27.3.3.

Bakteriofage-Rute Pedoman untuk Mendeteksi dan Menemukan Actinomycetes

Laut

Ketika medeteksi actinomycetes yang jarang, terutama derivat laut dengan frekuensinya
kelimpahan yang rendah kecuali digunakan tekanan yang selektifitasnya tinggi, taxa ini tidak
bisa diisolasi dengan mudah. Salah satu yang mendekati telah digunakan indikator spesifik fage
terhadap taxa yang ditargetkan menggunakan kedekatan perkembang biakan famili host, dan
menyediakan petunjuk seperti spesies yang ada pada lingkungan.

Ditemukan peristiwa polivalen fage Salinispora menginfeksi anggota Micrimonsporacea.

Stadler et.al. mengisolaso cinnabaramides A-G, analog lactasistin dan salinosporamide dari
streptomycete. Penemuan ini menguatkan bahwa pengenalan genus seperti Salinispora terjadi
dalam laut dan bumi pada genus ini juga sama dengan kode gen untuk produksi senyawa
bioaktif yang sama. Karena informasi yang kurang tentang urutan genetik pada genus
Micromonsporacea lain, ini belum jelas apakah diversiti produk natural adalah umum pada
famili ini atau apakah diversiti pada Salinispora berasal dari tekanan lingkungan dalam laut.

Kehadiran taxa bioaktif diindikasi dari bakteriofage dalam lingkungan sampel, mereka
juga bisa digunakan untuk mengurangi jumlah taxa yang tidak diinginkan pada plat isolasi
membuat pertumbuhan medium tersedia untuk dikonsumsi oleh organism target tanpa kompetisi.

Bakteriofage juga mengindikasi hubungan bakteri yang tidak diketahui dengan family
mereka terdekat. Kurtboke menemukan adanya interaksi bakteriofage dengan host. Contoh
termasuk strategi multipel yang ditingkatkan oleh bakteriofage dengan mengganggu
pertumbuhan bakteri. Seperti host menggabungkan strategi yang digunakan oleh bakteriofage
bisa menyediakan petunjuk terhadap dekteksi senyawa bioaktif baru seperti pembentukan fage
endolisin menjadi enzibiotik.

27.4. Seorang Australia: Mengeksplor Potensial Biosintetik Derivat Streptomycete Laut

Melalui skrining sistematik pada laut di Sunshine Coast Bagian Australia menggunakan
informasi yang berasal dari indicator fage, spesies streptomycete baru USC-633 diisolasi dari air
pantai dekat laur dengan pertumbuhan optimum pada temperature 28C. Tumbuh sangat lambat
(lebih 3-4 minggu) dalam media garam independen dan dependen dekat pantai laut.
Actinomycete sangat rentan pada suhu rendah dan segera mati jika disimpan pada suhu dingin
(seperto 4C) mengindikasi organisme ini berasal dari air laut subtropik. Investigasi rantai rRNA
menempati posisi jelas pada pohon filogenetik dan memperlihatkan hanya 68% kesamaan
dengan senyawa bioaktif streptomycete yang ain seperti DQ448742.
27.4.1. Morfologi, Fisiologi, dan Produksi Metabolit Sekunder

Isolat memperlihatkan jarak dari karakteristik pertumbuhan ketika ditumbuhkan pada

media berbeda. Hanya pada agar oatmeal (3% ekstrak ragi, 20% oat, dan 20% agar) membentuk
scarceaerial mycelium dan sporulasi diamati keduanya secara visual dan melalui mikroskopi
electron. Pada semua media lain termasuk agar Marine (Difco) digunakan untuk menumbuhkan
mikroorganisme, luas perkembangan aerial mycelium dan urutan sporulasi tidak ada bahkan
setelah 4-6 minggu inkubasi.
 Profil kimia yang jelas diperoleh pada kultur tebal isolat seperti saat ditumbuhkan pada
ekstrak ragi glukosa dan agar ekstrak gandum. Observasi ini berkorelasi dengan penemuan Ng
et.al. dimana meningkatnya produksi rifamisin terjadi setelah 31 hari pertumbuhan dengan warna
koloni yang gelap dengan S. arenicola.

