho ms complejos. Teniendo en cuenta que el pH determina el estado
de ionizacin de los grupos qumicos tanto del substrato como de la enzima, el efecto de
esta variable puede ejercerse sobre: (a) la ionizacin del substrato; (b) la ionizacin de los
grupos enzimticos del centro activo, que a su vez pueden determinar variaciones sobre
la fijacin del substrato o sobre la actividad cataltica, o ambas a la vez; (c) la ionizacin
de grupos en la molcula de enzima no directamente relacionados con la actividad enzi-
mtica, pero s con el mantenimiento de su estructura tridimensional, y de ah su efecto
indirecto sobre los grupos del centro activo.
1. A pH 7 (figura 5.13) podemos ver cmo el estado de ionizacin es tal que los
dos carboxilos del succinato estn disociados (con carga negativa) y los dos aminocidos
de la superficie de la enzima protonados (con carga positiva). La interaccin enzima-
substrato es ptima en estas condiciones.
155
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.13
Figura 5.14
156
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.15
157
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.16
Podramos citar de esta manera ejemplos para casi todas las enzimas en las que
conocemos la estructura y el mecanismo cataltico.
158
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
El interior celular posee una alta concentracin protenica y sin duda es esta la
defensa principal del citoplasma ante cambios del pH. No ocurre as, sin embargo, en el
medio interno (es decir, el medio extracelular) de organismos pluricelulares; de ah que
en el curso de la evolucin hayan surgido complejos sistemas de regulacin cido-
base. En los mamferos, estos sistemas implican a la sangre (plasma y glbulos), al apa-
rato respiratorio, al rin, al sistema nervioso y al sistema endocrino. Su estudio queda
fuera de contexto en este manual, pero no est de ms recordar su existencia a efectos de
una mejor comprensin del efecto del pH.
159
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 5.17
Estos dos factores operan en sentido inverso; una mayor temperatura acelera la
velocidad de las reacciones individuales, tal como establece la ecuacin de Arrhenius:
[15]
160
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Respecto a este ltimo efecto, podemos ver que la temperatura inactiva a las en-
zimas casi de forma generalizada. Temperaturas de 70 C son suficientes para hacer des-
aparecer la actividad en unos pocos minutos; la fosfatasa alcalina del tejido seo presenta
un semiperodo de inactivacin a 56 C de escasamente dos minutos. Las enzimas ter-
morresistentes conocidas proceden de microorganismos habituados a altas temperaturas
ambientales, como Bacillus stearotermophilus (entre las Bacterias) o bien las Arqueas ter-
moacidfilas que se encuentran en manantiales termales o en los fondos marinos cerca-
nos a la crestas medioocenicas, en las que la actividad volcnica permite temperaturas
locales extremadamente altas para las que se observan normalmente en dichos ambientes.
161
Pgina intencionadamente en blanco por el editor
CAPTULO 6
INHIBICIN ENZIMTICA
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Por esta razn vamos a restringir el uso del trmino inhibidor a aquellos agentes que
hacen disminuir la actividad enzimtica al interaccionar con los grupos especficos responsa-
bles de la accin cataltica o de su regulacin. Esta accin cataltica la concebimos en un
doble sentido: fijacin especfica del substrato y su transformacin qumica. Ntese que
podamos haber establecido esta restriccin a los agentes que actan sobre el centro ac-
tivo. No lo hemos hecho as porque, como veremos, pueden existir regiones en la mol-
cula de la enzima no directamente relacionadas con el mismo y que sin embargo pueden
modular su accin cataltica (los centros alostricos). Aun cuando los agentes capaces de
actuar sobre centros alostricos pueden perfectamente ser denominados inhibidores en
el sentido de esta definicin, dejaremos su estudio para un captulo ulterior.
164
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
5. Al igual que los frmacos, muchos otros agentes de gran importancia econmica
son inhibidores enzimticos. Por ejemplo, los insecticidas, tanto clorados como organo-
fosforados; los herbicidas, defoliantes y todo tipo de fitosanitarios; muchos aditivos de la
industria alimentaria, etc.
165
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Los inhibidores reversibles son aquellos cuyo efecto desaparece cuando los elimi-
namos de la solucin por dilisis o cualquier otro procedimiento. La inhibicin se ejerce
a travs de su fijacin reversible a la enzima segn el proceso
[1]
La actividad de una enzima viene descrita por dos constantes, Km y kcat. En este
sentido, los inhibidores pueden actuar sobre una de ellas o sobre las dos. Segn este
criterio, se distinguen tres tipos bsicos de inhibidores reversibles: Inhibidores compe-
titivos, cuando su efecto consiste en un aumento aparente de la Km respecto al substrato
sin efecto sobre Vmax (o ms propiamente, sobre la kcat); Inhibidores no competitivos,
cuando disminuyen el valor de la Vmax sin afectar al valor de la Km; e Inhibidores
mixtos, cuando ambas constantes aparecen afectadas. Dentro de este ltimo grupo se
suele hacer distincin entre los inhibidores mixtos y los inhibidores acompetitivos o an-
ticompetitivos. En esta exposicin estudiaremos con cierto detenimiento los primeros.
166
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Los inhibidores irreversibles son aquellos que reaccionan con la enzima, modifi-
cndola de forma covalente, de tal manera que aunque eliminemos al inhibidor la accin
del mismo persiste. En contraste con los inhibidores reversibles, cuyo equilibrio se esta-
blece rpidamente, una caracterstica distintiva de los inhibidores irreversibles es que su
accin es dependiente del tiempo; es decir, el grado de inhibicin depende del tiempo a
que haya sido expuesta la enzima al inhibidor. Por ello, su accin se describe a partir de
una ecuacin de velocidad:
[2]
[3]
vi = ki[E][S]
167
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
diante un tratamiento qumico que produzca el efecto inverso al del inhibidor. As, los
grupos -SH transformados en disulfuro -S-S- por un agente oxidante pueden reactivarse
mediante un agente reductor. Por ello hay quien prefiere llamar a la inhibicin irreversi-
ble inactivacin, y al proceso contrario, reactivacin.
[4]
en el cual vemos que tanto el substrato como el inhibidor pueden fijarse a la enzi-
ma siendo esta fijacin mutuamente exclusiva; el inhibidor impide la fijacin del substra-
to, y este, la del inhibidor (es decir, ambos compiten por la fijacin a la enzima). Es por
esta competicin entre uno y otro por lo que este tipo de inhibicin recibe su nombre.
Naturalmente, el complejo EI es improductivo y no da lugar a productos. A partir de
estos dos equilibrios podemos fcilmente darnos cuenta de que para una concentracin
dada de inhibidor, las concentraciones altas de substrato harn desaparecer la inhibicin,
168
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
alcanzndose la misma Vmax que en la reaccin no inhibida. Eso s, har falta una mayor
concentracin de substrato para llegar a este nivel; y, por tanto, una mayor concentra-
cin de substrato para llegar a Vmax/2, lo que nos muestra el principal dato cintico de la
inhibicin competitiva: un aumento aparente de la Km hacia el substrato en presencia del
inhibidor, y sin que se modifique la Vmax.
