Laboratoire Central - CHU De Constantine

Cours De Microbiologie
MMI 2015/ 2016.
Dr ALLAG H.

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DUNE INFECTION URINAIRE= ECBU

I- PHYSIOPAT HOLOGIE :

I - Pour comprendre

Les infections urinaires communautaires reprsentent le second site dinfection bactrienne aprs larbre respiratoire. Elles
regroupent des tableaux cliniques de symptomatologie et de gravit trs variables, en fonction du terrain et du site atteint
sur larbre urinaire.
Ce qui est nouveau :
le terme d'infection urinaire risque de complication remplaant le terme d'infection urinaire complique ;
le concept d'infection urinaire masculine ;
la nouvelle dfinition du sujet g ;
l'impact sur les traitements recommands de l'incidence des rsistances.
On distingue :
les infections urinaires simples, survenant chez des patients sans facteur de risque de complication ;
les infections urinaires risque de complication prsentant au moins un des facteurs de risque suivants :
o anomalies organiques ou fonctionnelles de l'arbre urinaire, quelle qu'elle soit (rsidu vsical, reflux,
lithiase, tumeur, acte rcent),
o sexe masculin, du fait de la frquence des anomalies anatomiques ou fonctionnelles sous-jacentes,
o grossesse,
o sujet g : patient de plus de 75 ans ou de plus de 65 ans avec 3 critres de fragilit (critres de
Fried : perte de poids involontaire au cours de la dernire anne, vitesse de marche lente, faible endurance,
faiblesse/fatigue, activit physique rduite),
o immunodpression grave,
o insuffisance rnale chronique svre (clairance < 30 mL/min).
o Important : le diabte, mme insulino-requrant, n'est plus considr comme un facteur de risque de
complication ;
les infections urinaires graves sont les pylonphrites aigus (PNA) et les infections urinaires masculines
associes :
o un sepsis grave,
o un choc septique,
o une indication de drainage chirurgical ou interventionnel (risque d'aggravation du sepsis en
priopratoire) ;
les cystites rcidivantes sont dfinies par la survenue d'au moins quatre pisodes pendant 12 mois conscutifs ;
la colonisation bactrienne (bactriurie asymptomatique) correspond la prsence d'un micro-organisme dans
les urines sans manifestations cliniques associes. Il n'y a pas de seuil de bactriurie, sauf chez la femme enceinte o
un seuil de bactriurie 105 UFC/mL est classiquement retenu. La leucocyturie n'intervient pas dans la dfinition. Les
deux seules situations consensuelles pour le dpistage et le traitement des colonisations urinaires sont :
o avant une procdure urologique invasive programme ;
o pendant la grossesse partir du 4e mois.
Lurine est normalement strile.
Linfection urinaire peut se limiter la vessie (cystite) ou se compliquer dune atteinte rnale (pylonphrite)

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 A- Voies de contaminations : Trois voies sont possibles :

Voie ascendante (la + frquent): Contamination du mat urinaire partir de la flore fcale et prinale. Beaucoup plus
chez la femme en raison de lurtre court.
Voie hmatogne : Suite une bactrimie.
Voie iatrogne-nosocomiale : Suite des manuvres instrumentales (endoscopiques, sondage) ou chirurgicales
portant sur les voies urinaires.
B- Les facteurs prdisposant :-Prsence dun obstacle sur les voies excrtrices (calcul rnal ou vsical)

- Lhypertrophie prostatique.
- Une malformation favorisant la stase urinaire (reflux urtral + + +)
- La grossesse.
- Le diabte.
- Le sujet g.
- Problmes neurologiques avec retentissement sur la vessie.
- Sujet g.
- Problmes neurologiques avec retentissement sur la vessie.

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 Bactries %communautaire %hospitalire

E. coli 75 90 60 70

Proteus .sp 3-4 9-10

Klebsiella .sp 2 8-10

Staphylocoque.sp 2-3 4-5

Streptocoque/entrocoque 1 2-4

Autres bactries gram ngatif 1.5 5-6

Candida albicans 2

C-Indice de frquence des germes uropathognes

BU(Bandelette Urinaire) + ECBU = Examens cls

II- ECBU (EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES)

Linfection du tractus urinaire est lune des infections les plus frquentes lECBU une des analyses
microbiologiques les plus demandes.

