1- Por qu algunas reacciones, a pesar de ser energticamente
desfavorables, pueden ocurrir en las clulas? Mencione dos ejemplos de reacciones energticamente desfavorables. Defina qu es un enlace de alta energa. Mencione un ejemplo de una molcula biolgica que posea este tipo de enlace. 2- Qu entiende por complementariedad molecular entre molculas biolgicas? Concepto de complementariedad molecular. Mencione dos tipos de macromolculas donde se manifieste este fenmeno y explique la importancia del mismo para la funcin de dicha molcula Qu tipo de uniones son las responsables de la complementariedad molecular? 3- Explicar por qu muchos procesos, a pesar de ser energticamente desfavorables (no se producen espontneamente) igualmente ocurren en la clula. Nombre dos procesos celulares que presenten esa caracterstica. 4- Indique cual o cuales de los siguientes enunciados son incorrectos justifique: a) En los sistemas biolgicos existen cuatro tipos de interacciones no covalentes: enlace puente de hidrogeno, enlace hidrfobos, enlaces de van der Wall y enlaces peptdico. b) Las hexosas glucosa y manosa pueden interconvertirse mediante ruptura y formacin de enlace covalente c) Los monmeros fosfolipdicos se ensamblan covalentemente para formar la estructura de bicapa, la cual constituye la base de todas las membranas celulares d) El G es la medida mas til para predecir la direccin de las reacciones qumicas en los sistemas biolgicos e) Las reacciones de oxidacin y reduccin con un AE positivo tiene un G negativo por lo que tienden a producirse en forma espontnea 5- Decir si la formacin de la bicapa fosfolipdica en un medio acuoso es termodinmicamente favorable o no y por qu Cmo estn unidos los fosfolpidos en las membranas? 6- Por qu hay mayor complejidad en el armado de un oligosacridos usando 4 tipos distintos de unidades, que en una protena? 7- Por qu el aumento de la concentracin de sales como NaCl en una solucin de molculas biolgicas puede debilitar las interacciones inicas que las mantienen juntas? Qu tipo de interacciones intervienen en el ensamblaje de los glucolpidos para conformar una estructura de bicapa? Justifique su respuesta. 8- Diga si el siguiente enunciado es correcto o incorrecto: La 1 ley de la termodinmica es aplicable a los sistemas biolgicos Justifique. 9- Explique el significado de enlace de alta energa y d ejemplos de un compuesto intercelular que posea este tipo de enlace. 10- Explique el mecanismo por el cual las clulas mantienen el pH intracelular pese a las fluctuaciones de las cantidades de H+ u OH- (que no implique transporte de membrana). 11- Explique detalladamente la importancia biolgica del equilibrio del cido fosfrico
CAPTULO 3: ESTRUCTURA Y FUNCIN DE LAS PROTENAS
1- Con respecto a la va proteoltica mediada por ubiquitina responda:
Cules son las principales protenas degradadas por esta va? Describa secuencialmente los pasos que llevan a la degradacin de la protena. Mencione ejemplos donde se ejecuta esta va. 2- Describa detalladamente la estructura del motivo dedo de zinc. Mencione en que tipo de protenas aparece Cmo se afectar la conformacin nativa de dicho motivo cuando la protena sea sometida a una solucin de urea o hidrocloruro de guanidina 8M? Justifique 3- La PKA es una proteincinasa que se activa ante la presencia de AMPc. Defina sitio activo. Describa el cambio conformacional que sufre describa la activacin de la PKA mediante el aumento de AMPc. 4- Cules son las principales caractersticas que presenta el sitio activo de la familia de las proteincinasas? Como puede el segundo mensajero AMPc activar a la proteincinasa A si su sitio de interaccin se encuentra alejado del sitio activo? 5- Los animales producen anticuerpos en respuesta a los antgenos. Describa la organizacin estructural general de los anticuerpos Qu son las regiones determinantes de complementariedad? Qu relacin existe entre la complementariedad molecular y la especificidad de un anticuerpo? Qu mecanismo celular aumenta la eficiencia del plegamiento en la conformacin nativa del anticuerpo? 6- Ejemplos de mecanismos de regulacin alostrica y no alostrica. Describir los mtodos de separacin de protenas. 7- Defina dominio proteico. Defina el concepto de familia de protenas y cite un ejemplo. 8- Mencione ordenadamente los distintos niveles jerrquicos de organizacin de las protenas. Indique qu tipo de uniones qumicas estabilizan la estructura secundaria y terciaria de una protena. 9- Qu es un motivo proteico? Menciones al menos dos motivos presentes en las protenas e indique en que tipo de protenas se encuentran. 10- Qu cromatografa elegira para purificar una protena presente en una muestra biolgica sabiendo que presenta en su secuencia lineal muchos aminocidos con carga negativa? Justifique. 11- Cul es el mecanismo mediante el cual las enzimas aceleran la velocidad de una reaccin qumica? 12- Usted desea aislar y purificar una protena presente en una muestra biolgica. Cul de las siguientes metodologas empleara? Justificar a) Centrifugacin por zonas de velocidad b) Cristalografa de rayos X 13- Describa el fundamento de la tcnica de electroforesis en gel de poliacrilamida con SDS. En qu consiste la cromatografa de afinidad con anticuerpos? Cmo se realiza la elucin en este tipo de cromatografa? 14- Cul es el mecanismo mediante el cual las enzimas aceleran la velocidad de una reaccin qumica? Graficar la curva de velocidad de reaccin en funcin de la concentracin de sustancia para una enzima X que acta sobre un sustrato A con una Km de 0,5 mM y sobre un sustrato B con una Km de 1mM. 15- La cadherina E forma parte de una familia de protenas estrechamente relacionadas y su porcin extracelular est compuesta por varios dominios de tipo cadherina. En relacin a esto ltimo explique: El concepto de familia de protenas y el concepto de dominio proteico.
CAPTULO 4: MECANISMOS GENTICOS MOLECULARES BSICOS
1- Describa maquinaria molecular que participa en replicacin del DNA.
Mecanismo que permite formacin de fragmentos de Okazaki Por qu se forman? Que composicin qumica tienen estos fragmentos? Donde se forman y cmo se forman? 2- Explicar detalladamente el ciclo vital de los retrovirus. 3- El virus de la rabia infecta a clulas eucariotas y para su replicacin requiere participacin del ncleo de la clula husped. Conteste si es verdadero o falso y justifique detalladamente la respuesta. 4- Describa el ciclo de replicacin del virus de la rabia. 5- Qu se entiende por polirribosoma? Cmo funcionan? Qu funcin cumplen? 6- Explique opern lctico y sistema regulador NtrC/NtrB en las bacterias. En qu metabolismo participan? A qu nivel molecular actan? Indique por lo menos 3 diferencias entre ambos. 7- Cuntos tipos de RNA participan en el proceso de traduccin? Que funcin cumple cada uno? Cules son sus caractersticas estructurales? 8- Describa la estructura del tRNA y explique la importancia funcional de las distintas secuencias de nucletidos. 9- Cmo se encuentran los genes codificantes de protenas en procariontes y eucarionte. Realizar un esquema de la regulacin del opern lac en presencia de lactosa y ausencia de glucosa. 10- Describir la estructura del RNAt y todas sus partes y funciones de cada una. Mecanismo molecular de reconocimiento y activacin de un aminocido e incorporacin en una protena en la traduccin. 11- Describa formacin de complejos de pre-iniciacin e iniciacin del proceso de traduccin. Indique principales funciones de los factores que lo integran. Cul es el paso requerido para la formacin de un ribosoma 80S? 12- Iniciacin de la traduccin en eucariontes ocurre cuando la subunidad ribosomal 40S se asocia con el factor eIF3 y finaliza con la asociacin de la subunidad 60S. Explique las distintas etapas del proceso. 13- Realice el esquema de la horquilla de replicacin del SV40 y explique cada una de las protenas que participan en la replicacin del DNA eucarionte Cules de ellas integran el replisoma? Indique la funcin de cada protena. 14- Qu funcin cumple el complejo de iniciacin de la traduccin? Cmo se asegura el sistema que acte una sola vez? 15- Qu es un sistema regulador de 2 componentes? Explicar cmo se regula la sntesis de glutamina en los procariontes. 16- Cules son las etapas involucradas en la sntesis de un polipptido? Explique particularmente y forma detallada como ocurre la etapa de elongacin de la cadena polipeptdica. 17- Cmo se estabiliza la estructura secundaria del DNA? Que diferencia entre el RNA y el DNA explica la gran estabilidad del DNA? Explique porque el DNA y no el RNA es la molcula mas adecuada para la preservacin y la transmisin de los caracteres hereditarios Cmo puede deducir experimentalmente la desnaturalizacin del DNA? 18- Qu es un pre-RNAm o un RNAm inmaduro? Explique con detalle porqu estas molculas no pueden salir del ncleo Cul sera la consecuencia biolgica de que un pre-RNAm saliera al citoplasma? 19- Explique las modificaciones postraduccionales que pueden producirse en las protenas Cul es su importancia biolgica? 20- Cules son los diferentes mtodos para desnaturalizar el DNA? Defina Temperatura de Fusin (Tm) Qu la modifica y qu afecta? Cul es el mecanismo de replicacin celular q utilice esta propiedad de desnaturalizar el DNA? Desarrolle la tcnica elegida. 21- La concentracin de fosfato libre afecta la transcripcin de algunos genes de E. Coli. Describa el mecanismo molecular de esta regulacin. 22- Con respecto al Opern Lac Cmo es su comportamiento: en ausencia y presencia de lactosa y en presencia de glucosa y lactosa? Realice un grfico. 23- Se conocen 20 isoformas de la fibronectina, debido a: a) Expresin de 20 genes distintos generando 20 RNAm funcionales distintos. b) Expresin de 1 nico gen en 20 isoformas distintas en distintas especies. c) Expresin de 1 nico gen en una nica especie que genera por procesamiento diferencial 20 molculas de RNAm distintas.