[5]
[6]
[7]
169
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[8]
170
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.1
Figura 6.2
171
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Por regla general, los inhibidores competitivos son todos ellos anlogos estructura-
les del substrato, es decir, molculas muy parecidas. Si a esto unimos el hecho de que la
inhibicin competitiva es tan especfica como la interaccin enzima-substrato, as como
las peculiaridades cinticas de la inhibicin competitiva, surge inmediatamente la idea de
que el inhibidor en este caso es un falso substrato que ocupa el lugar de este en el cen-
tro activo, pero que no reacciona. Es decir, tiene la suficiente similitud con el substrato
como para poder fijarse a los grupos complementarios (impidiendo la fijacin del subs-
trato normal), pero tambin las suficientes diferencias como para no poder reaccionar.
La accin de un inhibidor competitivo se representa esquemticamente en la figura 6.3.
Figura 6.3
Es importante, sin embargo, no llevar demasiado lejos esta equivalencia entre an-
logo e inhibidor competitivo. El concepto de inhibicin competitiva es puramente cin-
tico, y se refiere al aumento aparente de la Km por el substrato. Que muchos inhibidores
competitivos sean anlogos qumicos del substrato no significa necesariamente que todos
los anlogos vayan a ser inhibidores o viceversa. Como veremos, muchos inhibidores fi-
siolgicos, es decir, efectores de la normal regulacin de una enzima, se comportan como
inhibidores competitivos en el sentido de aumentar la Km aparente, pero sin que tengan
ningn parecido estructural con el substrato (y por esa razn se les llama alostricos, en
contraposicin a los aqu tratados, que seran isostricos).
172
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En general, los anlogos de substrato caen en alguna o varias de las siguientes cla-
ses: enantiomricos, cuando se trata de la imagen especular de una molcula asimtrica;
anomricos, referidos a las formas o del enlace glicosdico; ismeros posicionales, is-
meros geomtricos; productos de reaccin, que en muchos casos compiten con el substrato
por la enzima libre, o bien, en general, compuestos con parecido estructural por el subs-
trato. As, en el bien conocido caso de la succinato dehidrogenasa, han sido descritos como
inhibidores competitivos, entre otros, los compuestos que aparecen en la figura 6.4. La
analoga estructural de uno de ellos (oxalacetato) se ilustra en la figura 6.5.
Figura 6.4
Figura 6.5
173
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Cada enzima tiene, lgicamente, sus propios inhibidores competitivos. Una lnea
muy importante de stos son los anlogos de base o anlogos de nuclesido, que interfieren
en todos los procesos asociados al DNA o al RNA (replicacin, transcripcin, transcrip-
cin inversa, etc.).
Figura 6.6
174
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.7
175
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Los AET son unos inhibidores muy potentes de la accin enzimtica; lo que unido
a su especificidad, hace que exista una investigacin muy activa en este campo para el di-
seo de frmacos, lo cual, a su vez, impulsa el estudio del modo de accin de las enzimas
para el conocimiento de los diferentes estados de transicin.
Figura 6.8
176
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Muchos frmacos utilizados en clnica humana son AETs. Por ejemplo, el Capto-
pril, utilizado ampliamente como agente antihipertensivo, es un AET de la enzima con-
vertidora de angiotensina. Esta enzima cataliza la produccin de angiotensina II, pptido
cuya accin vasoconstrictora es muy potente (figura 6.9).
Figura 6.9
Por otra parte, los AET se han utilizado para la produccin de anticuerpos catal-
ticos o inmunoenzimas. Se trata de anticuerpos monoclonales desarrollados contra hapte-
nos que son anlogos de estado de transicin de determinadas reacciones qumicas. Los
anticuerpos as producidos presentan una complementariedad estereoqumica con el
estado de transicin de la reaccin, lo que en determinadas circunstancias permite que
el anticuerpo tenga actividad cataltica. Tal es el caso de la 4-nitrofenil fosforilcolina,
que es anlogo del estado de transicin de la hidrlisis del correspondiente carbonato
(figura 6.10). Un anticuerpo monoclonal producido contra 4-nitrofenil fosforilcolina
(como hapteno) es capaz de catalizar la hidrlisis del carbonato.
177
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.10
178
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Pero adems, al ser este fenmeno especfico, por estar mediado a travs de una interac-
cin estereoqumica complementaria, la inhibicin competitiva permite la supresin o
atenuacin de un proceso concreto sin alterar en principio ningn otro. Claro est que
nos estamos refiriendo aqu a una generalizacin, con todos sus inconvenientes. No to-
dos los frmacos son inhibidores; los hay que actan como agonistas, es decir, produciendo
los mismos efectos que el ligando fisiolgico; aunque en estos casos el efecto del frmaco
suele ser ms persistente que el de aquel, al no ser metabolizado eficientemente. De la
misma forma, no todas las drogas teraputicas (o de abuso) son estrictamente inhibido-
res competitivos, en el sentido cintico del trmino; las hay con modos de inhibicin
mucho ms complejos, o que operan como inhibidores irreversibles (v. ms adelante).
Asimismo, este sentido restrictivo que hemos dado a la Farmacologa excluye, sin razn
aparente, a todo tipo de teraputica sustitutiva. La idea que realmente pretendemos
comunicar es que las acciones farmacolgicas que emprendemos sobre un organismo, y
que se hacen con compuestos muchas veces radicalmente extraos al mismo, en ltimo
trmino van dirigidas a la modificacin de una interaccin entre un ligando y su recep-
tor. Las ms de las veces esta modificacin es una inhibicin competitiva.
179
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[9]
en la que vemos que Vmax aparece dividida por el factor (1+i/Ki). Esto nos mues-
tra el carcter cintico de la inhibicin no competitiva, a saber: un descenso del valor
de Vmax (o ms propiamente, de la kcat) sin alteracin de la Km. Por tanto, aun cuando
la concentracin de substrato suba indefinidamente, la inhibicin no desaparece. Este
efecto, como veremos, puede tambin ser visto en los inhibidores irreversibles, en los que
se aprecia una disminucin aparente de Vmax; pero, en este caso, el efecto se realiza sobre
e0, la enzima total; mientras que el de los inhibidores no competitivos reversibles tiene
lugar sobre kcat.
Figura 6.11
180
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.12
[10]
181
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
6.5.1. Generalidades
A diferencia de todos los modos inhibitorios que hemos tratado hasta ahora, la
inhibicin irreversible consiste en una reaccin qumica entre el inhibidor y la enzima,
de tal manera que se alteran los grupos funcionales de esta, bien sean los encargados de
la fijacin del substrato o de su transformacin cataltica, o de ambos. La inhibicin irre-
versible corresponde en general al mecanismo
[11]
en el que la molcula enzimtica reacciona con el inhibidor para dar una forma
inactiva (o menos activa) E, dependiendo este proceso de una constante de velocidad ki (y
que por ello representamos con k minscula). Cinticamente, la inhibicin irreversible
se describe con una ecuacin de segundo orden como
[12]
182
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
los ensayamos sobre tiempos muy cortos de incubacin con la enzima. La caracterstica
propia de la inhibicin no competitiva es una disminucin aparente de la Vmax. Siendo
esta constante el producto kcate0, podemos decir que los inhibidores no competitivos
actan sobre kcat y los irreversibles sobre e0, pero la accin de unos y otros puede parecer
similar. Para diferenciarlos, no hay ms que estudiar la dependencia de la inhibicin con
respecto al tiempo. La inhibicin irreversible aumenta con el paso del tiempo; igualmen-
te, una inhibicin reversible no competitiva desaparece cuando sometemos la mezcla de
reaccin a dilisis u otro procedimiento similar.