A- APPORT DES EXAMENS BACTERIOLOGIQUES DANS LES I.U :

Les objectifs de lECBU sont de:

Mettre en vidence la prsence de bactries dans les urines (bactriurie).
Mettre en vidence et quantifier une leucocyturie et les lments urinaires anormaux.
Identifier et tudier la sensibilit des bactries aux antibiotiques.
Contrler la strilisation des urines aprs traitement.
Distinguer une infection rcidivante dune rechute.

B- INDICATIONS DE lECBU :

Symptmes voquant une infection urinaire : - Brlures mictionnelles

Dysurie - Pollakiurie
Hmaturie - Incontinence urinaire
Modification de laspect des urines.
Douleurs pelviennes ou lombaires.
Fivre isole.
Devant une chimie des urines positive: Leucocytes, nitrites, sang ou protines.
Systmatique chez les sujets risque:
Femme enceinte - Diabtique
Porteur de sonde - Sujet alit
Anomalie urologique
En propratoire en urologie ou gyncologie.
Contrle post thrapeutique.

C- EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES PROPREMENT DIT :

1/- LE PRELEVEMENT :

La qualit du prlvement conditionne la qualit de lexamen

Il doit tre pratiqu avant toute antibiothrapie ou bien aprs fentre thrapeutique de 24 heures si ltat du malade le permet.
a-Cas gnral habituel :
Aprs une toilette locale avec du savon ou un antiseptique type dakin suivi dun rinage a leau.
Recueillir les premires urines du matin ou dfaut les urines de la journe 3 4 heures au moins aprs la dernire
miction.
Le premier jet (20 ml) sera limin et le deuxime jet (20-30 ml) est rcupre dans un
rcipient strile.

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b-Situations particulires :
*chez la femme : viter la contamination des urines par les leucocytes et les bactries de la flore vaginale.
*Chez lhomme : Sondage proscrit car risque dinfection urinaire chronique.
* Chez le nourrisson : On utilise un sac collecteur aprs nettoyage de la rgion prinale, ce dernier ne doit pas tre laiss en
place plus de 30 mn. (Le renouveler si pas de miction en ce temps la).
* Chez le sujet sonde : Ne pas prlever partir du sac collecteur mais clamper la sonde en aval pendant 10 mn dsinfecter la
sonde a lalcool iode et ponctionner laide dune seringue puis transvaser dans un tube strile.
* Chez le sujet incontinent ou handicap : Homme par collecteur pnien.
Femme par sondage urinaire.
* Ponction sus pubienne: (Geste spcialis) ne doit tre ralis que si la voie normale est impossible. Ralise sur vessie plaine
aprs dsinfection soigneuse (le germe isol est identifi quelle que soit la numration).
* Recherche de mycobactries :
Examen de seconde intention.
Effectu sur la totalit de la premire miction du matin aprs restriction hydrique.
Doit tre rpte plusieurs reprises car llimination des mycobactries dans les urines est intermittente.
2/- TRANSPORT ET CONSERVATION :
Lurine constitue un bon milieu de culture pour la plupart des bactries. Ceci dit une fois prleve:
Elle doit tre achemine rapidement au laboratoire
Elle ne doit rester plus de 2heures tp ambiante.
Elle peut tre conserv 24 heures a + 4 c sans modification de la bactriurie (en sachant que la rfrigration ne
prserve pas les leucocytes)

3/- FICHE DE RENSEIGNEMENTS :

Nom:......Prnom:............
Age:Sexe:.........
Service:Heure du prlvement:........
Signes cliniques:. traitement en cours
Antcdents :
Infection urinaire antrieure Type de germe:
Grossesse Diabte

4/- PRINCIPALES ETAPES DE LECBU :

a- EXAMEN MACROSCOPIQUE :
Urines claires, troubles (purulentes)
sanglantes (hmaturie initiale, terminale ou totale)
ictrique (jaune brin)
rouge, vert (origine alimentaire ou mdicamenteuse).
Prsence de dpt : - cristallin, blanchtre (phosphate)
- rouge brique (acide urique)
- rose (Urate de soude).
METHODOLOGIE AU LABORATOIRE

