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Ribeiro Preto
2009
FICHA CATALOGRFICA
Charles Chaplin
AGRADECIMENTOS
The extra-axial brain tumors have extra-brain localization and in most of the time
they are benign, meningiomas, schwannomas and metastasis are included in this group.
The appearance of a tumor occurs because of the accumulation of genetic and
epigenetic alterations in the cells. In order to understand the molecular mechanism of
the tumor progression and the metastasis formation it is important to identify the genes
that accumulate the alterations. Thereby, the objective of this study was to analyze the
methylation profile of the genes TP16, TP53, DAL-1, GSTP-1, MEN-1, NDRG2 and
the DNA methyltransferases 3A, 3B and 3L and their association with the extra-axial
brain tumors. Another purpose was to determine, in a case-control study, the roles of the
TP53 Pro47Ser and Arg72Pro, EGF + 61, GSTP-1 Ile105Val and WRN Cys1367Arg
SNPs in the development and prognosis of these tumors. We used the MSP to screen the
hypermethylation profile and we observed no association between the DNMTs activity
and the hypermethylation of the tumors. We also did not find association between the
methylation of the DNMTs de novo and alterations in the methylation profile of the
genes TP16, TP53, DAL-1, GSTP-1, MEN-1 and NDRG2. We observed that TP53
hypermethylation was associated with the high grade tumors, a poor response to the
treatments and, consequently, the high number of obits. The TP16 methylation was
involved with the shwannomas formation and the NDRG2 gene was involved in the
meningiomas progression. For the polymorphism analysis, we used the PCR-RFLP
technique and we observed differences in the genotype distributions between cases and
controls of TP53 Pro47Ser and Arg72Pro, EGF + 61 and GSTP-1 Ile105Val SNPs,
where the variants Ser47, Pro72, EGF G61 and Val105 were more frequent in patients
than in controls. Thus, these variants can be important factors of susceptibility to the
tumor development.
O genoma humano contm mais de 23.000 genes que devem ser expressos em
clulas especficas e em tempos precisos. As clulas administram a expresso de genes
atravs do empacotamento do DNA ao redor dos octmeros de histonas que formam os
nucleossomos. Esses nucleossomos so organizados na cromatina. Mudanas na
estrutura da cromatina influenciam a expresso gnica de forma que os genes so
inativados quando a cromatina condensada e so expressos quando a cromatina est
aberta. Esse dinamismo do estado da cromatina controlado por padres epigenticos
reversveis de metilao do DNA e modificaes histnicas (Rodenhiser and Mann,
2006).
A informao gerada pelas ilhas CpG hipermetiladas tem significado funcional
somente no contexto da cromatina. Desde sua descoberta, a metilao do DNA tem sido
associada com o estado transcricional inativo da cromatina; contudo, os mecanismos
pelos quais a metilao do DNA atua dentro da cromatina inativa esto sendo
desvendados atualmente (Esteller, 2005a). Embora a metilao controle a atividade
gnica, somente esse processo insuficiente para reprimir a transcrio. A estrutura da
cromatina tambm contribui para determinar se os genes sero transcritos ou
reprimidos.
A estrutura da cromatina no metilada, em que os genes so transcricionalmente
ativos, difere da estrutura metilada dos genes silenciados. Tanto a estrutura do
nucleossomo quanto a acetilao das histonas afetam a estrutura da cromatina e
auxiliam na regulao da transcrio. Em ilhas CpG que no esto metiladas, o
nucleossomo apresenta uma configurao mais aberta do que nas metiladas, permitindo
acesso a fatores que favorecem a transcrio. Quando as ilhas CpG esto
hipermetiladas, como na heterocromatina, o nucleossomo torna-se fortemente
compactado, inibindo o acesso de protenas regulatrias que promovem a transcrio
(Fuks et al, 2001; Baylin, 2005).
As DNMTs atuam na regulao do silenciamento gnico, unindo a metilao da
regio promotora do DNA, o recrutamento de histonas desacetilases (HDACs) e outras
protenas ligadas cromatina por stios promotores, para manter a desacetilao das
histonas. O estado de acetilao das histonas importante para controlar a estrutura da
cromatina e regular a transcrio gnica.
Primeiramente, protenas ligantes ao grupo metil CpG (MeCPs) so recrutadas e
reconhecem as ilhas CpG metiladas, pois apresentam um domnio de ligao aos stios
metil CpG (MDB) que tem afinidade por DNA metilado. MeCP1 e MeCP2 foram as
primeiras protenas dessa classe descritas. Enquanto MeCP1 foi identificada como um
amplo complexo multiproteco, MeCP2 um nico polipeptdeo com afinidade por
dinucleotdeos CpG metilados (Meehan et al, 1992; Fraga et al, 2003). Em 1997 foi
descoberto que MeCP2 reprime a transcrio do DNA metilado atravs do recrutamento
de complexos contendo histonas desacetilases. Esta descoberta estabeleceu um
mecanismo de conexo entre a metilao do DNA e a represso transcricional pela
modificao da cromatina (Jones et al, 1998).
