Unidad IV

Taxonoma microbiana. Principios.

Taxonoma clsica. Esquemas bioqumicos.
Manual de Bergey. Taxonoma molecular y
gentica. Taxonoma numrica.

Ayud. Prof. Ing. Agr. Juan E. Silberman

Microbiologa Agrcola FAyA
Microbiologa FCF
UNSE 2014
Evolucin. Filogenia
 Evolucin. Filogenia

Relaciones evolutivas entre los organismos

Evolucin: es el conjunto de transformaciones o

cambios a travs del tiempo que ha originado la
diversidad de formas de vida que existen sobre
La Tierra a partir de un antepasado comn

Filogenia: inferencia de las relaciones evolutivas

entre los organismos
 Evolucin. Filogenia

En bsqueda del cronmetro molecular

Los requisitos del cronmetro molecular son los
siguientes:

Estar universalmente distribuidos

Ser funcionalmente homlogos
Deben poder alinear apropiadamente
Deben cambiar con velocidad proporcional a la
distancia evolutiva
 Evolucin. Filogenia
En bsqueda del cronmetro molecular

Citocromos
protenas de Fe y S
Ferredoxinas
ARN ribosmicos
ATPasas
RecA (protena requerida para recombinacin
gentica).
 Evolucin. Filogenia
En bsqueda del cronmetro molecular

Secuencias ARN ribosmico fueron las que mas xtito

tuvieron
Se usan actualmente para determinar relaciones
filogenticas entre microorganismos
 Evolucin. Filogenia
En bsqueda del cronmetro molecular
 Evolucin. Filogenia
La secuenciacin de ARNr permiti obtener la primer
imagen real de la evolucin
 Evolucin. Filogenia
Los Dominios se definen en base al ARNr
Sin embargo cada Dominio tiene determinadas caractersticas fenotpicas
 Taxonoma filogentica

Taxonoma: ciencia de la clasificacin

1-Identificacin
2-Nomenclatura
Taxonoma filogentica
 Taxonoma filogentica

-Las secuencias de ARNr 16S/18S

sirven para determinar relaciones
filogenticas y para identificar

-Cada taxn tiene una secuencia

propia
 Taxonoma filogentica

El procedimiento para la identificacin es el siguiente:

Obtencin del cultivo puro

Extraccin de ADN genmico
PCR ADNr 16S / 18S
Secuenciacin
Comparacin con bases de datos
https://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=Microbi
alGenomes
 Taxonoma filogentica
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTAGCGGGATGCCTTACACATGCAAGTCGAACGGCAGCACGG
ACTTCGGTCTGGTGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATGTATCGGAACGTGCCCAGTAGCGGGGGATAAC
TACGCGAAAGCGTAGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCGCAAGACCTTGCACTA
TTGGAGCGGCCGATATCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAGCTGG
TTTGAGAGGACGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGA
ATTTTGGACAATGGGGGAAACCCTGATCCAGCCATCCCGCGTGTGCGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAG
CACTTTTGGCAGGAAAGAAACGTCATGGGTTAATACCCCGTGAAACTGACGGTACCTGCAGAATAAGCAC
CGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAA
AGCGTGCGCAGGCGGTTCGGAAAGAAAGATGTGAAATCCCAGAGCTTAACTTTGGAACTGCATTTTTAAC
TACCGGGCTAGAGTGTGTCAGAGGGAGGTGGAATTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGCGGAG
GAACACCGATGGCGAAGGCAGCCTCCTGGGATAACACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAAC
AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGTCAACTAGCTGTTGGGGCCTTCGGGCCTTGGT
AGCGCAGCTAACGCGTGAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGAC
GGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGA
CATGTCTGGAATCCTGAAGAGATTTAGGAGTGCTCGCAAGAGAACCGGAACACAGGTGCTGCATGGCTGT
CGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCTACG
AAAGGGCACTCTAATGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGC
CCTTATGGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGGTCGGGACAGAGGGTCGCCAACCCGCGAGGGGGAGCC
AATCCCAGAAACCCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGT
AATCGCGGATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGA
GTGGGTTTTACCAGAAGTAGTTAGCCTAACCGTAAGGGGGGCGATTACCACGGTAGGATTCATGACTGGG
GTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTT
Taxonoma filogentica
 Taxonoma filogentica