Prlvement durine

J1 examen cytologique(MO) (1) mise en culture (2)

Sur urine homognise

Quantitatif Qualitatif * dilution 1/100 (mthode de Veron) Sur cellule malassez,

Nageotte*bactriurie (culot urinaire) 2 gttes durine dans 10 ml deau
(Ou entre lame et lamelle) EF/GRAM /BLEU distill strile.
A partir de lurine entire ZIEH.NIELSEN
*Numration des leucocytes * ensemencement : 2 gttes de cette
*hmaturie *levures*cristaux* cylindres dilution (0.1 ml) sur de culture
- GN (glose nutritive) +
- GSF/GSC si cocci lexamen direct
- Lowenstein Jensen si prsence de
BAAR a lED.
- sabouraud si levures a lED.
* incubation 18 heures a 37C (3)
j2 * dnombrement et diffrentiation des Colonies. (4)

J3 * identification et antibiogramme. (5)

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METHODOLOGIE AU LABORATOIRE
2 gttes durine
Homognise
(=0,1 ml / dilution 1/100)

Ensemencer 2 gttes sur

Urine eau distille strile
10 ml milieu de culture avec un
Rteau
Incubation 37 C
Pendant 18 24 h
Examen examen qualitatif (culot urinaire)
Quantitatif EF/Gram/Bleu (bactries : cocci, bacilles ou mixte)
Cellule Nageotte ou malassez ou/entre lame et lamelle
(Leucocytes, Hmaties, lments figurs de lurine)
Numration des colonies
(1 colonie =103 germes)
Identification biochimique
N : entre 104 et 105

Entrobactries Staphylocoque P.aeruginosa

Mini galerie

Oxydase

TSI M.M C.S U.I C.L ONPG coagulase

Antibiogramme

b- INTERPRETATION DE LEXAMEN MICROSCOPIQUE :

- 10 leucocytes / mm3 = 104 L/ml

- 25 Leuco /mm3 = 2.5 x104 L/ml
- 100 L / mm 3 = 105 L/ml
- 500 L / mm 3 = 5 x 10 5 L/ ml
URINE PATHOLOGIQUE : Leucocyturie > 104 /ml ou > 10 leucocytes / mm3
1 L tous les 1 2 champs = 5-10 L /mm3
1 2 L/ champ = 10-25 L /mm3
c- DENOMBREMENT DES COLONIES :
Selon la loi de KASS : Nombre de bactries = Nbre de colonies x 10 x 100.
Donc 1 colonie = 103 bactries.
On interprte de la manire suivante :
* Bactriurie < 103 UFC /ml : Absence dinfection.
* Bactriurie > 105 UFC /ml : Infection probable.
* Bactriurie entre 104 et 105 : zone douteuse tenir compte dautres paramtres (examen direct, clinique, conditions du
prlvement, ECBU prcdant etc)
Vu les risque de contamination lECBU associe:
Une analyse quantitative de la culture urinaire + une analyse quantitative de la Leucocyturie.

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5/- INTERPRETATION DE LECBU :

Interprtation de lECBU

- Seuil de leucocyturie retenu : 10 4/mL (ou 10/mm3)

- Seuil de bactriurie associ une leucocyturie
significative modifi en tenant compte de la forme
clinique et de lespce bactrienne :
> 103 UFC/ml pour les cystites aigus E. coli et autres
entrobactries notamment Proteus spp, Klebsiella spp et pour
S. saprophyticus
>105 UFC/ml pour les cystites autres bactries (notamment
entrocoque)
> 104 UFC/ml pour les pylonphrites et prostatites.
Dans tous les cas, le seuil ne peut tre oppos tableau
clinique vident

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 Interprtation de lECBU
Leucocytes/ml 104 <104

Bactriurie 105 104 103 104 105

(UFC/ml)
Nombre despces 1 ou 2 1 1 2 1 ou 2

Niveau de 1 ou 2 ou 3 1 ou 2 1 1 1 ou 2 ou 3
pathognicit
suivant les espces
Infection probable oui Non sauf si ID
Dans les autres cas refaire ECBU

