Regulasi kompleks operon ara

Hampir semua rincian tentang mekanisme dimana operan lac dan trp diketahui dan
didukung oleh kumpulan data eksperimental yang ekstensif. Namun, operon lain seperti operon
araabinosa (ara) dari E.coli menunjukkan patokan peraturan yang jauh lebih kompleks yang
masih belum sepenuhnya dipahami. Dalam operon lac dan trp, produk dari gen regulator,
represor, berfungsi dengan cara yang negatif, mematikan transkripsi operon. Di sisi lain, protein
aktivator katabolisme (CAP) memberikan kontrol positif terhadap operon lac dengan
merangsang transkripsi operon. Protein pengatur utama dari operon ara menunjukkan efek
regulasi negatif dan positif pada transkripsi gen struktural operon tergantung pada kondisi
lingkungan. Selain itu, komponen peraturan yang mengendalikan transkripsi operon ara
mencakup satu elemen yang bertindak karena lebih dari 200 pasangan nukleotida dari promotor
yang membantu mengendalikannya. Meskipun semua rincian sirkuit peraturan operan ara
belum ditetapkan secara jelas, model kerja saat ini dipresentasikan di sini untuk memberi siswa
sebuah penghargaan atas kompleksitas peraturan beberapa operon bakteri.

Operon E. coli arabinosa (ara) mengandung tiga gen struktural (araB, araA dan araD)
yang mengkodekan tiga enzim yang terlibat dalam katabolisme arabinosa. Ketiga gen ini
ditransversikan pada mRNA tunggal yang dimulai pada promotor yang disebut PBAD .
(Transport aktif arabinosa ke dalam sel dilakukan dengan produk gen arE, araB dan araG. Gen
ini berada di lokasi yang cukup jauh dari operon araBAD yang diminati di sini dan tidak akan
dibahas lebih jauh. Protein pengatur utama dari operon ara (protein araC) dipetik dari transkrip
yang dimulai pada promotor yang disebut Pc. Promotor Pc hanya sedikit di atas 100 pasang
nukleotida dari Pbad, namun kedua promotor memprakarsai transkripsi dalam arah yang
berlawanan. Protein araC bertindak sebagai regulator negatif (resresor) transkripsi gen
struktural araB, araA, dan araD dari promotor Pbad saat arabinose dan CAMP hadir. Dengan
demikian, tergantung pada ada tidaknya molekul efektor arabinosa dan CAMP, produk gen
pengatur araC dapat memberikan efek positif atau negatif pada transkripsi gen struktural araB,
araA, dan araD. Karena operon ara tunduk pada represi katabolit seperti operon lac (lihat bagian
sebelumnya), dan dengan demikian mengendalikan positif CAP dan CAMP, induksi operon ara
bergantung pada efek regulasi positif dari dua protein, protein araC dan CAP (Protein
penggerak catabolite pengikatan CAMP). Situs pengikat untuk kedua protein ini dan untuk
RNA polimerase semuanya nampak terletak di wilayah operon ara yang secara historis disebut
araI (I untuk induksi), terletak di antara tiga gen struktural operon dan gen regulator (araC)

Awalnya, para ilmuwan yang mempelajari peraturan operon ara berpikir bahwa semua
situs pengikat protein pengatur araC dan kompleks CAMP-CAP berada di wilayah ara I.
Penemuan yang mengejutkan adalah bahwa penindasan operon ara bergantung pada pengikatan
protein araC di sebuah situs yang disebut araO2 (O untuk operator, 2 karena merupakan operator
ara kedua yang diidentifikasi) yang terletak 211 pasang nukleotida di hulu (relatif terhadap arah
transkripsi Dari Pbad) dari situs pengikat protein araC di araI. (Operator araO1 - operator ara
pertama yang diidentifikasi - mengendalikan transkripsi gen peraturan araC yang dimulai di
Pc). Model yang sekarang diterima untuk penindasan operon ara adalah protein araC harus
diikat (sebagai dimer) di situs ara I dan situs araO2, dan bahwa protein ini kemudian saling
mengikat dari loop DNA. Sebenarnya, sekarang ada evedensi yang cukup besar dalam
mendukung model ini. Misalnya, jika lima pasang nukleotida diikutsertakan atau dihapus di
wilayah antara ara I, dan ara02, represi normal operon tidak dapat terjadi. Penyisipan atau
penghapusan semacam itu akan memutar satu situs pengikat protein araC di tengah heliks ganda
(berlawanan muka) dibandingkan dengan tempat pengikatan protein araC lainnya. Ini mungkin
akan menyulitkan atau tidak mungkin bagi dimer araC yang terikat pada ara I dan araO2 untuk
berinteraksi dan dari lingkaran yang diperlukan untuk represi.