183
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.13
2. Reaccin con dobles enlaces, como por ejemplo el cido maleico y la N-etil-
maleimida (NEM). Se trata de una reaccin parecida a la anterior, dado que se forma un
tiolter estable, siendo la reaccin dependiente de pH (figura 6.13)
184
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.14
4. Agentes oxidantes, que promueven la oxidacin del grupo tiol -SH a disulfuro
-S-S- (figura 6.15): glutation oxidado, sulfito, tetrationato, c.perfrmico, perxido de hi-
drgeno, aloxana, ferricianuro y ditio(bis)nitrobenzoico.
185
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.15
1. Los iones cianuro (CN-), sulfuro (S-), las azidas y el monxido de carbono deben
su accin inhibitoria a la formacin de complejos con metales. Por tanto, todas las meta-
loenzimas son susceptibles de ser inactivados por estos agentes. En particular, es llamati-
va la inactivacin en sistemas que contienen Fe, Cu y Zn; en menor medida, Mn y Co.
El efecto txico del cianuro se debe a la inactivacin de la citocromo oxidasa al ocupar la
186
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Reaccionan con un grupo especfico que est en el centro activo o sus proximida-
des, sin reaccionar con otros aminocidos iguales presentes en la misma protena.
6.5.5.1. Organofosfricos
187
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.16
188
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.17
[13]
189
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En donde:
(c) I* reacciona con los grupos qumicos del centro activo con constante de ve-
locidad ki (como los inhibidores irreversibles) dando paso a una forma inactivada de la
enzima E.
Los criterios para definir un compuesto como substrato suicida seran: (a) debe
fijarse con la misma especificidad que un substrato o un inhibidor competitivo; (b) el
inhibidor no debe ser capaz de reaccionar en ausencia de enzima; (c) debe ser activado
especficamente por la enzima; (d) la presencia de substrato o de un inhibidor competi-
tivo convencional a concentracin alta dificulta o suprime la accin del inhibidor.
190
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.18
191
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.19
192
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 6.20
Figura 6.21
193
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En resumen, hemos visto hasta aqu cmo unos inhibidores suicidas de una se-
rin-enzima (los antibiticos -lactmicos sobre la transpeptidasa) son potenciados por
otro inhibidor suicida que opera sobre otra serin-enzima (el cido clavulnico sobre la
-lactamasa).
194
CAPTULO 7
7.1.1. Concepto
Hemos visto en los captulos anteriores que todos los modelos aceptados hoy da
para explicar la accin enzimtica dan por sentado que las enzimas ejercen su accin a
travs de la formacin de un complejo ES (complejo enzima-substrato), de naturaleza
estequiomtrica y en muchos casos no covalente. Cuando a esta generalizacin aadimos
el hecho de la especificidad enzimtica, se llega a la conclusin de que la fijacin del subs-
trato se hace a un lugar especfico de la enzima, cuya configuracin espacial, determina-
da por las cadenas laterales de los aminocidos que la integran o por la presencia de un
grupo prosttico, es tal que solo el substrato o compuestos anlogos del mismo pueden
fijarse. Por otra parte, de esta fijacin resulta la transformacin cataltica del substrato.
Llamamos centro activo a esta zona especfica de la molcula enzimtica. Hasta este mo-
mento hemos tratado del centro activo en un sentido puramente cintico; los datos ex-
perimentales apuntan a la existencia de un centro activo. En este captulo trataremos en
primer lugar de la evidencia estructural que nos lleva a esta conclusin. El conocimiento
detallado de la estructura de muchos centros activos permite que hoy da conozcamos
asimismo multitud de mecanismos de accin enzimtica, que tambin sern estudiados
en el presente captulo.
- Adems, cualquier descripcin del centro activo debe explicar la eficiencia cata-
ltica de las enzimas. Los nmeros de recambio tan enormes que encontramos a veces en
196
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
197
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
con aquella implicada en la actividad cataltica. Para ello, sabemos que en la vecindad de
la serina activa tiene necesariamente que haber una cadena lateral de histidina y una de
aspartato (trada cataltica) con una orientacin precisa. Los organofosfricos reaccionan
nicamente con las serinas que presentan esta configuracin.
198
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
3. El centro activo de muchas enzimas contiene grupos qumicos que pueden reac-
cionar con reactivos especficos. Por ejemplo:
199
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
- En las enzimas que contienen serinas reactivas en el centro activo podemos de-
terminar el nmero de stos mediante reaccin con organofosfricos (por ejemplo, DFP,
diisopropil fosfofluoridato, figura 7.1). Es obvio, en este caso, que el nmero de moles
de DFP consumidas equivaldr al nmero de centros activos de la enzima. En este caso
es importante hacer notar que los organofosfricos reaccionan nicamente con la serina
activa, sin hacerlo con las dems serinas que pudiera haber en el resto de la molcula
enzimtica.
Figura 7.1
200
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
201
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.2
202
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
203
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.3
(b) Se procede a entonces a tratar el hbrido con DNA polimerasa, con lo que pro-
ducimos DNA con la secuencia mutante deseada. Este DNA, propagado por la reaccin
en cadena de la polimerasa (PCR), se transcribe a un mRNA, que expresado en un siste-
ma de sntesis de protena dar lugar a la enzima con el aminocido mutado (figura 7.4).
204
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.4
205
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Si bien estos efectos, uno por uno, no llegan a explicar las enormes velocidades de
la accin enzimtica, en conjunto pueden dar una idea relativamente aproximada de los
mecanismos intrnsecos de la accin enzimtica.
206
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
una orientacin correcta, tal y como se indica en la figura 7.5. En el centro activo de la
enzima los substratos se fijan desde el principio en la orientacin correcta.
Figura 7.5
Existen muchos aminocidos en las protenas cuyas cadenas laterales son suscep-
tibles de disociacin cido-base, pudiendo actuar como catalizadores generales cidos o
bsicos. Pero adems, el entorno en el interior de la molcula altera el pKa de los grupos
disociables, llevndolos a zonas de pH ms cercanas al del interior celular, de forma que
grupos qumicamente idnticos pueden actuar como cido y como base en la misma
molcula.
207
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Este estado se resuelve quedando la His 119 libre (no protonada), liberndose el
fragmento 3 del polinucletido y con el fragmento 5 en estado de nucletido 2,3 c-
clico (figura 7.7, 3).
Figura 7.6
208
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.7
Al centro activo accede una molcula de agua (figura 7.7, 4) a la que la His 119
sustrae un protn, produciendo un grupo OH- libre que ataca al nucletido cclico (fi-
gura 7.8, 5). Esto produce un nuevo estado de transicin pentacovalente (figura 7.8, 6).