Num passo seguinte, as DNMTs juntamente aos MDBs recrutam enzimas
histonas metiltransferases (HMTs) que so responsveis por modificar a lisina 9 das
histonas H3. Nas ilhas CpG hipermetiladas de um gene supressor tumoral, essa
seqncia de recrutamentos de mltiplos repressores levam a um padro de
modificaes de protenas histnicas caracterstico, que definido pela desacetilao
das histonas H3 e H4, metilao da lisina 9 da histona H3 e demetilao da lisina 4 da
histona H3 (Figura 2) (Stirzaker et al, 2004; Esteller, 2005a).
Estudos determinaram que a metilao de resduos especficos da histona H3 so
crticos para a manuteno da configurao apropriada da cromatina. A metilao de
resduos de lisina 9 em H3 facilita a represso transcricional; j a metilao da lisina 4
em H3 est associada com a eucromatina transcricionalmente ativa (Jenuwein and Allis,
2001; Nakayama et al, 2001). Muitas dessas modificaes nas histonas ocorrem em
extenses localizadas em suas caudas N terminais e a especificidade no padro das
modificaes levou pesquisadores a proporem a hiptese de um cdigo de histonas;
por exemplo, as ilhas CpG hipermetiladas dos genes supressores tumorais desenvolvem
um cdigo de histonas caracterstico, composto por padres de hipoacetilao e
metilao das histonas (Turner, 2002).
Figura 2: Estrutura da cromatina, padro de modificao das histonas e recrutamento de mltiplos
repressores em ilhas CpG hipermetiladas de um gene supressor tumoral. DNMT =DNA metiltransferase;
HDAC = histona desacetilase; HMT = histona metiltransferase; MeCP2 = protenas ligadas metil CpG; ,
Ac = acetilao das histonas e Me = metilao das histonas (Esteller, 2005a).
1.5 METILAO DO DNA E CNCER
2.6 SEQUENCIAMENTO
Figura 4: Visualizao das amostras submetidas tcnica MSP em gel de poliacrilamida. LD (ladder
marcador de peso molecular), M (amostras metiladas), U (amostras no-metiladas).
Tabela 2: Anlise do perfil de hipermetilao obtido nas 90 amostras de tumores extra-
axiais estudadas.
ID TP16 TP53 GSTP DAL1 MEN1 NDRG DNMT3A DNMT3B DNMT3L
SN15 U U U U U U M M U
SN17 M U U U U U U M U
SN19 M U U U U U M M U
SN23 U M M U M M M M U
SN31 U M M U M M M M U
SN32 U U U M U U M M U
SN33 U M U U M U M M U
SN39 M U M U U M U M U
SN43 U M U U U U M M U
SN46 U U M U U M M M U
SN54 U U U U U U U M U
SN57 M U U U U M M U U
SN71 M M U U U U U M U
SN72 U M M M U M M M U
SNA03 U U U U U U M M U
SNA06 U U M U U M M M U
SNA08 U U U U U M M M U
SNB02 U M M U U U M U U
SNB03 U U U U U U M M U
SNB05 U U M U U U M M U
SNB06 M U U U U M U U U
SNB09 U M M U M U M M U
SNB10 U U U U U M U U U
SNB11 U U U U U U M M U
SNB23 U M U U M U U M U
SNB26 U M U U U M M M U
SNB27 U M U U U U U M U
SNB29 U U U U U M M M U
SNB32 U U U U U M M M U
SNB33 U U U U M U U U U
SNB36 U U U U U U M M U
SNB38 U M U U U U M M U
SNB43 M U U M U M U M U
SNB44 M M U M U U U U U
SNB45 M U U U M U U M U
SNB48 U U U U U M U M U
SNB53 M M U U U M U M U
SNB54 U M M M U U M M U
SNB55 U M U U U U M M U
SNB58 M U M M U U M U U
SNB61 U U M M U U U M U
SNB66 U M U M U U M M U
SNB71 U M U U U U M M U
SNB73 U U M M U M M U U
SNB75 M U M M U U U M U
SNB79 M M U M M M M M U
SNB81 U U U M U U M M U
SNB82 U U U U U U M M U
SNB85 U M U M U M U U U
SNB87 M M U M U M U M U
SNB88 U U U U U U U M U
TP16 TP53 GSTP DAL1 MEN1 NDRG DNMT3A DNMT3B DNMT3L
SNB94 M U U M M M M M U
SNB101 U M M M U M M M U
SNB102 U U U M U M M M U
SNB110 U U U M U M M M U
SNB111 U M U M M U M M U
SNB112 U U U U U U M M U
SNB119 U M U M U M M M U
SNB120 U M U U M U U M U
SNB124 U U U U U U M U U
SNB128 U U M U U M M M U
SNB136 U M U M U U M U U
SNB137 U M U U U M M M U
SNB144 U U M U U M U U U
SNB146 U M U M U M M M U
SNB147 M M U U U M M M U
SNB152 M M M U U M M M U
SNB153 M U U M U M M M U
SNB155 M U U U U M M M U
SNB169 M U U U U U U U U
SNB179 U U U U U M U M U
SNB183 M M U U M M U M U
SNB184 U U M U M M M M U
SNB187 U U M U M M M M U
SNB188 U U U U U M U M U
SNB203 M U U U U M M U U
SNB206 U U U U U U M M U
SNB207 U U U U U M U M U
SNB211 U M U M U M U M U
SNB212 M M U M M U U M U
SNB213 U U U U U U U M U
SNB215 U M U U M M M M U
SNB221 U U M M U M U M U
SNB223 U U M U U U U M U
SNB224 M U U U M U U M U
SNB226 U M U U M M M M U
SNB227 U U U U U M M M U
SNB231 U M U U U M U M U
SNB232 U U U U U M M M U
SNB234 U U M U U M M M U
Continuao tabela 2. ID (identificao das amostras), M (metiladas), U (no-metiladas).