Ketika struktur loop terbentuk, ia harus mencegah atau mengganggu pengikatan

polimerase RNA pada promotor terdekat (PBAD) operon. Di hadapan arabinosa dan CAMP,
operon ara diinduksi. Apalagi, di bawah kondisi ini, protein araC telah terbukti menjadi
aktivator transkripsi operon. Rincian mekanisme dimana arabinose menyebabkan protein araC
menjadi regulator positif transkripsi operon tidak jelas. Entah bagaimana, kompleks protein
arabinosa-araC dan kompleks CAMP-CAP harus membuka loop dengan mengikatkan pada
situs ara I mereka. Ini, di trun, harus mengizinkan RNA polimerase untuk mengikat di situs
Pbad dan memulai transkripsi gen struktural ara.

Dengan jelas, regulasi transkripsi operon ara E.coli jauh lebih kompleks daripada
regulasi transkripsi operon lac dari bakteri ini. Akan menarik untuk menentukan apakah
mekanisme pembentukan loop ini biasanya ditaati dalam regulasi transkripsi operon lain dalam
prokariota atau gen pada eukariota.

Represi Dosis Lambda Selama Lysogeny

Ketika bakteriofag sedang seperti lambda ada dalam keadaan prophage pada sel
lisogenik, gen yang mengkodekan produk yang terlibat dalam jalur litik - yaitu, gen yang
mendukung replikasi DNA fag, morfogenesis fag, dan lisis sel inang - tidak boleh dilakukan.
menyatakan. Hal ini dilakukan oleh sirkuit promotor-promotor-promotor, seperti yang terlibat
dalam operasi bakteri. Secara spesifik, gen C1 dari kode lambda fag untuk represor, protein
yang ditandai dengan baik dengan berat molekul 27.000, yang pada keadaan dimer atau
tetramer berikatan dengan dua daerah operator yang mengendalikan transkripsi gen lambda
yang terlibat dalam pertumbuhan litik. Kedua daerah opertor ini, yang disebut OL (untuk
transkripsi ke arah kiri) dan OR (untuk transkripsi ke arah kanan), tumpang tindih dengan urutan
promoter dimana RNA polimerase mengikat dan memulai transkripsi gen yang mengendalikan
dua operator litik, RNA polimerase tidak dapat karena itu , Lakukan transkripsi. Dengan cara
ini, gen fag dijaga tetap terjepit, sehingga bujukan "dorman" ditransmisikan ke sel induk
parlementer ke sel progeni generasi demi generasi.
Dalam percobaan di mana daerah operator dan promotor dari fag lambda berurutan,
masing-masing operator secara tak terduga ditemukan mengandung tiga tempat pengikatan
represor dengan urutan 17 pasang nukleotida yang sama namun tidak identik. Setiap situs
pengikatan represor memiliki simetri dua bagian parsial di sekitar pasangan dasar pusat. Telah
disiratkan bahwa simetri parsial ini dapat memfasilitasi interaksi dengan dimer represor, yang
mungkin juga memiliki simetri dua kali lipat. Meskipun ini adalah kemungkinan yang menarik,
tidak lebih dari sekarang
interaksi lambda represor dengan urutan DNA OLPL dan ORPR baik menjelaskan
bagaimana gen lambda profag diselenggarakan dalam keadaan tertekan. Mecanisme yang
bertanggung jawab atas keputusan antara pengembangan litik dan perkembangan lisisme
setelah infeksi sel E.coli dengan fag lambda jauh lebih kompleks, melibatkan interaksi antara
beberapa gen peraturan lambda lainnya. Pembaca dirujuk ke salah satu makalah oleh ptashne
dan orang asing (lihat referensi untuk bab ini) untuk diskusi tentang mekanisme dimana pilihan
antara jalur litik dan jalur lisogenik dibuat.
PENGENDALIAN OPERON trp OLEH ATTENUASI