Pada kebanyakan actinomycetes termasuk streotomycetes mycelia vegetative yang

secara langsung berkembangan dengan cara spora berkecambah dalam penempatan parallel dari
mycelium. Pertumbuhan struktur menyebabkan penggunaan efisien dari nutrient dalam agar
karena enzim hidrolitik yang disekresikan oleh mikroorganisme menyebabkan penggunaan
efisien dari polimer

Produksi enzim hidrolisis berhubungan dengan bioaktivitas. Dari 116 actinomycetes

sitinolitik diisolasi dari endapan laut. 85 ditemukan memiliki aktivitas antimikroba oleh Pisano
dkk. Ditemukan adanya korelasi yang kuat antara sitonolisis dan bioaktivitas. Lebih lanjut,
penambahan CaCO3 oleh Macedo dkk, menghasilkan nilai yang lebih tinggi dari aktivitas
maksimum lignin peroksidase. Agar GYM yang mengandung CaCO3 dapat memicu naiknya
aktivitas enzim dan bioaktivitas. Warna hijau gelap dihasilkan pada agar GYM oleh USC-633
mungkin berhubungan dengan kemampuan hidrolisis yang dihasilkan dari naiknya bioaktivitas.

Pewarnaan gelap merupakan data jelas dengan ko-kultur dalam okulasi denga bakteri dan
fungi lain pada lingkungan fermentasi yang padat. Bisa jadi karakteristik digambarkan oleh
pembuatan isolat yang dapat beradaptasi dengan substrat yang berbeda termasuk laut dengan
menyoroti fakta bahwa peristiwa adaptasi adalah farktor ekologi yang bisa jadi adalah respon
dari tekanan lingkungan dari pada pemisahan taksonomikal. Segera kultur diberikan pada
kondisi laut campuran bromonasi dihasilkan sebagai respon lingkungan baru.

Variasi pada center karbon aromatik dan alifatik telah dilaporkan menjadi halogenasi
selama biosintesis produk natural, dengan lebih 95% kasus menyertakan klorin dan bromine.
Magarvey dkk, menginvestigasi syarat wajib dari klade PNG 1 dan UMM518 dan
menyimpulkan bahwa merekan tidak punya syarat wajib untuk garam seperti laut yang klade
MAR 1, tetapi melakukan siklus perkembangan lengkap dalam rendaman kultur (Medium
pertumbuhan air garam mengandung 3% NaCl). Keduanya lambat menumbuhkan actinomycete
yang mampu sporulasi dibawah rendaman konsentrasi NaCl 3%, tipikal air laut, konsisten
dengan kemampuan mereka untuk tumbuh dan membelah dalam lingkungan laut.

Sering kali dilaporkan perubahan kecil dalam kultur dapat berpengaruh besar dalam
spectrum metabolit sekunder. Informasi lebih lanjut diperoleh dari studi fisiologi dapat
digunakan untuk memanipulasi produksi metabolit sekunder. Percobaan ko-kultur juga
menyediakan pengetahuan baru dalam metabolisme sekunder dan memfasilitasi perkembangan
dari pembuluh baru untuk campuran kultur fermentasi yang stabil, consortium mikroba
keseluruhan. Mikroorganisme hidup berdampingan dalam eksosistem yang kecil. Akibatnya,
komunitas mikroba memegang potensi untuk memproduksi senyawa baru melalui bermacam
sinyal, dan makan silang antara organisme yang mungkin menghasilkan produksi senyawa baru.
Burgess dkk, menjelaskan bahwa bakteri yang berhubungan dengan bintang laut dan ganggang
laut punya kemampuan untuk menghasilkan senyawa antimikroba untuk melawan bakteri laut
lain dan bakteri pathogen. Lebih lanjut, ketika ditambahkan supernatan kultur, produksi
antibiotik dalam permukaan laut berikatan dengan bakteri. Induksi spesies silang meningkatkan
aktivitas mikroba dalam bakteri laut.