AGCCCACCTGGTGGATGGCTCGGCTCGGGGCGCCGAGGAAGGGCGTGGCAAGCTGCGATAAGCCCGGGGGAGGCGCAGGCAGCCGTGGAACCCGGGATCCCCGAATGGG
ACTTCCTGCCCCATTTGGGGCGCTCCCGTTAGGGAGCGGGAACGCGGGGAAAAGAAGCATCCGAGTACCCGCAGGAAAAGAAACCAACAGGGATGCCGGGAGTAGGGGCG
ACCGAAACCGGCACAGGGCAAACCGAATCCCTATCCGTAAGGGTAGGGAGATGTGGAGTTGCAGGGCCCCCAATATAGACCCCCACTGGGAAGCCGAAGTCCCCTGGAATG
GGGCGCCATAGAGGGTGAAAGCCCCGTAGGCGTAACCAGTTGGGGGTCTGGGGTGTCCCTGAGTACCGCGCGTTGGATATCGCGCGGGAAGCTGGGAGACATTAGGCTTCC
AACCCTAAATACGTCCCGAGACCGATAGCGAACTAGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAAAGCACCCCTTGCGGGGGGTGAAAAGAGCCTGAAACCAGGTGGGTACGGAATGGC
ACGGCCCGAAAGGTAACCACCCCGAAGGAAACTCCCGCGAGGGAGGAGTACGAGGGGTGGCATGCCGGGGTCGTGCCGTCCGTTTCGAAAAACGGGCCGGGGAGTGTACG
GGTGTGGCGAGCCTAAGGGGTTCAACCCCGGAGGCGTAGGGAAACCGACATGCCCGCAACCCTTATGGGTGAGGGGCGGGGTCTTAATGGGCCCGGAGTCACACCCGTACG
ACCCGAAACCGGGCGATCTAGGCCGGGGTAGGGTGAAGCCCCTCGCCAGAGGGGTGGAGGCCCGCAGGGGTGTTACCGCGCAAAGTGCTCCTCTGACCCCGGTCTAGGGGT
GAAAAGCCAATCGAGCCCGGAGATAGCTGGTTCCCCCCGAAATAACTCGCAGGTTAGCCGGGGGTTAGGTAGATGGCGGGGTAGAGCCACGGATAGGGTGTTTAGGGGGC
GAGAGCCCTCGGCACCCTGTCAAACTCCGAACCCGTCATCGCCGTAGCCCCCGAGTGAGGGCATACGGGTAAGCCGTATGTCCGAGAGGGGAACAACCCGGACCCGGGTTA
AGGCCCCTAAGTGCCGGCTAAGTGTAAATGAGAAGGGAGTCCCTGGCCTAAGACAGCGGGGAGGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCC
GTCGAGGTCAGGGGCCCCGAAGATAACGGGGGCTAAGCCGGCCGCCGAGACCCGGGGGGGCTGAAAAGCCATCCGGTAGGGGGGCGTCCCGCGGGGGTAGAAGCTCGGC
CGTGAGGTCGGGTGGACCCCGTGGGAACGAGAATCCCGGCAGTAGTAACAGCAAAGTGGGGTGAGAATCCCCACCGCCGAAGGGGCCAGGTTTCCACAGCAACGGTCGTCA
GCTGTGGGTTAGCCGGTCCTAACCCCCGGGGTAATTCCCTGGGGGGGAAAGGGAAGCGGGTTAATATTCCCGCGCCACCGGGGTACGTGCGGCAACGCAAGGCCAGCTCCT
GACGCTTCGGGGTAGGCCGACCACCCCCGTCGGGGTGGCCAAGCGCATAAGCCCGGGGAGTGCCGTAATGGCGAGAACCGGGCAAAAGCGTGATGGGCCCTCCGTTAGGA
GGGTTCGGCTGAGCCCTGGAGCCCGTGAAAAGGGAGCTGGCAAGGATCCCCGGTGACCGTACCCAGAACCGACACAGGTGCCCCTAGGCGAGTATCCTAAGGCGTGTCGGG
AGAATCCGGCCCAGGGAAGTCGGCAAATTGGCCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCCTGCGGTCTTCTCTAAGTGAGGGGACCGCAGGTCGCAGTGGCCAGGGGGGTCC
GACTGTTTAATAAAAACACAGGTCTTGGCTAGCCCGTAAGGGTGTGTACCAAGGCCGACGCCTGCCCAGTGCCGGTACGTGAAACCCGGGTACAACCGGGCGAAGCGCCGGT
AAACGGCGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCATGAATGGCGTAACGAGACCCCCACTGTCCCGGGCCGGAACCCGG
TGAACCTACCATTCCGGTGCAAAGGCCGGAGACCCCCAGTGGGAAGCGAAGACCCCGTGGAGCTTTACTGCAGCCTGTCGTTGGGGCATGGCCGTGGGTGCACAGCGTAGG
TGGGAGCCGTCGAAGCCACCCCTCCGGGGGTGGTGGAGGCGCCCATGGGACACCACCCACCCATGGCCATGTCCCTAACCCCGTAAAGGGGGACACCGGCAGGTGGGCAGT
TTGGCTGGGGCGGCACCCCCCTGAAAAGGCATCAGGGGGGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAACTCCGCCGTGGAGTGCAAGGGCAAAAGCCGGCCTGACTTGGT
CGGTAAAAGAGGCCGACCAAGAGGCGAAAGCCGGGCCTAGCGAACCCCTGTGCCTCACCGATGGGGGCCAGGGATAACAGAAAAGCTACCCCGGGGATAACAGAGTTGTC
GCGGGCAAGAGCCCATATCGACCCCGCGGCTTGCTACATCGATGTCGGTTCTTCCCATCCTGGGCCTGCAGCAGGGCCCAAGGGTGGGGCTGTTCGCCCATTAAAGGGGATC
GTGAGCTGGGTTTAAACCGTCGTGAGACAGGTTGGTTGCTATCTGCTGGGGGTGTTGGCCGCCTGAGGGGAAGGTGGCTCTAGTACGAGAGGAACGAGCCGCCGGCGCCTC
TGGTCTACCGGTTGTCCGACAGGGCATTGCCGGGCAGCTACGCGCTAAGGGATAAGGGCTGAAGGCATCTAAGCCCGAAACCCTCCCCGAAAATAGGCGGCCAGTCCCTTCG
GGGACGAGGGCTCTCCTATAAGAGGAGGTTGATAGGCCGGGGGTGTAAGCGCCGAGGGCTTTGCCCGAGG
Taxonoma filogentica
Taxonoma filogentica
 Taxonoma filogentica

TAACAAGGATTCCCCTAGTAACTGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCTCAAATTTAAAATCTGGCGGGTTCCCCGTCCGAGTTGTAATCTGGAGAAGCGTTTTCCG
TGTCGGACCGTGTACAAGTCCCTTGGAATGGGGCGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTCCATGACACGGACTACCGATGCTTTGTGATACGCTCTCAAAGAGT
CGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATG
AAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCGCGTCCGTCGAGACTCAGCCTTGCCTTTGGGCC
TGGTGTACTTCTCGGTGGACGGGTCAACATCGATTTTGAATGGCAGATAAAGGTCTGGGGAATGTGGCACCTCCGGGTGTGTTATAGCCCCTCTCCGTATAT
GCTGTTTGGGATCGAGGACCGCAGCACGCCCTTGTGGCCGGGGTTTTACCCACGTACCGTGCTTAGGATGTTGGCATAATGGCTTTAAGCGACCCGTCTTGA
AACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTGTTAGGGTGCAAAACCCTTGCGCGTAATGAAAGTGAAAGTTGGGACCTCTGTCGAGGAGGGCACCG
ACGCCCGGCCCTGAACTCTTGTGACGGTGCTGCGGTAGAGCATGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGCGAAGCCAGAGGAA
ACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTG C
Taxonoma filogentica
 Taxonoma clsica
BACTERIAS