Niveau 1 : bactries considres pathognes mme en Niveau 3 : bactries dont limplication est peu probable :
cas de bactriurie faible (103UFC/ml) : Staphyloocques coagulase ngative ( S saprophyticus)
E coli, Proteus, Klebsiella S agalactiae
S saprophyticus Aerococcus urinae
Pseudomonaceae P aeruginosa
Niveau 2 : bactries souvent impliques (notamment Acinetobacter spp
dans les IUN) : Stenotophomonas maltophilia
entrobactries autres que E coli
S aureus Niveau 4 : espces appartenant aux flores urthrales et gnitales,
Entrocoques considrer en gnral comme des contaminants (streptocoques
Corynebacterium urealyticum hmolytiques, Gardnerella vaginalis, Lactobacillus spp, bacilles
P aeruginosa corynformes Corynebacterium urealyticum

interpretation selon les critres CLINIQUES ET de KASS.

LEUCOCYTE BACTERIURIE INTERPRETATION CONDUITE

<104 00 ECBU STERILE AUCUNE

>104 <105 TRT ATB REFAIRE ET

GERME EXIGENT(BK) ADAPTER
LEUCOCYTES GENITAUX LA TECHNIQUE.
NEPHRITE INTERSTITIELLE
CYSTITE VIRALE
TUMEUR PROSTATIQUE

<104 > 105,1 TYPE INFECTION DEBUTANTE IDENTIFICATION

INFECTION APLASIQUE + ATB
CONTAMINATION
ID, AGEE, GROSSESE

>104 >105, 1 TYPE INFECTION TYPIQUE IDENTIFICATION

+ ATB

<104 >105, +sieurs type SOUILLURE AUCUNE

>104 >105 , 2 ou + INFECTION SUR SONDE ? A CONTROLER

>104 <105 , 2 ou + Infection poly microbienne ? A refaire

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6/-ANTIBIOGRAMME :

Choix antibiotiques : principes

gnraux

Critres de choix des schmas anti-infectieux :

Bnfices : - radication clinique

- radication bactriologique

Risques : - toxicit
- pression de slection individuelle
- pression de slection collective

- En cas durgence mdicale on peut raliser lATB le premier jour directement partir de lurine.
- Tester les disques dATB selon le spectre de sensibilit probable de la bactrie et la diffusion dans le parenchyme rnal.
- Les ATB gnralement tests sont : Btalactamines, Aminosides, Fluoroquinolones, quinolones de premire gnration,
Cotrimoxazole, Fosfomysine, Nitrofurantoine Nibiol..etc
- Le niveau de rsistance aux antibiotiques des germes incrimins est en augmentation.

Rsistance d E.coli aux antibiotiques :

donnes 2007

amoxicilline R : 40-50 %
amoxicilline-clav R : 25-35 %
C3G R : 2 % (C3Gi) 5 % (cfixime)
pivmecillinam R : 25 %
cotrimoxazole R : 20 %
quinolones : nal R : 14 %
F-quinolones : R : 10 % mais 5 % chez femmes 15-65 ans
fosfomycine-tromtamol R : 3%
nitrofurantone R : <5%
aminosides R : 3%

G- CONCLUSION :

LECBU est un examen de laboratoire assez frquemment demand. il est bien codifie ces deux temps critiques sont :
* le prlvement trop souvent victime de son apparente simplicit.
* linterprtation micro biologique qui doit sappuyer sur des arguments dcisionnels irrprochables
Toutes les bactries peuvent entraner une infection urinaire mais galement les champignons et les virus.
Correctement effectu, le dpistage par bandelette a un bon pouvoir prdictif ngatif.
Un ECBU de contrle est ralis aprs 48 h de traitement ainsi quaprs larrt du TRT.
Les infections urinaires sont la principale cause de septicmie a gram ngatif, Il ne faut donc pas oublier non plus de
pratiquer des hmocultures en cas dinfection urinaire haute ou en cas de fivre.

FIN.