CAPTULO 5: BIOMEMBRANAS Y ARQUITECTURA CELULAR
1- Importancia funcional y estructural de los fosfolpidos en membrana.
2- Describa las distintas protenas que se asocian a la bicapa lipdica en membranas plasmticas. Modo de interaccin y caractersticas estructurales de cada una 3- La microscopa de contraste de fase se utiliza para: a) observar clulas vivas no teidas y para monitorizar movimiento celular. b) observar la ultraestructura celular. c) localizar protenas especficas en secciones de tejido fijado. 4- Asimetra en la composicin lipdica de las membranas biolgicas. Mecanismo. Funcionalidad. 5- Unir los temas que se relacionan entre ambas columnas. Explique en no ms de 3 renglones el enunciado 3 con la tcnica que le corresponde de la segunda columna. a) visualizar clulas vivas no teidas f) microscopa de transmisin b) visualizar la ultraestructura g) centrifugacin por celular gradiente de concentracin c) cuantificar la cantidad de h) uso de detergentes no determinados fosfolpidos inicos de membrana i) resistencia al uso de d) aislar protenas integrales fosfolipasas de membrana j) microscopa de e) separar orgnulos interferencia de fases 6- Cmo se comporta la membrana frente a un medio isotnico, hipotnico e hipertnico? Por qu? 7- Indique cul/es de los siguientes enunciados referidos a "Biomembranas y arquitectura celular" es/son incorrecto. Justifique: a) La mayora de los lpidos y muchas protenas de las biomembranas tienen movilidad lateral. b) Los fosfolpidos con cadenas de cidos grasos cortas forman bicapas menos fluidas. c) Las protenas de membrana ancladas a lpidos slo se encuentran en la cara citoslica de la membrana. d) La velocidad de difusin de una protena en la membrana plasmtica de clulas intactas es menor que la de la misma protena insertada en una bicapa artificial. e) Los canales inicos se clasifican como protenas ancladas a lpidos segn su asociacin con la bicapa lipdica. f) Para extraer de la membrana una protena que funciona como canal inico es necesario variar la fuerza inica del medio. g) Los Rafts lipdicos son microdominios de membrana ricos en colesterol y esfingolipidos. 8- Explicar el experimento que se realizo para verificar que los fosfolpidos tienen movimiento horizontal en la membrana. 9- Explique detalladamente de qu factores depende la fluidez de las membranas biolgicas. 10- Qu tcnica se utiliza para purificar y separar clulas? Explicar detalladamente 11- Cul de los microscopios se debe usar para visualizar estructuras subcelulares en clulas vivas? Justifique su respuesta. 12- Explicar cmo los componentes lipdicos en las membranas influyen en las propiedades fsicas de la misma. 13- Explicar en qu consiste la asimetra en la composicin lipdica de las membranas biolgicas Qu mecanismos contribuyen a la distribucin asimtrica de los lpidos en las membranas biolgicas? Cul es la implicancia funcional de la distribucin asimtrica de los lpidos en las membranas biolgicas? 14- La asimetra de la bicapa lipdica de las membranas biolgicas, esencial para sus funciones se debe a: a) Sntesis vectorial de lpidos en RE y golgi b) Ausencia de flip flop espontneo c) Presencia de flipasas especficas d) Ninguna e) Todas
CAPTULO 6: INTEGRACIN DE CLULAS EN TEJIDOS
1- En los procesos inflamatorios se produce extravasacin de leucocitos.
Explique. 2- Describa detalladamente la organizacin extra e intracelular de las uniones adherentes. 3- Qu es la lmina basal? Nombre los 4 componentes que la conforman Cmo es la lmina basal del epitelio pulmonar alveolar? 4- A qu protena y/o estructura intracelular se unen las integrinas? Un ejemplo de unin celular que contiene integrinas es: a) Hemidesmosomas c) Unin adherente b) Unin GAP d) Unin estrecha 5- Como pueden las molculas de la ECM controlar eventos intracelulares sino pueden atravesar la membrana plasmtica? Por qu las alteraciones del colgeno tipo IV producen trastornos en el rin y no en el tejido seo? 6- Las plaquetas interaccionan con la matriz extracelular a travs de integrinas. Explique su implicancia en la formacin del cogulo sanguneo. 7- Describir detalladamente las uniones de hendidura (GAP), localizacin y funcin. 8- Estructura cadherinas clsicas y desmosmicas a que estructuras se conecta cada una de estas protenas. En que tipo de unin celular participan y cual es su funcin y ubicacin Qu afeccin causara en la piel si se agrega al tejido anticuerpos antidesmocolina y antidesmoglena? 9- Respecto de la adhesin clula-matriz fundamente las causas por las cuales las clulas hematopoyticas proliferan y se diferencian en la mdula sea. 10- Describir estructura, ubicacin y composicin de las uniones estrechas u oclusivas o comunicantes. Qu sucede si se altera la composicin o actividad de las uniones del epitelio intestinal por accin de una toxina bacteriana. Cul es la razn por la cual las uniones estrechas contribuyen a mantener la polaridad (apical- basolateral) de las clulas epiteliales? Qu alteraciones produciran en el funcionamiento de intestino de un individuo al que se le incorporan anticuerpos antiocludina y anticlaudina? 11- Qu tipo de protena son las integrinas segn su interaccin con la membrana plasmtica? Estructura de la integrina Por qu las integrinas funcionan como receptores de adhesin? Indique dnde se ubican las integrinas en una clula epitelial y mencione dos molculas con las que interactan. 12- Estructura y funcin de la laminina en la MEC. 13- Cmo se obtiene un cultivo celular primario? Explique cules son las diferentes etapas en el establecimiento de un cultivo celular primario. 14- Explique detalladamente qu es y cmo se elabora un HIBRIDOMA. 15- Mencione los 3 tipos de molculas. ms abundantes de la matriz extracelular de los tejidos animales e indique la funcin principal que cumple cada una de ellas. Qu tipo de unin celular conecta la MEC con los filamentos intermedios de las clulas epiteliales. Describa su estructura y su ubicacin dentro de la clula. 16- Describa la estructura de una cadherina clsica, indicando a qu estructuras se conecta cada uno de los dominios de esta protena. En qu tipo de unin celular participan la cadherinas clsicas y cual es la funcin y ubicacin de este tipo de unin celular? Describa la estructura de una cadherina desmosmica indicando a qu estructuras se conecta cada uno de los dominios de esta protena En qu tipo de unin celular participan las cadherinas desmosmicas y cual es su funcin y ubicacin de este tipo de uniones celulares?