Se basa en:
1.caracteres morfolgicos,
2. tincin diferencial,
3. pruebas bioqumicas,
4. tipificacin con fagos,
5. pruebas serolgicas
 Taxonoma clsica
BACTERIAS

1.caracteres morfolgicos
forma, tamao y color de la colonia
movilidad
endosporas
composicin de la pared celular
 Taxonoma clsica
BACTERIAS

2. tincin diferencial Coloracin Gram

 Taxonoma clsica
BACTERIAS
3. pruebas bioqumicas
 Taxonoma clsica
BACTERIAS

4. tipificacin con fagos

la interaccin fago-bacteria es sumamente especfica
sirve para subclasificar bacterias dentro de una especie

5. pruebas serolgicas
Basado en la reaccin antegno-anticuerpo
 Taxonoma clsica
BACTERIAS

Aislamiento de una bacteria

del intestino de un homeotermo

Obtencin de cultivo puro

Tincin Gram

Gram negativo

Forma bacilar

Facultativo

Fermenta lactosa con produccin de

cidos y gas

Pruebas bioqumicas
Positivas: indol, rojo de metilo y
mucato
Negativas: citrato, Voges-Proskauer Escherichia coli
y H2S
 Taxonoma clsica
Protozoos

Microorganismos -Mayor tamao que bacterias

- eucariticos -No poseen pigmentos fotosint
-unicelulares como las algas
-son mviles -No producen esporas ni cuerpos
-no poseen color fructferos
-no poseen pared
 Taxonoma clsica
Protozoos

Existen 4 grupos principales:

1. Flagelados
2. Amebas
3. Ciliados
4. Esporozoos
Se dividen de acuerdo a su movilidad y
presencia o no de esporozoos
 Taxonoma clsica
Protozoos
1. Flagelados
son mviles por accin de los flagelos.
la mayora de los flagelados son de vida
libre, algunos parsitos animales,
incluido el hombre.
El ejemplo ms importante es
Trypanosoma, este protozoo mide 20
m de longitud y es responsable de la
enfermedad del sueo.
 Taxonoma clsica
Protozoos
2. Amebas
Se conocen amebas que son parsitos cuyo hbitat es
la cavidad bucal y el tracto intestinal. En estos hbitats
se mueven por movimientos ameboides. Entamoeba
histolytica es un buen ejemplo de amebas parsitas
que producen un estado diarreico denominado
disentera amebiana
 Taxonoma clsica
Protozoos
3. Ciliados
En alguna fase de su vida poseen cilios, cuya funcin en
movilidad y alimentacin
poseen dos clases de ncleos: micro y macroncleo
Algunos son parsitos, pero no es la forma habitual del
grupo
 Taxonoma clsica
Protozoos
4. Esporozoos
Parsitos obligados, inmviles en estado adulto.
Toman alimento disuelto en fase acuosa a travs de la
envoltura celular
Forman esporozoitos (no son como las esporas de
hongos), implicados en la transmisin al nuevo
hospedador.
Pueden parasitar animales vertebrados como
invertebrados, incluido en hombre
 Taxonoma clsica
Hongos

-Eucariotas
-Poseen pared celular
-Esporas de diverso tipo
-Ocupan Diversos hbitats: agua dulce, mar. La
mayora son terrestres, habitan mat. Org. en
descomp.
-Son responsables de importantes prdidas en la prod.
frutihortcola
 Taxonoma clsica
Hongos

1- Hongos filamentosos: mohos

2- Hongos unicelulares: levaduras
3- Setas
4- Hongos mucosos
 Taxonoma clsica
Hongos
1- Hongos filamentosos: mohos
Las hifas generalmente contienen mas
de un ncleo
Esporas asexuales: conidios
Esporas sexuales: acosporas,
basidiosporas, zigosporas
 Taxonoma clsica
Hongos

2. Hongos unicelulares: levaduras

-Normalmente son ovales, esfricas o casi cilndricas
-La divisin es casi asimtrica o por gemacin. En este proceso la nueva clula
se forma como un pequeo bulto en la clula madre que crece hasta
separarse de ella