Represi dan derepresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural operon trp sekitar
70 kali lipat. Ada tingkat kedua peraturan ekspresi operon trp, namun. Pada mutan trpR yang
tidak dapat membuat represor, penambahan triptofan pada kultur sel yang tumbuh tanpa
triptofan akan menyebabkan penurunan kadar sintesis enzim tryptophan sebesar 8 - 10 kali lipat.
Selain itu, penghapusan yang menghapus sebagian wilayah trpL, menghasilkan peningkatan
tingkat ekspresi operon trab. Efek dari penghapusan ini tidak tergantung pada represi, kenaikan
terjadi baik pada keadaan tertekan maupun keadaan deruh.
Tingkat regulasi trk operon kedua ini disebut atenuasi, dan urutan dalam trpL yang
mengendalikan fenomena ini disebut attenuator. Atenuasi terjadi dengan kontrol penghentian
transkripsi di sebuah lokasi di dekat akhir urutan pemimpin mRNA. Penghentian transkrip trp
operon "prematur" ini terjadi hanya dengan adanya tRNAtrp triptofan dan menghasilkan
transkrip urutan panjang 140-nukleotida. Daerah atenuator memiliki urutan nukleotida yang
pada dasarnya sama dengan sinyal terminasi transkripsi yang ditemukan di ujung kebanyakan
operon bakteri. Sinyal penghentian ini mengandung GC kaya palin-drome diikuti oleh beberapa
AT pasangan basa. Transkripsi sinyal penghentian ini menghasilkan RNA yang baru lahir
dengan potensi dari struktur "hairpin" berikat hidrogen yang diikuti oleh beberapa benda U.
Ketika sebuah transkrip yang baru lahir dari struktur jepit rambut ini, diyakini menyebabkan
perubahan konformasi pada penghambat RNA terkait, yang mengakibatkan penghentian
transkripsi sebagai berikut, Lebih lemah ikatan hidrogen [(A U)n] Daerah pasangan basis
DNA-RNA. Urutan nukleotida dari attenuator oleh karena itu menjelaskan adalah kemampuan
untuk menghentikan transkripsi trp operon secara prematur. Tapi bagaimana ini bisa diatur oleh
kehadiran atau ab triptofan.
 pertama ingat bahwa transkripsi dan terjemahan adalah pasangan dalam prokariota, yaitu
ribosom mulai menerjemahkan mRNA saat masih diproduksi melalui transkripsi. Dengan
demikian, kejadian yang terjadi selama terjemahan juga dapat mempengaruhi transkripsi.
Kedua, perhatikan bahwa urutan pemimpin 162 nukleotida dari mRNA trp operon. berisi
urutan yang bisa dijadikan dasar-berpasangan dari sturctures sekunder alternatif. Dua dari
urutan ini dari jepitan terminasi transkripsi yang disebutkan sebelumnya. Jepit rambut ini
dibentuk oleh pasangan dasar antara urutan nukleotida 114-121 dan 126-134 (nukleotida 1
berada di ujung 5 '). Sebuah hasil struktur sekunder alternatif dari pasangan dasar antara
urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. Jelas, hanya satu dari struktur ini yang bisa ada pada
satu waktu, nukleotida seri 114-119 adalah bagian dari keduanya. sehingga jika urutan 74-
85 dan 108-119 adalah dasar-dipasangkan attenuator terminasi transkripsi jepit rambut tidak
bisa dari.
Ketiga, perhatikan bahwa urutan pemimpin berisi terjemahan AUG translation -initiation
codon, diikuti oleh 13 kodon untuk asam amino, diikuti oleh terjemahan genon terjemahan-
bahasa UGA. Selain itu, urutan pemimpin trp telah terbukti mengandung situs pengikatan
ribosom yang efisien yang berada di posisi yang tepat untuk memulai terjemahan pada
kodon inisiasi pemimpin AUG. Nampaknya sangat mungkin bahwa peptida pemimpin