Atravs da anlise estatstica pudemos observar que no existe associao entre
o perfil de metilao das DNA metiltransferases com o perfil de metilao dos demais
genes (p>0,05). Com exceo das DNA metiltransferases, todos os outros seis genes
estudados estavam metilados em pelo menos 20% das amostras: NDRG2 (53,3%), TP53
(40%), DAL-1 (29%), TP16 (26,6%), GSTP-1 (25,5%) e MEN-1 (20%), como est
apresentado na figura 5. Nenhum dos seis genes estudados estava metilado nas duas
amostras de tecido normal.
Figura 6: Nmero total de amostras metiladas e no-metiladas para os genes Tp16, Tp53, GSTP-1, DAL-
1, MEN-1 e NDRG2 em Meningiomas (A), Schwanomas (B) e Metstases (C).
Grau de Malignidade
Benignos 30% 37% 30% 30% 18% 57%
Malignos 16% 48% 24% 12% 24% 44%
Sexo
Feminino 29% 43,5% 33% 29% 22% 58%
Masculino 23% 34% 23% 20% 17% 46%
Status Vital
Bom 33% 36% 29% 23% 16% 54,5%
bito 17% 46% 28.5% 28,5% 26% 51,5%
4. DISCUSSO
Alteraes no padro de metilao do DNA, como a hipermetilao da regio
promotora de genes supressores tumorais, constituem importantes alteraes
epigenticas envolvidas na perda da regulao de muitos processos celulares que podem
levar formao e progresso de muitos cnceres humanos (Weinhold, 2006).
Em mamferos, a metilao do DNA essencial para o desenvolvimento
embrionrio normal, regulao da expresso gnica, inativao do cromossomo X,
imprinting genmico, modificaes na cromatina e silenciamento de retrovirus
endgenos. Esse processo catalizado pelas DNA metiltransferases. Estas enzimas
atuam na iniciao do remodelamento da cromatina e na regulao da expresso gnica.
As DNA metiltransferases de mamferos so DNMT1, DNMT3A e DNMT3B que,
ligadas a outras protenas, juntamente DNMT3L, so responsveis pela aquisio do
padro de metilao durante a gametognese, embriognese e desenvolvimento do
tecido somtico (Jair et al, 2006).
A DNMT1 necessita que o DNA alvo esteja hemimetilado para sua mxima
eficincia. Ela se encontra ativa em clulas diferenciadas de tecidos especficos,
indicando que esta enzima responsvel pela manuteno do padro de metilao do
DNA, que foi estabelecido durante o desenvolvimento embrionrio (Hermann et al,
2004). As DNMTs 3A, 3B e 3L so conhecidas como DNA metiltransferases de novo,
pois so responsveis por estabelecerem o padro de metilao do genoma humano sem
a necessidade de que o DNA esteja hemimetilado (Gowher et al, 2005).
As DNA metiltransferases tambm apresentam ilhas CpG em suas regies
promotoras. Com base nessa informao, analisamos o perfil de metilao das DNMTs
3A, 3B e 3L e tentamos correlacionar o padro de metilao destas com os demais
genes estudados. Nossos resultados indicaram que, assim como nos controles, a maioria
das amostras tumorais apresentaram as DNMTs 3A e 3B metiladas (63% e 84%
respectivamente), enquanto que 100% das amostras apresentaram DNMT3L no
metilada; porm, a DNMT3L sozinha no capaz de metilar dinucleotdeos CpG, pois
ela atua ligada s demais DNMTs.