-Prosperan tpicamente en hbitat con azcares, tales como frutos, flores,

cortezas de rboles. La levadura ms conocida es Saccharomyces cerevisiae
 Taxonoma clsica
Hongos

3. Setas
Forman cuerpos fructferos (Basidiosporas) , que constituyen la parte
comestible (Setas)
las setas viven como simple micelio viviendo en el suelo, en los residuos de
hojas o troncos
cuando las condiciones del medio son favorables, generalmente los perodos
hmedos y fros, se desarrollan las setas
 Taxonoma clsica
Hongos

4. Hongos mucosos
microorganismos eucariticos que poseen similitudes fenotpicas con hongos
y protozoos.
pueden producir esporas como los hongos
pueden moverse por superficies con un movimiento flexible como las amebas
 Taxonoma clsica
Hongos
Caractersticas de valor taxonmico
Caractersticas del micelo: septado,
Caractersticas del cuerpo fructfero
Morfologa espora: forma, engrosamiento de la pared, presencia de tapn,
hifa sustentora

Foto: M. Cabello
Foto: M. Cabello
Foto: M. Cabello

Foto: M. Cabello
Foto: M. Cabello

Foto: M. Cabello
 Taxonoma clsica
Algas

un grupo diverso de organismos eucariticos que

contienen clorofila y llevan a cabo la fotosntesis
oxignica. Son unicelulares o coloniales, ramificadas o
no. Poseen clorofila

Las cianobacterias son algas?

Taxonoma clsica
Algas
 Taxonoma Molecular

1. Secuenciacin ADNr
2. Hibridacin ADN:ADN
3. Composicin cidos grasos de membrana
4. Ribotipado
Taxonoma Molecular
 Taxonoma Molecular
Ribotipado
 Taxonoma Molecular
Composicin de cidos grasos: FAME
 Taxonoma numrica

-La agrupacin de unidades taxonmicas o taxones por

mtodos numricos
-Se basa en la determinacin de un gran nmero de caracteres
(morfolgicos, ecolgicos, metablicos, moleculares,
secuencias, etc.) todos ellos con el mismo peso relativo
-La similitud es funcin de la proporcin de caracteres comunes
 Taxonoma numrica

Se determina el coeficiente de semejanza

a+d
a+b+c+d
a: nmero de caracteres positivos en ambas cepas
b: nmero de caracteres positivos slo en la cepa 1
c: nmero de caracteres positivos slo en la cepa 2
d: nmero de caracteres negativos en ambas cepas
 Taxonoma numrica

Disimilitud
 Manual de Bergey
es un compendio de informacin estndar y molecular de todas las especies
reconocidas de procariotas

Cuando se asla un microorganismo y se cree que es una especie o genero

diferente:

1- publicar en Journal of Systematic Evolutionary Microbiology (IJSEM),

publicacin oficial de los registros de taxonoma y clasificacin de
procariotas y levaduras
2- se deposita un cultivo viable del organismo en dos colecciones de cultivo,
tales como la alemana y la americana:
American Type Culture Collection (ATCC, Coleccin Americana de
cultivos tipo, Manasas, Virginia, USA) y
Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zelkuturen
(DSMZ, Coleccin Alemana de Microorganismos; Braunschweig, Alemania).

The Prokaryotes (http://www.prokaryotes.com)

 Clasificacin artificial
Desventajas de una clasificacin artificial

No permite inferir propiedades

No permite comprender microorganismos que

no se han cultivado en el laboratorio

No permite estudiar el origen y evolucin de

funciones celulares (resistencia a antibiticos,
aerobiosis, fotosintesis)
 Clasificacin natural

Estructura los organismos en taxones cuyos

miembros reflejan tanto como sea posible su
naturaleza biolgica

Es ventajosa si adems establece relaciones

evolutivas
 Clasificacin polifsica

Es la tendencia moderna. Consenso en la integracin

de distintos tipos de caracteres:

-Clsicos
-Moleculares
-Filogenticos
Todas las imgenes son con fines didcticos
Ayud. Prof. Ing. Agr. Juan E. Silberman
FAyA UNSE
2014