"asam amino 14-amino-asam" disintesis karena belum terdeteksi secara in vivo, namun
peptida pendek jenis ini sangat cepat terdegradasi pada E.coli, sehingga filtur untuk
mendeteksi tidak Tidak terduga.
 Bukan berarti peptida pemimpin mengandung dua residu triptofan bersebelahan. Dua kodon
trp diposisikan sedemikian rupa sehingga dengan tidak adanya triptofan (dan dengan demikian
tidak adanya Trp-tRNAtrp), ribosom akan terbebani terhenti sebelum menemukan struktur
berpasangan yang dibentuk oleh urutan pemimpin 74-85 dan 10-119. Pasangan dasar ini
menghalangi pembentukan jepitan terminasi transkripsi. Dengan demikian, dengan tidak
adanya triptofan, tarnscription akan berlanjut melewati atenuator ke gen trpE.
Dengan adanya triptofan, ribosom dapat menerjemahkan kodon Trp ke kodon
terminator peptida pemimpin. Dalam prosesnya, ia harus mengelompokkan pasangan dasar
antara urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. ini, pada gilirannya membebaskan urutan 114-121,
yang memungkinkannya memasangkan pasangan dengan urutan 126-134 dan dari jepitan
rambut transkripsi-terminator. Dengan demikian, di hadapan triptofan, transkripsi sering
berakhir pada atenuator, mengurangi jumlah mRNA untuk gen struktural trp. transkrip operon
trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat oleh efek gabungan dari represi (sampai 70
kali lipat) dan redaman (hingga 10 kali lipat)
Pengaturan transkripsi dengan atenuasi tidak terlepas dari operon trp. Enam operon (trp,
tbr, ilv, leu, phe, dan his) diketahui diatur oleh atenuasi, dari ini, trp dan mungkin juga diatur
oleh represi. his operon. Yang telah lama dianggap dapat ditindas sekarang diyakini diatur
sepenuhnya oleh atenuasi. Meskipun detail kecil bervariasi dari operon ke operon. Fitur utama
redaman sama untuk semua enam operon.
INHIBISI FEEDBACK DAN ENZYM ALLOSTERIK
Pada awal bab ini, kami menggambarkan mekanisme dimana transkripsi gen bakteri
yang mengkode enzim dalam jalur biosintesis ditekan saat produk akhir jalur hadir dalam
medium di mana sel tumbuh. Penyesuaian kedua metabolisme kedua yang cepat dan cepat
terjadi pada tingkat aktivitas enzim. Adanya konsentrasi yang cukup dari produk akhir (seperti
histidin atau triptofan) dari jalur biosintesis akan sering mengakibatkan penghambatan enzim
pertama di jalur. Fenomena ini disebut inhibisi umpan balik penghambatan produk akhir, tidak
boleh disesatkan respresi (penghambatan sintesis enzim). Penghambatan umpan balik
menghasilkan penangkapan seketika dari sintesis produk akhir saat ditambahkan ke medium
Penghambatan umpan balik - enzim sensitif telah terbukti memiliki situs pengikatan
produk akhir (atau situs) di samping situs pengikatan substrat (atau situs). Dalam kasus
beberapa enzim multimerik, produk akhir atau situs pengikat pengatur berada pada subunit
berbeda (polipeptida) daripada pada substrat. Setelah mengikat produk akhir, enzim tersebut
diyakini mengalami perubahan konformasi. disebut transisi allosteric. Yang mengurangi
afinitas mereka terhadap substrat mereka. Protein yang mengalami perubahan konformen
semacam itu biasanya disebut protein alosterik. banyak contoh yang diketahui, termasuk
banyak penghambat umpan balik - enzim sensitif dan molekul represor yang dibahas di bagian
sebelumnya.