CAPTULO 7: TRANSPORTE DE IONES Y MOLCULAS PEQUEAS A
TRAVS DE LAS MEMBRANAS CELULARES
1- Mencione cules son las caractersticas del transporte mediado por
las acuaporinas en cuanto a: mecanismo de transporte, requerimiento energtico y transporte a favor/contra el gradiente. Explique qu sucede con los ovocitos de rana que normalmente no expresan acuaporinas al ser inyectados en el RNAm que codifica acuaporina-1. 2- Habitualmente la concentracin de glucosa en el exterior de la clula es mayor que en el interior. Debido a ello ingresa a la misma mediante difusin facilitada en la que participan los transportadores de tipo GLUT. Indique los desplazamientos que tendr la glucosa cuando la concentracin intracelular es mayor que la extracelular. Justifique su respuesta. 3- Describa transporte de Glucosa, explicar tipo de transporte y el transportador que se utiliza En que clulas se encuentra? 4- Cmo ocurre el transporte transcelular de Glucosa? En que clulas ocurre y qu caractersticas tienen los transportadores involucrados? 5- Esquematice como se realiza el transporte transepitelial de glucosa desde la luz intestinal hacia la sangre, ubicando las diferentes protenas que intervienen Qu sucede a largo plazo con dicho transporte si se inhibe la bomba de sodio y potasio? Qu funcin cumplen las uniones estrechas en este proceso? 6- Mencione cules son los 4 tipos de bombas impulsadas por ATP Cual/es de ellas transporta protones? Mencione algn ejemplo Cual/es de ellas funciona/n impulsando la sntesis de ATP A qu grupo pertenece la bomba de calcio ubicada en la membrana del RS de las clulas musculares? El movimiento de Calcio mediado por esta bomba es hacia adentro del RS o hacia el citosol? Justifique su respuesta. 7- Al estudiar una molcula transportadora usted comprueba que la misma aparece temporalmente unida a la molcula transportada. Durante el transporte normal no hay gasto de energa. Al agregar una molcula similar a la que es transportada normalmente, se inhibe el transporte. Un incremento en la concentracin de la molcula transportada normalmente aumenta la velocidad del transporte. e) Qu tipo de transporte es el descrito? f) Cmo se denomina genricamente a la molcula inhibida? 8- Potencial de membrana en reposo: Qu es, por qu ocurre y qu canales participan? 9- El transportador de glucosa GLUT 1 tiene una Km de 1,5 mM para la D-glucosa y 30 mM para la D-galactosa. Si la concentracin de ambos azucares es de 5 mM Como ser la velocidad de transporte de glucosa con respecto a la de galactosa, considerando que la Vmax es la misma para las dos? (Justifique) g) Mas lenta h) Igual i) Mas rpida 10- En un laboratorio se aisl y purific una protena de membrana transportadora de azucares para luego insertarla en un liposoma y caracterizarla funcionalmente. Los estudios arrojaron los siguientes resultados: j) El Transporte presenta una velocidad mxima k) No depende de hidrlisis de ATP l) Transporta tanto glucosa como fructosa, siendo la Km para glucosa mucho menor que para fructosa De que tipo de transportador podra tratarse? Como se denomina el mecanismo de transporte por el que opera esta protena? Qu monosacrido transporta esta protena con mayor afinidad? Como hara para aislar esta protena transportada de la membrana plasmtica? Justifique 11- Cmo las clulas estomacales mantienen un pH citoslico neutro y produce jugo gstrico cido? 12- Esquematizar el transporte transepitelial de glucosa desde la luz intestinal hacia la sangre Qu sucede a largo plazo si se inhibe la actividad de la bomba Na/K? Qu funcin cumplen las uniones oclusivas? 13- Explique detalladamente cmo participan los diferentes transportadores que intervienen en la acidificacin de la luz estomacal por parte de las clulas parietales del recubrimiento gstrico. Realice un esquema. 14- Habitualmente la concentracin de glucosa en el exterior de la clula es mayor que en el interior. Debido a ello ingresa a la misma mediante difusin facilitada en la que participan los transportadores de tipo GLUT. Indique los desplazamientos que tendr la glucosa cuando la concentracin intracelular es mayor que la extracelular. Justifique su respuesta. 15- Explique cmo las clulas parietales acidifican el contenido gstrico mientras mantienen el pH citoslico neutro. Mencione las caractersticas de cada transportador involucrado. 16- Mecanismo molecular del pasaje de glucosa y aminocidos de la luz del intestino a la sangre. 17- Con respecto a la salida de potasio de las clulas animales responda: Qu tipo de transportador est involucrado en este proceso? Cul es el mecanismo de transporte involucrado? El transporte se realiza a favor o en contra del gradiente de concentracin? El transporte est acoplado a la hidrlisis de ATP? 18- Nombrar diferencias entre cotransportadores y unitransportadores. 19- Mecanismo de transporte de glucosa en clulas no absortivas, y explicar el tipo de transporte. Mecanismo de transporte de glucosa en clulas absortivas, y explicar el tipo de transporte. 20- Explique porqu el potencial de membrana en las clulas animales depende en gran medida de los canales de potasio en reposo. Por qu se considera a estos canales no regulados? Cul es el mecanismo de selectividad de estos canales? 21- Mencione las cuatro clases de protenas transportadoras de membrana impulsadas por ATP. Para cada clase de un ejemplo indicando ubicacin celular y funcin. Explicar detalladamente la Ca2+/ATPasa. La absorcin intestinal de glucosa requiere de alguna de estas protenas transportadoras impulsadas por ATP? Explique en no ms de tres renglones. 22- Qu tipo de bomba es la Na/K ATPasa? Caracterice el tipo de transporte mediado por esta protena Cul es la importancia biolgica de este transportador? 23- En un liposoma se pone dentro 150 mM [Na+], 5 mM [K+] y por fuera [Na+] 5mM y [K+] 150 mM. Si se inserta una bomba K+/Na+ con la misma orientacin que en la clula Qu sucede? 24- Indique que tipo de transportadores son los que intervienen en el ingreso de la glucosa en las clulas no absortivas (la mayora de las clulas de los mamferos). Indique cul es el mecanismo de transporte en este caso y sus requerimientos energticos. Describa las caractersticas de este tipo de transporte en lo que se refiere a la velocidad, la especificidad y la saturabilidad. Justifique.
CAPTULO 9: TCNICAS DE GENTICA MOLECULAR Y GENMICA
1- Mencionar qu tipo de vector empleara en la construccin de una
genoteca. Fundamente su eleccin. Mencione los fragmentos que integran dicho vector, describiendo la funcin de cada uno de ellos. Cmo separa los distintos fragmentos de DNA obtenidos? Que mtodo empleara para secuenciar dichos fragmentos? Mencione las principales caractersticas del DNA que permiten la aplicacin de este mtodo. 2- Como se logran animales con mutacin KnockOut. Cual es la diferencia entre un animal knockout y uno transgnico 3- Cual es el fundamento del anlisis de micromatrices de DNA? Cual es la utilidad de este tipo de estudio? 4- Qu es una molcula vector de DNA. b) Cules son los componentes bsicos de un vector plasmdico. c) cules son las principales diferencias entre vector plasmdico y vector de expresin. 5- Aplicacin de pruebas de compatibilidad funcional en levaduras. Que tipo de vector se utiliza y por qu. 6- Que tipos de vectores se utiliza en E. coli para la produccin de grandes cantidades de protenas a partir de genes clonados? Cul es la principal desventaja de este tipo de sistema y como se supera dicha limitacin? 7- Cules son los principales fragmentos que conforman un vector de expresin? Cual es la funcin de cada uno de esos fragmentos? Cul es la utilidad de este tipo de vectores? 8- Explique el mecanismo del empaquetamiento de DNA en el bacterifago 9- Qu es una genoteca? Cmo se construye una genoteca de levadura? 10- Decidir entre los siguientes tres mtodos cual elegira para inactivar funcionalmente un gen sin alterar su secuencia. Justificar la eleccin y porque no eligi las otras: m) transfeccin de clulas con una construccin interruptora. n) transfeccin de clulas con un RNAi. o) uso de un agente mutagnico. 11- Qu es, cmo se disea y con qu fines se utilizan las sondas de oligonucletidos? 12- Para estudiar la funcin de un gen, una estrategia clsica es causar su inactivacin y luego estudiar el fenotipo mutante. Este tipo de estrategia, desarrollada inicialmente en levaduras, permiti el desarrollo de tcnicas para el estudio de genes en eucariontes superiores. Explique en forma detallada la estrategia que permite la inactivacin de un gen normal reemplazando su secuencia con otras secuencias; Qu tipo de animal se obtiene y cual es su utilidad? Qu otras estrategias conoce para inactivar la expresin de un gen en clulas eucariontes? Enuncie sus fundamentos. 13- Explique el mtodo de terminacin de cadena o mtodo didesoxi que permite secuenciar fragmentos de DNA. Qu longitud (en nmero de NTD) debera secuenciar si quisiera conocer la secuencia para la sntesis de una sonda? Justifique. 14- Qu tipo de vector plasmdico suele utilizarse en el estudio de secuencias gnicas de levaduras? Justifique Como puede analizarse una genoteca de levaduras? 15- Describir las partes del vector lanzadera y sus funciones. Aplicacin del vector lanzadera. Diferencias con el vector de expresin. 16- Realizar un esquema de la secuencia interruptora para un gen knockout y explicar cmo diferenciar la recombinacin homologa de la no homologa. 17- Explique detalladamente los pasos que permiten la obtencin de un animal transgnico. 