O fato de que apenas 44% das amostras estudadas apresentaram pelo menos uma
das DNMTs, 3A ou 3B, livre de metilao, pode sugerir que outra DNA
metiltransferase, como a DNMT1 seja responsvel pela metilao em clulas
cancerosas. Jair et al (2006) usaram seqncias de ilhas CpG humanas como substrato
para avaliar o padro de metilao de novo em clulas cancerosas. Eles modificaram
geneticamente as clulas de forma que elas se tornaram deficientes na expresso das
DNMTs 3A e 3B, e puderam observar que houve um aumento da atividade enzimtica
de DNMT1, e esta foi responsvel por iniciar o processo de hipermetilao nessas
clulas. Quando comparamos o padro de metilao das DNA metiltransferases aos
demais genes estudados, no observamos nenhuma associao estatsticamente
significativa, indicando que a presena das DNMTs no metiladas ocorre de forma
aleatria dentre os demais genes estudados, ou ainda, que esta falta de metilao pode
estar relacionada ao padro de metilao de outros genes no estudados por ns.
Um grande nmero de alteraes epigenticas est relacionado ao processo de
carcinognese, afetando principalmente genes supressores tumorais, oncogenes, genes
que regulam a apoptose e genes de reparo. A represso dos genes pela metilao das
ilhas CpG localizadas na regio promotora do gene, a alterao epigentica mais
freqente, na qual a estrutura do DNA afetada, enquanto o cdigo gentico continua
intacto. Dessa forma, caracterizar a maior quantidade possvel de genes que sofrem
hipermetilao na regio promotora, tornou-se um mecanismo importante para a
determinao de novos marcadores tumorais que podem levar deteco precoce do
tumor, assim como auxiliar na sua classificao e prognstico e no desenvolvimento de
novas estratgias teraputicas para aumentar a expectativa de vida dos pacientes
(Abbaszadegan et al, 2008).
Na tentativa de contribuir para o aumento de informaes sobre o perfil de
metilao do DNA em clulas cancerosas, analisamos o padro de hipermetilao da
regio promotora dos genes TP16, TP53, DAL-1, GSTP-1, MEN-1 e NDRG2 em
tumores extra-axiais do sistema nervoso.
A predisposio ao cncer resultado da herana de alelos alterados de genes
que pertencem, na maioria das vezes, classe dos genes supressores tumorais. O gene
supressor tumoral mais bem estudado, TP53, est envolvido na maioria dos cnceres
humanos, incluindo os tumores cerebrais (Biros et al, 2002). P53 uma protena
multifuncional, que participa de mecanismos de resposta celular a danos no DNA e
processos de senescncia e apoptose para manter a estabilidade da clula (Kashima et al,
2007). A regio promotora de TP53 no contm uma ilha CpG bem definida, porm, a
metilao de alguns poucos stios CpG pode produzir um grande efeito de reduo na
transcrio do gene, da mesma forma que um gene supressor tumoral que apresenta uma
ilha CpG clssica em sua regio promotora (Sidhu et al, 2005).
A perda de atividade de TP53, que resulta na diminuio do processo de
apoptose em resposta a danos no DNA, um mecanismo muito comum de
sobrevivncia que as clulas tumorais adquirem. Um dos caminhos mais comuns de
inativao do gene atravs de mutaes ou delees; porm, em alguns tipos de
tumores, essas alteraes so raras. Em mieloma, por exemplo, a hipermetilao de
TP53 um dos mecanismos de inativao que ocorrem com maior freqncia (Hurt et
al, 2006).
A metilao do DNA de TP53 um mecanismo de silenciamento gnico
frequentemente observado em neoplasias como leucemias, gliomas malignos e
metstases cerebrais de tumores slidos (Lima et al, 2008). Kang et al (2001) estudaram
o padro de metilao de TP53 em carcinomas mamrios e observaram que 16% das
amostras estavam metiladas. Em leucemia linfoblstica aguda, Agirre et al (2003)
encontraram a presena de metilao de TP53 em 32% dos casos analisados. Amatya et
al (2005) observaram que a metilao de TP53 freqente em gliomas de baixo grau;
eles observaram que 60% dos astrocitomas de baixo grau, 61% dos oligoastrocitomas e
73% dos oligodendrogliomas analisados estavam metilados. Ns observanos neste
trabalho que a metilao do gene TP53 pode ser um importante evento relacionado aos
tumores extra-axiais, uma vez que, 37,5% dos meningiomas, 35% dos schwanomas e
53% das metstases estavam hipermetiladas; 48% dos tumores malignos analisados
apresentaram TP53 metilado. Esses resultados sugerem que a metilao de TP53 pode
estar envolvida na progresso tumoral.
Um dos checkpoints de controle do ciclo celular mais importante est localizado
entre as fases G1 e S e, entre os genes que regulam essa passagem, est o TP16. A perda
de atividade desse gene pode romper a cascata regulatria do ciclo celular e permitir
uma proliferao celular irrestrita. Alteraes nessa cascata ocorrem frequentemente nos
cnceres humanos por inativao da funo de genes como o TP16 (Belinsky et al,
1998).