209
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.8
el cual es roto por el protn de la His 12, liberndose as el fragmento 5 del polinu-
cletido primitivo y volviendo el centro activo a su configuracin original (figura 7.9, 7).
Figura 7.9
210
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Son grupos electrfilos los que con pocos electrones tienen afinidad por estos; no
hay en las protenas grupos electrfilos potentes; pero s lo son los tomos e iones met-
licos (Zn2+, Cu2+, etc.) que con mucha frecuencia aparecen formando parte en las mo-
lculas enzimticas con diversas geometras de coordinacin y mucha importancia en el
mecanismo de catlisis.
211
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.10
212
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
certidumbre asociada al protn, dada la frecuencia con que los mecanismos de catlisis
enzimtica implican sustraccin protnica, tal como hemos visto. Ello hace que a esta
escala dimensional (nm) el protn pueda oscilar entre dos grupos moleculares con una
cierta probabilidad, obviando la barrera energtica.
A lo largo de esta discusin hemos podido comprobar que las serin proteinasas son
quiz las enzimas cuyo mecanismo conocemos mejor. Para terminar este captulo, estu-
diaremos el mecanismo reactivo de la quimotripsina (EC 3.4.21.1), que es el prototipo
de las serin proteinasas. Se presenta su estructura en la figura 7.11.
Figura 7.11
213
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
La quimotripsina hidroliza los enlaces peptdicos del interior de una protena es-
tablecidos de la siguiente manera: Tyr-X, Trp-X, Phe-X y Leu-X, siendo X cualquier
aminocido. Es una enzima producida en las clulas acinares del pncreas en forma de
quimotripsingeno (precursor inactivo) y al ser segregada a la luz intestinal se convierte
en quimotripsina activa, participando muy activamente en el proceso de digestin de las
protenas.
El centro activo de la quimotripsina est formado por una trada cataltica serina-
histidina-aspartato (figura 7.12, 1), propio de las serinproteinasas y de muchas otras
enzimas. La presencia de esta trada la hace sensible a inhibidores organofosfricos, entre
otros.
Figura 7.12
214
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
A este centro activo accede el substrato (figura 7.12, 2). En el caso de la quimo-
tripsina, se trata del interior de un pptido, fijndose con la especificidad propia de esta
enzima (ver ms arriba).
La accin cataltica comienza con la sustraccin de un protn por parte del par
electrnico libre de la histidina activa (figura 7.13, 3) cuyo grupo imidazol pasa a imi-
dazolio, con carga positiva, y el -OH de la serina se convierte en enolato -O-. El enola-
to, un nuclefilo potente, ataca al enlace peptdico dando lugar a un primer estado de
transicin, con el grupo carbonilo -C=O del enlace convertido transitoriamente en un
carbono tetradrico (figura 7.13, 4). La carga negativa del aspartato estabiliza al grupo
imidazolio de la histidina.
Figura 7.13
215
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.14
A continuacin entra en el centro activo una molcula de agua (figura 7.14, 6) que
es atacada a su vez por el par electrnico de la histidina libre, que sustrae un protn del
agua para dar un hidroxilo reactivo (figura 7.15, 7) y nuevamente un imidazolio, estabi-
lizado por el aspartato. El hidroxilo ataca al enlace acil-enzima. Este ataque produce un
segundo estado de transicin con carbono tetradrico (figura 7.15, 8).
Figura 7.15
216
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 7.16
217
Pgina intencionadamente en blanco por el editor
CAPTULO 8
8.1. Generalidades
Una elemental consideracin de las capacidades de los seres vivos nos lleva a ad-
mitir sin gnero de dudas la necesidad de un control de sus funciones, tanto a nivel fisio-
lgico como a nivel celular. El concepto de homeostasis de Cannon, heredero de la fixit
du milieu intrieur de Claude Bernard, lleva implcito la existencia de mecanismos de
control que mantengan todas las funciones a un nivel fijo y de referencia. Pero an hay
ms: una de las caractersticas ms notables de los seres vivos es su capacidad de adapta-
cin a circunstancias ambientales cambiantes; y as como determinadas funciones deben
mantenerse a su nivel de referencia homeosttico, otras deben necesariamente alterarse
en respuesta a un ambiente en cambio y potencialmente hostil. Los varios millares de
reacciones metablicas que pueden tener lugar en un ser vivo no han de estar necesaria-
mente siempre en funcionamiento; es obvio que el escenario ambiental ha de determinar
en ltimo trmino las capacidades metablicas. No es lo mismo, por ejemplo, un cultivo
bacteriano creciendo en un medio mnimo que el mismo cultivo en un medio comple-
to; ni un animal herbvoro paciendo tranquilamente que el mismo animal sometido al
ataque de un predador; ni la actividad de una planta iluminada que la misma en la oscu-
ridad. En todos estos casos podemos desentraar una cadena de acontecimientos fisiol-
gicos que en ltimo trmino vienen determinados por variaciones en el metabolismo; y
como son las enzimas la condicin necesaria y suficiente de este, encontraremos que es
precisamente la variacin de la actividad y la concentracin de enzimas el causante lti-
mo de todas las adaptaciones fisiolgicas. Actividad y concentracin enzimticas, pues,
estn sometidas a mltiples controles relacionados con la adaptabilidad del ser vivo a su
entorno.
220
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Las enzimas celulares pueden ser clasificadas en dos grandes grupos: (a) Enzimas
constitutivas, que se mantienen siempre al mismo nivel independientemente de las va-
riaciones ambientales. El ejemplo tpico de estas enzimas son las de la va glicoltica. (b)
Enzimas inducibles, que solo son producidas en respuesta a estmulos del medio ambien-
te. A estas ltimas se refiere esencialmente este tipo de control. Por ejemplo, una bacteria
puede utilizar varias fuentes de carbono. En un momento dado la bacteria est creciendo
en glucosa y sbitamente se le cambia a un medio con lactosa. Existen sistemas que in-
ducen la sntesis de las enzimas implicadas en la degradacin de la lactosa. Anlogamente,
una clula bacteriana creciendo en un medio mnimo debe sintetizar todos los amino-
cidos proteicos. Si en un momento dado suplementamos el medio con un determinado
aminocido, por ejemplo, histidina, existen sistemas que reprimen la sntesis de enzimas
encargadas de la produccin de histidina. En los eucariotas existen sistemas de induccin
y represin mucho ms complejos, pero que ejercen su accin asimismo sobre el aparato
de transcripcin de la clula. No hay que olvidar que, en este caso, los controles trascien-
den del mbito restringido del metabolismo, dando paso a la accin de seales qumicas
tales como hormonas, neurotransmisores, factores de crecimiento, etc.
Este tipo de controles, mucho peor conocidos que los anteriores, se ejercen acele-
rando o enlenteciendo el ritmo de degradacin proteoltica de las enzimas celulares.
Aqu no vamos a tratar estos tipos de controles, puesto que se suelen estudiar for-
mando parte de la Gentica Molecular, ya que estn todos ellos ntimamente relaciona-
dos con los procesos de expresin gentica.