18- Vector para Genoteca, que fragmentos lo componen. Como se separan los fragmentos de DNA obtenidos y que mtodo empleara para secuenciar esos fragmentos. 19- Qu tipo de alelos permite la obtencin de un ratn transgnico y porque? Cmo se insertan esos genes en la clula? Qu tipo de clulas utiliza para la obtencin de estos animales? 20- Con respecto a la transfeccin transitoria responda: En qu tipo de clulas se lleva a cabo y por qu? Cules son las principales caractersticas del plsmido utilizado, indicando su funcin? Cul es la principal diferencia de la transfeccin transitoria con respecto a la transfeccin estable o transformacin? 21- Cul es el mtodo de inactivacin permanente de genes en clulas eucariontes superiores? Qu tipo de construccin interruptora utiliza y por qu? Sobre qu tipo de clulas trabaja? 22- Cual es la construccin sustitutiva empleada en las clulas madre embrionarias (ES) a travs de la cual la recombinacin homologa y no homloga posibilita la obtencin de ratones knockout. Justifique. 23- Para la obtencin de ratones knockout hay q realizar los siguientes pasos: a) obtencin de clulas ES knockout embrionarias b) seleccin de las clulas recombinadas buscadas c) insercin de las clulas en un embrin normal. En cul de los 3 pasos anteriores ocurre una recombinacin homologa y/o no homologa? Justificar detallando los pasos de como sucede. 24- Explique las diferencias entre fragmentos de a) un vector que permite clonar fragmentos aislados de DNA; b) un vector que permita expresar protena funcional que complementa una mutacin recesiva; c) un vector que permita producir grandes cantidades de protenas. 25- Explique la utilidad de los ratones LoxP-Cre. 26- Los mtodos que se mencionan a continuacin corresponden a tcnicas empleadas para la inactivacin de genes especficos en clulas eucariontes: Ratones Knockout y RNA de interferencia. Explique con fundamentos. 27- Los vectores plasmdicos contienen un gen de seleccin (gen de resistencia a ampicilina), secuencias de origen de replicacin (ORI) y un fragmento poliligador. Especficamente para los vectores plasmdicos de expresin responda: Cul es la principal aplicacin de este tipo de vectores? Adems de los fragmentos descritos, qu otro fragmento presenta y por qu? Cmo se controla la expresin del fragmento citado por usted?
CAPTULO 10: ESTRUCTURA MOLECULAR DE GENES Y
CROMOSOMAS
1- Tipo de secuencias que pueden encontrarse dentro de una molcula
de DNA cromosmico eucarionte. Describa secuencias correspondientes a retrotransposones virales con LTR. Qu regiones eucariontes hay dentro de la secuencia y que funcin cumple cada una de ellas. 2- Tipo de secuencias que pueden encontrarse dentro de una molcula de DNA cromosmico eucarionte. Explicar los genes duplicados. 3- Explique cmo se empaqueta la cromatina para formar un cromosoma metafsico. Indique que protenas contribuyen a dicha condensacin y por qu Cual es la importancia de la enzima telomerasa en la condensacin de la informacin gentica? 4- Explique cmo se encuentra organizado el DNA no codificante o no codificador. Dentro de estas secuencias, explique que es el DNA altamente repetitivo de secuencia simple, qu tipos conoce, dnde se encuentra localizado en el cromosoma y cul es su utilidad. 5- Qu es una unidad de transcripcin? Qu tipos conoce y qu diferencias existen entre ellos? 6- Qu son los transposones? Tipos y descripcin de los retrotransposones Qu es un retrotransposn? Explique como se genera el DNA retroviral a partir del RNA genmico retroviral 7- Explique el mtodo de transposicin de un transposn de DNA Qu elementos participan? 8- Qu es el ensayo de huellas digitales genticas? Dar un ejemplo de aplicacin. 9- Describir los DNA codificantes y dar un ejemplo de cada uno, describir los DNA satlites y explicar dnde se encuentran y para que sirven. Describir detalladamente el mtodo fingerprinting. 10- Mediante tcnicas de ingeniera gentica usted logra insertar un intrn en un elemento transponible que esta estudiando. Si luego de la trasposicin el intrn tambin es transpuesto a que tipo de transposicin pertenece el que esta estudiando? 11- Explique el mecanismo de ensamblaje de la envoltura nuclear durante la telofase. 12- Defina DNA no codificador, indique que porcin del genoma ocupa y cite 3 ejemplos de DNA de este tipo. 13- Cuando el DNA de eucariontes se tratan con DNasas, algunos genes son resistentes a esta degradacin Qu clase de genes no son afectados por la DNasa: Los que se transcriben activamente o los que no se transcriben? Justifique. 14- Explique qu es el DNA satlite y cul es su utilidad diagnstica. 15- Describa detalladamente el mecanismo por el cual la enzima telomerasa mantiene la longitud de los telmeros. Explique por qu es necesaria la accin de esta enzima para la correcta longitud de los telmeros. Mencione en qu clulas se expresa e indique cul es su importancia biolgica. 16- Cules son los distintos niveles de empaquetamiento de DNA que se pueden alcanzar en metafase? Describir la estructura del nucleosoma y modificaciones nucleosomales que controlan la condensacin y descondensacin.
CAPTULO 11: CONTROL TRANSCRIPCIONAL DE LA EXPRESIN
GNICA
1- Realice el esquema de un gen eucarionte indicando las regiones
necesarias para la expresin de una protena funcional. Explique de cada una de ellas la funcin. Explique en forma detallada el mecanismo molecular propuesto para la activacin de la transcripcin de genes en clulas eucariotas. 2- La molcula UME6 es un factor transcripcional con actividad represora Cul es la composicin qumica y dominios funcionales del factor? Describa el mecansmo molecular propuesto para este factor en el control de transcripcin en levaduras. 3- El factor de activacin de la transcripcin GAL4 presenta dominios funcionales Cules son estos dominios y la funcin de ellos? Mencione los diferentes motivos presentes en uno de esos dominios y sus estructuras. Describir como mximo en 5 renglones el mecanismo molecular de la activacin de la expresin de genes por GAL4. Al fusionar los dominios C-terminal y N-terminal de un factor activador de la transcripcin, se observa que las protenas truncadas inducen la expresin de genes. Por qu? 4- Esquematice un gen eucarionte indicando todas las posibles regiones de control de la expresin. Explique el mecanismo molecular por el cual un factor activador activa la transcripcin. 5- Qu son qumicamente los represores de la transcripcin? Cmo actan? D 2 ejemplos de represores. 6- Realice un esquema de un gen eucarionte indicando todas las regiones necesarias para la expresin de una protena funcional, explique la funcin de cada una de ellas. Explique el mecanismo molecular por el cual un factor activador activa la transcripcin. 7- La mutacin dirigida sobre el dominio de unin a ligando (DBD) del receptor nuclear a una hormona esteroide provoco la expresin constitutiva de un grupo de protenas Cual es la conformacin que presentan los factores de transcripcin de la superfamilia de receptores esteroides? Describa el mecanismo mediante el cual el receptor nuclear controla la expresin gnica Por que la mutacin del DBD provoca la expresin constitutiva de un grupo de protenas? 8- Con respecto a los factores de transcripcin que funcionan como represores responda Cuntos dominios funcionales presenta y cual es la funcin de cada uno de los dominios? Describa el mecanismo molecular por el cual reprime la transcripcin Como puede incrementar las opciones de control gnico los factores heterodimricos? 9- Menciones cuales son los dominios de los factores de transcripcin. Como acta el activador Gcn4? 10- Con respecto al factor de transcripcin TFIID: Es un factor de transcripcin general o especfico? Se trata de una protena monomrica o multimrica? Qu actividad/es requerido/s para realizar la transcripcin se encuentra/n relacionado/s con este factor? 11- Explique por qu tanto la DNA polimerasa I como la III son necesarias para la replicacin de DNA. 12- Represores en eucariontes: Indique composicin qumica y estructural Cul es su funcin y mecanismo? Cite ejemplos. 13- Funcin en el control transcripcional de la expresin gnica del amplificosoma. 14- Explique los mecanismos moleculares de la activacin de la transcripcin de un gen que posee un promotor TATA. 15- Para qu sirven los complejos generales de transcripcin? Cmo se ensambla el complejo de preiniciacin de la polimerasa II? 16- Explique el modelo de desacetilacin de las histonas en genes especficos dirigidas por represores. 17- El factor de activacin Gcn5 presenta dominio de activacin con actividad de remodelacin de la cromatina e Histona Acetilasa. Explique los mecanismos moleculares donde estaran involucrados ambas actividades. 18- La expresin de genes eucariontes ocurre gracias a un mecanismo molecular que involucra factores de transcripcin activadores y coactivadores que permiten el pasaje de la cromatina desde su estadio de 30 nm al estadio perlas de collar de 11 nm. Explique en forma detallada como ocurre este proceso. 19- Qu se entiende como promotor? Todos los siguientes elementos pueden actuar como promotores excepto uno. Justifique. a) Caja TATA b) Elemento iniciador c) Islas CpG d) Amplificador 20- En el siguiente esquema se muestra la estructura general de un gen eucarionte. Indique sobre el mismo a que corresponde cada una de las regiones. Mencione cules forman parte de la regin de control y cules de la regin codificante. Explique cul es la funcin de cada regin y con qu tipo de protena interacciona durante su funcin.