Diferentes mecanismos so sugeridos como responsveis pela diminuio dos
nveis celulares de p16, incluindo delees homozigotas, mutaes de ponto e metilao
da regio promotora. Os dois primeiros mecanismos ocorrem em menos de 10% dos
tumores (Lee et al, 1997). A freqncia de metilao da regio promotora de TP16 varia
entre os diferentes tipos tumorais. Estudos apresentaram hipermetilao de TP16 em
16,2% de tumores de prstata, 18% de adenocarcinomas pancreticos, 20% de
carcinomas de esfago, 25% de tumores coloretais espordicos, 29% de tumores de
cabea e pescoo, 36% de adenocarcinomas e 71% de carcinomas de pulmo (Fujiwara
et al, 2008).
Neste trabalho, ns encontramos hipermetilao de TP16 em 23% dos
meningiomas, 10.5% das metstases e 48% dos schwanomas estudados. Nossos dados
esto de acordo com outros trabalhos, no que diz respeito heterogeneidade das
freqncias observadas nos diferentes tipos tumorais. Gonzles-Gomes et al (2003)
analisaram o perfil de metilao entre amostras de schwanomas e observaram uma
freqncia de metilao de 11,3% do gene TP16. Esta diferena entre as duas
freqncias pode ser devido ao nmero amostral, pois eles analisaram 44 amostras e ns
apenas 23, ou ainda devido a diferenas nos pares de primers; pode ser que os primers
construdos por ns apresentem uma maior abrangncia de dinucleotdeos CpG, e por
este motivo foi detectada uma freqncia maior de metilao entre os schwanomas. Esta
variao no padro de metilao de TP16 pode ser observada tambm entre outros
tumores: em cncer gstrico, por exemplo, Lima et al (2008) encontraram 30.43% das
amostras metiladas, enquanto Abbaszadegan et al (2008) observaram 62.5% das
amostras metiladas. Esses dados poderiam indicar que a variao observada pode ser
um fator regional.
Em meningiomas, Bello et al (2004) observaram que 17% das amostras estavam
metiladas, resultado bem prximo aos 23% encontrados por ns. Em relao s
metstases, no encontramos outros trabalhos que fazem referncia a hipermetilao do
gene TP16 De qualquer forma, analisando nossas amostras, podemos sugerir que, em
tumores extra-axiais do sistema nervoso, a metilao de TP16 parece estar associada aos
tumores de baixa malignidade, onde observamos 30% das amostras metiladas em
comparao aos 16% de amostras malignas.
O NDRG2 (N-myc downstream regulated gene 2) normalmente expresso no
crebro, corao e msculos. NDRG2 foi descrito como um gene supressor tumoral que
est envolvido no crescimento celular, diferenciao, apoptose e no estmulo de
mineralocorticides nos rins; nveis alterados da protena so encontrados no crebro de
pacientes com doena de Alzheimer, sugerindo um importante papel deste gene na
neurodegenerao (Deng et al, 2003).
Lusis et al (2005) buscavam mapear genes envolvidos na progresso de
meningiomas e observaram que a maioria das amostras tumorais estudadas apresentou
perdas dos nveis de expresso de NDRG2, sendo que o mecanismo responsvel por
essa inativao era a hipermetilao do DNA. Foi observado que a metilao foi
encontrada com maior freqncia entre os meningiomas mais agressivos; 70% dos
meningiomas anaplsicos estavam metilados.
Nossos resultados mostraram que o NDRG2 foi o gene mais freqentemente
hipermetilado. Mais de 53% dos tumores extra-axiais estudados estavam metilados. De
acordo com outros trabalhos, ns pudemos observar uma forte correlao entre a
hipermetilao do gene e a progresso de meningiomas, pois encontramos 67% dos
meningiomas metilados e, quando analisamos apenas os mais agressivos, pudemos
observar que 100% dos meningiomas anaplsicos estavam metilados. Tepel et al (2008)
analisaram o perfil de hipermetilao de NDRG2 na progresso de gliomas e
observaram que 62% dos glioblastomas estudados estavam metilados, enquanto apenas
9% dos astrocitomas anaplsicos e nenhuma amostra de gliomas de baixo grau estavam
metilados. Assim, eles puderam observar que a hipermetilao de NDRG2 pode estar
associada tambm progresso de tumores gliais.
GSTP-1 pertence famlia das Glutationas S-transferases, que so enzimas
responsveis pela desintoxicao de uma grande quantidade de xenobiticos. Esses
genes catalisam a conjugao da glutationa a componentes eletroflicos, incluindo
carcingenos qumicos, compostos mutagnicos e agentes anti-cncer, e protegem as
clulas prevenindo a formao de danos oxidativos atravs de sua atividade peroxidase
orgnica (Esteller et al, 2001).