221
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Van a ser el objeto principal de estudio en este captulo y en el siguiente. Este tipo
de controles se ejerce sobre la actividad intrnseca de la enzima, e implican por lo general
alteraciones conformacionales de la molcula enzimtica. Los controles sobre la activi-
dad enzimtica pueden a su vez realizarse sobre (a) la funcin de fijacin del substrato,
haciendo variar la Km aparente hacia el mismo; (b) la funcin de transformacin catal-
tica del substrato, lo que lleva a alteraciones en la kcat de la enzima; (c) ambas funciones.
En muchos casos las enzimas pueden ser modificadas covalentemente por otros
sistemas enzimticos, resultando variaciones en su actividad con significado regulatorio,
y que muchas veces son activaciones on-off, es decir, todo o nada. Se van conociendo cada
da ms y ms modificaciones covalentes de esta naturaleza. Las ms generalizadas, aun-
que ni mucho menos las nicas, consisten en fosforilacin o defosforilacin de la protena
enzimtica. Las modificaciones covalentes suelen darse en respuesta a seales fisiolgicas,
y son frecuentes las activaciones en cascada de estos sistemas. El cambio en actividad
enzimtica puede variar en rdenes de magnitud, a diferencia del control alostrico, que
induce variaciones relativamente pequeas en la actividad del sistema.
222
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Dentro del control por modificacin covalente podemos incluir la activacin por
modificacin proteoltica. Algunas enzimas son producidas como zimgenos, es decir, pre-
cursores inactivos que pueden ser activados por la rotura de un enlace peptdico especfi-
co. En estos sistemas es regla la activacin o inactivacin en cascada, y suelen aparecer en
aquellos procesos que en un momento dado deben ponerse en funcionamiento rpida e
intensamente, como por ejemplo la coagulacin sangunea.
223
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.1
Por ejemplo, la mquina de vapor fue posible cuando James Watt invent un
dispositivo que regulaba la presin del vapor en funcin de la velocidad de la mquina,
y al que dio el nombre de gobernador (governor). El trmino gobernador o gobier-
no procede de la misma raz griega (, kybernetes, el piloto de una nave) que
Ciberntica, ciencia que estudia el comportamiento de los sistemas de control en abs-
tracto.
En la figura 8.1, vemos que el efector o planta transforma una entrada en una sali-
da. Esta salida, a travs del lazo de retroalimentacin, se compara a una seal de referencia
en el comparador. Para ello se requiere que exista un transductor que convierta la seal de
salida a una magnitud directamente comparable a la seal de referencia. Como resultado
de la comparacin se enva una seal de control a un regulador que aumenta o disminu-
ye la entrada en respuesta a la seal de control. El trayecto entre la salida y el regulador
se conoce como lazo de retroalimentacin (Ingl., feedback loop).
224
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.2
Como veremos, este mismo esquema, con las oportunas modificaciones, puede ser
aplicado al control de la actividad enzimtica en muchas ocasiones.
225
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.3
Puede observarse que la sntesis de este aminocido tiene lugar a partir de otro,
la treonina. La primera enzima de esta transformacin es la treonina deshidratasa (tam-
bin llamada treonina desaminasa, EC 4.2.1.16) que cataliza la reaccin de formacin de
-cetobutirato a partir de treonina.
226
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.4
Esta reaccin se ve fuertemente inhibida por CTP, nucletido que bien puede
considerarse uno de los productos finales de esta concreta va metablica. Nuevamente
el nivel de producto final es el determinante ltimo de su biosntesis (es decir, CTP se
comporta como la isoleucina en el caso anterior, inhibiendo su propia biosntesis). Pero
en este caso concreto, hay otro hecho de importancia: el ATP, nucletido purnico, se
comporta como un activador de esta misma reaccin (figura 8.5). El significado fisiolgi-
co de este hecho es claro: la sntesis de pirimidinas debe necesariamente estar concertada
con la de purinas; en el caso concreto del DNA, conforme a las reglas de Chargaff, la
cantidad de purinas debe ser exactamente igual que la de pirimidinas.
227
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Estos descubrimientos fueron los primeros de toda una serie que condujo al esta-
blecimiento de ciertas generalizaciones sobre el control enzimtico por realimentacin, y
que veremos seguidamente.
Figura 8.5
228
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Tabla II
3. Los tipos de inhibicin observados, desde el punto de vista cintico pueden ser
competitivos, no competitivos y mixtos, aunque los primeros suelen aparecer con ms
frecuencia. Por las razones que veremos ms adelante, y siguiendo a Monod, Wyman y
Changeux, se prefiere denominar efectos K y efectos V a las inhibiciones de tipo competi-
tivo o no competitivo, respectivamente, en este contexto.
229
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.6
230
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En resumen, muchas vas metablicas estn reguladas por su producto final, que se
comporta como inhibidor de una enzima de la misma que por lo general tiene un papel
limitante en el flujo a su travs, y que muchas veces puede fcilmente etiquetarse como
primera enzima o como primer paso comprometido o como enzima limitante. A
continuacin trataremos de estudiar los mecanismos moleculares que determinan estos
fenmenos. El mecanismo mejor estudiado y ms generalizado en este contexto es el
alosterismo.
8.3. Alosterismo
8.3.1. Definicin
231
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
el inhibidor, CTP, se comportaba como competidor del substrato normal aspartato. Este
hecho llev a la idea de que los efectores negativos (inhibidores), as como los efectores
positivos (activadores), se fijaban a un lugar de la molcula enzimtica distinta del centro
activo, en contraste con los inhibidores competitivos clsicos. Por ello, preferan hablar
de un efecto K en lugar de una competicin.
1. Las enzimas sometidas a regulacin por producto final poseen dos tipos de sitios
para la fijacin de substratos y efectores: el centro activo, lugar de la fijacin normal de
substratos y efectores isostricos, y un centro alostrico responsable de la fijacin de efec-
tores reguladores, como la isoleucina en el caso de la treonina deshidratasa y el CTP en
el de la aspartato transcarbamilasa.
232
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.7
Figura 8.8
233
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
3. Las enzimas alostricas son por lo general difciles de purificar; en el curso de las
maniobras de purificacin es bastante frecuente que se pierda la sensibilidad a efectores
mientras que la actividad cataltica permanece intacta.
234
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
los distintos modelos que se han propuesto para explicar el comportamiento alostrico.
Ahora bien, la idea de efectores fijndose a un lugar distinto del centro activo e inducien-
do con ello cambios conformacionales en la protena enzimtica que resultan en varia-
ciones de su actividad sigue siendo un modelo plenamente aceptado por la Enzimologa
actual.
235
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
2. Que la afinidad de la enzima por el substrato no puede ser descrita por una
simple constante como la Km en las condiciones de Michaelis-Menten, sino que en todo
caso habra que describir tantas constantes como sitios de fijacin haya en la molcula;
en el caso de la hemoglobina, cuatro.
236
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.9
237
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
- Efectos heterotrpicos, que son los ejercidos por los distintos ligandos sobre la fi-
jacin de otros ligandos, y que se traduce en incrementos (inhibidores) o disminuciones
(activadores) de la cooperatividad del sistema.
Esta distincin es til cuando se constata en muchos casos que la fijacin es coo-
perativa no solo en el caso del substrato, sino tambin de los efectores.