PERBEDAAN SIFAT GENE EXPRESSION SELAMA INFEKSI FAG

 Regresi ekspresi gen selama siklus hidup litik bakteriofag cukup berbeda dari
karakteristik saklar on-off reversibel dari operns bakteri. Sebagai gantinya, gen virus
diekspresikan dalam urutan yang diprogram secara genetis, mungkin serupa dengan urutan
ekspresi gen terprogram yang dipaparkan dalam diferensiasi pada organ yang lebih tinggi.
Meskipun virus bakteri yang berbeda menunjukkan variasi mekanisme spesifik yang terlibat,
gambaran umum muncul. Satu set gen fag, biasanya disebut gen "awal", segera diungkapkan
setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih gen "awal" bertanggung jawab untuk mematikan
ekspresi gen "awal" dan mengaktifkan ekspresi gen berikutnya, dan seterusnya. dua sampai
empat set gen, tergantung pada virus, secara karakteristik terlibat dalam semua kasus yang
dipelajari sejauh ini, peraturan ekspresi gen berurutan selama infeksi fag terjadi terutama pada
tingkat transkripsi.
pada tiga virus bakteri yang paling banyak dipelajari - foli E.coli T4 dan T7 dan Bacillus
subtilis phage SP01 - ekspresi gen seuqential dikendalikan dengan memodifikasi speciticy
promoter RNA polimerase, baik dengan sintesis RNA polymerase (T7) baru, atau dengan
alterasi fag yang diinduksi f RNA polimerase sel inang (T4 dan SP01).
Pada sel yang terinfeksi F7, gen "awal" ditranskripsi oleh RNA polimerase E.coli. Salah
satu kode gen "awal" untuk polimerase T7 RNA, yang kemudian mentranskripsikan gen
"terlambat" (pengkodean protein struktural Y7, lisozim, dan lain-lain). bacillus subtilis phage
SP01 menunjukkan jalur ekspresi gen sekuensial yang sedikit lebih kompleks, yang melibatkan
tiga set gen. Ketiga set gen ini disebut gen "awal", "tengah" dan "akhir" yang mengacu pada
waktu ekspresi mereka selama faging reproductive faging. SP01 "awal ditranskripsikan oleh
RNA polimerase B.subtilis, salah satu produk gen" awal "adalah polipeptida yang mengikat
RNA polimerase sel induk, mengubah specticifity sehingga mentranskripsi gen" tengah ", pada
gilirannya , Polimerase, selanjutnya mengubah spesifisitasnya sehingga kemudian
mentranskripsikan gen "terlambat" dari SP01
age T4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang lebih kompleks, yang
melibatkan beberapa modifikasi yang berbeda dari RNA polimerase sel inang. Dengan
demikian, dalam kasus virus bakteri ini, kontrol ekspresi gen sekuensial yang diamati terjadi
secara prima pada tingkat pelarangan dan dimediasi oleh interaksi urutan polimer RNA
polimerase tertentu.
JAWABAN PERTANYAAN
1. Apa aja macam operon yang diatur oleh atenuasi ?
Jawab :. Enam operon (trp, tbr, ilv, leu, phe, dan his) diketahui diatur oleh atenuasi
namaun, Pengaturan transkripsi dengan atenuasi tidak terlepas dari operon trp, dari ini,
trp dan mungkin juga diatur oleh represi. his operon. Yang telah lama dianggap dapat
ditindas sekarang diyakini diatur sepenuhnya oleh atenuasi. Meskipun detail kecil
bervariasi dari operon ke operon. Fitur utama redaman sama untuk semua enam operon.

2. Apa fungsi tryptophan pada pengendalian oleh operon trp attenuasi ?

 Jawab : Dengan adanya triptofan, ribosom dapat menerjemahkan kodon Trp ke kodon
terminator peptida pemimpin. Dalam prosesnya, ia harus mengelompokkan pasangan
dasar antara urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. ini, pada gilirannya membebaskan
urutan 114-121, yang memungkinkannya memasangkan pasangan dengan urutan 126-
134 dan dari jepitan rambut transkripsi-terminator. Dengan demikian, di hadapan
triptofan, transkripsi sering berakhir pada atenuator, mengurangi jumlah mRNA untuk
gen struktural trp. transkrip operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat
oleh efek gabungan dari represi (sampai 70 kali lipat) dan redaman (hingga 10 kali lipat)
3. Bagaimana operon yang dapat diinduksi dan represif dibedakan?
Jawab :Dengan tidak adanya molekul efektor, dapat diinduksi Operonakan dimatikan,
sedangkan operon yang tertindas akan dihidupkan