A hipermetilao da regio promotora de GSTP-1 um importante mecanismo
de inativao do gene em vrias neoplasias humanas, incluindo tumores de prstata,
mama e rins. Esteller et al (1998) analisaram o perfil de metilao de GSTP-1 em 18
meningiomas, e no encontraram nenhuma alterao epigentica nessas amostras.
Porm, Liu et al (2005) observaram que 32% de suas amostras de meningiomas atpicos
e 54% dos anaplsicos apresentaram GSTP-1 metilado. Ns no encontramos nveis
significativamente elevados de metilao de GSTP-1 nos tumores extra-axiais; pouco
mais de 25% das amostras estavam metiladas e, em oposio aos dados acima, em
nossas amostras, a hipermetilao de GSTP-1 parece estar mais relacionada aos tumores
de menor grau de malignidade, pois a maior freqncia encontrada foi entre os
schwanomas (39%), que so classificados como benignos de acordo com a Organizao
Mundial de Sade. GSTP-1 parece estar fortemente metilado em outros tipos de
tumores, como prstata e mama. Recentemente, a hipermetilao de GSTP-1 foi
significativamente associada ao tamanho do tumor, ao aparecimento de metstases nos
linfonodos e mdia de sobrevivncia em portadores de cncer de mama. Ronneberg et
al (2008) encontraram metilao do gene em 71% dos tumores de mama analisados.
Uma das regies mais freqentemente relacionadas tumorignese de
meningiomas est localizada no cromossomo 22 e refere-se ao gene NF2. Indivduos
que apresentam NF2 alterado podem desenvolver vrios tumores relacionados ao
sistema nervoso. O gene DAL-1 pertence mesma famlia de NF2. Esta famlia
apresenta nveis de expresso extremamente altos em clulas do sistema nervoso
normal. DAL-1 tem 73% de homologia com NF2 e parece haver uma freqente perda
de expresso tambm de DAL-1 entre tumores de pulmo, crebro e mama (Gutmann et
al, 2000). Experimentos demonstraram que a reintroduo de DAL-1 em linhagens de
clulas de carcinoma de pulmo, mama e meningiomas resultaram na supresso do
crescimento tumoral. Estudos caracterizaram perdas da expresso de DAL-1 em 38%
dos carcinomas de pulmo e em 76% dos meningiomas, propondo que perdas de
expresso de DAL-1 sejam um passo inicial na tumorignese de meningiomas (Yi et al,
2005). Com base nessas informaes, analisamos o perfil de metilao de DAL-1 para
tentar identificar se o mecanismo responsvel pela forte perda de expresso gnica est
associado a alteraes epigenticas.
De acordo com nossos resultados, aproximadamente 29% do total dos tumores
analisados apresentaram hipermetilao de DAL-1; a freqncia obtida ficou bem
abaixo dos resultados obtidos em outros trabalhos, indicando que outros mecanismos de
inativao podem estar atuando. Quando separamos as diferentes classes tumorais,
podemos observar que 29% dos meningiomas, 35% dos schwanomas e 21% das
metstases analisadas estavam metiladas. A hipermetilao da regio promotora de
DAL-1 encontrada com freqncia em tumores de pulmo. Tsujiuchi et al (2007)
observaram metilao de DAL-1 em 55% dos tumores primrios de pulmo e em 33%
das linhagens celulares estudadas. A hipermetilao de DAL-1 tambm foi observada
em 45% dos carcinomas renais estudados pelo mesmo grupo de pesquisadores e eles
sugeriram que a metilao nesse gene aumenta gradualmente com a progresso tumoral.
Em nosso grupo de amostras, no encontramos nenhuma associao significativa entre a
metilao de DAL-1 e a progresso tumoral.
Poucas informaes so encontradas sobre o gene MEN-1 em tumores do
sistema nervoso. Sabe-se que alteraes nesse gene so responsveis pelo
desenvolvimento da sndrome neoplasias endcrinas mltiplas, na qual esto
envolvidas a formao de hiperplasias na paratireide, tumores pancreticos e adenomas
de hipfise. As alteraes relacionadas a este gene mais bem estabelecidas so perda de
heterozigose e mutaes do gene em carcinoma de pulmo, timo e gstrico, lipomas e
tumores cutneos. Observamos uma freqncia de metilao relativamente baixa entre
as amostras estudadas por ns; apenas 20% dos tumores extra-axiais estavam metilados.
Do total de meningiomas, apenas 23% estavam metilados, e esta freqncia foi ainda
menor entre schwanomas e metstases, abrangendo 17% e 16% das amostras,
respectivamente. Com base nesses dados, podemos sugerir que a hipermetilao da
regio promotora de MEN-1 no um evento significativamente associado gnese e
progresso desses tumores.