CAPTULO 12: CONTROL GNICO POSTRANSCRIPCIONAL Y
TRANSPORTE NUCLEAR
1- Explique detalladamente como es el proceso de importacin y
exportacin en el ncleo y como se mantiene el gradiente. 2- Describa detalladamente los niveles de control postranscripcional de genes codificadores de protenas. Dar un ejemplo de un mecanismo regulador postranscripcional para cada uno de dichos niveles y explique en que consiste cada uno. 3- Describir la va de transporte de las mRNP, un mtodo de degradacin de mRNA y explicar los requisitos para que el mRNA salga del ncleo 4- Mecanismo de incorporacin al ncleo de protenas carga mencionando protenas importantes q participan en el proceso. b) como se mantiene la unidireccionalidad de este proceso. 5- Mencionar mecanismos de regulacin postranscripcional que opere a nivel del ncleo y citoplasma. Explique en 3 renglones en qu consiste cada uno de ellos. 6- Protenas que translocan al ncleo Dnde se sintetizan? Que protenas las pliegan? Sufren modificaciones postraduccionales (propias del REG)? Explique el mecanismo de translocacin de importinas al ncleo. 7- Explique todos los procesos de eliminacin que sufren las protenas sintetizadas o plegadas de manera incorrecta. 8- Explique detalladamente el mecanismo de corte y empalme de RNA Por qu es considerado un mecanismo regulatorio de la expresin gnica?
CAPTULO 13: SEALIZACIN EN LA SUPERFICIE CELULAR
1- Explicar la va de sealizacin desde la superficie celular,
dependiente de IP3/DAG que regula concentracin de calcio intracelular. 2- Se ha descubierto un receptor acoplado a una protena G trimrica. Para saber si este receptor activa a la adenililciclasa o a la fosfolipasa C, se decide realizar un experimento en el cual se introduce en la clula un inhibidor de la proteincinasa A (PKA) y, ante la estimulacin del receptor, no se produce la respuesta esperada. En base a estos datos diga a cul enzima activa el receptor analizado. 3- Se ha descubierto un receptor acoplado a una protena G trimrica. Para saber si este receptor activa a la adenililciclasa o a la fosfolipasa C, se decide realizar un experimento en el cual se introduce en la clula un inhibidor de la IP3 y, ante la estimulacin del receptor, se obtiene negativo como resultado. En base a estos datos indique qu efector est activo y cmo es el mecanismo normal. 4- Ordene los siguientes pasos referidos al mecanismo de accin de una molcula seal hidrosoluble a) Activacin de la Fosfolipasa C b) Activacin de una Protena C c) Aumento de la concentracin citoplasmtica de IP3 d) Fosforilacin de la protena especificas e) La molcula seal interacta con una protena transmembrana f) Respuesta celular g) Sale calcio del retculo endoplasmtico 5- Qu son las protenas G, qu tipos conoce? Explique el mecanismo de activacin de las protenas G. 6- Describir detalladamente el mecanismo de activacin e inactivacin de la adenililciclasa. Explicar cmo est compuesto el receptor y la protena G involucrada. Describir el mecanismo de inhibicin de la misma. 7- Definir primer y segundo mensajeros y dar ejemplos. Qu protenas conservadas participan en la transduccin de seales y cual es su funcin? Explicar la va de expresin de genes CRE. 8- Indique si las siguientes molculas son primeros mensajeros, segundos mensajeros o efectores: AMPc, Ca2+, GH, adrenalina, DAG, xido ntrico, adenililciclasa, MAP cinasa, fosfolipasa C. 9- Explique detalladamente la regulacin de la actividad de los receptores -adrenrgicos.
CAPTULO 14: VAS DE SEALIZACIN QUE CONTROLAN LA
ACTIVIDAD GNICA
1- Describa la cascada de cinasas que transmiten seales corriente
abajo desde la protena Ras a la MAP cinasa. 2- Describir los receptores para citocinas y que diferencias presentan estos con los receptores tirosincinasas. Va JAK-STAT, a partir de que el ligando se une al receptor. Describir un mecanismo de regulacin. 3- Describa la va de sealizacin que activa el factor NF-B. Qu mecanismos participan en la translocacin de ese factor desde el citosol hacia el ncleo? Sobre que tipo de genes acta? Explique el mecanismo por el cual activa la transcripcin del gen. Cules son los principales estmulos que desencadenan dicha va. Mediante que mecanismo se mantiene inactivo el NF-B en las clulas sin estimular. 4- Esquematizar el mecanismo de activacin de la protena Ras cuando se une un factor de crecimiento a un RTK. Describir detalladamente el mecanismo por el cual Ras activa la cascada de MAPK Cmo influye en la regulacin del ciclo celular? 5- Qu otras vas aparte de STAT se activan con la Epo unida a su receptor? Indique dos formas de finalizar una va de transduccin en protenas G. 6- Describa estructura general y mecanismo de activacin de los receptores RTK. Cul es la diferencia con los receptores para citosina? Cmo se activa Ras luego de la estimulacin de un RTK mediada por la unin de un factor de crecimiento? Describa la cascada de cinasas que transmite seales corriente abajo desde la protena Ras activada a la MAPK. 7- A qu tipo de receptores se encuentra asociada la liberacin de inositol 1,4,5-trifosfato (IP3) como segundo mensajero? Describa los mecanismos que promueven dicha liberacin. Qu consecuencias tiene la liberacin al citosol celular de IP3? 8- Explique cmo se realiza reclutamiento y activacin completa de la PKB en las vas PI-3 cinasa Cmo se modula negativamente la sealizacin de la va PI-3 cinasa? 9- Qu son las citocinas? Mencione un ejemplo. Describa la estructura del receptor para citocina. Describa la va de sealizacin JAK/STAT luego de la fijacin del ligando a un receptor para citocina. Explique al menos, un mecanismo especfico para la finalizacin de la transduccin de la seal del receptor para Eritropoyetina. 10- Describa la estructura de los receptores para TGF y el mecanismo de activacin de los mismos. Describa la participacin de los diferentes factores de transcripcin Smad en la va de sealizacin del TGF. 11- La alteracin de la va de sealizacin del TGF puede estar involucrada en distintos tipos de cncer. Explique. 12- Describa detalladamente la regulacin de la relajacin arterial en respuesta a acetilcolina.