238
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Es obvio que toda teora que trate de dar una interpretacin mecanstica de los
fenmenos alostricos, en el sentido restringido discutido hasta aqu, debe explicar, por
una parte, los fenmenos comunes a todas las enzimas (cinticas saturantes y efectos
isostricos) al tiempo que por otra parte ha de dar cuenta asimismo de la fenomenologa
especfica de aquellos (cooperatividad, cintica sigmoide, efectos homotrpicos y hete-
rotrpicos, etc.). Se han propuesto muchos modelos para la explicacin del alosterismo;
pero el nico que ha ofrecido hasta ahora concordancia con los datos experimentales es
el que se expone resumidamente a continuacin.
1. Las protenas con comportamiento alostrico son oligmeros formados por va-
rios protmeros, y existiendo en la estructura cuaternaria resultante al menos un elemento
de simetra. La palabra protmero alude no estrictamente a subunidad, sino al menor
elemento de la estructura que puede fijar substrato y efectores (ntese que un protmero
puede constar de varias subunidades, aunque no necesariamente).
239
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[1]
Figura 8.10
240
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
[2]
[3]
241
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
En trminos del modelo alostrico restringido antes citado, tenemos para esta
enzima los siguientes datos:
242
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
latorias forman tres dmeros (3r2), de manera que la estructura cuaternaria puede ser
representada como (3r2 + 2c3). La estructura tridimensional de la enzima se presenta en
la figura 8.11 (enzima completa); la estructura global presenta un eje ternario de simetra
y tres ejes binarios perpendiculares al ternario.
Figura 8.11
Las figuras 8.12 y 8.13 presentan el trmero cataltico y el dmero regulatorio, res-
pectivamente. En este ltimo se aprecia el lugar de fijacin del CTP.
243
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 8.12
Figura 8.13
244
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
- Todos los elementos de simetra que existen en la molcula (un eje ternario y tres
ejes binarios) se conservan en la transicin, y no han podido ser detectados estados
intermedios.
Figura 8.14
245
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Por todo ello se considera que este sistema sigue casi al pie de la letra el modelo de
Monod, Wyman y Changeux.
8.3.6. La hemoglobina
246
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Figura 8.15
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Figura 8.16
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Figura 8.17
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Figura 8.18
Figura 8.19
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Figura 8.20
Figura 8.21
251
Pgina intencionadamente en blanco por el editor
CAPTULO 9
9.1. Introduccin
254
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
con un receptor especfico. En lneas generales podemos decir que la prctica totalidad
de hormonas que operan desde el exterior de la clula ejercen su accin por medio de la
modificacin covalente de enzimas. Aun cuando no se produzcan en rganos endocrinos
concretos, podemos considerar como hormonas a los mediadores locales, del tipo de las
kininas, eicosanoides, etc., producidos in situ ante diversos estmulos y cuya accin se
traduce asimismo con mucha frecuencia en la modificacin covalente de sistemas enzi-
mticos.
255
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Obsrvese que, a medida que progresaba esta sucinta descripcin, hemos ido aban-
donando el trmino enzima para sustituirlo por el de protena efectora. El fenmeno de la
modificacin covalente se extiende, por lo que sabemos, a todo tipo de interaccin entre
ligando y protena, enzimtica o no.
256
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
y que son el objeto de influencias de tipo regulatorio de la misma manera que las
protein kinasas, por lo que su estudio es tan importante como el de estas.
257
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
258
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Figura 9.1
259
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Figura 9.2
261
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262
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Ahora bien, la forma b, que es la forma menos activa, est, adems, regulada alos-
tricamente. Presenta, por una parte, cooperatividad positiva en la fijacin de substratos
(glucgeno y fosfato inorgnico). La enzima tambin presenta efectos heterotrpicos.
As, la enzima muscular es activada por AMP (que a concentracin elevada indica que
existe un bajo nivel energtico en la clula, al ser producto de la hidrlisis de ATP) mien-
tras que es inhibida por indicadores de un alto nivel energtico (ATP y glucosa-6-fosfa-
to). El comportamiento de la fosforilasa b se aproxima bastante al modelo de Monod-
Wyman-Changeux que vimos en el captulo 8 (con sus estados R y T, como veremos). La
fosforilasa a, fosforilada en el residuo Ser 14, puede ser considerada como una fosforilasa
b bloqueada en el estado R (mucho ms activo) e insensible a efectores alostricos.
263
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.3
264
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.4
265
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.5
En estado de reposo, las tres subunidades estn unidas y la subunidad est ocu-
pada por GDP. Cuando un ligando L se une al receptor R (1), la subunidad intercam-
bia GDP por GTP (2). Al fijarse el GTP a la subunidad esta se disocia de las otras
dos, que quedan formando un dmero (3) mientras que -GTP se une a la adenilato
ciclasa (AC), activndola de manera que convierte ATP en cAMP (4). Esta activacin
dura mientras el nucletido unido a la subunidad sea GTP. Ahora bien, esta subunidad
tiene actividad GTPasa, de manera que el GTP fijado va convirtindose en GDP poco
a poco (5). Cuando esto ocurre, la subunidad -GDP se disocia de la adenilato ciclasa
y vuelve a unirse al dmero (6), con lo que se restablece la situacin de reposo. Si el
ligando L persiste unido al receptor R, se producira un nuevo ciclo de activacin.
266
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
267
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Por los estudios del grupo ya citado de L. N. Johnson, tenemos una visin bastan-
te clara de la estructura y funcin de esta enzima. Los resumimos a continuacin.
Figura 9.6
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Figura 9.7
Figura 9.8
269
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Figura 9.9
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Figura 9.10
Figura 9.11
271
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
La fosforilasa kinasa es una protena muy grande. La enzima muscular tiene una
estructura cuaternaria ()4 y est sometida a dos tipos de control:
- Por una parte, la propia fosforilasa kinasa puede ser fosforilada por una protein
kinasa (protein kinasa A), siendo esta reaccin dependiente de cAMP, como veremos a
continuacin. La forma fosforilada es de alta actividad frente a la defosforilada.
Figura 9.12
272
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
- La enzima puede tambin ser activada por el sistema Ca2+-calmodulina (en con-
creto, la subunidad es la protena conocida como calmodulina). Esta activacin tiene
particular importancia en el caso de la enzima muscular (figura 9.13). Recurdese, a este
respecto, que es el Ca2+ quien desencadena la contraccin muscular a nivel intracelular.
Asimismo, el ion Ca2+ es segundo mensajero en muchos otros sistemas de transduccin
de seal.
Figura 9.13
De entre las aproximadamente mil protein kinasas conocidas hasta ahora, reciben
el nombre de protein kinasas A las que son activadas por cAMP (35 adenosin monofosfato
cclico, figura 9.4).
273
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.14
274
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Cataliza la reaccin de formacin del nucletido cclico cAMP a partir de ATP, tal
como se presenta en la figura 9.4.