5. CONCLUSES
Atravs dos resultados obtidos pudemos concluir que a metilao do DNA no
o principal mecanismo responsvel pela regulao das DNA metiltransferases 3A, 3B e
3L. A atividade destas trs enzimas no est intimamente associada metilao dos
tumores extra-axiais e ainda, os perfis de metilao das DNMTs de novo no esto
associados com alteraes no padro de metilao dos genes TP16, TP53, DAL-1,
GSTP-1, MEN-1 e NDRG2.
A metilao de TP53 foi observada com freqncia entre os tumores de maior
grau de malignidade, sugerindo que a metilao de TP53 pode estar envolvida na
progresso tumoral. Tambm observamos uma correlao entre a hipermetilao de
TP53 e a ineficincia da resposta a tratamentos como quimio e radioterapia. Entre os
pacientes que foram a bito, a grande maioria apresentou TP53 metilado.
Em relao ao gene TP16, pudemos observar uma heterogeneidade nas
freqncias entre os diferentes tipos de tumores e graus de malignidade, indicando que a
hipermetilao de TP16 ocorre de forma aleatria entre os tumores extra-axiais, fato que
foi observado tambm entre os genes DAL-1, GSTP-1 e MEN-1.
O gene mais freqentemente metilado dentre as amostras analisadas foi o
NDRG2, no qual observamos que a perda de expresso por hipermetilao de sua regio
promotora est associada principalmente com a progresso de meningiomas.
Devido heterogeneidade e a ausncia de especificidade, observadas entre os
genes estudados e os diferentes tipos tumorais, no foi possvel traar um perfil de
silenciamento dos genes e sua relao com a progresso desses tumores, para tal
finalidade, necessrio avaliar o perfil de metilao de um nmero maior de genes.
Apenas pudemos observar que TP53 foi observado metilado com maior freqncia entre
tumores metastticos, TP16 apresentou-se mais metilado entre os schwanomas e
finalmente, a hipermetilao de NDRG2 est relacionada principalmente aos
meningiomas.
Atravs da alta freqncia de metilao observada nas amostras estudadas,
pudemos concluir que a hipermetilao das ilhas CpG na regio promotora dos genes
em questo um importante mecanismo de inativao gnica entre os tumores extra-
axiais do sistema nervoso.
III. INFLUNCIA DE SNPs EM
TUMORES EXTRA-AXIAIS DO
SISTEMA NERVOSO
1. INTRODUO
1.1 POLIMORFISMOS DE BASE NICA (SNPs)
O objetivo deste trabalho foi avaliar, por PCR-RFLP, a associao dos SNPs
TP53 Pro47Ser, Arg72Pro, WRN Cys1367Arg, EGF+61 e GSTP-1 Ile105Val na
suscetibilidade ao desenvolvimento e/ou progresso de tumores extra-axiais do sistema
nervoso. Comparar os gentipos entre as populaes caso e controle para identificar
relaes entre os polimorfismos e a gnese tumoral e ainda, comparar e relacionar os
gentipos dos pacientes com variveis como idade, sexo, grau e subtipo tumoral e
resposta a tratamentos. E por fim, avaliar a influncia dos gentipos analisados sobre a
taxa de sobrevida dos pacientes.
2. MATERIAIS E
MTODOS
2.1 AMOSTRAS
Tabela 1: Seqncia dos primers para a amplificao dos SNPs TP53 Pro47Ser, Arg72Pro, EGF+61,
GSTP-1 Ile105Val e WRN Cys1367Arg .
Tamanho Produto PCR
Gene Primer Seqncia (5 3)
(pb) (pb)
Pro47Ser-F CTG GTA AGG ACA AGG GTT GG 20 201 e
Pro47Ser-R TCA TCT GGA CCT GGG TCT TC 20 185
TP53
Arg72Pro-F GAA GAC CCA GGT CCA GAT GA 20
152
Arg72Pro-R CTG CCC TGG TAG GTT TTC TG 20
Ile105Val-F CCT GCT CCC CTC CAC CCA AC 20
GSTP 180
Ile105Val-R GCC CCT TTC TTT GTT CAG C 19
Cys1367Arg-F GAC ACG TAC CTT ATC CAC ATG G 22
WRN 119
Cys1367Arg-R GAA CAG ATC TCT TCA GAA CCG G 22
F GAG AAA CTG TTG GGA GAG GAA 21
EGF 175
R GCA GGG CTG TTA AAC TCT GTG A 22
pb (pares de base), F (forward), R (reverse)
2.4 REAO EM CADEIA DA POLIMERASE (PCR)
Tabela 2: Programas de PCR para amplificao dos SNPs TP53 Pro47Ser, Arg72Pro, WRN Cys1367Arg,
EGF+61 e GSTP-1 Ile105Val.