CAPTULO 16: MOVIMIENTO DE PROTENAS EN LAS MEMBRANAS
Y ORGNULOS
1- Describa las principales etapas del proceso de biosntesis de las
protenas que presentan oligosacridos N-ligados Dnde se lleva a cabo este proceso? Cules son las principales funciones de estos oligosacridos agregados a las glicoprotenas? 2- Explique detalladamente los pasos para la translocacin de una protena a travs de la membrana del retculo endoplsmico. 3- Describa las mutaciones recesivas autosmicas posibles que causan el ensamblaje defectuoso de los peroxisomas. 4- Menciones todas las posibles modificaciones postraduccionales que puede sufrir una protena de secrecin. 5- Explicar biosntesis de protenas que poseen oligosacridos N-ligados incluyendo compartimientos subcelulares donde se lleva a cabo, caractersticas de la secuencia de direccionamiento, caractersticas del precursor sacardico que se agrega o en que compartimiento se agrega dicho oligosacridos Cul es la importancia biolgica de la glicosilacin de protenas? 6- Mencione 4 protenas que participen del plegado y/o modificacin de las protenas de secrecin. Indique 2 de ellas que modifiquen covalentemente a la protena sustrato. 7- Mencionar y detallar protenas que interactan con las Hac-1, y funcin de esta va. 8- Describa el control de la PDI en la formacin de enlaces disulfuro. 9- Describa detalladamente tres diferencias entre mecanismo de ingreso de protenas en la matriz mitocondrial y entrada de protenas en matriz de peroxisoma. 10- La clula posee procesos de verificacin de errores que eliminan protenas citoslicas sintetizadas o plegadas de manera incorrecta. Describa los procesos que controlan el plegamiento y degradacin de estas protenas celulares. 11- Explique el triple aporte de energa necesario para incorporar protenas a la matriz mitocondrial. 12- Las clulas de mamfero y de levaduras responden a la acumulacin de protenas desplegadas aumentando la transcripcin de ciertos genes. Describa detalladamente el mecanismo molecular que desencadena el aumento de la transcripcin, indicando dnde se lleva a cabo este proceso. 13- El receptor de LDL es una protena de transmembrana de paso nico. Describa las caractersticas y localizacin de las secuencias de sealizacin que dirigen el movimiento de esta protena y su insercin. Justifique su respuesta 14- Indique V o F: a) La reestructuracin de los enlaces disulfuro en la cara luminal del RE se forma con la protena Ero-1 reducida. b) Las protenas que siguen la va del peroxisoma realizan translocacin cotraduccional. c) Las protenas de la matriz del peroxisoma ingresan plegadas a dicho compartimiento. d) Las protenas de la va del peroxisoma se glucosilan en la cara citoslica de la membrana del peroxisoma. e) La translocacin de protenas a la matriz mitocondrial necesita solo el aporte de ATP de las protenas chaperonas Hsc70 (Explicar detalladamente cmo se genera la fuerza necesaria para el desplazamiento)
CAPTULO 17: TRNSITO VESICULAR, SECRECIN Y ENDOCITOSIS
1- Explique detalladamente el mecanismo de formacin de COPII.
2- La especificidad de fusin de vesculas involucra a procesos diferentes y secuenciales. Describa el primero de los dos procesos y su regulacin por Protenas interruptoras GTPasas. 3- Cual es el destino de las vesculas celulares recubiertas por protenas de la familia Sec? Cual es la funcin de este tipo de cubierta? Explique porque la incubacin de extractos celulares con un derivado no hidrolizable de GTP impide la formacin de vesculas recubiertas con las protenas de la familia Sec. Justifique 4- Describa el trnsito de las enzimas lisosmicas solubles desde la red del trans-Golgi al endosoma tardo y explique detalladamente los mecanismos moleculares que involucra. 5- Disee un experimento que le permita estudiar in vivo el trnsito vesicular desde el RE al Golgi. 6- Cul es la seal que dirige las enzimas lisosmicas a los lisosomas? Donde se forma dicha seal y donde se encuentra su receptor? Qu tipo de vesculas transportan dichas enzimas a sus compartimientos de destino? Cmo y cuando se activan las enzimas lisosmicas? 7- Explicar detalladamente el mecanismo de transitocis. 8- Explique detalladamente cmo se transporta el hierro unido a transferrina a travs de las clulas. 9- Qu tipo de vesculas recubiertas se conocen? Mencione en qu va de trnsito vesicular est involucrada cada una de ellas. 10- Explique detalladamente el mecanismo por el cual los anticuerpos de la leche materna llegan a la sangre del recin nacido. Mencione en cada paso las molculas intervinientes. 11- La insulina es una protena que se libera en el torrente sanguneo e induce varias respuestas metablicas. En qu compartimiento comienza la sntesis de la insulina? Enumere (en orden) los distintos compartimientos que atraviesa esta protena hasta el momento de su secrecin. Explique DETALLADAMENTE todas las modificaciones postraduccionales que sufre, indicando en qu compartimiento se producen. Indique qu tipo/s de cubierta/s proteica/s intervienen en el transporte de la insulina desde el comienzo de su sntesis hasta su secrecin. 12- La albmina es una protena de exportacin. En qu compartimiento comienza la sntesis de la insulina? Enumere (en orden) los distintos compartimientos que atraviesa esta protena hasta el momento de su secrecin. Explique DETALLADAMENTE todas las modificaciones postraduccionales que sufre, indicando en qu compartimiento se producen. Indique qu tipo/s de cubierta/s proteica/s intervienen en el transporte de la albmina desde el comienzo de su sntesis hasta su secrecin. 13- Qu elementos intervienen en el proceso de gemacin de una vescula cubierta de clatrina y cul es la funcin de cada uno de ellos? (explique detalladamente). Explique por qu en la incubacin de extractos celulares con un derivado no hidrolizable de GTP provoca acumulacin de brotes de vesculas recubiertas de clatrina con cuellos excesivamente largos. Menciones las diferentes rutas de trnsito intracelular que involucran vesculas recubiertas con clatrina. 14- Por qu las personas que cuyas clulas no poseen actividad de NacGlc fosfotranferasa carecen de mltiples enzimas en sus lisosomas? En qu compartimiento se localiza dicha enzima? 15- Explicar en no ms de 7 renglones el proceso de fusin vesicular mediante protenas v-SNARE y t-SNARE. 16- Describa detalladamente el proceso de ingreso a la clula del receptor LDL y su ligando, y cmo el ligando se libera una vez ingresado. 17- Mencione las diferencias existentes entre la secrecin constitutiva y la secrecin regulada. 18- Qu elementos intervienen en el proceso de gemacin de una vescula y cul es la funcin de cada uno de ellos? 19- Describa de manera ordenada los pasos de la va de ingreso de LDL y su posterior degradacin en las clulas Qu tipo de vescula esta involucrada en el transporte de LDL dentro de la clula? 20- Protenas solubles residentes en RE presentan una secuencia KDEL en extremo C-terminal. Describa la importancia de esta secuencia en el trnsito de protenas. 21- Con respecto al trnsito vesicular en las etapas iniciales de la va secretoria describa detalladamente el transporte antergrado y retrgrado que se establece entre el RE y las cisternas del Golgi. 22- Ciertas protenas integrales de membrana del RE son reclutadas especficamente para el transporte hacia el Golgi. Mencionar vescula utilizada. Entre qu molculas o segmentos de molculas se produce el reconocimiento de estas protenas reclutadas? Mencionar protenas que participan en el ensamblaje de la cubierta. Explicar dicho proceso de ensamblaje. 23- Marcar la/s afirmacion/es incorrecta/s y justificarlas: p) La secuencia KDEL es una secuencia que dirige las enzimas lisosmicas desde la red trans Golgi a los lisosomas. q) Las protenas que van al lisosoma tienen una secuencia hidrfoba que las lleva al lisosoma. r) Las unin de las protenas v-SNARE y t-SNARE acercan las membranas de la vescula y la clula diana para su fusin. s) Las enzimas q van a la membrana del peroxisoma utilizan la va secretoria. t) La partcula de reconocimiento de seal es una protena integral de la membrana del RER. u) El receptor de LDL es una protena transmembrana del Golgi para las partculas LDL que permite su transporte hacia los endosomas tardos. v) La va secretoria puede estudiarse mediante el uso de la GFP. w) En la hipercolesterolemia familiar, la enzima limitante de la va de sntesis del colesterol no se inhibe a pesar del aumento de LDL. x) La transitosis es un mecanismo que sirve para clasificar las enzimas lisosomales. y) La sntesis de enzimas lisosomales comienza en los ribosomas libres. z) Las enzimas lisosomales nacientes presentan unas secuencia de sealizacin en su extremo N-terminal que las dirige hacia el RE. aa) Una segunda secuencia de sealizacin hidrfoba dirige las protenas solubles a los lisosomas. bb) Las protenas que van al lisosoma tienen una secuencia de sealizacin que las lleva al RE cc)Las protenas de cubierta vesicular deben ser removidas para que una vescula se fusione con su membrana diana. dd) El receptor de LDL es una protena transmembrana del trans Golgi que incorpora la lipoprotena y la enva a los endosomas.