Figura 9.15
275
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
9.2.3.5. Protenas G
276
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.16
277
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Con niveles de especificidad y respuesta a seales similares a las de las protein ki-
nasas, existen en la clula multitud de protein fosfatasas especficas. Las protein fosfatasas
catalizan la defosforilacin hidroltica de los residuos hidroxlicos de protenas fosfo-
riladas por protein kinasas. Se conocen varios tipos de protein fosfatasas (PP1, PP2A,
PP2B, PP2C y tirosin fosfatasas) y en el caso que nos ocupa, la glucgeno fosforilasa
puede ser defosforilada por la protein fosfatasa propia de este sistema, conocida como
PP1. En condiciones de receptores desocupados, la protein fosfatasa es activa y mantiene
prcticamente a cero los niveles de fosforilasa activada. Cuando el receptor se ocupa por
las seales fisiolgicas que hemos visto (adrenalina y glucagon), la propia protein kinasa
A inactiva a la PP1.
La PP1, por su parte, es activada por la insulina, hormona que a este nivel presen-
ta efectos antagnicos a los de adrenalina y glucagon. Esta activacin de la insulina est
mediada por protein tirosin kinasas.
278
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
279
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Esta enzima se presenta en dos formas, que por analoga con la glucgeno fosfo-
rilasa denominamos glucgeno sintasa a y glucgeno sintasa b. La forma b presenta una
actividad muy reducida y es activada alostricamente por glucosa-6-fosfato. Esta forma
de la enzima se presenta fosforilada en un residuo de serina, siendo la protein kinasa A
la responsable de esta fosforilacin. La glucgeno sintasa a, por su parte, tiene niveles
muy altos de actividad y no est fosforilada. Puede observarse aqu cmo las diferentes
seales tienen efectos antagnicos: la fosforilacin mediada por protein kinasa A activa a
la fosforilasa e inactiva a la sintasa. Esta es la respuesta normal a adrenalina y glucagon;
por el contrario, la respuesta a insulina consiste en la inactivacin de la fosforilasa y la
activacin de la sintasa, gracias al efecto estimulador de esta hormona sobre la protein
fosfatasa 1 (PP1).
280
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.17
281
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Son un tipo de protein kinasas que responden a la elevacin intracelular del segun-
do mensajero cGMP (3,5 Guanosina monofosfato cclico). El sistema mejor estudiado
es el del msculo liso. La guanilato ciclasa existente en el msculo liso (en particular el
vascular) es activada por el radical libre xido ntrico (NO.); el cGMP producido enton-
ces induce la relajacin muscular (y de ah el efecto hipotensor del NO.)
282
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Los niveles intracelulares de calcio inico (Ca2+) son bajos por la abundancia de
steres fosfricos en el interior de la clula, ya que el producto de solubilidad de fosfatos
clcicos tiene un valor muy reducido. Todas las clulas poseen bombas de Ca2+, esto es,
sistemas de transporte encargados del mantenimiento del nivel intracelular de este ion.
Las bombas de Ca2+ operan tanto en la membrana plasmtica como en las membranas
organelares (mitocondrial, sarcoplsmica, etc.).
El Ca2+ se fija con gran afinidad a grupos de oxgeno cargados (p.e. aniones car-
boxlicos) y no cargados (carbonilos), lo que le permite inducir cambios conformaciona-
les importantes en las protenas. Gran parte de las acciones desencadenadas por el Ca2+
se deben a su unin con una protena especfica, la calmodulina (figura 9.13) Bien sea
como entidad aislada o formando parte de protenas oligomricas (como el caso ya visto
de la fosforilasa kinasa), la calmodulina sufre un importante cambio conformacional al
fijar Ca2+ del que resultan sus diversas acciones. La calmodulina es una protena fijadora
283
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
de calcio de 17 kDa; consiste en dos dominios globulares unidos por un tramo largo en
-helicoide; cada dominio tiene dos manos EF, motivo estructural propio de muchas
protenas fijadoras de Ca2+. La mano EF consiste en dos tramos en -helicoide separados
por un tracto de 12 aminocidos, cinco de los cuales son dicarboxlicos (Asp o Glu).
La calmodulina consta de cuatro manos EF, formando dos lbulos con dos manos cada
uno separados de una tracto largo en -helicoide. La unin del Ca2+ a los aminocidos
dicarboxlicos de cada una de las cuatro manos EF induce un importante cambio con-
formacional en el calmodulina que de esta manera transmite el mensaje a otras protenas
(figura 9.13).
9.3.4.2. Inositolfosftidos
Figura 9.18
284
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
El IP3 liberado se une a una receptor especfico del retculo endoplsmico, segn
hemos visto ms arriba, lo que conduce a una liberacin de iones Ca2+ desde el mismo
hacia el citoplasma, los cuales llevan a cabo diferentes efectos, entre ellos la activacin
de protein kinasas calcio-calmodulina dependientes. El DAG, por su parte, activa a la
protein kinasa C segn hemos visto anteriormente.
Otro tipo de protein kinasas son las protein tirosin kinasas (PTK), que se caracte-
rizan precisamente porque la fosforilacin dependiente de ATP se lleva a cabo sobre resi-
duos fenlicos de tirosina y no sobre serina o treonina como los vistos hasta ahora. Una
caracterstica distintiva de estas protein kinasas es su capacidad de autofosforilacin. Las
protein tirosin kinasas son activadas por factores de crecimiento e insulina, y responden
por autofosforilacin en mltiples residuos de Tyr.
Varios experimentos han demostrado un papel de las protenas ras (producto del
protooncogen del mismo nombre) en la transduccin de seales ligada a receptores PTK.
Se requiere activacin de estas para la mitognesis inducida por diversos factores de cre-
cimiento (y de ah su potencial oncognico).
9.4.1. ADP-ribosilacin
285
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Figura 9.19
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Figura 9.20
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Figura 9.21
290
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9.5.1. Pepsina
9.5.2. Tripsina
291
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9.5.3. Quimotripsina
292
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
los llamados factores de la coagulacin, que no son sino zimgenos de otras tantas serin
proteinasas. En el proceso participan otras protenas cuya accin por el momento no se
conoce con certeza, as como otros factores y unas clulas especializadas, las plaquetas.
En esta discusin nos centraremos sobre todo en los aspectos puramente enzimticos de
la coagulacin.
La integridad fsica del sistema vascular de los animales es una condicin indis-
pensable para el mantenimiento de su homeostasis. Tanto las grandes arterias y venas
como en particular los capilares estn sometidos continuamente a una gran cantidad de
traumas mecnicos que de no solventarse daran lugar a una prdida irreversible de pre-
sin en el sistema vascular incompatible con la vida. Pero, por otra parte, la formacin
intravascular de cogulos puede representar asimismo un grave peligro, sobre todo en
rganos con vascularizacin terminal como el miocardio o en rganos que a pesar de po-
der desarrollar vascularizacin alternativa tienen funciones tan crticas como para no
poder interrumpir su actividad, como es el caso del cerebro y del tejido nervioso en ge-
neral. Por todo ello, tanto los fenmenos de coagulacin de la sangre como de fibrinolisis
(destruccin del cogulo) son sistemas de modificacin covalente (ataque proteoltico)
organizados como activaciones en cascada. Ello permite su rpida puesta en marcha y su
actuacin en dimensiones espaciales muy superiores a las celulares.