Programa
Gene Passos Temperatura Tempo Ciclos
Desnaturao Inicial 95 C 3 min 1 vez
TP53 Pro47Ser
Desnaturao 95 C 30 sec
e
Anelamento 54 C 30 sec 35 vezes
TP53 Arg72Pro
Extenso 72 C 30 sec
Desnaturao Inicial 95 C 3 min 1 vez
Desnaturao 95 C 30 sec
GSTP Ile105Val Anelamento 60 C 30 sec 35 vezes
Extenso 72 C 30 sec
Extenso Final 72 C 3 min 1 vez
Desnaturao Inicial 95 C 3 min 1 vez
Desnaturao 95 C 30 sec
WRN Cys1367Arg Anelamento 58 C 30 sec 35 vezes
Extenso 72 C 30 sec
Extenso Final 72 C 3 min 1 vez
Desnaturao Inicial 95 C 3 min 1 vez
Desnaturao 95 C 30 sec
EGF+61 Anelamento 55 C 30 sec 35 vezes
Extenso 72 C 30 sec
Extenso Final 72 C 3 min 1 vez
Os produtos da PCR foram submetidos eletroforese em gel de agarose
(Amersham Biosciences) e corados com brometo de etdio, na concentrao de 2%. A
eletroforese foi realizada em cuba horizontal com corrente de 150 V e os fragmentos
amplificados foram visualizados em transiluminador (modelo FBDLT-88, Fisher
Scientific) com fonte de luz ultravioleta.
Aps amplificao das regies de interesse dos SNPs TP53 Pro47Ser, Arg72Pro,
EGF+61, GSTP-1 Ile105Val e WRN Cys1367Arg, os produtos da reao foram
submetidos ao procedimento de RFLP (restriction fragment length polymorphisms),
incubados na presena das enzimas Msp I, BstU I, Alu I, BsmA I e Pml I (New
England, BioLabs, Inc.), respectivamente, de acordo com as condies listadas na
Tabela 3.
Tabela 3 Condies para a digesto enzimtica dos produtos de PCR contendo os SNPs TP53
Pro47Ser, Arg72Pro, EGF+61, GSTP-1 Ile105Val e WRN Cys1367Arg.
Polimorfismo
TP53 Pro47Ser TP53 Arg72Pro WRN Cys1367Arg EGF+61 GSTP Ile105Val
0,2 L de Msp I 0,2 L de BstU I 0,2 L de Pml I 0,2 L de Alu I 0,2 L de BSMA I
Enzima
(4 U) (2 U) (4 U) (10 U) (10 U)
Tampo 1,5 L 1,5 L 1,5 L 1,5 L 1,5 L
BSA ---- ---- 0,15 L ---- ----
Produto PCR 3 L 3 L 3 L 3 L 3 L
gua 10,3 L 10,3 L 10,15 L 10,3 L 10,3 L
Total 15 L 15 L 15 L 15 L 15 L
Temperatura e
Tempo de 37 C por 4 horas 60 C por 4 horas 37 C por 4 horas 37 C por 16 horas 55 C por 5 horas
Incubao
Temperatura e
Tempo de 65 C por 20 min. ---- 65 C por 20 min. 65 C por 20 min 80 C por 20 min
Inativao
Figura 1 Stios de restrio reconhecidos pelas enzimas Msp I (a), BstU I (b), Pml I (c), Alu I
2.6 SEQUENCIAMENTO
As populaes caso e controle foram testadas quando ao seu equilbrio pela lei
de Hardy-Weinberg, utilizando-se o programa TFPGA 1.3 (Miller, 1997). Para verificar
se a distribuio dos gentipos dos SNPs semelhante entre as duas populaes e se a
distribuio de idade, sexo, status vital, grau e subtipo tumoral semelhante entre a
populao de pacientes foi utilizado o teste do Qui-Quadrado ou o teste Exato de Fisher
(F), quando necessrio.
Para avaliar a influncia dos gentipos dos SNPs na taxa de sobrevida dos
pacientes, foram construdas curvas de Kaplan-Meier para cada uma das categorias das
variveis. A comparao para verificar se uma ou outra categoria aumenta ou no a
chance de sobrevida foi realizada pelo teste de Log-Rank.
3. RESULTADOS
A tabela 4 refere-se aos pacientes avaliados neste trabalho. Foram estudados 35
homens e 55 mulheres (relao M/F de 0,63), com idade variando entre 01 e 80 anos.
Os exames histopatolgicos, realizados na Fundao Pio XII Hospital de Cncer de
Barretos, revelaram 48 meningiomas, 23 schwanomas e 19 metstases; destes, 68 foram
classificados como benignos (Graus I e II) e 22 como malignos (graus III e IV). Foram
avaliados 5 polimorfismos de base nica (TP53 Pro47Ser, Arg72Pro, WRN
Cys1367Arg, EGF+61 e GSTP-1 Ile105Val).
N % N %
N % N %
Subtipo
Meningioma Schwanoma Metstase
N % N % N % p-value
TP53 Pro47Ser Pro/Pro 38 79,2 14 60,8 14 73,7
Pro/Ser 10 20,8 9 39,2 5 26,3
0,264
N % N %