CAPTULO 19: MICROFILAMENTOS Y FILAMENTOS
INTERMEDIOS 1- Los queratinocitos pueden presentar movimientos ameboideos. Explique mecanismo del fenmeno especificando distintas molculas involucradas. 2- Explicar y mencionar diferencias entre la polimerizacin in vivo e in vitro de la actina. 3- Disee un experimento utilizando fragmentos de miosina S1 y un ME para observar la polaridad de los filamentos de actina. 4- Explique por qu ratones transgnicos que expresan una isoforma de queratina mutante presentan importantes anomalas cutneas. Mencione en qu circunstancias la clula puede inducir el desamblaje de los filamentos intermedios Cmo lo hace y por qu? 5- Elija la o las opciones incorrectas acerca de los filamentos intermedios: a) No se asocian con protenas motoras. b) El ensamblaje de las subunidades requiere de GTP. c) El tipo de protena que los forma se clasifica segn cada tipo celular. d) Son fijos, no se desensamblan nunca. e) Los neurofilamentos tienen como papel regular el dimetro del axn. 6- Explique los pasos del ensamblaje de Actina G en Actina F. Respecto de la Actina F, explique la funcin de las protenas profilina, gelsolina y miosina. 7- Explique detalladamente cmo la clula controla el ensamblaje y desensamblaje de los filamentos de actina y la remodelacin de los filamentos de actina. 8- Explique qu papel cumplen la profilina y la timosina 4 en la regulacin de la polimerizacin de actina. 9- Cules son los principales grupos de protenas formadoras de Filamentos Intermedios y cual es su distribucin en los tejidos? Explique por qu la integridad estructural de la queratina es esencial para que la epidermis resista la abrasin. 10- Explique la dinmica (a nivel molecular) del citoesqueleto de actina en el movimiento ameboide. 11- Locomocin celular: Explicar detalladamente la formacin del borde conductor. 12- Cuales son las diferencias entre los extremos de actina? Caractersticas del crecimiento de los filamentos de actina Con que experimento se dieron a conocer las caractersticas? 13- Mencione protenas que se fijan a filamentos de actina y controlan su longitud. Describa mecanismo de accin y funcin fisiolgica. 14- Explique por qu mecanismo los factores de crecimiento promueven formacin de filopodios, lamelipodios y fibras de estrs. 15- Explique detalladamente el proceso por el cual se produce la extensin de la membrana plasmtica en el borde director. 16- Mecanismo de regulacin de contraccin de msculo liso y msculo esqueltico. 17- Base molecular del transporte de vesculas sobre los filamentos de actina. 18- Describa la participacin de los filamentos intermedios en la organizacin del sarcmero. 19- Describa y analice las diferencias en la organizacin de la actina en los haces contrctiles versus los no contrctiles de las clulas no musculares. 20- Explicacin a nivel molecular sobre la regulacin del msculo liso por un mecanismo dependiente de miosina. 21- Cul es la base molecular por la cual las vesculas intracelulares son transportadas sobre filamentos de actina? 22- Describa el fundamento bioqumico por el cual los filamentos de actina se organizan en haces o retculos.
CAPTULO 20: MICROTBULOS
1- Explique los eventos moleculares que involucran los microtbulos
durante la ANAFASE A y B. 2- Describa la estructura de la cinesina y la dineina e indique la funcin de cada una de ellas. 3- Explicar polimerizacin e inestabilidad dinmica de microtbulos. 4- Qu son las protenas asociadas a microtbulos (MAPs)? Cmo se clasifican segn su funcin? Elija una de ellas y explique su mecanismo de accin. Mencione los dominios ms importantes de estas protenas y su correspondiente funcin. 5- Qu es el MTOC? Cmo est compuesto? Diferencias entre el MTOC en interfase y en mitosis. 6- Mencione al menos dos protenas motoras de microtbulos. Describa para cada una de ellas su estructura, su funcin y la polaridad de su movimiento. Indique qu tipos de filamentos son las lminas nucleares y cul es su funcin. 7- Unos apndices de la membrana tienen como funcin la movilidad celular y contienen microtbulos: Qu son esos apndices? Describa la estructura de esos apndices. Cmo se genera la fuerza necesaria para el desplazamiento? 8- Mencione dos protenas motoras de los microtbulos y describa su estructura. Indique para cada una de ellas cul es la polaridad del desplazamiento y cul es la funcin que cumple. El desplazamiento de la protena motora depende de energa? Explique en no ms de tres renglones. 9- Cules son las protenas motoras de los microtbulos? Explique cmo estas protenas contribuyen a la captura y estabilizacin de los microtbulos durante la metafase mittica. 10- Explicar la polimerizacin de actina in vitro. Explique el concepto de concentracin crtica y cul es su importancia en la dinmica de crecimiento del filamento de actina. 11- Indique V o F: ee) La vida media de los microtbulos del huso mittico es mayor que la de los microtbulos citoslicos. ff) El movimiento de cilios y flagelos no dependen de ninguna protena motora. gg) Los microtbulos metafsicos se estabilizan solo por la dinena. 12- Marcar la estructura asociada a filamentos intermedios y simultneamente a MAP(protenas asociada a los microtbulos): hh) Filamentos q rodean al ncleo ii) Desmosoma jj) Hemidesmosoma kk)Neurofilamentos de los axones ll) Slo a, b y c correctas mm) Ninguna correcta
CAPTULO 21: REGULACIN DEL CICLO CELULAR EUCARIONTE
1- Explicar brevemente el control del ciclo celular.
2- Explicar el aumento y cada de la actividad del MPF durante el ciclo de divisin celular. 3- Explique la importancia del punto de control del DNA daado en el ciclo de divisin celular. Describa detalladamente como participa la proteincinasa ATM o ATR en este punto de control. 4- El pasaje por tres transiciones crticas del ciclo celular involucra la degradacin de protenas marcando de ese modo la irreversibilidad del proceso. Menciones cuales son las 3 transiciones citadas anteriormente. Indique cuales son las 3 protenas del ciclo celular que sufren protelisis en cada caso. Describa como se produce la reaccin proteoltica en cada caso. 5- Describa los mecanismos moleculares en donde participa APC (complejo promotor de la anafase) Qu importancia tiene su activacin secuencial para la clula? 6- Por qu los complejos de prerreplicacion se ensamblan durante la fase G1 temprana? Por qu la activacin de los complejos de prerreplicacion se activan solo una vez sobre la fase S? Cmo se activa la ciclina-CDK de fase S? 7- Describa los cambios en la estructura tridimensional que regulan la actividad de cinasa de la CDK2 humana. Indique especficamente la etapa del ciclo celular en la que participa, describiendo detalladamente los procesos moleculares que estimulan la transcripcin del gen CDK2 y su subunidad reguladora. Esquematice. 8- Explique DETALLADAMENTE la activacin del factor promotor de la mitosis (MPF). 9- Explique qu son los puntos de control del ciclo celular. Describa detalladamente el punto de control del ensamblaje del huso, indicando en qu momento del ciclo celular opera dicho punto de control. Mencione que posibles consecuencias tendra para la clula una falla en este punto de control. 10- Explique cmo las siguientes mutaciones que se encuentran en algunas clulas cancerosas llevan a una omisin en los puntos de control: sobreexpresin de ciclina D y prdida de funcin de Rb. 11- Explique al menos 3 mecanismos que regulen la actividad de cinasa de las cinasas dependientes de ciclinas. 12- Describa el mecanismo mediante el cual se inactiva y luego se activa el complejo CDK-ciclina de fase S. 13- Sustratos de MPF, como acta esa fosforilacin para que la mitosis siga adelante. 14- Describa el mecanismo mediante el cual el APC promueve la separacin de las cromtidas hermanas en anafase. 15- Realizar un grafico del curso temporal de la expresin de los genes de respuesta temprana y respuesta retardada en clulas detenidas en Go, despus del agregado de suero. Decir cmo vara la expresin de esos genes si al suero se le agrega un inhibidor de sntesis proteico. 16- Defina punto de restriccin. Explique detalladamente cmo se regula el pasaje a travs del punto de restriccin en las clulas de los mamferos. Esquematice cmo se produce el pasaje a travs del punto de restriccin, indicando claramente todas las protenas involucradas. 17- Justifique detalladamente la siguiente afirmacin referida a la regulacin del ciclo celular: "La expresin regulada de 2 clases de genes hace retornar a una clula en Go al ciclo celular". 18- Justifique detalladamente la siguiente afirmacin referida a la regulacin del ciclo celular: "El pasaje a travs del punto de restriccin depende de la fosforilacin de la protena Rb supresora de tumores" 19- Indique Verdadero o Falso. Justifique: nn) La actividad del complejo mittico de mamferos no es regulada por fosforilacin y desfosforilacin como ocurre en S. Pombe. oo) La iniciacin de la replicacin del DNA ocurre varias veces en cada origen de replicacin durante el perodo S. pp) Los complejos ciclina-CDK, compuestos por una subunidad ciclina reguladora y una cinasa dependiente de ciclina catalizadora, regulan el progreso de una clula a travs del ciclo de divisin celular. qq) El MPF es una proteincinasa que requiere una ciclina mittica para su activacin. rr) El punto de restriccin del ciclo celular es la alineacin de los cromosomas en el huso mittico. ss) Los factores de transcripcin promueven la proliferacin de un cultivo celular. tt) El punto de restriccin del ciclo celular es la separacin de cromtidas hermanas. uu) Las desfosforilacin de las lminas A, B y C produce la despolimerizacin de los filamentos de lmina. vv) Los puntos de control irreversibles del ciclo celular son aquellos donde existe degradacin de protenas por poliubiquitinacin. ww) La protena Rb fosforilada se une a los E2F y los convierte en factores no activos. xx) La finalizacin de mitosis requiere el aumento de ciclinas para la activacin del MPF. yy) La fosforilacin de Rb por el complejo CDK-ciclina secuestra al E2F para inactivar la transcripcin de genes. zz) Una vez que todos los cromosomas se han unido a los microtbulos del huso, el factor de especificidad Cdc20 dirige el APC a la poliubicuitinizacin de la securina. aaa) Los niveles de ciclina mittica y la actividad cinasa del factor promotor de la mitosis (MPF) varan en forma inversa en el ciclo de divisin celular. bbb) El APC es dirigido por Cdc20 a poliubicuitinar la securina, la cual como consecuencia es degradada por el proteasoma. ccc) EL APC fosforila a los MPF y los hace inactivo. ddd) El punto de control del DNA daado, para reparar la lesin se utiliza p53, Chk1 y ATM/R. eee) La ciclina mittica del S. pombe no se regula por fosforilacin y desfosforilacin. fff) La mutacin con prdida de funcin en la protena p16 provoca la detencin del ciclo en fase S. ggg) La p27 inhibe a la ciclina A/CDK2. hhh) La fosforilacin de la Y15 y la T161 controlan la expresin de la MPF.