293
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.22
294
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
El fibringeno (o factor I) es una protena fibrosa cuyo p.m. es de 340 kDa. Al mi-
croscopio electrnico presenta forma de bastn con una longitud de 46 nm. Su estructu-
ra cuaternaria consiste en seis subunidades, iguales dos a dos, llamadas A, B y ; por
ello el fibringeno puede representarse como (A)2(B)22, estando estas subunidades
unidas por puentes disulfuro. La molcula consta de dos dominios globulares en ambos
extremos y otros dos en el centro. Estos dominios estn unidos por tramos elongados en
forma de -helicoide. Las subunidades A y B reciben estos nombres porque tras el
ataque por la trombina A da lugar al fibrinopptido A y la subunidad , mientras que la
B rinde fibrinopptido B y subunidad :
(A)2(B)22 2A + 2B + 222
295
COMPENDIO DE ENZIMOLOGA Enrique Battaner Arias
Figura 9.23
Figura 9.24
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La formacin definitiva del cogulo de fibrina tiene lugar cuando se establecen en-
laces covalentes entre los distintos monmeros de fibrina. Estos enlaces se establecen entre
cadenas laterales de Lys y Gln, en un proceso catalizado por la transglutaminasa, tambin
llamada factor XIIIa o factor estabilizador de la fibrina. La transglutaminasa es asimismo
activada por la trombina, que acta sobre el factor XIII, zimgeno precursor de la trans-
glutaminasa, para dar lugar al factor XIIIa. La estabilizacin del cogulo se representa en la
figura 9.25.
Figura 9.25
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Figura 9.26
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9.6.4.1. La va extrnseca
Recibe este nombre por desarrollarse fuera de los vasos sanguneos, y es significati-
vamente ms rpida que la va intrnseca (y en general tiene mayor importancia en el me-
canismo hemosttico). La activacin del factor X tiene lugar mediante el VIIa, Ca2+ y el
factor III (tambin llamado factor tisular; es una lipoprotena del endotelio vascular). La
activacin del factor VII requiere calcio y una superficie fosfolipdica. A este respecto re-
cordemos que tambin los factores VII y X poseen residuos de cido -carboxiglutmico.
Un esquema de la va extrnseca se presenta en la figura 9.27.
Figura 9.27
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9.6.4.2. La va intrnseca
El factor XIIa activa al XI; el XIa al IX; el IXa, junto con el VIIIa, activan al factor
X. El factor VIII (o factor antihemoflico), es activado en un proceso que tambin re-
quiere Ca2+, una superficie plaquetaria y trombina. La carencia congnita de factor VIII
da lugar a la enfermedad conocida como hemofilia A, que se transmite de forma ligada al
sexo. El resumen de la va intrnseca se presenta en la figura 9.28.
Figura 9.28
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- Son enzimas proteolticas la trombina (IIa), y los factores Xa, VIIa, IXa, XIa,
XIIa, y kalicrena. Todas ellas son serinproteinasas y activan proteolticamente a sus subs-
tratos.
Todos los factores activados tienen una vida media muy corta. Adems de las
actividades antiserinproteinasa existentes en el medio plasmtico (1-antitripsina, etc.),
existen otros sistemas anticoagulantes:
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CAPTULO 10
ENZIMAS EN MEDICINA
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De la relacin
v= kcate
Las enzimas presentes en el suero proceden siempre del interior de las clulas,
donde son sintetizadas. Ahora bien, la diferenciacin de clulas y tejidos hace que la con-
centracin intracelular de enzimas vare segn el tejido de procedencia. Por ejemplo, la
fosfatasa cida es mucho ms abundante en la prstata que en otros rganos o tejidos;
la creatin kinasa es propia del tejido muscular; la alanina aminotransferasa, aunque pre-
sente en muchos tejidos, es francamente abundante en el hepatocito. Por ello, aumentos
constatables en suero de dichas enzimas son indicativos de alteraciones en los respectivos
tejidos de procedencia, y de ah el inters general de las determinaciones enzimticas en
suero.
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para ver el patrn de isoenzimas. As, un aumento en la fosfatasa alcalina puede ser de-
bido, entre otras cosas, a una alteracin hepatobiliar o a una alteracin sea. La discri-
minacin de estas actividades ha de hacerse por otros mtodos. En este caso, una simple
prueba de termolabilidad a 56 C puede discriminar la procedencia, ya que la isoenzima
sea es mucho ms termosensible que la heptica.
Las enzimas pueden estar aumentadas en el suero por alguna de las siguientes ra-
zones (en orden de importancia):
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Tanto en el caso anterior como en este, la magnitud del aumento refleja la exten-
sin del dao celular.
Muchas enzimas del organismo son inducibles, esto es, su sntesis aumenta ante
determinados estmulos ambientales. Y por ello puede aumentar su concentracin en el
suero. Tal es el caso de las enzimas hepticas relacionadas con diversos mecanismos de
destoxificacin. As, la g-glutamil transferasa es inducible por multitud de drogas que
han de ser metabolizadas por el hgado, como por ejemplo alcohol, antidepresivos tric-
clicos, fenitona, etc.
Se ven con menor frecuencia que los aumentos. No obstante, en muchos casos
tienen inters diagnstico. Se citan a continuacin las principales causas de disminucin
de la actividad enzimtica.
(a) Intoxicaciones
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10.1.3.1. Aminotransferasas
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Las aminotransferasas son enzimas abundantes en todos los tejidos, pero lo son
particularmente en aquellos muy activos metablicamente, como el hgado y el msculo.
La AST est repartida indistintamente en los compartimentos citoslico y mitocondrial;
la ALT, por su parte, aparece casi exclusivamente en el citosol.
Los aumentos en actividad aminotransferasa del suero aparecen cuando hay altera-
ciones del parnquima heptico o de las clulas miocrdicas. En este sentido, suele haber
un aumento de AST en el infarto de miocardio y en menor medida, en las hepatitis. La
ALT, por su parte, se considera casi especfica de la clula heptica. Por ello es un exce-
lente marcador de lesin hepatocelular y su nivel no solo tiene valor diagnstico, sino
tambin como ndice de seguimiento de la evolucin de la enfermedad. No lo es tanto
la AST en el infarto de miocardio, puesto que su elevacin es bastante ms tarda que la
de otras enzimas, en especial la creatin kinasa (CK).
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10.1.3.2. Creatinkinasa
La creatin kinasa (CK, tambin llamada creatin fosfokinasa o CPK) cataliza la fos-
forilacin dependiente de ATP de la creatina para dar lugar a fosfocreatina, un fosfgeno
de alta energa utilizado como reservorio energtico sobre todo en el tejido muscular. La
reaccin catalizada es la siguiente:
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10.1.3.5. -Amilasa
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Por el contrario, las afecciones crnicas del pncreas, como las pancreatitis crni-
cas y la fibrosis qustica del pncreas cursan con disminuciones de la amilasemia.
Por ello, la fosfatasa cida aparece aumentada en las afecciones prostticas (prosta-
titis, adenomas y neoplasias malignas de prstata, etc.).
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MANUALES UNIVERSITARIOS, 88