CAPTULO 23: CNCER
1- El cromosoma Filadelfia es resultado de la translocacin
cromosmica. Explique qu consecuencias puede conllevar. 2- Explique el mecanismo por el cual los rayos UV producen alteracin del DNA Cul es el mecanismo de reparacin? 3- Explique cul es el proceso por el cual la desaminacin de la 5- metilcitosina puede originar una mutacin puntual del DNA. 4- La oncoprotena TRK quimrica es la fusin de un dominio de la tropomiosina y un segmento del receptor TKR. Qu es una oncoprotena? Va de sealizacin involucrada y qu tipo de alteracin del DNA se puede haber producido. 5- Reparacin del DNA por escisin de un nucletido. Qu tipo de de errores corrige. Explique. 6- Explique la obtencin del oncogen rasD con clulas 3T3. 7- Describa el mecanismo de reparacin del DNA que se utiliza para corregir el apareamiento incorrecto entre G y T. 8- El papilomavirus humano (HPV) existe en dos formas: una benigna y otra que puede inducir cncer. Qu tipo de genoma posee el HPV? Qu tipo de CICLO DE REPLICACIN tienen las formas benignas y malignas? Con respecto a estas ltimas, describa el ciclo de replicacin. Explique DETALLADAMENTE el mecanismo molecular por el cual el HPV induce la transformacin de las clulas a cancerosas. 9- Explique molecularmente por qu el HPV representa un riesgo de contraer cncer. 10- Con respecto a las roturas de doble hlice en el DNA Cules pueden ser las causas? Tipo celular en donde se generan y consecuencias. Describir los mtodos de reparacin. 11- Explicar el proceso de desaminacin de citosina. Qu genera este proceso. 12- La protena PTEN es una protena supresora de tumores. Explique detalladamente cmo acta. 13- Experimento del gen mutante RAS en carcinoma vesicular humano. 14- Cuales son los fundamentos moleculares por el cual el virus del papiloma humano produce cncer? 15- El benzopireno y aflatoxina, carcingenos de humo de cigarrillo y granos mohosos, pueden producir cncer de pulmn e hgado respectivamente, por dao del DNA. Explique Qu mecanismos puede utilizar la clula para repararlo? 16- Mecanismo de reparacin del DNA a partir de una mutacin puntual en la cual la metil-citosina se convierte en timina. 17- Con respecto a las roturas de doble hlice en el DNA: a) Cules pueden ser las causas?; b) Tipo celular en donde se generan y consecuencias. Describir los mtodos de reparacin. 18- Explique la anomala cromosmica del linfoma de Burkitt Cul es la consecuencia biolgica? 19- El virus SFFV (virus productor de focos esplnico) puede producir eritroleucemia. Explique. 20- Explique detalladamente la funcin correctora de la DNA polimerasa. 21- Explique en la va de sealizacin del TGF los puntos en los que se han detectado mutaciones y cul es la consecuencia. 22- La p53 es una protena oncosupresora. Explique detalladamente en qu circunstancias puede encontrarse alterada su funcin y cules son las consecuencias. 23- Dos sistemas reparan el DNA daado de doble hlice. Uno se encuentra frecuentemente alterado en mujeres con susceptibilidad al cncer de mama. Explique. 24- El carcinoma de colon se ha encontrado una alteracin gnica por la cual un receptor RTK de membrana se localiza en citosol y es constitutivamente activo. Explique. 25- La alteracin de la va de sealizacin del TGF puede estar involucrada en distintos tipos de cncer. Explique. 26- Explicar el papel de la telomerasa en clulas cancerosas. 27- Cul es la relacin de p53 en el punto de control del dao del DNA en el ciclo celular? Por qu una mutacin en el alelo de la protena p53 es dominante negativa? 28- Cules son las propiedades celulares fundamentales que se alteran en la carcinognesis? Indique en cada caso el mecanismo. 29- En el cncer hereditario de mama se encuentra mutada la BRCA-1. Describa el mecanismo en el que se encuentra involucrada dicha protena. 30- En el cncer colorrectal no polipsico hereditario existe una mutacin con prdida de funcin heredada en un alelo del gen que codifica MLH1 o del MDSH2. Explique el mecanismo detalladamente en el que participan. Justifique su relacin con el cncer y con la va de sealizacin del TGFB. 31- Cules son las propiedades fundamentales que se alteran en al carcinognesis? 32- Describa la reparacin de roturas bicatenarias por recorreccin de segmentos no homlogos Cul es la importancia funcional?
APOPTOSIS
1- Describir la cascada de la caspasas.
2- Explique en forma detallada el proceso de apoptosis que se activa por la va extrnseca e indique su relacin con la va intrnseca. 3- Explicar detalladamente va intrnseca o mitocondrial de la apoptosis. Describir los factores que la desencadenan. 4- Explique la secuencia de eventos que conducen a la degradacin del DNA (etapa final de la Apoptosis) por activacin de la va intrnseca. Indique adems qu causas activa esta va. 5- Describa los mecanismos que participan en la va apopttica activada a partir de FasL o TNF. 6- Cmo ocurre la apoptosis por cada de factores trpicos? Explicar hasta la activacin de la caspasa 9. 7- Explique cmo la interaccin del ligando FasL con el receptor de muerte activa la caspasa 9 (va mitocondrial) Cules son las consecuencias de activacin de esta caspasa inicial? Explique los eventos bioqumicos tempranos. 8- Cmo se activan las caspasas iniciadoras? Qu eventos morfolgicos y bioqumicos se producen luego de la activacin de estas caspasas? 9- Explicar la va intrnseca de la apoptosis, cmo se activa, mecanismo, a qu seales responde y control. 10- Explique cmo el dao en el DNA puede activar la va mitocondrial o va intrnseca. Mencione por lo menos dos eventos celulares tempranos desencadenados por la activacin de las caspasas iniciadoras 11- Activacin de caspasas por va ligando receptor. 12- Mencione al menos dos eventos bioqumicos tardos que ocurren en una clula despus de que se activa la caspasa 3. 13- Explique detalladamente como la cada de factores de supervivencia como IL3 activan la caspasa iniciadora 9. 14- Secuencia de eventos que conducen a la degradacin del DNA en una clula donde se ha activado la apoptosis por la activacin de los receptores de muerte. Indique en dicha secuencia donde las protenas Hsp 70/27 podran actuar para rescatar a las clulas de la muerte. 15- Mencionar 4 sucesos que induzcan el dao en el DNA. Cmo se forma el Apoptosoma y qu desencadena su formacin? 16- Cmo se desencadena la va intrnseca por medio de IL-3?